鸡MHC基因B-G区域的生物信息学分析

根据鸡主要组织相容性复合体（MHC）基因B-G区域外显子2的序列设计引物,采用直接测序的方法对该区域（207bp）进行序列测定,并对所获得核苷酸序列进行生物信息学分析。结果显示：该片段中碱基T、C、A、G的平均含量分别为22.0%、19.8%、24.8%、33.4%,C＋G含量为53.2%,T＋A含量为46.8%,C＋G含量高于T＋A含量;同时检测到27个核苷酸变异位点,导致14个氨基酸位点的变异;16条序列进行单倍型构建获得16种单倍型,单倍型多样度达到了高的多样水平。试验结果表明,鸡MHC-B-F基因外显子2的序列表现出了高度的多态性,而且其序列的多态性更多地表现在氨基酸水平上。     

鸡源致病性大肠杆菌1型菌毛pilA基因的PCR扩增、克隆及序列分析

研究选择从四川规模化鸡场分离鉴定的5株优势血清型鸡源致病性大肠杆菌代表株(O89,O119,O141,O127)的1型菌毛pilA基因的PCR扩增片段分别定向克隆到pUC18质粒的多克隆位点,并转化到DH5 α株大肠杆菌载体菌中,对目的基因的序列测定结果表明：5个克隆片段均含有1型菌毛pilA基因的全序列,全长459bp,编码信号肽和结构蛋白。用生物软件(DNASTAR)对9株大肠杆菌1型菌毛pilA基因序列、氨基酸序列、菌毛蛋白质二级结构预测及抗原性进行了分析比较,结果显示：鸡源致病性大肠杆菌1型菌毛间具有同源性,1型菌毛间存在一定的相同抗原位点。     

基于线粒体COⅠ基因的2个新发现鸡种资源DNA编码研究

以中国2个新发现鸡种资源金湖乌凤鸡、安义瓦灰鸡及地方鸡种狼山鸡为研究对象,利用DNA测序技术测定了线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ（cytochrome c oxidase Ⅰ,COⅠ）基因序列,揭示2个新发现资源COⅠ基因的遗传多样性及其与地方鸡种的遗传关系。结果显示,选择的这段COⅠ基因序列在2个新发现资源和狼山鸡中有10个突变位点,为7个单倍型,其中有3个为特异性突变位点,5个特异性单倍型。金湖乌凤鸡、安义瓦灰鸡和狼山鸡群体内平均核苷酸多样度（Pi）分别为0.068%;0.051%和0.0369%,单倍型多样度（H）分别为0.4167、0.3030和0.9000。狼山鸡的遗传多样性大于2个新发现资源。3个地方鸡群体间的Kimura双参数遗传距离范围为－0.002～0.236;种间遗传距离小于种内遗传距离。结果表明,利用COⅠ这一特定基因的特定区段来做DNA条形编码的基础,进行不同鸡品种鉴定具有方便、快捷、经济、准确等优点,是可行和有效的。     

中国部分地方品种鸡CD4和CD8α基因cDNA的克隆与序列分析

用Trizol分别提取4～6周龄白莱航鸡、狼山鸡、大骨鸡、北京油鸡、仙居鸡、茶花鸡、固始鸡和隐性白羽鸡胸腺细胞的总RNA，再用Oligo-dT纤维索富集mRNA后，用RT-PCR分别扩增出鸡CD4和cD8α基因cDNA。将PCR产物克隆进T载体后测序。序列分析显示不同品种鸡的CD4 cDNA序列完全一致；中国地方品种鸡与国外品种的白莱航鸡、RPL7系鸡在CD8α胞外区有6～13个氨基酸的差异，仙居鸡与其他5个中国地方品种鸡在CD8α胞外区有4～5个氨基酸的差异，狼山鸡、北京油鸡和隐性白羽鸡CD8α cDNA的核苷酸序列及推导的氨基酸序列完全一致。这些结果表明，中国地方品种鸡CD4基因序列高度保守；中国地方品种鸡与国外品种鸡的CD8α cDNA序列之间具有遗传多态性，而中国地方品种鸡之间CDSα cDNA序列遗传多态性低，为进一步研究CD4分子和CD8α链的结构和功能提供了条件。     

