基于盖他病毒nsP3基因的TaqMan荧光定量RT-PCR检测方法的建立及初步应用

为建立一种灵敏、特异且高效的检测盖他病毒(GETV)的TaqMan荧光定量RT-PCR方法，本研究根据GETV的nsP3基因设计特异性引物及探针，以GETV (SC483株) cDNA作为模板，扩增目的基因并克隆至p ET-29a载体中，构建重组质粒标准品p ET29a-nsP3并经PCR和测序鉴定。基于该质粒标准品，采用方阵法优化引物、探针浓度以及退火温度，初步建立了一种基于GETV nsP3基因的TaqMan荧光定量RT-PCR检测方法，并绘制标准曲线。以GETV (SC483株、SC266株)、辛德毕斯病毒(SINV)、猪流感病毒(H3N2、SIV)、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)、猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪繁殖和呼吸障碍综合征病毒(PRRSV)等病毒的基因组RNA反转录为cDNA作为模板，利用本实验建立的TaqMan荧光定量RT-PCR方法检测，结果显示，仅GETV为阳性，SINV、SIV、TGEV、PEDV、PRRSV均为阴性，表明该方法特异性较强；分别以10倍倍比稀释(3.07×10^-1拷贝/μL～3.07×10⁸拷贝/μL...     

猪δ冠状病毒TaqMan荧光定量RT-PCR检测方法的建立与初步应用

本研究旨在建立一种灵敏、快速检测猪δ冠状病毒(porcine deltacoronavirus,PDCoV)的TaqMan荧光定量RT-PCR方法。参照GenBank中PDCoV有关基因序列,设计一对特异性引物用于扩增PDCoV M 基因。将测序正确的基因片段克隆入pMD18-T载体,构建重组质粒作为建立标准曲线的病毒模板。设计合成一对特异性引物与TaqMan探针,进行反应条件和反应体系的优化,建立快速检测PDCoV的TaqMan实时荧光定量RT-PCR方法,并进行该方法的灵敏性、特异性与重复性验证。结果表明,该方法能有效扩增1.0×10^1 ~1.0×10^9 拷贝·μL^-1 的PDCoV标准质粒,建立的标准曲线呈现良好的线性关系。该方法的检测灵敏度为1.0×10^1 拷贝·μL^-1;对猪流行性腹泻病毒、猪传染性胃肠炎病毒、猪伪狂犬病病毒等病原不发生交叉反应,具有很好的特异性;重复性试验结果显示变异系数(CV)小于1%,重复性良好。对2017—2018年期间收集的河南省不同猪场的100份腹泻病料进行检测,PDCoV的阳性检出率为23%(23/100),与PDCoV SYBR Green Ⅰ荧光定量RT-PCR检测方法的符合率为100%。人工感染PDCoV的仔猪,取攻毒后不同时间的粪便样品,应用本研究建立方法与常规RT-PCR方法对样品进行检测,TaqMan荧光定量RT-PCR检测方法的灵敏度远远优于常规RT-PCR。上述结果表明,本研究所建立的TaqMan荧光定量RT-PCR检测方法能够灵敏、特异地检测PDCoV,可用于临床PDCoV的检测。     

猪流行性腹泻病毒实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立及初步应用

为建立一种特异、灵敏、量化、快速的猪流行性腹泻病毒(PEDV)检测方法,设计1对PEDV N基因的特异性引物,建立Eva Green染料的实时荧光定量RT-PCR的检测方法,并对疑似PEDV感染的临床样品进行检测。结果显示,所建立的实时荧光定量RT-PCR方法的标准曲线具有良好的线性关系,线性相关系数R2=0.999;不与猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)、猪瘟病毒(CSFV)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)发生交叉反应,具有较强的特异性;灵敏度比常规RT-PCR方法高100倍;重复性试验的变异系数均小于5%,重复性良好。对43份临床样品进行检测,结果比普通PCR多检出2份阳性。结果表明,建立的实时荧光定量RT-PCR检测方法在特异性、灵敏度和重复性方面都很好,可用于临床PEDV检测。     

