添加环格列酮对延边黄牛骨骼肌卫星细胞成脂转分化的影响

试验旨在探究过氧化物酶体增殖物激活受体（PPARγ）激动剂（环格列酮）对延边黄牛骨骼肌卫星细胞成脂转分化的影响。试验分为4组：对照组（CON，不添加环格列酮）、CL组（5 μmol/L环格列酮）、CM组（10 μmol/L环格列酮）和CH组（20 μmol/L环格列酮），利用不同浓度环格列酮处理骨骼肌卫星细胞96 h后，通过油红O染色法和甘油三酯的测定来验证脂滴的形成，并使用实时荧光定量PCR和Western blotting测定基因表达和蛋白质定量的变化来验证脂肪细胞的生成。甘油三酯测定和油红O染色显示，与对照组相比，添加环格列酮后，骨骼肌卫星细胞内有脂滴生成，且脂滴形成量和甘油积累量与环格列酮添加量呈正相关。实时荧光定量PCR和Western blotting结果表明，与对照组相比，环格列酮组显著增加了成脂转录因子PPARγ、CCAAT/增强子结合蛋白α（C/EBPα）和围脂滴蛋白-2（PLIN2）基因的表达，显著下调了成肌相关因子MyoD的表达（P<0.05），且所有蛋白与基因表达趋势保持一致，表明环格列酮可以促进牛骨骼肌卫星细胞向脂肪细胞分化。     

添加环格列酮对延边黄牛骨骼肌卫星细胞成脂转分化的影响

试验旨在探究过氧化物酶体增殖物激活受体(PPARγ)激动剂(环格列酮)对延边黄牛骨骼肌卫星细胞成脂转分化的影响。试验分为4组:对照组(CON,不添加环格列酮)、CL组(5μmol/L环格列酮)、CM组(10μmol/L环格列酮)和CH组(20μmol/L环格列酮),利用不同浓度环格列酮处理骨骼肌卫星细胞96 h后,通过油红O染色法和甘油三酯的测定来验证脂滴的形成,并使用实时荧光定量PCR和Western blotting测定基因表达和蛋白质定量的变化来验证脂肪细胞的生成。甘油三酯测定和油红O染色显示,与对照组相比,添加环格列酮后,骨骼肌卫星细胞内有脂滴生成,且脂滴形成量和甘油积累量与环格列酮添加量呈正相关。实时荧光定量PCR和Western blotting结果表明,与对照组相比,环格列酮组显著增加了成脂转录因子PPARγ、CCAAT/增强子结合蛋白α(C/EBPα)和围脂滴蛋白-2(PLIN2)基因的表达,显著下调了成肌相关因子MyoD的表达(P0.05),且所有蛋白与基因表达趋势保持一致,表明环格列酮可以促进牛骨骼肌卫星细胞向脂肪细胞分化。     

基于转录组测序的油酸诱导延边牛骨骼肌卫星细胞成脂分化差异表达基因的分析

本研究旨在研究油酸(OA)引起延边牛骨骼肌卫星细胞成脂分化途径的分子调控机制。对从12日龄延边牛中分离得到的骨骼肌卫星细胞进行体外培养,加入不同浓度OA的诱导分化培养液,进行分化处理,试验设1个空白对照组[CON组,5%马血清(HS)],3个不同浓度OA诱导组:OAL组(5%HS+50μmol/L OA)、OAM组(5%HS+100μmol/L OA)、OAH组(5%HS+200μmol/L OA),诱导96 h后,对延边牛骨骼肌卫星细胞进行了转录组测序及分析。结果表明:共得到13 951条单基因,对4个组差异表达基因进行比较发现,与CON组相比,OAL组有3 412个差异表达基因,OAM组有1 045个差异表达基因,OAH组有1 428个差异表达基因,各组之间共有278个差异表达基因。GO富集分析显示,差异基因参与了多种生物过程,包括代谢过程、细胞过程、生物调节过程等;在分子功能类别上,大多数的基因功能与结合活性、转录调节活性、催化活性等相关;在细胞组分范畴内,大部分的基因被富集到细胞、细胞器、膜等。KEGG富集分析表明,差异表达基因主要富集通路为单磷酸腺苷激活的蛋白激酶(AMPK)信号通路、过氧化物酶体增殖物激活受体(PPAR)信号通路、脂肪酸代谢通路、脂肪酸降解通路等。不同浓度OA差异基因荧光定量PCR结果显示,所选的5个差异基因与转录组测序结果基本一致,表明了测序结果的可靠性。本试验完成了OA诱导延边牛骨骼肌卫星细胞成脂分化的转录组测序分析,获取差异基因的功能注释信息,初步揭示了OA诱导牛骨骼肌卫星细胞成脂分化的潜在基因和通路。     

