鸭疫里默氏菌铁依赖抑制子基因的克隆及序列分析

本研究根据鸭疫里默氏菌铁依赖抑制子(RaDtxR)基因序列特征设计特异性引物,利用PCR方法从已鉴定为2型鸭疫里默氏菌RA-FJ株的基因组DNA中扩增目的基因片段,胶回收PCR扩增片段,克隆到pMD18-T载体后进行序列测定.采用生物信息学软件对测序结果进行分析,结果表明所获得的RaDtxR基因编码完整的开放阅读框,全基因长度为654 bp,编码217个氨基酸.所编码的蛋白大小为24.82 ku,理论等电点为5.69,不稳定系数为38.45,属于稳定蛋白质类.将其与GenBank中已发表的RaDtxR基因序列进行核苷酸同源性比对分析,结果显示其与鸭疫里默氏菌疫苗株RA-CH-1株(GenBank登录号:CP003787)的核苷酸同源性为100.0%,与其他4株核苷酸同源性均为99.8%,仅在186位处存在无义突变.利用该基因对福建省农业科学院畜牧兽医研究所分离鉴定的鸭大肠杆菌、禽多杀性巴氏杆菌和沙门氏菌进行扩增,结果显示均未扩增到条带,对福建省农业科学院畜牧兽医研究所分离鉴定的1型、2型、3型、11型和13型鸭疫里默氏菌均可扩增出特异性目的条带,表明RaDtxR基因可作为鸭疫里默氏菌鉴别诊断的靶基因.试验结果表明,本研究成功克隆到鸭疫里默氏菌RaDtxR基因,为研究其功能奠定基础.     

鸭疫里默氏菌病和大肠杆菌病多重PCR诊断方法的建立

参考GenBank中鸭疫里默氏菌和大肠杆菌的外膜蛋白A(OmpA)基因序列,应用PrimerPremier5.0软件在二者高度保守区设计了2对引物,建立了适合鸭疫里默氏菌和大肠杆菌的快速检测的多重PCR检测方法。以该方法对已分离并保存的鸭疫里默氏菌和大肠杆菌进行PCR扩增,分别扩增出与试验设计相符的670、408bp的特异性DNA片段。将扩增所得的DNA片段进行克隆测序,测序结果表明分别为鸭疫里默氏菌和大肠杆菌OmpA基因序列。该方法对鸭疫里默氏菌和大肠杆菌的检测下限分别为4×104CFU/mL和3×104CFU/mL。表明所建立的PCR方法具有特异、快速和敏感的特点,可用于诊断鸭疫里默氏菌、大肠杆菌以及两者的混合感染。     

鸭疫里默氏菌病和大肠杆菌病鉴别诊断双重PCR方法的建立和应用

本研究从鸭疫里默氏菌提取基因组DNA,采用细菌16S rRNA基因的通用引物,用PCR方法成功扩增出鸭疫里默氏菌的部分16S rRNA基因,克隆及测序结果表明其全长1512bp,G＋C含量为51％,该序列已登人GenBank,登录号为DQ078779。同时利用生物软件对GenBank收录的鸭疫里默氏菌和大肠杆菌的16S rRNA基因序列进行分析后,设计了鸭疫里默氏菌和大肠杆菌的种特异性引物,分别能从各自的16S rRNA基因中扩增出长度为342和718bp的DNA片段。并据此建立了一种能快速准确鉴别诊断鸭疫里默氏菌和大肠杆菌病的双重PCR方法,该方法能从肝脏组织悬液煮沸后的上清、细菌培养物或提取的细菌基因组DNA中快速扩增出相应的片段,进行鉴别诊断。     

16S rRNA基因及外膜蛋白基因分析在鸭疫里默氏菌鉴定中的应用

本实验对鸭疫里默氏菌（包括6个血清型）、大肠杆菌、鼠伤寒沙门氏菌和多杀性巴氏杆菌进行了16S rRNA基因片段的扩增和测序，并将测序结果进行了同源性比较和酶切分析；同时根据标准血清2型鸭疫里默氏菌外膜蛋白的基因序列设计一对引物进行扩增。根据16S rRNA的测序结果及EcoRⅠ和HaeⅢ酶切片段分析，可将鸭疫里默氏菌与其它临床症状易混淆的细菌感染相区别，而外膜蛋白基因序列的特异性也为鸭疫里默氏菌的鉴别诊断提供了一种快速、准确的PCR鉴定方法。     

