猪圆环病毒2型甘肃株全基因组克隆及序列分析

参照GenBank中登录的猪圆环病毒2型(PCV-2)全基因组序列,设计合成了两对特异性引物,从甘肃白银疑似断奶仔猪多系统衰竭综合征(PMWS)病料中提取病毒DNA,分步扩增全基因组。回收PCR产物,将其插入pGEM-TEasy载体,构建了重组质粒pGEM-PCV-2,转化后筛选、提取阳性重组质粒进行测序。结果表明,克隆到的PCV-2全基因组长度为1767bp。应用DNAStar序列分析软件,对所测PCV-2序列与GenBank中登录的包括甘肃在内的国内外PCV毒株进行同源性分析。结果显示,克隆的PCV-2与英国株(UK-EU656143)遗传关系最近,其核苷酸和推导的氨基酸序列同源性高达96.2%和91.0%,与已报道的2株甘肃毒株(GS03-EU547458,GSLZ-FJ447482)遗传关系较远,可能是流行于甘肃白银的一个变异毒株(GSBY)。     

猪圆环病毒2型山东株全基因组的克隆与序列分析

参照国外发表的猪Ⅱ型圆环病毒（PCV2）全基因组序列,设计合成了1对特异性引物,从山东疑似断奶仔猪多系统衰竭综合征（PMWS）病料中提取PCV2基因组DNA,进行PCR扩增。回收PCR产物,将其插入pMD18-T载体,构建了重组质粒pMD18TPCV2,并对筛选出的阳性质粒进行测序。结果表明,克隆得到的PCV2山东株的全基因组长为1767bp。应用DNAStar序列分析软件,对所测PCV2序列与GenBank中登录的国内外PCV毒株进行同源性比较。结果显示,PCV2山东株与国内外毒株的核苷酸同源性高达99．6％,推导的氨基酸同源性达95．4％。进化树分析结果显示,PCV2山东株与GZ（EF515839）株同源性最高,表明,PCV2各分离毒株在进化方面存在地域上的相关性。     

猪圆环病毒2型湖南株的分离及全基因组序列分析

为了解湖南省猪圆环病毒2型(PCV2)的来源及与其他地区毒株的关系,从湖南省疑患断奶仔猪多系统衰竭综合征(PMW S)猪群中分离PCV2毒株1株(PCVHunan),提取病毒DNA,进行PCR扩增,扩增产物经克隆与酶切鉴定,获得1.7 kb片段的阳性重组质粒,对其进行全基因组测序分析,与Genbank中已知全基因组序列进行同源性比较。结果,该序列与国内外毒株核苷酸同源性为93.0%~97.7%,其中与美国株(AR145609)及澳大利亚株(AY424405)同源性最高,为97.7%。2个主要阅读框(ORF1与ORF2)氨基酸序列与国内外毒株同源性分别为98.4%~99.4%和88.0%~95.7%。     

PMWS患病猪和健康猪感染的PCV2序列比较分析

根据GenBank中已发表PCV2全基因序列,设计1对特异性引物,建立扩增PCV2全基因的PCR方法。用该方法从山东、河北、安徽、甘肃4个省份的4份PMWS患病猪的阳性病料和山东德州、南京、北京、甘肃、甘肃泉州和白银5个屠宰场的7份健康猪阳性样品中直接扩增出11个PCV2全基因片段。将扩增片段克隆于pMD18-T载体,并通过双酶切的方法筛选获得了11个阳性重组质粒,分别命名为SDPCV、HBPCV、AHPCV、GSPCV、DZPCV1、DZPCV2、DZPCV3、NJPCV、BJPCV、BYPCV和QZPCV。测序结果分析表明,除了BJPCV和GSPCV2株PCV2基因组全长为1768bp外,其余9株基因组全长均为1767bp。应用DNAstar序列分析软件,对测定的11个PCV2序列与GenBank中登录的10个不同地区的代表毒株进行同源性比较,发现健康猪群感染毒株的全基因组序列和ORF2及其氨基酸序列同源性比患病猪群略高,ORF1、ORF3及其相应氨基酸序列同源性在2类猪群中则没有明显差异。系统发生进化树显示,DZPCV3与其他10株PCV2亲缘关系较远,但与山东分离株AY556473亲缘关系接近,共同构成一个独立分支;其余10株PCV2之间关系密切,都分布于一个独立的小分支中,并与法国分离株亲缘关系接近。患病猪群和健康猪群感染的PCV2在基因进化树上交错分布,表明2类猪群感染的PCV2在基因水平上差异不显著,在地域分布上也没有明显差异。     