胰岛素和油酸对延边黄牛前脂肪细胞分化的影响

为探讨胰岛素和油酸对延边黄牛前脂肪细胞分化的影响,试验采用胶原酶消化法在无菌条件下分离获得延边黄牛原代脂肪细胞,并进行传代及诱导分化,通过油红O染色法、甘油三酯含量测定及实时荧光定量RT-PCR方法研究胰岛素和油酸单独处理和同时处理96 h后,对延边黄牛脂肪细胞分化的影响,以及与脂肪细胞分化相关的主要标志基因PPARγ、LPL、SREBP1和C/EBPαmRNA表达的影响。结果表明,在分化处理96 h后,胰岛素单独处理虽不能促使脂滴形成,但却显著提高了PPARγ基因的表达量;油酸不仅对脂滴的形成有着明显的促进作用,同时还显著提高了PPARγ和SREBP1基因的表达量;二者同时处理时,脂滴数量和大小以及甘油三酯含量均大于单独处理时,但各标志基因的表达量与单独处理时相比却都各不相同。因此得出,胰岛素和油酸均在延边黄牛脂肪细胞的分化过程中起着重要作用,通过对脂肪形成相关基因的调节作用,进而实现脂肪细胞的分化并促进脂滴的形成。     

基于转录组测序探究地塞米松在前体脂肪细胞成脂分化过程中的作用机制

试验旨在研究地塞米松（DEX）在前体脂肪细胞成脂分化过程中的作用机制,为后续体外研究猪肌内脂肪（IMF）沉积的调控机制奠定前期基础。试验分别使用DEX及常用成脂诱导剂MDI(3-异丁基-1-甲基黄嘌呤0.5 mmol/L、地塞米松1μmol/L、胰岛素10μg/mL)处理3T3-L1细胞,利用GO Term和KEGG PATHWAY对差异基因进行功能及信号通路分析。结果发现：相比阴性对照组,MDI组和DEX组分别筛选到2280个、1188个差异表达基因,差异基因富集到血管相关平滑肌收缩、脂质生物合成、脂肪细胞分化等生物学过程;对2处理组间的差异基因集进行Venn分析,获得779个共有差异表达基因,其中上下调模式一致的差异表达基因751个,且显著富集到脂肪细胞分化、脂肪酸代谢过程和PPAR信号通路等。本研究鉴定出通过DEX诱导前体脂肪细胞成脂分化过程的关键基因Selenbp1、Arid5b、Rgs2、Metrnl、Acsl6、Hmgcs1等。     

吡格列酮对母型-合子型过渡时期小鼠胚胎抗氧化能力的影响

本试验通过H_2O_2建立小鼠胚胎氧化损伤模型,添加PPARγ激动剂吡格列酮对胚胎进行体外培养,DCHFDA测定胚胎内部ROS水平,半定量PCR测定胚胎内部抗氧化基因和NADPH氧化酶基因的表达。结果显示:(1)经过48h处理后,5μmol/L吡格列酮处理组的4-细胞率(P0.05)和囊胚率(P0.05)都比对照组的高;(2)DCHFDA检测发现,H_2O_2+PIO处理组的ROS水平比H_2O_2处理组的低(P0.05);(3)H_2O_2降低抗氧化酶Gpx1、Gpx2的表达(P0.05),而吡格列酮能上调Gpx1、Gpx2的表达(P0.05);(4)H_2O_2上调NADPH氧化酶亚型Nox1、Nox3表达,吡格列酮能下调Nox1、Nox3的表达,差异性均不显著(P0.05),但H_2O_2明显上调NADPH氧化酶亚型Duox2和NOX调节亚基Noxo1的表达水平(P0.05),吡格列酮均能明显抑制Duox2和Noxo1的表达(P0.05)。结果表明:吡格列酮能增加抗氧化酶的表达以及抑制NADPH氧化酶的表达,从而有效调控胚胎内部ROS水平,促进胚胎发育。     

