海南3个地方猪种SLA-DQB基因外显子2的PCR-RFLP多态性分析

采用PCR-RFLP法对海南五指山猪、临高猪及屯昌猪的SLA-DQB基因外显子2的PCR产物进行多态性分析。结果表明:五指山猪和临高猪SLA-DQB基因外显子2经限制酶RsaⅠ酶切后出现7种基因型,均由4个复等位基因A、B、C、D控制。屯昌猪中仅出现4种基因型,由3个复等位基因A、C、D控制。经HaeⅢ酶切结果出现8种基因型,这8种基因型在五指山猪群体中均存在,由E、F、G、H4个复等位基因控制;临高猪、屯昌猪经HaeⅢ酶切分别出现6种和5种基因型,均由3个复等位基因E、F、G控制。χ2适合性检验结果表明,五指山猪的RsaⅠ和HaeⅢ酶切位点突变未达到Hardy-Weinberg平衡。临高猪SLA-DQB基因外显子2RsaⅠ酶切位点不符合Hardy-Weinberg平衡状态,而HaeⅢ酶切位点处于Hardy-Weinberg平衡状态,屯昌猪SLA-DQB基因外显子2的2个酶切位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态。     

中国小型猪SLA-DMA基因的SSCP分析

通过对甘孜藏猪、合作猪、巴马猪以及五指山猪4个群体的SLA—DMA基因第2和第3外显子的PCR-SS-CP和序列多态分析表明：SLA—DMA基因的第2外显子没有多态，但第3外显子有2个等位基因的变异。通过优化低离子强度单链构象多态分型条件（LIS-PCR—SSCP）、克隆测序、菌落PCR、菌落不对称PCR及单链DNA二级结构计算机预测等技术，对第3外显子PCR—SSCP复杂带型进行了准确的判定，J等位基因的带型与单链DNA二级结构计算机预测结果之间存在很高的一致性。4群体中SLA—DMA基因的第3外显子共有JJ／JK／KK3种基因型，均达到了Hardy-Weinberg平衡。其中K等位基因频率高于J等位基因频率。杂合度和多态信息含量的高低依次为：巴马猪、五指山猪、合作猪、甘孜藏猪。除甘孜藏猪多态信息含量为低度多态外，其余群体均为中度多态。     

猪Pit-1基因的多态性研究

选取7个中国地方猪种和3个国外引入猪种共473头，应用PCR-SSCP技术在7个中国地方猪种中检测到1个Pit-1基因第4外显子上的突变；应用PCR-RFLP技术在3个国外引入猪种中，扩增长度为1747bp的片段中检测到1个RsaⅠ限制性内切酶的多态酶切位点。遗传多态性分析结果表明：外显子4上的突变，在7个中国地方猪种中是A型等位基因和AA基因型频率占优势。其中沂蒙黑猪和巴马小型猪处于Hardy-Weinberg平衡；北京黑猪、沂蒙黑猪、巴马小型猪、滇南小耳猪和香猪处于中度多态。RsaⅠ酶切多态位点的突变在3个国外引入猪种中也是A型等位基因和AA基因型频率占优势。其中大白猪和杜洛克猪处于Hardy-Weinberg平衡；3个国外引入猪种的多态信息含量均为中度多态。     

3个江西省地方猪种SLA-DQB基因外显子2多态性分析

采用PCR-RFLP法对3个江西省地方猪种(乐平花猪、修水杭猪和万安花猪)的SLA-DQB基因外显子2的PCR产物进行多态性分析。结果表明:3个猪种SLA-DQB基因外显子2多态性非常丰富,通过限制性内切酶HaeⅢ和RsaⅠ酶切后,均分出3种RFLP带型,共有10种组合带型,其中修水杭猪仅检测到4种,乐平花猪和万安花猪中均检测到6种。2χ适合性检验表明,3个猪种SLA-DQB基因外显子2的2个酶切位点均达到了Hardy-Weinberg平衡状态。     