一种克隆载体重组质粒pMD18-T Simple-PCV2的构建

为了研究猪圆环病毒2型(PCV2)的全基因组变异特性,试验设计了1对特异性引物,并从疑似断乳仔猪多系统衰竭综合征(PMWS)的病料中经PCR直接扩增出PCV2全基因组,再与载体pMD18-T Simple连接后形成重组质粒pMD18-T Simple-PCV2(命名为P-S-PCV2),经酶切鉴定、PCR鉴定和序列测定分析的阳性重组质粒被证明含有长为1 767 bp的PCV2片段,同时通过Blast与GenBank中国内外的部分PCV2毒株进行同源性比较分析。结果表明:与国内外12个毒株间的同源性介于95.0%～100%之间,与国内的河北株(HB株)亲缘关系最近,同源性高达100%;与澳大利亚株(AUT2株)亲缘关系最远,同源性为95.0%。说明来源不同国家和地区的猪圆环病毒2型毒株存在地域性差异。     

陕西省部分地区猪圆环病毒2型全基因组的遗传变异分析

为了解陕西省猪圆环病毒2型(PCV2)的遗传变异情况,根据GenBank登录的PCV2全基因组序列,设计1对引物,从陕西省部分地区规模化猪场疑似PCV2感染的病猪采集病料9份,应用PCR扩增PCV2的全基因,其中6份为阳性,并对扩增的6个PCV2全基因组序列进行测序和序列分析。基因测序表明,PCV2基因组全长为1 767bp;对6株病毒序列进行同源性比较,6个毒株全基因之间核苷酸同源性为98.3%~100%,与GenBank上已发表的国内外毒株全基因组比较,同源性为96.3%~97.8%;与近几年陕西株比较发现基因变异程度不稳定,与2013年分离株(KX352154.1)同源性最高,2015年分离株(KX352159.1)次之,反而与2014年分离株(KX068219.1)最低;对6个毒株的ORF1和ORF2基因进行同源性比较,6个毒株的ORF1和ORF2基因的核苷酸同源性分别为98.1%~100%和98.2%~100%,与GenBank上已发表的国内外参考株ORF1和ORF2基因进行同源性比较,同源性分别为97.6%~99.8%和91.5~96.0%。陕西省流行的PCV2基因组较为保守,变异不大,同源性很高。     

广西3株牛源PCV2全基因组克隆与序列分析

为研究广西地区牛源PCV2流行毒株基因组特性和遗传进化情况,运用PCR技术对广西地区采集的210份牛血清进行检测,结果其中35份样品为PCV2阳性。将3份阳性样品进行全基因组克隆与序列分析,分别命名为PCV2/GX-B2(1 769 nt)、PCV2/GX-B131(1 768 nt)、PCV2/GX-B132(1 767 nt)。同源性显示与猪DK1980PMWS-free株同源性最低(94%),与牛源的Buffalo2株同源性最高(98.6%)。遗传进化分析,3株牛源PCV2毒株均属于PCV2d基因型。本研究报道了PCV2在我国广西地区牛群中的感染情况,并发现广西地区牛群中PCV2的主要流行基因亚型为PCV2d。     

猪Ⅱ型圆环病毒广东分离株的全基因组克隆及序列分析

根据GenBank中猪Ⅱ型圆环病毒(PCV-2)基因序列,设计两对特异性引物.将PCV-2广东分离株(GD1株)用PK15细胞系培养,从细胞培养物中提取病毒总DNA并以之为模板,用PCR方法分段扩增病毒全基因组,分别克隆到pMD18-T载体,对阳性质粒进行序列测定.用DNAstar对序列进行拼接,得到PCV-2 GD1株基因组全序列,全长为1767个碱基,包涵2个开放阅读杠(ORF1和ORF2),分别编码与复制相关的Rep蛋白和结构蛋白Cap.通过BLAST对所测GD1株核苷核酸序列早国内外已登录GenBank中的PCV-2病毒核苷酸序更进行同源性比较,与PCV-2参考毒株的核苷酸同源性介于94.4%～99.7%之间,与德国株PCV-2(AF201897)的同源性最高,为99.7%;与猪I型圆环病毒(PCV-1)参考株(AY184287)的同源性仅为70%.     

