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1.
2014年10月,利用PCR-DGGE技术分析了标准化养殖池塘中仿刺参(Apostichopus japonicus)肠含物及附着基和底泥中细菌的菌群结构及其相关性。结果显示,仿刺参肠含物、附着基、底泥中细菌多样性较高,分别平均获得30.00±1.00、15.33±1.70、21.67±2.62条带,肠含物中细菌种类数显著高于附着基和底泥。聚类分析和戴斯系数表明,不同池塘的仿刺参肠含物样本单独聚为一支,相似性达到0.785,附着基和底泥样品聚为一支,平均相似性达到0.532。不同样品DGGE图谱中20条优势条带的切割、克隆、测序,共获得了20条细菌序列,表明肠含物细菌种类以聚球藻属(Synechococcus sp.)、脱硫杆菌属(Desulfobacterium)、脱硫叠球菌属(Desulfosarcina sp.)、极地杆菌属(Polaribacter)、Algibacter sp.为主,附着基中主要以Robiginitalea sp.和Silicibacter sp.为主,底泥样品中主要以假单胞菌属(Proteobacterium)、噬胞菌属(Cytophaga)、Desulfosarcina sp.为主,肠含物中细菌特有种类的分离与鉴定为仿刺参养殖潜在益生菌的开发提供基础数据。  相似文献   

2.
本文基于MiSeq高通量测序技术对南移福建池塘养殖仿刺参(Apostichopus japonicus)肠道菌落结构进行分析。结果表明,仿刺参前肠(1 C_1)、中肠(1 C_2)和后肠(1C_3)测得的分类操作单元(OTUs)分别为424、444和414;三组样品的菌群物种丰度没有较大差别,但优势菌种存在较大差异;优势菌群方面,后肠的优势菌群为Haliea属和乳球菌属(Lactococcus)(分别占后肠总菌数的11.97%和10.37%),而前肠和中肠的优势菌群均是乳球菌属和芽孢杆菌属(Bacillus),两者在前肠菌落中的占比分别为27.91%和6.08%,在中肠中的占比分别为33.24%和6.97%。在重复性方面,三组样品的菌落组成都有重叠,重叠率为74.35%,其中前肠与中肠相似度较高,菌株种类有90%以上重叠。本文研究为仿刺参肠道益生菌的开发利用提供基础资料。  相似文献   

3.
2018年8月,在全年不投喂饲料及益生菌且面积约0.1 km~2的泥质底质的辽宁长海、营口,河北乐亭和山东乳山典型岸基半开放仿刺参养殖池塘中,设置4个采样点,采集距水面和离池底各30 cm处水样,利用高通量测序技术和生物信息学分析手段,构建4个地区典型仿刺参养殖池塘水体菌群16S rRNA基因测序文库,解析仿刺参养殖池塘水体菌群地域性差异和共性,并查明影响水体细菌群落构成的主导环境因子。试验结果显示,不同地区仿刺参养殖池塘水体优势菌门为变形菌门和拟杆菌门,二者相对丰度占比68.64%~89.34%。变形菌门均为第一优势菌门,相对丰度占比51.10%~71.98%。在属水平上,不同地区水体优势菌属主要为玫瑰变色菌属、远洋杆菌属、Kiloniella和棕囊藻杆菌属。其中,长海、乐亭和乳山水体第一优势菌属均为玫瑰变色菌属,相对丰度占比分别为18.68%、24.65%和24.46%;营口地区水体第一优势菌属为Kiloniella,相对丰度占比23.07%。仿刺参养殖池塘水体菌群存在显著地域性差异(P0.05)。其中,乐亭与乳山水体菌群结构相似度最高首先聚为一类,其次与长海聚为一类,营口地区则单独聚为一类。营口仿刺参养殖池塘水体差异菌群主要为放线菌门和浮霉菌门细菌。尽管不同地区水体细菌组分比例不同,但共有菌属甚多。环境因子中,影响水体菌群的主导环境因子为化学需氧量和总有机碳,其次为磷酸盐、总磷和温度。本试验结果将为仿刺参养殖池塘水体微生态调控提供参考。  相似文献   