盖他病毒SYBR Green Ⅰ荧光定量RT-PCR检测方法的建立

为建立检测盖他病毒(GETV)的敏感、特异且快速的方法,本研究根据GETV E1基因的保守区域设计引物,通过反应条件的优化,建立了快速检测GETV的SYBR Green Ⅰ荧光定量RT-PCR方法。利用该方法对GETV以及临床猪常见病毒(PRRSV、PCV2、PRV、JEV、PTV、PSV)进行检测,结果显示该方法仅对GETV检测为阳性,而对其他病原均无特异性扩增,特异性强;以10倍倍比稀释后的质粒标准品pMD19-CETV为模板,采用该方法进行敏感性检测,结果显示本实验建立的该方法最低检测下限为6.87拷贝/μL,是常规RT-PCR方法的10倍,敏感性高;以不同稀释度的质粒标准品作为模板进行组内和组间的重复性试验,结果显示该方法组内和组间变异系数均小于1.5%,重复性好。利用该方法对35份临床流产死胎的猪脑组织样品进行检测,结果显示所有样品均未检出GETV,与普通RT-PCR方法检测结果一致。本研究首次建立的GETV SYBR Green Ⅰ荧光定量RT-PCR方法具有特异性强、敏感性高、重复性好的特点,可应用于对GETV的检测。     

用荧光定量RT-PCR方法检测猪瘟病毒

为了建立能特异检测不同基因型猪瘟病毒(Classical swine fever virus,CSFV),同时又能区分其他瘟病毒的基因检测方法,本实验针对CSFV基因组5′端非编码区设计并合成了简并引物和TaqMan探针,在优化反应条件的基础上,成功地建立了特异检测CSFV的荧光定量RT-PCR检测方法。再以已知滴度的CSFV石门株血毒总RNA反转录产物建立标准品,该标准品可以用于定量临床样品中的CSFV滴度,所建立的荧光定量PCR方法可以灵敏地检测出10~(-0.82)个TCID_(50)病毒含量。最后用建立的方法对108份临床样品进行检测并同时进行病毒分离,荧光定量PCR方法检测出73份阳性样品且与病毒分离的符合率为100%,而常规RT-PCR只检测出54份阳性样品,表明本荧光定量RT-PCR法在检测猪瘟病料上具有潜在的应用价值。     

猪瘟病毒TaqMan实时荧光定量PCR的建立与应用

为了建立一种既能检测野毒,又能检测疫苗毒的猪瘟病毒TaqMan实时荧光定量PCR方法,经过对GenBank中所有瘟病毒属成员高度保守的5’端非翻译区序列比对分析后,设计出1对TaqMan Real-time RT-PCR引物、1条TaqMan探针和3条RNA标准品制备引物。猪瘟病毒石门毒株经RNA标准品制备引物RT-PCR扩增后,再经T7 RNA聚合酶体外转录制备包含检测目的片断序列的猪瘟病毒RNA标准品。通过最佳引物、探针浓度的筛选及反应条件的优化,建立了猪瘟病毒TaqMan实时荧光定量PCR检测方法。该方法批内及批间重复试验变异系数均低于2%,特异性试验仅能检测出猪瘟强毒及疫苗毒株,最低浓度检测极限为1 X 102 copies/μL,上机检测时间少于60 min,建立的标准曲线斜率(Slope)为:-3.97,截距(Intercept)为:47.41,相关系数(R2)为:0.999779。运用该方法对3份猪瘟临床组织样品及6家企业生产的5种细胞苗及2种脾淋苗进行定量检测,结果提示:临床病料含有的病毒拷贝数差异不大,而疫苗产品每头份含有的病毒拷贝数差异较大。所建立的方法具有特异、快速、灵敏、可重复性和线性关系好的特点,不仅适合于猪瘟临床样品的早期检测,也适用于疫苗生产过程中的质控及疫苗制品的效价评估。     

