猪源新型甲型H1N1流感病毒的分离鉴定及遗传进化特点

本研究旨在了解猪源新型甲型H1N1流感病毒山东分离株的遗传进化特点。对山东地区出现的疑似H1N1流感病死猪进行病料采样,然后进行病毒的分离鉴定,并对分离病毒株(A/swine/Shandong/07/2011)的HA、NA、PB2、PB1、PA、NP、NS和M基因进行遗传进化分析。结果显示,该株病毒8个片段的核酸序列与A/H1N1(2009)对应序列的相似性都大于99%,并且该毒株HA蛋白的裂解位点和优先识别唾液酸α-2,6受体的位点与A/H1N1(2009)也高度一致,分别为PSIQSR↓GLFGAI和190D、225D。但是,与A/H1N1(2009)毒株的HA蛋白相比,受体结合位点处出现了重要的突变(Q226R)。该研究结果为进一步研究猪源新型甲型H1N1流感病毒的分子进化提供了重要信息。     

甲型流感病毒NS1、NS2和NS3蛋白的研究进展

甲型流感病毒基因组含有8个基因节段,其中血凝素(HA)、神经氨酸酶(NA)、NP核蛋白(NP)及碱性聚合酶2(PB2)基因只能分别编码1个病毒蛋白质。而M基质蛋白(M)、碱性聚合酶1(PB1)、酸性聚合酶(PA)及NS非结构蛋白(NS)的基因均可编码2种以上的蛋白质,使得甲型流感病毒基因组编码的蛋白质种类多达17种。研究发现M基因编码M1、M2和M42 3种蛋白质;PB1基因编码PB1、PB1-F2和PB1-N40 3种蛋白质;PA基因编码PA、PA-X、PA-N155及PA-N182 4种蛋白质;NS基因则编码NS1、NS2和NS3 3种蛋白质。NS3蛋白于2012年首次报道,它是由NS3mRNA编码的1种新的流感病毒蛋白质。作者将对流感病毒NS基因编码的NS1、NS2和NS3 3种蛋白质的研究进展作简要的介绍。     

禽流感病毒H5N1亚型NS1蛋白的真核表达及其在细胞中的分布

为构建禽流感病毒(AIV) H5N1亚型非结构蛋白NS1的真核表达载体,并鉴定其在哺乳动物细胞中的表达与分布,本研究采用RT-PCR技术,从甲型流感病毒的总RNA中扩增NS1全长基因,并将其克隆于pXJ40中,构建真核表达载体pXJ40-HA-NSl.将该重组质粒转染293T细胞,通过western blot方法鉴定表达的NS1蛋白;并以免疫荧光技术观察NS1在H1299细胞中的分布与定位.Western blot结果显示NS1基因编码蛋白获得表达,免疫荧光检测显示NS1蛋白主要存在于细胞核中.本研究为NS1蛋白功能和H5N1亚型AIV致病机制的研究奠定了基础.     

宁夏地区H1N1亚型猪流感病毒基因组遗传进化分析

对宁夏地区2011年分离到的5株H1N1亚型猪流感病毒进行了基因组测定和遗传进化分析。结果显示:宁夏地区H1N1亚型猪流感病毒具有多样性,5株分离株可分为3类,其中1株为类人H1N1猪流感病毒,2株为经典猪流感病毒,另外2株为重组猪流感病毒,其PB2、PB1、PA、NP、NS基因来源于北美三元重组猪流感病毒,HA、NA、M基因来源于经典猪流感病毒;HA蛋白裂解位点附近氨基酸分析显示5株H1N1亚型猪流感分离株均为低致病性毒株;序列分析结果显示5株病毒在HA蛋白受体结合位点、抗原位点,以及NA蛋白潜在糖基化位点处氨基酸存在差异,这些差异具有分支特异性。5株病毒在NA和M2蛋白上均未出现与神经氨酸酶抑制剂和金刚烷胺耐药性相关的氨基酸变异,但其中3株病毒的PB2蛋白基因具有哺乳动物适应性变异E627K。     

