黄海南部小黄鱼种群动态和开发模式

小黄鱼(Larimichthys polyactis)在中国的海洋渔业中占据重要的地位, 其种群动态和开发模式的信息更新对指导可持续管理至关重要。本研究利用 2018 年在黄海南部海域采集的小黄鱼长度-频率数据, 获取小黄鱼生长、死亡和种群状况的基础生物学参数, 其中, 总死亡系数源于长度转换渔获曲线的估算, 生物学参考点通过单位补充量渔获量或单位补充量生物量分析来预估; 利用渔获长度指标研判小黄鱼的开发模式。结果显示, 小黄鱼 von Bertalanffy 生长方程的渐近体长 BL_∞=29.26 cm, 生长系数 K=0.26/a, 理论初始年龄 t₀=?0.6326 a; 总死亡系数 Z、 自然死亡系数 M 和捕捞死亡系数 F 分别为 2.83/a、0.52/a 和 2.31/a, 现行渔业开发率(E=0.82)超过估算的生物学参考点(E_max=0.67), 证实小黄鱼种群超过了最佳开发水平, 处于过度开发状态。渔获长度指标进一步分析显示, 45.18%的渔获是在性成熟之前捕捞, 而巨型亲体占比仅为 0.47%, 表明该种群同时遭受生长型和补充型过度捕捞。 Logistic 选择曲线分析表明, 小黄鱼渔获概率在 50%的选择全长为 13.75 cm。可持续的渔业管理需要提高首次开捕全长 L_c, 以接近最适捕捞全长 L_opt (19.2 cm)为目标。     

东平湖刀鲚生物学参数、单位补充量渔获量及产卵亲体量评估

为完善东平湖刀鲚(Coilia nasus)的基础生物学数据, 并为实现其资源的可持续利用提供技术指导和理论依据, 本研究根据 2021—2023 年东平湖定置三层多目刺网调查获得的刀鲚体长、体重数据, 利用 ELEFAN_GA 技术对刀鲚的生长和死亡参数进行估算, 拟合 Von Bertalanffy (VBGF)生长方程, 构建了基于体长结构的单位补充量渔获量(YPR)和单位补充量产卵亲体量(SSBPR)模型。结果显示, 东平湖刀鲚体长范围为 4.9~26.2 cm, 平均体长为 (12.2±2.4) cm, 体重范围 1.1~51.8 g, 平均体重为(6.6±4.5) g; 使用基于 bootstrap 的 ELEFAN_GA 方法估算刀鲚渐进体长 L_∞=31.65 cm, 生长速率 K=0.66, 理论生产起点年龄 t₀= ‒0.23, 季节性生产振幅 C=0.65, 1 年中生产最快的时间段 t_s=0.40; 刀鲚的总死亡系数 Z=2.71, 自然死亡系数 M=1.074, 捕捞死亡系数 F=1.641、开发率 E=0.604, 平均选择体长 L₅₀=9.15 cm; YPR 模型结果显示, 随着 F 增大, YPR 值呈现先上升后下降的趋势, 生物学参考点 F_0.1 和 F_max 的值分别为 0.978 和 2.204; SSBPR 模型结果显示随着捕捞强度的增大, SSBPR 呈下降趋势, 现阶段捕捞强度介于 F_20%(2.848)与 F_40%(1.065)之间, 略大于 F_35%(1.286)。综上所述, 东平湖刀鲚生长表现出明显的季节性变化规律, 在与其他地理群体对比中, 东平湖刀鲚在生物学参数上的差异体现了其生长过程的空间异质性, K 值最大表明其可以用最短的时间生长到接近极限体长, 说明东平湖饵料丰富, 而同时较高的开发率和较低的开捕体长则表明目前东平湖刀鲚已处于过度开发状态, SSBPR 曲线得出现阶段捕捞强度小于极限值 F_20%, 略大于生物学参考点 F_35%。研究结果表明, 为使东平湖刀鲚资源达到生态、经济效益平衡, 可在适当减少渔船数量以降低捕捞强度的情况下, 通过增大网目尺寸以增加开捕体长来保持其可持续发展。     