TaqMan MGB探针实时荧光定量PCR快速检测牛鹦鹉嗜热衣原体

为了建立特异、敏感、快速检测鹦鹉热嗜衣原体的TaqMan MGB探针实时荧光定量PCR方法,针对支原体ompA基因的保守区设计特异性引物和探针,建立鹦鹉热嗜衣原体TaqMan MGB探针实时荧光定量PCR检测方法,验证方法的特异性、敏感性和稳定性。并对来自宁夏地区三个规模化奶牛养殖场的376份流产奶牛样品利用鹦鹉热嗜衣原体IHA诊断试剂盒和TaqMan MGB探针实时荧光定量PCR进行检测。结果表明:建立的TaqMan MGB探针实时荧光定量PCR方法敏感性为10 fg的总DNA,是一种可靠、快速、灵敏的检测鹦鹉热嗜衣原体的方法,并且成功应用于奶牛鹦鹉热嗜衣原体样本的检测。     

Taqman探针荧光定量RT-PCR检测禽肺炎病毒方法的建立

本试验旨在研究建立Taqman探针实时荧光定量RT-PCR检测禽肺炎病毒的方法.根据C亚型禽肺炎病毒F基因序列,设计了1对针对C亚型禽肺炎病毒的特异性引物和1条用荧光基团标记的Taqman探针,建立实时荧光定量RT-PCR检测C亚型禽肺炎病毒的方法,并对建立的方法进行敏感性、特异性测定和临床样品检验.结果显示该方法能特异性地鉴别检测禽肺炎病毒,特异性好;敏感性可检测到10个拷贝的禽肺炎病毒质粒DNA模板;对收集的54份鸡肺病料样品进行检测,没有检测到C亚型禽肺炎病毒阳性病料,与常规RT-PCR检测和病毒分离结果吻合.本研究建立的实时荧光定量RT-PCR方法检测C亚型禽肺炎病毒具有特异、敏感、快速、定量等优点,该方法适合用于检测鸡中C亚型禽肺炎病毒的存在.     

猪传染性胃肠炎病毒与猪呼吸道冠状病毒荧光RT-PCR鉴别检测方法建立与应用

本研究根据Genbank登录的猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)N基因和S基因保守区序列设计合成了两对引物和探针,通过对荧光定量RT-PCR反应条件的优化,建立了TaqMan荧光定量RT-PCR快速检测TGEV的方法。该方法能有效地鉴别序列密切相关的猪传染性胃肠炎病毒与呼吸道冠状病毒。与常规RT-PCR试验比较表明,所建立的荧光RT-PCR检测技术快速、敏感,检测时限3个小时以内,具有很好的特异性和重复性。通过对39份临床样品进行检测,结果表明所建立的检测方法直接检测样品中猪传染性胃肠炎病毒。     

牛传染性鼻气管炎病毒和牛病毒性腹泻病毒双重荧光定量PCR检测方法的建立

为建立基于TaqMan探针的双重荧光PCR技术检测牛传染性鼻气管炎病毒(IBRV)和牛病毒性腹泻病毒(BVDV)的方法,根据IBRV gB基因序列和BVDV 5′端非编码区序列的保守区域,分别设计1对IBRV的特异性引物和1条FAM标记的TaqMan探针,1对BVDV的特异性引物和1条ROX标记的TaqMan探针,建立双重荧光定量PCR检测IBRV和BVDV的方法。对建立的检测方法进行特异性和敏感性测定,并用临床样品进行检测验证。特异性试验结果显示,该方法检测参试的IBRV毒株,在波长530μm(FAM)时收集到特异性荧光信号曲线,检测参试的BVDV毒株,在610μm(ROX)时收集到特异性荧光信号曲线,无交叉信号出现,对照的毒株无论是在530μm(FAM),还是610μm(ROX)处,均无荧光信号曲线出现,方法的特异性好;敏感性试验结果显示,该双重荧光定量PCR可检测到100个拷贝的IBRV和BVDV质粒DNA模板;临床样品检测结果表明,对保存在-70℃的127份牛病料样品核酸进行检测,IBRV阳性12份,BVDV阳性26份,IBRV和BVDV同为阳性2份,为混合感染,检测的拷贝数分别为6.24×105和6.32×104拷贝/μL。阳性样品经序列比对分析,分别与IBRV和BVDV的序列100%同源。建立的双重实时荧光定量PCR方法检测IBRV和BVDV具有特异、敏感等优点,可用于临床样品的鉴别检测。     