流感病毒A/Brevig Mission/1918/1(H1N1)片段7和8 mRNAs的低效拼接提高NS1蛋白表达量的研究

A型流感病毒编码的2个片段(7和8)产生的mRNAs拼接后,可潜在地改变NS1蛋白和NS2蛋白及M1蛋白和蛋白M2的比例。本试验研究了A型流感病毒自然发生的序列多态性对其mRNAs拼接的影响,通过对A/Brevig Mission/1918/1(H1N1)和A/Netherlands/178/95(H3N2)及多个H5N1禽流感病毒株片段7和8mRNAs拼接效率进行比较,发现与其他毒株的片段7和8mRNAs相比,A/Brevig Mission/1918/1(H1N1)片段7和8 mRNAs拼接效率低,导致更高水平的NS1功能蛋白的产生,可能有利于A/Brevig Mission/1918/1(H1N1)的致病性。结果还显示,A/Brevig Mission/1918/1(H1N1)片段8 mRNAs对SR蛋白过表达的应答与A/Netherlands/178/95(H3N2)不同。     

抗猪甲型H1N1流感病毒血凝素蛋白单克隆抗体的制备与特性分析

本研究旨在制备猪甲型H1N1流感病毒血凝素(HA)蛋白的特异性单克隆抗体.采用RT-PCR方法扩增猪甲型H1N1流感病毒的HA基因,将其克隆至真核表达载体pCAGGS上,获得重组质粒pCAGGS-HA,转染293T细胞,通过间接免疫荧光(IFA)检测表明HA蛋白在293T细胞中得到表达.将pCAGGS-HA以100 μg·只-1剂量免疫5周龄BALB/c小鼠,获得4株稳定分泌抗HA蛋白单克隆抗体(MAb)的杂交瘤细胞株,分别命名为11G7、3C10、3G3和2B11.其中11G7诱导小鼠产生的腹水HI效价为14log2,中和效价为1:8 192,HI试验结果进一步表明11G7只与甲型H1N1流感病毒发生反应,而不与其他H1N1、H1N2、H3N2、H5N1及H9N2亚型流感病毒反应.该MAb的制备将为建立猪甲型H1N1流感病毒与传统亚型SIV的鉴别诊断方法奠定基础.     

甲型H1N1流感病毒NS1蛋白核仁定位的研究

为研究2009年甲型H1N1流感病毒的NS1蛋白的核仁定位情况,采用RT-PCR对其NS1基因进行了扩增,将其克隆至PEGX-KG载体,构建重组质粒KG-NS1,转化大肠杆菌BL21,IPTG诱导表达重组蛋白.然后采用GST柱亲和层析方法纯化NS1重组蛋白,免疫家兔来制备多抗,Western blot检测抗体.通过间接免疫荧光对表达不同长度NS1 (NS1-219、NS1-230、NS1-237)的3种重组流感病毒进行了核仁定位的研究,3种重组毒的NS1蛋白存在于细胞核和细胞质,但都不能定位于核仁,说明NS1蛋白的截短与否并不影响其核仁定位,其生物学意义有待于进一步研究.     

一株野鸟源重组禽流感(H6N1)病毒基因组分子特征分析

2017年在江苏省野生豆雁粪便中分离得到1株H6N1亚型禽流感病毒A/Anser fabalis/Jiangsu/J746/2017(H6N1)(J746)。本研究对J746进行了全基因组测序,并对其进行了遗传进化分析。遗传进化分析结果表明:与HA和NA基因同源性最高的毒株为A/wild waterfowl/Korea/F14-5/2016(H6N1),同源性为99.4%。HA基因与流行于韩国、日本和孟加拉的N1、N2、N8亚型毒株处于同一分支,NA基因与韩国野生水禽的H6、H7亚型毒株处于同一分支,PB2基因与中亚及东亚地区低致性病毒株处于同一分支,PB1基因和NP基因与流行在东南亚的低致病性毒株处于同一分支,PA基因和M基因均处于欧亚分支,但PA形成了独立的小分支,NS基因与分离于中国中南部和日本的毒株聚集在一起。氨基酸位点分析表明,神经氨酸(NA)蛋白存在H274Y突变,该突变可增强病毒对神经氨酸酶抑制剂药物的耐药性;同时在PB2蛋白中发现与增强对小鼠致病性有关的L89V突变,在NS1蛋白中发现与增强对小鼠致病性、提高复制能力和改变宿主嗜性有关的P42S、L103F、I106M、N205S突变。综上所述,J746毒株基因组构成来源复杂,是由多个国家和地区形成的一株多元重组病毒。     