牛PPARγ基因对脂肪细胞增殖分化的影响

取郏县红牛第6和第7肋骨间肌间脂肪组织为试验材料,分离并培养原代前体脂肪细胞。在诱导分化牛前体脂肪细胞过程中,添加终浓度为1μmol/L的吡格列酮对脂肪细胞进行药物干预,上调过氧化物酶体增殖物激活受体γ(peroxisome proliferations actirated receptorγ,PPARγ)基因的表达后,通过MTT检测牛前体脂肪的增殖;油红O提取比色法检测牛前体脂肪细胞分化过程中脂滴的分泌;利用real-time PCR技术检测PPARγ基因表达上调后其他参与脂肪分化相关基因的表达情况。结果显示:吡格列酮药物干预后,PPARγ基因表达明显上调(P0.01);PPARγ基因的表达上调后,牛脂肪细胞的增殖能力下降,分化能力增强;脂肪分化相关基因C/EBPA、SREBP11、FABPA、PLIN1、LPL和IGFBP2的表达量明显上调(P0.05),GATA2和FAS基因的表达量没有发生明显变化。结果表明:PPARγ基因的表达可显著影响脂肪细胞的增殖与分化,可能与肉牛脂肪沉积有一定的关系。     

多浪羊与小尾寒羊皮下脂肪组织转录组分析

旨在探索多浪羊（D组）与小尾寒羊（X组）皮下脂肪组织中的特异性表达基因,并研究其潜在的作用,为理解绵羊脂肪组织发育规律以及对脂代谢相关疾病的预防和治疗研究提供依据。本研究选取脂肪沉积能力存在差异、健康无病、体况良好、种内个体体重相近（约50 kg）的雌性成年多浪羊和小尾寒羊为试验材料,分为D组（试验组）和X组（对照组）,每组3个重复,采集位于背最长肌的皮下脂肪组织,应用RNA-Seq技术和生物信息学方法进行转录组测序并对结果进行分析。以|Fold change|≥2,P adjust≤0.05为标准筛选差异表达基因,通过对差异表达基因进行GO功能注释和KEGG通路富集分析,得到与脂肪沉积和脂代谢有关的差异基因。为了验证测序数据的可靠性,本研究随机选取了6个差异表达基因进行qRT-PCR验证。结果显示,在6个样本中共检测到38 672个已知的mRNAs,新的mRNAs为1 606个,在两组中共有839个差异表达基因,其中有320个差异基因在多浪羊组中上调表达,有519个差异基因在多浪羊组中下调表达。通过GO功能注释分析发现,差异表达基因主要参与脂质分解代谢过程、脂质生物合成过程、脂质分解代谢负调控过程、MAPK级联反应调控、对甘油三酯的反应等生物学过程。KEGG通路富集结果显示,差异表达基因显著富集到了PI3K-Akt、MAPK、胰岛素以及PPAR等信号通路中。qRT-PCR结果与测序结果一致,表明测序结果可靠。通过对多浪羊和小尾寒羊皮下脂肪组织进行转录组测序以及生物信息学分析,筛选到与脂肪沉积和脂代谢相关的差异表达基因,这些基因主要参与脂质生物合成、脂质代谢等过程,其中COL1A1、AKT2、SCD、LPL、PCK1与PPP2R5A可能在多浪羊与小尾寒羊的皮下脂肪组织的沉积与代谢中发挥重要作用。     