基于线粒体DNA D-loop序列分析彭县黄鸡遗传多样性及其起源进化关系

研究旨在探究彭县黄鸡的遗传多样性和起源。通过对30只彭县黄鸡线粒体DNA(mtDNA)D-loop区高变区部分序列的PCR扩增、测序和比对,结合Gen Bank已经测出D-loop区全序列的部分品种鸡的序列,探讨彭县黄鸡的遗传多样性和母系起源。结果表明:测出的高变区部分序列长度为504~506 bp,12只为504 bp(484 bp处T碱基缺失),1只为506 bp(498 bp处C碱基插入)外,其余均为505 bp。在30只个体中,共发现15处单核苷酸多态位点,由此界定7种单倍型。系统发育分析发现,彭县黄鸡7种单倍型可以分为A、B、C三个分支。综上,彭县黄鸡mtDNA D-loop区具有较为丰富的多态性,并且3个母系起源,研究结果从分子水平上为彭县黄鸡的遗传资源保护和开发利用提供了参考。     

鸡主要组织相容性复合体分子结构与抗病性关系研究进展

主要组织相容性复合体(major histocompatibility complex, MHC)作为鸡免疫系统中的一个重要部分，主要负责将抗原表位递呈到特异性T淋巴细胞中，诱导免疫应答反应。鸡MHC优势表达1个MHCⅠ分子BF2和1个MHCⅡ分子BLB2,其中MHCⅠ分子结合来自细胞质中蛋白多肽，MHCⅡ分子结合来自细胞内囊泡中蛋白多肽和细胞外源性多肽。MHC等位基因多态性对其分子空间结构和结合肽段特性非常重要。不同单倍型MHC由于等位基因的差异其肽结合基序也存在差异，进而影响MHC分子递呈抗原肽数量，影响T细胞免疫应答强度，最终导致不同单倍型鸡对同一病原体表现出抗性或易感性。与人MHC分子相比，紧凑且简单的鸡MHC优势表达单个Ⅰ类分子的特性可以决定鸡是否会对某种病原体存在抗性。为了更好地认识鸡MHC分子在病毒感染过程中的作用及抗病性机制，解析其结构并进行功能研究非常必要。作者主要介绍了鸡MHC的分子结构特征，重点比较了不同单倍型MHC分子结构差异与抗病性的关系，总结了鸡MHC肽结合基序和禽流感病毒抗原肽的鉴定工作，为进一步理解MHC分子递呈肽给T淋巴细胞的机制和开发T细胞表位疫苗奠...     

鸡堆型艾美耳球虫新基因的克隆与生物信息学分析

试验旨在对堆型艾美耳球虫（Eimeria acervulina）孢子化卵囊新基因EST序列进行克隆与生物信息学分析。通过RACE技术扩增从E. acervulina cDNA表达文库中筛选获得的EST序列,得到EST全长cDNA序列,利用多种生物信息学分析软件对其编码蛋白进行分析和预测。结果表明,该EST序列为E.acervulina孢子化卵囊阶段新基因,GenBank登录号为EU590120;该基因含1个492 bp的开放阅读框,编码163个氨基酸,理论分子质量为17.049 ku,等电点为6.69,酸性氨基酸8个,碱性氨基酸8个,分子式为C₇₆₁H₁₂₂₃N₁₉₉O₂₁₉S₁₂;总平均亲水性（GRAVY）为0.731;该蛋白有信号肽,为分泌性蛋白;具有4个跨膜结构,在105～115、28～32和132～138位之间有很强的疏水性;具有1个蛋白激酶C磷酸化位点、1个N-糖基化位点、2个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点、4个N端豆蔻酰基化位点。因此根据生物信息学全面预测和分析,发现该基因所编码的蛋白具有较多的生物学功能位点和潜在的抗原表位区域。     

