基于线粒体12S rRNA基因序列鉴别牛肉的种源

在提取黄牛肉、牦牛肉和水牛肉总DNA的基础上,设计通用引物进行PCR扩增,电泳回收PCR产物后双向测序,再通过构建系统进化树鉴别牛肉的物种来源.PCR扩增获得的牦牛、水牛12S rDNA基因片段大小都为440 bp,黄牛12S rDNA基因片段大小都为439bp.参照引用的不同牛种12S rDNA基因序列,构建的系统进化树能够清晰地鉴别测序样品的牛种来源.因此,结合运用PCR扩增和DNA测序技术是一种精确可靠的方法,能够有效地运用于牛肉的种源鉴别.     

禽源多杀性巴氏杆菌ompH基因序列分析

根据NCBI登录的序列(PMU50907)合成1对引物,用PCR方法扩增了郎德鹅多杀性巴氏杆菌ompH基因,预计扩增片段大小为1544 bp（ORF 1062 bp）,但是分离菌实际测序片段大小为1537 bp（ORF 1056 bp）。结果分离株与参考株外膜蛋白的ORF存在6个碱基的缺失,蛋白质序列有变化。     

基于ITS基因分析蛇源曼氏迭宫绦虫种系发育关系

为了开展曼氏迭宫绦虫(Spirometra mansoni)种系发育分析,本试验基于18S rRNA和5.8S rRNA基因保守区设计引物用于扩增包含18S rRNA、5.8S rRNA及核糖体内部转录间隔1区(ITS-1)的靶片段,对蛇体内分离的绦虫进行基因组DNA提取,然后采用PCR方法扩增目的基因,将所得序列进行测序比对并构建进化树分析。PCR结果显示,扩增片段大小为737 bp,序列经分析发现包括18S rRNA 17 bp,5.8S rRNA 421 bp,ITS-1片段为304 bp。同源性分析显示,其与猬迭宫绦虫同源性最高,高达86%;遗传进化树表明,其与猬迭宫绦虫广州株(FJ886754.1)最为接近,与微小膜壳绦虫(AF461124.1)关系最远。综上所述,本次分离的绦虫为曼氏迭宫绦虫,ITS-1基因可作为良好的分类工具区别不同种的迭宫绦虫。     

3种兔球虫18S rDNA部分序列测定与系统发育分析

采用单卵囊分离法从河北某兔场分离大型艾美耳球虫、黄艾美耳球虫及肠艾美耳球虫,接种无球虫兔后获得大量纯种卵囊,CTAB法提取孢子化卵囊基因组DNA。利用艾美耳属球虫18S rDNA保守引物,PCR扩增3种兔球虫18S rDNA片段,产物纯化后测序。将3种球虫18S rDNA测序结果与GenBank中发布的兔球虫18S rDNA序列用DNAStar软件进行比对。使用MEGA4.0软件对兔球虫18S rDNA进行同源性比较,并绘制遗传进化树。结果表明,大型艾美耳球虫扩增出大小为1 521bp的18S rDNA片段;黄艾美耳球虫及肠艾美耳球虫均扩增出大小为1 520bp的18S rDNA片段。序列比对结果显示,3种河北株兔球虫与GenBank中相应的3种兔球虫18S rD-NA(EF694016、EF694011、EF694012)相似性分别为99.6%、99.6%和100%。3种河北株兔球虫序列和GenBank中兔球虫18S rDNA序列(EF694007-EF694017)位于一个单系集群。     

猪伪狂犬病毒H株gE基因的克隆及序列分析

参照已发表的扩增伪狂犬病毒gI和gE部分基因的PCR方法,合成了一对引物,以PRV H株细胞毒为模板,扩增出一条约850 bp的片段,并进行克隆和测序。然后与GenBank上国内外其它毒株gE基因进行核苷酸和推导的氨基酸序列的同源性分析,构建了遗传进化关系图。结果表明,PRV H株与其他15株PRV核苷酸和氨基酸的同源性分别为 97.0%～99.2%和93.2%～98.5%,其中与SH株最近,分别为99.2% 和98.5%;进化树分析表明,该毒株与目前国内流行的毒株在同一进化分支内,与国外毒株分属不同分支,说明分离的H毒株与目前国内流行的毒株一致。     

一株益生芽孢杆菌Pab02的16S rDNA测序鉴定

利用16S rDNA分析对Pab02芽孢杆菌型益生菌进行系统进化鉴定.首先提取菌株Pab02的基因组DNA,根据不同种属细茵的16S rDNA序列两端的保守性设计通用引物,对茵株Pab02的16S rDNA的进行PCR扩增,并对扩增到的目标片段进行测序.将测序结果与NCBI上已知茵种的16S rDNA序列进行BLAST对比,初步构建系统进化树进行分析,再结合传统的形态观察及生理生化特性综合鉴定.最终确定为枯草芽孢杆菌.     