杜滇猪和杜藏猪SLA-DQB、SLA-DRB基因第二外显子杂交优势分析

本实验旨在研究杂交后代杜滇猪、杜藏猪SLA-DQB、SLA-DRB基因第二外显子多态性问题,并与双亲(杜洛克猪、迪庆藏猪、滇南小耳猪)进行比较,分析其杂交优势。采用PCR-RFLP方法对杜滇猪、杜藏猪SLA-DQB、SLA-DRB基因第二外显子进行研究。结果表明:杜藏猪和杜滇猪SLA-DQB基因第二外显子经Hae III酶切,分别表现出4个和3个SNP位点、3个等位基因、5种基因型;杜滇猪和杜藏猪出现双亲都没有的AC基因型,迪庆藏猪拥有EE基因型而杜藏猪没有;杜滇猪SLA-DQB基因第二外显子杂合度和多态信息含量均高于双亲,表现出良好的杂交优势。杜藏猪和杜滇猪SLA-DRB基因第二外显子经过Rsa I酶切,分别表现出4个和3个SNP位点、4个和3个等位基因、8种和5种基因型;杜藏猪出现了双亲都没有的AC、BD基因型,杜滇猪出现双亲都没有的BD、DD基因型。杜藏猪、杜滇猪SLA-DRB基因第二外显子杂合度和多态信息含量均高于双亲,表现出良好的杂交优势。     

合作猪γ-IFN基因外显子4多态性分析

为了研究合作猪γ-IFN基因的多态性,确定其等位基因数、核苷酸多态位点,各等位基因是否符合Hardy-Weinberg平衡状态、多态信息含量、有效等位基因数和杂合度,采用PCR-SSCP方法检测了138头合作猪γ-IFN基因外显子4的等位基因,并克隆、测序群体内变异产生的各等位基因序列,就基因型和等位基因单倍型序列数据开展分析。序列比对分析发现5个核苷酸多态位点,其中5 284 bp(A→G)、5 341 bp(G→A)、5 371 bp(A→G)为新发现突变位点。试验群体发现4种基因型AA、AB、AC和AD,其中A等位基因频率为0.963 8,为优势等位基因。经χ2适合性检验,该群体处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。γ-IFN基因遗传多态指数中,杂合度(He)、多态信息含量(PIC)、有效等位基因数(Ne)均较低,表明合作猪γ-IFN基因比较保守。     

滇南小耳猪与巴马小型猪SLA-DQA基因多态分析

对滇南小耳猪和巴马小型猪的SLA-DQA基因的部分内含子1、完整的外显子2和部分内含子2共341bp片段进行了PCR-RFLP酶切分型,结果表明：2品种经EcoR Ⅰ酶切后BB基因型频率（0.468 8）高于AB型（0.375 0）,AA型最低（0.156 3）,B为优势基因（0.656 3）,A为劣势基因（0.343 7）.经AluⅠ酶切后,滇南小耳猪MM基因型频率（0.500 0）高于MN型（0.321 4）和NN型（0.178 6）;而巴马猪则以MN基因型频率（0.485 3）高于MM型（0.338 2）和NN型（0.176 5）;2个品种中M等位基因（0.604 2）频率高于N等位基因（0.395 8）.经分析表明,2猪种在两酶切位点上各分型已达Hardy-Weinberg平衡.巴马小型猪和滇南小耳猪中分别存在9种和7种PCR-RFLP组合基因型,其中BBMN为优势组合基因型,AAMN为劣势组合基因型;AAMM组合基因型在2品种间差异显著（P＜0.05）.遗传多态参数分析表明：SLA-DQA基因外显子2的两酶切位点在2猪种间均表现为中度多态,AluⅠ的基因多样性略高于EcoRⅠ,巴马小型猪杂合性略高于滇南小耳猪,2品种间遗传距离为0.000 4.     

