锦鲤疱疹病毒环介导等温扩增检测方法的建立

为建立一种快速检测锦鲤疱疹病毒(CyHV-3)的环介导等温扩增方法(LAMP),本研究根据Gen Bank中登录的CyHV-3 Sphi基因编码区序列设计了LAMP特异性引物,经反应体系和反应条件优化,建立了检测CyHV-3的LAMP方法。结果表明,本研究建立的LAMP检测方法与鲤痘疱疹病毒、金鱼造血器官坏死病病毒和鳗鱼疱疹病毒均无交叉反应,特异性强;最低检出率为13.9拷贝/μL,灵敏度高。使用LAMP方法和普通PCR方法对四川地区的15个检测点采用鱼鳃拭子非致死性采集的临床样品进行检测,阳性检出率均为31.40%(27/86)。表明本实验建立的该检测方法具有高灵敏度、高特异性、快速和简便的特性,适用于临床上对锦鲤疱疹病毒病的快速诊断。     

鸡毒支原体LAMP可视化检测方法的建立

为建立一种鸡毒支原体(MG)的快速检测方法,本研究根据GenBank中MG的基因保守序列,设计1套特异性环介导等温扩增(LAMP)引物,优化反应条件,建立了MG LAMP的可视化检测方法。该方法的敏感性可达10 fg/μL,高于常规PCR方法100倍;其特异性好,对其他的鸡常见病原体的检测结果均为阴性。MG LAMP反应只需一个可控温的水浴锅,在1 h内完成全部反应,通过肉眼观察颜色直接判定结果。本研究建立的LAMP方法具有灵敏度高、特异性好、操作简便的优点,可用于MG感染的快速检测。     

猪多杀性巴氏杆菌环介导等温扩增检测方法的建立

为建立猪多杀性巴氏杆菌(Pm)的快速检测方法,本研究以Pm的PlpB基因序列为靶基因设计特异性引物,建立了Pm特异性的环介导等温扩增(LAMP)快速检测方法.经反应条件优化,确定反应条件为63℃,20 min.检测结果显示,建立的LAMP检测方法具有良好的特异性,灵敏度为25 cfu/mL;与大肠杆菌、副猪嗜血杆菌、胸膜肺炎放线杆菌、沙门氏菌无任何交叉反应.采用建立的LAMP方法与常规PCR方法对临床54份分离样品进行检测,检测结果为31份为阳性,23份为阴性,二者符合率为100％.该方法的建立为Pm在临床上的快速检测提供了一种新的技术手段.     

鸡传染性喉气管炎病毒可视化LAMP快速诊断方法的建立和应用

试验旨在建立简易、快速、高效的鸡传染性喉气管炎病毒(infectious laryngotracheitis virus,ILTV)检测和诊断方法。根据GenBank上公布的ILTV TK基因序列,设计检测ILTV的特异性环介导的等温扩增(loop media-ted isothermal amplification,LAMP)技术反应引物,通过对LAMP反应体系和反应条件的优化,以及特异性、敏感性和临床样品的检测,建立了ILTV LAMP检测方法。结果显示,以内引物ILT9-FIP和ILT9-BIP、外引物ILT9-F3和ILT9-B3、环引物ILT9-LB和ILT9-LF为LAMP反应引物,反应温度为66℃时,所建立的LAMP检测方法反应效率最高;所建立的LAMP检测方法能够特异性地检测ILTV(匈牙利株和王岗株),不与新城疫病毒(NDV,B株)、鸡传染性支气管炎病毒(IBV,H52株和H120株)、大肠杆菌、鸡副嗜血杆菌、巴氏杆菌等发生交叉反应,且能够检测到的病毒最低浓度达到0.06pg/μL,其灵敏度是普通PCR方法的100倍;采用建立LAMP方法对50个临床样本进行检测,阳性率为14%,且与PCR检测结果的符合率达96%。本研究建立了特异性强、灵敏度高、操作简单的LAMP检测方法,适用于临床上ILTV的快速检测和诊断。     