福建省猪圆环病毒4型PCR检测及全基因组序列分析

为了解福建省猪圆环病毒4型(PCV4)流行株的现状和遗传演化,收集了2018年-2019年福建省规模化猪场200份疑似断奶仔猪多系统衰竭综合征(PMWS)的猪组织病料或血清,通过荧光定量PCR方法进行PCV4的核酸检测。结果表明,200份检测样品中PCV4核酸阳性的有4份,检出率为2%(4/200),成功克隆了1个PCV4全基因组序列(FJ-PCV4)。FJ-PCV4的基因组全长为1 770 bp,与国内PCV4代表毒株(GenBank登录号MK948416和MK986820)核苷酸序列同源性为98.8%～99.2%,与PCV1、PCV2及PCV3代表毒株Eng-1970、AF055392、AF055394、DK1980PMWSfree、BDH、 MN2016和MO2015等的核苷酸同源性为43.3%～52.0%,而与水貂圆环病毒Mink circovirus strain SD16、Mink circovirus strain MiCV-DL13同源性为68.1%～68.2%,表明PCV4是一种不同于PCV1、PCV2和PCV3的新型圆环病毒。研究结果为PCV4的分子流行病学研究提供了基础资料。     

1株圆环病毒3型美国毒株全基因组克隆与遗传演化分析

为了解进口美国种猪中获取的猪圆环病毒3型(PCV3)毒株全基因组序列及遗传变异情况,根据GenBank中收录的PCV3基因组序列,设计2对特异性引物,对确诊感染PCV3的病死猪组织进行全基因组序列扩增、拼接、测序和序列分析。结果显示,获得的PCV3美国毒株(命名为PCV3_USA2021,GenBank登录号OL799306)全基因组序列长度约为2000 bp,与国内外不同地区的38个PCV3参考毒株同源性为98.7%~99.8%。其中,PCV3_USA2021株开放阅读框ORF1和ORF2与国内外38个参考毒株同源性分别为99.1%~99.9%和98.0%~100%。构建的全基因组系统进化树显示,该毒株为PCV3a亚型,与美国毒株(PCV3-US_SD2016)亲缘关系最近。本研究为PCV3的遗传变异、流行病学分析提供了参考,也为相关疫苗的研制打下了基础。     

2013年-2015年辽宁地区猪圆环病毒2型遗传演化分析

为了解2013年-2015年辽宁地区猪圆环病毒2型(PCV2)的遗传变异情况,采用PCR对辽宁地区采集到PCV2阳性病料样品进行全基因组扩增,并应用DNA Star软件进行序列比对和遗传演化分析.结果表明,检测的15株PCV2全基因组全长为1 767 bp和1 768 bp,基因核酸序列同源性为94.4％～99.8％;15株PCV2毒株中有11株属于PCV2b基因型,4株属于PCV2a基因型.结果表明,目前在辽宁地区有多种血清型PCV2同时流行,应该针对优势血清型制定免疫策略.     

猪圆环病毒2型遗传标记毒株的构建及生物学特性鉴定

以临床分离的猪圆环病毒2型（PCV2）为材料，利用PCR法扩增病毒基因组，将2个基因组顺式连接插入到质粒载体中构建感染性分子克隆。通过引物设计替换碱基，在病毒基因组内插入Sal Ⅰ限制性内切酶位点作为遗传标记，经重组质粒转染细胞获得带有遗传标记的新毒株。采用免疫过氧化物酶单层细胞试验、免疫电镜、核酸序列分析表明，在病毒感染细胞中检出病毒特异抗原，其抗原性、病毒形态学及基因序列与亲本毒株一致。鉴于新病毒基因组内插入一个SalⅠ酶切住点，用PCR与限制性片段长度多态性分析法可与野生型病毒相鉴别。新毒株经细胞连续传60代，体外培养增殖性能稳定，毒价可达10^6.6CID50/mL。取病毒培养物经静脉和滴鼻途径接种35日龄抗体阴性仔猪4头，接种后表现出体温升高、进行性消瘦、被毛粗糙及体表淋巴结肿胀症状，迫杀后多种脏器中均能检测到病毒抗原与核酸。研究表明，利用感染性分子克隆手段构建带有遗传标记的PCV2新毒株，为进一步开展该病毒的致病性、疫苗免疫、分子诊断等研究奠定了基础。     

