利用RAPD技术构建四倍体苜蓿遗传连锁图谱

 利用随机扩增ＤＮＡ 多态性分子遗传标记（ＲＡＰＤ）对Ｆ₂ 群体进行分析。Ｆ₂ 群体由Ｆ_１ 群体（高产紫花苜蓿×高抗黄花苜蓿得到Ｆ_１代）自交获得。应用ＭＡＰＭＡＫＥＲ／ＥＸＰ（３．０）与ＪｉｏｎＭａｐ４．０并结合ＭａｐＤｒａｗＶ２．１软件构建四倍体苜蓿的遗传连锁图谱。从１９２个随机引物中筛选出７２个引物,对９４个Ｆ_２ 个体及Ｆ_１ 双亲ＤＮＡ 样本进行了ＲＡＰＤ 扩增,共获得５１个ＲＡＰＤ 标记,构建了四倍体苜蓿分子遗传连锁框架图,其中包含８个连锁群,标记覆盖的基因组总长度约为１２６１．５ｃＭ,标记间平均距离为２４．７３ｃＭ。本图谱为构建饱和的四倍体苜蓿分子遗传图谱提供了框架结构,为进一步开展苜蓿分子遗传方面的研究奠定了基础。     

山西白羊草种质资源遗传多样性的 ISSR 分析简

 利用ＩＳＳＲ 分子标记技术对山西３３个白羊草种质资源进行遗传多样性分析。白羊草种质间遗传变异较稳定，１０条ＩＳＳＲ 引物共扩增出９９条带，多态性比率（Ｐ）为５２．２３％；通过ＰｏｐＧｅｎ３２软件计算出：等位基因数（Ｎａ）为１．５２５３±０．５０１９，有效等位基因数（Ｎｅ）为１．２９４１±０．３６６５，Ｎｅｉ’ｓ基因多样性（Ｈ）为０．１７２３±０．１９８３，Ｓｈａｎｎｏｎ信息指数（Ｉ）为０．２５９０±０．２８４１；通过ＮＴＳＹＳｐｃ１．２０ｃ软件计算出３３ 份材料间的遗传相似系数（ＧＳ）为０．８１８８～０．９８０１，遗传距离（ＧＤ）为０．０２００～０．１９８８。结果表明，３３份种质材料居群水平的遗传多样性较低，而自然条件下白羊草进行无融合生殖可能是导致白羊草居群遗传多样性较低的原因之一。     

我国鸡传染性支气管炎病毒地方性流行毒株S1基因的RT-PCR扩增及其克隆与鉴定

采用ＲＴ－ＰＣＲ方法,以ＩＢＶＳ１全基因特异性引物分别从我国华东（ＨＤ）、华北（ＨＢ）、华中（ＨＺ）、华南（ＨＮ）、西北（ＸＢ）及东北（ＤＢ）等地的ＩＢＶ流行株基因组中扩增出预期的１．７ｋｂ左右的ＤＮＡ片段。ＰＣＲ产物的ＨａｅＩＩ酶切分析及其与英国ＩＢＶＳ１全基因核酸探针的分子杂交证实所获６个ＩＢＶ流行株的ＰＣＲ产物为ＩＢＶＳ１基因。将此６个毒株的Ｓ１基因ＰＣＲ产物分别进行５’和３’端的ＢａｍＨＩ和ＨｉｎｄＩＩ酶切识别位点的分子修饰之后插入到克隆质粒ｐＵＣ１８的ＢａｍＨＩ／ＨｉｎｄＩＩ位点,在大肠杆菌中实现了目的基因的分子克隆。Ｓ１基因的ＲＦＬＰ分析表明我国ＩＢＶ已有分子水平的变异。     

利用RAPD分子标记研究苜蓿种质资源遗传多样性

利用RAPD分子标记对53份苜蓿Medicago sativa种质资源的遗传多样性进行分析,计算了35个RAPD分子标记的多态性比率和每份苜蓿种质资源的Shannon多样性指数和Nei指数,并通过计算53份苜蓿种质资源的遗传距离(CD),进行聚类分析,探讨它们之间的素缘关系.结果如下:1)35个RAPD标记扩增共得到306条带,其中多态性条带288条,多态位点比率为94.12%.说明这53份苜蓿种质资源具有较高遗传多样性.2)53份苜蓿种质资源的Shannon多样性指数和Nei指数变化规律一致.直立黄花苜蓿的Shannon多样性指数和Nei指数最低,说明其遗传多样性最小;公农1号的Shannon多样性指数和Nei指数最高,说明其遗传多样性最大.3)53份苜蓿种质资源间的遗传距离变异范围为0.136 3～0.661 0.以λCD=0.275为标准将53份苜蓿种质资源划分为7个组群,直立黄花苜蓿单独被划分成一个组群.     

