荣昌猪自细胞介素-6基因的克隆与序列分析

根据GenBank收录的猪白细胞介素-6（PIL-6）设计1对特异性引物，经刀豆蛋白素A（Co—nA）诱导猪淋巴细胞并提取总RNA，用1it—PCR方法扩增出荣昌猪IL-6的cDNA。将扩增基因连接到PMD18-T质粒上，经酶切鉴定和序列测定证明该序列是PIL-6。序列分析结果表明：该基因cDNA全长741bp，开放阅读框由639个核苷酸组成，推测产生的编码产物由212个氨基酸组成。核酸序列分析比对发现：荣昌猪IL-6与GenBank已发表的IL-6序列的同源性较高，为99．8％。100％，氨基酸的同源性为99．5％-100％。对荣昌猪IL-6基因氨基酸的亲水性和蛋白表面可能性进行分析，表明其与IL-6基因氨基酸序列性质一致。     

荣昌猪白细胞介素-2和白细胞介素-4基因的克隆与序列分析

将荣昌猪外周血淋巴细胞在刀豆素A(ConA)的刺激下培养24~70 h后,提取总RNA,应用RT-PCR技术扩增白细胞介素-2(IL-2)和白细胞介素-4(IL-4)cDNA,克隆到pMD18-T载体并测序。结果表明:克隆的IL-2 cDNA全长为522个碱基,ORF为465个碱基,编码154个氨基酸,与GenBank公布的猪IL-2比对同源性均为99.8%;克隆的IL-4 cDNA全长411个碱基,ORF为402个碱基,编码133个氨基酸,与GenBank公布的猪IL-4比对同源性均在98.0%以上,从而证实成功克隆了荣昌猪IL-2和IL-4基因cDNA。     

猪GPR54基因克隆与序列分析

从苏姜猪的下丘脑中提取组织总RNA,根据GenBank中猪GPR54 mRNA全序列设计引物,用反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)进行cD-NA扩增,获得一条528 bp的片段,克隆于pGEM-TEasy载体后进行测序,并进行序列分析。结果表明:该片段为GPR54基因的cDNA,它由528个核苷酸组成,编码172个氨基酸,分子量为18.714 ku,经序列分析显示,猪GPR54基因序列与其他物种间同源性低,但种内同源性比较高,该序列和已发表猪的基因序列同源性100%。     

猪白细胞介素-15基因的克隆及生物信息学分析

参照GenBank登录的猪白细胞介素-15(IL-15)基因序列自行设计1对特异性引物，运用RT PCR技术从由刀豆蛋白A(ConA)诱导培养的荣昌猪外周血淋巴细胞扩增出猪IL-15基因的完整CDS序列，全长489 bp。同源比对结果表明，荣昌猪IL-15基因与已公布的2个猪种IL-15基因核苷酸同源性均为99.4%,与哺乳动物的同源性较高，与鸡的同源性较低。密码子偏爱性分析显示，荣昌猪IL-15基因在密码子使用上存在一定的偏爱性；分子进化分析结果表明其与人及哺乳动物IL-15基因的进化关系较近，而与禽类鸡的IL-15基因进化距离较远；结构域预测分析显示其与人的IL-15存在很大的相似性，可能在功能上有相似性。     

猪IP-10蛋白真核表达载体的构建

根据GenBank上发表的猪IP-10蛋白的核苷酸序列设计并合成1对特异性引物,采用RT-PCR方法扩增出目的片段,将扩增产物连接到表达载体pcDNA3.1上,进行序列测定和分析。结果表明,所克隆的目的基因的核苷酸长为312bp,共编码104个氨基酸。该基因片段与已发表的猪IP-10蛋白基因核苷酸序列同源性为100%,氨基酸同源性为100%。本试验为重组猪IP-10蛋白的生产及功能研究奠定了基础。     

猪葡萄球菌EXHC、SHETA基因的克隆、序列分析及蛋白结构预测

为分析猪葡萄球菌脱落毒素EXHC和SHETA基因结构并预测其所编码蛋白的结构和功能,本试验根据GenBank已报道的猪葡萄球菌脱落毒素EXHC和SHETA基因序列分别设计了1对特异性引物,从猪葡萄球菌GDZC株中扩增获得EXHC和SHETA基因片段,大小分别为1007和971 bp。序列分析结果表明,EXHC基因与猪葡萄球菌丹麦分离株(GenBank登录号:AF515455)及猪源松鼠葡萄球菌河北分离株(GenBank登录号:JF755400)的核苷酸序列、氨基酸序列同源性均为100.0%,而与其他葡萄球菌脱落毒素基因的核苷酸、氨基酸序列同源性分别为3.3%~53.9%和7.9%~44.2%。SHETA基因与日本分离株(GenBank登录号:AB036768)的核苷酸序列同源性为96.2%,氨基酸序列同源性为98.4%,在保守区共有31个碱基发生突变。利用DNAStar软件对EXHC和SHETA蛋白结构进行分析,结果显示EXHC基因编码的蛋白为亲水性蛋白,SHETA基因编码蛋白为疏水性蛋白,抗原性较差。本研究从猪葡萄球菌GDZC株中成功扩增获得EXHC和SHETA基因片段并对其编码的蛋白结构进行了预测,证实了中国分离的猪葡萄球菌同时携带有EXHC和SHETA 2种毒素基因,为进一步研究猪葡萄球菌的致病机理及毒素之间的相互作用提供了理论依据。     