牛、羊布鲁菌多重PCR方法的建立与应用

根据布鲁菌属特异性基因BCSP31和布鲁菌种间特异性标志IS711插入序列,设计合成了3对引物,以牛种布鲁菌544A、104M和羊种布鲁菌16M基因组DNA为模板,通过优化反应条件,建立了可同时检测布鲁菌属、牛种布鲁菌和羊种布鲁菌的多重PCR方法。牛种布鲁菌可扩增出301和114 bp 2条带,羊种布鲁菌可扩增出301和253 bp 2条带,该方法对牛种布鲁菌544A和羊种布鲁菌16M混合DNA模板的最小检出量为100 pg,对大肠杆菌O157∶H7、小肠结肠炎耶尔森菌等15种参照菌的核酸扩增结果均为阴性。应用该方法对吉林省某牛场的106份粪便进行检测,虎红平板凝集试验作对照,结果PCR检测9份为阳性,且全为牛种布鲁菌阳性,对应的虎红平板凝集试验也为阳性。结果表明,建立的多重PCR方法具有良好的敏感性和特异性,为布鲁菌病的鉴别诊断提供了一种分子检测工具。     

猫锡兰钩虫rDNA ITS1的扩增及分子鉴定

为了对从猫粪便样品中分离的钩虫虫卵进行种类鉴定,本研究提取该虫卵基因组DNA,根据核糖体内转录间区1(ITS1)的保守序列设计钩虫属引物,通过PCR扩增、克隆、测序、相关软件分析,建立系统进化树,从分子水平对其进行种类鉴定.结果表明扩增出404 bp DNA片段,测序结果显示该片段包括309 bp ITS1和95 bp的5.8S rDNA,与NCBI中登录的序列进行比对以及采用Clustal X和MEGA5.1软件分析确定该钩虫为锡兰钩虫.这是我国首次建立钩虫的分子鉴定方法,也是40年来再次发现猫源锡兰钩虫,为锡兰钩虫分子生物学和分子流行病学研究奠定了基础.     

犬型钩端螺旋体外膜蛋白OmpL1基因的克隆与序列分析

作者以犬型钩端螺旋体菌株的DNA为模板,采用PCR方法扩增目的基因OmpL1,克隆到pVAX1载体上,并对OmpL1基因测序后进行序列分析。结果获得960 bp片段,DNA序列分析结果表明,该菌株的OmpL1基因与报道的七日热型、秋季型、波摩那型、澳洲型钩体的OmpL1基因核苷酸序列相似性分别为99.38%、93.77%、99.58%、99.38%,氨基酸序列相似性分别为100%、95%、100%、100%。证明OmpL1为致病性钩体所具有的保守性抗原成分,可在钩体病的预防和诊断中发挥重要作用。     

猪圆环病毒2型ORF3基因的原核表达

用原核表达系统表达猪圆环病毒2型ORF3基因,分析ORF3蛋白的抗原性。根据GenBank上公布的猪圆环病毒2型(PCV-2)核苷酸序列进行分析,针对ORF3基因设计并合成1对特异性引物,PCR扩增该基因,并将此片段克隆入原核表达载体pET-32a(+)上,命名为pET32a-ORF3,转化大肠杆菌Rosetta-blue(DE3) pLacⅠ感受态细胞,1.0 mmol/L IPTG 37 ℃诱导表达。结果表明,PCR扩增得到315 bp的片段,重组蛋白大小约为29 ku,与预期大小相符。Western blotting分析结果表明,重组蛋白能与抗His-tag的单克隆抗体反应,不与PCV-2阳性血清发生反应。猪圆环病毒2型ORF3基因能在大肠杆菌中成功表达,但与阳性血清之间没有反应原性,为进一步研究PCV-2 ORF3蛋白的功能及特性奠定基础。     

牦牛病毒性腹泻病毒E 1基因的克隆及生物信息学分析

参考GenBank中发表的BVDV毒株的基因组序列设计2对引物,利用套式RT-PCR方法首次成功克隆牦牛体内分离鉴定出的牛病毒性腹泻病毒E 1基因,并扩增出预期的585 bp目的片段。将扩增产物克隆至pMD18-T Vector,经质粒PCR鉴定及酶切鉴定获得阳性重组质粒并进行测序。测序结果经BLAST同源性比较分析,克隆得到的E 1基因与Osloss株同源性最高,但核苷酸同源性仅为73.3%,推导氨基酸同源性仅为82.6%,表明牦牛病毒性腹泻病毒存在较大的基因突变。这可能是该病毒为适应牦牛这种特有生物体和牦牛所生活的高原生态环境的结果,或该病毒也可能具有独立的遗传衍化来源。     

