禽流感病毒分离株A/Goose/Guangdong/1/96(H5N1)全基因克隆及序列分析

本研究用无特定病原体（ＳＰＦ）鸡胚增殖禽流感病毒鹅体分离株Ａ／Ｇｏｏｓｅ／Ｇｕａｎｇｄｏｎｇ／１／９６（Ｈ５Ｎ１）（ＧＤ１／９６）,提取病毒基因组总ＲＮＡ,运用反转录－聚合酶链反应（ＲＴ－ＰＣＲ）技术分别扩增该病毒分离株的８个基因片段的ｃＤＮＡ,分别克隆后进行序列测定。序列分析结果表明,所扩增到的８个片段均包含相应的病毒基因的完整开放阅读框架。ＧＤ１／９６株与１９９７年香港禽流感事件中的４株香港流感病毒分离株（分别来自人、鸡、鸭和鹅）的ＨＡ基因的高度同源性说明它们可能起源于同一种系,但ＮＳ基因的差异说明它们分属于不同的基因群系。ＧＤ１／９６株与香港流感病毒分离株的核苷酸和推导的氨基酸序列的同源性较低（６３．９％￣９８．１％）,而香港流感病毒分离株之间的核苷酸和氨基酸序列的同源性很高（９６．５％￣１００％）,且香     

禽流感病毒分离株A/Chicken/Xinjiang/1/96(H14N5)NP基因序列分析

对ＲＴＰＣＲ扩增的禽流感病毒Ａ／Ｃｈｉｃｋｅｎ／Ｘｉｎｊｉａｎｇ／１／９６（Ｈ１４Ｎ５）分离株核蛋白基因进行了序列分析。结果表明：所克隆的基因包含了全部核蛋白阅读框架,编码区为１４９４个核苷酸。比较性研究表明,该毒株与Ａ／Ｍａｌａｒｄ／Ａｓｔｒａｋｈａｎ（Ｇｕｒｊｅｖ）／２６３／８２（Ｈ１４Ｎ５）有很高的同源性,而与人流感病毒株有较大,显示出明显的禽流感病毒特征。     

禽流感A／鸡／北京／1／96（H9N2）株核蛋白基因克隆和序列分析

本研究采用ＰＴ－ＰＣＲ法从禽流感Ａ／鸡／北京／１／９６（Ｈ９Ｎ２）株克隆了核蛋白（ＮＰ）基因。ＮＰ基因全长１４９７ｂｐ,编码４９８个氨基酸。将其序列与数株Ａ型流感病毒ＮＰ序列进行比较,相互间同源性在９６．６％～９５．４％。这一结果为研究核酸探针和其它方法诊断禽流感奠定了基础     

禽流感病毒分离株A／Chicken／Xinjiang／1／96（H14N5）NP基因序列 …

对ＲＴ－ＰＣＲ扩增的禽流感病毒Ａ／Ｃｈｉｃｋｅｎ／Ｘｉｎｊｉａｎｇ／１／９６（Ｈ１４Ｎ５）分离株核蛋白基因进行了序列分析。结果表明：所克隆的基因包含了全部核蛋白阅读框架,编码区为１４９４个核革酸,比较性研究表明,该毒株与Ａ／Ｍａｌｌａｒｄ／Ａｓｔｒａｋｎａｈ（Ｇｕｒｊｅｖ）／２６３／８２（Ｈ１４Ｎ５）有很高的同源性,而与人流感病毒株有较大,显示出明显的禽流感病毒特征。     

禽流感病毒分离株A／Chicken／Wangcheng／4／2001（H9N2）核蛋白基因（NP）的克隆和序列分析

用无特定病原体(SPF)鸡胚增殖禽流感鸡体分离株A／Chicken／Wangcheng／4／2001(H9N2)(WC2001)，提取病毒总RNA。根据已发表的A型流感病毒株NP基因序列，设计—对引物，运用反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增该病毒分离株的NP基因，克隆后进行序列测定。序列分析表明，扩增的NP基因为相应的开放阅读框架。WC2001株NP基因序列与数株A型流感病毒NP序列进行比较，相互间同源性在80％左右，其中与A／Duck／Hong Kong／Y280／97(H9N2)有很高的同源性，而与人流感病毒株和猪流感病毒株差异较大，显示禽流感病毒特征。     