基于AMPK通路研究葛根素对猪前体脂肪细胞成脂分化的影响

【目的】 探究葛根素是否通过AMPK通路促进松辽黑猪前体脂肪细胞分化,以期为在饲粮中添加葛根素改善猪肉肉质提供参考。【方法】 待松辽黑猪前体脂肪细胞汇合度达90%时进行为期4 d的诱导分化。诱导分化时,将细胞分为对照组（Con）、葛根素组（Pue）、葛根素+AMPK激活剂AICAR组（AICAR）及葛根素+AMPK抑制剂CompoundC组（CompoundC）,对照组诱导液中不添加葛根素,Pue组添加40 μmol/L葛根素,AICAR组添加40 μmol/L葛根素+500 μmol/L AICAR,CompoundC组添加40 μmol/L葛根素+20 μmol/L CompoundC。诱导分化结束,收集各组细胞,用甘油三酯（TG）酶法检测细胞中甘油三酯浓度;实时荧光定量PCR检测AMPK各亚基以及成脂分化相关基因的表达水平;用Western blotting检测过氧化物酶体增殖物激活受体γ（PPARγ）、AMP依赖的蛋白激酶（AMPK）、p-AMPK （Thr-172）、乙酰辅酶A羧化酶（ACC）的蛋白表达水平;通过Autodock Vina 1.20对葛根素、AMPKα亚基做分子对接预测。【结果】 甘油三酯测定结果显示,与Con组相比,Pue组甘油三酯浓度显著增加（P<0.05）;与Pue组相比,AICAR组甘油三酯浓度显著降低（P<0.05）。实时荧光定量PCR结果显示,与Con组相比,Pue组PPKAG2、PPKAB1、PPKAB2、PPKAA1、PGC-1α表达量均显著降低（P<0.05）,Pue组C/EBPα、PPARγ、ACC表达量均显著增加（P<0.05）;与Pue组相比,AICAR组PPKAG1、PPKAG2、PPKAB1、PPKAB2、PPKAA1表达量显著增加（P<0.05）,AICAR组C/EBPα、PPARγ、ACC表达量均显著降低（P<0.05）,CompoundC组PPKAG1、PPKAG2、PPKAB2表达量均显著降低（P<0.05）,CompoundC组C/EBPα、ACC表达量均显著增加（P<0.05）。Western blotting结果显示,与Con组相比,Pue组PPARγ、ACC蛋白表达量显著增加（P<0.05）,AMPK、p-AMPK蛋白表达量显著下降（P<0.05）,且p-AMPK/AMPK显著下降（P<0.05）;与Pue组相比,AICAR组PPARγ、ACC蛋白表达量显著下降（P<0.05）,AMPK、p-AMPK蛋白表达量显著增加（P<0.05）,CompoundC组PPARγ、ACC蛋白表达量显著增加（P<0.05）,AMPK、p-AMPK蛋白表达量及p-AMPK/AMPK显著下降（P<0.05）。【结论】 40 μmol/L葛根素能够显著增加脂肪细胞中甘油三酯含量,显著上调成脂分化基因PPARγ、C/EBPα、ACC的表达量,显著下调AMPK各亚基的表达量,AMPK激活剂AIRCR可显著抑制葛根素的作用,说明葛根素可通过抑制AMPK通路调节松辽黑猪前体脂肪细胞成脂分化。     

不同浓度油酸对延边牛骨骼肌卫星细胞成脂转分化的影响

试验旨在探究油酸对延边牛骨骼肌卫星细胞成脂转分化的影响。试验设1个空白对照组（CON）和3个油酸（OA）诱导组：50、100、200 μmol/L油酸组（OAL、OAM、OAH）。油酸诱导96 h后,通过测定细胞大小及活力评估油酸对细胞的影响。通过油红O染色和测定甘油三酯来验证脂滴的形成,通过实时荧光定量PCR测定相关成肌成脂基因的表达水平来验证脂肪细胞的生成。结果显示,与对照组相比,添加油酸后,延边牛骨骼肌卫星细胞内有脂滴生成,并且脂滴形成量、甘油三酯累积量与油酸呈剂量依赖关系;实时荧光定量PCR测定结果表明,成肌相关因子Pax3、MyoD显著下调（P<0.05）,成脂相关因子C/EBPβ、PPARγ显著上调（P<0.05）,脂肪酸代谢相关因子SCD显著下调（P<0.05）,PLIN2基因显著上调（P<0.05）。综合上述试验结果,用油酸诱导处理延边牛骨骼肌卫星细胞可促进细胞的成脂转分化。     

基于RNA-Seq数据分析葡萄糖诱导绵羊卵泡颗粒细胞衰老的差异表达基因

【目的】 探讨葡萄糖对绵羊卵泡颗粒细胞衰老及其基因表达的影响。【方法】 将原代分离培养的绵羊卵泡颗粒细胞分别用含17.5(H组)和2 mmol/L(L组)葡萄糖的培养基进行体外培养, 细胞处理72 h后, 利用β-半乳糖苷酶染色检测细胞衰老, 采用RNA-Seq技术进行转录组测序, 对差异表达基因进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析, 并用实时荧光定量PCR验证锚定蛋白重复域蛋白1(ANKRD1)、白细胞介素8(IL-8)、催产素(OXT)、烟酰胺腺嘌呤二核苷酸磷酸氧化酶4(NOX4)基因的表达量。【结果】 H组β-半乳糖苷酶染色阳性细胞率极显著高于L组(P<0.01)。转录组测序结果显示, 两组间存在401个差异表达基因, 其中上调基因153个, 下调基因248个, 高糖诱导的细胞异常相关基因9个, 细胞周期相关基因6个。GO功能富集分析发现, 差异表达基因参与了细胞过程、生物调节、代谢过程、多细胞生物过程及细胞运动等生物过程, 在细胞成分上主要富集在胞外区、膜、突触、细胞器及超分子复合体等, 在分子功能主要富集在催化活性、整合、转运活性、分子功能调节剂及结构分子活性等。KEGG信号通路富集分析发现, 差异表达基因主要富集在糖尿病并发症中的晚期糖基化产物(AGE)-晚期糖基化终末产物受体(RAGE)信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、过氧化物酶体增殖物激活受体(PPAR)信号通路等。实时荧光定量PCR结果表明, 与L组相比, H组IL-8基因表达水平极显著上调(P<0.01), ANKRD1基因表达水平显著上调(P<0.05), OXT基因表达水平极显著下调(P<0.01), NOX4基因表达量呈上升趋势, 但差异不显著(P>0.05), 实时荧光定量PCR结果与转录组测序结果一致。【结论】 17.5 mmol/L葡萄糖可诱导绵羊卵泡颗粒细胞衰老及衰老相关基因表达变化, 为葡萄糖诱导颗粒细胞衰老的功能和分子机制提供了依据。     

