一株鸡源H9N2亚型禽流感病毒的致病性及其HA基因遗传进化分析

为了解H9N2亚型禽流感病毒在新疆蛋鸡养殖场的致病性及遗传进化特点,对一株分离自蛋鸡的禽流感病毒A/Chicken/Xinjiang/01/2010(H9N2)进行了致病性及遗传进化分析。结果显示,分离株的MDT为92h,ICPI指数为1.125,IVPI指数为0.14,HA裂解位点处氨基酸序列为335 RSSRGLF342,这些特征均证实该分离株为低致病性AIV。HA基因遗传进化分析表明,该分离株在系统进化树上与A/swine/XJWLMQ/7/09(H9N2)及3株野生鸟类新疆分离株的亲缘关系最为接近,该分离株HA基因属于欧亚谱系的A/chicken/Beijing/94(H9N2)和A/chicken/Hongkong/G9/97(H9N2)的一个分支。     

H4亚型家养水禽流感病毒分离株的表面膜蛋白基因的序列测定和遗传进化分析

采用常规的血清学试验和特异性RT-PCR方法对华东地区家养水禽中流感病毒的带毒状况进行4年多的监测，分离鉴定出多株H4亚型禽流感病毒。对其中的A／Duck／Yangzhou／216／2002（简称Dk／YZ／216／02）、A／Duck／Yangzhou／526／2003（简称Dk／YZ／526／03）、A／Duck／Yangzhou／36／2004（简称Dk／YZ／36／04）的血凝素基因和Dk／YZ／526／03、Dk／YZ／36／04的神经氨酸酶基因进行了克隆测序，并与GenBank中收录的其它序列进行了比较，遗传进化结果表明Dk／YZ／216／02的血凝素基因（HA）与毒株Tk／Minnesota／833／80（H4N2）同源性最高，而Dk／YZ／526／03和Dk／YZ／36／04的血凝素基因（HA）均与Budgerigar／Hokkaido／1／77（H4N6）同源性最高；而神经氨酸酶基因（NA）遗传进化分析结果表明Dk／YZ／36／04（H4N6）的NA基因与毒株Pigeon／Nanchang／8-142／2000（H3N6）同源性最高，而Dk／YZ／526／03（H4N2）的NA基因与Dk／Hokkaido／13／00（H9N2）同源性最高，3株禽流感病毒的HA推导的氨基酸剪切位点序列均为P-E-K-A-S-R，为典型低致病性禽流感病毒的特征序列，与对SPF鸡的致病力试验相吻合。     

一株鸭源H3N6亚型禽流感病毒遗传进化分析

从活禽交易市场健康鸭体内分离到一株H3N6亚型禽流感病毒,命名为A/Duck/Guangdong/E9/2012(H3N6),这是该亚型禽流感病毒在我国广东地区的首次分离报道.为分析其遗传进化特征,对该病毒全基因组序列进行了测定,进行了遗传进化分析.结果显示,其HA裂解位点附近的氨基酸序列为PEKQTR↓ GLF,只含有1个碱性氨基酸,符合低致病性禽流感病毒的HA裂解位点氨基酸序列的分子特征;其HA基因与2011年蒙古国分离的鸭源A/Duck/Mongolia/OIE-7457/2011(H3N5)禽流感病毒的HA基因同源性最高,其NA基因与2011年蒙古国分离的鸭源A/Duck/Mongolia/OIE-7438/2011(H4N6)禽流感病毒的NA基因同源性最高.全基因组分子遗传进化分析结果显示,其8个基因均属于欧亚谱系的禽源进化分支.     

湖北地区鸡源H9N2亚型禽流感病毒的分离鉴定及遗传进化分析

为了分离鉴定病鸡排泄物中的禽流感病毒,并分析其遗传背景,通过鸡胚接种试验区和病毒特异性抗体中和试验区,从病鸡排泄物中分离鉴定出2株禽流感病毒,分别命名为A/chicken/Jinmen/JM0305/2017(JM0305)和A/chicken/Daye/DY0602/2017(DY0602)。利用禽流感病毒亚型特异性抗体中和试验区和基因测序分析等方法对2株禽流感病毒进行亚型鉴定。结果表明,2株禽流感病毒均属于H9N2亚型。为了解这2株H9N2亚型禽流感病毒的生物学特性,对其全基因组进行了分析以及毒力测定。结果显示,将2株毒株感染雏鸡后,未产生明显的禽流感临床症状,2株H9亚型禽流感病毒的MDT值分别为72.0h和91.2h,HA裂解位点处的氨基酸序列均为-PSRSSR/GL-,表明2株禽流感病毒均属于低致病性禽流感。遗传进化分析表明2株病毒的HA基因均在H9亚型分支上,NA基因均在N2亚型的分支上;通过进化树分析表明2株病毒属于以A/chicken/Beijing/1/94(H9N2)为代表的欧亚谱系。该结果为进一步研究鸡源H9N2亚型禽流感病毒分子进化奠定了基础。     