鸡蛔虫线粒体cox1和nad4基因的遗传变异分析

为探究鸡蛔虫的种内遗传变异和系统发育关系,对分离自四川省西昌市的15个鸡蛔虫分离株的线粒体细胞色素c氧化酶第Ⅰ亚基（cox1）基因部分序列和烟酰胺腺嘌呤二核苷酸脱氢酶亚单位Ⅳ（nad4）基因全序列进行PCR扩增、序列测定及分析,并用cox1和nad4基因部分序列构建鸡蛔虫与其他蛔虫的NJ树和贝叶斯树。测序结果显示,所获得的鸡蛔虫cox1和nad4基因全序列长度分别为1 152和1 236 bp,分别有33和40个变异位点,碱基变异率分别为0~2.1%和0~2.3%;分别检测到8和11个单倍型,总的单倍型多样性分别为0.733±0.124和0.933±0.054,核苷酸多样性分别为0.00433±0.00153和0.00541±0.00157,平均遗传距离分别为0.004和0.005。构建的种系发育树均显示15个鸡蛔虫西昌分离株与其他国家/地区的鸡蛔虫分离株聚类形成一个分支,与鸽蛔虫的亲缘关系最近,与其他蛔虫所属的分支相隔较远。研究结果表明鸡蛔虫西昌分离株的遗传变异程度低,且nad4基因比cox1基因更适合作为研究鸡蛔虫分离株遗传变异的分子标记。     

鸡大肠埃希菌Ⅰ型菌毛pilA基因的克隆与序列分析

根据已公布的鸡大肠埃希菌pilA基因序列,在其保守区设计一对引物,以提取的3株鸡大肠埃希菌基因组DNA为模板,进行PCR扩增,获得3个克隆片段。经序列测定和分析表明,3株克隆片段均含有Ⅰ型菌毛pilA基因的全序列及完整的开放性阅读框架,片段大小为549bp,编码信号肽和结构蛋白;3株鸡大肠埃希菌分离菌株与其他菌株pilA基因之间核苷酸同源性为87.25%～98.36%,氨基酸同源性为87.36%～98.35%;系统进化分析表明,大肠埃希菌各菌株之间的pilA基因遗传相关性与其宿主来源及血清型之间没有显著的相关性;3株鸡大肠埃希菌I型菌毛间具有一定的结构相似性,并存在一定的共同抗原位点。     

茶花鸡MHC单倍型及其对HPAI免疫应答水平影响的测定

为筛选茶花鸡H5N1高致病性禽流感(HPAI)抗性MHC单倍型,本实验对293只脱温茶花鸡先后两次接种同一HPAI灭活疫苗(0.4 m L/只),二次免疫前、后采集抗凝外周血,分别应用病毒血凝抑制(HI)试验和夹心酶联免疫吸附试验(ELISA)测定血浆特异性抗体效价和IFN-γ水平;通过PCR扩增分析微卫星LEI0258和MCW0371,根据扩增产物的长度多态性确定个体MHC单倍型及基因型。选取频数不少于5的MHC单倍型或基因型,对其与抗体效价和IFN-γ水平的关联性分别做单因素方差分析。结果显示,应用PCR扩增LEI0258获得50种长度多态性片段,包括已有命名的20种和新发现的30种;二免后茶花鸡实验群体特异性抗体效价和IFN-γ水平均极显著高于二次免疫前(p0.01); 249 bp、307 bp、319 bp携带组和B17单倍型纯合子组二次免疫后抗体效价和IFN-γ水平均显著高于其它组(p0.05)。本实验初步判定249 bp、307 bp、319 bp携带者和B17单倍型纯合子具有较高的HPAI免疫应答水平,提示其可以作为进一步鉴定HPAI抗性的候选MHC单倍型,有望为建立HPAI控制新策略提供思路。     