猪圆环病毒2型感染性克隆构建

基于PCV2滚环复制原理,在分析PCV2不同基因亚型代表毒株基因组结构和序列的基础上,设计2对引物用于PCR扩增PCV2基因组序列。以从收集到的疑似PCV2感染的10份猪血清样品中提取的DNA为模板,用设计的引物扩增目的片段,并进行测序分析,1株为PCV2a型,4株为PCV2b型,5株为PCV2d型。每种基因型毒株中各选取一个样本,利用上述2对引物进行PCR扩增,并将扩增产物克隆至pEASY-Blunt simple载体中,通过双酶切连接2个PCR片段,构建含有约1500 bp重叠序列的PCV2基因组的质粒。通过脂质体转染法将含PCV2全基因组的质粒转染至PK-15细胞进行病毒拯救,经PCR和IFA两种方法验证,证明成功拯救出3个基因型的PCV2毒株。通过对PCV2全基因组结构及序列分析,该方法同样适用于PCV2g、PCV2h基因型病毒的感染性克隆构建。本研究建立了一种基于反向遗传学技术的PCV2感染性克隆的构建方法,为开展PCV2的病原学研究提供了技术支持。     

猪圆环病毒2型云南株分离鉴定及ORF2序列分析

本研究根据GenBank中已经发表的猪圆环病毒2型基因序列,设计了2对PCV2特异性引物,从疑似断奶仔猪多系统衰竭综合征(postweaning multisystemic wasting syndrome,PMWS)感染病例中检测出3株云南省PCV2流行株,通过ve-ro细胞分离病毒,并用透射电子显微镜观察到了约17nm的病毒样粒子的存在。经同源性比较分析,3个分离株之间核苷酸同源性为99.5%～99.8%,与甘肃省PCV2分离株核苷酸同源性最低(90.7%),浙江省分离株核苷酸同源性最高(99.7%),与南美洲分离株核苷酸同源性最低(92.0%),瑞典分离株核苷酸同源性最高(99.4%),这可能与云南省猪种引进有关。     

5株猪圆环病毒2型全基因克隆和序列分析

为了解广东地区猪圆环病毒2型(PCV2)流行势态及毒株的基因变异情况,从广东珠三角地区疑似断奶仔猪多系统衰竭综合征(PMWS)患病死亡猪中采集淋巴结,将PCR鉴定为阳性的病料在PK-15细胞上进行增殖培养,成功分离到5株猪圆环病毒2型毒株,分别标记为GD-jm、GD-sz、GD-pz、GD-gj和GD-ss。再从细胞培养物中提取病毒基因组DNA,对5株PCV2分离株全基因组进行PCR扩增并克隆到pMD18-T Simple Vector进行测序,测序结果提交GenBank,登录号分别为JX912914、JX912915、JX945575、JX945576和JX945577。借助相关生物学软件作同源性分析,这5株PCV2基因组长度均为1767 bp,其中3株为PCV2b亚型,2株为PCV2d亚型。     

猪圆环病毒Ⅱ型ORF2基因在酵母中的表达

为探索猪圆环病毒Ⅱ型(PCVⅡ) ORF2基因的高效表达,将ORF2基因整合到酵母表达载体pPICZαC中,构建重组质粒pPICZαC-ORF2,通过SacⅠ酶切线性化,经电穿孔法转到毕赤酵母菌SMD1168。经Zeocin^TM抗性筛选得到转化子,通过SDS-PAGE分析和Western blotting鉴定,结果表明衣壳蛋白在酵母菌中成功分泌表达。     

猪圆环病毒2型辽宁株全基因组克隆与序列分析

本试验从辽宁地区某猪场疑似患有断奶仔猪多系统衰竭综合征(PMWS)的猪群中采集病料,采用PCR方法进行猪圆环病毒2型(porcine circovirus type 2,PCV2)的检测,在此基础上对阳性病料进行PCV2全基因组克隆和序列分析。结果表明,PCV2辽宁分离株基因组全长为1768 bp,与国内外PCV2分离株的同源性为95.9%~99.5%,其中与丹麦分离株(EF565365)、澳大利亚分离株(AY424405)和江苏分离株(FJ158606)同源性最高,均为99.5%;与广东分离株(JX912915)同源性最低,为95.9%。     

猪圆环病毒1型ORF2基因的改造及其在大肠杆菌中的表达

根据GenBank中猪圆环病毒1型(PCV1)ORF2基因序列,设计合成了一对引物,对PCV1ORF2基因进行PCR扩增,将扩增出的ORF2基因(702bp)克隆入pMD18-T载体,筛选获得重组质粒命名为pMD-ORF2。由于ORF2前面有120多个信号肽和序列中有大量的稀有密码子,所以将ORF2进行改造并将改造的ORF2双酶切产物插入原核表达载体pET-32α与pET-41α,得到重组子命名为pET-ORF2-1与pET-ORF2-2。用IPTG进行诱导表达,收集菌液进行SDS-PAGE和Westernblot分析,结果表明PCV1-ORF2在pET-32α和pET-41α中获得了高效融合表达,其表达蛋白分子量约为30Kda和45Kda。