鸭源致病性大肠杆菌耐氟苯尼考floR基因的克隆与序列分析

为调查鸭源致病性大肠杆菌氟苯尼考耐药基因floR的存在情况,利用PCR对20株临床分离的耐氟苯尼考的致病性大肠杆菌进行floR分子检测,分子检测结果显示,全部菌株floR基因阳性;对其中2株大肠杆菌的氟苯尼考耐药基因floR进行了克隆和测序,结果表明,鸭源大肠杆菌floR基因片段的克隆测序结果与预期所得片段结果相符,长度为753 bp,2株鸭源大肠杆菌floR基因的同源性为99.6%,与牛源、鸡源等floR基因的同源性为84.8%～99.9%。系统发育分析发现,2株鸭源大肠杆菌floR基因不在同一支上,亲缘关系较远,表明floR基因的亲缘关系与该基因的来源动物无关。     

一株鸡源性肠球菌的鉴定及耐药机制分析

本试验旨在鉴定一株从肉鸡体内分离的广谱耐药菌,并从分子生物学角度对该株细菌的耐药机理进行探讨。根据《常见细菌系统鉴定手册》标准对该菌进行培养特性、生化试验鉴定,设计1对16S rDNA通用引物扩增其16S rDNA并测序鉴定;根据该菌的药物敏感性试验结果设计了12对引物扩增其基因组上耐药基因。细菌培养特性和生化试验结果显示该菌为一株肠球菌,PCR扩增出大小为1465 bp的目的片段,药敏试验显示该株细菌耐受多种抗生素,PCR扩增其耐药基因发现存在ant(6)-iv、OXA-10、tetM、CTX-M-1、TEM基因。最终鉴定该株细菌为一株肠球菌,耐药基因的存在是其产生耐药性的原因之一。     

斯氏副柔线虫rDNA-ITS片段的克隆及序列分析

运用PCR方法以保守引物NC5、NC13、NC13r和NC2扩增从内蒙古地区骆驼皱胃分离的3条斯氏副柔线虫（Parabronema skrjabini）rDNA的内转录间隔区1（ITS1）、5.8S序列和内转录间隔区2（ITS2）。将PCR扩增出的片段纯化后克隆至pGM-T载体,用PCR技术及酶切鉴定阳性菌落,对阳性菌落质粒DNA进行测序。结果表明线虫1（P.sk1）扩增的ITS片段大小为837 bp,包含部分的18S、28S及全部的ITS1（298 bp）、5.8S（157 bp）及ITS2（281 bp）序列;线虫2（P.sk2）扩增的ITS1片段大小为372 bp,包含部分的18S、5.8S及全部的ITS1（296 bp）;线虫3（P.sk3）扩增的ITS2片段大小为484 bp,包含部分的5.8S、28S及全部的ITS2（284 bp）序列。同其它属线虫同源性比较ITS2序列同源性在30.2%-60.1%。本研究系首次报道骆驼斯氏副柔线虫的ITS序列,为斯氏副柔线虫分子生物学的进一步研究奠定基础。     

鸭疫里默氏菌病和大肠杆菌病鉴别诊断双重PCR方法的建立和应用

本研究从鸭疫里默氏菌提取基因组DNA,采用细菌16S rRNA基因的通用引物,用PCR方法成功扩增出鸭疫里默氏菌的部分16S rRNA基因,克隆及测序结果表明其全长1512bp,G＋C含量为51％,该序列已登人GenBank,登录号为DQ078779。同时利用生物软件对GenBank收录的鸭疫里默氏菌和大肠杆菌的16S rRNA基因序列进行分析后,设计了鸭疫里默氏菌和大肠杆菌的种特异性引物,分别能从各自的16S rRNA基因中扩增出长度为342和718bp的DNA片段。并据此建立了一种能快速准确鉴别诊断鸭疫里默氏菌和大肠杆菌病的双重PCR方法,该方法能从肝脏组织悬液煮沸后的上清、细菌培养物或提取的细菌基因组DNA中快速扩增出相应的片段,进行鉴别诊断。     

链球菌Gapc基因检测及其序列分析

根据已发表的猪链球菌2型3-磷酸甘油醛脱氢酶(Gapc)基因保守区域设计并合成1对特异性引物,对10株不同来源链球菌Gapc基因进行PCR扩增,并选择PCR产物进行克隆并测序分析,结果在10株不同来源链球菌菌株中有8株可扩增出与预期大小(1011 bp)相一致的DNA片段;选取4株细菌PCR产物进行克隆测序,发现其片段大小为1009或1012 bp,与GenBank参考菌株Gapc基因序列的核苷酸同源性为85.3%~98.3%,氨基酸同源性为87.2%~99.4%;生物学软件分析结果显示Gapc基因在链球菌属细菌中相对保守,且具有较多的潜在抗原表位。本研究为链球菌检测技术和核酸疫苗的研究奠定了基础。     

