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上海白猪(上系)(Sus scrofa)是上海市闵行区的地方培育品种,近年来,由于引进品种的冲击,其各项生产指标严重衰退,且对其种质特性、遗传基础和杂交性能等缺乏应有的了解.本研究应用全基因组范围内的遗传标记,对上海白猪(上系)群体进行了遗传多样性和群体结构的分析.首先对反映群体内遗传多样性的3个重要指标-等位基因的丰度(allelic richness,AR)、标记多态性的比例(proportion of polymorphic markers,PN)和期望杂合度(expected heterozygosity,He)进行了分析和计算.结果表明,上海白猪(上系)与太湖和西方猪种对比,其遗传多样性最高(PN=0.731,AR=1.709,He=0.221).上海白猪(上系)与太湖品种之间的遗传分化程度(0.237±0.007)大于其与西方品种之间的遗传分化程度(0.219±0.008).另外,用主成分分析(principal components analysis,PCA)、STRUCTURE和系统进化树等对群体结构进行了分析.结果显示,上海白猪(上系)群体内的遗传多样性比太湖猪种和西方猪种高;群体间遗传距离显示上海白猪(上系)相对于太湖猪种更接近西方猪种;主成分分析、聚类分析与群体结构分析皆显示上海白猪(上系)能够形成独立的分组.以上结果表明,从分子水平上看,将上海白猪(上系)作为一个独立的培育品种是合理的,特别是其具有独特的遗传结构,应进一步加强其保护、开发和利用. 相似文献
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犬膨大性心肌症(DCM)是以心室功能受损心房室都显著膨大为显著特征的犬常见疾病。尽管此病的发病率非常高,但该疾病的的遗传机制研究较少。本研究利用基因集富集分析(GSEA)的方法,针对NCBI的GEO数据库中的DCM的表达芯片数据进行分析,共发现与犬膨大性心肌症相关的显著上调的基因通路4个,显著上调的GO集合15个。这些显著的基因集合可作为犬膨大性心肌症相关的候选通路,为进一步进行犬膨大性心肌症的早期诊断,预防和个性化治疗奠定基础。 相似文献
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MMP9属于基质金属蛋白酶(matrix metalloproteinase,MMP)家族成员,该家族是细胞外基质(extracellular matrix,ECM)降解过程中必不可少的酶.通过分析NCBI数据库中猪MMP9基因的序列,发现存在长为500 bp的不匹配区域,针对该区域设计两对引物进行扩增,得到猪MMP9基因确切的基因组序列.并发现10处碱基替代和1处插入突变.结合NCBI中已有的14个物种MMP9的氨基酸序列,利用生物学软件进行了分子进化分析,得到如下结果:(1)聚类分析显示,14个物种明显归为2类.8个哺乳动物种为一紧密类群,鸡与爪蟾和鱼类聚为一松散类群,该聚类结果与公认的动物分类及进化关系密切吻合;(2)PAMIA的Branch模型预测显示,猪、牛与马在分化过程中MMP9基因受到纯化选择作用(ω=0.2297);Site模型预测显示,猪MMP9基因有11个点为正选择氨基酸位点. 相似文献
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拟通过全基因组范围内遗传变异的检测和注释分析,深入了解上海白猪(上系)群体的遗传现状,以便更好地进行提纯复壮与开发利用。本研究应用基因组简化测序平台—GGRS,对上海白猪(上系)群体(99头)进行基因组测序,并综合实验室前期太湖地方猪种和西方引进品种共计447头测序数据进行SNP和InDel等遗传变异检测和功能注释分析。结果显示,上海白猪基因组测序平均覆盖度为2.87%,平均测序深度为3.9倍,共检测到328 586个SNPs、693 220个InDels。进一步分析表明,SNP和Indel在染色体上的分布相对均一,但在不同染色体上数量和密度的分布存在一定差异。