TGFβ3基因多态位点及其与猪脊椎数性状的关联分析

本研究旨在探索转化生长因子β3(transforming growth factor beta 3,TGFβ3)基因在大白猪×民猪构建的F2代资源群体内的多态性,并分析其多态性与猪脊椎数性状的关系。试验采用PCR技术,以F0代个体的DNA为模板,筛选TGFβ3基因外显子区的SNP,并将筛选到的SNP在F2代群体中进行验证,进而分析SNP与猪脊椎数性状的关联性。结果发现,TGFβ3基因在F0代个体中仅筛选到1个SNP位点,即SSC7:105179474GA,表现为两种基因型GG和GA。TGFβ3基因不同基因型与F2代个体脊椎数性状的关联分析表明,SSC7:105179474GA与猪肋骨数、胸腰椎数之和呈极显著相关(P0.01),与猪腰椎数无显著相关(P0.05)。χ2适合性检验发现,该位点处于Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05)。综上所述,TGFβ3基因可能是影响猪脊椎数性状的主效基因或与主效基因连锁,SSC7:105179474GA位点有望作为提高猪脊椎数性状的分子遗传标记。     

绵羊全基因组ROH检测及候选基因鉴定

旨在利用长纯合片段(runs of homozygosity,ROH)信息评估不同绵羊群体的近交情况,并鉴定与绵羊经济性状相关的基因。本研究基于Illumina Ovine SNP50芯片对来自10个绵羊群体共440个个体进行全基因组ROH检测,统计ROH在不同绵羊群体中的数目、长度及频率,根据ROH计算基因组近交系数(F_(ROH)),并对高频ROH区域进行基因注释。结果,在10个绵羊群体中共检测到25 920个ROH片段,不同绵羊群体ROH的数目、长度、频率及分布存在明显差异。ROH平均数目的变化范围从10.17个(苏尼特羊)到95.99个(杜泊羊),平均长度的变化范围从2.04 Mb(四川藏羊)到4.71 Mb(罗布羊),平均F_(ROH)的变化范围从0.010(苏尼特羊)到0.172(杜泊羊)。引进品种的(杜泊羊和德美羊)平均F_(ROH)明显高于地方品种。在地方绵羊群体中,西藏藏羊(0.085)具有最高的平均F_(ROH)。在高频ROH区域鉴定到26个与绵羊经济性状相关的基因,如与生长发育相关的基因NCAPG、LCORL、PRKAA2、FAIM2和HYDIN,与脂肪代谢相关的基因LEPR、WNT10B和NCKAP5L,与肉质及胴体性状相关的基因CDIPT、CAPN3和FGF9。基于ROH评估的近交情况可为绵羊种群育种和保种提供参考依据,鉴定到的候选基因可以作为绵羊标记辅助选择重要的基因。     

机器学习在动物基因组选择中的研究进展

基因组选择是指利用覆盖在全基因组范围内的分子标记信息来估计个体育种值。利用基因组信息能够避免因系谱错误带来的诸多问题，提高选择准确性并缩短育种世代间隔。根据统计模型的不同，基因组选择方法可大致分为基于BLUP(best linear unbiased prediction, BLUP)理论的方法、基于贝叶斯理论的方法和其他方法。目前应用较多的是GBLUP及其改进方法 ssGBLUP。准确性是基因组选择模型最常用的评价指标，用来衡量真实值和估计值之间的相似程度。影响准确性的因素可以从模型中体现，大致分为可控因素和不可控因素。传统基因组选择方法促进了动物育种的快速发展，但这些方法目前都面临着多群体、多组学和计算等诸多挑战，不能捕获基因组高维数据间的非线性关系。作为人工智能的一个分支，机器学习是最贴近生物掌握自然语言处理能力的一种方式。机器学习从数据中提取特征并自动总结规律，利用该规律与新数据进行预测。对于基因组信息，机器学习无需进行分布假设，且所有的标记信息都能够被考虑进模型当中。相比于传统的基因组选择方法，机器学习更容易捕获基因型之间、表型与环境之间的复杂关系。因此，机器学习在动物基因组...     

动物福利与中国的生猪产业

<正>一、中国的生猪产业2016年全球主要猪肉消费国家猪肉消费与生产量2016年全球主要猪肉消费国家猪肉消费量11101.1万吨,生产量为11069.0万吨。2016年全国肉类总产量为8540万吨,猪肉占62%。中国的养猪业规模大、发展落差大,机会大,效率、成本是竞争的关键,生产水平低,资源浪费严重。2015年每头母猪提供的商品猪为16.52头,全程死亡率超过     

氯前列醇钠、产前背膘厚及便秘对后备母猪同期分娩效果的影响

试验旨在研究氯前列醇钠、产前背膘厚、便秘对后备母猪同期分娩集中度和生产性能的影响,并进一步探讨母猪同期分娩的最优方案。选取后备母猪共295头,根据妊娠期110 d时P2点处的背膘厚,随机分为3组：对照组（CON组：0.9%生理盐水）、低剂量氯前列醇钠组（LPG组：0.1 mg氯前列醇钠）、高剂量氯前列醇钠组（HPG组：0.2 mg氯前列醇钠）,于妊娠期114 d进行阴户部注射诱导分娩。结果表明,与对照组相比,高、低剂量氯前列醇钠均可显著缩短母猪从注射到分娩的时间间隔（P<0.05）,且两试验组间差异不显著（P>0.05）。但是,LPG组后备母猪在注射氯前列醇钠后48 h内的分娩率高达95%,并且白天分娩率达75.7%。此外,LPG组后备母猪的产仔间隔也显著短于CON组（P<0.05）。同时本研究发现,背膘厚在16~20 mm范围内的后备母猪从注射到分娩的时间间隔显著短于背膘厚≤15 mm的后备母猪（P<0.05）;便秘指数0~1.0组后备母猪的产程和产仔间隔均显著大于便秘指数1.1~2.0组及2.1~3.0组的后备母猪（P<0.05）。进一步回归分析发现,母猪背膘厚分别与产程、总产仔数、活仔数存在极显著线性相关（P<0.01）,母猪便秘指数分别与产程、产仔间隔、总产仔数、活仔数存在极显著线性相关（P<0.01）。综上所述,在妊娠期114 d对后备母猪阴户部注射0.1 mg氯前列醇钠诱导分娩,不仅可显著加快母猪分娩的进程,而且还可大大节约药物成本。此外,母猪产前背膘厚和便秘均会影响母猪同期分娩的效果,应使母猪分娩前保持最佳的背膘厚（16~20 mm）,且避免母猪便秘,方可保证同期分娩的顺利实施。     

