内蒙古白绒山羊褪黑激素受体基因SNP与产绒性状的关联

【目的】研究绒山羊褪黑激素受体（melatonin receptor,MTNR）基因的SNP与绒山羊产绒性状的关系,寻找可用于辅助选择的分子标记。【方法】以内蒙古阿尔巴斯型白绒山羊为研究对象,选择绒山羊褪黑激素受体（MTNR1a和MTNR1b）基因部分序列作为候选基因,采用PCR-SSCP分子标记技术和DNA测序技术研究其多态性,然后运用最小二乘方差分析方法,对各基因型间生产性状指标进行差异显著性检验。【结果】① 在绒山羊MTNR1a基因外显子1和2,以及MTNR1b基因外显子1没有检测到SSCP多态,而在绒山羊MTR1b基因外显子2中存在SSCP多态,首次检测到了3个SNP;② P4引物位点存在NM_001206907:g.648 bp处C-G突变,该突变没有导致氨基酸的改变;以及NM_001206907:g.665 bp处的G-A突变,该突变导致第223个密码子CGC变成CAC,从而使精氨酸变成组氨酸（Arg-His）;方差分析表明,该位点多态对绒山羊产绒量有显著影响（P＜0.05）;③AA基因型具有较高的产绒量,比AB、BB基因型产绒量分别高98.78和148.23 g,同时该多态位点基因型与年龄互作效应对绒山羊绒厚度有显著影响（P＜0.05）;④ P5引物位点存在NM_001206907:g.1 015 bp处的G-A突变,该突变导致第339个密码子GGC变成AGC,从而使甘氨酸变成丝氨酸（Gly-Ser）,分析表明该多态位点基因型与年龄互作效应对绒山羊绒细度存在边际显著影响（P＜0.1）;⑤ 这两个位点多态对绒山羊产羔数量、羔羊初生体重等繁殖性状均无显著影响（P＞0.05）。【结论】P4-AA基因型可以作为内蒙古阿尔巴斯型白绒山羊产绒量性状辅助选择的标记基因型。     

Leptin基因多态性与欧拉型藏羊体重性状相关性研究

采用PCR-SSCP技术研究了欧拉型藏羊Leptin基因的多态性.在考虑不同位点存在交互作用的前提下,利用数量遗传统计学,从宏观角度分析了4个多态位点各自基因型以及各位点不同基因型组合的最小二乘均值(LSM)、最小二乘效应值(LSE)及其遗传方差,通过标记位点与经济性状的遗传相关预测了选择反应.结果表明,体重性状上L3-BB基因型的LSM最高;L1-AA与L4-AB组合的交互效应LSM仅次于L3位点.说明L3-BB基因型可作为首选标记基因型,L1-AA与L4-AB组合可作为辅助标记基因型组合.     

影响牛生长发育性状的GH基因遗传效应分析

 【目的】研究牛GH基因的遗传多态以及各多态位点对肉牛生长发育性状的影响，以期找到可用于标记辅助选择的分子标记，为下一步分子育种提供依据。【方法】利用PCR-SSCP和PCR-RFLP方法分析了牛GH基因第3内含子、第4内含子、第5外显子、3′非翻译区和5′侧翼区的位点遗传多态，并分析了5个多态位点不同基因型对肉牛体重、体高、体斜长、胸围和肉用指数的基因型效应，以及GH基因的第5外显子、3′非翻译区位点的不同基因型组合基因型效应。【结果】GH基因的第5外显子、3′非翻译区的基因型效应在肉牛体重、体高、体斜长、胸围和肉用指数性状上存在显著差异（P＜0.05），且这2个位点等位基因B为优势等位基因；第5外显子和3′非翻译区的组合基因型ABBB（即组合5）的基因型效应（极）显著(P＜0.05或P＜0.01)高于其它6个组合，且多标记位点的组合效应值极显著高于单标记位点效应。【结论】GH基因第5外显子位点突变等位基因B为体重、体高、体斜长、胸围的优势等位基因。     

