绵羊KAP6.1基因的遗传多态性分析

KAP6.1基因属于角蛋白家族,羊毛纤维的复杂结构主要由角蛋白组成,这些蛋白对于羊毛纤维的机械性能和主要构造起主要作用。本研究以693只中国美利奴羊(新疆军垦型)为实验材料,采用PCR技术、SSCP技术和克隆测序的方法分析KAP6.1基因的多态性。结果表明:KAP6.1基因存在C159T碱基突变和57 bp的插入/缺失,其中,C159T位点存在3种基因型,分别为AA,BB和AB型,基因型频率依次为0.3694,0.4574,0.1732,等位基因A频率为0.4560,等位基因B频率为0.5440。57 bp的插入/缺失位点存在2种基因型AA型(303 bp)和AB型(303 bp/246 bp),基因型型频率依次为0.9292和0.0707,等位基因A频率为0.9646,等位基因B频率为0.0354,实验证明KAP6.1基因能够作为优质细毛羊毛性状的候选基因进行研究。     

陇东地方牛和西杂肉牛M-calpain和H-FABP基因多态性及其与肉质性状的相关性分析

【目的】研究陇东地方牛和西门塔尔杂交肉牛2个基因的多态性及与肉质性状的相关性。【方法】采用PCR-RFLP方法对陇东地方牛和西门塔尔杂交肉牛的M-calpain基因和H-FABP基因进行多态性分析,并利用最小二乘法拟合线性模型分析了基因型与肉质性状之间的相关性。【结果】发现M-calpain基因突变位点C1795T和H-FABP基因序列中的突变位点C1006G,分别检测到3种基因型AA/AB/BB和GG/GC/CC。相关分析表明M-cal-pain基因中AB基因型在剪切力上差异显著高于AA基因型(P?0.05);BB基因型的滴水损失显著高于AB基因型(P?0.05);H-FABP基因中GC和CC基因型对牛肉滴水损失有显著的影响(P?0.05)。【结论】推测M-cal-pain基因C1795T和H-FABP基因C1006G的突变位点可以作为陇东地方牛和西门塔尔杂交肉牛牛肉嫩度和大理石花纹的遗传标记。     

KAP16基因对细毛羊重要经济性状的遗传效应分析

为了分析KAP16基因的遗传多态性,获取相关毛性状的DNA标记,为细毛羊在分子育种上提供依据,采用重测序技术和PCR-SSCP技术,验证KAP16候选基因的2个SNPs在中国美利奴(新疆型)群体中的遗传多态性。同时,运用SAS 8.1软件进行最小二乘方差分析方法,研究其与毛性状的关联性。结果表明,C41006938T突变点得到3种基因型为AA、AB和BB型,该群体中C41006938T突变点基因型频率为0.22、0.47和0.31;A和B等位基因频率为0.46和0.54,其中B等位基因为优势等位基因。T41007938C基因位点AA和AB基因型频率为0.77和0.23;A和B等位基因频率分别为0.89和0.11,A基因为优势等位基因。χ2检验表明,C41006938T和T41007938C位点均处于哈代温伯格平衡状态(P0.05)。C41006938T和T41007938C突变位点的多态信息含量分别为0.37和0.18,所以中国美利奴(新疆型)群体在该基因的遗传变异处在中等水平。C41006938T不同基因型对体格大小和鉴定时体重有显著影响(P0.05);T41007938C不同基因型对纤维直径纤维直径变异系数有极显著影响(P0.01),对剪毛量和弯曲有显著影响(P0.05);C41006938T和T41007938C组合基因型对剪毛量有极显著影响(P0.01),对纤维直径纤维直径变异系数有显著影响(P0.05)。     