4.
刺参消化道内含物细菌群落组成的PCR-DGGE分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
利用PCR-DGGE技术研究刺参(Apostichopus japonicus)前肠、中肠和后肠内含物的细菌群落组成。通过软件Bio-rad Quantity one分析DGGE指纹图谱,发现刺参后肠内含物的条带数目显著高于前肠和中肠(P=0.003,P=0.016),表明刺参后肠内含物的细菌多样性最高,其次是中肠;前肠内含物的细菌多样性最低。UPGMA聚类分析发现,不同刺参个体其后肠的细菌群落组成差异最小,前肠的细菌群落差异最大。经DGGE分离、条带切割和序列测定,共获得了13条序列,系统发育分析表明,刺参消化道内含物的细菌群落可主要归属于5大类群,即α-变形菌纲(α-proteobacteria)、γ-变形菌纲(γ-proteobacteria)、δ-变形菌纲(δ-proteobacteria)、拟杆菌纲(Bacteroidetes)和柔膜菌纲(Mollicutes)。刺参前肠、中肠和后肠内含物的优势菌群均为γ-proteobacteria。Blast分析显示,其中12条与之亲缘关系最近的序列来自从海洋环境中获得的细菌克隆,表明刺参消化道的细菌群落可能直接或间接来源于刺参的栖息地环境。  相似文献   

5.
为分析辽东湾海水生态养殖池塘仿刺参的食性特征,分别于2016年3月、5月、7月、9月、12月采集池塘中的浮游植物、浮游动物、颗粒有机物、底栖硅藻、表层底泥和仿刺参,并检测所有样品的δ~(13)C和δ~(15)N值。运用IsoSource线性混合模型计算出浮游植物、浮游动物、颗粒有机物、底栖硅藻、表层底泥对仿刺参的饵料贡献率。试验结果显示,底栖硅藻对仿刺参的平均饵料贡献率周年变化为78.5%~85.7%,颗粒有机物、浮游植物、浮游动物和表层底泥对仿刺参的贡献率分别为2.1%~5.1%、2.2%~5.6%、2.3%~7.7%、3.6%~7.9%。底栖硅藻对消化管内含物δ~(13)C值的贡献率为25.8%~74.5%、颗粒有机物、浮游植物、浮游动物和表层底泥对消化管内含物δ~(13)C值的贡献率分别为3.9%~15.3%、4.0%~18.3%、4.2%~19.4%、5.6%~22.2%。试验结果表明,在不投饵、缺乏底栖大型藻类的生态养殖池塘中,底栖硅藻是仿刺参主要的食物来源,仿刺参也摄食表层底泥、沉降后颗粒有机物和浮游动植物。研究结果可为海水池塘仿刺参的生态健康养殖提供基础数据。  相似文献   

6.
该研究基于MiSeq高通量测序技术对大连、烟台、霞浦和莆田地区养殖仿刺参(Apostichopus japonicus)肠道菌落结构进行分析。结果表明,大连、烟台、霞浦和莆田地区养殖仿刺参肠道测得的分类操作单元(OTUs)分别为455、542、440和242。四个样品菌群的物种丰度和优势菌种存在较大差别,其中莆田池塘养殖的仿刺参的肠道菌群比霞浦海上吊笼养殖高2倍多。烟台的仿刺参的丰富度最高,Simpson/Shannon指数达到4.78。四个产地仿刺参肠道中共检测到317个细菌种属。大连养殖仿刺参肠道的主要优势菌群为Lutibacter(10.13%),属拟杆菌门的黄杆菌科,是一种兼性厌氧菌。烟台养殖仿刺参肠道的主要优势菌群为Haliea(21.34%)和Halioglobus(12.58%)。莆田养殖仿刺参肠道中乳球菌属(Lactococcus)、芽孢杆菌属(Bacillus)所占比例较高。在霞浦养殖仿刺参肠道中Formosa含量最高,占细菌总数的比例为87.06%,其次为乳球菌属(Lactococcus),占细菌总数比例为7.71%。文章利用Miseq高通量测序技术对仿刺参肠道菌群结构进行分析,为今后进一步研究仿刺参肠道菌群与其摄食、消化、免疫等之间的关系提供了新的资料。  相似文献   

