遗传距离聚类法和模型聚类法在地方鸡种群体遗传结构分析中的比较

利用16个微卫星标记,计算品种间DA遗传距离和基因流（Nm）,并基于DA遗传距离运用NJ算法和基于Structure程序构建2类聚类图,比较分析10个地方鸡品种群体间的遗传结构和亲缘关系。结果表明：基于DA遗传距离运用NJ算法构建的聚类图将10个地方鸡品种总体上分为2大类：轻体型的鸡种（包括茶花鸡、藏鸡、仙居鸡、固始鸡和白耳鸡）和重体型的鸡种（包括狼山鸡、大骨鸡、北京油鸡、鹿苑鸡和萧山鸡）;在轻体型的类别中,茶花鸡和藏鸡、仙居鸡和固始鸡聚为一类;在重体型的类别中,鹿苑鸡和萧山鸡聚为一类,狼山鸡、大骨鸡和北京油鸡则表现为独立分支,聚类结果与品种问基因流动相一致。Structure程序在预先未标识个体品种来源的条件下,准确推断出10个地方鸡种群体所属类别,构建的聚类图与遗传距离聚类结果基本一致。Structure程序还根据个体基因组分数,指出了10个地方鸡种群体中迁移个体和具有复杂遗传基础个体的分布,这是遗传距离聚类法所不能揭示的。     

利用微卫星标记对地方鸡种群体遗传结构的聚类分析

利用29个微卫星标记,通过计算亚群体杂合度（Hs）、总群体杂合度（Ht）、遗传分化系数（Gst）和基因流（Nm）,并基于Reynolds遗传距离、Nei遗传距离运用NJ和UPGMA聚类法构建4类聚类图,比较分析国家地方禽种遗传资源基因库保存的7个地方鸡品种（仙居鸡、鹿苑鸡、固始鸡、大骨鸡、河南斗鸡、狼山鸡、萧山鸡）间的遗传分化和亲缘关系。结果表明,7个地方鸡种29个微卫星座位的总群体杂合度、亚群体杂合度的平均值为0.642,0.551;平均遗传分化系数为0.142。7个地方鸡品种间,萧山鸡与鹿苑鸡的基因流动最大,为5.832 7;狼山鸡与固始鸡的基因流动最小,为0.805 3;基于Reyonalds遗传距离运用NJ聚类法获得的7个鸡种间的亲缘关系聚类图较为准确地反映了7个地方鸡种间的遗传分化和亲缘关系。     

中国华东区地方鹅种群体遗传多样性及遗传分化研究

利用25对微卫星引物对我国华东14个地方鹅种进行群体遗传多样性及遗传分化分析。通过计算多态信息含量、平均杂合度、有效等位基因数、遗传距离、基因流和F-统计量等参数,评估各品种遗传多样性和品种间遗传分化。结果表明：各座位的等位基因数为4～16。所有群体均显示较高水平的杂合度,其中,雁鹅最低,为0．5662,百子鹅最高,为0．7748。鹅品种间存在较大的遗传分化,27．5％的遗传变异来自于品种间的差异。基于DA遗传距离的NJ聚类法将14个群体划分为4类。分析遗传分化与地理距离的相关关系发现,华东地方鹅种的遗传分化与地理距离不存在显著相关。     

应用微卫星标记对12个中国地方乌骨鸡品种遗传多样性的研究

利用27个微卫星DNA标记对12个地方乌骨鸡品种进行遗传多样性分析，通过计算等位基因频率、多态信息含量、杂合度、有效等位基因数和遗传距离，评估各品种内遗传变异和各品种间遗传相关，并根据遗传距离对12个鸡品种进行了聚类分析。结果表明，各乌骨鸡群体的遗传多样性较为丰富，并具有较高的选择潜力。平均杂合度最高的是竹乡鸡，为0．670；最低的是江山乌骨鸡，为0．581。27个微卫星标记中4个为中度多态座位，1个低度多态座位，22个为高度多态座位；LEI0234与LEI0192分别检测到了10．3与12．2个等位基因。以标准遗传距离为准，遗传距离最近的为沐川乌骨鸡与略阳鸡，为0．1002，而乌蒙乌骨鸡与略阳鸡最远，为0．2546。通过UPG—MA法聚类后，略阳鸡、沐川乌骨鸡、兴文乌骨鸡、盐津乌骨鸡、竹乡鸡首先聚为1类，江山乌骨鸡、郧阳白羽乌鸡、余干乌骨鸡聚为1类；金湖乌凤鸡、丝绒乌骨鸡和丝毛乌骨鸡聚为第3类；乌蒙乌骨鸡独为一类。     