鸭疫里默氏杆菌PCR快速检测方法的建立

在鸭疫里默氏杆菌外膜蛋白保守区设计了一对特异性引物,建立PCR方法,对5株已知血清型的鸭疫里默氏杆菌纯培养菌和6株临床分离未定型的里默氏杆菌菌株以及病死鸭病料组织进行检测,结果表明不同样品都可扩增出592bp的特异目的条带,而对鸭源大肠杆菌、鸭源多杀性巴氏杆菌、鸭源沙门氏菌的扩增结果均为阴性,说明该PCR法具有较好的特异性,可用于快速鉴定鸭疫里默氏杆菌,也适用于病料的直接检测.     

鸭疫里默氏菌感染对鸭肠道菌群结构的影响

试验旨在分析鸭疫里默氏菌（RA）感染不同时期鸭肠道菌群结构变化规律，探讨鸭疫里默氏菌对鸭肠道微生物的影响及引起鸭致病的可能机制。采用细菌16S V4-V5区扩增通用引物，扩增鸭疫里默氏菌未感染组（鸭疫里默氏菌感染0 d组），鸭疫里默氏菌感染后1、2、3、5、9和14 d的鸭直肠内容物样本DNA，将扩增得到的产物进行DNA建库后基于Ion S5^TMXL测序平台测序。测序得到的Raw Reads数据总量为4 710 688条序列，平均每个样本84 119条序列。共注释到数据库的操作分类单元（OTUs）数目为4 528。Alpha多样性分析结果表明，菌群多样性指数Shannon和Simpson在鸭疫里默氏菌感染组和未感染组间差异不显著（P>0.05），菌群丰富度指数Chao1、Ace、Observed-species和PD-whole-tree在鸭疫里默氏菌感染后0~5 d逐渐降低，从5~14 d又逐渐增加，尤其在鸭疫里默氏菌感染后3和5 d均显著低于未感染组（P<0.05）。Beta多样性分析表明，未感染组与6个时间点的感染组间菌群差异均显著（P<0.05），其中，未感染组与感染后3 d的物种差异最大，之后依次为感染后2、5、9、1和14 d。物种丰度聚类热图显示，在未感染组和不同时间感染组，物种丰度相对较高的微生物菌属均不同。在门水平，鸭疫里默氏菌感染组主要以厚壁菌门（Firmicutes）、unidentified-Bacteria、拟杆菌门（Bacteroidetes）、梭杆菌门（Fusobacteria）及变形菌门（Proteobacteria）为主；在属水平，Bacteroides在感染组和未感染组均为优势菌属，感染组中弯曲杆菌属（Campylobacter）和梭杆菌属（Fusobacterium）明显增加。本试验分析了鸭疫里默氏菌未感染组和感染不同时间组肠道菌群的差异，寻找到一些特征菌属，可为鸭疫里默氏菌的致病性研究提供理论依据。     

荧光定量PCR方法检测鸭疫里默氏菌在组织中的分布规律

为揭示鸭疫里默氏菌在鸭组织中的分布规律,用荧光定量PCR检测法,对人工感染鸭疫里默氏菌鸭组织中鸭疫里默氏菌进行检测。结果表明,获得的熔解曲线为单一的峰,扩增曲线为"s"形,标准曲线扩增效率为99.7%。人工感染鸭疫里默氏菌1、2、3、5、9、14 d鸭脾脏、脑、心脏、肺脏和肝脏组织中的鸭疫里默氏菌载菌量均在2 d达定殖高峰,载菌量多少按组织排序依次为脑>心>脾>肺>肝,按时间排序依次为2 d>3 d>1 d>5 d>9 d>14 d。     

番鸭源鸭疫里默氏菌大环内脂类药物的耐药基因检测与分析

为了解莆田市番鸭源鸭疫里默氏菌对大环内酯类药物的耐药性和相关耐药基因携带情况,对本实验室分离鉴定的49株番鸭源鸭疫里默氏菌菌株采用K-B纸片扩散法进行药敏试验,提取菌株基因组DNA,采用PCR方法对大环内酯类药物的ermA、ermB、ermC、ermF、ereD等5种耐药基因进行检测,阳性产物送公司测序并对序列进行分析...     