基于线粒体12S基因分析四川地区鸡异刺线虫的种群遗传多态性

为探讨四川地区鸡异刺线虫的遗传变异特点和种群遗传结构特征,利用PCR技术扩增了四川7个地区共58株鸡源鸡异刺线虫分离株的线粒体12S基因全序列,经测序后分析其遗传多样性。结果显示,58条鸡异刺线虫12S基因全序列均为699bp,序列中共有38个变异位点和34个单倍型(HS1-HS34);单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(π)分别为0.822和0.003 95。进一步分析表明,7个地理种群遗传分化不明显(Fst=0.007 87),种群间基因交流较频繁(Nm=31.52);分子方差分析(AMOVA)表明,四川地区鸡异刺线虫的遗传分化主要来自于种群内部(99.21%),种群间遗传变异水平较低(0.79%);单倍型网络图和NJ系统发育树显示,鸡异刺线虫7个地理种群的34个单倍型散在分布于不同种群内,分布格局较为混杂,未形成明显的地理分布格局。结果表明,四川地区的鸡异刺线虫遗传多样性较低,遗传分化不明显,还未形成显著的地理遗传结构。     

陕西榆林地区鸡蛔虫的单倍型多态性、遗传分化及种系发育关系分析

为探究陕西榆林地区鸡蛔虫单倍型多态性及遗传分化情况，并阐明其种系发育关系，试验以分离于榆林不同地区的30条鸡蛔虫为样品，采用PCR扩增其线粒体cox1与nad4基因，进行单倍型多态性、遗传分化与种系发育关系分析。结果显示：在所有的cox1基因（953 bp）序列中，共含30个变异位点（4个转换、26个颠换），17个单倍型（h=17,Hd=0.936），其基因分化系数（Gst）为-0.012 85，遗传分化系数（Fst）为-0.029 95，基因流（Nm）为11.53；在所有的nad4基因（876 bp）序列中，共含29个变异位点（2个转换、27个颠换），16个单倍型（h=16,Hd=0.935 6），其Gst为-0.012 38,Fst为-0.040 9,Nm为17.05；在所有的cox1+nad4基因（1 829 bp）序列中，共含59个变异位点（6个转换、53个颠换），24个单倍型（h=24,Hd=0.977），其Gst为-0.003 9,Fst为-0.036 5,Nm为14.77；在所有cox1、nad4及cox1+nad4基因的Network图中，均未发现有单倍型聚集成簇的现象...     

秦川牛mtDNA cyt b基因序列多态性分析

对我国秦川牛6个个体mtDNA cyt b基因1140bp序列进行了分析。结果表明：6头秦川牛的cyt b基因序列中，共检测到核苷酸多态位点19个。cyt b基因全序列突变类型只有转换。6个个体具有4种单倍型。以欧洲牛mtDNA cyt b基因全序列为标准，其中单倍型Ⅰ、单倍型Ⅱ、单倍型Ⅲ的核苷酸变异率较低，都为0．071%，而单倍型Ⅳ的核苷酸变异率较高，为1．21%。应用MEGA软件中UPGMA法构建6头秦川牛的分子进化树，结果表明秦川牛有2个母系起源即普通牛起源（单倍Ⅰ、单倍型Ⅱ和单倍型Ⅲ和瘤牛起源（单倍型Ⅳ），但是本研究发现作为中原牛之一的秦川牛受普通牛的影响比较大。     

鸽Ⅰ型副粘病毒ZQ98-1株F基因全序列的克隆和序列分析

本研究报道了PMV－1／鸽／肇庆／1／1998株（ZQ98－1）F基因的全序列。该基因核苷酸序列长度为1712bp,编码由553个氨基酸组成的F0多肽。F0蛋白裂解位点处的氨基酸序列为^112K-R-Q-K-R-F^117,F0蛋白中有3个与病毒副合相关的重要抗原位点和6个糖基化位点。经比较,鸽Ⅰ型副粘病毒ZQ98－1株和PMV－1／Pigeon/England/1168/84(1168/84)株、Warwick株及Ulster株核苷酸序列的同源性分别为95％、90％和89％,氨基酸的为异率分别为5．4％、6．2％及9．1％。     

禽副粘病毒2型Yucaipa标准株F基因的克隆和序列分析

根据从GenBank上查到的PMV-2型Yucaipa株F基因序列——D13977序列，设计特异性引物，从禽副粘病毒2型Yueaipa标准株成功地克隆了F基因全编码序列。所测的核苷酸序列大小为1654bp，编码一个含536个氨基酸残基的多肽(未加工前)，分子量约为55．75kDa。裂解位点在F基因的第98和第99个氨基酸残基之间，F2蛋白羧基端裂解位点区的氨基酸残基序列为Lys-Pro-Ala-Ser-Arg。F基因序列同源性比较结果表明本研究所测的序列是PMV-2型F基因序列，并进一步证实了副粘病毒2型与分离自猴的Murayama病毒在系统进化上有非常紧密的关系。     