PLIN基因多态性及其与绵羊尾形和屠宰性状的关联研究

为了探讨PLIN基因多态性及其对绵羊经济性状的影响,利用PCR-SSCP技术对2个绵羊品种96个个体PLIN基因的9个外显子进行多态性分析,并将检测到的不同基因型与尾形和屠宰性状进行关联分析。结果表明:外显子3、4、5、6和8存在多态。外显子4的BB型个体的相对尾脂重显著大于AA和AB型个体(P<0.05);外显子6的AA型个体的相对尾脂重显著大于AB和BB型个体(P<0.05);外显子5的不同基因型个体间尾宽差异极显著(P<0.01),且AA型个体的尾宽大于AB型个体。PLIN基因的多态性对绵羊脂肪沉积有一定影响,可作为影响肉质性状的候选基因,从分子水平上指导肉用绵羊的育种工作。     

猪IGFBP2基因多态性及其对苏姜猪肉质性状的影响

【目的】探讨IGFBP2基因潜在的遗传变异及其与苏姜猪肉质性状之间的关系。【方法】采用PCR-RFLP技术检测IGFBP2基因在苏姜猪、姜曲海猪、杜洛克猪中的MspⅠ酶切遗传多态性,采用单因素方差分析法分析该多态位点对苏姜猪肉质性状的影响。【结果】在3个猪种试验群体,IGFBP2基因第2内含子内均发现了1个MspⅠ酶切多态性,存在A、B等位基因,AA、AB、BB基因型,优势等位基因为B,优势基因型为AB,多态信息含量均呈现中度多态。苏姜猪试验群体IGFBP2基因AA、AB型个体大理石纹显著高于BB型(P0.05),AA型个体五分制肉色和色差仪测得的a值均显著高于AB、 BB型(P0.05)。【结论】苏姜猪试验群体IGFBP2基因第2内含子内PCR-RFLP-MspⅠ多态性与部分肉质性状间存在一定程度的显著性相关,可以作为与猪肉质性状相关的候选基因加以研究。     

绵羊KAP1.3基因遗传多态性分析

本研究以中国美利奴羊(新疆军垦型)为实验材料,采用PCR-RFLP技术和测序分析KAP1.3基因遗传多态性。结果表明:KAP1.3基因经限制性内切酶HapⅡ酶切,得到3种基因型,分别为AA型、BB型和AB型,其中AA型频率为0.7550,BB型频率为0.0741,AB型频率为0.1709,等位基因A频率为0.8405,等位基因B频率为0.1596;KAP1.3基因经限制性内切酶AdeI酶切得到CC型频率为0.6586,DD型频率为0.1248,CD型频率为0.2166,等位基因C频率为0.7668,等位基因D频率为0.2331。证明KAP1.3基因多态性丰富,能够用于优质细毛羊毛性状功能基因的研究。     

陕北白绒山羊DGAT1基因外显子14多态性及其与部分生长和胴体性状的关系

【目的】探讨陕北白绒山羊DGAT1基因的SNPs及其与部分生长、胴体性状的相关性,为陕北白绒山羊分子标记辅助选择提供理论依据。【方法】测定234只陕北白绒山羊的部分生长、胴体指标,利用PCR-SSCP技术分析其DGAT1基因外显子14的多态性及与生长和胴体性状的关系。【结果】该座位存在一个突变位点(G→A),此SNPs导致甘氨酸(G)突变为谷氨酸(E);该群体的该位点有1对等位基因A和B以及3种基因型AA、AB和BB,A基因为优势等位基因,AA型为优势基因型,群体处于Hardy-Weinberg非平衡状态;AA型与BB型之间、AB型与BB型之间均在断奶重、周岁重、胸围和管围4个性状上差异极显著(P<0.01),但AA型与AB型之间在此4个性状上差异不显著(P>0.05);3种基因型间在其他性状上差异均不显著(P>0.05);在初生重、周岁重和胸围上均表现为BB型>AA型>AB型,在断奶重、体高和管围上均表现为BB型>AB型>AA型。【结论】该基因的此突变位点与绒山羊育种指标具有一定的相关性,通过提高BB型的频率可望改善绒山羊的生长发育及胴体性状;DGAT1基因可作为陕北白绒山羊生长及胴体性状的候选基因,也可作为绒山羊肉用性能的分子标记。     

