鸡MHCⅠ类分子信号肽的预测及其序列特征

旨在进一步研究MHCⅠ类分子作用机制,分析MHCⅠ类分子α链和β2m链的信号肽序列特征。运用信号肽分析软件预测淮南麻黄鸡MHCⅠ类分子的α链和β2m链信号肽区域,通过序列比对,进一步分析鸡MHCⅠ类分子2条链的序列特征。信号肽分析软件预测结果表明,鸡MHCⅠ类分子的α链和β2m链均存在信号肽,且均由21个氨基酸残基组成。序列分析结果表明,鸡MHCⅠ类分子β2m链信号肽区域的氨基酸序列较为保守,但α链信号肽区域则呈现出一定的多态性,有23.8%的氨基酸残基发生突变。此外,将鸡MHCⅠ类分子信号肽序列与鸭、人和鼠的相应区域进行比对,表明鸡与鸭的α链和β2m链分子信号肽相似性均较高,分别为60%和65%,但与人和鼠的相似性均较低。     

北京鸭Ⅰ型干扰素基因分子克隆与序列分析

为了进行北京鸭重组干扰素（IFN）类生物制剂的研究,根据现有鸭Ⅰ型IFN基因设计了引物对,用PCR克隆了我国标准品种北京鸭INF基因,定名为BDIFN－α开放框架（ORF）由576个核苷酸构成,编码191个氨基酸。BDIFN－α与鸭Ⅰ型IFN基因核苷酸同同源性为99．8％,在390位存在点变异,但在氨基酸水平完全一致。BDIFN－α氨基酸与鸡Ⅰ型IFN同源性在50．5％－51％,与狗、猪等哺乳类Ⅰ型和Ⅱ型IFN比较同源性低于39％,结果揭示了BDIFN－α为鸭类干扰素基因进化的一分枝。     

淮南麻黄鸡BMPBMP15基因多态性及其与生产性能的相关分析

试验旨在研究BMP15基因多态性及其与淮南麻黄鸡生产性能的相关性,寻找可作为提高淮南麻黄鸡生产性能的分子标记。采用DNA测序和PCR-SSCP技术对419只淮南麻黄鸡BMP15基因多态性进行了检测,分析其多态性与淮南麻黄鸡生产性能的相关性。结果表明:淮南麻黄鸡BMP15基因exon1上存在G397A 1个突变位点,并导致氨基酸Leu转变为Phe,G397A位点PIC值为0.36,处于中度多态,基因型分布处于Hardy-Weinberg平衡状态。G397A位点与淮南麻黄鸡28日龄体重显著相关,AA基因型是优势基因型。BMP15基因G397A位点可以作为淮南麻黄鸡生长性能的参考分子标记。     

山羊CLAⅠα链基因的克隆及生物信息学分析

为探究山羊CLAⅠα链基因的多态性,本试验根据GenBank中山羊CLAⅠα链基因序列设计引物,采用RT-PCR技术从10个品系山羊白细胞中克隆山羊CLAⅠα链基因,测序后进行生物信息学分析。结果表明,CLAⅠα链基因长度为1 074bp,编码357个氨基酸。经核苷酸序列分析发现,10个品系山羊CLAⅠα链基因同源性集中在82.8%~99.5%之间。将10个品系山羊CLAⅠα链基因核苷酸推导的氨基酸序列进行比对,发现突变集中在α1区域(22—110位氨基酸)与α2区域(111—203位氨基酸)。遗传进化分析表明,GenBank中山羊CLAⅠα链基因与红寺湖绒山羊、河西绒山羊、陕北绒山羊、阿尔巴斯绒山羊的CLAⅠα基因遗传关系较近,与其他6个品系山羊,即简阳大耳山羊、金堂黑山羊、西农萨能奶山羊、美姑山羊、大足黑山羊、努比亚山羊的CLAⅠα基因遗传关系较远。本试验结果为进一步研究CLAⅠα链基因的多态性奠定了理论基础。     