多重基因重组型HH9N2亚型AIV福建分离株全基因组的分子特征

为从分子水平上了解福建省活禽市场H9N2亚型禽流感病毒的遗传演化情况及其与其他亚型禽流感病毒之间的遗传进化关系,对2015年分离自福州市某活禽市场的一株鸡源H9N2亚型禽流感病毒A/chicken/Fujian/05/2015(H9N2)进行了全基因组扩增、克隆、测序,并对所获得的全序列与参考株进行了8个基因片段的同源性比较和遗传进化分析。结果显示:该分离株的HA基因与鸡源病毒A/chicken/Zhejiang/SIC40/2015(H9N2)的核苷酸同源性最高,裂解位点处氨基酸序列为-PSRSSR↓GLF-,符合低致病性裂解位点序列特征,其226位氨基酸为L,具有与哺乳动物唾液酸α,2~6受体结合的特性;NA基因颈部63、64和65位点氨基酸有缺失,与鸡源病毒A/chicken/Zhejiang/SIC32/2014(H9N2)的核苷酸同源性最高;M2基因的31位氨基酸为N,表明该病毒已经对金刚烷胺类药物产生耐药性;分离株的基因组由3个亚系的基因重组产生,其中HA和NA基因来源于BJ/94亚系,PB2和M基因来源于G1亚系,PB1、PA、NP和NS基因来源于F98亚系;该分离株的6个内部基因PB2、PB1、PA、NP、M、NS与H7N9、H10N8、H5N6亚型禽流感病毒的内部基因存在复杂的交叉重组现象。因此需加强对H9N2亚型禽流感病毒的流行病学监测。     

禽流感病毒H9N2河北分离株HA和NA基因的遗传进化分析

为了从分子水平上研究禽流感病毒H9N2河北分离株及其与经典H9N2参考毒株基因的相应序列的同源性和遗传进化关系,试验选用2008年分离自河北省张家口市某鸡场的蛋鸡H9N2,采用RT-PCR分别扩增分离株HA和NA基因片段cDNA,并对所得序列进行同源性比较和遗传进化分析。结果表明:与经典参考毒株A/Duck/HongKong/G1/97、A/Duck/HongKong/Y439/97、A/Duck/HongKong/Y280/97和A/Chicken/Beijing/1/94之间核苷酸、氨基酸同源性分别为89.7%～97.2%、88.5%～96%和91.0%～95.8%、89.8%～96.0%。禽流感病毒H9N2河北分离株属于欧亚谱系中的类Y280-like分支,与中国最早的分离株A/Chicken/Beijing/1/94相距较远。说明禽流感病毒H9亚型随着流行时间而发生了遗传分化。     

一株鸭源H1N6亚型禽流感病毒的分离鉴定及HA和NA基因序列分析

为了解禽流感病毒（AIV）在广西中越边境地区的流行情况，本研究在该地区活禽市场开展禽流感病原监测。监测过程中分离鉴定出1株H1N6亚型禽流感病毒，命名为A/Duck/Guangxi/F01/2016（H1N6），对其HA和NA基因进行序列测定，并与GenBank中下载的相关参考序列进行比对和遗传进化分析。结果显示，分离株HA基因与A/sparrow/Guangxi/GXs-1/2012（H1N2）的核苷酸同源性最高（96.9%），NA基因与A/Pavo cristatus/Jiangxi/JA1/2016（H5N6）的核苷酸同源性最高（98.2%）。HA基因裂解位点氨基酸序列为PSIQSR↓GLF，符合低致病性禽流感病毒分子特征；与部分N6亚型禽流感病毒一样，分离株NA基因有11个氨基酸缺失。此外，本研究还对分离毒株的受体亲和性进行了测定，结果显示该病毒优先结合唾液酸α-2，3-Gal受体。本研究结果表明A/Duck/Guangxi/F01/2016（H1N6）是一株重组低致病性禽流感病毒。     

