利用微卫星标记分析贵州地方鸡种的遗传多样性及亲缘关系

利用7个微卫星标记对12个贵州地方鸡种及1个引入鸡种的遗传多样性进行了检测，分析了各标记座位上的等位基因及频率、基因杂合度、平均基因杂合度、多态信息含量、平均多态信息含量及群体间的亲缘关系。结果表明：13个种群在7个标记座位上的等位基因及频率等均存在一定差异。其中，瑶山鸡的平均基因杂合度最高，引入鸡种隐性白洛克的平均基因杂合度最低，其余鸡种介于其间。平均多态信息含量的分析结果与此类似，说明瑶山鸡的遗传多样性最为丰富。模糊聚类的结果表明，13个鸡种分为2大类群，隐性白洛克独自为1个类群，12个贵州地方鸡种构成1个类群。12个贵州地方鸡种又可进一步分为2个小类群：其中1个小类群由兴义土鸡、矮脚鸡首先聚在一起，然后依次聚上黔东南小香鸡、黔东南小香乌骨鸡构成；高脚鸡、瑶山鸡、威宁鸡、竹乡鸡、竹乡乌骨鸡、黑羽乌蒙乌骨鸡、乌蒙鸡、麻羽乌蒙乌骨鸡则构成另一个小类群。     

江西7个地方鸡品种遗传多样性的微卫星分析

选用30个多态性较好的微卫星标记．检测了丝毛鸟骨鸡、康乐鸡、宁都三黄鸡、余干乌骨鸡、瓦灰鸡、崇仁麻鸡、东乡绿壳蛋鸡等江西省7个地方鸡品种的遗传多样性。利用等位基因频率计算出各群体的平均遗传杂合度（h）、多态信息含量（PIC）、群体间的Nei氏标准遗传距离（Ds）和DA遗传距离。结果表明．30个微卫星位点中有24个微卫星位点在7个鸡群体中的多态信息含量均为高度多态．可作为有效的遗传标记用于鸡品种的遗传多样性和系统发生关系的分析；在7个品种中．杂合度最低的是余干乌骨鸡．为0．6155．杂合度最高的是崇仁麻鸡．为0．6525，各地方鸡品种的杂合度都偏高，反映了群体的遗传多样性非常丰富；7个鸡品种间的DA、Ds遗传距离远近关系一致．但DA距离均比Ds距离大；用UPGMA法对DA和Ds的聚类结果相同．7个鸡品种被聚为3类．余干乌骨鸡、瓦灰鸡、康乐鸡、宁都三黄鸡聚为一类．崇仁麻鸡、东乡绿壳蛋鸡聚为一类．丝毛乌骨鸡独自为一类。     

利用微卫星标记分析贵州5个地方鸡品种遗传多样性

通过选用30个多态性较好的微卫星标记,检测了贵州省5个地方鸡品种:竹乡鸡、威宁鸡、黔东南小香鸡、高脚鸡、乌蒙乌骨鸡的遗传多样性。计算了各群体的平均遗传杂合度(H)、多态信息含量(PIC)和群体间的DA遗传距离。结果表明:在5个品种中,杂合度最低的是高脚鸡,为0.501,杂合度最高的是竹乡鸡,为0.673,因此贵州各地方鸡品种的杂合度相差较大,据分析可能是由于交通闭塞,形成了家禽品种的多种多型,而且杂合度的高低与PIC值的大小体现了较高的一致性;用UPGMA法进行聚类分析,结果6个鸡品种被聚为3类:竹乡鸡、黔东南小香鸡和威宁鸡聚为一类,乌蒙乌骨鸡自聚为一类;高脚鸡独自聚为一类。这与几个鸡品种的来源、分化、选育历史及地理分布是一致的。     

