青格里绒山羊微卫星标记遗传多态性及其与部分经济性状相关关系的研究

[目的]研究青格里绒山羊群体的遗传多态性,检测并分析多态标记与生产性状的关联性,找到与生产性状相关的遗传标记,为标记辅助选择育种提供理论依据.[方法]采用微卫星标记技术研究9个微卫星标记在青格里绒山羊群体中的遗传多态性,利用Popgene(Version1.32)软件计算等位基因频率(P)、基因杂合度(H)、有效等位基因数(Ne);用PIC-CALC软件计算多态信息含量(PIC),并用SAS软件的一般线性模型(GLM)分析多态位点与部分生产性状的相关性关系.[结果]9个微卫星标记中,微卫星标记BM6438没有多态性,其它8个微卫星标记均存在多态性.在青格里绒山羊群体中,8个有多态性的微卫星标记的平均有效等位基因数(Ne)、杂合度(H)、纯合度(P)和多态信息含量(PIC)分别为4.821 9、0.784 9、0.215 1、0.754 0.关联分析表明:绒细度性状上,标记OarHH35的BF基因型个体的绒细度显著低于其它基因型个体(P＜0.05),标记BM3033的DF基因型个体极显著低于CE基因型个体(P＜0.01),标记BM1824的BE基因型个体极显著低于AB基因型个体(P＜0.01);产绒量性状上,标记BMS1788的CG基因型个体显著高于BC和EG基因型个体(P＜0.05);标记BM1824的AD和BE基因型个体显著高于CF基因型个体(P＜0.05).[结论]与生产性状相关联的4个微卫星标记OarHH35、BM3033、BM1824、BMS1788可望作为青格里绒山羊绒细度或产绒量的分子遗传标记.其中,标记BM 1824的BE基因型可望作为同时影响青格里绒山羊绒细度和产绒量的分子标记,这对于绒山羊分子育种研究工作的开展具有重要意义.     

4个微卫星标记在波尔山羊中的遗传多态性研究

根据比较基因组学方法,利用绵羊6号染色体上与主效多胎基因(FecB)紧密连锁的4个微卫星标记OarAE101、OarHH55、BM1329和BMS2508,对波尔山羊进行了等位基因频率、多态信息含量、有效等位基因数和杂合度的遗传检测。结果表明,4个微卫星位点在波尔山羊上多态性丰富;OarAE101基因座的多态信息含量(PIC)、有效等位基因数(Ne)、平均杂合度(He)分别为0.847 4,6.553 1和0.862 8;OarHH55基因座分别为0.767 6,4.302 9和0.796 8;BM1329基因座分别为0.841 4,6.305 2和0.857 6;BMS2508基因座分别为0.783 1,4.6104和0.8096。4个微卫星位点均为高度多态位点,可用于波尔山羊遗传多态性评估和多胎性状研究。     

中国美利奴羊(新疆型)及其杂交后代群体遗传多态性研究

[目的]研究4个微卫星标记在3个绵羊群体中的遗传多态性,以期找到与生长性状相关的遗传标记,为标记辅助选择育种提供理论依据.[方法]采用微卫星标记技术研究4个微卫星标记在3个绵羊群体(中国美利奴羊、中国美利奴羊与德国美利奴羊的杂交后代、中国美利奴羊与萨福克羊的杂交后代)中的遗传多态性,利用Popgene( Versionl.32)软件计算等位基因频率(P)、基因杂合度(H)、有效等位基因数(Ne);用PIC - CALC软件计算多态信息含量(PIC).[结果]4个微卫星标记在3个绵羊群体中共检测到26个等位基因,平均每个标记检测到6.5个等位基因,平均有效等位基因数(Ne)分别为4.384 8、5.4520、5.006 8,平均杂合度(H)分别为0.771 3、0.812 2、0.799 6,平均多态信息含量(PIC)分别为0.742 2、0.785 3、0.770 6.[结论]4个微卫星标记在3个绵羊群体中均表现为高度多态,可以用作绵羊遗传多样性的评估,可望作为生长性状选择的遗传标记.     