杂交猪IL-2和IL-6全基因克隆及序列分析

为研究杂交猪白细胞介素2(IL-2)和白细胞介素6(IL-6)在机体免疫应答中的作用,将杂交猪外周血淋巴细胞在伴刀豆球蛋白A(Con A)的刺激下进行体外培养后,提取淋巴细胞总RNA,应用RT-PCR技术扩增出杂交猪淋巴细胞IL-2和IL-6的cDNA,克隆到pMD18-T载体上并测序.测序结果表明:杂交猪IL-2基因核苷酸序列与参考序列的同源性为100%;IL-6基因核苷酸序列与GenBank登录的参考序列的核苷酸同源性在99.8%～100%之间,推导氨基酸同源性在99.1%～100%之间.     

杂交猪白细胞介素-18全基因的克隆与序列分析

通过RT-PCR方法直接从猪脾脏淋巴细胞中扩增出猪白细胞介素-18(IL-18)全基因的cDNA,其大小为579bp,编码192个氨基酸。与GenBank上已发表猪IL-18序列(ABO10003)进行比较,核苷酸同源性为99.8%,在第550位处(以ATG为1计)由A→G,存在有意义突变。与GenBank上的ABO10003、AF176949、AY262109、NM1997序列进行比较分析,氨基酸同源性分别为99%,98.5%,99.8%和99%。从系统进化树可以看出,河南良杂猪IL-18基因与ABO10003、AY262109亲缘关系最近。河南良杂猪IL-18基因和人及其他动物IL-18基因核苷酸序列进行比较分析,结果显示猪与人、猫、牛、鸡、鸭、海豚、山羊、马、家鼠、老鼠、绵羊的IL-18基因核苷酸同源性分别为83.1%、88.3%、90.7%、26.8%、31.4%、26.3%、90.0%、91.5%、67.7%、65.1%和90.8%。     

应用巢式PCR检测猪戊型肝炎病毒核酸及其序列分析

根据GenBank注册的AJ272108等序列,利用Oligo6应用软件设计内外2对引物,采用RT-PCR技术时本实验室分离的猪戊型肝炎病毒进行探索性扩增,并对测定的序列进行分析,结果用套式引物扩增出了目的条带,序列·分析表明该序列属于基因Ⅳ型,并与其核苷酸同源性在85.6%～94.8%之间,氨基酸同源性在99.1%～100%之间.而与基因Ⅲ型核苷酸同源性最低,与基因Ⅱ型氨基酸同源性最低.     

固始鸭白细胞介素-18全基因克隆与分子进化分析

根据GenBank发表的鸭IL-18cDNA基因序列设计、合成一对引物,应用RT-PCR技术,无需用非特异性免疫原如PHA等刺激脾淋巴细胞,直接提取脾淋巴细胞总RNA,扩增固始鸭IL-18基因,并克隆、测序。测序结果表明固始鸭IL-18基因全序列为610bp,包含1个完整阅读框,编码1条由200个氨基酸残基组成的多肽。序列分析发现,固始鸭IL-18基因与GenBank中两条鸭IL-18基因(AF336122和DQ490137)核苷酸同源性分别为98.8%、99.8%,与AF336122有5个碱基发生非同义变异,2个碱基为同义变异,氨基酸同源性为97.5%,与DQ490137有一个碱基发生非同义变异,氨基酸同源性为99.5%。固始鸭IL-18前体蛋白第30位谷氨酸处有一个IL-1β转换酶的caspase-1切割位点及在人和其他动物中已证实的IL-1标签序列,推测鸭IL-18成熟蛋白由170个氨基酸组成。固始鸭与人和其他动物的IL-18基因进化分析表明,IL-18基因存在着种的多样性,且亲缘关系越近,同源性越高。     