The influence of dexamethasone and insulin on expression of CCAAT/enhancer binding protein isoforms during preadipocyte differentiation in porcine stromal-vascular cell cultures: evidence for very early expression of C/EBPalpha

Expression of CAAT/enhancer binding protein (C/EBP) isoforms was examined in primary cultures of adipose tissue stromal vascular (S-V) cells before and during preadipocyte differentiation. Immunocytochemistry showed that the proportions and numbers of C/EBPalpha-, C/EBPbeta-, and C/EBPdelta-reactive cells were maximized after seeding and plating from d 0 to 3 in fetal bovine serum (FBS). However, there were few preadipocytes (AD-3+) and fewer cells with lipid and the number of C/EBPalpha-reactive cells clearly exceeded the number of preadipocytes. Seeding and plating in dexamethasone (DEX) + FBS from d 0 to 3 markedly increased the proportions and numbers of preadipocytes and C/EBPalpha-reactive cells compared to seeding and plating in FBS, d 0 to 3. The number of C/EBPalpha- and C/EBPbeta-reactive cells and preadipocyte reactivity for C/EBPbeta decreased with insulin or DEX treatment, d 3 to 6, following FBS, d 0 to 3. However, insulin + DEX treatment, d 3 to 6, maintained the number of C/EBPalpha-reactive cells and either maintained or increased preadipocyte reactivity for C/EBPalpha and C/EBPbeta. DEX and DEX + insulin treatment induced recruitment of a similar number of preadipocytes, but preadipocytes were not reactive for C/EBPalpha and C/EBPbeta in DEX-treated cultures. The number of C/EBPdelta reactive cells did not change from d 3 to 6 and was not influenced by hormone treatment. After DEX + FBS, d 0 to 3, the high numbers of C/EBPalpha-reactive cells and preadipocytes were maintained by insulin treatment alone. Western blot analysis for C/EBPalpha confirmed the immunocytochemical results. Double staining demonstrated that expression of C/EBPalpha protein was maximized before or at the onset of lipid accretion, whereas expression of C/EBPbeta protein was correlated with lipid accretion. These results indicate that coupling or integration of preadipocyte recruitment with C/EBPalpha expression may be a critical step in glucocorticoid-induced adipogenesis.     

C型产气荚膜梭菌外毒素致小鼠肠道损伤的转录组分析

旨在探索产气荚膜梭菌外毒素造成机体炎性损伤及免疫调控紊乱的毒性机制,为产气荚膜梭菌病的致病机理研究提供理论基础。将C型产气荚膜梭菌强毒株C59-2培养上清腹腔注射BALB/c小鼠,采集小肠样本进行转录组测序,筛选差异表达基因,并对其进行GO功能注释和KEGG通路富集分析。结果显示,共获得40.99 Gb有效碱基,筛选后共得到795个差异表达基因,其中,229个基因表达上调,566个基因表达下调,对随机选取的10个基因进行q-PCR验证,其相对表达量与转录表达谱一致。GO功能注释主要涉及G蛋白偶联核苷酸受体活性和G蛋白偶联嘌呤核苷酸受体活性等。KEGG通路富集分析发现,主要富集在TNF信号通路、IL-17信号通路、p53信号通路、FOXO信号通路、Toll样受体信号通路、NF-κB信号通路等。产气荚膜梭菌外泌毒素侵入机体,会激活TNF等炎性信号通路,进而造成肠道发生炎性损伤甚至坏死。     