华东27个地方鸡品种(品系)的遗传变异

应用30个微卫星标记对华东27个地方鸡品种（品系）进行了遗传多样性分析，计算了多态信息含量、平均杂合度和遗传距离等遗传参数，并用类平均法进行了聚类分析。结果表明：平均杂合度最高的是河田鸡，为0．6870，最低的是狼山鸡，为0．6170；27个地方鸡品种（品系）的杂合度都较高，反映了这些品种的多种多型；各品种的平均遗传距离反映了各品种分化时间的长短；UPGMA的聚类分析将27个品种（品系）聚为10类：丝绒乌骨鸡、济宁百日鸡、河田鸡、安义瓦灰鸡、仙居鸡、江山乌骨鸡、溧阳鸡、金湖乌风鸡、灵昆鸡、余干乌骨鸡、康乐鸡、萧山鸡、琅讶鸡、淮北麻鸡、淮南三黄鸡为第1类，白耳鸡为第2类，浦东鸡为第3类，崇仁麻鸡与丝羽乌骨鸡为第4类，狼山鸡与寿光鸡为第5类，鹿苑鸡、东乡绿壳蛋鸡、汶上芦花鸡各独自聚为第6、7、8类，鲁西斗鸡与宁都三黄鸡聚为第9类，漳州斗鸡独自聚为第10类。通过微卫星标记对华东27个地方鸡品种（品系）遗传变异的分析说明这些地方品种的遗传多样性极其丰富，各具特色，应促进资源优势向经济优势转化。     

利用微卫星标记分析江苏三个地方鸡品种的遗传多样性

利用30个微卫星DNA标记对3个江苏地方鸡品种进行遗传多样性分析，通过计算等位基因频率、多态信息含量、平均杂合度、有效等位基因数和遗传距离，评估各品种内遗传变异和各品种间遗传相关。结果表明：江苏的3个品种在30个微卫星上共发现196个等位基因，其中96个等位基因为三个品种共有，47个等位基因为各品种所特有；3个地方鸡品种的平均杂合度：狼山鸡为0．655，鹿苑鸡为0．681，溧阳鸡为0．687；狼山鸡与溧阳鸡的遗传距离较小，而两鸡与鹿苑鸡的遗传距离较远。     

中国地方鸭品种资源的分子遗传多样性

通过筛选的28个多态性较好的微卫星标记，检测了我国24个地方鸭品种的遗传多样性。利用等位基因频率计算了各群体的遗传参数和群体间的遗传距离，采用邻接法构建了聚类图，并进行了系统发生分析。结果表明：28个微卫星座位在我国家鸭群体中的多态信息含量除APL23和APL79为中度多态外，其他座位均为高度多态座位，可以作为有效的遗传标记用于鸭种之间遗传多样性分析和系统发生关系的分析；我国所有家鸭群体平均杂合度（0．569）低于国内的家鸡和家鹅，其遗传多样性相对贫乏；聚类结果分析表明了各家鸭品种的分子系统发生关系与其育成史、分化及地理分布比较一致。     

我国地方鸡种保种群分子遗传多样性的检测

对国家家禽品种资源基因库中保存的10个地方鸡品种保种群进行了微卫星标记遗传多样性检测，计算各群体遗传参数，并用类平均法进行聚类分析。研究结果表明：30个微卫星标记在10个地方鸡品种保种群的平均杂合度在0．6189-0．6953之间，其中藏鸡最高，为0．6953；北京油鸡最低，为0．6189；平均多态信息含量均大于0.5，表现为高度多态性；10个鸡品种聚为4类：萧山鸡、茶花鸡、仙居鸡、白耳鸡聚为一类，丝毛乌骨鸡、北京油鸡、大骨鸡、固始鸡聚为一类，狼山鸡和藏鸡分别单独聚为一类。通过对我国地方鸡品种保种群的分子遗传多样性的检测，可以达到监测保种效果的目的。     