H9N2亚型禽流感病毒血凝素和神经氨酸酶基因的遗传分析

H9N2亚型禽流感病毒自1994年在中国首次发现以来,一直在家禽中流行,其导致的产蛋下降和发病死亡给养禽业发展带来严重危害。以前的研究发现中国的H9N2亚型禽流感病毒在进化过程中形成多个基因型,其表面抗原蛋白血凝素基因(HA)可被划分为以A/chicken/Beijing/1/94、A/quail/Hong Kong/G1/97(G1)和A/chicken/Heilongjiang/35/01等为代表的3个亚群,神经氨酸酶基因(NA)可被划分为以A/chicken/Beijing/1/94、A/quail/Hong Kong/G1/97(G1)和A/chicken/Hong Kong/G9/97(G9)等为代表的3个亚群。其中类G1病毒的HA基因只在香港分离株中出现。本研究对我国2003年～2004年从禽类中分离的H9N2亚型禽流感病毒血凝素(HA)和神经氨酸酶(NA)基因进行测定和遗传演化分析,结果表明其中11株病毒的HA基因属于CK/BJ/1/94群系,NA基因属于CK/BJ/1/94或DK/HK/G9/97群系,并首次发现两株病毒含有类G1病毒HA和NA基因,而且这些类G1病毒具有不同的抗原性以及人流感病毒的受体结合位点。本研究结果提示应对H9N2病毒的防治及其公共卫生意义予以高度重视。     

1株重组的H5N2亚型禽流感病毒全基因组序列分析

本研究对1株H5N2亚型禽流感病毒(CK/GD02/14)进行全基因测序及遗传进化分析,结果显示,该病毒HA蛋白裂解位点含有多个连续的碱性氨基酸(321PQIEGRRRKR*GLF333),为高致病性禽流感病毒特征。遗传进化分析结果显示,CK/GD02/14与A/chicken/Jiangsu/1001/2013(H5N2)各基因片段都有较高的同源性(97.6%~98.9%)。HA基因位于H5N1亚型遗传进化树的7.2分支,NA基因属于H9N2亚型遗传进化树的BJ/1/94-like分支。其内部基因与1株H9N2亚型病毒的内部基因有较高的同源性,但其M基因属于类H5N1病毒分支,表明该H5N2亚型禽流感病毒为H9N2和H5N1亚型禽流感病毒的重组毒株。结果表明,CK/GD02/14与A/chicken/Jiangsu/1001/2013(H5N2)为同源毒株,可能由江苏传到广东地区。     

5株H9N2禽流感病毒HA和NA基因遗传演化分析

为了解2014年上海地区鸡群中5株H9N2亚型禽流感病毒HA和NA基因的遗传变异特征,以及与疫苗株A/Chicken/Shandong/6/1996和A/Chicken/Shanghai/F/1998之间的遗传距离与血凝特性,对HA和NA进行了测序,结合Gen Bank中的相关序列进行遗传进化分析。结果表明:5株H9N2亚型毒株的HA蛋白裂解位点的氨基酸组成为RSSRGLF,符合低致病性禽流感病毒特征,5株毒株均属于经典的H9N2 Ck/Bei群系;其NA基因均属于Y280系;这5株病毒的HA1基因与疫苗株A/Chicken/Shandong/6/1996和A/Chicken/Shanghai/F/1998之间的遗传距离均大于7%。此外这5株病毒与以往上海地区分离的H9N2病毒的HA和NA基因同源性,以及HA基因上的关键位点,均存在一定的变化。F3代的HA基因与F1代相比较,均存在糖基化位点的缺失。由此可见,H9N2亚型禽流感病毒毒株在不断变异,而且现有疫苗对分离株的保护性需要进一步的研究,HA上糖基化位点的变化会引起宿主特异性的改变。     

福建省H9N2亚型禽流感病毒HA和NA基因的进化分析

为进一步了解福建省H9N2亚型禽流感病毒的基因遗传进化关系,本研究将福建省2011年分离的毒株FZ-04、FZ-11与GenBank上登录的2000～2011年福建省分离的H9N2毒株及国内外典型代表株进行HA、NA基因的序列比对和遗传进化分析。结果表明,分离株FZ-04和FZ-11的HA基因与CK/FJ/G9/09株核苷酸同源性最高,属于国内常见的CK/BJ/1/94亚系。HA裂解位点处的氨基酸序列为-PSRSSR/GL-,符合低致病性禽流感病毒的分子特征。NA基因在遗传进化关系上呈现独立的分支,与CK/FJ/10954/05毒株核苷酸序列同源性最高,属于CK/HK/G9/97亚系,且NA基因推导的469个氨基酸序列中没有缺失。同时,从HA和NA基因的遗传进化树上可知,2000～2011年福建省H9N2禽流感病毒进化相对比较稳定,可能有一个共同的起源。     

