狼山鸡高、低近交组卵巢组织转录组差异分析

为了探究近交对繁殖效应的影响,本研究以国家级地方鸡种基因库保存的狼山鸡为素材,结合分子标记和系谱信息,组建高、低近交两个试验组,记录高、低近交组的繁殖性能数据。选取高、低近交组中正常个体各3只,采取卵巢组织进行RNA-seq测序,并对差异基因进行功能注释。结果在高、低近交组中共获得差异转录本1 114个,其中783个基因获得注释,307个上调,476个下调。GO和KEGG分析表明,差异基因主要富集在核糖体的生物合成、炎性反应、繁殖、生长、免疫系统过程、代谢过程等生物学过程,Pathway显著富集在叶酸的生物合成、卵母细胞成熟和代谢等生物学通路。功能分析发现,筛选出的差异基因（如GGH、CPEB1、GNMT和PIWIL等）与繁殖功能相关。此外,还包括一些与应激和免疫相关的基因（如APOC3、HSP70、CD38和LGMN等）。研究结果有助于了解狼山鸡繁殖性状近交衰退相关的基因及其调控机制,为家禽特定性状近交衰退分子机理提供参考。     

地方特色蛋鸡配套系亲本群中不同亚群禽白血病病毒的混合感染

采用ELISA、病毒分离和多聚酶链式反应(PCR)方法对江苏某地方特色蛋鸡亲本群的禽白血病病毒(ALV)p27抗原、ALV-A/B和ALV-J抗体以及病原核酸进行了检测,结果显示该配套系母本群泄殖腔拭子p27抗原阳性率为40.6%,ALV-A/B抗体阳性率为3.8%;父本群泄殖腔p27抗原阳性率为24.4%,ALV-J抗体阳性率为19.4%;细胞培养物IFA检测显示父本分离株JS12JD03能与J亚群特异单克隆抗体Je-9反应,在荧光显微镜下产生绿色荧光,而母本分离株JS12JD01和JS12JD02则无;gp85氨基酸序列同源性分析显示母本鸡群分离株JS12JD01属于A亚群、JS12JD02属于B亚群,父本鸡群分离株JS12JD03属于J亚群ALV,提示了该地方特色蛋鸡亲本群存在A、B、J亚群ALV的混合感染。     

间接ELISA检测抗禽白血病病毒抗体方法的建立

禽白血病病毒(Avian leukosis virus,ALV)是禽白血病的病原,可引起鸡的免疫抑制和肿瘤。净化种鸡群是控制ALV的主要方法之一。本研究将ALV的p27基因克隆到表达载体pGEX-6P-1,在大肠杆菌中获得了高效表达,以纯化后的p27-GST融合蛋白为抗原包被,经过条件优化,建立了检测鸡血清中抗ALV抗体的间接ELISA方法。与IFA检测结果比较,该方法比IDEXX ELISA试剂盒有更高的符合率。可用于禽白血病病毒感染根除的大规模检测,并具有低成本、易操作的特点,能同时检测到针对ALV所有亚群的抗体。     

J亚群禽白血病病毒TD-PCR检测方法的建立及初步应用

采用J亚群禽白血病病毒(ALV-J)感染DF1细胞提取的总DNA作为模板,以H5和H7为特异性引物,建立检测ALV-J的降落PCR(TD-PCR)方法,并对反应体系进行优化。结果表明:建立TD-PCR方法灵敏度高、特异性强,可检测0.105 ng的DNA,该方法与网状内皮组织增生症病毒、马立克病病毒、鸡贫血病毒及I群禽腺病毒没有交叉反应。运用TD-PCR、ELISA以及病毒分离对临床病料进行检测,TD-PCR方法与ELISA检测结果一致(100%),均比病毒分离检出率(75%)高。证明TD-PCR检测ALV-J的方法具有快速、灵敏、特异等优点,可满足临床、生产实际检测的需要。     

卫星搭载牛膝种子对其SP 1植株胞果生物学特性的影响

利用返回式卫星搭载的中药牛膝种子为材料,与对照组牛膝种子相比较,对搭载后的牛膝种子SP1植株的种子生长发育过程进行了观测和分析,并对SP1植株获得的种子发芽及生长情况进行了进一步的观测。结果表明,经搭载后的航天组牛膝种子,SP1植株中出现不同程度的变异,特别是SP1植株的种子在发育过程中,粒色、百粒重、胞果大小与形状以及成熟时间等方面差异明显。此外,航天组与对照组SP1植株的种子在发芽势、发芽率及活力指数等指标上也表现出一定差异。说明卫星搭载可改变某些基因产物的表达量,从而表现出形态性状的显著差异。     