山羊KIF-Ⅰ基因外显子6与绒性状的相关性

【目的】研究新疆3个地方山羊品种KIF-Ⅰ基因外显子6的多态性及其与产绒性状的相关性,为新疆山羊品种的选育提供依据。【方法】利用PCR-SSCP和DNA序列分析法,对213只新疆山羊、294只南疆绒山羊、253只博格达绒山羊的KIF-Ⅰ基因外显子6的多态性进行检测,并分析其与绒细度、绒厚度、产绒量和产绒后体质量的相关性。【结果】①KIF-Ⅰ基因外显子6区域存在1个突变点,即c.5106位发生了碱基T转变为C(TC)的突变(M23912:c.5106 TC)。在3个山羊品种中,检测到了TT、CC、TC 3种基因型,T和C 2个等位基因,其中T为优势等位基因,其在新疆山羊、南疆绒山羊、博格达绒山羊中的频率分别为0.502,0.509和0.583,且3个山羊品种均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05)。②方差分析表明,该多态位点仅与绒细度存在着显著相关性(P0.05),且CC基因型个体绒细度显著小于TC和TT基因型个体;绒厚度、产绒量和产绒后体质量在3种不同基因型间差异均不显著(P0.05)。【结论】CC基因型可作为山羊绒细度性状标记辅助选择的有效DNA标记。     

陕北白绒山羊HSL基因外显子1的SNPs及其与部分生产性状的相关分析

【目的】探讨陕北白绒山羊激素敏感脂酶(Hormone sensitive lipase,HSL)基因外显子1的SNP遗传多态性及其与产绒、胴体和生长性状的相关关系,为陕北白绒山羊分子标记辅助选择提供理论依据。【方法】测定168只陕北白绒山羊部分生长、胴体指标。利用PCR-SSCP技术分析HSL基因外显子1的SNP遗传多态性。【结果】陕北白绒山羊HSL基因外显子1有AB和AA 2种基因型,在群体中处于Hardy-Weinberg平衡状态;AB与AA基因型个体的绒长差异极显著(P<0.01),体高和背膘厚差异显著(P<0.05),其他性状均无显著差异;AB基因型个体初生重、断奶重、绒长、周岁重、体高、体长、管围、背膘厚大于AA基因型,但AA基因型个体毛长、产绒量、胸围、眼肌面积大于AB基因型。【结论】陕北白绒山羊HSL基因外显子1具有多态性,该基因可能是陕北白绒山羊产绒及胴体性状的主效基因,或者与控制这些性状的主效基因相连锁。     

猪IGF2、MC4R、JHDM1A及TEF-1多基因标记遗传效应研究

  【目的】在大白猪群体中检测和分析猪生长和背膘厚性状候选基因（IGF2、MC4R、JHDM1A和TEF-1）的多态性，并进行多基因标记效应分析，为分子标记辅助选择在育种中的应用提供理论基础。【方法】采用PCR-RFLP方法对候选基因多态性进行检测，并运用SPSS软件对单基因标记和多基因标记与生长和背膘厚性状之间的关联性进行分析。【结果】在试验群体中检测了IGF2、MC4R、TEF-1和JHDM1A 4个基因的单核苷酸多态位点。单基因标记分析结果显示，IGF2基因与100 kg腰荐结合处背膘厚显著关联（P＜0.05），AA型为优势基因型，分别比AG和GG基因型薄0.541 cm和0.629 cm；MC4R基因与生长和背膘厚性状无显著关联；JHDM1A基因与100 kg腰荐结合处背膘厚呈显著关联（P＜0.05），CC型为优势基因型，分别比GG和GC基因型背膘薄0.520 cm和0.489 cm；TEF-1基因与100 kg腰荐结合处背膘厚趋于显著关联（0.05＜P＜0.1），GG基因型背膘厚分别比AA和AG基因型薄0.973 cm和0.379 cm；与达100 kg体重呈显著关联（P＜0.05），AG为优势基因型，分别比AA和GG基因型缩短了0.445 d和2.258 d。【结论】对4个候选基因的多基因标记效应进行分析发现，多基因标记效应与单基因标记效应一致。IGF2、TEF-1和JHDM1A基因多态位点合并基因型AGCCGG和AACCGG对于100 kg腰荐结合处背膘厚性状为优势基因型组合，可以作为分子标记在育种中应用。     