浙江南部海域银姑鱼的生活史参数估算及资源评价

为了评估银姑鱼资源开发状态，实验根据2016年在浙江南部海域底拖网的调查数据，研究了银姑鱼的生活史参数，并基于单位补充量模型对其资源状态进行评价，进而探讨不同自然死亡系数和捕捞选择性对资源评价结果的影响。结果显示，银姑鱼渐近体长估计值为25.36 cm，生长速率为0.32/年，当前开捕体长(13.52 cm)远小于其初次性成熟体长(17.79 cm)；自然死亡系数估计值为0.74，总死亡系数为2.62，当前捕捞死亡系数为1.88。基于以上参数，构建了单位补充量渔获量YPR模型和单位补充量亲体生物量SSBR模型，随着F的增加，YPR先增大后减小，而SSBR则减少。银姑鱼生物学参考点F_0.1为0.78，F_max为3.43，F_20%为0.66，F_40%为0.33，可知当前捕捞强度远大于防止补充型过度捕捞警戒线F_20%。敏感性分析结果显示，自然死亡系数的不确定性将明显影响单位补充量模型的研究结果和相关生物学参考点的估算值，而不同选择性系数，尤其是开捕体长，也直接影响单位补充量模型的结果。研究表明，当前浙江南部近海银姑鱼种群已处于补充型过度捕捞状态，为维持渔业资源的可持续发展，建议适当减小开发力度，增大开捕体长；为提高资源状态评价的准确性，建议减小自然死亡系数的不确定性。本研究可为银姑鱼资源的养护和管理提供科学建议。     

基于长度贝叶斯生物量法估算北部湾二长棘鲷种群参数

渔业数据缺乏是渔业资源评估和管理面临的难题。以2006—2018年北部湾二长棘鲷体长频率数据为例,运用基于长度频率的贝叶斯生物量方法(LBB),估算二长棘鲷的渐近体长(L_∞)、最适开捕体长(L_copt)、相对自然死亡率(M/k)和相对捕捞死亡率(F/k)等种群参数。结果发现,2006—2018年间北部湾二长棘鲷的渐近体长平均为21.0 cm,最适开捕体长平均为12.6 cm,相对死亡率M/k、F/k、Z/k和开发率E分别为1.49、3.65、5.15和0.67。二长棘鲷的开捕体长和渐近体长的变化趋势一致,均呈下降趋势,且其生长速度有加快趋势。基于LBB估算的最适开捕体长和开发率与运用独立评估模型估算的结果基本一致。如果长度频率能代表资源开发阶段的长度组成,使用LBB估算的结果将较好地反映其真实情况。基于LBB的研究方法可为渔业数据缺乏情况下进行渔业资源评估提供借鉴。     

用补充曲线参数估算最大持续产量的方法

对于不同的补充-捕捞类型，用补充曲线参数估算最大持续渔获数(G)和最大持续渔获量(MSY或Ys)的方法是不同的。提出并讨论了2种补充-捕捞类型的评估方法：①一生只繁殖1次的连续捕捞类型，②一生繁殖多次、渔期短的季节性捕捞类型。把渔获量方程与Ricker繁殖模型和Beverton—Holt繁殖模型相结合，建立新的以渔获数表示的平衡渔获量方程。分别把Beverton-Holt渔获量方程(用于第1类型)和季节性渔业产量模型(用于第2类型)与Ricker繁殖模型和Beverton—Holt繁殖模型相结合，建立新的以重量表示的平衡渔获量方程。用这些方程式可以估算以数量表示的最大持续渔获数Cs、以重量表示的最大持续渔获量Ys，Cs所需的捕捞死亡系数(F‘s)和Ys所需的捕捞死亡系数(Fs)。计算了二种类型在同一自然死亡系数下的Cs、Ys、F‘s和Fs。结果表明：Fs不等于F‘s，同一种群的Fs可以小于F‘s，但Fs不可能大于F‘s。     