羊源D型多杀性巴氏杆菌感染小鼠脾脏转录组分析

试验旨在探索羊源D型多杀性巴氏杆菌入侵宿主脾脏组织中引发的免疫应答途径。首先利用羊源D型多杀性巴氏杆菌(HN01菌株)感染小鼠,建立羊源D型多杀性巴氏杆菌感染的动物模型;之后利用转录组测序技术获得感染小鼠与正常小鼠的脾脏转录组数据,并使用COG、KOG、eggNOG、GO、KEGG数据库对测序结果中的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)进行功能注释与分析,同时对于显著富集到关键免疫通路的差异表达基因使用STRING软件和KEGG mapper进行蛋白互作分析,筛选出核心通路中起关键作用的基因;最后选取关键的10个基因进行实时荧光定量RT-PCR验证。转录组分析结果显示,与正常组相比,感染组中筛选出3 380个差异表达基因(P<0.01,log₂|FoldChange|≥0.5),其中1 691个基因上调,1 689个下调。基因功能富集分析结果表明,感染组脾脏中的差异表达基因主要发挥信号转导的功能,其主要参与的生物途径包括细胞因子与细胞因子受体互作通路、趋化因子信号通路、HIF-1信号通路、TNF信号通路。蛋白互作分析筛选出约28个核心差异表达基因,结合实时荧光定量RT-PCR验证后,其中9个基因的表达结果与测序一致,分别是C3、Cd4、Cxcl13、Lck、Gnai1、Grap2、IL-6、Cxcr6及Serping1基因。本研究初步证明了脾脏在抵抗多杀性巴氏杆菌入侵中参与了一系列免疫应答反应,为进一步研究羊源D型多杀性巴氏杆菌与宿主之间相互作用的分子机制奠定理论基础。     

藏鸡与白羽肉鸡垂体转录组差异表达研究

试验旨在通过对藏鸡和白羽肉鸡垂体转录组测序和生物信息学分析,筛选出与鸡生长发育相关的差异表达基因（differentially expression genes,DEGs）及信号通路。本研究选用42日龄健康藏鸡和白羽肉鸡各3只,分别采集垂体组织利用Illumina HiSeq 2000平台进行转录组mRNA测序,对筛选到的DEGs筛选DEGs,GO和KEGG数据库功能注释和富集分析,实时荧光定量PCR验证随机挑选的DEGs表达水平。结果显示,藏鸡和白羽肉鸡分别获得126 094 302和125 666 442条clean reads。与白羽肉鸡相比,藏鸡垂体组织中共有DEGs 392个,其中196个为上调基因,196个为下调基因（P<0.05）,其中包括生长激素（GH）基因、生长激素释放激素受体（GHRHR）基因和胰岛素样生长因子2 mRNA结合蛋白1（IGF2BP1）基因。GO和KEGG富集分析发现,DEGs显著富集于细胞黏附分子信号通路和神经活性配体-受体相互作用信号通路等细胞通讯相关的信号通路,GH、GHRHR和IGF2BP1基因也显著富集于神经活性配体-受体相互作用信号通路。实时荧光定量PCR结果显示,转录组测序结果准确可靠。综上研究,本研究初步揭示了影响藏鸡和白羽肉鸡生长发育速度差异的关键候选基因和信号通路,为了解鸡垂体组织调节生长发育的分子机制提供了理论依据。     