鸳鸯鸭MHC-Ⅰα链基因的克隆与分子进化分析

根据GenBank中登录(登录号:AB115244)的鸭MHC-Ⅰα链序列设计并合成1对引物,采用RT-PCR技术从鸳鸯鸭脾脏组织中克隆出鸳鸯鸭MHC-Ⅰα链基因,并进行T-A克隆和序列测定.结果表明,所获得的鸳鸯鸭MHC-Ⅰα链基凶长909bp,编码303个氨基酸的多肽,含一个完整的鸳鸯鸭MHC-Ⅰα链胞外区成熟肽基因.序列比较发现.鸳鸯鸭MHC-Ⅰα链基因与GenBank登录的其它品种的鸭MHC-Ⅰα链核苷酸同源性为89.4%～91.0%,与人和其他动物的MHC-Ⅰα链胞外区成熟肽基因的氨基酸同源性为11.1%～79.3%,表明MHC-Ⅰα链胞外区成熟肽基因存在着种的多样性,且亲缘关系越近,同源性越高.鸳鸯鸭MHC-Ⅰα链胞外区成熟肽基因的成功克隆为进一步研究鸭MHC-Ⅰ基因表达、生物学活性和应用奠定基础.     

一株Ⅰ型鸭肝炎病毒全基因组序列分析

为了研究Ⅰ型鸭肝炎病毒(DHV-Ⅰ)遗传变异情况,试验采用全基因组序列测定的方法对广东省佛山地区分离到的1株Ⅰ型鸭肝炎病毒进行分析研究。结果表明:不含poly(A)尾的DHV-Ⅰ基因组全长7 690 bp,只含有1个开放阅读框(ORF),编码2 249个氨基酸;将此病毒株与GenBank公布的其他DHV全基因序列进行序列分析,VP1蛋白变异最大,180～220位为高变区,与DHV-Ⅰ参考毒株核苷酸序列同源性在94.0%～97.4%之间,氨基酸序列同源性在97.5%～99.2%之间;对此病毒株进行遗传进化分析,与DHV-Ⅰ参考毒株处于同一分支,与韩国和中国台湾省新型鸭肝炎病毒处于不同分支。     

新疆哈萨克绵羊MHC Ⅰ类分子基因的克隆与生物信息学分析

为了研究新疆哈萨克绵羊主要组织相容性复合体(MHC)Ⅰ类分子基因序列的多态性,采用PCR和测序的方法分别克隆新疆哈萨克绵羊MHCⅠ类分子基因重链和轻链的c DNA全长,并进行生物信息学分析。结果表明:成功扩增出新疆哈萨克绵羊MHCⅠ类分子基因重链、轻链,大小分别为1 107 bp、357 bp;通过生物信息学软件预测蛋白质分子质量分别为90 ku和29.694 ku;等电点(p I)分别为5.00,5.23;重链富含G、C碱基,有两段跨膜螺旋,最大疏水指数为3.622,最小疏水指数为-2.922,预测整条肽链表现为亲水性,在1~84位碱基之间存在信号肽;轻链四种碱基含量基本一致,也有两段跨膜螺旋,在1~63位碱基之间存在信号肽。新疆哈萨克绵羊MHCⅠ类分子基因编码蛋白质的二级结构以无规则卷曲元件的含量最高,该蛋白质的三级结构由一条α链,另一条为β链通过非共价键组成,由α1、α2组成抗原结合槽;NCBI数据库中不同地区的哈萨克绵羊的MHCⅠ类分子基因的同源性在89.87%~99.91%之间,与数据库中牛的MHCⅠ类分子基因同源性达到了98.88%,轻链MHCⅠ类分子基因还与猪和人的同源性相对较高。     

安徽省五华鸡J亚群禽白血病病毒gp85基因分子序列特征分析

为进一步了解J亚群禽白血病病毒(avian leukosis virus subgroup J,ALV-J)gp85基因的结构、功能及其遗传变异趋势,采用PCR方法克隆了安徽省地方品种五华鸡ALV-J gp85基因序列ALV-J-WH,并将该序列与GenBank数据库中登录的15个gp85基因序列进行了比对分析。结果显示,ALV-J-WH与所比对的氨基酸序列同源性介于85.9%~96.2%之间,与其同源性最高的是来自于国内ALV-J毒株的JN378888基因序列,进化树也证实两者亲缘关系较近;此外,相对其他ALV-J gp85氨基酸序列,ALV-J-WH在223位氨基酸后有10个氨基酸的缺失;对所有全长序列分析结果表明,共有71个可变氨基酸位点,10个高度变异位点,尤其是hr1和hr2区域分布较多。结果表明,ALV-J-WH与国内部分ALV-J毒株分离gp85基因来自共同的原始病毒,但其具有独特的序列特征;ALV-J gp85基因高度易变,部分高频率突变的氨基酸位点可能是ALV-J在抗体免疫选择压下的作用位点。     

