鸭肝炎病毒浙江分离株全基因组测序及其VP1基因的序列分析

利用反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)技术及RACE方法扩增得到鸭肝炎病毒(DHV)浙江分离株Z10的全基因(5',3'末端序列用RACE法扩增)及4株DHV分离株的VP1基因.结果表明,分离株Z10的全基因片段长7689 bp,有1个大的开放读码框(ORF),ORF位于626～7326位核苷酸,编码2249个氨基酸.Z10分离株全基因序列与GenBank登录的6株具有代表性的DHV核苷酸序列比对,同源性94.5%～98.4%;所测得的DHV分离株的VP1基因的序列与目前GenBank上发表的具有代表性的DHv-Ⅰ VP1基因进行比对分析,结果4株Ⅰ型DHV的VP1基因cDNA长度均为714 bp,编码238个氨基酸.4株DHV-Ⅰ之间VP1基因的核苷酸序列同源性为93%～99.7%,氨基酸序列同源性为95.0%～100%;与参考毒株VP1基因的核苷酸序列同源性为92.2%～100%,氨基酸序列同源性为95.0%～100%;表明各分离毒株的亲缘关系较近,属于同一基因群.     

鸭肝炎病毒的分离与鉴定

1999-2008年从山东、河南、浙江、江苏、广西、山西、江西、广东、福建和辽宁等地有典型鸭病毒性肝炎症状的病死雏鸭中共分离得到22株病毒。用鸭肝炎病毒（DHV）Ⅰ型（DHV-1）抗血清和新型DHV （N-DHV）抗血清对分离的22株病毒进行血清中和试验;对22株病毒的抗原相关VP1基因进行RT-PCR扩增和测序,然后对VP1基因的核苷酸与推导的氨基酸序列进行分析。结果表明,目前我国存在DHV-1和N-DHV两种血清型。其中分离到的12株为DHV-1,10株为N-DHV。依据VP1基因序列同源性进行的血清型分型结果与根据抗原性鉴定进行的血清型分型结果一致。12株DHV-1的氨基酸序列同源性为95%左右,10株N-DHV的氨基酸同源性为98%左右;DHV-1分离株与N-DHV分离株间氨基酸同源性为72%-77%。同血清型病毒株间的VP1基因变异很小,表明DHV的抗原性稳定。     

Ⅰ型鸭肝炎病毒的分离与鉴定

利用I型鸭肝炎病毒(DHV-Ⅰ)基因组的5′端UTR附近区域设计1对引物,以病死鸭肝组织悬液、鸭胚尿囊液毒和鸡胚尿囊液毒为模板,RT-PCR扩增得到336 bp基因片段。经测序分析病死鸭分离病毒与已发表鸭病毒性肝炎DHV-Ⅰ型病毒的基因同源性可达98%,该病毒与已知DHV-Ⅰ毒株之间病毒基因组一级结构有较高的同源性。为进一步验证所分离的病毒为Ⅰ型鸭肝炎病毒,依据Ⅰ型鸭肝炎病毒VP1基因特异性引物进行PCR,得到714 bp左右目的片段,证明该病毒为鸭病毒性肝炎Ⅰ型病毒。     

Ⅰ型鸭肝炎病毒RT-PCR检测方法的建立及初步应用

根据GenBank中Ⅰ型鸭肝炎病毒(DHV-1)的基因序列,应用Oligo软件对DHV-1的保守基因3AB设计引物,以江西分离株(JXau-F)的RNA为模板进行RT-PCR扩增,得到预期大小的目的基因。通过对该方法的敏感性和特异性的检测,结果表明,建立的利用RT-PCR检测DHV-1的方法具有良好的敏感性和特异性。该法最低模板检测量为20 pg,且只能检测出DHV-1,对新城疫病毒、传染性法氏囊病毒、鸭瘟病毒、鹅细小病毒和健康的鸭肝组织均不能检出。克隆、测序证实了扩增基因的正确性。通过对临床病料检测结果表明,该方法可用于Ⅰ型鸭肝炎病毒的快速鉴别诊断。     