7.
为获知环境诱因引起底播增殖仿刺参大面积死亡背景下仿刺参生物体的优势菌,采集莱州金城和牟平两个地区事发海域的仿刺参样品,利用平板分离法筛选得到优势菌13株,经细菌16SrDNA通用引物扩增后,PCR产物进行回收、克隆测序、序列分析、RDP比对,结果显示:13株优势菌归为5个属,分别为副球菌属、动性球菌属、射光杆菌属、弧菌属、琼胶菌属,其中弧菌属细菌占比为53.8%。优势菌类型与仿刺参自身生理功能及养殖环境状况密切相关,两个取样地区优势菌类型有所差别,其中莱州海域弧菌属细菌比例高于牟平海域样品,养殖环境弧菌状况的差别是参体上的弧菌差别的主要影响因素。  相似文献   

8.
该研究基于Mi Seq高通量测序技术对福建霞浦海域海上吊笼养殖仿刺参(Apostichopus japonicus)肠道菌落结构进行分析。结果表明,仿刺参前肠(2H_1)、中肠(2H_2)和后肠(2H_3)测得的分类操作单元(OTUs)分别为124、116和78。3个组织样品菌群的物种丰度和优势菌种存在较大差别,其中前肠的物种丰度最高,为2.38,中肠其次,为2.22,后肠最低,为1.24。优势菌群方面,后肠的优势菌群为Formosa和乳球菌属(Lactococcus)(分别占细菌总数的87.38%和7.74%),而前肠和中肠的优势菌群均是乳球菌属和芽孢杆菌属(Bacillus),两者分别占前肠中细菌总数的59.68%和11.8%,在中肠中的占比分别为62.45%和12.07%。在重复性方面,后肠中发现的细菌在前肠和中肠中都有发现,而前肠和中肠分别发现6个和4个特有菌群。  相似文献   

9.
刺参肠道及养殖池塘菌群组成   总被引:1,自引:0,他引:1  
采用基于16S rDNA的PCR-DGGE指纹图谱技术对黄海北部刺参养殖池塘(底泥、海水)及刺参肠道的菌群组成进行了初步分析.结果显示,从刺参肠道、底泥及海水样品分别获得41、31及41条扩增条带,其中优势条带分别为12、9及10条;三者具20条共有条带,其中4条为各样品的优势条带,共有条带在各样品中的丰度不同;三者分别具5、2及13条特异条带,其中肠道中的第34、42条带以及海水中的第25、46条带丰度均较高;肠道与底泥的菌群组成相似性系数(戴斯系数)为77.8%,二者与海水菌群组成的相似性系数分别为65.9%和55.6%.  相似文献   

10.
采用基于16S rDNA的PCR-DGGE指纹图谱技术对黄海北部刺参养殖池塘(底泥、海水)及刺参肠道的菌群组成进行了初步分析。结果显示,从刺参肠道、底泥及海水样品分别获得41、31及41条扩增条带,其中优势条带分别为12、9及10条;三者具20条共有条带,其中4条为各样品的优势条带,共有条带在各样品中的丰度不同;三者分别具5、2及13条特异条带,其中肠道中的第34、42条带以及海水中的第25、46条带丰度均较高;肠道与底泥的菌群组成相似性系数(戴斯系数)为77.8%,二者与海水菌群组成的相似性系数分别为65.9%和55.6%。  相似文献   

11.
Aerobic bacteria in pond water, sediments, and Artemia in earthen saline ponds in Saudi Arabia were quantified. Total viable counts (TVC; mean ± SD) in pond water ranged between 7.9 ± 4.8 × 103 and 1.6 ± 3.7 × 104 colony forming units (cfu)/mL; in sediments between 7.1 ± 4.2 × 106 and 6.5 ± 3.8 × 107 cfu/g; on Artemia surfaces, 3.9 ± 0.9 × 103 and 1.0 ± 2.9 × 104 cfu/Artemia; and in Artemia homogenate, 4.6 ± 2.4 × 107 and 3.2 ± 3.6 × 108 cfu/g. The bacterial flora was predominantly Gram-negative rods, accounting for 89% of total isolates. Altogether, nine bacterial species of seven genera were identified. Bacteria in pond sediments were the most diverse compared to other populations. In all populations, Vibrio alginolyticus, Vibrio sp., and Staphylococcus sp. were dominant (P < 0.005). The bacterial flora of pond water and sediments were reflected in the bacterial composition on and in Artemia.  相似文献   