犬瘟热病毒、犬细小病毒二重TaqMan MGB探针实时荧光定量PCR检测方法的建立与应用

为建立一种特异、高通量检测犬瘟热病毒(canine distemper virus,CDV)和犬细小病毒(canine parvovirus,CPV)的二重TaqMan MGB探针实时荧光定量PCR方法,本研究选取高度保守且具有型特异性的CDV H基因和CPVVP2基因序列,设计CDV和CPV特异性引物对及TaqMan MGB探针;经反应条件优化,建立了检测CDV和CPV的二重TaqMan MGB探针实时荧光定量PCR方法,并进行了敏感性、特异性和重复性试验。结果显示,该方法检测CDV、CPV的标准曲线线性相关系数(R~2)分别为0.997和0.993,最低检出限均为10拷贝/μL,具有较高的灵敏性;对犬副流感病毒等4种病原对照和阴性对照均未出现扩增,特异性良好;CDV、CPV标准品批间试验结果显示,该方法具有很好的重复性;对48份临床疑似CDV或CPV感染样品检测结果显示,14份为CDV阳性,19份为CPV阳性,4份为CDV/CPV双阳性,与CDV H基因、CPVVP2基因测序结果符合率为100%。本研究建立的二重TaqMan MGB探针实时荧光定量PCR方法具有灵敏、特异、高通量和可准确定量等优点,可用于临床CDV/CPV病毒感染各个时期的快速鉴别检测。     

火鸡疱疹病毒荧光定量PCR检测方法的建立及初步应用

本研究针对火鸡疱疹病毒(Herpesvirus of turkey,HVT)FC-126毒株sorf1基因序列,设计特异性的扩增引物和探针,建立了检测HVT的TaqMan荧光定量PCR方法,并对其特异性、敏感性和重复性进行检测。结果表明,建立的荧光定量PCR方法灵敏度高,最低可检测到1×10~2 copies/μL,比普通PCR灵敏10倍;对鸭瘟病毒、传染性喉气管炎病毒、鹅细小病毒、4型禽腺病毒和8型禽腺病毒均无特异性扩增,具有较好的特异性;组间和组内变异系数均小于1%,表明该方法重复性好。用建立的荧光定量PCR方法对82份HVT样品进行检测,结果43份为阳性,普通PCR只检测出30份阳性样品。结果表明本研究建立的HVT TaqMan荧光定量PCR检测方法特异性好,灵敏度高,重要性好,为监测HVT的病毒含量提供了一种有效的手段。     

羊口疮病毒TaqMan实时荧光定量PCR检测方法的建立及应用

根据GenBank中的羊口疮病毒基因组(AY386264)ORFVgORF121及ORFVgORF122基因的DNA序列,应用Beacon Designer 7.7软件设计一对引物和一条TaqMan探针,以含有该引物扩增序列的重组质粒作为阳性标准品,建立了羊口疮病毒TaqMan实时荧光定量PCR检测方法。该方法组内及组间重复试验变异系数均低于2%,上机检测时间不超过40min,检测灵敏度达1×101copies/μL,山羊痘及禽痘病毒特异性检测均为阴性,标准曲线的相关系数(R2)为0.998 088,线性关系良好。应用该方法对云南保山和普洱送检的羊口疮临床组织病料进行绝对定量检测,送检样品抽提DNA中病毒拷贝数分别为1.35×108copies/μL和9.62×107copies/μL。结果表明,研究建立的羊口疮病毒TaqMan实时荧光定量PCR检测方法具有特异、灵敏、稳定、快速和安全的特点,适于羊口疮临床组织样品的早期检测及常规病原监测。     