牦牛IGF2内含子8的遗传多态性及其遗传效应分析

【目的】研究牦牛胰岛素样生长因子2(IGF2)基因内含子8的多态性与生长发育性状的相关性,探索其对开展牦牛分子育种的影响。【方法】以天祝白牦牛、甘南牦牛、大通牦牛、青海高原牦牛和新疆牦牛为供试动物,采集牦牛血样,提取其DNA,采用PCR-SSCP方法检测牦牛IGF2基因内含子8的多态性,并分析其对体质量、体高、胸围和体长的遗传效应。【结果】扩增到牦牛IGF2基因内含子8的部分序列,其长度为438bp,存在AA、AB、BB3种基因型,其中AA型是由BB型330位G→C和358位A→G转换造成的。除新疆牦牛以外,以上3种基因型在其他牦牛群体中均处于Hardy-Weinberg平衡状态。AA和AB基因型个体体质量极显著高于BB基因型个体(P<0.01),AA与BB基因型个体在体高、体长和胸围性状上差异不显著。【结论】IGF2基因有可能作为体质量性状的候选基因用于标记辅助选择,且其有不依赖于骨骼增长而增加体质量的作用机制。     

秦川牛脂联素基因第2外显子多态性及其与部分产肉性状的相关性

【目的】研究秦川牛脂联素基因第2外显子的多态性及其与部分产肉性状的关系。【方法】以405头24月龄的秦川牛为研究对象,利用PCR-SSCP和测序技术对其脂联素基因第2外显子的多态性进行检测,并对发现的多态位点与秦川牛产肉性状的相关性进行分析。【结果】秦川牛脂联素基因第2外显子存在AA、AB和BB 3种基因型,基因型频率分别为0.696,0.207和0.097;等位基因A和B的基因频率分别为0.799和0.201。BB基因型个体在64 bp处发生了G→C突变,导致22位的谷氨酸(GAA)转变为谷氨酰胺(CAA)。胸围、宰前活质量、胴体质量、背膘厚和眼肌面积等指标,AA型个体显著高于AB型(P<0.05);AA型个体腿臀围显著高于AB型(P<0.05),极显著高于BB型(P<0.01)。【结论】脂联素基因第2外显子可能是影响秦川牛产肉性能的主效数量性状座位或与之紧密连锁,可作为秦川牛产肉性状的辅助选择标记。     

绵羊BMPR-IB基因第7外显子多态性与产羔性状的相关性研究

【目的】探索绵羊BMPR-IB基因第7外显子多态性与产羔数的相关性,寻找控制绵羊繁殖力的分子标记位点。【方法】以相同饲养管理条件下同龄已有产羔记录的蒙古羊(单胎母羊和双胎母羊)、无角陶赛特羊(单胎母羊和双胎母羊)、小尾寒羊(多胎母羊)为试验材料,采用PCR-SSCP结合DNA直接测序的方法,对BMPR-IB基因第7外显子进行多态性检测与分析。【结果】试验羊只存在AA型和AB型2种基因型;AB型个体在BMPR-IB基因第864位点发生C→T突变,出现T/C的杂合,所有试验样本的优势基因型均为AA型,优势等位基因均为A基因。χ2适合性检验表明,无角陶赛特羊、蒙古羊和小尾寒羊均处于Hardy-weinberg平衡状态,BMPR-IB基因第7外显子不同基因型在不同产羔类型绵羊中的分布差异显著,最小二乘法分析表明,绵羊BMPR-IB第7外显子多态性与产羔数有一定的相关性。【结论】BMPR-IB基因第7外显子第864位点的突变在不同繁殖力母羊群体中分布不同,表明绵羊BMPR-IB基因第7外显子多态性与绵羊产羔数相关,可以作为控制绵羊繁殖力的潜在遗传标记位点进行下一步研究。     