12.
运用平板培养计数法、最大或然数法和16S rRNA 基因的 PCR-DGGE 指纹图谱技术,分析发病刺参池塘环境中不同生理类群细菌数量及群落结构对底质改良剂的响应。结果显示,加入底质改良剂后,发病刺参池塘沉积环境中的总异养菌、硝化细菌、硫酸盐还原细菌等的数量在最初的2–4 d 有所上升,但升高幅度小于对照组,且在之后的2–4 d 内下降至加改良剂之前菌量;在加入底质改良剂后第2天,弧菌和硫化细菌数量便迅速下降,明显低于对照组。PCR-DGGE 图谱及测序结果显示,刺参养殖环境细菌优势菌分别属于绿弯菌门、变形菌门的莫拉菌科、柄杆菌科和气单胞菌科以及厚壁菌门的芽孢杆菌科和乳杆菌科的某种细菌,多样性指数在2.5–3.5之间。实验组加入底质改良剂后,气单胞菌属两种细菌数量逐渐下降。研究结果表明,底质改良剂可改变沉积环境中不同细菌类群的数量,降低致病菌的数量,从而改善底质环境并对“刺参腐皮综合征”起到防治作用。  相似文献   

13.
ABSTRACT

Quantitative and qualitative estimation of bacterial flora present in pond water, sediments, gills, and intestine of healthy common carp Cyprinus carpio cultured in Saudi Arabia were performed and identified to species level where possible. Mean total viable bacterial counts in pond water ranged from 1.2?±?2.9?×?104 to 2.5?±?3.5?×?105 cfu/mL; in sediments, 9.3?±?2.1?×?107 to 2.7?±?3.5?×?109 cfu/g; in gills filaments, 4.3?±?2.9?×?106 to 1.6?±?3.9?×?107 cfu/g; and in intestine, 8.7?±?4.1?×?109 to 5.4?±?3.2?×?1010 cfu/g. Gram-negative rod-shaped bacteria dominated (76%) the populations. In total, 12 bacterial genera and 15 species were identified. Pond water and sediment bacteria had the reflection on bacterial composition of gills and intestine of carp. Intestinal bacteria showed more diversification in contrast to gill bacteria. Aeromonas hydrophila, Shewanella putrefaciens, Vibrio cholerae, Corynebacterium urealyticum, Vibrio vulnificus, Vibrio sp., and Staphylococcus sp. were the common bacteria in all the populations. In pond water and carp intestine, A. hydrophila, S. putrefaciens, V. cholerae, and C. urealyticum were the most dominant bacteria (prevalence ≥ 10%) where pond sediments and the carp gills experienced with more one dominant bacterium V. vulnificus. Only the A. hydrophila covered one fourth (25%) of the total bacterial populations.  相似文献   

14.
本研究以我国北方典型岸基半开放刺参(Apostichopus japonicus)养殖池塘为对象,利用高通量测序技术构建冻融期刺参养殖池塘沉积物菌群16S rRNA基因测序文库,解析封冰期、融冰期和化冰期刺参养殖池塘沉积物菌群结构特征,并查明影响菌群结构的主导环境因子。结果显示,冻融期刺参养殖池塘沉积物菌群丰度和多样性表现为整体下调趋势,在融冰初期呈现显著性波动(P<0.05)。冻融期刺参养殖池塘沉积物菌群结构呈现显著性差异,封冰期、融冰期和化冰期差异菌群分别隶属于厚壁菌门(Firmicutes)、酸杆菌门(Acidobacteria)和软壁菌门(Tenericutes)。尽管不同阶段微生物相对丰度比例不同,但第一优势菌门均隶属于变形菌门(Proteobacteria),相对丰度高于49.04%;次优势菌门则呈现出显著性变化,其中,封冰期为拟杆菌门(Bacteroidetes),融冰期为绿弯菌门(Chloroflexi)和放线菌门(Actinobacteria),化冰期为浮霉菌门(Planctomycetes)。环境因子与菌群相关性分析表明,冻融期刺参养殖池塘沉积物菌群结构与环境因子具有显著相关性(P<0.05),温度、盐度、总氮和总有机碳是沉积物菌群的主导环境因子。本研究将为刺参养殖池塘精细化管理提供理论依据。  相似文献   