洱海西太公鱼和太湖新银鱼生长特性及种群调控效果研究

洱海先后人为引入了太湖新银鱼和西太公鱼。为了掌握这两种鱼类的生长特性及评估人工调控效果,2017年1月至2018年12月在洱海采集西太公鱼和太湖新银鱼。通过测量体长与体重数据对种群参数(L_∞、W_∞、k、t₀、Z、M、E等)进行估算,并进行了渔产量变化调查分析。结果表明： 1.西太公鱼和太湖新银鱼体长与体重关系中回归参数b值分别为3.2148和2.8274,这两种鱼在洱海均属于等速生长。西太公鱼von Bertalanffy生长方程为L_t =13.65[1-e^{_{-1.80(t+0.17)}}];W_t=28.09[1-e^{_{-1.80(t+0.17)}}]^_3.2148,生长拐点年龄为0.48,相应体重为8.51g,体长为9.41cm;太湖新银鱼von Bertalanffy生长方程为L_t=9.45[1-e^{_{-0.92(t+0.38)}}]; W_t=2.69[1-e^{_{-0.92(t+0.38)}}]^_2.8274,生长拐点年龄为0.75,相应体重为0.78g,体长为6.11cm。2. 西太公鱼总死亡系数、自然死亡系数、捕捞死亡系数和开发率分别为10.2、2.56、7.64和0.75;太湖新银鱼总死亡系数、自然死亡系数、捕捞死亡系数和开发率分别为4.66、1.84、2.82和0.60。3. 西太公鱼的资源量自2015年至2018年是逐年递增的,但是上升的幅度在逐年减小;太湖新银鱼的资源量自2015年至2018年逐年降低。综上,在洱海西太公鱼和太湖新银鱼的个体发育正常,这两种鱼生长周期相差一个月左右,西太公鱼的生长速度高于太湖新银鱼,本研究期间这两种鱼的人工调控取得了良好的效果。     

2010/2011年夏季南设得兰群岛北部水域南极磷虾的种群组成

为了解中国南极磷虾渔业主要渔场——南设得兰群岛水域南极磷虾种群动态,利用渔业科学观察员收集的生物学数据,在将研究区域划分成10′×10′小尺度单元的基础上,实验分析了南设得兰群岛夏季南极磷虾种群组成的时空特征。结果表明,23个单元中,雌性未成体(F₂)的比例最高(42.1%),其次为雌性成体(F₃,35.6%),雄性个体所占比例不足20%,且均为未成体(M₂),而幼体(I₁)的比例仅占2.7%。12月中旬,I₁阶段的磷虾个体占有一定的比例(9.6%),M₂阶段磷虾个体比例较F₃阶段高。12月下旬的情况与1月上旬较为相似,I₁个体未出现在调查样本中,M₂阶段磷虾个体比例下降,F₃阶段磷虾个体比例明显上升。M₂、F₂和F₃阶段的磷虾个体在各水层中的分布模式较为相似(PSI=90.9～97.7)。I₁阶段磷虾个体主要分布在60～80 m水层(66.9%),而其它3个性成熟度的磷虾个体主要分布在40～60 m水层。     

基于ELEFANI和LBB的竺山湖贝氏䱗资源状况评估

为获得竺山湖水域贝氏?(Hemiculter bleekeri)的种群参数, 评价其资源利用状况, 根据 2019 年 10 月至 2020 年 9 月在竺山湖水域收集的贝氏基础生物学数据 ? , 利用基于长度频率数据的 ELEFAN I (electronic length frequency analysis ) Ⅰ 和贝叶斯评估方法(length-based Bayesian biomass, LBB)估算其种群参数。结果显示, 贝氏体长 ? 范围为 44.17~181.87 mm, 体重范围为 0.88~70.30 g; 体长(L, mm)与体重(W, g)关系式为 W=9.0×10^?5L^3.0707 (R2 = 0.8775, n=805); 体长和体重的生长方程分别为 L_t=194.25×[1?e^{?0.36(t+0.46)}], W_t=95.74×[1?e^{?0.36 (t+0.46)}] ^3.0707。运用 ELEFAN I 方法估算的相对自然死亡系数 M/K=2.28, 相对捕捞死亡系数 F/K=4.50, 相对总死亡系数 Z/K=6.78, 开发率 E=0.66。LBB 估算的相对死亡系数 M/K、F/K、Z/K 和开发率 E 分别为 1.88、5.78、7.64 和 0.76。两种方法估算的种群参数基本一致。本研究揭示了竺山湖贝氏的种群生长特性及资源利用状况 ? , 可为太湖的渔业资源科学管理提供依据。     

