中国明对虾(Fenneropenaeus chinensis)肠道微生物区系组成的分子分析

<正>中国明对虾主要分布在我国黄渤海和朝鲜西部沿海,南海部分海域也有少量存在,是我国重要的海水养殖对虾之一。中国明对虾是中国的特产,也是重要的出口水产品,无论是品质还是市场价格都远远高于其他养殖对虾品种,其最高养殖年产量曾达到近20万吨。而随其养殖规模的扩大,对虾疾病的发生越来越频繁,1993年爆发的病毒性流行病,使中国明对虾的养殖遭受毁灭性打击,此后始终未能全面恢复。     

应用PCR-DGGE分析南美白对虾肠道微生物多样性

从南美白对虾肠道中提取微生物基因组总DNA,以细菌16SrRNA基因通用引物341F/534R进行V3高变异区域PCR扩增,长约200bp的PCR产物纯化后经变性梯度凝胶电泳(DGGE)分离,获得微生物群落的特征DNA指纹图谱。通过DGGE图谱的半定量分析,发现样品的优势群落明显。结果表明,PCR-DGGE是研究水产动物肠道微生物多样性的可行方法。     

异养硝化-好氧反硝化菌株X3的环境适应性

测定了不同环境因子，包括温度、盐度、pH、碳源、C∶N等的变化对菌株的生长和脱氮能力的影响以及该菌株对不同抗生素的敏感性。结果表明，该菌株最适生长条件为温度28℃、盐度30、pH 8.5、乙酸钠为碳源、碳氮比10∶1；在盐度20~80、温度25~37℃、pH 7.5~9.5、碳源为葡萄糖或乙酸钠、碳氮比5∶1~15∶1环境条件下均能良好生长，脱氮效率均可达到80%以上；在盐度为150的培养液中仍能生长。药敏试验结果表明，该菌株仅对诺氟沙星、氧氟沙星和多粘霉素B敏感，对其余27种常用抗生素具有抗药性。研究结果说明,该菌株对海水养殖环境适应性良好，在海水养殖水质处理方面具有巨大的应用潜力。     

刺参养殖池环境细菌群落对底质改良剂的响应

运用平板培养计数法、最大或然数法和16S rRNA 基因的 PCR-DGGE 指纹图谱技术，分析发病刺参池塘环境中不同生理类群细菌数量及群落结构对底质改良剂的响应。结果显示，加入底质改良剂后，发病刺参池塘沉积环境中的总异养菌、硝化细菌、硫酸盐还原细菌等的数量在最初的2–4 d 有所上升，但升高幅度小于对照组，且在之后的2–4 d 内下降至加改良剂之前菌量；在加入底质改良剂后第2天，弧菌和硫化细菌数量便迅速下降，明显低于对照组。PCR-DGGE 图谱及测序结果显示，刺参养殖环境细菌优势菌分别属于绿弯菌门、变形菌门的莫拉菌科、柄杆菌科和气单胞菌科以及厚壁菌门的芽孢杆菌科和乳杆菌科的某种细菌，多样性指数在2.5–3.5之间。实验组加入底质改良剂后，气单胞菌属两种细菌数量逐渐下降。研究结果表明，底质改良剂可改变沉积环境中不同细菌类群的数量，降低致病菌的数量，从而改善底质环境并对“刺参腐皮综合征”起到防治作用。     

夏季桑沟湾养殖水域有机碳的平面分布特征及其来源分析

根据2012年8月对桑沟湾养殖海域18个站位取得的溶解有机碳(DOC)、颗粒有机碳(POC)和叶绿素a(Chl-a)数据,基于不同区域的养殖特点,分析了DOC和POC的平面分布特征,并对POC的来源进行了初步探讨。结果表明,整个调查海域表层DOC的浓度范围为1.70～2.82mg/L,平均值为2.03mg/L,大致呈自西向东递减的趋势。表层POC的浓度范围为0.04～1.33mg/L,平均值为0.55mg/L,大致呈自南向北逐渐递增的趋势。网箱养殖区表层DOC和POC含量最高,其次为桑沟湾近岸海域,而海带养殖区最低,这表明有机碳的含量与养殖品种和模式有直接的关系。根据POC/Chl-a比值对POC来源进行初步分析,表明贝类养殖区、海带养殖区、贝藻混养区、桑沟湾近岸海域以及外海对照点的POC主要来自活的浮游植物,而网箱养殖区存在降解的有机物质。     

养殖沉积环境中气单胞菌属细菌的实时荧光定量PCR检测方法的建立

利用GyrB基因的特异性引物建立沉积环境中气单胞菌属细菌的实时荧光定量PCR检测方法。将已知浓度的气单胞菌菌液加入灭菌的沉积物样品中,作为模拟沉积物样品。通过选择和优化沉积物DNA提取方法、特异性引物、标准曲线模板,建立沉积环境中气单胞菌属细菌准确检验的实时荧光定量PCR方法,同时验证该方法的特异性、灵敏性、重复性。结果表明,采用改进的溶菌酶-SDS温和裂解法提取沉积物DNA,以扩增GyrB基因片段的IAF和IAR为特异性引物,并直接以模拟沉积物样品DNA为标准品构建标准曲线,可以建立适用于定量检测沉积环境中气单胞菌属细菌的实时荧光定量PCR方法。该方法可灵敏、特异、准确地定量检测刺参养殖池塘底泥中气单胞菌属中不同种的细菌,检出效率可达103CFU/g。统计分析显示,变异系数为0.21%-0.80%,均小于5%,表明重复性良好。