重组高产H1N1亚型猪流感疫苗株的构建与鉴定

为制备一株猪流感灭活疫苗的候选毒株,本研究利用反向遗传学技术,将A/swine/Guangdong/1/11(H1N1)毒株的HA、NA基因和A/PR/8/34毒株的PB2、PB1、PA、NP、M、NS基因进行重组,成功拯救出鸡胚高度适应性毒株rH1N1。抗原性分析显示rH1N1保留了亲本毒株良好的抗原性。rH1N1接种10日龄鸡胚48 h后,血凝价达到210,表明该毒株能在鸡胚中高水平复制。该毒株为H1N1亚型猪流感灭活疫苗的研制奠定了坚实的物质基础。     

甲型H7N9流感病毒NS1蛋白真核表达载体的构建与表达

本试验旨在构建甲型H7N9流感病毒非结构蛋白（NS1）真核表达载体,并在293T细胞中表达其编码的NS1蛋白。首先提取安徽分离株甲型H7N9流感病毒（A/Anhui/3/2013(H7N9)）的总RNA,通过RT-PCR技术获得了甲型H7N9流感病毒H7N9 NS1全长基因,然后将其克隆至载体pcDNA4-Flag-HA中构建pcDNA4-Flag-HA-NS1真核重组表达载体,经酶切及测序鉴定正确后将质粒pcDNA4-Flag-HA-NS1转染到293T细胞中,通过Western blotting鉴定NS1蛋白的表达。结果表明成功克隆了NS1全长基因,构建了甲型H7N9流感病毒NS1蛋白真核表达载pcDNA4-Flag-HA-NS1,并在293T细胞中转染表达,Western blotting确定了NS1蛋白的成功表达。该表达载体的成功构建及在293T细胞中成功表达NS1蛋白,为后期开展流感病毒NS1蛋白功能及与真核细胞中的蛋白相互作用奠定了基础。     

免疫鸡群H5N1和H9N2亚型禽流感病毒混合感染及H9N2亚型病毒进化分析

本研究分析了免疫鸡群H5N1和H9N2亚型禽流感病毒混合感染中H9N2亚型分离毒株A/chicken/Yuyao/01/2010(H9N2)的基因组特征。氨基酸序列分析显示,HA蛋白裂解位点为PSRSSR/GL,具有低致病性禽流感病毒特征,HA受体结合位点出现了人流感病毒结合位点226L,D基因出现了S31N的突变。遗传分析表明,A/chicken/Yuyao/01/2010病毒的HA基因、NA基因和NS基因在进化上属于CK/BJ/94-Like谱系,D基因和PB2基因属于G1-Like谱系,NP基因、PA基因和PB1基因属于Ck/SH/F/98-Like谱系。结果表明,从H5N1和H9N2亚型混合感染鸡体内分离的H9N2亚型禽流感病毒是一株来源于CK/BJ/94-Like谱系、G1-Like谱系和Ck/SH/F/98-Like谱系的重组病毒。     

H5N1亚型禽流感病毒A/Anhui/2/2005活候选疫苗株的构建及其对鸡致病性的研究

A／Ann Arbor／6／60Ca（H2N2）冷适应疫苗供体株具有冷适应性、温度敏感性和致弱性表型。本研究利用基因工程技术体外合成A／Ann Arbor／6／60Ca（H2N2）冷适应疫苗株具有冷适应性的内部基因PB2、PB1、PA、NP、M、NS,从A／Anhui／2／2005（H5N1）毒株获得HA、NA,并对HA基因上的多个连续碱性氨基酸基序进行了缺失修饰。将上述8个基因片段分别克隆至pBD双向表达载体中测序鉴定。利用质粒反向遗传操作系统,将构建正确的8个重组pBD质粒转染Vero细胞拯救病毒。经RT—PCR和序列测定鉴定,结果表明本试验成功获得了一株H5N1亚型A／Anhui／2／2005重组病毒,将其命名为AH／AAca,救获的重组病毒具有预期的温度敏感性和冷适应性生物学特性。随后进行了AH／AAca人工感染SPF鸡的感染性和致病性试验,结果表明其对鸡既无感染性,也无致病性。AH／AAca的获得为评价其在小鼠、非人类灵长目等动物模型上的保护效力的研究打下了坚实基础,为我国预防人禽流感的流行建立了技术储备。     