基于贝叶斯Schaefer模型的西北太平洋柔鱼资源评估与管理

利用基于贝叶斯统计方法的Schaefer模型分均匀分布、正态分布和随机分布3种方案,对西北太平洋柔鱼资源量进行评估,并对其管理策略做了风险分析。研究认为,在均匀分布的基准方案下,参数r、K和q的后验概率分布与先验概率分布存在较大差异,这表明本研究采用的年渔获量和CPUE数据为贝叶斯资源评估模型提供了足够多的信息。正态分布和随机分布2种方案下模型参数的预测值及估算的最大可持续产量较接近,但小于基准方案。研究认为,3种方案下,1996—2004年捕捞死亡率都远低于限制参考点F_0.1,1996—2004年渔获量也小于最大可持续产量,这表明目前西北太平洋柔鱼资源处于良好状况,没有遭受过度捕捞。决策分析表明,在相同的收获率情况下,基准方案得到的2019年资源量和渔获量均大于其它2种方案,但是资源崩溃的概率最大。保守的管理策略应将收获率控制在0.3左右,持续渔获量在13万t左右。     

厄尔尼诺事件对西北太平洋柔鱼种群动态的影响

为了解西北太平洋柔鱼资源量变动与气候变化如厄尔尼诺事件等的关系，实验假设尼诺指数 (oceanic Ni?o index，ONI)影响柔鱼种群动态参数内禀自然增长率 (intrinsic rate of growth, r)和最大环境容纳量 (carrying capacity, K)并分别建立4种剩余产量模型 (SP、E_r-EDSP、E_K-EDSP、E_r- E_K-EDSP)探索厄尔尼诺事件影响下西北太平洋柔鱼的种群资源状态变化趋势。结果发现, E_r-EDSP、E_K-EDSP、E_r-E_K-EDSP等3个加入气候因子模型的偏差信息准则 (deviance information criterion，DIC)值小于传统剩余产量模型的DIC值，其中E_r-E_K-EDSP模型DIC值最小，模型精度最高，估计的最大可持续产量 (maximum sustainable yield，MSY)为39.26×10⁴ t。1994—2017年，北太平洋柔鱼的捕捞死亡率 (F_t) 低于目标死亡率 (F_tar)和MSY水平下的捕捞死亡率 (F_MSY)，2017年种群资源量小于MSY水平资源量 (B_MSY)。研究表明，西北太平洋柔鱼种群资源可能正处于过度捕捞阶段。该研究结果可为西北太平洋柔鱼的可持续开发提供建议。     

团头鲂tf和tfr1a基因启动子克隆及转录调控分析

为探索鱼类转铁蛋白基因tf和转铁蛋白受体基因tfr1a的转录调控机制,本实验以团头鲂为研究对象,在其全基因组数据库中获取tf和tfr1a基因序列,对2个基因候选启动子区转录因子结合位点及CpG岛进行预测,通过PCR方法克隆得到tf和tfr1a基因近端启动子区不同长度片段,连接至pGL3-Basic/pEGFP-1载体,瞬时转染入Hela细胞,并采用双荧光素酶报告基因检测系统进行检测。结果发现,团头鲂tf基因启动子区无CpG岛位点,而tfr1a基因启动子区有2个CpG岛位点。成功构建9个tf和10个tfr1a不同长度启动子片段的重组质粒,经双荧光素酶报告基因系统检测发现,tf启动子核心区域为-268^+56 bp,且-1 308^-1 102 bp片段可能存在正调控该基因表达的转录因子结合位点;tfr1a启动子核心区域为-224^+48 bp,且+48^+92 bp可能存在抑制该基因转录的负调控元件,而-1 229^-1 219 bp区域可能存在促进tfr1a基因表达的正调控转录因子结合位点。     