KAP基因的多态性与辽宁绒山羊经济性状的关系研究

 【目的】研究辽宁绒山羊KAP基因的遗传多态性及其多态位点对绒山羊产绒性状和体重性状的关系，寻找可用于标记辅助选择的分子标记，为下一步分子育种提供理论依据。【方法】采用PCR-SSCP技术研究了绒山羊KAP基因的多态性，分析了4个多态位点不同基因型的最小二乘均值（LSM）、最小二乘效应值（LSE）及其遗传方差；通过标记位点与经济性状的遗传相关预测了选择反应。【结果】产绒量性状上，S1-AB和S1-BB的LSM显著高于S1-AA （P＜0.05）,S2-BB 的LSM显著高于S2-AA和S2-AB（P＜0.05），S3-BB的LSM显著高于S3-AA和S3-AB （P＜0.05），S4-AB的LSM显著高于S4-AA和S4-BB（P＜0.05）；在体重性状上，S2-BB的LSM显著高于S2-AA和S2-AB（P＜0.05）,S3-AA和S3-AB的LSM显著高于S3-BB（P＜0.01）；产绒量性状和体重性状上S2位点的选择反应最大。【结论】产绒量性状上，S1-AB，S1-BB，S3-BB和S4-AB基因型可以作为标记基因型；在体重性状上，S3-AA和S3-AB基因型可以作为标记基因型；在体重和产绒量性状上S2-BB基因型可作为多性状标记辅助选择的标记。     

贵州山羊品种RERG基因多态性与生长性状的相关性

【目的】研究贵州地方山羊品种黔北麻羊、贵州白山羊和贵州黑山羊ras-related and estrogen- regulated growth inhibitor（RERG）基因第2、3和4外显子的多态性及其与生长性状的相关性。【方法】本试验通过PCR-SSCP技术和直接测序法,对3个品种外显子SNPs位点进行检测,利用一般线性模型分析其与生长性状的关联性。【结果】3个供试群体中在第4外显子上都检测到4个SNPs位点,即56 bp（C/G）、826 bp（A/G）、1 434 bp（T/C）和1 798 bp（A/T）。最小二乘法分析结果表明,AA型和BB型的体重对AB型达到差异极显著水平（P＜0.01）,CC型和DD型的体重对CD型达到差异显著水平（P＜0.05）,EE型和FF型的体重对EF型达到差异极显著水平（P＜0.01）、1 798 bp（A/T）位点各基因型间差异不显著。【结论】RERG基因的56 bp（C/G）、826 bp（A/G）和1 434 bp（T/C）多态性位点可作为生长性状的候选分子标记。     

孕酮受体基因多态性及其与济宁青山羊产羔数关系

 【目的】寻找与产羔数相关的遗传标记,为山羊高繁殖力的标记辅助选择提供科学依据。【方法】设计15对引物,采用PCR-SSCP技术检测孕酮受体（progesterone receptor,PGR）基因全部9个外显子在济宁青山羊、波尔山羊、辽宁绒山羊和安哥拉山羊中的单核苷酸多态性,同时研究该基因对山羊繁殖力的影响。【结果】只有引物P1、P8与P9扩增片段具有多态性。对于P1扩增片段,济宁青山羊中检测到AA、AB和BB型,其余山羊中均检测到AA和AB型;测序表明BB与AA型相比有一处突变（31G→A）,并导致丙氨酸变为苏氨酸;BB基因型济宁青山羊产羔数最小二乘均值比AB基因型多0.52只（P＜0.05）,比AA基因型多0.98只（P＜0.001）,AB基因型济宁青山羊产羔数最小二乘均值比AA基因型多0.46只（P＜0.05）。对于P8扩增片段,济宁青山羊中只检测到CC型,波尔山羊中检测到CC和CD型,其余山羊中检测到CC、CD和DD型;测序表明DD型和CC型相比有一处突变（2810C→G）,未导致氨基酸改变。对于P9扩增片段,济宁青山羊和波尔山羊中检测到FF和FG型,其余山羊中检测到FF、FG和GG型;测序表明GG型和FF型相比有一处碱基突变（60128T→A）,未导致氨基酸改变;FF基因型济宁青山羊产羔数最小二乘均值比FG基因型多0.32只（P＞0.05）。【结论】本试验结果初步表明,PGR基因可能是控制济宁青山羊多羔性的一个主效基因或是与之存在紧密遗传连锁的一个标记。     