Molecular characterization of low pathogenicity H7N3 avian influenza viruses isolated in Italy

The complete coding regions of the surface glycoproteins, nucleoprotein (NP), polymerase 2 (PB2), and matrix (M) of A/turkey/214845/02 and A/turkey/220158/99 (H7N3) low pathogenicity avian influenza (LPAI) viruses isolated in October 2002 in Italy were amplified and sequenced to determine the epidemiologic relationships with an A/turkey/Italy/4603/99 (H7N1/4603/99) LPAI virus isolated during the 1999-2001 epizootic in Italy. The hemagglutinin (HA) of H7N3 viruses showed 97.8% nucleotide similarity with A/turkey/Italy/4603/99 (H7N1), and NP, M, and PB2 gene similarities were 93.6%, 98.2%, and 96.2%, respectively. Phylogenetic analyses of HA, PB2, and M genes showed that H7N3 and H7N1 viruses were closely related. Sequence analysis revealed a 23 amino acid deletion in the stalk of the neuraminidase of H7N3 viruses and a unique deletion of amino acid glycine in position 17 in the NP gene of H7N1 virus.     

一株绿鹭源H9N2亚型禽流感病毒全基因组序列分析

为了解野生水禽绿鹭(Butorides striata)中分离到的1株H9N2亚型禽流感病毒(A/striated heron/Yunnan/2018)的生物学特性;对其进行全基因组序列扩增、测序、进化分析;序列分析显示:该分离株HA、NA基因位于Y280-like分支、PB2、M基因位于G1-like分支、PA、PB1、NP、NS基因位于F98-like分支,分别与H9、H7、H10等多种亚型的AIV同源性较高,该分离株不同基因片段来源较复杂。HA裂解位点氨基酸序列为333PSRSSR↓GL340,符合低致病性禽流感病毒(LPAIV)氨基酸序列特征;S145N突变增加了一个糖基化位点,提示该位点出现可能会使毒株致病性提高,免疫原性发生改变;HA受体结合位点发生Q234L突变,表现出人流感病毒受体结合特性;NA基因出现第63—65位氨基酸缺失,M1发生N30D,T215A突变,M2发生S31N的突变,PB2、PB1、NS、NP、PA关键位点未发生变化,分析结果提示当前分离株已出现耐药性、致病性增强的变化。本研究表明该分离株呈现遗传演化的多样性及基因重组的复杂性,因此加强对野生水禽类禽流感病毒的监测和研究具有重要的公共卫生意义。     

一株鸡源H6N1亚型禽流感病毒全基因的分子特征

2008年国家禽流感参考实验室在我国禽流感流行病学调查期间分离到1株鸡源H6N1亚型禽流感病毒(AIV)A/Chicken/ZheJiang/80/2008(H6N1)(简称为CK/ZJ/80/08),为了弄清该病毒的分子特征,我们对其8个基因片段分别进行扩增和序列测定,对每个基因进行BLAST分析,找出同源性最高的毒株。利用DNAStar中的Megalign功能进行进化分析。结果表明CK/ZJ/80/08的HA裂解位点附近的氨基酸序列为QIETR↓GLF,推测可能为一株低致病力AIV。其HA基因与日本北海道的A/duck/Hokkaido/228/2003(H6N8)和黑龙江的A/mallard/Heilongjiang/131/2006(H6N2)以及香港早期分离株A/chicken/HongKong/17/77(H6N1)等处于同一分支;NA基因在颈部没有缺失,与A/duck/Tsukuba/718/2005(H1N1)、A/goose/Guangdong/1/96(H5N1)等处于同一分支;M基因与A/duck/Hokkaido/W90/2007(H10N7)高度同源(同源性为99%);NS基因与A/duck/Denmark/65047/04(H5N2)和A/goose/Guangdong/1/96(H5N1)处于同一分支。NP、PA、PB1、PB2分别与贵州和江西分离的H5N2亚型AIV的相应基因关系密切,同源性分别为98%、97%、97%、97%。由此推测CK/ZJ/80/08可能是由H6N2、H1N1、H10N7、H5N2等多个亚型病毒重组而成。     

