利用微卫星标记分析中国和法国6个鸭群体的遗传关系

利用15个微卫星标记检测法国鲁昂鸭、合成品系INR A37与INR A444、北京鸭、金定鸭和绿头野鸭共6个群体223个个体的基因型,通过计算各项群体遗传参数,分析6个鸭群体的遗传结构和关系。结果表明:15个微卫星位点共检测到175个等位基因,其多态信息含量(PIC)介于0.245～0.884。鲁昂鸭的杂合度和PIC是最高的,其次是绿头野鸭,而其他4个鸭群基本处于同一水平。金定鸭和鲁昂鸭之间的奈氏标准遗传距离最远(DS=0.654),而法国2个鸭合成系之间最近(DS=0.140)。基于计算奈氏标准遗传距离所得数据,采用UPGMA方法构建了系统发生树,法国2个鸭合成系、北京鸭和鲁昂鸭聚为一类,而绿头野鸭和金定鸭聚为一类。综合分析,相对于金定鸭,法国的鲁昂鸭和北京鸭在遗传背景上更接近。     

绿头野鸭与我国主要地方鸭品种遗传多样性研究

利用17个微卫星标记,采用PCR扩增,8%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳、银染,对绿头野鸭种群和我国9个主要地方鸭品种的遗传多样性进行了检测,统计了各群体的平均有效等位基因(Ne)、平均遗传杂合度(H)、多态信息含量(PIC)、群体间的遗传距离(Ds)和相似系数(I)。采用UPGMA和NJ法构建系统发生树。结果表明:17个微卫星座位在绿头野鸭种群和我国9个主要地方鸭品种中的多态信息含量均为高度多态,所有鸭种的平均PIC、H、Ne分别为0.6506、0.6896、4.1±1.5,基因多态性和遗传多样性相对较高;家鸭各品种间的遗传距离在0.1631~0.6844范围内,绿头野鸭与家鸭品种间的遗传距离分别在0.3096~0.8219之间。根据系统发育树推断中国主要地方鸭品种不是单一起源于绿头野鸭。中国主要地方鸭品种大致可以分为5支。一支为北京鸭、荆江鸭,一支为中山鸭、建昌鸭及高邮鸭,一支为靖西大麻鸭和金定鸭,连城鸭为一支,绍兴鸭为另一支。     

家鸭、媒鸭和野鸭mtDNA D-loop区的遗传变异

旨在从mtDNA水平探讨我国家鸭的遗传多样性及家鸭与野鸭间的亲缘关系.运用DNA测序方法,测定了不同地域、水域和表型性状的9种家鸭(北京鸭、高邮鸭、巢湖鸭、绍兴鸭、连城白鸭、吉安红毛鸭、文登黑鸭、云南麻鸭、建昌鸭)80个个体、4种媒鸭(西湖野鸭、钱江野鸭、枞阳媒鸭、媒头鸭)26个个体和斑嘴鸭8个个体,共计114个个体的mtDNA D-loop区667 bp序列.9种家鸭单倍型多样度和核苷酸多样度分别为0.250 00～0.607 14和0.000 38～0.001 18;9种家鸭、媒鸭、绿头鸭和斑嘴鸭之间的遗传距离为0.001～0.015;39种单倍型系统发生树和单倍型网络关系图表明,9种家鸭主要属于A1亚簇(绿头鸭单倍型簇).我国家鸭遗传多样性中等丰富,母系起源主要是绿头鸭,极少量个体含有斑嘴鸭血统.     