15.
辽东湾仿刺参养殖池塘底质环境季节变化   总被引:1,自引:0,他引:1  
2013年夏季、秋季和2014年冬季、春季采集辽东湾底充氧和未充氧的仿刺参养殖池塘沉积物样品,2014年春季采集仿刺参发病池塘沉积物样品,分别检测了-5~0cm、-10~-5cm、-15~-10cm 3个层面沉积物的温度、硫化物含量、pH、氧化还原电位,同时监测各池塘表、底层海水温度、盐度、溶解氧、pH、氧化还原电位,探讨两种池塘沉积物底质环境的季节变化规律及春季仿刺参发病池塘与两种未发病池塘沉积物4个指标的变化规律。结果发现,底充氧池塘和未充氧池塘沉积物均呈弱碱性和还原性,两种池塘不同深度沉积物硫化物含量、pH、氧化还原电位的季节变化差异显著,其中,底充氧池塘沉积物各季节硫化物含量显著低于未充氧池塘;池塘沉积物的氧化还原环境与底层海水理化环境存在相关性。与未发病池塘相比,春季发病池塘沉积物呈弱酸性,氧化还原环境为弱还原特性,硫化物含量显著高于未发病池塘。上述结果为仿刺参池塘生态健康养殖和科学管理提供参考。  相似文献   

16.
The bacterial flora of the rearing pond water and sediment as well as the gills and intestine of healthy hybrid tilapia cultured in Saudi Arabia was estimated quantitatively and qualitatively, the isolates being identified at genus or species level. Total viable counts of bacteria (measured as colony‐forming units, cfu) were in the range 5.6 ± 0.8 × 103 to 2.4 ± 1.2 × 104 cfu mL?1 in pond water; 9.3 ± 1.1 × 106 to 1.9 ± 1.5 × 108 cfu g?1 in sediment; 7.1 ± 0.7 × 105 to 8.7 ± 1.1 × 106 cfu g?1 in the gills of tilapia; and 3.4 ± 1.8 × 106 to 5.8 ± 0.4 × 107 cfu g?1 in the intestine of tilapia. In total, 15 bacterial genera and 18 species were identified. Pond water and sediment bacteria reflected the bacterial composition in the gills and intestine of tilapia. In contrast to gill bacteria, more diversification was observed in intestinal bacteria. Corynebacterium urealyticum, Shewanella putrefaciens and Aeromonas hydrophila predominated in all samples. In pond water, C. urealyticurn, S. putrefaciens, A. hydrophila, Flavobacterium sp. and Pseudomonas sp. were the most predominant bacterial species (prevalence > 10%), whereas A. hydrophila, C. urealyticum, S. putrefaciens and Escherichia coli were predominant in pond sediment, and C. urealyticum, S. putrefaciens and A. hydrophila were predominant in both the gills and intestine of tilapia.  相似文献   

17.
Due to the tonic and nutritive virtues of sea cucumbers, increased commercial aquaculture has resulted in the expansion of breeding ponds, a primary form of sea cucumber production. Expansion of such production methods has led to increased settling of organic wastes onto the seabed, resulting in enriched sediments. Nitzschia sp. serves as an edible sea cucumber feed. Release characteristics of nitrogen (N) and phosphorus (P) from sediments in the presence of different biomass densities of Nitzschia sp. were studied via laboratory static cultures. pH and dissolved oxygen (DO) in the overlying water and biochemical components (i.e., protein, chlorophyll a) of Nitzschia sp. were assessed. When the biomass of Nitzschia sp. was more than (2–5) × 104 ind/cm2, the release of N and P nutrients was significantly promoted; additionally, the DO content of the overlying water was relatively high and the pH was relatively stable, which favoured the accumulation of proteins and chlorophyll a in Nitzschia sp. The results indicated that Nitzschia sp. promotes the release of N and P in sediments while absorbing them to maintain their own growth and promote the accumulation of nutrients, such as proteins, for the sea cucumbers. At the same time, the algae release oxygen, increasing the DO of the overlying water, providing a healthy breeding environment for the sea cucumbers. Application of Nitzschia sp. has the potential to reduce environmental harm caused by sea cucumber cultivation and thus achieve sustainable aquaculture.  相似文献   