一株Ⅰ型鸭肝炎病毒全基因组序列分析

为了研究Ⅰ型鸭肝炎病毒(DHV-Ⅰ)遗传变异情况,试验采用全基因组序列测定的方法对广东省佛山地区分离到的1株Ⅰ型鸭肝炎病毒进行分析研究。结果表明:不含poly(A)尾的DHV-Ⅰ基因组全长7 690 bp,只含有1个开放阅读框(ORF),编码2 249个氨基酸;将此病毒株与GenBank公布的其他DHV全基因序列进行序列分析,VP1蛋白变异最大,180～220位为高变区,与DHV-Ⅰ参考毒株核苷酸序列同源性在94.0%～97.4%之间,氨基酸序列同源性在97.5%～99.2%之间;对此病毒株进行遗传进化分析,与DHV-Ⅰ参考毒株处于同一分支,与韩国和中国台湾省新型鸭肝炎病毒处于不同分支。     

一株广西新型鸭肝炎病毒的分离与初步鉴定

从广西南宁疑似鸭病毒性肝炎（DVH）的发病鸭群中分离到1株鸭肝炎病毒（DHV）,命名为GX—NN201201株,其鸭胚半数致死量（ELD50）为10-4.5／0．2mL。对分离毒株GXNN201201进行了DHVRT—PCR诊断、部分片段基因的克隆、序列测定与动物回归试验,结果表明：分离病毒的核酸能被韩国新型DHV特异性引物扩增,而不能被DHV-1的特异性引物扩增。GXNN201201分离株与韩国新型DHV及其他类韩国新型DHV之间的核苷酸序列同源性高达94．0％～98．9％,而与DHV-1疫苗毒株及台湾新型DHV之间的同源性则较低。遗传进化关系分析结果进一步表明该分离株与韩国新型DHV分布在同一分支上,并且与国内类韩国新型DHVGD株的遗传关系最近,属于基因C型DHV。人工感染的病死鸭可见典型的DVH临床特征,与临床发病表现相似。因此,初步确定GX—NN201201为广西新型DHV。     

番鸭源鸭肝炎病毒CH12株的分离与全基因组序列分析

从浙江省某疑似鸭病毒性肝炎的发病番鸭群分离到1株鸭肝炎病毒（Duck hepatitis virus,DHV）CH12株,分离毒株经动物回归试验、ELD50测定、中和试验等确定为DHV-1（基因A型DHV）。通过RT-PCR方法对DHV CH12株的全基因组序列进行分段扩增并测序。结果表明,CH12株的全基因组长度为7690 bp（不包括PolyA）,包括626 bp的5′UTR,6747 bp的ORF和317 bp的3′UTR。CH12株各基因均与基因A型DHV毒株的序列相似性较高,与基因B型和基因C型DHV毒株的序列相似性较低。全基因组核苷酸、多聚蛋白、VP0、VP3、VP1、2C和3D基因的进化分析均显示,CH12株均与基因A型DHV在同一进化分支上,亲缘关系较近,属于基因A型DHV。     

鸭肝炎病毒分子流行病学分析

为了解我国鸭病毒性肝炎(DH)的流行情况,本研究用标准DH病毒(DHV)Ⅰ型(DHV-1)抗血清和新型DHV(N-DHV)抗血清对国内分离的7株DHV进行了血清中和试验。结果表明,PLK株和YB3株为DHV-1;YB1、YB2、YB5、HY2和HY3株为N-DHV。同时,对国内分离的9株病毒的抗原相关VP1基因进行RT-PCR扩增和测序,对VP1基因的核苷酸与推导的氨基酸序列分析的结果表明,3株DHV-1的氨基酸序列同源性为95%左右,6株N-DHV的氨基酸同源性为98%左右;DHV-1分离株与N-DHV分离株间氨基酸同源性为72%～77%。参照同属微RNA病毒的人肠病毒的血清型分型标准,通过对DHV VP1基因序列同源性比较,判定9株病毒的血清型。依据VP1基因序列同源性进行的血清型分型结果与根据抗原性鉴定进行的血清型分型结果一致。同血清型病毒株间的VP1基因变异很小,表明DHV的抗原性稳定。同型不同毒株间VP1基因的差异可以导致病毒在致病力、细胞感染能力等方面的差异。研究结果表明,目前我国存在DHV-1和N-DHV两种独立的血清型,但尚未见血清亚型的流行。     