广东省四个家鹅群体的遗传变异研究

通过筛选31个多态性较好的微卫星标记检测了广东省狮头鹅、乌棕鹅、阳江鹅、马岗鹅4个家鹅的遗传变异。利用等位基因频率计算了各群体的遗传参数、群体间的Nei氏标准遗传距离DS和DA遗传距离,并采用邻近法(NJ)和类平均法(UMPGA)进行聚类。结果表明广东省4个家鹅群体的平均杂合度为0.652,遗传一致性较好,各品种间的遗传距离远近顺序在两种遗传距离DS和DA的结果中是完全一致的,以DA为基础得到的UPGMA和NJ的聚类结果都表明这4种鹅聚为两类,狮头鹅和乌棕鹅聚为一类,阳江鹅和马岗鹅聚为一类。同时表明以DA为基础得到的结果NJ的聚类结果更加准确。表明在应用微卫星标记分析品种的遗传多样性时,使用更多的微卫星位点,才可以获得更准确更具普遍性的结论。     

遗传距离与利用微卫星进行系统树构建初探

以中国牛亚科家畜6个群体12对微卫星数据为基础,采用6种遗传距离（DA、DC、DS、DSW,（σμ）^2和DTL）和2种聚类方法（UPGMA和NJ法）,探索它们对系统树构建准确性的影响。结果表明：微卫星位点平均杂合度水平显著影响系统树构建的准确性,用DA和DC遗传距离构建的系统树准确性相对较高,但很难确定NJ法和UPGMA法哪一种更适合于系统树的构建,而DTL遗传距离用于系统树构建有待进一步完善;最后,对微卫星用于家畜系统树构建的有效性和局限性进行了探讨。     

饲养绿头野鸭经济效益高

野鸭是水鸟的典型代表,属鸟纲、雁形目、鸭科。狭义的野鸭泛指绿头野鸭。它是除番鸭以外的所有家鸭的祖先,是目前开发人工驯养的主要对象。绿头野鸭在我国东北、新疆、甘肃、青海、江苏、浙江等地区都有繁殖。在国外主要分布于欧美亚洲等北部,格陵兰南岸,墨西哥北部,美国佛罗里达州。我国目前约有十多个品种,主要有花脸鸭(元鸭,也叫王鸭)、罗纹鸭(三鸭)、绿翅鸭(人鸭)、斑嘴鸭、赤麻鸭、白眉鸭、琵嘴鸭、赤膀鸭、针尾鸭(中鸭)、绿头鸭(对鸭)。这些品种鸭是我国春季和冬季的主要狩猎禽类。由于绿头野鸭具有较高的经济价值,从当前的趋势看,饲养绿头野鸭的人将会越来越多,因为它既可采     

江西7个地方鸡品种遗传多样性的微卫星分析

选用30个多态性较好的微卫星标记．检测了丝毛鸟骨鸡、康乐鸡、宁都三黄鸡、余干乌骨鸡、瓦灰鸡、崇仁麻鸡、东乡绿壳蛋鸡等江西省7个地方鸡品种的遗传多样性。利用等位基因频率计算出各群体的平均遗传杂合度（h）、多态信息含量（PIC）、群体间的Nei氏标准遗传距离（Ds）和DA遗传距离。结果表明．30个微卫星位点中有24个微卫星位点在7个鸡群体中的多态信息含量均为高度多态．可作为有效的遗传标记用于鸡品种的遗传多样性和系统发生关系的分析；在7个品种中．杂合度最低的是余干乌骨鸡．为0．6155．杂合度最高的是崇仁麻鸡．为0．6525，各地方鸡品种的杂合度都偏高，反映了群体的遗传多样性非常丰富；7个鸡品种间的DA、Ds遗传距离远近关系一致．但DA距离均比Ds距离大；用UPGMA法对DA和Ds的聚类结果相同．7个鸡品种被聚为3类．余干乌骨鸡、瓦灰鸡、康乐鸡、宁都三黄鸡聚为一类．崇仁麻鸡、东乡绿壳蛋鸡聚为一类．丝毛乌骨鸡独自为一类。     