中华鲟、史氏鲟及达氏鳇血清免疫球蛋白的纯化及部分特性分析

采用饱和硫酸氨分步沉淀和Sephadex G200凝胶层析的方法，首次分别纯化制备了健康非免疫状态下中华鲟（Acipenser sinensis）、史氏鲟（Acipenser schrenckii）和达氏鳇（Huso dauricus）的血清免疫球蛋白（Ig） ，并采用聚丙烯酰胺凝胶电泳（PAGE）、SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳（SDSPAGE）、蛋白免 疫印迹（Western blotting）及免疫琼扩实验等方法对其Ig及Ig亚单位的分子量和部分特性进行了分析。PAGE及SDSPAGE的结果显示：史氏鲟，中华鲟和达氏鳇IgM的相对分子量分别为867 kD， 896 kD和924 kD；3种鲟鱼Ig的重链分子量均为88 kD，都具有29 kD的轻链，其中达氏鳇还另有一分子量约为26 kD的轻链蛋白。分子量的测定及计算结果显示鲟鱼的Ig为四聚体。Western-blotting的检测结果表明，3种鲟鱼Ig的重链与其Ig具有同样的抗原性，在硝酸纤维素膜上可被兔抗鲟Ig多克隆抗体所识别，而轻链的Western blotting检测结果则呈阴性。免疫沉淀反应的结果显示，3种鲟鱼的血清及其Ig与相互之间的兔抗Ig血清有免疫沉淀反应，但与兔抗鲤Ig血清无免疫沉淀反应，这表明3种鲟科鱼类的Ig在结构和序列上是较为相似的，而与鲤鱼等高等硬骨鱼类的Ig存在较大的差别。     

Use of Microbacterium sp. and Exiguobacterium mexicanum to improve the survival and development of Artemia under xenic conditions

The effect of Microbacterium sp. strain 8L and Exiguobacterium mexicanum strain 8N was evaluated in the diet of Artemia under xenic conditions. Viable cultures of bacteria were provided to xenic cultures of Artemia in combination with Sacharomyces cerevisiae, cornflour or Spirulina, and the effect on the survival and growth was recorded. The use of these bacterial strains improves significantly the survival of Artemia independently of the used food (P < 0.05), and variable results were observed in the growth.     

Delivery of HUFA, probionts and biomedicine through bioencapsulated Artemia as a means to enhance the growth and survival and reduce the pathogenesity in shrimp Penaeus monodon postlarvae