运用模型分类法分析9个地方鸡品种间遗传结构和亲缘关系

以16个中度或高度多态性微卫星标记,运用基于模型分类法的Structure程序推断9个地方鸡品种群体遗传结构,构建聚类图分析相互间亲缘关系,并鉴定群体中迁移个体和具有复杂遗传基础个体的分布。结果表明：Structure程序在预先未标明品种起源的条件下准确推断出9个地方鸡种群体所属类别,揭示按照体型外貌、地理分布等为依据划分的9个地方鸡品种类型,也真实反映了其在遗传上的差异。Structure聚类图在K=2时将9个地方鸡种分为轻体型的鸡种（包括茶花鸡、藏鸡、仙居鸡、固始鸡和白耳鸡）和重体型的鸡种（包括大骨鸡、北京油鸡、鹿苑鸡和萧山鸡）两个类别;K=4、5、6时北京油鸡、固始鸡、大骨鸡分离出来形成独立类群;仙居鸡与白耳鸡在K=6、萧山鸡与鹿苑鸡在K=7、藏鸡与茶花鸡在K=8时仍聚在同一类别中,这与9个地方鸡种的地理分布及形成历史相吻合。9个地方鸡品种群体中均有具有复杂遗传基础的个体分布,迁移个体只分布在藏鸡、萧山鸡和鹿苑鸡群体中。     

江西7个地方鸡品种遗传多样性的微卫星分析

选用30个多态性较好的微卫星标记．检测了丝毛鸟骨鸡、康乐鸡、宁都三黄鸡、余干乌骨鸡、瓦灰鸡、崇仁麻鸡、东乡绿壳蛋鸡等江西省7个地方鸡品种的遗传多样性。利用等位基因频率计算出各群体的平均遗传杂合度（h）、多态信息含量（PIC）、群体间的Nei氏标准遗传距离（Ds）和DA遗传距离。结果表明．30个微卫星位点中有24个微卫星位点在7个鸡群体中的多态信息含量均为高度多态．可作为有效的遗传标记用于鸡品种的遗传多样性和系统发生关系的分析；在7个品种中．杂合度最低的是余干乌骨鸡．为0．6155．杂合度最高的是崇仁麻鸡．为0．6525，各地方鸡品种的杂合度都偏高，反映了群体的遗传多样性非常丰富；7个鸡品种间的DA、Ds遗传距离远近关系一致．但DA距离均比Ds距离大；用UPGMA法对DA和Ds的聚类结果相同．7个鸡品种被聚为3类．余干乌骨鸡、瓦灰鸡、康乐鸡、宁都三黄鸡聚为一类．崇仁麻鸡、东乡绿壳蛋鸡聚为一类．丝毛乌骨鸡独自为一类。     

我国地方鸡种保种群分子遗传多样性的检测

对国家家禽品种资源基因库中保存的10个地方鸡品种保种群进行了微卫星标记遗传多样性检测，计算各群体遗传参数，并用类平均法进行聚类分析。研究结果表明：30个微卫星标记在10个地方鸡品种保种群的平均杂合度在0．6189-0．6953之间，其中藏鸡最高，为0．6953；北京油鸡最低，为0．6189；平均多态信息含量均大于0.5，表现为高度多态性；10个鸡品种聚为4类：萧山鸡、茶花鸡、仙居鸡、白耳鸡聚为一类，丝毛乌骨鸡、北京油鸡、大骨鸡、固始鸡聚为一类，狼山鸡和藏鸡分别单独聚为一类。通过对我国地方鸡品种保种群的分子遗传多样性的检测，可以达到监测保种效果的目的。     

华中地区家鸭种质资源的遗传结构研究

利用28个微卫星标记对华中地区6个家鸭资源（淮南麻鸭、攸县麻鸭、临武鸭、荆江麻鸭、沔阳麻鸭和恩施麻鸭）的遗传结构进行了评估。结果表明：6个群体的平均杂合度都较高,最低的为攸县麻鸭（0．5512）,最高的为荆江麻鸭（0．6035）,群体平均杂合度为0．5801,反映了各鸭种的杂合度都较高,遗传多样性丰富;华中地区各鸭种间存在较大的遗传分化,22．5％的遗传变异来源于群体间的差异,进一步反映了各品种具有本品种特性的多样性;通过计算DA遗传距离发现各品种间的遗传距离较远,分化时间较长;NJ聚类结果将华中地区家鸭资源聚为3类,湖北省的荆江麻鸭、沔阳麻鸭和恩施麻鸭聚为一类;湖南省的攸县麻鸭和临武鸭聚为一类;河南省的淮南麻鸭独聚为一类。本研究结果为华中地区家鸭品种种质特性研究提供了基础,也为中国家鸭资源的合理保护和开发利用提供了科学依据。     