10个绵羊品种的微卫星DNA多态性研究

本研究利用FAO和ILRI推荐的21个微卫星引物,结合荧光标记PCR,检测了中国9个地方绵羊（Ovisaries）品种和1个外来绵羊品种的遗传多样性。21个微卫星座位均呈现出高度多态,多态性信息含量和杂合度均表明我国地方绵羊品种有着丰富的遗传多样性。本研究共检测到342个等位基因,有效等位基因数在2．1752～9．4997之间,座位平均杂合度在0．5248～0．8551之间,品种平均杂合度在0．633-0．761之间。聚类关系和主成分分析结果与其起源、育成历史及地理分布基本一致。     

微卫星荧光标记分析坝上长尾鸡与3个地方品种鸡遗传多样性

为评估坝上长尾鸡保种群的遗传结构和其他地方品种鸡的遗传关系,本研究利用20个微卫星DNA标记,采用微卫星荧光标记与毛细管电泳相结合的方法,检测了4个地方鸡品种共120个个体的遗传多样性。结果表明:20个微卫星位点中有19个微卫星位点均为高度多态,120个个体中共检测到253个等位基因,单个位点的等位基因数从4(MCW0103)~27(LEI0094)不等,平均为12.65。所有位点的平均期望杂合度和平均多态信息含量分别为0.697 5和0.673 6;所有群体均显示较高的期望杂合度,坝上长尾鸡最高,为0.747 2,太行鸡相对比较低,为0.698 0,平均遗传分化系数为0.098,群体内的近交系数为20.4%,杂合子缺失的水平不高;群体的Nei′s遗传距离从0.059 7(广西麻鸡-太行鸡)~0.689 0(北京油鸡-太行鸡)不等。UPGMA系统发生树中,广西麻鸡和太行鸡聚为一类,然后又于坝上长尾鸡聚在一起。北京油鸡独自聚为一类。UPGMA系统发育树结果与这些鸡品种的外貌形态相吻合。     

闽南黄牛的微卫星多态性研究

：用8个微卫星标记对闽南黄牛的等位基因频率、多态信息含量、杂合度和有效等位基因数等指标进行统计分析，并在此基础上对其进行聚类分析和分类研究。结果：8个微卫星标记在所检测的闽南黄牛群体中都表现出较丰富的多态性，在4个群体8个微卫星座位共有58个等位基因，每个微卫星标记平均检测到7．2个等位基因（3～11）；8个微卫星标记的平均多态信息含量（PIC）为0．6471，各群体的平均多态信息含量（PIC）差并不显著；全部群体平均杂合度为0．2930；各群体平均有效等位基因数为3．37。此表明闽南黄牛在微卫星位点上具有丰富的遗传多样性；根据奈氏标准遗传距离进行UPGMA聚类分析，结果表明4个群体间的遗传变异不大。     

四川地方乌骨鸡种群遗传变异的微卫星DNA分析

利用10个微卫星标记，对四川不同地区5个乌骨鸡种群的等位基因频率、各群体的遗传杂合度、群体间的遗传距离等进行了分析，并根据遗传距离对这几个乌骨鸡种群进行了聚类分析。结果表明，各乌骨鸡群体的遗传多样性较为丰富，并具有较高的选择潜力。各乌骨鸡种群间有一定的遗传距离，UPGMA聚类分析表明，四川山地乌骨鸡黑羽系与川南山地乌骨鸡被聚为一类，草科鸡与旧院黑鸡被聚为一类。     