欧拉型藏羊GH基因部分序列PCR-SSCP分析

采用PCR-SSCP方法,检测126只欧拉型藏羊GH基因第1、2内含子、第1～4外显子序列的遗传多态性,结果表明:仅第4外显子出现多态性,存在2个等位基因3种基因型(AA、AB和BB),BB基因型频率最高,B等位基因频率明显高于A等位基因频率,其余位点未检测到多态.群体遗传学分析结果表明:该群体在这一位点上处于Hardy-Weinberg平衡状态(P＞0.05),多态信息含量(PIC)为0.231 3,为低度多态(PIC＜0.25).测序结果显示:与藏绵羊GH基因序列(EFU77162)相比,B等位基因在1 286bp处发生T→C的突变,该突变为同义突变.     

猪2,4-双烯-辅酶A还原酶（DECR1）基因的多态性研究

选取山西马身猪、山西白猪、长白猪、大白猪和杜洛克猪5个品种共454头,采用PCR-SSCP技术,检测了DECR1基因第5外显子位点的遗传多态性.结果显示,DECR1基因第5外显子位点存在多态性,表现出CC、CD、DD三种不同基因型.群体遗传学分析结果表明,除山西马身猪外,其余品种都是等位基因D为优势基因;Hardy-Weinberg平衡检验显示,长白猪、大白猪、山西白猪处于平衡状态,山西马身猪、杜洛克处于非平衡状态;各品种猪的多态信息含量均表现为中度多态,PIC值均在0.3629～0.3748之间.     

布莱凯特黑牛心脏脂肪酸结合蛋白基因单核苷酸多态性的研究

利用PCR-SSCP方法测定96头布莱凯特黑牛H-FABP基因外显子2和内含子2的部分序列多态性,并对含有多态序列的片段进行了序列分析。结果表明,引物1、3的扩增序列不存在多态性,引物2、4的扩增序列存在多态性;引物2在内含子第323位点处存在G→A突变,在群体中产生了AA、AB、BB 3种基因型,基因型频率分别为0.448、0.146、0.406,多态信息含量(PIC)为0.375,属于中度多态(0.25χ²检验该位点基因型频率不处于Hardy-Weinberg平衡状态;引物4在内含子2第872位点处存在C→G的突变,产生了HH、Hh、hh3种基因型,基因型频率分别为0.104、0.417、0.479,多态信息含量(PIC)为0.337,为中度多态(0.25χ²检验该位点基因型频率达到Hardy-Weinberg平衡状态。     

19个猪种SLA-DQB基因外显子2多态性分析

本研究旨在系统分析国内外猪种SLA-DQB基因的多态性,以期为进一步研究猪SLA-DQB与疾病抗性的相关性提供理论依据.采用PCR-RFLP方法,野猪、14个中国地方猪种和4个引进猪种SLA-DQB基因第2外显子经限制性内切酶HaeⅢ酶切后,共检测到5个等位基因,9种基因型.其中野猪中仅存在A、B 2种等位基因;家猪群体中出现了野猪群体中所没有的6种基因型和3种等位基因.中国地方猪种与引进猪种相比,RFLP带型较为丰富,五指山猪和淮猪中具有8种基因型,多态性最为丰富.除野猪群体中A等位基因为优势等位基因外,其它所有家猪群体中均以B和C基因为优势等位基因;临高猪中出现其它猪种所没有的D等位基因,表现出独特的特性.本研究结果提示,生态环境和遗传纯度均可能影响SLA-DQB等位基因的多样性,总体上,引进猪种、培育猪种和地方猪种SLA-DQB基因外显子2的基因型分布并不存在明显的差异,但PCR-RFLP带型在具体的品种之间的差别较大.     

五指山猪IGF-1基因部分序列的SNP分析

为了揭示小型猪的生长发育规律和矮小遗传机理,试验采用PCR产物直接测序法对五指山猪、滇南小耳猪、香猪、梅山猪和大白猪共60个样本的IGF-1基因5'侧翼区部分片段的单核苷酸多态性(SNP)进行研究.找到2个SNP,分别为1个碱基颠换G22C和1个碱基转换G89A.针对这2个SNP位点得到5种组合基因型,各SNP位点基因及基因型频率统计结果显示:IGF-1基因G22C位点在总群体、五指山猪、滇南小耳猪、香猪、大白猪、梅山猪内的优势等位基因型均为GG型,优势等位基因均为G,具有较高的一致性;G89A位点在总群体、五指山猪、大白猪、梅山猪内的优势等位基因型均为AA型,优势等位基因均为A,而滇南小耳猪、香猪该位点的优势等位基因型均为GG型,优势等位基因均为G.     