同时检测鸭疫里默氏菌和大肠杆菌的环介导间接PCR方法的建立

为建立同时检测鸭疫里默氏菌和大肠杆菌的环介导间接PCR方法,本研究根据鸭疫里默氏菌外膜蛋白A基因和大肠杆菌的gapA基因的保守序列设计两对特异性探针,分别标记于猪线粒体基因片段的两端形成两种不同的捕获探针,将捕获探针与待检测菌的基因组杂交、补平缺口、环化后,采用1对引物反向扩增捕获探针,建立检测鸭疫里默氏菌和大肠杆菌的环介导间接PCR方法,扩增片段分别为540 bp和328 bp,本研究建立的方法对金黄色葡萄球菌、禽多杀性巴氏杆菌、沙门氏菌的检测结果为阴性;能够检测出10 pg的鸭疫里默氏菌和大肠杆菌的基因组DNA,与常规PCR的符合率为100%。本研究建立的环介导间接PCR方法是一种特异性好、灵敏度高的快速病原学诊断方法,为同时检测鸭疫里默氏菌和大肠杆菌提供了一种可行的方法。     

鸭疫里默杆菌PCR快速检测方法的建立

为了建立一种能快速准确地检测鸭疫里默杆菌的PCR方法,试验采用GenBank中鸭疫里默杆菌42 ku主要外膜蛋白A的基因序列设计并合成1对引物,建立PCR方法,分别以21株来自广西各地区鸭场的鸭疫里默杆菌全菌体为模板,结果均能扩增出大小为660 bp的目的片段,经测序证实为鸭疫里默杆菌,而对鸭源大肠杆菌、鸭源沙门菌、鸭...     

不同来源沙门菌入侵基因invH的检测及序列分析

根据沙门菌invH基因序列设计1对引物,对9株沙门菌和4株常见病原菌进行PCR扩增,并将扩增出的in-vH基因进行克隆及序列分析,应用生物信息学方法预测invH蛋白的T细胞抗原表位。结果表明,9株沙门菌PCR均扩增出519bp的特异条带,4株非沙门菌均无特异带扩增;核苷酸序列分析证实,3株鼠伤寒沙门菌之间同源性为99.8%,与鸡白痢和鸡肠炎沙门菌之间的核苷酸序列同源性为98.6%,3株猪伤寒沙门菌和3株鸡源性沙门菌同源性较低,且不在同一支系统进化树上;invH蛋白有5个重复率最高的T淋巴细胞受体识别的抗原表位。     

鸡约氏乳杆菌的分离鉴定及进化分析

从3日龄健康小鸡肠道中分离到1株乳杆菌,用PCR方法从分离菌株扩增16S rRNA基因,获得大小为1340 bp的DNA片段,该片段的核酸序列已提交GenBank,登录号为EU290749。将分离株的16S rRNA基因核苷酸序列与GenBank上其它乳杆菌进行同源性分析并建立进化树。结果表明,分离株的16S rRNA基因核苷酸序列与NCBI公布的鼠约氏乳杆菌分离株(AB295648)的同源性为99.6%,因此该分离菌株被鉴定为鸡约氏乳杆菌(chicken Lactobacillus johnsonii),命名为HN/0711。     

