鸡传染性支气管炎病毒变异株ZZ2004 RT-PCR检测方法的建立及应用

根据GenBank已发表的鸡传染性支气管炎病毒(Infectious bronchitis virus,IBV) ZZ2004 3a、3b及E基因序列,设计1对引物,扩增540 bp特异性核酸片段,建立了检测IBV ZZ2004的RT-PCR方法.特异性试验结果表明,IBV ZZ2004能扩增出540 bp的核酸片段,而IBV M41、H120、H52毒株以及新城疫病毒(NDV)、禽流感病毒(AIV)、传染性腔上囊病病毒(IBDV)均无特异性条带出现.敏感性试验结果表明,该方法的最低检出量为1.525 pg的模板.上述结果表明,本试验所建立的RT-PCR方法敏感性高、特异性强.利用建立的RT-PCR方法对从河南省分离的6株疑似鸡IBVZZ2004进行检测,结果5株为阳性.该方法的建立为IBV ZZ2004的诊断及流行病学调查提供了可靠的方法.     

鸡传染性支气管炎病毒强毒株和弱毒疫苗株的免疫磁珠-多重RT-PCR鉴别方法的建立

利用鸡传染性支气管炎病毒(IBV)多克隆抗体构建的免疫磁珠富集IBV,对Gen Bank中896株IBV S1基因序列及其多变区进行分析,根据IBV强毒株和弱毒疫苗株序列差异设计引物,建立了一种基于免疫磁珠富集IBV后检测S1基因多变区的多重RT-PCR方法。结果表明:该方法能扩增出强毒株约710 bp的通用片段和约350 bp的特异片段,弱毒疫苗株能扩增出约710 bp的通用片段和约210 bp的特异片段,能鉴别出强毒株和弱毒疫苗株。免疫磁珠富集IBV后比不富集病毒用RT-PCR方法检测敏感性提高100倍。该方法为IBV检测提供了新的技术支持。     

IBV安徽分离株膜蛋白基因的克隆及序列分析

利用设计的1对特异性引物,通过RT-PCR方法扩增出4株鸡传染性支气管炎病毒(IBV)安徽地方分离株膜蛋白M基因全长片段并进行了克隆测序。将各IBV安徽地方分离株与GenBank中注册的一些毒株M基因核苷酸序列及推导的氨基酸序列进行比较和系统进化关系分析,发现毒株间核苷酸序列同源性为88.5%~100%,其相应的氨基酸序列同源性为90.3%~100%;不同毒株间存着重组、缺失、插入及点突变等变异,从ATG至第140 bp区段的核苷酸序列变异频率最高;4株分离毒株属于同一个进化群的2个不同进化亚群,与我国常用疫苗毒株H120、M41和W 93不属同一个进化亚群。     

IBV疫苗株基因组3‘末端序列分析

以5株鸡传染性支气管炎病毒（IBV）疫苗株（D41、H120GD、H120SH、H52BJZH和H52GD株）和IBV标准强毒M41-E4株的基因组RNA为模板，利用RT-PCR技术，扩增出1条特异性条带，包括部分核衣壳蛋白（N）基因以及紧接着N基因下游的基因组3‘端非编码区（UTR）。测序结果表明，从D41、H120GD和H120SH株扩增的特异性片段长度为614bp；而从H52BJZH、H52GD和M41-E4株扩增的特异性片段长度为406bp。序列分析发现，被检的6株IBV毒株可分为两组，其中D41、H120GD和H120SH株为一组，核苷酸序列同源性为99.7%-99.8%；而H52BJZH、H52GD和M41-E4株构成另一组，其核苷酸序列同源性为99.3%-100%；两组之间的最大同源性仅为94.6%。在系统性发生进化树上，这两组分别位于不同的分支簇上，国内的H52BJZH、H52GD与国外的H52株不在同一分支簇上，相反却与国内强毒M41-E4株以及国外M41株在同一分支簇上。提示国内H52疫苗株与国外H52疫苗株不同，它们在亲缘关系上更靠近M41-E4株和M41株。     