丹参多糖抑制氟苯尼考致肉鸡肝脏损伤的分子机制研究

本试验旨在探究丹参多糖缓解氟苯尼考致肉鸡肝脏损伤的转录组学靶点与通路。将30只1日龄肉鸡随机平均分成3组：空白对照组（LA组）饲喂自来水、氟苯尼考造模组（LB组）给予含0.15 g/L氟苯尼考的自来水、丹参多糖治疗组（LC组）给予含0.15 g/L氟苯尼考和5 g/L丹参多糖的自来水。从1日龄开始,连续给药5 d。于第6天各组分别随机取3只鸡,处死,无菌摘取其肝脏组织。肝脏组织经过RNA抽提、纯化和建库后,采用IlluminaHiSeq测序平台,对这些文库进行双末端测序。然后对原始下机数据进行过滤,将过滤后得到的高质量序列比对到该物种的参考基因组上。根据比对结果,计算每个基因的表达量。分别构建3组肉鸡肝脏的数字化基因表达谱（DGE）文库,比较DGE文库的差异表达基因,寻找基因表达差异最显著的关键基因,并进行GO功能注释、KEGG通路分析。结果显示：LA vs LB、LA vs LC及LB vs LC比较组分别筛选出1 989（上调基因495个,下调基因1 494个）、1 278（上调基因344个,下调基因934个）、380个（上调基因165个,下调基因215个）表达差异显著的基因。LA vs LB、LA vs LC及LB vs LC比较组差异表达基因的GO功能注释主要归类为生物过程和细胞组成两个分支。KEGG通路分析结果表明,LA vs LB的差异表达的基因主要富集到药物代谢-细胞色素P450,细胞外基质（ECM）受体相互作用、细胞因子与细胞因子受体的相互作用、细胞色素P450对异生物的代谢,谷胱甘肽代谢,过氧化物酶体增殖物激活受体（PPAR）信号通路,甘氨酸、丝氨酸和苏氨酸代谢,丙氨酸、天冬氨酸和谷氨酸代谢等通路。LB vs LC差异表达的基因主要富集到药物代谢-细胞色素P450和甘氨酸、丝氨酸和苏氨酸代谢及PPAR信号通路等。丹参多糖可通过调节与细胞色素P450代谢通路有关的细胞色素P450 3A4酶（CYP3A4）、细胞色素P450 2C23b酶（CYP2C23b）、谷胱甘肽S-转移酶（GSTA3）、类谷胱甘肽S-转移酶α2（GSTAL2）等mRNA的表达以及与PPAR信号通路有关的脂肪酸结合蛋白1（FABP1）和长链脂肪酸辅酶A连接酶（ACSBG2）等mRNA的表达,从而抑制氟苯尼考产生的有害代谢产物,促进肝脏脂质的正常代谢,进而缓解氟苯尼考引起的肝脏损伤。     

APAP急性肝损伤小鼠肝脏组织转录组RNA-seq及相关信号通路分析

[目的]筛选与对乙酰氨基酚（acetaminophen,APAP）诱导的急性肝损伤发生发展相关的基因和关键信号通路。[方法]建立C57BL/6J小鼠APAP急性肝损伤模型。构建正常小鼠肝脏组织样本和APAP急性肝损伤小鼠损伤后第2天肝脏组织样本的2个cDNA文库,进行转录组测序。对获得的转录组测序数据进行组装及功能注释。使用DESeq R包（1.10.0）分析具有生物学重复的差异基因的表达,利用KOBAS软件确定KEGG信号通路中差异表达基因的静态富集。[结果]APAP急性肝损伤小鼠损伤后第2天与正常小鼠肝脏组织转录组相比,共有7 270个DEGs,包括3 707个显著（P<0.05）上调表达基因和3 563个显著（P<0.05）下调表达基因。在所有显著上调表达基因中,表达量变化幅度较大的是Col1a1、Gsta1、S100a6基因;在所有显著下调表达基因中,差异表达量位于前3位的基因是Slc1a2、Glul、Acaa1b。共有2 515个DEGs在316个不同的KEGG通路中富集,显著上调表达基因富集的信号通路主要是趋化因子信号通路、B细胞受体信号通路、NOD样受体信号通路、ECM受体相互作用信号通路等免疫和炎症相关信号通路,显著下调表达基因富集的信号通路主要是氧化磷酸化、脂肪酸降解、脂肪酸代谢、碳代谢等合成代谢信号通路。[结论]在APAP急性肝损伤过程中涉及多个信号通路的参与,趋化因子信号通路和ECM受体交互作用信号通路可能是急性损伤期中发挥主要作用的信号通路。     

Expression of leptin mRNA and CCAAT-enhancer binding proteins in response to insulin deprivation during preadipocyte differentiation in primary cultures of porcine stromal-vascular cells