五指山猪IGF-1基因部分序列的SNP分析

为了揭示小型猪的生长发育规律和矮小遗传机理,试验采用PCR产物直接测序法对五指山猪、滇南小耳猪、香猪、梅山猪和大白猪共60个样本的IGF-1基因5′侧翼区部分片段的单核苷酸多态性(SNP)进行研究。找到2个SNP,分别为1个碱基颠换G22C和1个碱基转换G89A。针对这2个SNP位点得到5种组合基因型,各SNP位点基因及基因型频率统计结果显示:IGF-1基因G22C位点在总群体、五指山猪、滇南小耳猪、香猪、大白猪、梅山猪内的优势等位基因型均为GG型,优势等位基因均为G,具有较高的一致性;G89A位点在总群体、五指山猪、大白猪、梅山猪内的优势等位基因型均为AA型,优势等位基因均为A,而滇南小耳猪、香猪该位点的优势等位基因型均为GG型,优势等位基因均为G。     

5个猪种DECR1基因外显子2单链构象多态性的群体遗传学分析

试验利用PCR-SSCP技术检测了山西马身猪、山西白猪、长白猪、大白猪和杜洛克猪5个品种共490头猪的DE-CR1基因外显子2的多态性。结果显示,DECR1基因外显子2位点存在多态性,表现出AA、BB和AB 3种基因型。群体遗传学分析结果表明,5个猪种都是等位基因B为优势基因;Hardy-Weinberg平衡检验结果显示,山西白猪和杜洛克猪处于平衡状态,山西马身猪、长白猪和大白猪处于非平衡状态;各品种猪的多态信息含量均为中度多态。     

贵州地方猪BF基因的群体遗传特性分析

以BF基因为候选基因,利用PCR和直接测序技术对贵州白香猪、可乐猪、大约克猪3个品种共95个个体BF基因外显子15、16、17的733 bp进行多态性分析,并对不同品种进行群体遗传学分析。结果显示:在第16外显子45 bp处存在A→C的碱基突变,命名为BF-exon16-A45C,导致编码的氨基酸由谷氨酸(Glu)突变为天冬氨酸(Asp);在贵州白香猪和可乐猪群体内均检测到AA、AC和CC三种基因型,在大约克猪群体内只检测到AC和CC两种基因型,贵州白香猪处于低度多态,可乐猪和大约克猪处于中度多态。经χ2适合性检验表明:贵州白香猪在该位点偏离了Hardy-Weinberg遗传平衡状态,可乐猪和大约克猪均处于Hardy-Weinberg遗传平衡状态。     

利用微卫星标记对中国4种小型猪的遗传多样性研究

本研究通过10个微卫星位点对我国特有的4个小型猪种（五指山猪、滇南小耳猪、贵州小型香猪、巴马香猪）进行了遗传学检测，结果表明：除S0003位点表现为单态外，其它9个位点均为高度或中度多态位点；4个小型猪种群体内的遗传多样性比较高，平均基因杂合度分别为0.7165，0.6611，0.6602，0.5990；多态信息含量在0.5774－0.6871之间；五指山猪与贵州小型香猪的遗传距离较近，与滇南小耳猪次之，它们与巴马香猪都较远。     