One of the major problems in the shrimp culture industry is the difficulty in producing high-quality shrimp larvae. In larviculture, quality feeds containing a high content of highly unsaturated fatty acids (HUFA) and ingredients that stimulate stress and disease resistance are essential to produce healthy shrimp larvae. In the present study, Penaeus monodon postlarvae (PL15) were fed for 25 days on an unenriched Artemia diet (control; A) or on a diet of Artemia enriched with either HUFA-rich liver oil of the trash fish Odonus niger (B), probionts [Lactobacillus acidophilus (C1) or yeast-Saccharomyces cerevisiae (C2)] or biomedicinal herbal products (D) that have anti-stress, growth-promoting and anti-microbial characteristics. P. monodon postlarvae fed unenriched Artemia exhibited the lowest weight gain (227.9 ± 8.30 mg) and specific growth rate (9.95 ± 0.05%), while those fed the HUFA-enriched Artemia (B) exhibited the highest weight gain and specific growth rate (362.34 ± 12.56 mg and 11.77 ± 0.08%, respectively). At the end of the 25-day rearing experiment, the shrimp postlarvae (PL40) were subjected to a salinity stress study. At both low and high (0 and 50‰) salinities, the group fed the control diet (A) experienced the highest cumulative mortality indices (CMI) 935.7 ± 2.1 and 1270.7 ± 3.1, respectively. Those fed diet D showed the lowest stress-induced mortality, and CMI were reduced by 31.1 and 32.3% under conditions of low and high salinity stress, respectively. A 10-day disease challenge test was conducted with the P. monodon postlarvae (PL40–PL50) by inoculating the shrimp with the pathogen Vibrio harveyi at the rate of 10⁵–10⁷ CFU/ml in all rearing tanks. P. monodon postlarvae fed probiont-encapsulated Artemia diets (C1 and C2) exhibited the highest survival (94.3 and 82.3%, respectively) and lowest pathogen load (V. harveyi) in hepatopancreas (5.2 × 10² ± 9.0 × 10 and 4.6 × 10² ± 9.0 × 10 CFU g⁻¹, respectively) and muscle (2.0 × 10² ± 6 × 10 and 1.7 × 10² ± 8.6 × 10 CFU g⁻¹, respectively) tissues. The shrimp that were fed the unenriched Artemia (Control; A) showed the lowest survival (26.33%) and highest bacterial load in the hepatopancreas (1.0 × 10⁵ ± 5 × 10³ CFU g⁻¹) and muscle (3.6 × 10⁴ ± 6 × 10² CFU g⁻¹). The shrimp fed the herbal product (D)-enriched Artemia also exhibited enhanced survival and reduced V. harveyi load in the tissues tested compared to the control diet (A) group. The results are discussed in terms of developing a quality larval feed to produce healthy shrimp larvae.     

青鱼和鲇肠道排泄物对养殖水体铜绿微囊藻休眠体复苏的影响及作用途径

为探讨养殖水体底栖鱼类肠道排泄物对铜绿微囊藻休眠体复苏的影响,将青鱼和鲇肠道排泄物与铜绿微囊藻休眠体用野外养殖水域沉积物(底泥)混匀包埋,在10、15和20°C梯度温度下进行休眠体复苏实验。结果显示,铜绿微囊藻休眠体主要复苏期为第3～15天,在10和15°C条件下,青鱼排泄物组(MP)、鲇排泄物组(SA)和青鱼-鲇排泄物混合组(MP-SA)铜绿微囊藻休眠体复苏率均显著高于对照组(CK),且MP组也显著高于SA组和MP-SA组;在20°C条件下,MP组铜绿微囊藻休眠体复苏率显著高于SA组、MP-SA混合组和CK组,但SA组和MP-SA组与CK组复苏率并无显著性差异。实验过程中MP组沉积物中优势菌群以假单胞菌为主,SA组和MP-SA组优势菌群分别以芽孢杆菌和厚壁菌为主,第0～12天为菌群增殖期,且此期间沉积物-水体界面(SWI)实验MP组、SA组和MP-SA组溶解氧含量(DO)和氮磷比(N/P)均显著低于对照组。研究表明,青鱼和鲇肠道排泄物能促进铜绿微囊藻休眠体复苏,且这种促复苏效果在低温区间(10～15°C)更显著,可能是排泄物中菌群在生长增殖期降低了沉积物-水体界面N/P和DO的结果。研究结果对养殖水体底泥清淤和春季铜绿微囊藻水华防控具有一定的理论意义。     