猪流感病毒蛋白研究进展

猪流感（swine influenza,SI）是由猪流感病毒（swine influenza virus,SIV）引起的猪的一种传染病,其在世界各地的广泛存在和流行,给养猪业带来了巨大的经济损失。猪流感病毒属于正黏病毒科A型流感病毒属,作者就猪流感病毒蛋白,包括血凝素（HA）、神经氨酸酶（NA）、核蛋白（NP）、基质蛋白（M）、聚合酶蛋白（PA、PB1和PB2）和非结构蛋白（NS）进行简要概述,以期为猪流感病毒的致病机制、诊断、分子流行病学等方面的研究提供参考。     

H9N2亚型禽流感病毒反向遗传操作平台的建立

H9N2亚型禽流感病毒(AIV)在自然界中广泛存在和传播,给养禽业造成了巨大损失。为了进一步揭示该病毒的致病机制,本研究采用RT-PCR技术扩增禽流感病毒A/Chicken/Shanghai/1/2006(简称SH1)的PB2、PB1、PA、HA、NP、NA、M、NS 8个基因片段,并分别克隆至PLLB双向表达载体上。采用8质粒系统共转染293T细胞,转染48 h后加入TPCK胰酶作用2 h,将上清液和细胞一同接种9~11日龄SPF鸡胚,并检测其血凝效价。经序列比对,拯救获得的病毒rSH1的8个基因片段序列均与亲本病毒SH1的序列相同。实验结果表明,本研究成功建立了H9N2亚型禽流感病毒反向遗传操作系统,为该病毒的致病机理和传播机制研究等奠定了技术平台。     

免疫鸡群中分离的H9N2亚型禽流感病毒的分子特征研究

为研究浙江省禽流感病毒(AIV)的流行病学情况,本实验应用鸡胚传代方法从AIV疫苗免疫鸡群中表现典型呼吸症状的产蛋鸡体内分离1株H9N2亚型AIV A/Chicken/Jiande/01/2009(H9N2)。氨基酸序列分析显示,HA受体结合位点出现了人流感病毒结合位点226L,M基因出现S31N的突变。遗传进化分析显示,A/Chicken/Jiande/01/2009的M基因和PB2基因属于G1-Like谱系,HA基因、NA基因和NS基因属于Ck/BJ/1/94-Like分支,而NP基因、PA基因和PB1基因属于Ck/SH/F/98-Like谱系。这些资料表明,A/Chicken/Jiande/01/2009(H9N2)为一株重排病毒。     

A 16 kb naturally occurring genomic deletion including mce and PPE genes in Mycobacterium avium subspecies paratuberculosis isolates from goats with Johne's disease

In October and November 2010, novel H1N2 reassortant influenza viruses were identified from pigs showing mild respiratory signs that included cough and depression. Sequence and phylogenetic analysis showed that the novel H1N2 reassortants possesses HA and NA genes derived from recent H1N2 swine isolates similar to those isolated from Midwest. Compared to the majority of reported reassortants, both viruses preserved human-like host restrictive and putative antigenic sites in their HA and NA genes. The four internal genes, PB2, PB1, PA, and NS were similar to the contemporary swine triple reassortant viruses' internal genes (TRIG). Interestingly, NP and M genes of the novel reassortants were derived from the 2009 pandemic H1N1. The NP and M proteins of the two isolates demonstrated one (E16G) and four (G34A, D53E, I109T, and V313I) amino acid changes in the M2 and NP proteins, respectively. Similar amino acid changes were also noticed upon incorporation of the 2009 pandemic H1N1 NP in other reassortant viruses reported in the U.S. Thus the role of those amino acids in relation to host adaptation need to be further investigated. The reassortments of pandemic H1N1 with swine influenza viruses and the potential of interspecies transmission of these reassortants from swine to other species including human indicate the importance of systematic surveillance of swine population to determine the origin, the prevalence of similar reassortants in the U.S. and their impact on both swine production and public health.