青格里绒山羊微卫星标记遗传多态性及其与部分经济性状相关关系的研究

[目的]研究青格里绒山羊群体的遗传多态性,检测并分析多态标记与生产性状的关联性,找到与生产性状相关的遗传标记,为标记辅助选择育种提供理论依据.[方法]采用微卫星标记技术研究9个微卫星标记在青格里绒山羊群体中的遗传多态性,利用Popgene(Version1.32)软件计算等位基因频率(P)、基因杂合度(H)、有效等位基因数(Ne);用PIC-CALC软件计算多态信息含量(PIC),并用SAS软件的一般线性模型(GLM)分析多态位点与部分生产性状的相关性关系.[结果]9个微卫星标记中,微卫星标记BM6438没有多态性,其它8个微卫星标记均存在多态性.在青格里绒山羊群体中,8个有多态性的微卫星标记的平均有效等位基因数(Ne)、杂合度(H)、纯合度(P)和多态信息含量(PIC)分别为4.821 9、0.784 9、0.215 1、0.754 0.关联分析表明:绒细度性状上,标记OarHH35的BF基因型个体的绒细度显著低于其它基因型个体(P＜0.05),标记BM3033的DF基因型个体极显著低于CE基因型个体(P＜0.01),标记BM1824的BE基因型个体极显著低于AB基因型个体(P＜0.01);产绒量性状上,标记BMS1788的CG基因型个体显著高于BC和EG基因型个体(P＜0.05);标记BM1824的AD和BE基因型个体显著高于CF基因型个体(P＜0.05).[结论]与生产性状相关联的4个微卫星标记OarHH35、BM3033、BM1824、BMS1788可望作为青格里绒山羊绒细度或产绒量的分子遗传标记.其中,标记BM 1824的BE基因型可望作为同时影响青格里绒山羊绒细度和产绒量的分子标记,这对于绒山羊分子育种研究工作的开展具有重要意义.     

猪HB-EGF基因多态性与产仔数的关联性分析

 【目的】研究猪HB-EGF基因的多态性及其与产仔数的关系,寻找与猪产仔数相关的分子遗传标记,以加快猪育种进程。【方法】利用PCR-SSCP技术研究HB-EGF基因外显子多态性,利用最小二乘均数法对其与产仔数的关系进行分析,同时对两个多态位点的方差组分进行了分析。【结果】在两对引物（E5和E7）中各检测到一个多态位点,均出现3种基因型（AA、BB、AB）。E5位点：对于大白猪,在3～8胎中,BB型个体的TNB和NBA均显著高于AA型个体（P＜0.05）,在所有胎次中,BB型个体的TNB显著高于AA型个体（P＜0.05）,NBA极显著高于AA型个体（P＜0.01）,TNB和NBA的遗传主要受基因加性效应的影响;对于长白猪,在4个阶段中3种基因型个体的TNB和NBA之间差异不显著（P＞0.05）。E7位点：对于大白猪,在3～8胎和所有胎次中,AA型个体的TNB均显著高于BB型个体(P＜0.05),TNB的遗传主要受基因加性效应的影响;对于长白猪,在3～8胎和所有胎次中,AB型个体的NBA均显著高于BB型个体。【结论】对于大白猪,E5位点BB基因型可作为在TNB和NBA性状上的标记基因型,E7位点BB基因型可以作为TNB性状的标记基因型。     

FSHβ基因外显子2的多态性及其与两个山羊品种繁殖性能的相关性研究

 【目的】寻找与产羔数相关的遗传标记,为山羊高繁殖力标记辅助选择提供依据。【方法】根据绵羊FSHβ基因序列设计2对引物,采用 PCR-SSCP技术检测山羊FSHβ基因外显子2的多态性,利用最小二乘均数法对其与产羔数的关系进行分析,同时对多态位点的遗传方差进行分析,通过标记位点与产羔性状的遗传相关预测选择反应。【结果】在引物（P2）扩增片段中检测到1个多态位点,出现3种基因型（EE、EF和FF）。对于西农萨能奶山羊,在1～4胎和平均产羔数中,EE型个体产羔数显著高于EF和FF型个体(P＜0.05),EF型个体的第2胎和平均产羔数显著高于FF型个体(P＜0.05);对于波尔山羊,在2～3胎和平均产羔数中,EE型个体产羔数极显著高于EF和FF型个体(P＜0.01),EF型个体平均产羔数显著高于FF型个体(P＜0.05)。在西农萨能奶山羊和波尔山羊两个群体中,产羔性状的遗传主要受基因加性效应的影响。【结论】对于西农萨能奶山羊和波尔山羊,多态位点EE基因型可作为产羔性状上的标记基因型。     