利用SSR分析中国北方野生黄花苜蓿种群的遗传多样性

采用SSR分子标记技术对来自内蒙古、新疆两地15个野生黄花苜蓿种群的150个单株的遗传多样性参数进行分析,结果表明:筛选出的12对SSR引物共扩增出135个位点,多态位点131个,多态位点比率为97.04%;15个野生黄花苜蓿种群遗传距离在0.0329~0.2840之间,遗传距离差异较大,说明野生黄花苜蓿种群遗传分化程度较高;UPGMA聚类结果表明,全部内蒙古居群个体与新疆居群个体明显分开,但两大居群中的不同种群个体并未完全聚在一起,呈相互渗透趋势。     

应用RT-PCR技术扩增禽传染性支气管炎病毒S_1基因的研究

选择Ｓ１基因做为目的基因,运用ＲＴ－ＰＣＲ技术分别扩增１２株以非免疫鸡胚繁殖并通过超速离心浓缩的鸡胚尿囊液中的ＩＢＶ,所用引物为ＩＢＶＢｅａｕｄｅｔｔｅ株Ｓ１基因两侧的对应序列,跨幅为１．７２ｋｂ。结果６株ＩＢＶ毒株（ＳＡＩＢ３、Ｆ、Ｄ４１、Ｍ４１、Ｈ５２、Ｈｏｌｔｅ）扩增出了长约１．７ｋｂ的Ｓ１基因片段,而另６株ＩＢＶ毒株虽经４次ＲＴ－ＰＣＲ重复后也显阴性。用ＨａｅⅢ内切酶对６个毒株的ＲＴ－ＰＣＲ产物进行酶切,结果显示Ｍ４１、Ｈ５２、Ｄ４１３个ＩＢＶ毒株的Ｓ１基因包含两个ＨａｅⅢ位点,Ｆ株与Ｈｏｌｔｅ株Ｓ１基因包含１个ＨａｅⅢ位点,而ＳＡＩＢ３株Ｓ１基因则已丢失ＨａｅⅢ位点。实验结果表明：运用ＲＴ－ＰＣＲ技术检测ＩＢＶ时,由于Ｓ１基因的核酸序列具有较高的变异率,因此Ｓ１基因不宜做为目的基因。     

安徽野生黄花苜蓿与紫花苜蓿产量性状、核型及遗传纯合度比较分析

为探究安徽野生黄花苜蓿的产量和遗传背景,以安徽野生黄花苜蓿和紫花苜蓿巨能601为材料,测定产量性状,分析染色体核型,利用SSR分子标记鉴定基因型。结果表明:黄花苜蓿株高与紫花苜蓿没有显著差异,主茎节数显著多于紫花苜蓿,紫花苜蓿鲜草及干草产量都显著高于安徽野生黄花苜蓿。SSR分子标记检测表明安徽野生黄花苜蓿具有更高的纯合度,其纯合位点占总检测位点的60.20%,巨能601纯合位点仅占总检测位点的41.96%,有2、3和4个等位基因的位点分别占36.61%、13.39%和8.04%,2个品系的遗传相似性为63.39%。     

青藏高原东南缘老芒麦自然居群遗传多样性的SRAP和SSR分析

基于SRAP和SSR分子标记分析了青藏高原东南缘8个老芒麦自然居群遗传变异及群体遗传结构,获得下述结果:1)16对SRAP引物在90个单株中共扩增出384条可统计条带,其中多态性条带334条,占86.98%;16个SSR位点共检测出等位变异221个,平均每个位点13.8个,其中具有多态性的位点数192个,占86.88%。2)2种分子标记检测到老芒麦居群水平的基因多样性(H_e)分别为0.1092和0.1296,而物种水平的基因多样性达0.2434和0.3732。3)基于2种标记的Nei氏遗传分化指数G_st(0.5525和0.5158)表明老芒麦居群出现了较大程度的遗传分化,居群间的基因流非常有限,分别为0.4050和0.4694,老芒麦的遗传变异主要分布在居群间,居群内变异相对较小,Shannon多样性指数和分子方差变异(AMOVA)分析显示了相似的结果。4)基于聚类分析结果表明各居群间存在较为明显的地理分化,8个居群分化为采集地范围内的南、北和中部3个分支。通过对老芒麦遗传多样性和遗传结构的分析提出了对该物种遗传多样性的保护策略。     