上海市三株H9N2鸭禽流感病毒全基因遗传进化分析

为了解上海市鸭群中H9N2亚型禽流感病毒（Avian influenza virus,AIV）的遗传变异特征,以及与疫苗株A/Chicken/Shan dong/6/1996和A/Chicken/Shanghai/F/1998之间的遗传距离,对2007年和2009年分离自上海市鸭气管和泄殖腔样品采用荧光RT-PCR检测,将H9亚型禽流感病毒核酸阳性样品处理后,经鸡胚尿囊腔接种分离病毒,HI进一步确定血凝素（haemagglutin,HA）亚型,随后进行了全基因测序,并结合GenBank中的相关序列进行遗传进化分析。结果表明：3株分离毒株为H9N2亚型鸭禽流感病毒,HA蛋白裂解位点的氨基酸组成为PARSSRGLF,符合低致病性禽流感病毒特征,均属于经典的H9N2 Ck/Bei群系;NA基因均属于Y280系;NP、PA基因和A/Goose/Guangdong/1/1996（H5亚型）归为一群;PB2和M基因属于Qa/HK/G1/97系;NS基因仍为Ck/Bei系;2007年的分离株和2009年的分离株在PB1基因上分属不同亚群。3株病毒的HA1基因与疫苗株A/Chicken/Shandong/6/1996和A/Chicken/Shanghai/F/1998之间的遗传距离均大于7%。由此可见,3株鸭H9N2亚型毒株可能是由不同禽流感病毒基因亚群间发生自然重排的产物,现有疫苗对分离株的保护性需要进一步评估。     

流感病毒RNA聚合酶串联亲和纯化方法的建立

为建立流感病毒RNA聚合酶的串联亲和纯化方法,本实验由鸡胚尿囊液中提取病毒核酸,经过RT-PCR和常规PCR方法扩增禽流感病毒株A/Duck/Guangxi/35/01 (H5N1)的PB1、PB2和PA的cDNA.分别将PB2基因连接于pcDNATAP载体中,PB1和PA基因连接于pcDNA3A载体中构建了pcDNA-35PB2TAP、pcDNA-35PB1和pcDNA-35PA重组质粒.将构建的真核表达重组质粒共转染293T细胞,经过串联亲和纯化方法获得流感病毒依赖RNA的RNA聚合酶复合体(RdRp).利用RNA体外合成试验验证获得的RdRp具有生物学活性.     

1株H6N5亚型禽流感病毒A/duck/Yangzhou/013/2008的全基因测序及遗传进化分析

在对华东地区家养水禽中流感病毒的带毒状况进行流行病学监测的过程中,采用常规的血清学试验和特异性RT-PCR方法,分离鉴定出1株H6N5亚型禽流感病毒A/duck/Yangzhou/013/2008(简称Dk/YZ/013/08)。为了探讨该亚型病毒在流感病毒生态分布中的作用,作者对Dk/YZ/013/08进行了全基因序列测定,并结合Gen-Bank中已收录的所有H6N5亚型病毒的基因组序列及其它参考序列进行了遗传进化分析。结果表明Dk/YZ/013/08的血凝素基因(HA)与近年中国台湾分离的鸭源毒株A/duck/Kingmen/E322/2004(H6N2)的核苷酸一致性最高(94%),推导的氨基酸剪切位点序列为"P-Q-I-E-T-R-G",为典型低致病性禽流感病毒的特征序列;神经氨酸酶基因(NA)与瑞士分离株A/mallard/Switzerland/WV4060167/2006(H3N5)的亲缘关系最近(核苷酸一致性96.9%);而碱性聚合酶2(PB2)基因则与A/duck/Zhejiang/11/2000(H5N1)的遗传距离最近,可能由H5N1亚型流感病毒提供,提示该毒株可能是一株重组病毒。     

1株H1亚型水禽流感病毒分离株的致病特性和表面膜蛋白基因的序列分析

采用常规血清学试验和特异性RT-PCR方法,对我国华东地区家养水禽流感病毒进行了长达4年的跟踪监测,分离到多株H1亚型禽流感病毒,并对其中的1株A/Duck/Yangzhou/163/2003(简称Dk/YZ/163/03)的血凝素基因进行了序列测定,并与GenBank中收录的其他序列进行了比较。结果发现,Dk/YZ/163/03的血凝素基因(HA)与禽流感日本分离株A/Japan/91(H1)的同源性最高;而神经氨酸酶基因(NA)与Mallard dk/A1b/35/1976(H1N1)同源性最高;其推导的氨基酸剪切位点序列为P-S-I-Q-S-R,是典型低致病性禽流感病毒的特征序列,这与该毒株对SPF鸡和BALB/c小鼠的低致病特性相吻合。     