基于全基因组SNP分析8个地方鸡品种的遗传多样性

为揭示江西及周边地区地方鸡的遗传多样性信息，本研究采集了江西省5个地方鸡品种，广东省、浙江省以及江苏省各1个地方鸡品种共125个血样，利用全基因组SNP芯片分析地方鸡品种的群体结构、网络关系及系统进化情况。结果表明，8个地方鸡品种45 647个位点的多态信息含量大多为0.25<PIC<0.5，属于中度多态，表明这8个地方鸡品种有较丰富的遗传多样性；聚类分析表明，8个地方鸡品种有较弱的地理关系；品种间的遗传距离在0.254 9~0.360 9，修水黄羽乌鸡和泰和乌鸡的遗传距离为0.254 9，东乡绿壳蛋鸡和崇仁麻鸡的遗传距离为0.306 9。安义瓦灰鸡与其它品种的遗传距离在0.274 7和0.340 8之间，其中安义瓦灰鸡和修水黄羽乌鸡遗传距离最近，和崇仁麻鸡遗传距离最远。结果表明，8个地方鸡品种有较丰富的遗传多样性，为以后品种开发利用提供遗传素材；不同地区的地方鸡没有明显的地域差异，品种间没有显著的遗传分化，两个乌鸡品种（泰和乌鸡和修水黄羽乌鸡）和安义瓦灰鸡品种有相对较近的遗传关系。     

贵州部分地方鸡品种的血浆酯酶多态性研究

采用水平板聚丙烯酰胺凝胶电泳法,对贵州及河南,广东,江西部分地方鸡品种及有关外来鸡种类共１３个种群、１２２５只个体血浆酯酶－１（Ｅｓ－１）的多态性进行检测。结果：Ｅｓ－１位点存在Ａ、Ｂ和Ｃ３种谱带及ＡＡ、ＡＢ、ＢＢ、ＡＣ、ＢＣ、ＣＣ６种表型（基因型）。各鸡种的表型分布具有明显的地域性特点,同时还可见基因频率与各鸡种的经济用途之间具有一定的关系。Ｘ＾２检验表明,有９个鸡种的表型分布比例极显著偏离了Ｈ     

3个品种兔微卫星标记的遗传多样性研究

为分析福建黄兔、新西兰兔、日本大耳白兔群体内的遗传变异情况和群体间的遗传相关性,本试验选取3个品种兔各25只,分别耳静脉采血并采用试剂盒抽提全血基因组,运用15个微卫星标记,结合荧光PCR技术和毛细管电泳方法获得目的片段,通过计算等位基因数、有效等位基因数、杂合度、多态信息含量和遗传距离,分析3个品种兔的遗传多样性。结果显示,3个品种兔在15个座位共检测到110个等位基因,平均等位基因数为7.3个,其中福建黄兔、新西兰兔和日本大耳白兔分别检测到95、95和88个等位基因,且分别在11、12和11个微卫星座位表现为高度多态,表明3个品种兔在筛选的15个微卫星座位均呈现较丰富的遗传多态信息。Hardy-Weinberg遗传平衡检验结果表明,福建黄兔、新西兰兔和日本大耳白兔分别有8、8和6个座位处于Hardy-Weinberg不平衡状态。Nei氏遗传距离分析显示,福建黄兔与新西兰兔、福建黄兔与日本大耳白兔、新西兰兔与日本大耳白兔的Nei氏遗传距离分别为0.1761、0.2347和0.0432。遗传距离越小时,相似度越高,亲缘关系越近,因此,新西兰兔与日本大耳白兔间的亲缘关系最近,福建黄兔与日本大耳白兔间的亲缘关系最远。     

四川常羽乌骨鸡群体遗传多样性分析

利用选自家禽基因组的10个微卫星标记,对四川常羽乌骨鸡5个群体(四川山地乌骨鸡白羽系、黑羽系;黄忠山地乌骨鸡;黄忠山地乌骨鸡绿壳蛋系;草科乌骨鸡)的遗传多样性进行了检测,计算了各群体的群体杂合度、群体间遗传距离,并根据遗传距离进行了聚类分析。结果表明所选择的微卫星标记在各群体中表现出较高的多态性;四川5个乌骨鸡群体遗传多样性比较丰富,群体平均杂合度为0.5383到0.6659;各群体间的遗传距离有一定的差异;聚类分析将5个群体聚为三类。     

云南4个马品种的随机扩增多态DNA（RAPD）分析

本文利用随机扩增多态ＤＮＡ技术研究了云南４个马品种４８个个体的遗传变异和系统发育关系。在所使用的２５个引种中，有２２个引物扩增出多态谱带。