鸡白介素17A的克隆表达及活性测定

从经人工感染柔嫩艾美尔球虫孢子化卵囊(1×104个/只鸡)的盲肠上皮间淋巴细胞(IELs)提取总RNA,用RT-PCR方法成功扩增了鸡白介素17A(IL-17A)基因,测序结果显示,开放阅读框为453bp,编码150个氨基酸,与GenBank上鸡IL-17A基因(AM773756)的核苷酸和氨基酸序列完全一致(100%),与报道的哺乳动物IL-17A的氨基酸相似性达37%～46%。构建的pGEX-6p1-chIL-17A原核表达载体经1mmol/L IPTG诱导后表达出43kDa左右的融合蛋白,与预期大小一致,且Western-blot鉴定表达产物为目的蛋白。功能试验表明,表达的重组鸡IL-17A能够刺激鸡胚成纤维细胞产生IL-6。这些结果表明,鸡IL-17A在结构和功能方面与哺乳动物的IL-17A都有一定的相似性,可能在鸡的免疫应答过程中起到重要的作用。     

荣昌猪白细胞介素-2受体γ链基因克隆、表达与鉴定

运用RT-PCR技术从由刀豆蛋白(ConA)诱导培养的荣昌猪外周血单核淋巴细胞(PBMC)扩增出猪白细胞介素-2受体γ链基因的完整开放阅读框(ORF),长约1 107 bp,编码由368个氨基酸残基组成的相对分子质量为41 780的蛋白多肽.荣昌猪IL-2Rγ与人、猕猴、牛、犬、鼠在氨基酸水平上的同源性分别为81.6%,80.8%,85.1%,83.2%和68.8%.运用PCR技术从含荣昌猪IL-2Rγ,开放阅读框序列质粒中扩增其成熟蛋白编码基因,共1 020 bp.将其定向克隆于原核表达载体pET-32a(+)后在E.coli BL21中诱导表达,SDS-PAGE结果显示表达的融合蛋白约为52 000,重组蛋白以包涵体的形式表达,表达产物约占茵体总蛋白的37.6%;Western-blotting分析表明,在相对分子质量52 000处有一奈特异性的带;对γ诱导重组茵进行转录检测得到约1 020 bp的特异性片段.     

牦牛IL-4基因的克隆及其遗传演化关系分析

克隆牦牛白细胞介素-4（IL～4）基因,并对其进行遗传演化分析。从刀豆素（ConA）和脂多糖（LPS）联合刺激培养的牦牛外周血淋巴细胞提取总RNA．利用RT—PCR方法扩增牦牛IL-4全长cDNA,将其克隆到pMD18～T载体上,测序后进行序列分析。成功克隆到牦牛IL-4基因全序列,序列分析表明,克隆的牦牛IL-4基因序列与GenBank所登录的牛IL-4核苷酸序列及推导的氨基酸序列的同源性分别这99．8％和100％,与人、猕猴、猪、山羊、马等物种的核苷酸及其推导氨基酸序列的同源性分别在44．4％～96．3％和27．4％～91．1％之间。在国内首次成功地从牦牛外周血淋巴细胞中克隆到IL-4的基因,其ORF为408bp,推导编码135个氨基酸。     

Molecular cloning, sequencing, and expression of equine interleukin-6

Equine interleukin-6 (IL-6) cDNA was amplified from mitogen-stimulated equine peripheral blood mononuclear cells (PBMC) using consensus sequence primers. The 727bp amplified cDNA contains the entire coding region for equine IL-6 and includes 118 bases in the 3' non-translated region. The coding sequence translates to a protein of 208 amino acids with a predicted 28 amino acid leader sequence. The mature protein of 180 amino acids has a predicted molecular mass of 20471Da without post-translational modifications. The amino acid sequence of equine IL-6 displays between 46 and 84% similarity to other mammalian IL-6 sequences. Expression of equine IL-6 in Chinese hamster ovary (CHO) cells yielded a supernatant that supported the proliferation of B9 cells in a dose-dependent manner. Treatment of B9 cells with an anti-IL-6 receptor antibody ablated the response to the recombinant equine IL-6.     

新城疫病毒贵州不同鸡源分离株F基因的克隆与序列分析

应用PCR技术扩增NDV贵州不同鸡源分离株,包括肉鸡源P1株与BY株、蛋鸡源H2株与FW株、七彩山鸡源N98株和越南斗鸡源DQ株的F蛋白基因,将该基因片段分别进行克隆和测序,并与国内外NDV参考株的对应序列进行比较分析。结果表明:6株NDV贵州不同鸡源分离株的F基因长度均为1 662 bp,编码553个氨基酸;分离株间核苷酸同源性为86.9%~99.7%,氨基酸同源性为91.0%~99.3%;与国内外NDV代表株(LaSota株、B1株、F48E9株、CH2000株和TW 2000株)的核苷酸同源性为84.0%~98.9%,氨基酸同源性为87.2%~98.6%;经系统发育进化树分析,DQ株、N98株、P1株和H2株为基因VIId型,而BY株和FW株为基因IX型。这些结果提示贵州省不同鸡群间存在相同NDV毒株感染的可能性,不同年份间NDV毒株发生基因型改变,而近年来贵州省流行的ND疫情主要是由NDV基因VII型引起。     