禽流感病毒H5N2亚型西藏株的分离鉴定与特性分析

从西藏地区病死鸡体内分离鉴定到1株H5N2亚型禽流感病毒,基因组序列测定与分析显示,此H5N2毒株可能是由H5NI和H9N22种亚型的病毒重配形成,其PB2、HA、NS片段与高致病性H5NI亚型高度同源,PBI、PA、NP、NA、M均与低致病性H9N2亚型亲缘关系相近。尽管HA蛋白切割位点有多个碱性氨基酸序列,但静脉接种指数只有0．59,表现为低致病力。     

两株H4N3禽流感病毒全基因组序列分析及对小鼠的致病性研究

2009年在我国南方活禽交易市场进行流行病学调查时,从鸭体内分离到2株H4N3亚型禽流感病毒(AIV),DK/FJ/S1419/09(H4N3)(FJ/419/2009)和DK/HUN/S1010/09(H4N3)(HuN/010/2009)。为了解这2株H4N3亚型AIV的生物学特性,本研究对其进行全基因组分析及对小鼠致病性研究。结果显示:其HA基因来源于近两年流行的H4亚型病毒株,NA基因来源于其它亚型病毒株。内部基因来源较复杂,与FJ/419/2009内部基因同源性最高的病毒株均来自国内H5、H6等亚型分离株,但与HuN/010/2009同源的内部基因则差异较大,与PA、M和NS同源性最高的病毒株分别为A/wild/duck/Korea/UP122/2007(H1N1),A/muscovy/duck/Thailand/CU-LM1983/2009(H4N6)and A/avian/Japan 8KI0068/2008(H3N6)。用106EID50病毒剂量感染6周龄BALB/c小鼠,结果显示试验组小鼠感染后第3 d采脏器样品,仅在鼻甲和肺部能检测到病毒存在。以上数据表明,尽管这2株H4N3特殊亚型组合病毒来源复杂,但对小鼠的致病性较低。     

2株云南H9N2亚型禽流感病毒HA和NA基因序列分析

在2019年1月-2019年6月对云南出现呼吸道疫病的57个鸡场进行H9亚型禽流感检测的基础上,选取石林和楚雄2个H9亚型禽流感阳性样品进行病毒分离。从分离的H9N2亚型禽流感病毒感染鸡胚尿囊液中提取总RNA,采用特异性引物经反转录PCR分别扩增HA和NA基因,PCR产物纯化后进行测序。序列比对及系统发育分析结果表明,云南2株H9N2毒株HA基因核苷酸序列同源性为94.2%,NA基因核苷酸序列同源性为93.6%,系统进化分析表明云南H9N2亚型禽流感病毒HA和NA基因均属于欧亚谱系中的类ADKHKY28097分支（Y280-like）,ACKYN12019和ACKYN72019 HA基因之间的同源性为94.3%,与参考毒株ACKJX2448的同源性最高,为95.6%~98.5%,与中国流行的H9N2代表株和疫苗株同源性较低。HA蛋白333-340位裂解位点为PSRSSR↓GLF,具有低致病性禽流感病毒分子特征,受体结合位点均发生E198T和Q234L的突变,具有人样受体结合特征,在29、141、298、305、313、492位氨基酸有6个糖基化位点。ACKYN12019和ACKYN72019 NA基因同源性为93.6%,与Y280-like代表毒株的同源性分别为97.1%~97.5%和93.7%~94.6%,NA蛋白缺失63、64、65位氨基酸,在44、69、86、146、200、234位氨基酸处存在6个潜在的糖基化位点,NA蛋白红细胞结合（HB）位点分析发现,368-369、399-403、432位氨基酸处存在变异。研究结果显示,H9N2亚型禽流感病毒一直处于不断的变异之中,故应加强其监测与防控。     

鸭流感病毒4/2004-H6N2亚型毒株的血凝素基因全序列克隆与分析

2004初从正常鸭群中分离到一株鸭源禽流感病毒，命名为A／Duck／HN／4／2004(H6N2)。经对血凝素基因(HA)序列分析发现HA基因全长为1744bp，共编码566个氨基酸，在裂解位点仅含一个碱性氨基酸-精氨酸(R)，符合LPAIV的标准。将所得基因序列与已发表的同一亚型参考序列分析表明，与H6亚型流感HA基因同源性为89．2％-97．1％，经分子遗传演化分析表明本次分离株与香港分离株A／Duck／Hong Kong／3600／99(H6N2)、A／Duck／Hong Kong／3600／99(H6N2)最近。