禽流感病毒核蛋白基因在重组杆状病毒中的表达

利用ＲＴ－ＰＣＲ方法成功地扩增了我国禽流感病毒分离株Ａ／Ｘｉｎｇｊｉａｎｇ／１／９６（Ｈ１４Ｎ５）的核蛋白（ＮＰ）基因,其限制性内切酶图谱和核苷酸序列与鸭源的标准Ｈ１４Ｎ５毒株几乎完全一致,与其它毒株则有较大差异,说明该鸡源分离株与鸭源毒株有非常近的亲缘关系。将ＮＰ基因定向克隆到杆状病毒转移载体ｐＶＬ１３９３中,再与杆状病毒线性ＤＮＡ（ＢＡＣ－Ｎ－ＢｌｕｅＤＮＡ）共转染于Ｓｆ９昆虫细胞中,经过三次蚀斑筛选,获得重组病毒ｒＢ２。用其细胞表达产物裂解后作ＳＤＳ－ＰＡＧＥ蛋白电泳、Ｗｅｓｔｅｒｎ－ｂｌｏｔ和ｄｏｔ－ＥＬＩＳＡ,结果表明ＮＰ基因在杆状病毒系统中获得了表达。同时用表达产物作琼脂扩散试验,结果表明表达产物与现行标准禽流感琼扩抗原具有相同的生物学活性。     

禽流感病毒核蛋白基因探针制备

中国农业大学动物医学院吴清民、高齐瑜等将禽流感病毒Ｈ９Ｎ２亚型毒株核蛋白（ＮＰ）基因３’端较为保守的，约３５０ ｂｐ的编编序列通过限制性内切酶ＨａｅⅢ切割、分离后，用随机引物法制备 Ｄｌｇｏｘｉｇｅｎｉｎ　－１１－ｄｕＴＰ标记探针。测定该探针的浓度为１００μｇ／ｍＬ。特异性试验发现该探针只能与实验室构建的、含有ＮＰ基因的重组载体ＰＧＥＭ－ＴＥ－ＮＰ和ｐＢａｃＰＡｋ－ＮＰ以及Ａ到流感病毒Ｈ９Ｎ９型、Ｎ３Ｎ２亚型以及Ｈ９Ｎ３亚型毒株基因组ＲＮＡ结合出现特异性的颜色反应，而与实验室常用的载休ｐＧＥＭ－Ｔ…     

禽流感病毒核蛋白基因探针制备及其初步应用

将禽流感病毒Ｈ９Ｎ２ 亚型毒株核蛋白（ＮＰ）基因３′端较为保守的、约３５０ｂｐ 的编码序列通过限制性内切酶ＨａｅⅢ切割、分离后,用随机引物法制备Ｄｉｇｏｘｉｇｅｎｉｎ１１ｄＵＴＰ标记探针。测定该探针的浓度为１００μｇ／ｍ ｌ。特异性试验发现该探针只能与实验室构建的、含有ＮＰ基因的重组载体ｐＧＥＭＴＥＮＰ和ｐＢａｃＰＡＫＮＰ以及Ａ 型流感病毒Ｈ９Ｎ２亚型、Ｈ３Ｎ２ 亚型以及Ｈ９Ｎ３ 亚型毒株基因组ＲＮＡ 结合出现特异性的颜色反应,而与实验室常用的载体ｐＧＥＭＴ ｅａｓｙ、ｐＢａｃＰＡＫＨｉｓ ３、ｐＴＡＲＧＥＴ 和ｐＧＥＭＥＸ２ 以及新城疫病毒、传染性支气管炎病毒和传染性喉气管炎病毒基因组不发生反应。应用该探针检测含ＮＰ基因的重组载体和重组病毒证明该探针是有效的,可用于含禽流感病毒样品或材料的检测。     