猪流行性腹泻病毒RT-LAMP可视化检测方法的建立

为建立一种适用于现场快速检测的猪流行性腹泻病毒(PEDV)LAMP技术,基于羟基萘酚蓝(HNB)的可视化显色特点,根据PEDV M基因编码区序列,设计合成1套引物,通过反应物浓度和反应条件优化,建立了可闭管检测的PEDV RT-LAMP检测方法。特异性和灵敏度试验结果显示,建立的RT-LAMP检测技术快速、灵敏、特异,可于1 h内检出0.2 mL 0.1 TCID₅₀/mL的病毒RNA,与实时荧光RT-PCR检测方法灵敏度一致,与猪瘟病毒、猪伪狂犬病病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪圆环病毒2型以及猪链球菌2型核酸不发生交叉反应。利用该方法对187份送检的粪拭子及病死猪组织样品进行应用检测,检出阳性样品9份,与荧光定量RT-PCR方法检测结果一致。试验结果表明,所建立的方法快速、特异,重复性满足要求,适用于送检样品的PEDV快速检测。     

鸭甲型肝炎病毒1型与3型双重TaqMan实时荧光定量PCR检测方法的建立与应用

旨在建立一种针对鸭甲肝病毒1型（DHAV-1）和鸭甲肝病毒3型（DHAV-3）的高效快速、高灵敏度和高特异性的双重TaqMan实时荧光定量PCR （q-PCR）检测方法并应用于临床疑似样品检测。根据DHAV-1和DHAV-3的VP1基因保守区域,分别设计合成了2对特异性引物和探针,在此基础上建立并优化了双重TaqMan实时荧光定量PCR方法。结果显示：优化后标准曲线的相关系数（R²）均在0.999以上,扩增效率（E）在105%~110%,其组内变异系数（i-CV）与组间变异系数（c-CV）均在0.77%以下。运用双重q-PCR方法对不同稀释度的混合质粒与病毒核酸进行检测,结果表明,建立的双重TaqMan q-PCR特异性高;同时检测DHAV-1和DHAV-3的灵敏度均可达10个拷贝,分别是常规PCR方法的1 000倍和100倍。对40份来自苏中、苏北地区的疑似鸭肝炎病毒感染的鸭组织病料进行检测,结果表明,q-PCR方法检出36份阳性病料,阳性率为90%;而常规PCR方法未能检出高Ct值的样品,阳性率为72.5%（29份阳性病料）。建立的双重TaqManq-PCR检测方法为DHAV-1与DHAV-3的临床样品检测提供了高效、灵敏、特异的工具,推动了临床分子流行病学调查及病毒定量分析等研究。     

鹅细小病毒TaqMan荧光定量PCR方法的建立及临床应用

为了建立一种能定量检测鹅细小病毒(GPV)的荧光定量PCR方法,根据GenBank已收录GPV-VP3基因保守区设计1对特异引物和TaqMan探针,经反应条件优化、标准曲线建立,以及敏感性、特异性和重复性试验。结果显示,该方法在10~7~10~2拷贝/μL具有良好的线性关系(R2=0.999);灵敏度是普通PCR方法的100倍;对其他3种常见禽病毒无特异性扩增,具有较好的特异性;组内与组间的变异系数均小于2%,具有良好的重复性。对临床20份疑似GPV感染鹅病料进行检测,检出率比普通PCR高10%。表明本试验建立的TaqMan荧光定量PCR方法准确、稳定、灵敏和特异,可以用于GPV临床定性与定量检测。     

猫传染性腹膜炎病毒荧光定量RT-PCR检测方法的建立

为快速、灵敏、准确检测猫传染性腹膜炎病毒（feline infectious peritonitis virus,FIPV）,以FIPV N基因为靶序列设计合成特异性引物及TaqMan探针,建立了一种FIPV实时荧光定量RT-PCR检测方法,并对该方法的特异性、灵敏度和重复性进行了试验。结果表明：该方法灵敏度高,最低检测限为3.4 copies/μL;特异性强,与狂犬病毒、猫疱疹病毒、猫杯状病毒、猫细小病毒、犬流感病毒、犬瘟热病毒等均无交叉反应;重复性好,批内变异系数为0.99%~4.13%,批间变异系数为1.29%~4.64%。以上结果说明,本试验建立的实时荧光定量RT-PCR检测方法特异、敏感、重复性好,适用于FIPV的快速检测。     