运用模型分类法分析9个地方鸡品种间遗传结构和亲缘关系

以16个中度或高度多态性微卫星标记,运用基于模型分类法的 Structure程序推断9个地方鸡品种群体遗传结构,构建聚类图分析相互间亲缘关系,并鉴定群体中迁移个体和具有复杂遗传基础个体的分布.结果表明:Structure程序在预先未标明品种起源的条件下准确推断出9个地方鸡种群体所属类别,揭示按照体型外貌、地理分布等为依据划分的9个地方鸡品种类型,也真实反映了其在遗传上的差异.Structure聚类图在K=2时将9个地方鸡种分为轻体型的鸡种(包括茶花鸡、藏鸡、仙居鸡、固始鸡和白耳鸡)和重体型的鸡种(包括大骨鸡、北京油鸡、鹿苑鸡和萧山鸡)两个类别;K=4、5、6时北京油鸡、固始鸡、大骨鸡分离出来形成独立类群;仙居鸡与白耳鸡在K=6、萧山鸡与鹿苑鸡在K=7、藏鸡与茶花鸡在K=8时仍聚在同一类别中,这与9个地方鸡种的地理分布及形成历史相吻合.9个地方鸡品种群体中均有具有复杂遗传基础的个体分布,迁移个体只分布在藏鸡、萧山鸡和鹿苑鸡群体中.     

山东地方鸡种遗传距离与聚类分析方法比较研究

选用5个多态性较好的微卫星标记，检测了山东省仅存的5个地方鸡种：寿光鸡、日照麻鸡、莱芜黑鸡、济宁百日鸡、鲁西斗鸡，以及一个外来鸡种——安卡黄鸡和一个外省地方鸡种——广西黄鸡共7个鸡种的遗传多样性。根据测试结果计算了每个等位基因的频率，并以基因频率为基础计算了Nei氏标准遗传距离(Ds)和DA遗传距离，发现日照麻鸡与济宁百日鸡的距离最近，而鲁西斗鸡与其他6个鸡种距离都较远。根据两种遗传距离分别进行了NJ法和UPGMA法聚类，得到4个聚类图。结果表明：DA遗传距离的UPGMA聚类图比较可靠。     

乌骨鸡种群遗传结构的RAPD分析

利用RAPD技术对3个品系的乌骨鸡鸡种群体遗传结构进行分析,筛选的5个引物对3个品系的乌骨鸡均能产生特异性的条带,获得的多态性可用于乌骨鸡鸡种的遗传分析。品种间相似指数:两个白丝毛品系间(Ⅰ系和Ⅱ系)最高,黑丝毛乌骨鸡(Ⅲ系)与两个白丝毛品系间均较低,这可能与其品种间的外貌特征以及品种的来源有关。     

贵州部分地方鸡品种的血浆酯酶多态性研究

采用水平板聚丙烯酰胺凝胶电泳法,对贵州及河南,广东,江西部分地方鸡品种及有关外来鸡种类共１３个种群、１２２５只个体血浆酯酶－１（Ｅｓ－１）的多态性进行检测。结果：Ｅｓ－１位点存在Ａ、Ｂ和Ｃ３种谱带及ＡＡ、ＡＢ、ＢＢ、ＡＣ、ＢＣ、ＣＣ６种表型（基因型）。各鸡种的表型分布具有明显的地域性特点,同时还可见基因频率与各鸡种的经济用途之间具有一定的关系。Ｘ＾２检验表明,有９个鸡种的表型分布比例极显著偏离了Ｈ     

鸡H-FABP基因多态性及其与肌内脂肪含量的相关研究

根据GenBank发表的鸡H-FABP基因序列设计引物,以广东省农科院畜牧研究所提供的4个地方优质肉鸡品种,2个培育品种和1个引进的肉鸡品种为试验材料,通过测序和PCR-SSCP的方法进行SNP检测和基因型分析,探讨H-FABP基因多态性与肌内脂肪含量(IMF)之间的关系。结果发现在H-FABP基因260 bp和675 bp处存在T/C和G/A的突变位点,对2个突变位点在研究群体中进行基因型分析,结果产生3种基因型。基因型与IMF的相关分析结果表明:在T260C位点上,所有品种中AA基因型的IMF含量显著(P<0.05)高于BB基因型个体,但对于不同的品种来说,AA和BB基因型只对封开杏花鸡和岭南黄鸡II号的IMF含量有显著影响(P<0.05),而对其他各鸡种均无显著影响(P>0.05);在G675A位点上,所有品种中AA型和AB型肌内脂肪含量差异显著(P<0.05)。     