ISSR 分子标记对９种狗牙根的鉴定分析

 狗牙根是全球最重要品种最丰富的暖季型草坪草种之一，种或品种间形态相同，传统的形态学方法、田间区试法等不能准确作出鉴定，ＩＳＳＲ 分子标记被认为是目前准确高效的品种鉴定技术。本试验以９种常用狗牙根为对象，利用ＩＳＳＲ 标记技术对９份材料间的遗传多样性进行了研究，构建了９份材料的指纹图谱。由ＩＳＳＲ 标记分析结果可知，１３条引物组合共获得５４条清晰可辨的总条带，多态性条带数３４条，平均每对引物扩增出４．１条带，多态性位点百分率为６４．１５％，品种间的遗传相似系数（ＧＳ）范围在０．５４７～０．９６２，变幅为０．４１５，说明供试材料具有比较丰富的遗传多样性。ＵＰＧＭＡ 聚类分析结果表明，ＧＳ＝０．８０６时，９种常用狗牙根品种可聚为５类。黑杰克和南京狗牙根为第１类，普通狗牙根和瑞拉第２类，阳江狗牙根为第３类，摄政王为第４类，Ｔ ４１９、小矮人、老鹰草为第５类。利用ＩＳＳＲ 引物ＵＢＣ８１０和ＵＢＣ８５７的扩增产物电泳图为基础构建的指纹图谱可以鉴定出９种狗牙根品种。     

RT-PCR检测禽传染性支气管炎病毒

用２对已发表的引物和１对自行设计的引物对同一禽传染性支气管炎病毒（ＩＢＶ）Ｈ１２０株进行ＲＴ－ＰＣＲ,分别获得了Ｓ１基因上与引物设计相一致的１７２０、２２８、６０２ｂｐ的扩增片段。用自行设计的引物对７个毒株（Ｈ１２０、Ｈ５２、Ｍ４１、Ｃｏｎｎ、Ｇｒａｙ、Ｔ、Ｈｏｌｔｅ）和５个分离株（宜毒、上毒、云毒、ＨＫ、１１８）的含毒尿囊液或纯化病毒进行ＲＴ－ＰＣＲ,结果除Ｈｏｌｔｅ株和２个分离株（宜毒、云毒）外,其余均成功地扩增出６００ｂｐ的片段。用１．７、０．２、０．６ｋｂ３对引物对６个ＩＢＶ毒株和６个分离株的含毒尿囊液在相同和不同条件下进行ＲＴ－ＰＣＲ,结果３对引物分别扩增出３、５、９株ＩＢＶ,同时可将不同血清型的１２个ＩＢＶ株分成６种基因型。将ＩＢＶ分离株ＨＫ与标准株Ｍ４１经ＰＣＲ扩增、ＨａｅⅢ和Ｈｉｎｄ酶切、ＲＦＬＰ分析,表明属同一马萨诸塞血清型。３株ＩＢＶ（Ｈ１２０,ＨＫ,Ｍ４１）在鸡胚中繁殖,ＰＣＲ最早检出的时间为２０～２４ｈ。ＲＴ－ＰＣＲ提供了直接从尿囊液和感染鸡组织中快速检测病毒的新方法。     

36份新疆野生黄花苜蓿SSR 水平的差异性研究

以36份新疆野生黄花苜蓿为材料,采用SSR分子标记对其遗传多样性进行分析,以期为新疆黄花苜蓿资源评价和核心种质库构建提供基础数据。结果表明,9对SSR分子标记引物PCR共扩增出93条条带,每对引物扩增出的条带数变异范围为3~19条,平均10.33条/对,多态条带总数为86个,多态条带百分比为92.47%,平均多态性条带数为9.55,平均多态性比例为91.55%,表明居群间存在丰富的遗传多样性。POPGENE分析表明,在遗传相似系数0.611处可将36份野生黄花苜蓿材料划分为2个混合群体和4个特定类群,表明材料具有显著异质性。     