鸡传染性支气管炎病毒793/B RT-PCR检测方法的建立及应用

根据GenBank已发表的鸡传染性支气管炎病毒（Infectious bronchitis virus，IBV）793／BS1基因序列，设计1对引物，扩增891bp特异性核酸片段，建立了检测IBV793／B的RT—PCR方法。特异性试验结果表明，IBV793／B能扩增出891bp的核酸片段，而IBVM41H120H52毒株以及新城疫病毒（NDV）、禽流感病毒（AIV）、传染性法氏囊病病毒（IBDV）均无特异性条带出现。敏感性试验结果表明，该方法的最低检出量为10pg的模板。上述结果表明，本试验所建立的RT—PCR方法敏感性高、特异性强。利用建立的RT—PCR方法对从山东省分离的8株疑似鸡IBV793／B进行检测，结果7株为阳性。该方法的建立为IBV793／B的诊断及流行病学调查提供了可靠的方法。     

传染性支气管炎病毒分离株的生物学特性鉴定及其遗传变异分析

通过鸡胚矮小试验、鸡胚气管环组织培养试验、干扰新城疫病毒复制试验和动物回归试验,将2006-2007年在江苏省分离的7株鸡传染性支气管炎病毒（IBV）鉴定为嗜肾型毒株。采用RT-PCR扩增IBV分离株的S1基因,并进行克隆和序列分析。结果显示7个IBV分离株S1基因的核苷酸同源性为94．6％-99．4％,处于同一个群,分别属于3个亚群。这些毒株与大多数国内近年分离株的同源性较高,而与Massachusetts、T、4／91和793B血清型毒株（包括H120和H52疫苗毒株）的同源性较低。IBV流行毒株和疫苗毒株的差异是造成免疫鸡群发生传染性支气管炎的重要原因。     

鸡传染性支气管炎病毒(IBV)H120疫苗株S1基因的克隆与序列测定

根据国外已发表的鸡传染性支气管炎病毒(IBV)S1基因序列设计了一对引物,通过RT-PCR特异性扩增出IBV H120疫苗株的S1基因,产物大小为1.62 kb,与设计相符.同源性比较结果显示,H120株与H52、M41和BEAU株的S1基因核苷酸序列的同源性分别为97.1 %、96.9 %和96.8 %,表明IBV H120疫苗株与标准毒株的S1基因具有高度的同源性.     

鸡传染性支气管炎病毒SX-H09株膜蛋白基因的克隆及序列分析

对鸡传染性支气管炎病毒(IBV)陕西分离株SX-H09株膜蛋白(M)基因进行克隆和序列分析.根据GenBank发表的IBV基因序列设计1对特异性引物,RT-PCR扩增IBV M基因片段,并进行克隆、序列测定和分析.结果表明,SX-H09株M基因全长为678 bp,编码225个氨基酸.同源性比较可知,SX-H09株M基因...     

鸡传染性支气管炎病毒广西株N基因的克隆与序列分析

参照Gen Bank中鸡传染性支气管炎病毒(IBV)的核酸序列设计了1对引物,利用RT-PCR扩增了1个广西分离株的N基因cDNA片段,并将其克隆到p MDl8-T载体中。序列分析结果表明,N基因序列全长为1 230 bp,编码1条409个氨基酸组成的多肽;分离株与国内外IBV参考毒株相比,核苷酸同源性为83.8%~99.9%,氨基酸同源性为88.4%~99.6%;分离株与LX4株、BJ株关系较近,与疫苗株处于不同的进化分支,亲缘关系较远,是新的IBV变异株。     

鸡传染性支气管炎病毒基因型与血清型相关性初步研究

为研究鸡传染性支气管炎病毒(IBV)基因型与血清型之间的相关性,本研究以国内不同地区的17株IBV分离株、2株疫苗株(M41、W93)和1株强毒株(X株)为研究对象,经RT-PCR扩增获得20株IBV的S1基因并进行测序.将其分别与GenBank中的20株国内外参考IBV株的S1基因进行序列比较,绘制S1基因系统进化树...     