猪POU1F1基因启动子区多态分析及其与生长性状的关联

 【目的】获得猪POU1F1基因启动子区的多态信息,揭示其在不同品种中的分布特点,阐明其与生长性状的关联性。【方法】采用PCR克隆、DNA测序和PCR-RFLP技术进行POU1F1基因启动子区多态分析,利用一般线形模型分析其与生长性状的关联性。【结果】在POU1F1基因1.5 kb的启动子区域内发现5个多态位点;其中,5 bp短片段插入或缺失突变的A等位基因频率在引入品种猪中最高,在培育品种中中等,在中国地方品种最低。一般线形模型分析表明,该多态位点与猪的生长性状存在显著相关。多重比较分析发现,AA基因型个体的体高、体长、胸围和体重显著高于AB和BB基因型个体（P＜0.05）,而AB和BB基因型个体的体高、胸围和体重差异不显著（P＞0.05）,但AB基因型个体的体长显著高于BB基因型个体（P＜0.05）。【结论】5 bp短片段插入或缺失突变的A等位基因是生长性状的优势等位基因,是生长性状可能的分子标记。     

绵羊KAP6.1基因多态性及其与毛性状的相关性分析

【目的】通过分析KAP6.1基因的多态性,研究KAP6.1基因与绵羊羊毛性状的相关性,为进一步研究KAP6.1基因功能及细毛羊分子育种提供基础。【方法】以693只中国美利奴羊(新疆军垦型)为实验材料,采用PCR技术、SSCP技术和克隆测序的方法分析KAP6.1基因的多态性,并开展与毛性状的关联性分析。【结果】KAP6.1基因存在C159T碱基突变,经最小二乘拟合线性模型分析,C159T位点AA、BB和AB基因型间的平均毛纤维直径、卷曲度、毛长、净毛率和密度差异不显著(P>0.05),而BB基因型平均污毛产量显著高于AA和AB基因型(P<0.05)。【结论】KAP6.1基因可作为绵羊污毛产量的候选基因之一,BB基因型可作为分子标记用于选择污毛产量高的个体。     

微卫星标记BM6506和BMS1788的多态性与新疆山羊绒性状的关系

[目的]研究微卫星标记BM6506和BMS1788在新疆山羊群体中的遗传多态性与经济性状的关联性,以期找到与生产性状相关的遗传标记,为标记辅助选择育种提供理论依据.[方法]采用微卫星标记技术研究微卫星标记BM6506和BMS1788在新疆山羊群体中的遗传多态性,利用POPGENE(Versionl.32)软件计算等位基因频率(E)、基因杂合度(He)、有效等位基因数(Ne)、基因纯和度(P);用PIC-CALC软件计算多态信息含量(PIC),运用最小二乘线性模型,对所检测到的多态标记与生产性状进行关联分析.[结果]2个微卫星标记在新疆山羊群体中的有效等位基因数(Ne)分别为4.162 5、5.732 5,基因杂合度(He)分别为0.759 8、0.825 6,多态信息含量分别(PIC)为0.720 8、0.801 6.关联分析结果表明-在绒细度性状上:标记BMS1788的CF和EG基因型个体显著高于AE基因型个体(P＜0.05);在绒长度性状上:标记BM6506的AB基因型个体显著高于BB、BD和AA基因型个体(P＜0.05),标记BMS1788的CF基因型个体显著高于AD和DE基因型个体(P＜0.05);在含绒率性状上:标记BM6506的AC基因型个体显著高于BB和AA基因型个体(P＜0.05).[结论]微卫星标记在BM6506和BMS1788在新疆山羊群体中均表现为高度多态(PIC＞0.5),表明新疆山羊群体的遗传变异程度大,遗传多样性丰富,可以用作新疆山羊遗传多样性的评估和经济性状选择的遗传标记.     