鲁山牛腿山羊体尺性状与微卫星标记的相关分析

根据比较基因组学和相关文献资料,选择与山羊和牛生长性状相关的6个微卫星基因座(BM6444,MAF70,BM315,BMS1678,BM1818和BMC1206)作为分子标记,研究了牛腿山羊的群体遗传变异,并分析了体尺性状与6个微卫星标记之间的关系.结果表明:6个微卫星标记在牛腿山羊群体中的多态信息含量(PIC)分别为0.887,0.863,0.773,0.840,0.888和0.791,遗传杂合度(He)分别为0.904,0.883,0.808,0.864,0.904和0.824,有效等位基因数(Ne)分别为9.62,8.05,5.02,6.96,9.68和5.46.6个微卫星标记与体尺性状的最小二乘分析结果表明:BM6444基因座165bp和145bp等位基因对体质量、体高、体长、胸围和胸深有正效应,而154bp和137bp等位基因对体高、胸围和胸深性状有负效应;MAF70基因座180bp和159bp等位基因对体质量性状有正效应,159bp和144bp等位基因对体高、胸围和胸深有负效应;BM315基因座140bp等位基因对体高有正效应,而136bp等位基因对胸深有负效应;BM1818基因座298bp和27...     

伏牛白山羊6个微卫星标记的遗传多样性分析

选取位于绵羊第6号染色体上与牛多胎基因FecB紧密连锁的2个微卫星基因座OarAE1 01、BM1329,牛第3号染色体上的微卫星基因座BMS1248,绵羊第4号染色体上的2个微卫星基因座MAF70、OarHH35及牛第8号染色体上的微卫星基因座BM1227,对伏牛白山羊遗传多样性进行检测。结果表明,6个微卫星基因座在伏牛白山羊中共检测到50个等位基因,其中平均多态信息含量(PIC)为0.789,且每个微卫星基因座的PIC>0.5,平均有效等位基因数(Ne)、平均杂合度(H)分别为5.165、0.903。由此表明,6个微卫星标记均具有高度多态性,可用于伏牛白山羊遗传多样性的分析。     

西藏绒山羊的微卫星多态性与部分经济性状的关联分析

为了解微卫星位点在西藏绒山羊群体中的多态性与经济性状的关联性,试验采用PCR-SSCP技术对340只西藏绒山羊的10个微卫星位点进行多态性分析,并采用Duncan氏法进行多重比较,与体长、体高、胸围、羊绒长度、羊毛长度的关联性进行分析。结果表明,除位点BM6438无多态性外,其他9个位点都具有多态性,基因型都在5个以上。与经济性状进行关联性分析发现在体长性状中,位点BM3033的基因型6显著高于其他基因型个体(P 0. 05);在体高性状中,位点BMS1248的基因型1和位点BM3033的基因型6显著高于其他基因型;在胸围性状中,位点BMS1248的基因型2和位点BM3033的基因型6显著高于其他基因型个体(P 0. 05);在绒长性状中,位点BMS1788的基因型3显著高于其他基因型个体(P 0. 05);在毛长性状中,位点BM3413的基因型1和基因型2显著高于其他基因型个体(P 0. 05)。本研究结果可为西藏绒山羊分子标记辅助选择提供参考依据。     

优质细毛羊遗传多样性的微卫星分析

利用9个微卫星标记,采用PCR扩增,体积分数8％聚丙烯酰胺凝胶电泳,对96只优质细毛羊基因组DNA的遗传多样性进行了检测。结果表明:除G54279外,8个微卫星化点均具有高度多态性;群体的平均多态信息含量(PIC)为0.768 8,遗传杂合度(h)为0.774 2,有效等位基因数(Ne)为4.7.均高于国内外部分研究结果。证明微卫星可以作为有效的遗传标记用于优质细毛羊的遗传多样性分析。     

应用两类遗传标记方法分析湖羊和同羊的遗传多样性

随机抽取湖羊 6 3只、同羊 6 5只分别进行 14个结构基因座和 7个微卫星标记的遗传检测 ,比较由两种遗传标记获得的群体基因平均杂合度 (H)、多态信息含量 (PIC)及群体有效等位基因数 (Ne)。结果表明 :由微卫星等位基因频率获得的群体基因平均杂合度、多态信息含量及有效等位基因数显著大于由结构基因座获得的 ,且在两群体中变化趋势一致。提示 :结构基因座和微卫星标记是绵羊群体遗传多样性研究的可靠遗传标记 ,而微卫星标记揭示更为丰富的遗传变异 ;两绵羊群体在结构基因座和微卫星DNA两个层次上具相当的遗传多样性 ;微卫星标记可有效用于近缘群体间的遗传分析。     

微卫星标记BMS2508和Bulge5在河南淮山羊中的遗传多样性研究

用2个微卫星标记,通过PCR扩增,利用12％非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳和银染显色等方法对河南淮山羊进行微卫星DNA遗传多态性进行研究.结果显示:在Bulge5基因座上检测出6个等位基因,其片段大小在105～140 bp之间,其多态信息含量(PIC)、有效等位基因数(Ne)、平均杂合度(He)分别为0.7340、3.182 0、0.8325;BMS2508位点有6个等位基因,其片段大小在100～150 bp之间,其多态信息含量、有效等位基因数、平均杂合度分别为0.843 0、3.706 0、0.8446.说明BMS2508和Bulge5等2个微卫星位点在河南淮山羊上均为高度多态位点,利用微卫星DNA多态性预测山羊的生产性能是可行的,本研究为山羊的选育、保种和开发利用提供了理论依据.     