鸡传染性喉气管炎病毒可视化LAMP快速诊断方法的建立和应用

试验旨在建立简易、快速、高效的鸡传染性喉气管炎病毒(infectious laryngotracheitis virus,ILTV)检测和诊断方法。根据GenBank上公布的ILTV TK基因序列,设计检测ILTV的特异性环介导的等温扩增(loop media-ted isothermal amplification,LAMP)技术反应引物,通过对LAMP反应体系和反应条件的优化,以及特异性、敏感性和临床样品的检测,建立了ILTV LAMP检测方法。结果显示,以内引物ILT9-FIP和ILT9-BIP、外引物ILT9-F3和ILT9-B3、环引物ILT9-LB和ILT9-LF为LAMP反应引物,反应温度为66℃时,所建立的LAMP检测方法反应效率最高;所建立的LAMP检测方法能够特异性地检测ILTV(匈牙利株和王岗株),不与新城疫病毒(NDV,B株)、鸡传染性支气管炎病毒(IBV,H52株和H120株)、大肠杆菌、鸡副嗜血杆菌、巴氏杆菌等发生交叉反应,且能够检测到的病毒最低浓度达到0.06pg/μL,其灵敏度是普通PCR方法的100倍;采用建立LAMP方法对50个临床样本进行检测,阳性率为14%,且与PCR检测结果的符合率达96%。本研究建立了特异性强、灵敏度高、操作简单的LAMP检测方法,适用于临床上ILTV的快速检测和诊断。     

番鸭细小病毒LAMP检测方法的建立

本研究根据GenBank中登录的番鸭细小病毒(Muscovy duck parvovirus,MDPV)VP3基因的高度保守序列,设计特异性引物,通过对反应体系及反应条件的优化,建立了MDPV的体外环介导等温扩增(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)快速检测方法。敏感性和特异性试验结果显示,建立的LAMP检测方法的灵敏性与常规PCR一致,全部反应可以在1.5 h内完成,对其他鸭常见病原体检测结果全部为阴性。该方法的建立为研制番鸭细小病毒的LAMP快速检测试剂盒奠定了基础。     

黑蜂王台病毒环介导等温扩增检测方法的建立

为建立一种快速检测蜜蜂黑蜂王台病毒(BQCV)的环介导等温扩增方法(LAMP),本研究根据Gen Bank中登录的BQCV-JL1株基因序列(KP119603.1)设计了多套LAMP引物,通过引物筛选,反应体系和反应条件优化,建立了可视化LAMP方法,并且评价了该方法的特异性、敏感性、重复性和稳定性。结果显示,建立的LAMP方法在63℃下可对BQCV核酸进行高效扩增,可视化判定结果与real-time Turbidimeter仪检测结果一致;该方法具有较强的特异性和较高的敏感性(最低检出限量为4.0×102拷贝/μL),为普通PCR的100倍。临床样品检测结果表明LAMP法检出率高于常规PCR。本研究建立的可视化LAMP方法操作简便,适用于BQCV的快速检测。     

肠炎沙门菌LAMP检测方法的建立

为建立一种能快速检测肠炎沙门菌(SE)的方法,本研究根据基因库中SE种特异性基因(sdfⅠ)的保守序列,设计一套特异性环介导等温扩增(LAMP)引物,建立了SE的LAMP可视化检测方法。该方法的敏感性可达100fg DNA,高于常规PCR方法100倍;全部反应可在1h内完成;可通过肉眼观察颜色直接判定结果;对其他常见病原体的检测结果均为阴性。结果表明建立的LAMP方法简便、快速、灵敏、特异,可用于SE感染的快速检测。     

新城疫病毒环介导等温扩增快速检测方法的建立

根据GenBank中新城疫病毒(NDV)La Sota毒株保守蛋白F蛋白的编码序列,设计2对环介导等温扩增(LAMP)特异性引物,对甜菜碱浓度、Mg2+浓度、反应温度等LAMP反应体系的最佳反应条件,以及特异性、敏感性等进行研究,建立了一种特异性检测NDV的LAMP方法。结果显示,该方法最低能检测到10个拷贝数的病毒核酸,与其他禽类病毒无交叉反应,且向反应产物中加入SYBR GreenⅠ可直接观察样品是否含有NDV,表明建立的LAMP检测方法具有较强的特异性、较高的敏感性和较好的易操作性,且成本较低,为出入境检验检疫系统进一步搭建NDV快速高通量检测平台奠定基础。     