鸭肝炎病毒地方株VP1基因的序列测定及分析

从湖北某发病鸭场分离到一株鸭肝炎病毒DHV/HB98,通过RT-PCR方法扩增该毒株的VPI基因的核苷酸序列.系统发育分析表明,DHV/HB98株的基因组序列与已发表的DHV-1 E53和ZJ的结构基因VP1亲缘关系最近,核苷酸的同源性为98.6％和98.3％,氨基酸序列的同源性为98.3％和98.7％,分析DHV/HB98与发表的变异株90D和04G核苷酸同源性为65.4％和66.7％,氨基酸同源性为69.5％和74.8％.推断该毒株属于DHV-1,与变异株是不同的血清型;DHV/HB98与DHV-1 ZJ具有相近的遗传关系,推断DHV/HB98也为强毒株.     

I型鸭肝炎病毒在鸭胚成纤维细胞系中的增殖特性研究

为研究I型鸭肝炎病毒(DHV-1)在鸭胚成纤维细胞系(DEF-h)中的增殖规律,本研究将DHV-1野毒株(ZJ-08株)接种DEF-h细胞,连续传代3次后,观察病毒对细胞的致病变效应(CPE),并对病毒核酸及其蛋白的表达和病毒增殖特性进行了鉴定。研究结果显示,DHV ZJ-08株能够在DEF-h中有效增殖,并产生典型的CPE,病毒蛋白在细胞中也获得了良好表达,并与DHV-1特异性抗体发生反应。一步生长曲线显示ZJ-08株病毒感染DEF-h 12 h开始增殖,36 h～60 h进入快速增殖期,72 h达到峰值,TCID50为10-4.3/mL。本实验为进一步的DHV-1的致病机理和细胞灭活疫苗的研制奠定了基础。     

猪源副黏病毒JL-1株全基因获得及遗传变异分析

利用本实验室分离保存的猪源副黏病毒JL-1株来提取病毒基因组RNA.参考GenBank发表的相关禽副粘病毒Ⅰ型(Avian paramyxovirus serotype 1,APMV-1)基因组序列,设计了8对特异性引物,RT-PCR法分别特异性的扩增出病毒各基因片段,并将各目的基因片段回收纯化,将纯化后的PCR产物进行测序.测定结果得到NP、P、M、F、HN、La、Lb、Lc 8段基因序列,利用DNAMAN软件进行拼接得到基因组全长cDNA序列(GenBank登录号:EU546165).序列分析结果表明,PPMV JL-1株与各地代表株核苷酸同源性87.85%～99.78%,与鹅源新城疫(GPMV)ZJ-1、NA-1株核苷酸同源性分别为83.31%、83.46%,同时根据各毒株F基因开放阅读框前389个核苷酸序列绘制出系统发育进化树,结果表明PPMV JL-1株与LaSota同属于基因Ⅱ型,不同于基因Ⅶ型的ZJ-1和NA-1株的鹅源毒株.     

Ⅰ型和Ⅲ型鸭肝炎病毒双重RT-PCR检测方法的建立与优化

为了快速鉴别诊断Ⅰ型和Ⅲ型鸭肝炎病毒(DHV),根据NCBI中发表的DHV毒株序列设计2对特异性引物,针对西南大学荣昌校区疾病快速诊断中心保存的DHV-Ⅰ型和DHV-Ⅲ型毒株进行了RT-PCR双重检测方法的建立及条件的优化试验。结果表明:所建立的方法可同时对两种血清型的DHV分别扩增出440 bp和642 bp的特异性条带,灵敏性可以达到18.7×10-1ng/μL;利用该方法对鸭瘟病毒、小鹅瘟病毒、鸭圆环病毒、番鸭细小病毒、鸭副黏病毒、新型鸭肝炎病毒进行扩增,扩增结果均为阴性。说明所建立的双重RT-PCR检测方法特异性好,具有较高的灵敏性,可用于DHV-Ⅰ型和DHV-Ⅲ型的鉴别诊断。     