中国荷斯坦牛微卫星基因座遗传多态性研究

利用PCR技术和复合电泳银染技术检测了中国荷斯坦牛ETH225、BM1824、BM2113和ETH152 4个微卫星座位的多态性分布,计算了各个基因座的杂合度(H)、有效等位基因数(Ne)、Shannon信息熵(S)、多态信息含量(PIC)和固定指数(F)。结果显示,4个微卫星基因座的基因型分布均不符合Hardy-Weinberg平衡,其中,基因座ETH225的H、Ne、S、PIC、F均为最高,分别为0.913 0,11.488 2,2.574 4,0.906 6和-0.095 3,表明该座位的遗传多态性比其他座位丰富,具有更大的选择潜力。     

崂山奶山羊微卫星标记与泌乳性状的相关分析

 【目的】探讨微卫星DNA作为崂山奶山羊泌乳性状遗传标记的可行性。【方法】根据比较基因组遗传图谱,选择奶牛6、14、15号染色体上与泌乳性状相关联的微卫星座位（BM1329、BM143、BM302、CSSM66和BMS0812）,对175只崂山奶山羊泌乳母羊进行多态性检测,采用最小二乘方法分析微卫星座位与泌乳性状之间的关联效应。【结果】所选微卫星座位在崂山奶山羊群体中均表现出丰富的遗传多态性,有效等位基因、观察杂合度、多态信息含量和近交系数的平均值分别为3.9924、0.4667、0.6748 和0.347。基因座CSSM66对乳脂率和300 d泌乳量均有显著效应（P＜0.05）,最有利的基因型分别为210/210和194/194,具有正效应的等位基因分别为210和194;BM302对300 d泌乳量有极显著效应(P＜0.01),最有利的基因型为156/150,具有正效应的等位基因为156和150;基因座BM143对乳脂率有显著效应(P＜0.05), 对乳蛋白率有极显著效应(P＜0.01),最有利基因型分别为114/100和100/100,等位基因114和100对乳脂、乳蛋白均有正效应;基因座BM1329对乳脂率有显著效应(P＜0.05),最有利的基因型为182/180。【结论】发现了对崂山奶山羊泌乳性状有显著效应、多态性较高的微卫星基因座,为开展崂山奶山羊的标记辅助选择提供了有价值的遗传标记。     

KAP基因的多态性与辽宁绒山羊经济性状的关系研究

 【目的】研究辽宁绒山羊KAP基因的遗传多态性及其多态位点对绒山羊产绒性状和体重性状的关系，寻找可用于标记辅助选择的分子标记，为下一步分子育种提供理论依据。【方法】采用PCR-SSCP技术研究了绒山羊KAP基因的多态性，分析了4个多态位点不同基因型的最小二乘均值（LSM）、最小二乘效应值（LSE）及其遗传方差；通过标记位点与经济性状的遗传相关预测了选择反应。【结果】产绒量性状上，S1-AB和S1-BB的LSM显著高于S1-AA （P＜0.05）,S2-BB 的LSM显著高于S2-AA和S2-AB（P＜0.05），S3-BB的LSM显著高于S3-AA和S3-AB （P＜0.05），S4-AB的LSM显著高于S4-AA和S4-BB（P＜0.05）；在体重性状上，S2-BB的LSM显著高于S2-AA和S2-AB（P＜0.05）,S3-AA和S3-AB的LSM显著高于S3-BB（P＜0.01）；产绒量性状和体重性状上S2位点的选择反应最大。【结论】产绒量性状上，S1-AB，S1-BB，S3-BB和S4-AB基因型可以作为标记基因型；在体重性状上，S3-AA和S3-AB基因型可以作为标记基因型；在体重和产绒量性状上S2-BB基因型可作为多性状标记辅助选择的标记。     