波罗的海希瓦氏菌和杀鲑气单胞菌致腐性及TorA还原酶差异比较

为了研究冷藏海产品中腐败菌希瓦氏菌和气单胞菌的致腐性差异，本实验比较分析了大黄鱼源波罗的海希瓦氏菌和杀鲑气单胞菌在28℃和4℃下的生长及三甲胺（TMA）、生物胺和挥发性盐基氮（TVB-N）的生成；通过PCR技术扩增2种腐败菌的氧化三甲胺还原酶基因（torA），利用生物信息学比较TorA蛋白的相似性、理化特性和蛋白空间结构。结果显示，杀鲑气单胞菌在28℃生长较快，而波罗的海希瓦氏菌在4℃生长更快。相对于杀鲑气单胞菌形成较高的尸胺，波罗的海希瓦氏菌产生更多TMA和腐胺，在冷藏鱼汁中积累更高TVB-N。同时在波罗的海希瓦氏菌和杀鲑气单胞菌中分别扩增出2 490和1 959 bp的torA基因，2种TorA蛋白与同属菌相似性高于97%，而二者相似性仅为36.90%。波罗的海希瓦氏菌TorA蛋白的分子量和等电点分别为92.3 ku和6.52，甘氨酸含量最高，而杀鲑气单胞菌中TorA蛋白的分子量和等电点分别为90.6 ku和6.74，丙氨酸含量最高，蛋白结构差异明显。且希瓦氏菌中torA 和鸟氨酸脱羧酶（DOC）基因表达量分别为气单胞菌的1.26和19.04倍。可见，波罗的海希瓦氏菌和杀鲑气单胞菌为海产品嗜冷腐败菌，其中希瓦氏菌胺类代谢能力更强，与其TorA特定理化特性和高表达量相关。本研究为揭示海产品微生物的致腐机制提供理论支持。     

溶藻弧菌相关分离株的分子及VITEK鉴定

哈维群弧菌是弧菌属的核心菌群,包括溶藻弧菌在内的6个种在表型和遗传型上均十分相似,要准确鉴定各种有一定难度。看家基因的研究及生化鉴定系统的出现为弧菌鉴定提供了多种方法,本文比较了16S rRNA基因、toxR基因和pyrH基因以及VITEK 2 COMPACT GN鉴定卡对溶藻弧菌相关分离株的分辨力。哈维群弧菌基因组内16S rRNA基因是多拷贝的,且拷贝间序列差异大于种间差异,不适用于种的鉴定。单拷贝基因toxR和pyrH序列种内差异均小于种间差异。基于toxR基因相似性比较可清楚地将18个疑似溶藻弧菌分离株和5个参比株归并到4个种;toxR基因系统发育学分析也显示,哈维群弧菌各种独立地聚类分支,且溶藻弧菌种内存在两个明显的聚类分支,说明两个分支的溶藻弧菌具有独立的进化方向。pyrH基因的相似性比较和发育学分析也得到类似的结果,但pyrH基因具有较强的保守性,因而分辨力稍低于toxR基因。VITEK 2 COMPACT GN鉴定卡在鉴定溶藻弧菌时也有一定的错误率,且鉴定谱较窄。因此,建议在实际应用中采用toxR基因比对作为溶藻弧菌快速鉴定的主要手段,可再选用pyrH基因对鉴定结果进行验证。     

半滑舌鳎TRAF6 基因和TAK1 基因的克隆及表达分析

本研究通过同源克隆和RACE技术获得了半滑舌鳎(Cynoglossus semilaevis)肿瘤坏死因子受体相关因子6(tumor necrosis factor receptor-associated factor 6,TRAF6)和转化生长因子β激活激酶1(transforming growth factor-β-activated kinase 1,TAK1)的c DNA全长,并分析了其在不同组织和早期胚胎发育时期的表达情况。结果表明,TRAF6 c DNA全长1956 bp,开放阅读框(ORF)为1731 bp,编码576个氨基酸。二级结构预测显示TRAF6具有保守的蛋白结构域:N端的RING结构,两个锌指结构以及C端的环–环(coiled-coil)α螺旋结构和高度保守的MATH同源结构。TAK1 c DNA全长2519 bp,ORF为1731 bp,编码576个氨基酸。TAK1的蛋白结构域包括丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶激活结构域和C端的环–环(coiled-coil)α螺旋结构域。系统进化树分析表明,半滑舌鳎TRAF6和TAK1分别与牙鲆(Paralichthys olivaceus)TRAF6和TAK1聚为一支,亲缘关系最近。荧光定量PCR结果显示,TRAF6和TAK1在所检测的8种组织中都有表达,TRAF6在鳃中的表达最高,肠中也有较高的表达;TAK1在心脏中的表达量最高,其次是肾。TRAF6和TAK1在鳃、肾等免疫器官中的高表达,与其在Toll样受体信号通路中的重要作用是一致的。对TRAF6和TAK1在早期胚胎发育时期的表达情况进行检测,结果显示,在未受精卵中可检测到TRAF6和TAK1,提示了这两种免疫分子的母源性m RNA遗传的可能性。免疫分子母源性m RNA可能参与发育过程,也可能参与构建免疫体系,以保护胚胎或仔鱼免受病原体的侵袭。     