遗传距离聚类法和模型聚类法在地方鸡种群体遗传结构分析中的比较

利用16个微卫星标记,计算品种间DA遗传距离和基因流（Nm）,并基于DA遗传距离运用NJ算法和基于Structure程序构建2类聚类图,比较分析10个地方鸡品种群体间的遗传结构和亲缘关系。结果表明：基于DA遗传距离运用NJ算法构建的聚类图将10个地方鸡品种总体上分为2大类：轻体型的鸡种（包括茶花鸡、藏鸡、仙居鸡、固始鸡和白耳鸡）和重体型的鸡种（包括狼山鸡、大骨鸡、北京油鸡、鹿苑鸡和萧山鸡）;在轻体型的类别中,茶花鸡和藏鸡、仙居鸡和固始鸡聚为一类;在重体型的类别中,鹿苑鸡和萧山鸡聚为一类,狼山鸡、大骨鸡和北京油鸡则表现为独立分支,聚类结果与品种问基因流动相一致。Structure程序在预先未标识个体品种来源的条件下,准确推断出10个地方鸡种群体所属类别,构建的聚类图与遗传距离聚类结果基本一致。Structure程序还根据个体基因组分数,指出了10个地方鸡种群体中迁移个体和具有复杂遗传基础个体的分布,这是遗传距离聚类法所不能揭示的。     

山东地方鸡种遗传距离与聚类分析方法比较研究

选用5个多态性较好的微卫星标记，检测了山东省仅存的5个地方鸡种：寿光鸡、日照麻鸡、莱芜黑鸡、济宁百日鸡、鲁西斗鸡，以及一个外来鸡种——安卡黄鸡和一个外省地方鸡种——广西黄鸡共7个鸡种的遗传多样性。根据测试结果计算了每个等位基因的频率，并以基因频率为基础计算了Nei氏标准遗传距离(Ds)和DA遗传距离，发现日照麻鸡与济宁百日鸡的距离最近，而鲁西斗鸡与其他6个鸡种距离都较远。根据两种遗传距离分别进行了NJ法和UPGMA法聚类，得到4个聚类图。结果表明：DA遗传距离的UPGMA聚类图比较可靠。     

利用15个微卫星标记分析淮河流域3个地方鸭种间的遗传关系

利用15个微卫星标记分析了淮河流域的巢湖鸭、高邮鸭、淮南麻鸭3个地方鸭品种的多态信息含量(PIC)、杂合度以及群体间的遗传关系。结果表明3个群体的平均多态信息含量为0.5747,其中最高的是淮南麻鸭,为0.6030,最低的是高邮鸭,为0.5270,巢湖鸭为0.5940;3个群体的平均观察杂合度为0.4716,其中最高的是淮南麻鸭,为0.4989,最低的是巢湖鸭,为0.4288,高邮鸭为0.4870。各群体间的遗传距离(DA和DS)计算结果显示,巢湖鸭和淮南麻鸭的遗传距离最近,聚类结果也完全相同。3个地方品种的聚类结果与其地域分布吻合。     

4个微卫星标记分析6个鸭群体之间的遗传关系

利用4对微卫星引物（AJ272577、AJ272578、AJ272579和AJ272580）对6个鸭群体（绍鸭、番鸭、樱桃谷鸭、北京鸭（Z4、Z1）和奥白星鸭）300只鸭的等位基因频率、群体多态信息含量、有效等位基因数、杂合度和遗传距离进行了检测。结果表明：4个微卫星基因座在6个鸭群体中均存在多态性，可以用于鸭的遗传多样性评估；且基因座AJ272578变异最大，基因座AJ272579变异最小，从不同群体来看，北京鸭Z1的遗传变异最大，奥白星鸭的遗传变异最小。基于Nei氏标准遗传距离，采用UPGMA方法构建了系统发生树，将绍鸭和樱桃谷鸭归为一类，北京鸭Z1、奥白星鸭和北京鸭Z4归为一类，番鸭归为一类。鸭的微卫星基因分型技术为检测品种（群体）之间的遗传关系提供了一个有用的工具。     

MyoD基因在不同猪种中的分布及群体遗传结构分析

利用RFLP法检测了MyoD基因在10个中外猪种及部分杂交群体中的分布情况,分析了各群体内MyoD基因的遗传分布、遗传变异、群体杂合性等群体遗传信息,并进一步以各群体基因频率为基础,计算出群体间遗传距离和进化距离,根据进化距离对群体进行聚类,重建了系统发生树。结果表明:MyoD基因内含子1的DdeI酶切位点上不同基因型的分布在多数群体中都服从Hardy-Weinberg平衡,但在杜洛克和DLY群体中发生偏离。总体上讲,各试验群体的遗传多样性较丰富,群体遗传变异性较高,进化过程中受到自然选择压的作用,选择潜力较大。在系统发生树上,10个群体被分为4个分枝。分别是长白猪血缘、原始地方品种、杜洛克血缘和高原藏猪分枝。这一结果与各猪种的育种过程有较高的吻合性。说明部分功能基因的RFLP数据可用于近缘物种间的遗传分化研究。     