MyoD基因在不同猪种中的分布及群体遗传结构分析

利用RFLP法检测了MyoD基因在10个中外猪种及部分杂交群体中的分布情况,分析了各群体内MyoD基因的遗传分布、遗传变异、群体杂合性等群体遗传信息,并进一步以各群体基因频率为基础,计算出群体间遗传距离和进化距离,根据进化距离对群体进行聚类,重建了系统发生树。结果表明:MyoD基因内含子1的DdeI酶切位点上不同基因型的分布在多数群体中都服从Hardy-Weinberg平衡,但在杜洛克和DLY群体中发生偏离。总体上讲,各试验群体的遗传多样性较丰富,群体遗传变异性较高,进化过程中受到自然选择压的作用,选择潜力较大。在系统发生树上,10个群体被分为4个分枝。分别是长白猪血缘、原始地方品种、杜洛克血缘和高原藏猪分枝。这一结果与各猪种的育种过程有较高的吻合性。说明部分功能基因的RFLP数据可用于近缘物种间的遗传分化研究。     

Genetic diversity and population structure analysis of eight local chicken breeds of Southern Xinjiang

ABSTRACT

1. The genetic diversity and population structure were studied for eight local chicken breeds, including Anjiyan (AN), Hetian Black (HH), Hetian Ma (HM), Aheqi (AH), Baicheng You (BC), Hejing (HJ), Tashkurghan (TS) and Ruoqiang (RQ), in the Southern Xinjiang region of China, using 20 microsatellite markers.

2. Total 336 alleles were obtained from all chicken breeds, with a mean of 16.8 alleles per locus. The polymorphism information content ranged from 0.444 to 0.911, with a mean of 0.729 and almost all of the loci showed significant deviation from Hardy-Weinberg standards. The observed and expected heterozygosity of the eight breeds ranged from 0.5 to 0.677 and from 0.656 to 0.774, with the lowest observed in the AN and the highest in BC breed. The average breed genetic diversity was 0.655 for AN and 0.766 for BC chickens.

3. According to the neighbour-joining (NJ) method, three main clusters were identified in the NJ phylogenetic tree with AN and RQ breeds in one clade, HH and HM breeds in the second clade and TS, HJ, AH and BC breeds in the third clade.

4. Based on STRUCTURE analysis, the most likely cluster number of all breeds was K = 4, whereby HH and HM breeds formed one cluster and AH, BC, HJ and TS formed another, and RQ, AN chicken formed their own distinct cluster. These results indicated that HH and HM breeds had similar genetic background, as did the breeds of AH, BC, HJ and TS. RQ, AN breed had unique genetic backgrounds, distinct from the other breeds. Genetic introgression was detected from AN to HH and HM.

5. The results of the current study can be used as baseline genetic information to implement effective conservation programs and to make better use of these local chicken breeds, especially for the AN, RQ and TS breeds.     

11个鸡品种产蛋性能与产区生态的聚类分析

 利用主成分分析和聚类分析对我国11个地方鸡品种的产蛋性能和生态特征的资料进行了多元统计分析。单独对4项产蛋性能指标进行聚类分析表明,我国11个地方鸡种大致可以分为大型鸡和小型鸡两类;多元统计分析10项指标的结果表明,主成分分析选取前3个特征值作为3个主成分（占总信息量的94.99%）。根据各品种的前3个主成分值计算相似系数,并用最短距离法进行聚类分析,表明11个地方鸡品种可划分为高海拔型和低海拔型两类,这说明了生态因子亦是品种分类中的一个重要依据。     