花鲈ncc、nkcc基因在海、淡水适应中鳃组织的表达与定位分析

为探究ncc、nkcc基因在花鲈渗透调节中发挥的作用,实验通过全基因组鉴定、多重序列比对、系统进化树构建以及蛋白结构预测对花鲈ncc进行了鉴定及序列分析,利用实时荧光定量PCR (qRT-PCR)检测ncc和nkcc在海水、淡水花鲈鳃组织中的表达水平,利用原位杂交技术确定ncc2和nkcc1a在海水及淡水花鲈鳃中的表达位置。结果显示,从花鲈中鉴定出2个ncc基因,即ncc1和ncc2,其编码序列(CDS)长度分别为2 691和3 120bp,编码896和1 039个氨基酸,在进化上具有保守性。ncc2在淡水花鲈鳃组织中的表达量显著高于海水,而nkcc1a在海水花鲈鳃组织中的表达量显著高于淡水,ncc1、nkcc1b、nkcc2在海淡水中的表达量则无显著差异。淡水适应过程中花鲈鳃组织中的ncc2的表达量逐渐上调,而nkcc1a的表达量逐渐下调;海水适应过程则呈现相反的表达趋势。此外,原位杂交结果显示,ncc2和nkcc1a基因分别位于淡水与海水中鳃组织的相邻鳃小片间的鳃丝上皮。以上结果表明,ncc2和nkcc1a基因分别编码淡水及海水花鲈鳃中重要的Na⁺及Cl     

日本沼虾细胞自噬基因ATG13和ATG101的克隆及其低氧胁迫下表达分析

为研究自噬相关基因(autophagy-related genes, ATG) ATG13和ATG101在甲壳动物应答低氧胁迫过程中的调节作用,实验采用RACE PCR技术通过克隆测序和基因序列拼接,首次克隆了日本沼虾的细胞自噬基因ATG13和ATG101的全长cDNA序列,日本沼虾的细胞自噬基因ATG13 cDNA全长2 043 bp (NCBI登录号为MT084347),包括211 bp的5′末端非翻译区(untranslated region,UTR),449 bp的3′UTR和1 383 bp的开放阅读框(open reading frame,ORF),开放阅读框编码460个氨基酸;ATG101 cDNA全长1 051 bp(NCBI登录号为MT084348),包括18 bp的5′末端非翻译区,373 bp的3′UTR和660 bp的开放阅读框,开放阅读框编码219个氨基酸。通过软件和生物信息网站对其序列进行分析,氨基酸相似度比对显示,日本沼虾的细胞自噬基因ATG13富含高度保守的LC3作用结构域(LIR);系统进化树分析显示,日本沼虾的细胞自噬基因ATG13与凡纳滨对虾ATG13具有最近的亲缘关系;通过实时荧光定量PCR技术(qRT-PCR)实验分析发现,日本沼虾ATG13和ATG101在其肝胰腺和脑组织表达量较高,而在肌肉中表达量较低;利用qRT-PCR追踪其在肝胰腺组织低氧胁迫过程中出现的表达差异情况,结果显示,实验组日本沼虾在低氧胁迫6和24 h时,其细胞自噬基因ATG13和ATG101表达量显著高于对照组,而在复氧12 h后,实验组与对照组的ATG13和ATG101表达量差异不显著;Western blot分析结果显示,日本沼虾ATG13和ATG101表达丰度基本与基因表达模式相似。透射电镜分析结果显示,在低氧胁迫6和24 h后,肝胰腺组织中的溶酶体开始出现自噬空泡,表明急性低氧胁迫会诱导自噬体的形成,本研究结果可为了解日本沼虾应对低氧胁迫下的调控机制提供理论参考。