川渝部分山羊品种(类群)遗传多样性微卫星标记研究

为分析川渝山羊品种(类群)的遗传多样性和系统发生关系,利用30个微卫星标记,对6个山羊品种(类群)进行分析。结果表明:金堂黑山羊遗传多样性最丰富,群体多态信息含量、平均杂合度和有效等位基因数分别为0.777、0.819和6.54;大足黑山羊各项指标最低,分别为0.736、0.787和5.57。对6个品种(类群)聚类分析表明,金堂黑山羊与南江黄羊的首先聚类在一起,然后依次与板角山羊、川东白山羊、大足黑山羊和波尔山羊聚类。各山羊品种(类群)的聚类关系与其来源、育成史及地理分布基本一致。     

Microsatellite Analysis of Six Chinese Indigenous Sheep Breeds

This article described the relationship among six Chinese indigenous sheep breeds.There were six microsatellite loci which used to analyze the genetic diversity.Based on the allele frequency of six sheep variations, we calculated the mean heterozygosity (Ho), which were from 0.5446 to 0.7140;The polymorphism information content (PIC) in six sheep breeds were from 0.5211 to 0.7732.Genetic variations within breed were analyzed in the study, and we clustered the UPGMA tree according to the DA genetic distance.The results showed that six breeds had relatively abundant genetic diversity, and MXB had the highest genetic variation, while SW had the lowest genetic variation.The inbreeding coefficient of SW was higher than other breeds, which revealed a higher inbreeding degree in this breed.Phylogenetic tree was constructed using UPGMA, which showed that LZD and MXB were classified as a class, HZK and GF were classified as a class, SIH and SW were classified as a class.The results revealed the genetic structure of breeds correlated with geographical distribution and history of domestication.     

中国6个地方绵羊品种的微卫星分析

为研究中国地方绵羊品种之间的遗传多样性,利用6个微卫星位点,对中国6个绵羊品种群体进行遗传检测,计算了各品种群体的平均杂合度(He)和平均多态信息含量(PIC),同时分析了各品种群体内的遗传变异,进行了UPGMA聚类。结果表明,6个绵羊品种Ho为0.5446~0.7140,PIC为0.5211~0.7732;6个绵羊品种都具有较丰富的遗传多样性,其中岷县黑裘皮羊的遗传变异最高,小尾寒羊的遗传变异最低;小尾寒羊的近交系数最高,揭示该群体内近交程度可能较高。利用UPGMA方法构建了系统发生树,兰州大尾寒羊与岷县黑裘皮羊为一类,哈萨克羊与贵德黑裘皮羊为一类,泗水绵羊与小尾寒羊为一类,表明群体遗传结构与地理分布及其驯化历史相关。     

5个白鹅群体的遗传结构和进化分析

应用微卫星标记对我国5个白鹅品种资源群体(太湖鹅、四川白鹅、织金白鹅、伊犁鹅、皖西白鹅)的遗传结构和进化进行了研究。结果表明:(1)5个白鹅群体的平均杂合度都较高,反映了各鹅种群体内的遗传变异较大,各鹅种的适应性较强;(2)通过计算DS遗传距离和UPG-MA聚类,发现5个白鹅群体间的遗传距离较远,分化时间较长,5个白鹅群体分别独自为一类,聚类结果反映了5个鹅品种的进化与它们的选育历史及地理分布关系密切。应加强对我国现有鹅种资源的保护力度和开发力度。     