鸡主要组织相容性复合体分子结构与抗病性关系研究进展

主要组织相容性复合体(major histocompatibility complex, MHC)作为鸡免疫系统中的一个重要部分，主要负责将抗原表位递呈到特异性T淋巴细胞中，诱导免疫应答反应。鸡MHC优势表达1个MHCⅠ分子BF2和1个MHCⅡ分子BLB2,其中MHCⅠ分子结合来自细胞质中蛋白多肽，MHCⅡ分子结合来自细胞内囊泡中蛋白多肽和细胞外源性多肽。MHC等位基因多态性对其分子空间结构和结合肽段特性非常重要。不同单倍型MHC由于等位基因的差异其肽结合基序也存在差异，进而影响MHC分子递呈抗原肽数量，影响T细胞免疫应答强度，最终导致不同单倍型鸡对同一病原体表现出抗性或易感性。与人MHC分子相比，紧凑且简单的鸡MHC优势表达单个Ⅰ类分子的特性可以决定鸡是否会对某种病原体存在抗性。为了更好地认识鸡MHC分子在病毒感染过程中的作用及抗病性机制，解析其结构并进行功能研究非常必要。作者主要介绍了鸡MHC的分子结构特征，重点比较了不同单倍型MHC分子结构差异与抗病性的关系，总结了鸡MHC肽结合基序和禽流感病毒抗原肽的鉴定工作，为进一步理解MHC分子递呈肽给T淋巴细胞的机制和开发T细胞表位疫苗奠...     

几个地方鸡种MHCB-G座位克隆与生物信息学分析

本研究利用PCR和克隆测序方法,克隆新狼山鸡和仙居鸡MHC B-G基因全序列,分析序列的多态性并预测其蛋白质的结构与功能,为更好地保护地方鸡种提供基础资料。结果表明:分别获得新狼山鸡和仙居鸡MHCB-G基因6 183 bp和6 415 bp全序列,与红色原鸡同源性达98%,3鸡种存在148个变异位点,为3个单倍型,单倍型多样度为0.07407,仙居鸡在4413-4661位置缺失249 bp;利用生物信息学预测新狼山鸡和仙居鸡MHCB-G蛋白,该蛋白具有丰富的B细胞抗原位点;新狼山鸡和仙居鸡有明显的跨膜螺旋结构,分别含有138个和98个磷酸化位点;MHC B-G基因具有丰富的遗传多样性,该MHC B-G蛋白可能是抗原位点的富集区,对其进化、抗原递呈作用以及疾病和生产性能的相关性发生重要影响。     

重叠延伸PCR法体外重建鸡主要组织相容性复合体Ⅰ

本研究旨在体外重建鸡主要组织相容性复合体Ⅰ类分子（MHCⅠ）重链（α链）胞外区与轻链（β2m）成熟肽的重组嵌合分子。采用RT—PCR法分别扩增鸡MHCⅠ的重链胞外区和轻链的成熟肽序列；采用重叠延伸PCR（Splicing overlap extension PCR method，SOE-PCR）把通过45个碱基的链连接的鸡MHCⅠ重链胞外区基因和轻链成熟肽基因重组到可溶性表达质粒pMAL-p2X进行可溶性表达。经琼脂糖凝胶电泳证明RT—PCR可分别扩增出鸡MHCⅠα链胞外区基因和β2m成熟肽基因，大小符合预期。采用MHCⅠα链胞外区序列的反义引物与β2m成熟肽基因正义引物有15个碱基重叠的两对引物，以MHCⅠα链胞外区序列与β2m成熟肽序列PCR产物的混合物作为模板，进行重叠延伸获得了预期大小的连接片段；测序显示重组质粒上MHCⅠα链胞外区序列与轻链β2m成熟肽基因的靶序列由一柔性的linker相连，阅读框正确且无移码。本研究表明SOE-PCR是体外重构鸡MHCⅠ的一种简捷可行方法。     