结构注释显示,SNP和InDel对应基因的数量分别为11 496个和13 216个,按照基因的结构区域分类,SNP和InDel在各类功能基因区间的分布特点一致,绝大多数的SNP和InDel变异都分布在基因间区,分别为74.61%和83.38%。内含子中次之,分别为22.76%和14.98%。基因富集分析结果表明,SNP主要与蛋白代谢过程和高分子代谢过程等相关,InDel多在组织、器官发育和疾病相关的通路中发生富集。此外还发现,含有高密度SNP和InDel等遗传变异的QTL主要集中在肉质与胴体性状和健康性状。本研究利用先进的简化基因组测序技术对上海白猪(上系)全基因组范围内的遗传变异进行了普查,并通过对太湖流域地方猪种和西方引进品种的合并比较分析,阐释了这些遗传变异的染色体分布特征,基因区间分布规律和功能注释信息,为后续的开发利用奠定了坚实的基础。 相似文献
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申农I号’猪是一个由‘长白猪’×(‘大白猪’ב二花脸’)为基础群构建的新品系,其血统以及基因组组成是否符合品系培育的预期,需要进行群体结构和基因渗入分析来进行初步的判断。研究选择包括‘申农I号’猪、长白猪、大白猪与二花脸猪群体在内的125个个体为研究对象,基于185 657个全基因组范围内的单核苷酸多态性(SNP)位点进行群体结构与基因渗入分析。群体结构分析结果表明,‘申农I号’猪与大白猪的遗传距离较近,这与杂交模式不相符,且‘申农I号’群体内部遗传距离差异大。基因渗入分析结果表明,‘申农I号’猪从二花脸猪导入的基因可能与繁殖有关,从长白猪导入的基因可能与采食、饲料转化等功能相关,从大白猪导入的基因则主要与免疫相关。研究从分子层面分析了‘申农I号’猪的育种效果,发现‘申农I号’猪没有形成一个稳定的遗传资源,揭示了‘申农I号’猪从不同亲本继承的基因,评价了‘申农I号’猪的育种效果没能达到预期的原因。研究结果为‘申农I号’猪的进一步开发和利用提供参考。 相似文献
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基于基因组测序数据的梅山猪保种现状分析 总被引:1,自引:0,他引:1
梅山猪是我国太湖流域优良地方品种之一,以繁殖力高和肉质鲜美闻名于世。为探究这一珍贵遗传资源的保种现状,本研究利用4家梅山猪保种场的143头梅山猪简化基因组测序数据,对现有群体的遗传多样性及遗传结构进行了分析。结果表明,各保种场群体有效含量均处于严重威胁状态,群体有效含量(Ne)小于65;中梅山群体具较高的多态标记比,小梅山群体具较高的观测杂合度与期望杂合度;小梅山与中梅山2类型间存在较大遗传分化,群体分化指数(Fst)为0.111,遗传距离(D)为0.287;2个小梅山保种场群体间的遗传分化较弱(Fst=0.055,D=0.239),而2个中梅山保种场群体间则达到中等程度遗传分化(Fst=0.127,D=0.273)。本研究利用测序数据首次全面揭示了现有梅山猪保种群体的遗传多样性与遗传结构关系,为更好地保护与利用梅山猪提供了分子依据。 相似文献
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上海荷斯坦奶牛头胎与二胎日产奶量性状遗传力和遗传相关对比分析 总被引:1,自引:1,他引:0
当前,上海正组建我国南方地区荷斯坦奶牛基因组选择参考群体,而研究并对比分析上海荷斯坦奶牛头胎与二胎产奶量的遗传力和遗传相关是全基因组关联分析和基因组选择的基础。本研究收集并整理上海光明乳业旗下奶牛场2007~2013年6年间荷斯坦奶牛的43余万条奶牛群体改良(DHI)测定日记录,并采用随机回归模型对头胎和二胎的产奶量的遗传力和遗传相关进行估计。结果显示日产奶量性状头胎奶牛遗传力在0.125与0.475之间变化,二胎遗传力在0.155与0.34之间变化,变化趋势都是在泌乳期内先增大后减小,且头胎奶牛遗传力峰值大于二胎奶牛。头胎和二胎测定日产奶量间均有较高的遗传相关,但二胎整体的遗传相关程度较头胎测定日间小。该研究结果为上海地区荷斯坦奶牛基因组选择参考群体的构建和制定合理的选育计划,奠定了必要的理论依据。 相似文献