猪HB-EGF基因多态性与产仔数的关联性分析

 【目的】研究猪HB-EGF基因的多态性及其与产仔数的关系,寻找与猪产仔数相关的分子遗传标记,以加快猪育种进程。【方法】利用PCR-SSCP技术研究HB-EGF基因外显子多态性,利用最小二乘均数法对其与产仔数的关系进行分析,同时对两个多态位点的方差组分进行了分析。【结果】在两对引物（E5和E7）中各检测到一个多态位点,均出现3种基因型（AA、BB、AB）。E5位点：对于大白猪,在3～8胎中,BB型个体的TNB和NBA均显著高于AA型个体（P＜0.05）,在所有胎次中,BB型个体的TNB显著高于AA型个体（P＜0.05）,NBA极显著高于AA型个体（P＜0.01）,TNB和NBA的遗传主要受基因加性效应的影响;对于长白猪,在4个阶段中3种基因型个体的TNB和NBA之间差异不显著（P＞0.05）。E7位点：对于大白猪,在3～8胎和所有胎次中,AA型个体的TNB均显著高于BB型个体(P＜0.05),TNB的遗传主要受基因加性效应的影响;对于长白猪,在3～8胎和所有胎次中,AB型个体的NBA均显著高于BB型个体。【结论】对于大白猪,E5位点BB基因型可作为在TNB和NBA性状上的标记基因型,E7位点BB基因型可以作为TNB性状的标记基因型。     

F3代波杂山羊XKR4基因多态性与生长性状的关联分析

【目的】明确F₃代波杂山羊XKR4基因多态性与生长性状的关联性,筛选出优异基因为后期培育新品系提供理论依据。【方法】以F₃代波杂山羊为研究对象,通过血液DNA混池测序鉴定XKR4基因SNP位点,统计SNP位点的等位基因频率、基因型频率、遗传纯合度（Ho）、期望杂合度（He）、有效等位基因数（Ne）及多态信息含量（PIC）等,以卡方（χ2）检验分析基因型是否处于Hardy-Weinberg平衡状态,并利用SPSS 25.0分析不同基因型与F₃代波杂山羊生长性状的关联性。【结果】 F₃代波杂山羊XKR4基因Intron-1区域存在2个SNPs位点,分别是C194069A和T194091A。C194069A位点的等位基因频率中C>A,优势基因型为CC型; T194091A位点的等位基因频率中T>A,优势基因型为TT型;C194069A和T194091A位点均处于Hardy-Weinberg平衡（P>0.05）。关联分析结果表明:在初生群体中,T194091A位点AA基因型与其他基因型的体斜长存在显著差异（P<0.05,下同）;在3月龄群体中,C194069A和T194091A位点各基因型的生长性状指标间均无显著差异（P>0.05,下同）;在6月龄群体中,C194069A和T194091A位点AA基因型的体重分别与相应位点的CC基因型和TT基因型存在显著差异;在12月龄群体中,C194069A位点AA基因型在体重和胸围方面均极显著优于CC基因型（P<0.01,下同）,在体高方面与CC基因型存在显著差异,T194091A位点AA基因型的体重、体斜长分别与TT基因型呈显著或极显著差异。此外,在0~6月龄和0~12月龄,C194069A和T194091A位点AA基因型的日增重与CC基因型和TT基因型分别存在呈显著或极显著差异。【结论】 F3代波杂山羊XKR4基因存在2个SNPs位点（C194069A和T194091A）,且均表现为AA基因型个体的生长性能优于其他基因型个体,即XKR4基因可作为F₃代波杂山羊生长性状的候选基因。     