RT-PCR快速诊断禽流感

根据禽流感病毒ＮＰ基因的序列分析结果,设计了一对ＮＰ基因特异的引物。采用该对引物,不经病毒分离,直接从禽流感病毒感染鸡的气管、泄殖腔棉拭子和组织样品中提取核酸, ＲＴ～ＰＣＲ可以扩增出 ３２６ｂｐ的 ＮＰ基因片段。采用该技术对１４个亚型禽流感病毒标准参考株,４个亚型１２株国内分离野毒株,ＲＴ－ＰＣＲ检测的结果都呈阳性;对新城疫病毒、传染性法氏囊病毒、传染性支气管炎病毒、传染性喉气管炎病毒以及减蛋综合症病毒,ＲＴ－ＰＣＲ扩增结果都呈阴性。禽流感病毒 Ａ／Ｇｏｏｓｅ／Ｇｕａｎｇｄｏｎｇ（Ｈ５Ｎ１）和 Ａ／Ａｆｒｉｃａｎ　Ｓｔａｒｌｉｎｇ／Ｅｎｇｌａｎｄ（Ｈ７Ｎ１）实验感染鸡样品 ＲＴ－ＰＣＲ检测与鸡胚病毒分离阳性率分别为３４／４２、３２／４２; ２４／５５、２４／５５, 二者符合率大于９５％。 ＲＴ－ＰＣＲ最少可检测到１０ｐｇ的病毒核酸。对山东某地发病鸡场样品进行ＲＴ－ＰＣＲ检测,只用６个小时就可得出准确的诊断结果,证明ＲＴ－ＰＣＲ检测方法敏感特异,可用于禽流感的快速诊断。     

H14亚型禽流感病毒核蛋白基因的扩增与克隆

本研究直接从浓缩的鸡胚尿囊液中提取Ｈ１４禽流感病毒的ＲＮＡ,并根据已发表的Ａ型流感病毒株的核苷酸序列,设计一对引物,采用反转录－聚合酶链反应（ＲＴ－ＰＣＲ）技术成功地扩增了ＡＩＶ的核蛋白（ＮＰ）基因,以ｐＵＣ１１９为载体,以大肠杆菌ＪＭ８３为受体菌,并通过限制性分析证实,成功地克隆了该ＮＰ基因     

H9N2亚型禽流感病毒陕西分离株的鉴定及HA、NP、NA全序列测定

从陕西地区疑似流感发病鸡分离到4株流感病毒,经国家流感中心鉴定均为A型流感病毒H9N2亚型。将其中1株A/Chicken/Shaanxi/3/2002(H9N2)的血凝素基因核蛋白基因和神经氨酸酶基因进行克隆和测序,与GenBank收录的其它流感H9N2亚型的相关基因进行比较,结果表明,A/Chicken/Shaanxi/3/2002(H9N2)的NA序列与A/Chicken/Shanghai/F/98(H9N2)的NA序列同源性较高,为98.9%,但其HA序列与香港人流感病毒A/HongKong/1073/99、A/HongKong/1074/99(H9N2)的HA序列同源性较低,为85.9%。另外,氨基酸进化树分析结果显示,A/Chicken/Shaanxi/3/2002(H9N2)与A/chicken/HongKong/CSW153/03(H9N2)的亲缘关系最近,两者形成独立的分支。     