鸡传染性支气管炎病毒(IBV)H120疫苗株S1基因的克隆与序列测定

根据国外已发表的鸡传染性支气管炎病毒(IBV)S1基因序列设计了一对引物，通过：RT-PCR特异性扩增出IBV H120疫苗株的S1基因，产物大小为1．62kb，与设计相符。同源性比较结果显示，H120株与H52、M41和BEAU株的S1基因核苷酸序列的同源性分别为97．1％、96．9％和96．8％，表明IBV H120疫苗株与标准毒株的S1基因具有高度的同源性。     

传染性支气管炎病毒山东及北京分离株血清型及RFLP基因分型的比较研究

分离并鉴定出山东省不同地区的IBV分离株A、B、C、D和北京分离株F，利用中和试验分别对各分离株及标准株M41、T等进行血清分型。设计一对此物，分别对各毒株的S1基因进行RT－PCR扩增，扩增片段长约1700bp，利用其PCR产物进行HaeⅢ酶切，根据酶切图谱，进行基因分型。结果表明：A、C、D和M41酶切图谱相同，属Mass基因型，分别为900、400和300bp左右的片段；北京F株有4条酶切条带，与4／91基因型不同，分别为1000、300、200和小于100bp左右的片段；B株有4条酶切条带，理论推断与T株相似，分别为700、500、300和180bp左右的片段，可能为同一基因型。血清学分型结果与基因分型结果不符。     

鸡传染性支气管炎病毒国内分离株核蛋白基因的克隆与序列分析

本研究参考已发表的鸡传染性支气管炎病毒核蛋白基因序列，设计了一对核蛋白基因的特异性引物NP5、6，经RT-PCR扩增得到了IBV国内分离株DB株、XJ株、DC株、HD株的1199bp的核蛋白基因片段，并进行了克隆和序列测定。将4个国内分离株核蛋白基因的序列与国外发表的参考毒株的核蛋白基因序列进行了比较和分析，结果显示这4个毒株与澳大利亚群的参考毒株亲缘关系最为密切，核苷酸序列同源性86%-91%。其中DC株发生了较大程度的变异。国内分离株核蛋白基因核苷酸的变异引起了蛋白质二级结构的部分改变。     

一株重组鸡传染性支气管炎病毒的分离及结构蛋白基因变异和血清型分析

为进一步了解鸡传染性支气管炎病毒(IBV)流行株的遗传变异情况,对2013年从免疫失败的广西某鸡场中分离到的一株IBV(GX-NN130048)进行S1、E、M和N基因的扩增、测序、相似性比较、系统进化树绘制和重组分析以及血清型鉴定。基因序列分析结果表明,分离株GX-NN130048的S蛋白裂解位点序列为RRSRR,S1、E、M和N基因与参考株核苷酸相似性分别在60.8%~90.1%、81.0%~94.2%、86.1%~93.8%和86.0%~93.3%;进化树分析显示,分离株GX-NN130048的S1基因与疫苗毒株4/91同属一群,而E、M和N基因则与毒株LX4属于同一群;重组分析显示,分离株GX-NN130048的S1基因来源于疫苗毒株4/91和GX-HC1006野毒株(LX4型)的重组;血清型分析表明,该分离株的血清型不同于疫苗株H120和4/91。研究表明分离株GX-NN130048是一株重组毒株,其结构基因和血清型均发生变异。本研究再次提供证据说明,疫苗株4/91越来越多参与到IBV流行株通过基因重组导致的遗传变异事件当中,并可能由此导致新血清型的出现。这可能是现场免疫失败的一个主要原因。有必要继续加强对IBV的监测和新疫苗的研发。     

一株鸡传染性支气管炎病毒的鉴定及S1基因序列分析

将分离到的一株疑似鸡传染性支气管炎病毒接种SPF鸡胚增殖,通过致鸡胚矮小化试验、红细胞凝集试验、对新城疫病毒增殖干扰试验、动物回归试验及RT-PCR分子鉴定,结果证实该病毒为鸡传染性支气管炎病毒(IBV)。应用MEGA5分析软件,与Gen Bank上IBV常见疫苗株、流行毒株和部分参考株进行序列比对,其S1基因序列与近年来我国流行毒株同源性较高,为95%~99%,与传统疫苗株H120、H52、M41和W93同源性较低,仅为77%~79%。     