撒坝猪及长撒二元杂猪SLA-DQB基因PCR-RFLP多态性分析

采用限制性内切酶RsaⅠ对云南地方品种撒坝猪及其长撒二元杂猪SLA-DQB基因外显子2的273bp扩增产物进行多态性分析,结果在2种猪中均发现B、C、G3种等位基因,在撒坝猪中发现6种基因型:132bp/84bp/30bp/27bp(BB)、246bp/27bp(CC)、132bp/114bp/27bp(GG)、246bp/132bp/84bp/30bp/27bp(BC)、132bp/114bp/84bp/30bp/27bp(BG)、246bp/132bp/114bp/27bp(CG);长撒二元杂猪中发现5种基因型:BB、CC、BC、BG、CG。经χ2适合性检验,撒坝猪和长撒二元杂猪SLA-DQB基因外显子2在RsaⅠ酶切位点处于Hardy-Weinberg遗传不平衡状态。     

普氏野马与两种新疆地方品种马的ELA-DRA*exon2的多态性分析

为了解普氏野马、哈萨克马与焉耆马的ELA-DRA*exon2的多态性以及等位基因频率分布。本研究采用PCR-SSCP技术对普氏野马、哈萨克马与焉耆马的ELA-DRA*exon2进行分型,并对不同等位基因进行核苷酸与氨基酸分析。结果显示:127匹马中共出现7种基因型,3种纯合子分别记为AA、BB、CC;4种杂合子分别记为AB、AC、BC、AD。AA基因型为哈萨克马与焉耆马的优势基因型,普氏野马以CC基因型为主。经χ2检验后,3种类型马的等位基因频率和基因型频率均处于Hardy-Weinberg平衡状态。PIC值与He值分析表明,3种类型马均属于中度多态,且普氏野马的PIC值与He值比哈萨克马与焉耆马低。     

绵羊CD9基因g.208082881C>A位点多态性与产羔数的关联分析

为了探究绵羊CD9基因g.208082881CA位点多态性与产羔数之间的关系,利用Sequenom Mass ARRAYR~SNP技术对多羔绵羊品种(小尾寒羊380只)和单羔绵羊品种(滩羊、苏尼特羊、萨福克羊、杜泊羊和草原藏羊共380只)CD9基因g.208082881CA位点多态性进行了检测,并与产羔数进行关联分析。结果表明:CD9基因g.208082881CA位点存在AA和CA两种基因型,A基因为优势等位基因,等位基因频率在单羔、多羔绵羊品种间差异达到极显著水平(P0.01);群体遗传学分析表明,该位点在杜泊羊群体中表现为低度多态(PIC0.25),而在其他绵羊品种中均为中度多态(0.25PIC0.5);卡方适合性检验表明,该位点仅在杜泊羊群体中处于Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05);关联分析表明,该位点多态性与小尾寒羊不同胎次产羔数之间并无显著关联(P0.05),AA型第二、三胎产羔数高于CA型。综上可知,CD9基因g.208082881CA位点多态与小尾寒羊产羔数没有显著相关性。     

贵州白山羊PRDM16基因表达及多态性与生长性状关联分析

为了分析贵州白山羊PRDM16(Positive Regulatory Domain Containing 16,PRDM16)基因表达水平及核苷酸变异位点（SNPs）与生长性状的关联性，本研究利用混合池测序筛选PRDM16基因变异位点，采用PopGene 32.0软件计算等位基因频率、基因型频率、遗传纯合度（Ho）、遗传杂合度（He）、有效等位基因数（Ne）和Hardy-Weinberg平衡状态；应用PIC软件计算多态性信息含量（PIC），应用RT-PCR检测PRDM16基因在不同性别白山羊背最长肌中表达水平；应用MINTAB软件分析核苷酸变异与生长性状的关联性。结果表明，贵州白山羊PRDM16基因P2区存在1个核苷酸变异位点g.342 A/G，且该位点的Ho高于He,PIC检测为中度多态，偏离Hardy-Weinberg平衡状态。RT-PCR结果表明，PRDM16基因mRNA在母羊背最长肌中的表达水平显著高于公羊。关联分析表明，贵州白山羊PRDM16基因g.342 A/G位点变异与胸围显著相关，存在等位基因A的群体具有更高的胸围指标，且等位基因间存在协同效应，杂合型群体AG较纯合型...