浙江省猪繁殖与呼吸综合征病毒ORF5基因的遗传变异分析

为了解2014-2016年浙江地区猪繁殖与呼吸综合征病毒（porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV）ORF5基因变异情况,试验通过RT-PCR方法对从浙江省各地区采集的PRRSV阳性病料进行ORF5基因扩增,应用DNAStar和Mega 5.1软件对所测序列进行同源性和遗传变异分析。结果显示,54株2014-2016年浙江分离株ORF5序列之间核苷酸和氨基酸序列同源性分别为83.1%~100%和80.6%~100%,与经典株VR2332核苷酸和氨基酸序列同源性分别为83.8%~90.4%和81.6%~90.0%,与高致病PRRSV毒株JXA1核苷酸和氨基酸序列同源性分别为83.5%~99.5%和83.1%~99.0%。系统进化分析表明,54个毒株均为美洲型毒株,属于Ⅰ、Ⅲ、Ⅳ 3个不同的基因亚型,其中基因亚型Ⅲ和Ⅳ毒株是浙江省近年来新出现的毒株。氨基酸序列分析结果显示,54个毒株在GP5蛋白的信号肽区域、非中和抗体表位的氨基酸序列变异较大,而在中和表位氨基酸序列变异较小。本研究结果表明,浙江地区PRRSV流行出现了新形势,多种基因亚型共同存在,其中以基因亚型Ⅰ毒株为主。     

IBV安徽分离株膜蛋白基因的克隆及序列分析

利用设计的1对特异性引物,通过RT-PCR方法扩增出4株鸡传染性支气管炎病毒(IBV)安徽地方分离株膜蛋白M基因全长片段并进行了克隆测序。将各IBV安徽地方分离株与GenBank中注册的一些毒株M基因核苷酸序列及推导的氨基酸序列进行比较和系统进化关系分析,发现毒株间核苷酸序列同源性为88.5%~100%,其相应的氨基酸序列同源性为90.3%~100%;不同毒株间存着重组、缺失、插入及点突变等变异,从ATG至第140 bp区段的核苷酸序列变异频率最高;4株分离毒株属于同一个进化群的2个不同进化亚群,与我国常用疫苗毒株H120、M41和W 93不属同一个进化亚群。     

2013年云南省禽流感病毒H9N2亚型监测及其血凝素基因序列分析

为了解H9N2亚型禽流感病毒(AIV)的变异情况,本研究对2013年云南省16个地区的3 622份家禽临床样品进行AIV的鸡胚分离和RT-PCR检测,其中分离鉴定到97份H9N2亚型AIV分离株,并选取21个分离株进行HA基因测序及系统进化分析,结果表明:21份H9N2亚型AIV分离株的HA基因核苷酸序列同源性为86.0%~99.4%,均属于欧亚分支的类A/Chicken/Bei Jing/1/1994亚分支,而且又进一步划分为Ⅲ-1、Ⅲ-2两个小分支。其中Ⅲ-2分支为云南地区新出现的进化分支。氨基酸比对分析显示,测序的21个HA基因编码蛋白的裂解位点基序均具有低致病性病毒分子特征;与现用疫苗株相比,HA推导氨基酸序列中存在多个氨基酸位点差异;其中,Ⅲ-1与Ⅲ-2分支的AIV的HA氨基酸序列多个位点存在各自特有的点突变(氨基酸替换),这种变异具有一定的进化(亚)分支特异性。此外,HA基因多个受体结合位点氨基酸存在变异,其中234位氨基酸全部变为L,呈现了人流感受体结合特性;部分糖基化位点、抗原表位关键性氨基酸也存在变异。     

我国近期7株猪瘟流行野毒E2基因变异研究

应用RT PCR 和nPCR 扩增了7 株国内近期(2001 年-2003 年)流行的猪瘟野毒E2 基因,分别克隆至pGEM T 载体并对其进行了核苷酸序列测定及氨基酸序列推导,同时将其与C 株、Alfort 株、Brecsia 株进行了同源性比较及遗传进化分析,构建了CS FV的遗传发生树,并对E2 结构与功能进行了分析。所测7株野毒均包括完整的信号肽序列及部分跨膜区在内的1 170 bp,与C株、Alfort株、Brescia 株核苷酸序列同源性分别为91.6%~94.5%、89.2%~92.7%、85.9%~89.3%,氨基酸同源性分别为91.2%~95.8%、88.9%~92.0%、84.0%~90.1%;而7株野毒之间的差异很小,其核苷酸序列同源性为95.8%~99.7%,氨基酸同源性为96.3%~99. 1%。所绘制的遗传发生树分为2个组群,所测得7 株流行野毒均属于第1 群,而且可分为两亚群,与C 株在同一亚群。同时对主要抗原区氨基酸位点变异进行了分析,对其抗原决定簇的变异情况进行了推测。     