中国地方鸭品种资源的分子遗传多样性

通过筛选的28个多态性较好的微卫星标记，检测了我国24个地方鸭品种的遗传多样性。利用等位基因频率计算了各群体的遗传参数和群体间的遗传距离，采用邻接法构建了聚类图，并进行了系统发生分析。结果表明：28个微卫星座位在我国家鸭群体中的多态信息含量除APL23和APL79为中度多态外，其他座位均为高度多态座位，可以作为有效的遗传标记用于鸭种之间遗传多样性分析和系统发生关系的分析；我国所有家鸭群体平均杂合度（0．569）低于国内的家鸡和家鹅，其遗传多样性相对贫乏；聚类结果分析表明了各家鸭品种的分子系统发生关系与其育成史、分化及地理分布比较一致。     

中国小型鹅种的遗传多样性分析

采用微卫星标记技术对我国13个小型家鹅群体(莲花白鹅、永康灰鹅、太湖鹅、闽北白鹅、长乐鹅、乌棕鹅、阳江鹅、酃县白鹅、右江鹅、籽鹅、百子鹅、豁眼鹅、伊犁鹅)的遗传多样性进行了分析。结果表明:13个品种的平均杂合度都较高,平均杂合度最高的为太湖鹅,最低的为豁眼鹅,杂合度范围为0.5041~0.7145,13个鹅种资源群体平的均杂合度为0.6132,反映了各鹅种的杂合度都较高,遗传多样性丰富;通过计算DA遗传距离发现各群体的遗传距离较远,分化时间较长;NJ聚类结果将13个中型鹅种聚为三大类,NJ的聚类结果分析与几个鹅品种的地域分布和经济用途的关系并不密切。     

四川5个山(绵)羊品种随机扩增多态DNA分析

本研究参阅文献挑选 80个随机引物 ,从中筛选出 3 0个重复性好的引物 ,对四川黑山羊、南江黄羊、北川白山羊、成都麻羊 4个山羊品种和藏绵羊进行RAPD分析 ,并进一步对 1 3只南江黄羊个体 ,1 8只黑山羊个体的基因组DNA进行PCR扩增。用Nei氏公式计算品种间的遗传距离 ,用UPGMA法构建树状聚类图。结果表明 :黑山羊与南江黄羊的遗传距离最小 ,亲缘关系较近 ;藏绵羊与各品种间的遗传距离都很大 ,亲缘关系远 ;RAPD技术可作为一种有效的分子标记用于山羊品种之间遗传亲缘关系的分析     

Genetic structure of pig breeds from Korea and China using microsatellite loci analysis

To understand molecular genetic characteristics of Korean pigs, the genetic relationships of nine pig breeds including two Korean pigs (Korean native pig and Korean wild pig), three Chinese pigs (Min pig, Xiang pig, and Wuzhishan pig), and four European breeds (Berkshire, Duroc, Landrace, and Yorkshire) were characterized from a 16-microsatellite loci analysis. The mean heterozygosity within breeds ranged from 0.494 to 0.703. Across multiple loci, significant deviation from Hardy-Weinberg equilibrium was observed in most pig breeds, except for two Chinese pigs (Min pig and Wuzhishan pig). This deviation was in the direction of heterozygote deficit. Across population loci, 36 of 144 significantly deviated (P < 0.05) from Hardy-Weinberg equilibrium. The mean FST, a measure of genetic divergence among subpopulations, of all loci indicated that 26.1% of total variation could be attributed to the breed difference. Relationship trees based on the Nei's DA genetic distance and scatter diagram from principal component analysis consistently displayed pronounced genetic differentiation among the Korean wild pig, Xiang pig, and Wuzhishan pig. Individual assignment test using a Bayesian method showed 100% success in assigning Korean and Chinese individual pigs into their correct breeds of origin and 100% exclusion success from all alternative reference populations at P < 0.001. These findings indicate that the Korean native pig has been experiencing progressive interbreeding with Western pig breeds after originating from a North China pig breed with a black coat color. Considering the close genetic relationship of Korean pigs to the Western breeds such as Berkshire and Landrace, our findings can be used as valuable genetic information for the preservation and further genetic improvement of the Korean native pig.