鸭疫里默氏杆菌10个基因在菌株中的分布及序列分析

检测鸭疫里默氏杆菌（Riemerellaanatipestifer,RA）10个基因在不同菌株间的分布并进行序列分析,研究其在不同菌株中的保守性。分别选取8株RA的10个基因进行PCR扩增,扩增产物克隆于pMD18-T载体,进行序列测定和分析。结果显示：测定的8株RA菌株中均能检测到Lipid A、LuxE和TCTR编码基因,表明这些基因在不同血清型RA菌株中的保守性良好;TR基因仅从6株具有致病性的RA菌株中扩增得到,而2株非致病性RA菌株NJ1和NJ4未能扩增到,表明TR基因可能与RA菌株的致病性相关;IS1仅从6株血清1型和2型的RA菌株扩增得到,2株血清10型菌株均未扩增得到,提示IS1为血清10型菌株缺失基因。     

副猪嗜血杆菌的分离鉴定及药敏试验

黑龙江省近几年频繁发生以多发性浆膜炎、关节炎、脑膜炎以及急性死亡为特征的传染病,为猪场造成严重经济损失,为了确诊是否有副猪嗜血杆菌感染,采集病死猪肝脏、脾脏和肺脏等病料,进行副猪嗜血杆菌的分离;对其理化特性进行鉴定,应用PCR方法对其16S rRNA基因扩增后进行克隆测序,将测序结果在GenBank上进行BLAST分析,把相近的基因序列应用DNAStar软件进行同源性和进化关系分析;用分离菌株进行药物敏感性试验,筛选敏感药物。结果分离出一种具有多形性的NAD依赖性菌株,经鉴定为副猪嗜血杆菌;16S rRNA基因进化分析结果表明,分离菌株与以往报道的副猪嗜血杆菌中国、日本和美国分离株属于同一亚群,而西班牙分离株属于单独的亚群;分离菌株对壮观霉素和头孢拉定高度敏感。     

羊传染性脓疱病毒趋化因子结合蛋白（CBP）基因的克隆及表达分析

参照GenBank中ORFV的毒力因子CBP基因的核苷酸序列设计合成1对特异性引物,采用PCR方法扩增该基因片段,并克隆入原核表达载体pGEX-4T-1中,经PCR、酶切鉴定和测序正确后,转入E.coli BL21（DE3）感受态细胞中,经IPTG进行诱导表达,并通过生物信息学软件进行分析。SDS-PAGE结果可见大小...     

鹅细小病毒延边株VP1基因真核表达质粒构建及其在Vero细胞中的表达

根据GenBank已发表的鹅细小病毒(GPV)B株基因序列,设计并合成1对含有Xho I和BamH I酶切位点的特异性引物,以提取的GPV基因组DNA为模板,经PCR扩增得到了1 163 bp的目的片段,并将该片段克隆至pMD-18T simple载体中,再将其亚克隆至真核表达载体pVAX1中,构建重组表达质粒pVAX1-VP1。经PCR鉴定、酶切分析和序列测定比较,证实了重组质粒的正确性。通过脂质体法将pVAX1-VP1转染Vero细胞,经间接荧光抗体检测,在Vero细胞表面可见特异性荧光。经RT-PCR扩增得1 163 bp的目的片段。该研究为GPV核酸疫苗的研制奠定了基础。     

鹅细小病毒VP3基因真核表达载体的构建及其在Vero细胞中表达

根据已发表的鹅细小病毒(GPV)B株核苷酸序列,设计并合成了1对引物,PCR扩增GPV吉林分离株主要结构蛋白VP3基因,获得大小为1605bp的核苷酸片段。将该片段纯化后克隆入pMD18-T载体,转化感受态大肠杆菌JM109,双酶切鉴定,筛选阳性重组质粒并测序。经过酶切和连接反应,将VP3基因克隆入真核表达载体pVAX1,转化感受态大肠杆菌DH5α,筛选阳性克隆,提取质粒,进行了PCR和酶切鉴定。通过脂质体法将pVAX1-VP3转染Vero细胞,RT-PCR和间接免疫荧光法检测。结果显示,VP3基因克隆成功,与GPVB株核苷酸序列同源性为96.2%;PCR和酶切鉴定结果证实,成功构建了含VP3基因的GPV真核表达载体pVAX1-VP3。提取转染该质粒的Vero细胞RNA,RT-PCR扩增,在1000～2000bp可见一明显DNA条带;间接荧光抗体染色转染细胞,在细胞表面可见特异荧光。