一株绿鹭源H9N2亚型禽流感病毒全基因组序列分析

为了解野生水禽绿鹭(Butorides striata)中分离到的1株H9N2亚型禽流感病毒(A/striated heron/Yunnan/2018)的生物学特性;对其进行全基因组序列扩增、测序、进化分析;序列分析显示:该分离株HA、NA基因位于Y280-like分支、PB2、M基因位于G1-like分支、PA、PB1、NP、NS基因位于F98-like分支,分别与H9、H7、H10等多种亚型的AIV同源性较高,该分离株不同基因片段来源较复杂。HA裂解位点氨基酸序列为333PSRSSR↓GL340,符合低致病性禽流感病毒(LPAIV)氨基酸序列特征;S145N突变增加了一个糖基化位点,提示该位点出现可能会使毒株致病性提高,免疫原性发生改变;HA受体结合位点发生Q234L突变,表现出人流感病毒受体结合特性;NA基因出现第63—65位氨基酸缺失,M1发生N30D,T215A突变,M2发生S31N的突变,PB2、PB1、NS、NP、PA关键位点未发生变化,分析结果提示当前分离株已出现耐药性、致病性增强的变化。本研究表明该分离株呈现遗传演化的多样性及基因重组的复杂性,因此加强对野生水禽类禽流感病毒的监测和研究具有重要的公共卫生意义。     

禽流感病毒A/Ostrich/Denmark/72420/96(LPAI-H5N2)株HA全基因克隆与序列分析

为进一步分析禽流感病毒(AIV)H5N2分离株血凝素(HA)基因的特性,参照已发表H5亚型禽流感HA基因序列设计了1对引物,采用RT-PCR技术,以禽流感病毒A/Ostrich/Denmark/72420/96(D96)RNA为模板,扩增了HA全基因并进行核苷酸同源性比较,氨基酸编码分析,绘制系统发育进化树。结果表明,扩增片段长1737个核苷酸,包含了完整的HA基因的开放阅读框架,与Genbank已发表的H5N1和H5N2分离株的HA基因序列比较,发现与国内H5N1分离株同源性较低,只有80%左右,而与H5N2各株序列具有很高的同源性,最高达97.5%,印证了AIV基因组8个片段间频繁的重组及AIV高变异性的特点。推导的氨基酸序列分析表明,HA蛋白裂解位点上游丢失了4个连续碱性氨基酸(R-R-R-K),裂解位点处氨基酸序列为E-T-R,仅包含一个碱性氨基酸(R-)残基,符合低致病性毒株的特征,证明为低致病性毒株。其HA推导后氨基酸序列与H5N1AIV的同源性接近90%,以其研究的疫苗,可以有效抵御我国流行的H5亚型AIV病毒的感染,同时因为是弱毒株,以其研制的疫苗具有更好的安全性,也更符合公共卫生学的要求。     

免疫鸡群中分离的H9N2亚型禽流感病毒的分子特征研究

为研究浙江省禽流感病毒(AIV)的流行病学情况,本实验应用鸡胚传代方法从AIV疫苗免疫鸡群中表现典型呼吸症状的产蛋鸡体内分离1株H9N2亚型AIV A/Chicken/Jiande/01/2009(H9N2)。氨基酸序列分析显示,HA受体结合位点出现了人流感病毒结合位点226L,M基因出现S31N的突变。遗传进化分析显示,A/Chicken/Jiande/01/2009的M基因和PB2基因属于G1-Like谱系,HA基因、NA基因和NS基因属于Ck/BJ/1/94-Like分支,而NP基因、PA基因和PB1基因属于Ck/SH/F/98-Like谱系。这些资料表明,A/Chicken/Jiande/01/2009(H9N2)为一株重排病毒。     

禽流感病毒A/Chicken/Yangzhou/N/2005(H9N2)HA基因的克隆及序列分析

根据GenBank公开发表的H9N2型禽流感病毒血凝素(HA)基因序列设计1对引物,用RT-PCR方法成功扩增出H9N2型禽流感病毒分离株A/Chicken/Yangzhou/N/2005(H9N2)HA基因,凝胶电泳结果显示,扩增产物为1.7 kb的单一条带,与预期结果相符.将PCR扩增片段连接到pCR2.1-T载体上,重组质粒酶切鉴定正确.序列测定分析结果显示,所获序列与GenBank中收录的H9N2亚型分离株核苷酸同源性最高达99%,与原型毒株A/Furkey/Wisconsin/1/1966(H9N2)氨基酸同源性为89%.对HA裂解位点附近的氨基酸序列分析表明,此毒株为低致病力毒株.     