Ⅰ型鸭肝炎病毒VP3基因的克隆与原核表达

根据GenBank上登录的Ⅰ型鸭肝炎病毒(DHV-Ⅰ)基因组序列,设计一对特异性引物。通过RT-PCR的方法扩增DHV-Ⅰ(A66株)VP3基因并将其5′端起始处稀有密码子同义突变。用限制性内切酶BamHⅠ/SalⅠ消化VP3基因片段和表达载体pGEX-6p-1后构建重组表达质粒pGEX-VP3,转化E.coliBL21(DE3)。经IPTG诱导后,SDS-PAGE分析表明,VP3基因在大肠埃希菌中大量表达,表达产物的分子质量约为52 ku。Western blot检测表明,表达产物能与DHV-Ⅰ阳性血清发生反应,具有反应原性。     

Ⅰ型鸭肝炎病毒逆转录套式PCR检测方法的建立

根据GenBank中登录的Ⅰ型鸭肝炎病毒（DHV—Ⅰ）A66株的RNA聚合酶基因序列,设计合成了2对引物,建立了适合DHV-I快速检测的逆转录套式PCR方法（RT-nested-PCR）,采用该方法对DHV-Ⅰ A66弱毒株和R85952强毒株进行了检测。结果显示,均能扩增到304bp的条带,而正常鸭胚、健康鸭肝组织、鸭瘟病毒、鹅细小病毒、禽流感病毒（H9亚型）、新城疫病毒、传染性腔上囊病病毒、减蛋综合征病毒、鸭源大肠杆菌、鸭疫里氏杆菌和鸭源多杀性巴氏杆菌的扩增结果均为阴性。该方法第1次扩增的敏感性是100Pg,第2次扩增的敏感性是1fg,第2次比第1次扩增的敏感性高10^6倍。表明,所建立的逆转录套式PCR方法可用于鸭病毒性肝炎（DVH）的临床诊断、病料检测和分子流行病学调查等。     

新型鸭肝炎病毒全基因组序列分析

为了解新型鸭肝炎病毒(DHV)基因组变异情况,本研究将广东地区分离到的1株,山东地区分离到的2株与1型DHV(DHV-1)无抗原交叉性的新型DHV(N-DHV)全基因组序列测定的结果进行了分析。结果表明,N-DHV基因组全长7786nt～7788nt,仅有一个ORF,其结构具有典型的微RNA病毒科病毒基因组特征。ORF编码一个2251aa的聚合蛋白,该蛋白经3Cpro切割产生3个结构蛋白(VP0、VP3、VP1)和8个非结构蛋白(2A1、2A2、2B、2C、3A、3B、3C、3D)。与其他N-DHV毒株及DHV-1的抗原性相关VP1蛋白氨基酸序列比对表明,3株病毒之间及与国内分离的N-DHVG株的同源性均在98%以上,与韩国N-DHV同源性均大于92%,与中国台湾地区N-DHV同源性为80.1%～80.9%,与DHV-1的同源性为76.9%～77.3%。3株病毒与韩国N-DHVVP1氨基酸差异位点主要集中在C-端的高变异区。依据微RNA病毒科人肠病毒属血清型分型标准,GD株、SD01株、SD02株与韩国N-DHV和G株属于同一血清型,而与DHV-1和中国台湾地区新型DHV属于不同的血清型。     