牛病毒性腹泻病毒LAMP检测方法的建立与应用

针对牛病毒性腹泻病毒(BVDV) 5'UTR基因(GenBank登录号:AY278459.1)序列设计4条特异性环介导等温扩增 (LAMP) 引物,特异性识别靶基因序列上4个独立区域,采用LAMP技术,利用实时浊度仪实时检测LAMP 反应过程中所产生的焦磷酸镁白色沉淀,实时监测反应液浊度来判断反应结果,实现对扩增反应全过程的监控,建立BVDV的LAMP快速检测方法。通过实时浊度仪在恒温63 ℃下50 min完成检测,对方法的特异性、灵敏度、重复性进行了评价。结果显示,经优化该方法只检测BVDV阳性,特异性强;病毒10^-6倍稀释时仍能被检测到,比PCR方法灵敏度至少高100倍;重复性良好。LAMP实时浊度法具有简单、快速、灵敏度高、特异性强的优势,为BVDV的临床检测提供了一种简单快速的试验手段。     

3种新城疫病毒核酸扩增检测方法的比较研究

本研究利用3种方法对新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)进行检测,并对这3种检测方法的灵敏度和特异性作出比较。根据新城疫病毒的融合蛋白基因(F基因)设计合成6条特异性引物,利用水浴LAMP法、PCR及LAMP实时浊度仪进行检测。通过对恒温水浴中的反应温度、反应时间及反应液中Mg^2＋浓度进行优化获得最佳反应条件,结果用凝胶电泳分析;用优化的温度进行LAMP实时浊度仪检测,同时都与PCR方法进行比较。结果显示,获得了最佳反应条件,水浴LAMP方法最低检测限是1.58 pg,比PCR高100倍,而LAMP实时浊度仪检测灵敏度比水浴LAMP方法高10倍,最低检测限是0.158 pg。3种方法对其他非新城疫病毒均无检出。结果表明,新城疫病毒水浴LAMP检测方法速度快、不需要高精密的仪器,而且具有灵敏度高、特异性强、操作简单等特点,有望在核酸扩增领域取代PCR技术,LAMP浊度仪法检测灵敏度更高,但是所需仪器和试剂比较昂贵。     

Development of Loop-mediated Isothermal Amplification Assay for Detection of Torque teno sus Virus Type 2

In order to develop a loop-mediated isothermal amplification (LAMP) assay for rapid and specific detection of Torque teno sus virus type 2 (TTSuV2), two pairs of primers were designed according to the untranslated regions and the part of open reading frame 1 of TTSuV2.The LAMP system was optimized by adjusting the concentrations of some components and reaction conditions.The optimized amplification conditions of LAMP assay was at 64 ℃ for 90 min.The results showed the LAMP assay was specific for TTSuV2 detection, which could achieve a detection limit of 100 copies/μL viral nucleic acid, and no cross-reaction with TTSuV1, PCV2, CSFV, PRRSV and PBoV.In conclusion, this assay was a rapid, specific and sensitive detection technique which could provide a assistance for the rapid detection of TTSuV2.     

猪细环病毒2型环介导等温扩增检测方法的建立

为了能快速、特异的检测猪细环病毒2型(TTSuV2),本研究针对TTSuV2全基因序列的非编码区域和第1个开放性阅读框前端设计了2对引物,建立了TTSuV2的环介导等温扩增(LAMP)检测方法并对反应成分和条件进行了梯度摸索。试验结果显示,该LAMP检测方法最佳反应条件为64 ℃恒温90 min,可特异性检测TTSuV2,与猪细环病毒1型、猪圆环病毒2型、猪瘟病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒和猪博卡病毒无交叉反应,病毒最低检出限为100拷贝/μL。结果表明,建立的LAMP方法具有快速、特异且灵敏的特点,可在TTSuV2快速检测方面提供一定的技术支持。     

弓形虫环介导等温扩增快速检测方法的建立

为了建立弓形虫的快速检测方法,本研究建立了一种灵敏、特异、快速的分子生物学检测方法——环介导等温扩增技术(LAMP)。用10倍系列稀释的DNA样品对该检测方法的灵敏度进行了测试,同时通过对扩增产物做内切酶验证;为证明LAMP技术的特异性,对新孢子虫、附红细胞体、瑟氏泰勒虫等病原体进行检测。结果显示:利用LAMP技术成功检测到弓形虫基因区,此方法的灵敏度可达到能检测5个拷贝DNA分子水平,酶切分析结果正确,并且特异性强,对新孢子虫、附红细胞体、瑟氏泰勒虫等病原体检测均为阴性。说明LAMP技术可应用于弓形虫的快速检测。     