18.
在室内条件下进行了玉足海参与凡纳滨对虾的混养实验,分析了单养与混养两种条件下养殖水体营养盐结构以及底质成分的变化,测定了对虾与海参的存活率与生长性能。结果显示,混养海参可以明显改变养殖系统的营养盐结构,可使水体中的磷酸盐和硝酸盐浓度有所升高,同时也可有效地控制系统中氨氮浓度。混养海参也可以大幅度地降低沉积物中有机质和硫化物含量,实验结束时混养组硫化物含量为(7.71±1.33)mg/kg,仅相当于单养组浓度的1/3。混养海参对对虾生长及存活具有明显的促进作用,其中混养组对虾体长特异增长率为(0.69±0.13)%/d,显著优于单养组(0.45±0.06)%/d;混养组对虾成活率可达72.5%±22.9%,显著高于对照组55.0%±17.5%。在混养系统内,对虾不会对海参的生存造成负面影响,海参能够有效地选择摄食和利用沉积物中的营养物质(对食物中有机质的同化率可达36.36%±13.79%),并以较快的速度生长。结果表明,在对虾养殖系统中混养玉足海参具有明显的环境与经济效益。本研究可为我国海水养殖业的可持续发展提供一定的科学依据。  相似文献   

19.
The aim of this study was to investigate the load and distribution patterns of the aerobic bacterial flora associated with pond water, sediments, gills, and intestines of healthy African catfish, Clarias gariepinus, cultured in Saudi Arabia. Counts of viable bacteria ranged from 7.9 ± 4.4 103 to 4.3 ± 5.7 104 colony forming units (cfu)/mL in water; 1.3 ± 2.7 108 to 7.4 ± 4.6 109 cfu/g in sediments; 8.7 ± 1.8 106 to 6.6 ± 5.8 107 cfu/g in gill filaments; and 8.8 ± 6.2 108 to 4.3 ± 2.8 1010 cfu/g in intestines. The bacterial flora was predominantly comprised of gram-negative rods, accounting for 75% of the total isolated strains. Altogether, 11 bacterial species of 8 genera were identified: Aeromonas hydrophila, Shewanella putrefaciens, Vibrio cholerae, Staphylococcus sp., Corynebacterium urealyticum, and Vibrio vulnificus were the most common with the first three dominating (prevalence > 14%) in every population studied.  相似文献   

20.
本研究以辽宁省营口地区刺参(Apostichopus japonicus)养殖池塘为研究对象,利用高通量测序技术,构建不同季节刺参养殖池塘沉积物菌群16S rRNA基因测序文库,解析刺参养殖池塘沉积物菌群的季节性差异和共性,查明影响沉积物菌群构成的主导环境因子。结果显示,营口地区刺参养殖池塘沉积物菌群的丰度和多样性以夏季最高,春秋次之,冬季最低。不同季节刺参养殖池塘沉积物差异菌群呈显著性季节演替特征(P<0.05)。其中,春季差异菌群主要隶属于拟杆菌门(Bacteroides),夏季差异菌群主要隶属于酸杆菌门(Acidobacteria)、疣微菌门(Verrucomicrobia)和浮霉菌门(Planctomycetes),秋季差异菌群主要隶属于厚壁菌门(Firmicutes),冬季差异菌群主要隶属于放线菌门(Actinobacteria)。尽管不同季节沉积物细菌组分比例不同,但第一优势菌门均隶属于变形菌门(Proteobacteria)(相对丰度>43.19%)。环境因子中,影响刺参养殖池塘沉积物菌群的主导环境因子为温度、总有机碳、总氮和pH。本研究将为刺参养殖池塘微生态调控提供理论参考。  相似文献   

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