四川部分地区新生仔猪病毒性腹泻的病原学诊断

根据参考文献合成5对针对猪传染性腹泻病毒(PEDV)M基因、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)S基因、猪轮状病毒(PRV)VP4基因、博卡病毒(PBoV)VP1/VP2基因、猪库布病毒(PKoV)3D基因,可分别特异扩增出大小为467 bp、1 062 bp、750bp、496bp和323 bp的DNA片段的特异性引物,对四川部分地区2011年10月至2012年5月新生仔猪腹泻病例样本进行RT-PCR、PCR检测和透射电镜观察。检测结果显示,SC1、SC2猪场的病例样本均扩增出PKoV 3D基因特异性DNA片段,均未扩增出TGEV、PRV、PBoV的特异性DNA片段,仅SC1猪场有1份样本扩增出PEDV M基因的特异性DNA片段。测序结果表明,扩增出的PKoV 3D基因特异性DNA片段大小为323 bp,与GenBank登录序列同源性均在95%以上;扩增出的PEDV M基因特异性DNA片段大小为467 bp,与GenBank登录序列同源性均在98%以上。透射电镜观察结果显示,两个猪场样本均可见有直径大小为25、30 nm的球形病毒颗粒。结果显示,此次四川部分地区猪场发生的病毒性腹泻病例均存在PKoV感染,说明PKoV与此次疫情有紧密联系。     

布鲁菌S2疫苗株的核酸探针检测方法的建立

为了鉴别布鲁菌疫苗免疫和自然感染,建立鉴别布鲁菌S2疫苗株与其他菌株的斑点杂交法。针对布鲁菌基因序列保守区S2疫苗株与其他菌株的差异设计探针,同时根据差异部分设计引物进行PCR扩增;PCR产物经过回收、纯化、变性后固定在NC膜上,与探针杂交、显色。结果显示,PCR引物能够对S2疫苗株扩增出约330bp的核酸片段,对其他布鲁菌扩增出约360bp的核酸片段;探针只能和S2疫苗株的PCR产物杂交,最低检测到10pg DNA,能够在10h内鉴别出布鲁菌S2疫苗株。     

牦牛Hepcidin 基因的克隆与序列分析

根据GenBank中公布的普通牛Hepcidin基因序列(登录号为XM-589792.3)设计1对特异性引物。采用RT-PCR技术从牦牛肝脏组织总RNA中扩增出Hepcidin基因的编码序列并进行测序分析,同时构建Hepcidin蛋白物种进化树。结果显示,经克隆获得牦牛Hepcidin基因322 bp的cDNA序列（GenBank登录号为EU863791）,含289 bp的开放阅读框,编码82个氨基酸,包括22个氨基酸的信号肽;预测Hepcidin蛋白分子质量和等电点分别为8.88 ku 和 9.24;与已知普通牛Hepcidin序列的同源性达 99%,不同物种Hepcidin蛋白具有高度的保守性,Hepcidin蛋白物种进化树符合物种进化规律。本研究为Hepcidin基因cDNA 全长克隆及基因功能研究奠定了重要基础。     

奶牛结核分枝杆菌rpoB和katG基因突变与多重耐药的相关性

本试验旨在研究奶牛结核分枝杆菌rpoB和katG基因突变与耐药性之间的关系。将临床分离的30株牛源结核分枝杆菌,利用噬菌体生物扩增法（phage amplified biologically assay,PhaB）检测其对利福平（RFP）和异烟肼（INH）的药物敏感性,采用聚合酶链式反应—DNA直接测序法（PCR-DS）扩增rpoB和katG基因并测序,分析rpoB和katG基因突变及其耐药相关性。15株表型耐药菌株中4株单耐RFP,PCR产物直接测序后发现3株在rpoB基因531位点发生突变,突变率为75.00%（3/4）;9株单耐INH菌株中7株发生突变,6株katG基因315位点基因突变,突变率为85.71%(6/7),1株发现463位点密码子基因突变,突变率为14.29%（1/7）;2株耐RFP的同时也对INH耐药,测序发现2株均在rpoB基因的531位点〖JP2〗和katG基因的315位点发生突变。所有菌株均未发现rpoB和katG基因的缺失。rpoB基因531位点和katG基因315位点的突变是RFP和INH产生耐药性的主要机制;检测牛源结核分枝杆菌RFP耐药性的同时可以初步筛选耐多药结核分枝杆菌。