鸡主要组织相容性复合体(MHC)研究进展

鸡主要组织相容性复合体(MHC)与排斥反应、淋巴细胞反应及抗原递呈有关,其编码基因簇位于16号染色体上,其上许多基因具有多态性,与疾病抗性或易感性密切相关.文章主要对鸡的16号染色体上基因分布、MHC-B区域基因、MHC单倍型检测方法及鸡MHC与常见疾病的关系等方面进行综述.     

禽波氏杆菌外膜蛋白A的克隆测序与生物信息分析

本文旨在克隆禽波氏杆菌外膜蛋白OmpA的编码基因,并预测OmpA蛋白二级结构和B细胞抗原表位,从而探讨禽波氏杆菌外膜蛋白OmpA在免疫保护中所起的作用。作者对禽波氏杆菌的外膜蛋白ompA基因进行PCR扩增、克隆及序列测定。应用生物信息学相关软件和方法,对禽波氏杆菌OmpA蛋白的二级结构和B细胞抗原表位进行预测。禽波氏杆菌ompA基因全长597bp,编码199个氨基酸。二级结构以无规卷曲为主,有少量的α-螺旋和β-片层,少见β-转角;推测OmpA蛋白有5个B细胞优势抗原表位区域、2个糖基化位点。本研究为进一步分析禽波氏杆菌免疫机理、制备单克隆抗体和设计表位疫苗等奠定理论基础。     

3株不同宿主源弓形虫分离株GRA7基因的克隆与序列分析

对分离于江苏地域的3株不同宿主源弓形虫YZ-1(ChineseⅠ基因型)、YZ-2(ChineseⅠ基因型)和KS(基因型Ⅰ型)分离株的GRA7基因的全长序列进行克隆与序列分析,结合GenBank中的相关序列进行遗传进化分析。结果表明:KS株的GRA7基因完整开放阅读框长711 bp,与RH参考株完全一致;YZ-1和YZ-2株GRA7基因序列均为708 bp,与KS株相比在290-292位点缺失3个碱基;氨基酸序列和抗原表位分析显示,YZ-1和YZ-2株的GRA7蛋白在97位缺失1个谷氨酸,但比KS和RH株多1个抗原表位。结果表明,GRA7基因可区分Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ型虫株,ChineseⅠ型与Ⅱ型虫株的亲缘关系最近;ChineseⅠ型GRA7基因在290-292位点缺少3个碱基,其GRA7蛋白多1个抗原表位。     

关岭牛解偶联蛋白3基因5’侧翼区克隆和生物信息学分析

本试验对贵州关岭牛解偶联蛋白3（uncoupling protein,UCP3）基因5'侧翼区进行克隆,并利用生物信息学软件对其1080 bp的克隆序列进行分析,以研究UCP3基因5'侧翼区特异性转录调控元件的调控机制。软件分析发现关岭牛UCP3基因5'侧翼区含有6个可能的转录起始点和33个潜在转录因子结合位点,与东北虎、家猫、印度水牛、藏羚羊、山羊、绵羊UCP3基因5'侧翼区（-196～+100 bp）序列相似性分别为82%、82%、98%、95%、96%和98%;该区域保守性较强,推测转录起始点上游-200～+1 bp可能是其核心启动子区域,该区域在调控基因转录和翻译方面具有共同的作用。试验成功克隆了UCP3基因5'侧翼区序列1080 bp,初步预测了该基因的核心启动子区。     

不同物种MHC-DQA1基因部分序列的生物信息分析

作者应用比较基因组学和生物信息学方法比较了绵羊、牛、鹿和狗MHC-DQA1基因部分序列，并对该基因的遗传多样性及分子系统发育进行了分析。结果表明，38个基因序列检测到107个多态位点，共生成38个单倍型。物种间及物种内MHC DQA1存在较丰富的遗传多样性。