美系大白猪雌激素受体基因的多态性分析

雌激素受体（estrogen receptor,ESR）能调控雌激素的合成,影响繁殖性能。试验采用PCR-RFLPs技术分析了上海市种猪场关系大白猪核心群的ESR基因的多态性,采用SAS统计分析软件分析了其多态性与母猪繁殖性能的相关性。结果表明：①群体中ESR基因的A和B等位基因的频率分别为39．66％和60．34％。②初产胎次中,BB基因型的总产仔数（TNB）与AA基因型和AB基因型的差异均达到显著水平（P〈0．05）;BB基因型的产活仔数（NBA）与AA基因型的差异达到显著水平（P〈0．05）;BB和AA纯合子间TNB和NBA分别相差2．82和2．28头。③经产胎次,BB基因型的总产仔数（TNB）和产活仔数（NBA）与AA基因型和AB基因型的差异均达到显著水平（P〈0．05）;对于母猪每窝的TNB和NBA,BB纯合子比AA纯合子分别多1．79和2．39头。无论初产胎次或经产胎次,ESR位点的总产纾数和产活仔数都呈现AA〈AB〈BB趋势;ESR基因型的影响在初生窝重和21日龄窝重之间的差异不显著（P〉0．05）;但是以上2个性状在ESR基因的3种基因型间存在BB〉AB〉AA的趋势。以上结果说明,这个种猪群的总产仔数和产活仔数偏高,这与其ESR基因的有利基因B频率较高、AB型和BB型个体多正好吻合．因此可应用分子标记辅助选择（MAS）的方法来提高母猪的繁殖性能．     

博格达绒山羊KAP13.1基因的多态性研究

[目的]寻找影响毛绒性状的候选基因,探讨该基因是否能作为影响毛绒性状的候选基因之一.为后期新疆山羊地方品种的分子育种提供一定的理论依据.[方法]试验以随机采集的279个博格达绒山羊个体的血样为材料,利用PCR-RFLP、DNA测序等技术研究分析博格达绒山羊KAP13.1基因的多态性.[结果]博格达绒山羊KAP13.1基因具有多态性,KAP13.1基因存在三种基因型:TT、GT和GG,且处于Hardy-Weinberg非平衡状态(P＞0.05),KAP13.1基因编码区片段在基因组c.186位置发生错义突变T＞G,导致氨基酸p.48Leu＞Arg的变化.[结论]KAP13.1基因可能是影响绒山羊产绒性状的候选基因之一.     

三江白猪GH基因多态性分析及对仔猪初生重的影响

为研究三江白猪GH基因多态性对仔猪初生重的影响,试验采用PCR-RFLP方法,对三江白猪GH基因+486到+669区域共183 bp片段进行扩增,使用Dde I限制性内切酶对扩增片段进行多态性检测.结果显示:对扩增产物使用Dde I酶切后产生了3种基因型(AA、AB和BB),AB基因型的仔猪初生重显著高于AA、BB基因...     

玉山黑猪ESR和FSH-β基因多态性及相关性状的研究

采用PCR-RFLP方法对玉山黑猪的ESR基因和FSH-β基因多态性进行检测,并分析其与繁殖性能间的关系。结果表明,ESR基因的3种基因型AA、AB、BB在玉山黑猪中的频率分别为0.417、0.300、0.017,各基因型对应的产仔数存在差异,总体表现BB>AB>AA,其中初产仔猪数BB型多于AA型1.21头,多于AB型0.91头;BB型经产仔猪数也高于AB型和AA型,但3种基因型之间差异不显著。FSH-β基因的3种基因型AA、AB、BB在玉山黑猪中的频率分别为0.567、0.333、0.100,各基因型对应的产仔数存在差异,总体表现BB>AB>AA,初产仔猪数BB型多于AA型0.80头(P<0.05),多于AB型0.43头(P>0.05);BB型的经产仔猪数也是3种基因型中最高的,但彼此之间差异不显著。ESR和FSH-β基因在初产仔猪数及经产仔猪数上都具有显著的加性遗传效应(P<0.05)。     

獭兔KAP和FGF5基因的多态性与经济性状的关系

分析獭兔KAP基因和FGF5基因的多态性与经济性状的关系,为獭兔下一步的性状改良提供理论基础.利用PCR-SSCP技术对KAP基因的4个位点进行遗传变异检测,通过SPSS软件下的GLM程序分析150只獭兔KAP基因2个多态位点及FGF5基因2个多态位点不同基因型的最小二乘均值(LSM)、最小二乘效应值(LSE)及其遗传方差;通过标记位点与胴体性状和毛皮性状的遗传相关预测了选择反应.结果表明:獭兔KAP3.2位点可作为胴体深和被毛密度的标记位点,KAP6-1位点可作为獭兔体质量,胴体质量和被毛长度性状的标记基因型的标记位点,FGF5-1位点可作为体质量、胴体质量、皮质量和被毛密度的标记位点.