猪流行性腹泻病毒环介导等温扩增检测方法的建立及应用

试验旨在建立一种快速检测猪流行性腹泻病毒（PEDV）的环介导等温扩增方法（LAMP）,为诊断PEDV提供简便、敏感、准确可靠的工具。参考GenBank中PEDV基因序列（登录号：KT799997）,针对PEDVN基因设计了6条引物,对所建立的LAMP反应体系、反应温度进行优化,建立可特异性扩增PEDV的LAMP方法。结果显示,本试验成功建立了PEDV LAMP检测方法,在60℃恒温下反应60 min,能特异性地检测PEDV,检测限量为91拷贝/μL,比常规PCR方法的敏感性高100倍。对比75份临床样本的LAMP和常规RT-PCR法检测结果,显示两种方法符合率为97.3%。综上所述,本试验建立的LAMP方法具有特异性强、敏感性高,操作简单,设备要求低的特点,适用于PEDV临床样本的快速检测。     

Establishment and Application of Loop-mediated Isothermal Amplification for Rapid Detection of Porcine Epidemic Diarrhea Virus

This study was aimed to establish a loop-mediated isothermal amplification (LAMP) assay for detection of porcine epidemic diarrhea virus (PEDV), and provide a simple, sensitive, accurate and reliable tool for diagnosis of PEDV.The conservative PEDV N gene (GenBank accession number: KT799997) of PEDV was selected as a target to design six specific primers.The reaction system and temperature of LAMP were optimized, and the LAMP method for specific amplification of PEDV was established. Results showed that the PEDV LAMP detection method was established successfully, and it could detect PEDV specifically at 60℃ for 60 min,and the detection limit was 91 copies/μL, which was one hundred-fold higher than conventional RT-PCR method.75 clinical samples were detected by LAMP and PCR, respectively, the coincidence of LAMP and PCR was about 97.3%. All the data suggested that the LAMP assay had strong specificity, high sensitivity, simple operation, low equipment requirement, and was suitable for rapid detection of PEDV clinical samples.     

应用环介导等温扩增技术快速检测单核细胞增生李斯特菌的研究

目的建立环介导等温扩增技术快速检测单核细胞增生李斯特菌。方法根据单核细胞增生李斯特菌(LM)hlyA基因序列中的保守区域,采用在线引物设计软件Primer Explorer4.0进行设计,获得一套特异性的环介导等温扩增(LAMP)引物,对单核细胞增生李斯特菌hlyA基因进行LAMP扩增,并与常规PCR方法进行比较。结果建立的LAMP方法能成功扩增出梯形条带,LAMP检测单核细胞增生李斯特菌纯培养物和人工染菌的灵敏度为5.44×102cfu/mL,而对照PCR检测的灵敏度为5.44×104cfu/mL。对10株细菌进行LAMP扩增,仅单核细胞增生李斯特菌得到阳性结果。从DNA提取到报告结果,耗时仅1h。结论 LAMP检测单核细胞增生李斯特菌灵敏度高,特异性强,耗时短,方法简便,有望发展成为快速检测食品中单核细胞增生李斯特菌的有效手段。     

快速检测双芽巴贝斯虫LAMP方法的建立

为提高双芽巴贝斯虫(Babesia bigemina)检出率,本研究采用环介导等温扩增技术(LAMP)建立一种快速、灵敏、特异的B.bigemina检测方法。根据GenBank上公布的Babesia bigemina细胞色素b(Cytochrome b,cyt b)基因序列,设计4条特异地识别B.bigemina的cyt b基因6个特殊区域的LAMP引物,优化反应体系和条件,在Bst DNA聚合酶的作用下,65 ℃反应60 min,加入SYBR Green Ⅰ后观察。结果表明,该LAMP检测方法特异性强,与牛巴贝斯虫(Babesia bovis)等DNA不发生交叉反应;敏感性高,对B.bigemina的cyt b基因最小检测值为0.085 fg/μL,是一般PCR方法的1000倍。该方法具有简单、快速、低成本的特点,可用于B.bigemina的基层现场快速检测。     

鸡传染性贫血病毒病LAMP快速可视化检测方法的建立

为建立一种能快速检测鸡传染性贫血病毒病（CIAV）的检测方法,根据基因库中鸡传染性贫血病毒病的保守序列,设计一套特异性环介导等温扩增（LAMP）引物,建立了CIAV的LAMP可视化检测方法。该法敏感性可迭10fg,高于常规PCR方法10倍;全部反应可在1h内完成;可通过肉眼观察颜色直接判定结果;对其它鸡常见病原体的检测结果均为阴性。结果表明建立的LAMP方法简便、快速、灵敏、特异,可用于CIAV感染的快速检测。