基于RAD-seq简化基因组测序的19个地方鸡种遗传进化研究

旨在基因组水平上揭示地方鸡种的遗传进化,发掘重要种质特性基因。本研究利用简化基因组RAD-seq测序鉴定19个地方鸡种（每个品种按照家系选取30个个体,10公、20母）基因组SNP标记,计算观察杂合度（Ho）、核苷酸多样度（Pi）、近交系数（Fis）、遗传分化系数（Fst）和基因流（Nm）等遗传统计量指标,分析地方鸡种的遗传多样性和遗传结构,并通过选择信号检测鉴定基因组受选择基因。结果表明,在19个地方鸡种中鉴定出400 562个SNPs标记。瓢鸡（PJ）和文昌鸡（WC）的遗传多样性最为丰富,观察杂合度（Ho）分别为0.246 8、0.243 0,核苷酸多样度（Pi）分别为0.278 1、0.265 5;河南斗鸡（DJ）的遗传多样性相对匮乏,Ho为0.156 0,Pi为0.175 2;东乡绿壳蛋鸡（DX）和边鸡（BJ）的近交系数最高（Fis>0.160 0）。瓢鸡与文昌鸡、惠阳胡须鸡（HX）、藏鸡（ZZ）、大围山微型鸡（WX）,惠阳胡须鸡与文昌鸡,藏鸡与茶花鸡（CH）间的遗传分化最低（Fst<0.100 0）,对应的基因流最高（Nm>0.240 0）。河南斗鸡与其它品种间的遗传分化均处于较高水平,与其中15个品种间的Fst>0.200 0、Nm<1.000 0。遗传聚类分析（2个引入品种做外群）将地方鸡种总体上分为5类,与品种形成历史和地理分布基本吻合。通过选择信号分析,在19个地方鸡种合并群体中检测出9个常染色体上的26个区域受到选择作用,包含31个受选择基因。这些受选择基因广泛参与免疫系统调节、生殖机能调控、应激响应、代谢等生物学过程。利用基因组SNP标记能更全面准确地揭示地方鸡种的遗传多样性和遗传结构,选择作用主要体现在对地方鸡种抗逆抗病特性、配子活力及行为等方面的塑造。     

基于RAD-seq测序的狼山鸡基因组选择信号分析

试验旨在分析狼山鸡基因组选择信号,发掘狼山鸡重要种质特性基因。采用简化基因组RAD-seq测序鉴定狼山鸡及其他18个地方鸡种基因组SNP标记,构建系统进化树阐明狼山鸡的遗传结构,采用ZHp选择信号检测方法鉴定狼山鸡基因组受选择区域（基因）。结果显示,在狼山鸡中鉴定出320 874个SNPs。19个地方鸡种总体上聚为五大类,与品种形成历史和区域分布基本一致。狼山鸡16个常染色体上的46个区域受到选择作用（ZHp<-3.5）,包含122个受选择基因,其中部分区域在遗传聚类同分支的安义瓦灰鸡（15个区域）、边鸡（14个区域）、大骨鸡（11个区域）和北京油鸡（13个区域）中也受到选择。GO分析结果显示,狼山鸡122个受选择基因显著富集在血细胞生成、转录调控、嗜酸性粒细胞趋化、骨化等生物学过程（P<0.05）。KEGG分析结果显示,狼山鸡122个受选择基因显著富集在心肌细胞肾上腺素能信号传导、Toll样受体信号通路、Ca²⁺信号通路、细胞质DNA传感通路、NOD样受体信号通路等（P<0.05）。选择作用主要体现在对狼山鸡刺激响应、先天免疫、代谢、神经系发育等方面的塑造。研究结果可为狼山鸡品种评价、保护及利用提供重要遗传信息。     

一例骨髓瘤型禽白血病的诊断

江苏东台市某养殖户饲养的170日龄地方品系蛋鸡出现零星死亡,经剖检、实验室诊断综合分析,判定为J亚群禽白血病病毒(ALV)引起的骨髓瘤型禽白血病.目前该病尚无疫苗和有效药物,唯一的办法是通过不断淘汰净化达到纯净种群的目的.     

笼养蛋鸡养殖环境指标调查分析

通过对江苏地区3个笼养蛋鸡场养殖环境的现场调查,了解和分析蛋鸡的养殖环境参数,为今后合理科学控制鸡舍环境提供参考依据。调查结果表明,饲养设备与饲养管理措施对蛋鸡舍内环境指标影响较大,也间接影响蛋鸡的生产性能。采用层叠式蛋鸡笼的鸡舍环境指标低于阶梯式,如有害气体浓度值较高(层叠式:CO2:658.88mg/kg,NH3:4.00mg/kg;阶梯式:CO2:587.75mg/kg,NH3:1.20mg/kg),密闭式鸡舍较半密闭式能更有效地降低外环境影响,维持舍内环境指标值的稳定与可控性。