一株H9N2亚型禽流感病毒全基因组分析

为了研究H9N2亚型AIV A/Chicken/Guangdong/333/2008的全基因组序列变异情况,试验利用RT-PCR方法扩增出该病毒的8个基因序列,并应用DNAStar和MEGA4.0软件分析所得基因序列。结果表明:该病毒HA基因的第226位氨基酸由Q(Gln)变为了L(Leu),其NP基因与Viet Nam/1203/2004(H5N1)的NP基因同源率最高。说明该病毒已具备了感染哺乳动物的分子特征,并可能在遗传演化过程中突变为高致病性的禽流感病毒(AIV)。     

福建省鸭禽流感病毒分离株（A/Duck/Fujian/FQ107/2007〔H9N2〕）全基因测序及遗传进化分析

为了解一株可引起产蛋鸭产蛋异常的H9N2亚型禽流感病毒A/Duck/Fujian/FQ107/2007（H9N2）（以下简称Dk/FQ107/07）分离株的分子特性及其遗传进化地位,运用RT-PCR方法对其基因组进行扩增,克隆至pMD18-T载体后测序。结果显示,Dk/FQ107/07病毒株的血凝素（haemagglutini,HA）蛋白裂解位点的氨基酸组成为-PARSSR↓GLF-,其静脉接种指数（intravenous pathogenicity index,IVPI）为0.04,符合低致病性禽流感病毒特征;Dk/FQ107/07株HA基因与A/chicken/Shantou/5269/2005（H9N2）同源性最高,为98.9%,和我国首次哺乳动物流感病毒分离株A/Swine/HongKong/9/98（H9N2）有较近的遗传进化关系,三者均属于经典的H9N2/Y280群系;神经氨酸酶（neuraminidase,NA）基因与中国大陆首次分离株A/chicken/Beijing/1/1994（H9N2）相比,在63、64、65位点上缺失3个氨基酸（T、E、I）;核蛋白（nucleoprotein,NP）基因与高致病性鸭源禽流感分离株A/Duck/Fujian/1734/05（H5N1）和A/Duck/Fujian/9713/2005（H5N1）在同一遗传进化分支上,而从聚合酶（polymerase PA,PA）基因的遗传进化分析发现其基因属于H9N2/Y439群系。由此可见,Dk/FQ107/07可能是由不同禽流感病毒基因亚群间发生自然重排的产物。     

H7N2禽流感病毒CK/HB/1/02株NA全基因序列分析

采用RT-PCR扩增了国内H7N2禽流感病毒(AIV)CK/HB/1/02分离株的完整神经氨酸酶(NA)基因节段,测定了其核苷酸序列,并与GenBank中AIV NA基因序列进行了同源性比较和氨基酸编码分析,绘制了NA基因的系统发育进化树。结果表明,AIVCK/HB/1/02分离株NA基因的完整序列长度为1467bp,包括5′-末端和3′-末端的非编码区,其最大阅读框(ORF)编码469个氨基酸,第61~65位氨基酸序列为-NITGI-,不同于国内H9N2AIV的特殊遗传标记。该病毒NA基因的核苷酸序列与GenBank中人类流感病毒A/Leningrad/134/57(H2N2)的NA基因同源性最高,为93.3%;其次为香港的鸭源、人源、猪源H3N2病毒(89%~93%);而与我国北京、广东、香港和韩国的H9N2AIV以及美国的H7N2AIV的同源性较低(85%~88%)。在N2基因系统发育进化树中,CK/HB/1/02分离株处于欧亚分支内,与H2N2人流感病毒的亲缘关系较近;与北美H7N2AIV处在不同分支,遗传距离较远。