NaCl胁迫下拟南芥Na+/H+逆向转运蛋白基因(AtNHX1)的克隆及序列分析

以NaCl胁迫处理的拟南芥幼苗叶片为材料,用TRIzol一步法RNA提取试剂盒抽提总RNA,通过RT-PCR方法和DNA序列测定,证实获得了拟南芥Na /H 逆向转运蛋白基因(AtNHX1)的cDNA克隆.该cDNA全长1 617 bp,包括538个氨基酸编码区和1个终止密码,具有多个物种Na /H 逆向转运蛋白基因的高度保守序列氨氯砒嗪脒(amiloride)的结合位点(LFFIYLLPPI).序列同源性分析结果显示,该cDNA片段与原序列的同源性高达99.75%,与同科芸薹属油菜的同源性为89.00%,但与不同科植物的同源性较低,仅为60%～70%,表明该基因在进化上存在多样性,但它们都具有氨氯砒嗪脒结合位点,对Na 具有高度专一性,对植物的耐盐性起着重要作用.     

Cloning and phylogenetic analysis of Interleukin-6 (IL-6) and tumor necrosis factor-α (TNF-α) from Indian dromedaries (Camelus dromedarius)

The cDNAs of two proinflammatory cytokines viz., IL-6 and TNF-α from dromedarian camels were amplified by PCR using bactrian camel sequences and subsequently cloned for sequence analysis. Relationship based on amino acid revealed that dromedarian camel IL-6 shared 99.5% identity both at nucleotide and amino acid level with bactrian camel IL-6 and in case of TNF-α, the identity of dromedarian camel was 99.4% and 99.1% at nucleotide and amino acid level, respectively with that of bactrian camel. Phylogenetic analysis based on their amino acid sequences indicated the close relationship in these cytokine genes between dromedarian camel and other members of camelids.     

Cloning and sequence analysis of IL-2, IL-4 and IFN-γ from Indian Dromedary camels (Camelus dromedarius)

The cDNAs of three cytokines, viz., IL-2, IL-4 and IFN-γ from Dromedary camels were amplified by PCR using Bactrian camel sequences and subsequently cloned for sequence analysis. Relationship based on amino acid sequences revealed that Dromedary camel IL-2 shared 99.5% and 99.3% identity at the nucleotide and amino acid levels with Bactrian camel IL-2. In the case of IL-4, the identity of Dromedary camel was 99.7% and 99.2% at the nucleotide and amino acid levels, respectively with that of Bactrian camel. The Dromedary camel IFN-γ shared 100% identity both at nucleotide and amino acid levels with Bactrian camel IFN-γ. Phylogenetic analysis based on amino acid sequences indicated the close relationship in these cytokine genes between the Dromedary camel and other camelids.     

Structural and functional homology among chicken, duck, goose, turkey and pigeon interleukin-8 proteins

Interleukin (IL)-8-encoding regions of five avian species were cloned, sequenced and characterized. Each IL-8-encoding region is 312 nucleotides long and encodes IL-8 which is 103 amino acids. Pairwise sequence analysis showed that sequence identities of IL-8-encoding regions ranged from 87% to 100%. The IL-8 protein identities varied from 84% to 100%. Phylogenetic analysis indicated that IL-8-encoding regions and encoded proteins of chicken, duck, goose and turkey clustered together and evolved into a distinct phylogenetic lineage from that of pigeon which evolved into a second lineage. The results from binding reactivities of antiserum against each recombinant IL-8 (rIL-8) protein to homologous or heterologous rIL-8 proteins, chemotactic activities of each rIL-8 protein or reduction levels of the chemotactic activity of rIL-8 protein which was pretreated with homologous or heterlogous antiserum have suggested that all five IL-8 proteins were functionally active, and shared structural and functional identity with each other.     

家鸭GHSR基因部分编码序列的克隆及变异检测

作者旨在克隆鸭GHSR基因mRNA部分编码区序列,并筛查克隆序列中的变异位点。采用RT-PCR法从巢湖鸭下丘脑组织中分离家鸭GHSR基因mRNA中编码区核酸序列,并选用30个个体cDNA,通过构建cDNA池对克隆编码区的序列变异测序检测。结果表明,克隆鸭GHSR基因mRNA部分编码区核酸序列长635 bp(GenBank登录号:EU005225),编码211个氨基酸,与鸡GHSR基因同源核酸相似性达到94%,氨基酸相似性为97%;cDNA池测序检测揭示克隆区段存在3个碱基变异位点,均为同义突变,未使编码氨基酸发生改变。克隆鸭GHSR基因mRNA编码区核酸、氨基酸序列与鸡同源序列的相似性,以及克隆核酸序列的变异检测结果表明,鸭GHSR基因在序列和功能上具有很高的保守性。