The aim of this study was to examine the correlation between CCAAT-enhancer binding proteins (C/EBPs) and leptin gene expression in response to insulin deprivation in preadipocytes and adipocytes. Adipose tissue from 7 d-old pigs was digested enzymatically and stromal-vascular (S-V) cells were seeded and plated for 3 d in fetal bovine serum (FBS) with dexamethasone (DEX) followed by 6 d (Days 3–9) in serum-free medium with insulin (850 nM or 10 nM), transferrin, and selenium. During FBS+DEX treatment (Days 0–3) a large number of preadipocytes develop with no lipid accretion. In contrast, preadipocyte number does not change with lipid accretion during insulin treatment (Days 3–9). Total RNA and cells were harvested from S-V cultures after periods with and without insulin after FBS+DEX. Northern-blotting and Western blot analysis were used to study leptin mRNA and C/EBP protein expression in cultures, respectively. Insulin deprivation from Days 3–4 reduced leptin mRNA and C/EBP- protein expression. Treatment with 850 nM or 10 nM insulin from Days 3–9 induced leptin mRNA and C/EBP- expression at a similar level. In cultures treated with 10 nM insulin from Days 3–7, leptin and C/EBP- expression were reduced markedly by insulin deprivation from Days 7–9, but were restored by insulin treatment for 6 hr before harvesting. The restoration of leptin expression by insulin was blocked by cycloheximide treatment. However, C/EBP-β protein levels did not change regardless of insulin deprivation. Insulin deprivation from Days 7–9 in cultures treated with 850 nM insulin from Days 3–7 did not influence C/EBP- or leptin mRNA expression, whereas C/EBP- and leptin expression were reduced after treating these cultures with 1.5 uM okadaic acid for 45 min before harvesting on Day 9. However, cycloheximide treatment for 6 hr before harvesting did not reduce leptin mRNA expression. These results suggest that 1) leptin expression is positively correlated with C/EBP- expression, and 2) the maintenance of leptin expression after insulin deprivation in 850 nM insulin-treated cultures on Day 9 may be associated with the presence of C/EBP- expression and/or activation.     

不同生理阶段边鸡卵巢转录谱的构建及卵泡发育相关基因的分析

本研究通过分析不同生理阶段边鸡卵巢转录表达谱,旨在找出与卵泡发育相关的基因并进行验证,以揭示边鸡就巢性强的遗传机制.构建代表不同生理期即70日龄(70 d,卵巢发育期)、165日龄(165 d,开产期)、220日龄(220 d,产蛋高峰期)和330日龄(330 d,就巢期)的边鸡卵巢基因表达谱,用转录组表达定量(RSE...     

基于HS-SPME-GC-MS和OPLS-DA模型探究不同嫩度驴肉的关键挥发性物质成分差异

旨在检测驴肉挥发性物质成分,探究与广灵驴嫩度相关的关键差异风味物质并解析关键挥发性物质与嫩度基因之间的功能与联系。本研究选用30头生长环境和饲养条件相同、年龄相近的雌性广灵驴为研究对象,进行剪切力和肌内脂肪的测定并依据含量差异将其分为高嫩度组(HT,n=4)和低嫩度组(LT,n=4)。通过HS-SPME-GC-MS技术检测广灵驴背最长肌挥发性物质成分,利用香气活性值(odor activity value,OAV)筛选驴肉关键风味物质,并结合多元统计分析方法获得变量重要性投影(variable importance in the projection,VIP)筛选与嫩度相关的关键差异风味物质,后基于Pearson系数与转录组学进行联合分析,寻找出驴肉嫩度关键风味物质与差异基因之间的联系。结果,在广灵驴背最长肌中共鉴定出41种挥发性物质,包括醇类、醛类、烃类、酮类、酯类以及2种其他物质。通过OAV筛选出13种关键风味物质,发现影响驴肉的主要挥发性物质和贡献者是醛类。通过VIP和OAV值筛选出1-辛烯-3-醇、1-辛醇以及月桂醛既是嫩度的差异物质又是对驴肉风味有贡献的关键风味物质。利用Pearson系数筛选与关键风味物质相关的差异基因并对其进行KEGG功能分析,发现1-辛烯-3-醇的相关基因主要富集在果糖和甘露糖代谢、糖酵解/糖异生、胰高血糖素信号通路等;1-辛醇相关基因主要富集在胰岛素信号通路、丁酸代谢、Ⅱ型糖尿病、多种脂肪细胞因子信号通路等;月桂醛相关基因则多富集在次生代谢物的生物合成、胰岛素信号通路、糖酵解/糖异生、戊糖磷酸途径等。这些通路可能参与了驴肉关键风味物质1-辛烯-3-醇、1-辛醇以及月桂醛的形成。本研究利用SPME-GC-MS技术检测了驴肉的风味挥发性物质并分析了驴肉不同嫩度风味差异,筛选出1-辛烯-3-醇、1-辛醇和月桂醛3种嫩度差异物质和关键风味物质。KEGG富集结果分析发现,酵解/糖异生、胰高血糖素信号通路、PPAR信号通路、果糖和甘露糖代谢、MAPK信号通路等可能参与了1-辛烯-3-醇、1-辛醇和月桂醛3的形成,这些都为广灵驴肉质嫩度和风味的分子改良与育种提供新的方向。