新疆北部（北疆）几种苜蓿属植物遗传结构的研究

以１７份国内外紫花苜蓿栽培品种为对照,对新疆北部地区２８份四倍体苜蓿属植物即紫花苜蓿（Ｍｅｄｉｃａｇｅｓａｔｉｖａ）黄花苜蓿（Ｍ．ｆａｌｃａｔａ）多变苜蓿（Ｍ．ｖａｒｉａ）的遗传结构进行研究,结果表明,四倍体种群为外繁育类型,其总遗传变异的９０％以上来源于各群内部,但由于地理或生殖隔离等因素导致个体别群表现出内繁育衰退现象,因此,应加强对这些种群的就地保护和迁地保护。     

利用SSR、ISSR和RAPD技术构建苜蓿基因组DNA指纹图谱

在建立可靠的苜蓿基因组DNA提取分离和PCR扩增技术体系的基础上,筛选具有稳定多态性位点的RAPD、SSR和ISSR引物,建立苜蓿基因组DNA的SSR、ISSR和RAPD分子标记技术体系,并利用分子标记检测苜蓿品种(系)的DNA分子标记多态性,构建苜蓿品种的DNA指纹图谱.筛选出36个RAPD引物,8个SSR引物和12个ISSR随机引物,通过PCR扩增在55个国内外苜蓿品种(系)中获得了182个RAPD多态性位点和丰富的SSR和ISSR多态性位点,构建了55个苜蓿品种(系)的SSR、ISSR和RAPD指纹图谱.结果表明,不同苜蓿品种(系)的SSR多态性有较大差异;苜蓿品种ISSR指纹图谱多态性丰富,稳定性比RAPD强;可以通过2～3个引物鉴别我国主要苜蓿品种和引进品种,SSR和ISSR指纹图谱可以更好地用于苜蓿品种鉴定和遗传多样性分析.     

宁南山区本氏针茅自然种群遗传分化的ISSR分析

利用ISSR分子标记,分析宁南山区6个本氏针茅（Stipa bungeana）自然种群的遗传分化及其群体遗传结构,旨在探讨本氏针茅遗传变异产生的分子生态机理,为其资源保护提供理论依据。主要结果如下,在本氏针茅6个种群中,15条ISSR引物共扩增出244条可统计条带,其中多态性条带239条,多态性位点比率（PPB）为97.95%,Nei’s基因多样性指数（H）为 0.254 4,Shannon信息指数（I）为0.396 6,各种群之间具有较高的遗传差异。分子方差分析（AMOVA）表明本氏针茅遗传变异的58.06%发生在种群内,41.94%的遗传变异发生在种群间。Mantel检测结果显示本氏针茅6个种群间的遗传距离和地理距离之间均无显著相关性。     

陕西省本氏针茅自然种群遗传多样性的ISSR分析

利用ISSR分子标记,对采自陕西省不同地区的5个本氏针茅(Stipa bungeana)自然种群进行遗传变异及群体遗传结构分析,旨在探讨本氏针茅遗传变异产生的分子生态机理,为其资源保护提供理论依据。在100个供试单株中,采用15条ISSR引物共扩增出223条可统计条带,其中多态性带182条,多态性位点比率为81.61%,Nei’s基因多样性(H)为0.1887,Shannon 信息指数(I)为0.2975,各种群之间存在较高的多态性。种群间的遗传变异为63.01%,种群内的遗传变异为36.99%,遗传分化系数φ_st 为0.6300,种群间的基因流(N_m)为0.1468,表明本氏针茅遗传分化程度较高,遗传变异主要分布在种群间,而种群内变异相对较小,且各种群间的基因交流非常有限。     