鸡MHC基因B-G区域的生物信息学分析

根据鸡主要组织相容性复合体（MHC）基因B-G区域外显子2的序列设计引物,采用直接测序的方法对该区域（207bp）进行序列测定,并对所获得核苷酸序列进行生物信息学分析。结果显示：该片段中碱基T、C、A、G的平均含量分别为22.0%、19.8%、24.8%、33.4%,C＋G含量为53.2%,T＋A含量为46.8%,C＋G含量高于T＋A含量;同时检测到27个核苷酸变异位点,导致14个氨基酸位点的变异;16条序列进行单倍型构建获得16种单倍型,单倍型多样度达到了高的多样水平。试验结果表明,鸡MHC-B-F基因外显子2的序列表现出了高度的多态性,而且其序列的多态性更多地表现在氨基酸水平上。     

中国部分地方品种鸡CD4和CD8α基因cDNA的克隆与序列分析

用Trizol分别提取4～6周龄白莱航鸡、狼山鸡、大骨鸡、北京油鸡、仙居鸡、茶花鸡、固始鸡和隐性白羽鸡胸腺细胞的总RNA，再用Oligo-dT纤维索富集mRNA后，用RT-PCR分别扩增出鸡CD4和cD8α基因cDNA。将PCR产物克隆进T载体后测序。序列分析显示不同品种鸡的CD4 cDNA序列完全一致；中国地方品种鸡与国外品种的白莱航鸡、RPL7系鸡在CD8α胞外区有6～13个氨基酸的差异，仙居鸡与其他5个中国地方品种鸡在CD8α胞外区有4～5个氨基酸的差异，狼山鸡、北京油鸡和隐性白羽鸡CD8α cDNA的核苷酸序列及推导的氨基酸序列完全一致。这些结果表明，中国地方品种鸡CD4基因序列高度保守；中国地方品种鸡与国外品种鸡的CD8α cDNA序列之间具有遗传多态性，而中国地方品种鸡之间CDSα cDNA序列遗传多态性低，为进一步研究CD4分子和CD8α链的结构和功能提供了条件。     

羊口疮病毒QD/2015株B2L基因克隆及生物信息学分析

为分析羊口疮病毒(ORFV/QD/2015株)B2L基因的分子特征,预测其编码蛋白的生物学功能,对其B2L基因进行PCR扩增、克隆及序列测定,应用生物信息学相关软件及方法,对扩增所得的基因进行序列分析,并对其编码蛋白的二级结构、细胞抗原表位、三级结构、跨膜结构域和信号肽等进行预测和分析。结果显示:ORFV/QD/2015株B2L基因序列长1 137 bp,编码379个氨基酸;该毒株与其他12株羊口疮病毒参考株的B2L基因核苷酸序列同源性为96.8%~99.7%,氨基酸序列同源性为96.8%~99.2%。系统进化分析显示,ORFV/QD/2015株与2015年分离到的ORFV/Shaan Xi/2015/China株亲缘关系最近;B2L基因编码蛋白二级结构以α-螺旋区域和β-折叠区域所占比例较大,预测此蛋白可能存在7个细胞优势抗原表位,无跨膜区域,无信号肽区域;三级结构呈弯曲状螺旋结构。     

鸭IgG的研究进展及Fc段的遗传进化分析

IgG(IgY)是鸭卵黄中的唯一免疫球蛋白。根据GenBank发表的鸭的IgG Fc段的核苷酸序列、氨基酸序列,和多种动物进行遗传进化分析。得出鸭与鸡的核苷酸同源性分别为67.9%,与其他所列哺乳动物的核苷酸同源性集中在40%～52%之间。鸭与鸡的氨基酸同源性57.5%,与其他所列哺乳动物的氨基酸同源性集中在34%～43%之间。进化树结果显示鸭的IgG Fc段基因与鸡此段基因具有较近的亲缘关系。     

绿头鸭TLR2a胞外区的克隆及序列分析

Toll样受体作为一种重要的天然免疫因子,在抗感染中发挥重要作用,为了探究鸭TLR2a的遗传特征,研究采用RT-PCR技术克隆绿头鸭TLR2a胞外区,并对其进行序列分析。结果表明:鸭TLR2a胞外区全长1 788 bp,编码596个氨基酸残基,与鸡、鹅的同源性达85.50%以上,与其他哺乳动物同源性较低,在52.99%~56.63%之间,存在种属差异。研究对绿头鸭TLR2a胞外区的结构与序列特征进行分析,为鸭TLR2分子生物学研究奠定基础。