核酸探针检测鸡传染性支气管炎病毒方法的建立及应用

以地高辛(DIG)标记鸡传染性支气管炎病毒(IBV)pol基因的保守片段制成核酸探针,与IBV参考株、新城疫病毒、传染性法氏囊病病毒、禽流感病毒、正常鸡胚尿囊液及正常鸡肾组织等的RT-PCR产物进行斑点杂交,以检测探针的特异性,结果该探针仅与IBV毒株的RT-PCR产物杂交呈阳性,与对照病毒和组织的RT-PCR产物杂交呈阴性.敏感性试验显示,探针最低能检出约3.4pg的IBV RT-PCR产物.用该方法检测了38份疑似IBV临床病料,31份阳性;而用RT-PCR法扩增IBV S2基因确诊为阳性的只有29份.对人工接种IBV H52弱毒苗鸡咽喉和肛门拭子32份进行检测,检出15份阳性.结果表明,利用DIG探针检测IBV的RT-PCR产物,特异性和敏感性强,可重复,能克服RT-PCR非特异性反应和探针Northern杂交的不稳定性.     

传染性支气管炎N基因克隆及在大肠杆菌中的可溶性表达

核衣壳蛋白(N)是鸡传染性支气管炎病毒(IBV)的重要结构蛋白。根据GenBank报道的IBV的M41株的N基因序列设计一对引物,从提取的M41株的RNA中利用RT-PCR技术扩增获得了约1.23kb的片段,将该片段插入克隆载体pMD18-T,经测定核苷酸序列证实N基因扩增正确,表明已成功构建pMD18-T-N。再将pMD18-T-N用BamHⅠ和HindⅢ双酶切,将酶切后的N基因片段克隆到表达载体pET-32a,转化入大肠杆菌Rossetta中,用IPTG诱导,进行SDS-PAGE电泳,电泳结果显示外源基因获得了表达且为可溶性蛋白,Western-blotting检测表明N蛋白可与相应IBV病毒抗体发生特异性的反应,表明N蛋白有一定的生物活性,可为用于生产检测IB的诊断试剂和研制新型IB重组亚单位疫苗奠定基础。     

应用RT-PCR技术诊断鸡传染性支气管炎

根据已发表的IBV4／91 attenuated株S1基因序列，设计并合成了产物约600bp的IBV特异性PCR引物对。从可疑病鸡气管、肺脏或肾脏组织中提取总RNA，用AMV反转录酶反转录后，再进行PCR扩增。用琼脂糖凝胶电泳检测扩增产物大小。采用NDV和IBDV病料组织作阴性对照，IBV标准株M41作阳性对照。该法检测特异性强、成本低、检出率高，可有效用于鸡传染性支气管炎的早期检测和流行病学研究。     

鸡传染性支气管炎病毒HH06分离株的鉴定及其S1基因的分子特征

从黑龙江省哈尔滨市某鸡场疑似鸡传染性支气管炎的发病蛋鸡肾组织病料中分离到1株病毒，命名为HH06。该分离毒株经SPF鸡胚传代、血凝试验、负染电镜检查以及动物回归试验，证实为IBV。用RT-PCR扩增得到了HH06株S1基因片段，经测序，并与国内外IBV参考毒株的相应基因进行序列比较分析。结果表明，HH06株S1基因由1620个核苷酸组成，推导的多肽由540个氨基酸残基组成，推导的氨基酸裂解位点序列为5个连续碱性氨基酸HRRRR。HH06株S1基因序列与除LX4外的其他参考株相应基因的核苷酸及氨基酸序列同源性均较低，亲缘关系均较远。初步证实HH06株为不同于IBV疫苗株的一个新毒株。     

聚合酶链反应检测鉴别鸡毒霉形体强毒株和弱毒疫苗株的研究

根据鸡毒霉形体(MG)强毒株和弱毒疫苗株基因组结构特点，分别设计合成2对引物XZ1、XZ2和XZ45、XZ16，建立了可检测MG强、弱毒株的PCR方法。以引物XZ1、XZ2对MG强毒株和弱毒株进行的PCR，均可扩增出732bp的特异性片段；而以另1对引物XZ45、XZ46对MG弱毒株进行PCR，可扩增出524bp的特异性片段，但对鸡毒霉形体标准强毒株和野毒株的PCR，则扩增不出任何条带。特异性试验表明，这2对引物对其他种类鸡毒霉形体及其他对照禽病病原核酸模板的扩增均为阴性。敏感性试验结果显示，2对引物PCR均能检出100fg的MGDNA。研究结果表明，通过上述2对引物的2次PCR扩增，在数小时内即可鉴别出MG毒株是强毒株还是弱毒疫苗株。