十个歪头菜居群遗传多样性分析

采用ISSR分子标记对10个歪头菜自然居群的104个样本进行遗传多样性分析,筛选的10条ISSR引物共扩增出115个位点,其中多态性位点110个。在物种水平上多态性比率(PPB)为95.65%,在居群内多态位点比率为24.35%~49.70%。POPGENE分析结果显示,物种水平上Nei’s 基因多样性(H)为0.2632,Shannon’s遗传多样性信息指数(I)为0.4046,基因流(Nm)为0.4553,基因分化度(Gst)为0.5283,AMOVA分析居群间遗传分化程度为50.51%。研究表明,10个采样点的歪头菜在物种水平上具有较高的遗传多样性,但在居群之间已经出现了一定程度的遗传分化,且居群间的遗传分化程度高于居群内的分化程度。同时,证明了环境压力大小对于遗传多样性的高低具有选择作用,环境压力小的烟台和环境压力大的合作地区具有较高的遗传多样性,但环境压力介于二者之间的地区遗传多样性水平相对较低。本研究结果不仅对于了解歪头菜遗传进化和其生长地的环境的关系具有重要的参考价值,对合理利用歪头菜遗传资源及育种还具有非常重要的作用。     

燕麦种质资源遗传多样性ISSR研究

采用ISSR分子标记技术对来自中国、加拿大、美国和欧洲等国家的42个有代表性的饲用燕麦品种及6个裸燕麦品种进行遗传多样性分析。筛选出8个引物共扩增出多态性带144 条,多态性条带比率(PPB)为86.1%。由Nei’s指数(h)估测,应试皮燕麦、裸燕麦品种平均变异分别为0.203 6和0.201 5,平均Shannon’s信息指数估计值为0.325 9和0.305 8;48个燕麦品种间遗传相似系数为0.583 3~0.941 7,遗传距离的变化范围是 0.060 1~0.539 0。结果表明燕麦具有较丰富的遗传多样性,且皮燕麦的遗传多样性高于裸燕麦。根据ISSR数据进行了聚类分析和主成分分析,可将48 份燕麦材料分为五大类,来源相同的品种大致聚在一类,呈现出一定的地域性分布规律。皮燕麦与裸燕麦在遗传相似度0.66处被明显分为2类,与形态学及其他标记分类结果一致,由ISSR揭示的品种间遗传关系与品种实际来源基本一致。     

不同放牧强度下冰草自然居群的遗传多样性分析

采用ISSR分子标记技术对不同放牧强度下冰草自然居群的遗传多样性进行了研究。结果表明,放牧导致冰草部分位点丢失,但整个冰草居群仍表现出丰富的多态性,ISSR检测的多态性条带比率为96.46%,居群间的遗传差异很小,放牧并未使冰草居群产生遗传分化。由Shannon’s和Nei’多样性指数检测的各个引物在4个冰草居群内的遗传多样性的大小排列顺序为:中度放牧样地重度放牧样地无放牧样地轻度放牧样地。     

苜蓿遗传多样性和亲缘关系的SSR和ISSR分析

在苜蓿(Medicago sativa L.)基因组SSR和ISSR分析的基础上,筛选出8对SSR引物和12个ISSR随机引物,通过PCR扩增在55个国内外苜蓿品种(品系)中获得126条多态性位点.利用SSR和ISSR标记对其DNA指纹图谱和遗传多样性进行研究.采用类平均法(UPGMA)Nei氏距离进行聚类分析,将55个苜蓿种质划分为4个大类群和7个类型,为苜蓿引种、亲本选配和种质资源评价提供依据.分子标记分析结果表明:我国苜蓿地方品种遗传基础广阔,在基因型表现特异性的同时又有较强的地域性;我国苜蓿育成品种间的遗传距离大,表现出遗传基础的异质性.     

钝裂银莲花不同居群遗传多样性的ISSR分析

本研究采用ISSR分子标记技术分析了甘肃省4个地区(合作、碌曲、阿万仓和阿孜)钝裂银莲花的11个居群的遗传多样性水平和遗传结构。结果表明,13个引物共扩增出701条带,其中392条具有多态性,多态位点百分率为55.92%。在物种水平上,Shannon多样性指数(I)为0.372,Nei基因多样性指数(H)为0.250;Nei的基因分化系数Gst和AMOVA分析表明钝裂银莲花居群遗传分化大部分存在于居群间。在居群水平上,I为0.183,H为0.114,可见钝裂银莲花居群具有较高的遗传多样性。依据Nei的遗传距离对不同居群进行UPGMA聚类,聚类结果为合作居群为一类,碌曲和阿万仓居群为一类,阿孜为一类。居群遗传多样性与环境因子间的相关性分析表明,遗传多样性水平与海拔、含水量、有效磷和经纬度之间没有相关性,而与降水量之间显著负相关。