猪POU1F1基因启动子区多态分析及其与生长性状的关联

 【目的】获得猪POU1F1基因启动子区的多态信息,揭示其在不同品种中的分布特点,阐明其与生长性状的关联性。【方法】采用PCR克隆、DNA测序和PCR-RFLP技术进行POU1F1基因启动子区多态分析,利用一般线形模型分析其与生长性状的关联性。【结果】在POU1F1基因1.5 kb的启动子区域内发现5个多态位点;其中,5 bp短片段插入或缺失突变的A等位基因频率在引入品种猪中最高,在培育品种中中等,在中国地方品种最低。一般线形模型分析表明,该多态位点与猪的生长性状存在显著相关。多重比较分析发现,AA基因型个体的体高、体长、胸围和体重显著高于AB和BB基因型个体（P＜0.05）,而AB和BB基因型个体的体高、胸围和体重差异不显著（P＞0.05）,但AB基因型个体的体长显著高于BB基因型个体（P＜0.05）。【结论】5 bp短片段插入或缺失突变的A等位基因是生长性状的优势等位基因,是生长性状可能的分子标记。     

欧拉型藏羊Callipyge基因多态性与生长性状相关性研究

利用PCR-SSCP方法,对215只欧拉型藏羊Callipyge基因序列的多态性进行了检测,并分析了AA和AB基因型与生长性状的相关性.结果表明:Callipyge基因存在AA、BB和AB 3种基因型,其基因型频率分别为0.823 3、0.009 3和0.167 4;测序结果显示:基因多态的产生是在扩增序列的第176bp处发生了C→T的突变;χ2检验表明,该群体在这一位点上处于Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05),遗传杂合度和多态信息含量分别为0.168 7和0.154 5.对生长性状(体重、胸围和胸深)的相关性分析表明:AA和AB 2个基因型个体之间生长性状的差异不显著,但AB型有大于AA型的趋势.     

微卫星标记BM6506和BMS1788的多态性与新疆山羊绒性状的关系

[目的]研究微卫星标记BM6506和BMS1788在新疆山羊群体中的遗传多态性与经济性状的关联性,以期找到与生产性状相关的遗传标记,为标记辅助选择育种提供理论依据.[方法]采用微卫星标记技术研究微卫星标记BM6506和BMS1788在新疆山羊群体中的遗传多态性,利用POPGENE(Versionl.32)软件计算等位基因频率(E)、基因杂合度(He)、有效等位基因数(Ne)、基因纯和度(P);用PIC-CALC软件计算多态信息含量(PIC),运用最小二乘线性模型,对所检测到的多态标记与生产性状进行关联分析.[结果]2个微卫星标记在新疆山羊群体中的有效等位基因数(Ne)分别为4.162 5、5.732 5,基因杂合度(He)分别为0.759 8、0.825 6,多态信息含量分别(PIC)为0.720 8、0.801 6.关联分析结果表明-在绒细度性状上:标记BMS1788的CF和EG基因型个体显著高于AE基因型个体(P＜0.05);在绒长度性状上:标记BM6506的AB基因型个体显著高于BB、BD和AA基因型个体(P＜0.05),标记BMS1788的CF基因型个体显著高于AD和DE基因型个体(P＜0.05);在含绒率性状上:标记BM6506的AC基因型个体显著高于BB和AA基因型个体(P＜0.05).[结论]微卫星标记在BM6506和BMS1788在新疆山羊群体中均表现为高度多态(PIC＞0.5),表明新疆山羊群体的遗传变异程度大,遗传多样性丰富,可以用作新疆山羊遗传多样性的评估和经济性状选择的遗传标记.     

济宁百日鸡FSHβ基因的SNP分析及其与早期产蛋性能的相关性研究

采用PCR-SSCP技术,对70羽济宁百日鸡进行了促卵泡激素β亚基(FSHβ)基因的多态性检测,并对多态性位点进行了克隆测序,统计分析了不同基因型与早期产蛋性能的关系。研究结果表明:在济宁百日鸡FSHβ基因的exon2未发现多态性位点;在exon3区域的2540处发现一个A→C的单核苷酸突变位点。与早期产蛋性能的相关性分析结果表明:FSHβ基因exon3区域的BB型鸡的开产日龄早于AB型和AA型鸡;AB型鸡的43周产蛋量多于AA型和BB型鸡,AA型鸡的畸形蛋数少于AB型和BB型鸡,但三者的差异均不显著(P>0.05)。