基于RAD-seq简化基因组测序的19个地方鸡种遗传进化研究

旨在基因组水平上揭示地方鸡种的遗传进化,发掘重要种质特性基因。本研究利用简化基因组RAD-seq测序鉴定19个地方鸡种（每个品种按照家系选取30个个体,10公、20母）基因组SNP标记,计算观察杂合度（Ho）、核苷酸多样度（Pi）、近交系数（Fis）、遗传分化系数（Fst）和基因流（Nm）等遗传统计量指标,分析地方鸡种的遗传多样性和遗传结构,并通过选择信号检测鉴定基因组受选择基因。结果表明,在19个地方鸡种中鉴定出400 562个SNPs标记。瓢鸡（PJ）和文昌鸡（WC）的遗传多样性最为丰富,观察杂合度（Ho）分别为0.246 8、0.243 0,核苷酸多样度（Pi）分别为0.278 1、0.265 5;河南斗鸡（DJ）的遗传多样性相对匮乏,Ho为0.156 0,Pi为0.175 2;东乡绿壳蛋鸡（DX）和边鸡（BJ）的近交系数最高（Fis>0.160 0）。瓢鸡与文昌鸡、惠阳胡须鸡（HX）、藏鸡（ZZ）、大围山微型鸡（WX）,惠阳胡须鸡与文昌鸡,藏鸡与茶花鸡（CH）间的遗传分化最低（Fst<0.100 0）,对应的基因流最高（Nm>0.240 0）。河南斗鸡与其它品种间的遗传分化均处于较高水平,与其中15个品种间的Fst>0.200 0、Nm<1.000 0。遗传聚类分析（2个引入品种做外群）将地方鸡种总体上分为5类,与品种形成历史和地理分布基本吻合。通过选择信号分析,在19个地方鸡种合并群体中检测出9个常染色体上的26个区域受到选择作用,包含31个受选择基因。这些受选择基因广泛参与免疫系统调节、生殖机能调控、应激响应、代谢等生物学过程。利用基因组SNP标记能更全面准确地揭示地方鸡种的遗传多样性和遗传结构,选择作用主要体现在对地方鸡种抗逆抗病特性、配子活力及行为等方面的塑造。     

基于线粒体COⅠ基因的2个新发现鸡种资源DNA编码研究

以中国2个新发现鸡种资源金湖乌凤鸡、安义瓦灰鸡及地方鸡种狼山鸡为研究对象,利用DNA测序技术测定了线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ（cytochrome c oxidase Ⅰ,COⅠ）基因序列,揭示2个新发现资源COⅠ基因的遗传多样性及其与地方鸡种的遗传关系。结果显示,选择的这段COⅠ基因序列在2个新发现资源和狼山鸡中有10个突变位点,为7个单倍型,其中有3个为特异性突变位点,5个特异性单倍型。金湖乌凤鸡、安义瓦灰鸡和狼山鸡群体内平均核苷酸多样度（Pi）分别为0.068%;0.051%和0.0369%,单倍型多样度（H）分别为0.4167、0.3030和0.9000。狼山鸡的遗传多样性大于2个新发现资源。3个地方鸡群体间的Kimura双参数遗传距离范围为－0.002～0.236;种间遗传距离小于种内遗传距离。结果表明,利用COⅠ这一特定基因的特定区段来做DNA条形编码的基础,进行不同鸡品种鉴定具有方便、快捷、经济、准确等优点,是可行和有效的。     

New alleles of chicken CD8 alpha and CD3d found in Chinese native and western breeds

Chinese native chicken breeds provide useful resources for the study of genetic diversity. In this study, the alleles of CD8 alpha and CD3d cDNA from Chinese native and introduced western breeds of chicken were analyzed at the sequence level. Six alleles were found, due to 13 amino acid replacements in the extracellular domain of the CD8 alpha sequence. There were four alleles detected in the Chinese strains, and alleles 5 and 6 were identified for the first time. Allele 6 was shared by Langshan, Beijing Fatty and Recessive White Feather chickens. Allele 2, found in the Bigbone strain, was the same as that found in the Leghorn strain H.B15.H7, and allele 3 in the Xianju breed was also the same as in the Leghorn strain H.B15.H12. Two Leghorn lines (RPL line 7 and AY519197) and the Camellia possessed an allele (alleles 1, 4 and 5), respectively, that was not found in the other lines. Nine out of 13 amino acid replacements were situated in the putative major histocompatibility complex (MHC) class I binding CDR1 (positions 30, 33 and 34), CDR2 (positions 58, 62, 63 and 65) and CDR3 (positions 90 and 106). Except for the Xianju breed, the CD8 alpha cDNA of Chinese native chicken breeds shared high homology. Two alleles were found in CD3d. Three additional nucleotides were found at positions 64, 65 and 66 in the newly discovered allele 2. This led to a difference of four amino acids (at residues 22, 23, 24 and 25) in the extracellular domain of CD3d cDNA from the Gushi, Recessive White Feather and ISA chickens compared with these of the White Leghorn and T11.15 (NM_205512). Five hybridoma clones (1C9, 1H5, 4B11, 6G5 and 13C5) against chicken CD8 alpha were generated by DNA immunization. Two monoclonal antibodies (mAbs), 6G5 and 4B11, showed reactivity to the splenocytes from five Chinese native chicken breeds, the Recessive White Feather chicken and the Leghorn (AY519197), while mAbs 1C9, 1H5 and 13C5 showed no reaction with these breeds.