几种外来动物病毒多重普通和实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立及其初步应用

为了能够同时开展对小反刍兽疫病毒(PPRV)、蓝舌病血清8型病毒(BTV8)、鹿流行性出血热血清1型病毒(EHDV1)和非洲马瘟病毒(AHSV)4种外来动物疫病病原体的核酸检测,本试验根据GenBank中相关病毒序列设计引物和探针,建立多重普通逆转录PCR(RT-PCR)和实时荧光定量RT-PCR检测方法,并在采集的临床样本检测中进行初步应用验证。结果显示：建立的PPRV/BTV8/EHDV1三重实时荧光定量RT-PCR检测方法仅对PPRV、BTV8和EHDV1有特异荧光信号,检测敏感度可达10^1.70～10^2.08copies/μL DNA;建立的PPRV/BTV8/EHDV1/AHSV四重普通RT-PCR方法可特异性同步检测PPRV、BTV8、EHDV1和AHSV,检测敏感度可达10~3 copies/μL DNA;2种方法对羊痘、羊口疮、口蹄疫、阿卡斑、牛病毒性腹泻等临床相似的病毒均无扩增。在925份临床样本中检测出1例PPRV核酸阳性样本;经核苷酸序列测定及BLAST比对确定为谱系IV型PPRV毒株序列。本试验所建立的三重实时荧光定量...     

猪繁殖与呼吸综合征病毒和猪流行性腹泻病毒双重TaqMan实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立

为了建立快速、简便且能同时检测猪繁殖与呼吸综合征病毒(Porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)和猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)的方法,试验根据GenBank中已登录的PRRSV ORF7基因序列和PEDV N基因序列,设计2对特异性引物和2条TaqMan探针,通过优化扩增条件建立检测PRRSV和PEDV的双重TaqMan实时荧光定量RT-PCR方法,同时还进行了特异性、敏感性、重复性试验以及临床样品检测。结果表明:最终确立的20μL扩增体系中各引物和探针的加样量分别为:PRRSV-F 0.8μL,PRRSV-R 0.6μL,PRRSV-P 0.5μL;PEDV-F 1.2μL,PEDV-R 1.0μL,PEDV-P 0.7μL。(优化后的最佳扩增程序为:50℃反转录6 min;95℃预变性1 min;95℃变性10 s,55℃退火10 s,72℃延伸10 s,共40个循环)。检测PRRSV和PEDV的敏感性可分别达到1.05 TCID_(50)/100μL和3.16 TCID_(50)/100μL,该方法特异性好,不与其他常见猪病病原体发生交叉反应,批内变异系数和批间变异系数均不高于2.0%。用该方法对234份临床样品进行检测,PRRSV阳性样品15份, PEDV阳性样品20份,检出率高于常规RT-PCR方法。说明试验建立的双重TaqMan实时荧光定量RT-PCR方法敏感性高,特异性好,可同时准确、快速检测PRRSV和PEDV。     

IBRVgB基因TaqMan探针荧光定量PCR检测方法的建立

根据GenBank登陆的IBRV保守基因gB序列,利用分子生物学软件Primer Express3．0分别设计2对特异引物及其相应的TaqMan探针,优化反应体系后,建立牛传染性鼻气管炎病毒TaqMan探针荧光定量PCR检测方法。本方法利用10倍稀释的标准品进行扩增确定该方法的灵敏性,通过对伪狂犬病病毒（PRV）、马立克病病毒（MDV）等检测验证特异性,并进行临床检验。结果显示,建立的IBRVgB基因TaqMan探针荧光定量PCR检测方法的灵敏度为11个拷贝／μL,而且与PRV等非IBRV无交叉反应。本研究所建立的TaqMan探针荧光定量PCR检测方法具有快速、灵敏、准确、等优点,可用于IBRV的检测。