种猪场育种效率的提高

近20年来，在猪的育种中，无论是数量还是分子方面的技术都有了较大发展，两种技术相互交叉、相互促进，共同为猪的遗传改良带来新的动力。自上世纪80年代开始，BLUP法等估计育种值的方法以及分子标记、     

猪肺表面活性蛋白A在急性肺损伤中的变化及其意义

 【目的】通过对猪血清和支气管肺泡灌洗液(BALF)中肺表面活性蛋白A(SP-A)含量的变化及其与反映肺损伤程度的指标－肺含水量变化的关系的研究,探讨猪SP-A在急性肺损伤(ALI)和兽医临床上诊治猪呼吸系统疾病(PRD)中的意义。【方法】选择50±1日龄的18头健康大白猪建立包含对照组(NS组)和油酸组(OA组)的油酸－急性肺损伤模型;取1、3和6 h时相点,分别用ELISA技术检测血清中SP-A含量、用Western blotting技术检测BALF中SP-A含量;血清中SP-A含量、BALF中SP-A含量与肺含水量两两变量间的相关性用Kendall相关分析法进行分析。【结果】与NS组相比,OA组的肺含水量在1、6 h时相点均显著增加(P＜0.05),在3 h时相点极显著增加(P＜0.01);在OA组中,3 h时相点肺含水量高于1 h时相点、6 h时相点肺含水量低于3 h时相点,但差异均不显著;推断在OA组3个时相点中,1 h时相点处于肺损伤前期,3 h时相点肺损伤较严重,6 h时相点位于肺损伤的缓解期。与NS组相比,在OA组的肺损伤前期,血清中SP-A含量极显著增加(P＜0.01),在OA组的肺损伤较严重时期和肺损伤缓解期,血清中SP-A含量高于NS组,但是与NS组差异均不显著;而OA组中,肺损伤较严重时期血清中SP-A含量比肺损伤前期极显著降低(P＜0.01),肺损伤缓解期血清中SP-A含量比肺损伤较严重时期显著降低(P＜0.05)。在肺损伤不同时期,OA组BALF中SP-A含量都极显著低于NS组(P＜0.01);在OA组中,肺损伤较严重时期与肺损伤前期相比,BALF中SP-A含量极显著降低(P＜0.01),肺损伤缓解期与肺损伤较严重时期相比,BALF中SP-A含量极显著增加(P＜0.01)。相关分析显示：血清中SP-A含量与肺含水量之间呈极显著正相关关系(r=0.50327,P＜0.01),BALF中SP-A含量与肺含水量之间呈极显著负相关关系(r=－0.72499,P＜0.0001)。【结论】由于SP-A 的表达具有非肺组织特异性,所以把猪血清中SP-A含量作为反映肺损伤程度的指标还有待进一步的研究;但是可以把BALF中SP-A含量作为急性肺损伤中反映猪肺损伤程度及其预后检测的重要指标之一。本研究为兽医临床上通过检测血清和BALF中SP-A含量诊治猪呼吸系统疾病以及开展相关研究奠定了基础。     

猪基因组结构变异研究进展

结构变异（structural variation,SV）广泛分布在基因组中,并主要以缺失、插入、重复、倒位和易位的形式出现。SV可以通过不同的机制直接或间接影响基因剂量,从而导致畜禽的表型变异,甚至引起疾病。随着分子生物学的发展和新基因组技术的进步,SV在猪基因组的研究越来越多,主要包括繁殖性状、肉质性状、生长性状、毛色、疾病等。本文参考了国内外相关报道,对SV的定义、分类、形成机制、检测方法以及在猪基因组的研究进展进行综述,并对目前SV研究存在的问题提出了建议以及未来的研究趋势进行了展望。     

合作猪γ-IFN基因外显子4多态性分析

为了研究合作猪γ-IFN基因的多态性,确定其等位基因数、核苷酸多态位点,各等位基因是否符合Hardy-Weinberg平衡状态、多态信息含量、有效等位基因数和杂合度,采用PCR-SSCP方法检测了138头合作猪γ-IFN基因外显子4的等位基因,并克隆、测序群体内变异产生的各等位基因序列,就基因型和等位基因单倍型序列数据开展分析。序列比对分析发现5个核苷酸多态位点,其中5 284 bp(A→G)、5 341 bp(G→A)、5 371 bp(A→G)为新发现突变位点。试验群体发现4种基因型AA、AB、AC和AD,其中A等位基因频率为0.963 8,为优势等位基因。经χ2适合性检验,该群体处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。γ-IFN基因遗传多态指数中,杂合度(He)、多态信息含量(PIC)、有效等位基因数(Ne)均较低,表明合作猪γ-IFN基因比较保守。