抗Ⅰ型鸭肝炎病毒RdRp蛋白噬菌体单链抗体库构建及单链抗体的淘选

为构建抗1型鸭肝炎病毒(DHV-1)RdRp蛋白的单链抗体(scFv)库,并淘选特异性scFv,本研究采用RT-PCR方法从DHV-1基因组中扩增Rd Rp基因,将其克隆于pET-32a载体中进行重组RdRp蛋白原核表达。将纯化的重组蛋白免疫小鼠,以提取的免疫鼠脾脏总RNA为模板,利用抗体轻链可变区(VL)和重链可变区(VH)简并引物,经RT-PCR扩增抗体的VL和VH编码序列,由Linker序列连接,通过重叠延伸PCR(SOE-PCR)扩增完整的sc Fv基因(VL-Linker-VH)。将扩增的scFv基因克隆于pCANTAB5E载体中构建噬菌体scFv文库,利用纯化的重组RdRp蛋白开展4轮吸附-洗脱-富集以淘选抗RdRp的ScFv;最后对淘选到的阳性ScFv进行可溶性表达,以ELISA方法检测其免疫结合活性。结果显示,获得了7株具有良好抗原结合活性的ScFv。淘选到的DHV-1 RdRp特异的基因工程ScFv,为鸭病毒性肝炎防制新策略研究奠定了基础。     

鸭Ⅰ型干扰素基因的克隆与序列测定

从植物血凝素（PHA刺激的鸭外周血单核细胞提取总RNA，采用RT-PCR扩增鸭Ⅰ型干扰素（DuIFN-Ⅰ）基因。将其克隆到pMD-18T载体中，进行序列测定。克隆到的鸭Ⅰ型干扰素基因与已公布的DuIFN-α核苷酸序列同源性为99.65%。氨基酸序列同源性为98.95%。同时表明，鸭外周血单核细胞在PHA刺激下能够表达Ⅰ型干扰素mRNA。     

Ⅰ型鸭肝炎病毒VP1的原核表达与免疫学检测

本研究采用原核表达载体pCold-HF在大肠杆菌中表达I型鸭肝炎病毒（Duck hepatitis virus type Ⅰ,DHV-Ⅰ）弱毒株FC64株的VP1蛋白,经超声波裂解结果显示：VP1融合蛋白呈现可溶性表达。利用His-bindResin试剂盒纯化该产物,作为免疫原免疫小鼠,制备特异性抗体,进行免疫学检测。结果表明：该抗体与原核表达产物、DHV感染的SPF尿囊液总蛋白呈现特异性反应,这为DHV-Ⅰ快速诊断方法的建立奠定了基础。     

Ⅰ型鸭肝炎病毒SYBR-Green实时荧光定量PCR检测方法的建立

为建立一种快速、特异的Ⅰ型鸭肝炎病毒（DHV-Ⅰ）SYBR GreenⅠ荧光定量PCR检测方法,根据GenBank已登录的DHV-Ⅰ型疫苗株C80（DQ864514.3）的非编码区基因序列设计1对特异性引物,经RT-PCR扩增出230bp的靶序列,并克隆到pMD18-T载体上,构建重组质粒;将纯化的重组质粒10倍梯度稀释后作为标准阳性模板,进行SYBR GreenⅠ荧光定量PCR扩增并建立标准曲线,对其敏感性、特异性和重复性进行评价。结果显示,建立的标准曲线的循环阈值与模板浓度呈现良好的线性关系（R2=0.998 2）,产物Tm值为87.2～87.9℃,检测灵敏度为71.5拷贝/μL。对55份疑似病料进行检测,荧光定量检测48份为阳性,而用常规PCR方法只能检出39份阳性,ELISA方法只检出30份阳性。这表明所建立的DHV-Ⅰ的SYBR GreenⅠ荧光定量PCR检测方法具有特异、灵敏、快速和重复性良好等优点,可用于临床DHV-Ⅰ感染的快速检测,为DHV的分子诊断、流行病学调查及定量分析奠定了基础。     

鸭肝炎病毒CQ株基因组5'端非编码区的克隆与测序分析

<正>鸭肝炎(duck hepatitis,DH)是雏鸭的一种急性、高度接触性、致死性传染病,其病原为鸭肝炎病毒(Duck hepatitis virus,DHV)。传统分类法将DHV分为3种血清型,即血清Ⅰ型、Ⅱ型、Ⅲ型,其中血清Ⅰ型属于小RNA病毒科,而血清Ⅱ型、Ⅲ型均属于星状病毒科,因此有学者将DHV分为血清Ⅰ型、台湾新型和韩国新型,分别对应于基因A型、B型和C型[1]。DHV-Ⅰ型是一种无囊膜的单股正链RNA病毒,C.H.Tseng等[2]报道的DHV-Ⅰ型全基因组大小约