内蒙古白绒山羊褪黑激素受体基因SNP与产绒性状的关联

【目的】研究绒山羊褪黑激素受体（melatonin receptor,MTNR）基因的SNP与绒山羊产绒性状的关系,寻找可用于辅助选择的分子标记。【方法】以内蒙古阿尔巴斯型白绒山羊为研究对象,选择绒山羊褪黑激素受体（MTNR1a和MTNR1b）基因部分序列作为候选基因,采用PCR-SSCP分子标记技术和DNA测序技术研究其多态性,然后运用最小二乘方差分析方法,对各基因型间生产性状指标进行差异显著性检验。【结果】① 在绒山羊MTNR1a基因外显子1和2,以及MTNR1b基因外显子1没有检测到SSCP多态,而在绒山羊MTR1b基因外显子2中存在SSCP多态,首次检测到了3个SNP;② P4引物位点存在NM_001206907:g.648 bp处C-G突变,该突变没有导致氨基酸的改变;以及NM_001206907:g.665 bp处的G-A突变,该突变导致第223个密码子CGC变成CAC,从而使精氨酸变成组氨酸（Arg-His）;方差分析表明,该位点多态对绒山羊产绒量有显著影响（P＜0.05）;③AA基因型具有较高的产绒量,比AB、BB基因型产绒量分别高98.78和148.23 g,同时该多态位点基因型与年龄互作效应对绒山羊绒厚度有显著影响（P＜0.05）;④ P5引物位点存在NM_001206907:g.1 015 bp处的G-A突变,该突变导致第339个密码子GGC变成AGC,从而使甘氨酸变成丝氨酸（Gly-Ser）,分析表明该多态位点基因型与年龄互作效应对绒山羊绒细度存在边际显著影响（P＜0.1）;⑤ 这两个位点多态对绒山羊产羔数量、羔羊初生体重等繁殖性状均无显著影响（P＞0.05）。【结论】P4-AA基因型可以作为内蒙古阿尔巴斯型白绒山羊产绒量性状辅助选择的标记基因型。     

博格达绒山羊KAP13.1基因的多态性研究

[目的]寻找影响毛绒性状的候选基因,探讨该基因是否能作为影响毛绒性状的候选基因之一.为后期新疆山羊地方品种的分子育种提供一定的理论依据.[方法]试验以随机采集的279个博格达绒山羊个体的血样为材料,利用PCR-RFLP、DNA测序等技术研究分析博格达绒山羊KAP13.1基因的多态性.[结果]博格达绒山羊KAP13.1基因具有多态性,KAP13.1基因存在三种基因型:TT、GT和GG,且处于Hardy-Weinberg非平衡状态(P＞0.05),KAP13.1基因编码区片段在基因组c.186位置发生错义突变T＞G,导致氨基酸p.48Leu＞Arg的变化.[结论]KAP13.1基因可能是影响绒山羊产绒性状的候选基因之一.     

两个贵州山羊品种GHSR和GHRL基因遗传变异及其与生长性状的关联性

【目的】探讨GHSR和GHRL基因作为山羊体重体尺性状候选基因的可能性,寻找与山羊生长性状相关的分子遗传标记。【方法】以贵州白山羊和贵州黑山羊为研究素材,采用DNA混合池结合PCR产物直接测序及PCR-SSCP技术检测GHSR和GHRL基因的单核苷酸多态性,利用SPSS (18.0)软件GLM统计模型分析基因SNPs不同基因型及合并基因型与贵州山羊生长性状的关联性,同时采用在线软件对GHSR基因进行生物信息学分析。【结果】在GHSR基因外显子2和3′UTR分别检测到G200A同义突变和T628C位点,而在5′UTR区和外显子1则未发现多态性。设计一对特异性引物对G200A位点进行PCR-SSCP分析,表现为3种基因型,依次命名为GG、GA和AA。GG基因型为优势基因型,在贵州白山羊和贵州黑山羊母羊群体中等位基因G为优势等位基因,其等位基因频率分别为0.6731和0.5243。而在贵州黑山羊公羊群体中A则为优势等位基因,其频率为0.5122。多态信息含量均表现为中度多态(0.25＜PIC＜0.50)。在GHRL基因内含子2处发现1个G141A突变,外显子2和外显子4处分别检测到2个同义突变(T78C和C14T),设计一对特异性引物对C14T位点进行SSCP分析,显示为2种基因型CT和CC。在所有试验群体中,CC基因型为优势基因型,其频率分别为0.7692、0.9417和0.9390,等位基因C为优势等位基因,其频率依次为0.8846、0.9709和0.9695,多态信息含量均显示为低度多态(PIC＜0.25)。χ²检验显示所有试验群体G200A和C14T位点基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡(P＞0.05)。关联分析表明,GHSR基因G200A位点与山羊体重、体高、体斜长和管围显著相关 (P＜0.05),纯合子GG基因型优势较为明显,贵州白山羊GG基因型个体的体高显著高于GA基因型个体和管围显著高于AA基因型个体(P＜0.05)。C14T位点贵州黑山羊 (公羊) CC基因型个体的体重、体高和胸围显著高于CT基因型 (P＜0.05)。组合基因型对体高和胸围指标的影响显著(P＜0.05),表现为CCGG合并基因型个体的体高显著高于CCAA合并基因型个体 (P＜0.05)。生物信息学分析揭露,GHSR基因5’UTR处未检测到核心启动子区和CpG岛,仅发现1个CAAT-box和部分潜在的转录因子结合位点,G200A导致mRNA二级结构发生明显变化。GHSR蛋白二级结构以α-螺旋为主 (48.90%),三级结构及跨膜螺旋结构预测表明该蛋白是膜蛋白。【结论】研究初步推测GHSR基因和GHRL基因多态性及合并基因型对山羊生长性状具有较显著的影响,G200A和C14T位点可作为山羊生长性状的有效遗传标记用于指导山羊的分子育种。     

和丰县新疆山羊主要经济性状的相关性分析

[目的]研究和丰县新疆山羊主要经济性状的相关性,为育种场的种羊培育及新疆地方品种资源的保护提供依据.[方法]通过对新疆山羊的细度、含绒率、平均长度、抓绒量的测定,利用SPSS软件分析绒山羊不同年龄、不同生理阶段的主要经济性状之间的相关性.[结果]周岁公羊的细度与含绒率呈负相关,差异极显著(P＜0.01);周岁母羊的含绒率与平均长度呈正相关,差异显著(P＜0.05),细度与平均长度呈正相关,差异极显著(P＜0.01);成年母羊的细度与平均长度呈正相关,差异极显著(P＜0.01).[结论]和丰县绒山羊在不同生理阶段的主要经济性状存在较大差异.     

新疆南疆绒山羊与新疆山羊主要经济性状的差异分析

[目的]对比分析新疆南疆绒山羊和新疆山羊在抓绒后体重、产绒量、绒层厚度、绒纤维直径四项指标上的差异,进一步阐明两个品种所具有的品种优势,为绒山羊育种工作提供一定理论依据.[方法]实验随机选取264只新疆南疆绒山羊成年母羊和158只新疆山羊成年母羊,分别测定其抓绒后体重、产绒量、绒层厚度、绒纤维直径四项指标,并对其主要绒性状进行相关分析.[结果]新疆南疆绒山羊抓绒后体重、产绒量、绒层厚度均极显著高于新疆山羊(P＜0.01),绒纤维直径上,两品种差异不显著(P＞0.05).两品种绒纤维直径与绒层厚度、产绒量呈正相关关系,且相关关系显著(P＜0.05).[结论]南疆绒山羊品种优势明显,具有较高的推广价值;利用各品种其绒纤维直径与绒层厚度、产绒量的相关关系,一定水平可以用于绒山羊绒纤维直径的预测.     

猪IGF2、MC4R、JHDM1A及TEF-1多基因标记遗传效应研究

  【目的】在大白猪群体中检测和分析猪生长和背膘厚性状候选基因（IGF2、MC4R、JHDM1A和TEF-1）的多态性，并进行多基因标记效应分析，为分子标记辅助选择在育种中的应用提供理论基础。【方法】采用PCR-RFLP方法对候选基因多态性进行检测，并运用SPSS软件对单基因标记和多基因标记与生长和背膘厚性状之间的关联性进行分析。【结果】在试验群体中检测了IGF2、MC4R、TEF-1和JHDM1A 4个基因的单核苷酸多态位点。单基因标记分析结果显示，IGF2基因与100 kg腰荐结合处背膘厚显著关联（P＜0.05），AA型为优势基因型，分别比AG和GG基因型薄0.541 cm和0.629 cm；MC4R基因与生长和背膘厚性状无显著关联；JHDM1A基因与100 kg腰荐结合处背膘厚呈显著关联（P＜0.05），CC型为优势基因型，分别比GG和GC基因型背膘薄0.520 cm和0.489 cm；TEF-1基因与100 kg腰荐结合处背膘厚趋于显著关联（0.05＜P＜0.1），GG基因型背膘厚分别比AA和AG基因型薄0.973 cm和0.379 cm；与达100 kg体重呈显著关联（P＜0.05），AG为优势基因型，分别比AA和GG基因型缩短了0.445 d和2.258 d。【结论】对4个候选基因的多基因标记效应进行分析发现，多基因标记效应与单基因标记效应一致。IGF2、TEF-1和JHDM1A基因多态位点合并基因型AGCCGG和AACCGG对于100 kg腰荐结合处背膘厚性状为优势基因型组合，可以作为分子标记在育种中应用。