基于棉花逆转座子的SSAP标记的开发

从棉花BAC序列中鉴定了1个Tyl-copia类逆转座子,根据RNAseH-LTR连接区序列信息设计了特异引物,通过优化试验条件建立了一套经济、高效的SSAP(Sequence-specific amplification polymorphjsm)标记体系.分析棉属不同种的SSAP发现,SSAP在棉属不同种中均有丰富的扩增位点,而且棉花中SSAP多态性位点远高于AFLP(Fragment length poiymorphic markers).这一标记系统可增加棉花染色体端粒区域的标记密度,促进棉花高密度遗传图谱的构建.     

糯玉米DNA提取方法的优化及SSAP方法的建立

在综合现有DNA提取方法和试验材料本身性质的基础上,对糯玉米基因组DNA提取方法进行了优化和改进,筛选出一种适合于糯玉米特异序列扩增多态性(sequence-specific amplification polymorphisms,SSAP)分析的高纯度DNA提取方法。所得DNA的A260/280在1.8~2.0间,A260/230大于2.0,琼脂糖凝胶电泳检测结果也证明该方法获得的DNA完整、无降解现象。通过对不同酶切组合、引物组合等因素的对比试验,初步建立了适用于糯玉米SSAP分析的方法体系,得到了一组条带清晰和多态性丰富的图谱。     

内切酶接头引物对柿属SSAP分子标记扩增的影响

SSAP(sequence-specificam plification polymorphism,序列特异扩增多态性)是种质遗传多样性分析和系统进化研究的有力工具之一。根据10个SSAP引物组合对28份柿属基因型的扩增结果探讨内切酶因素对SSAP逆转座子分子标记扩增的影响。结果表明,在以MseI和EcoRI组合消化的SSAP反应系统,且均以3个碱基作为末端选择性碱基的前提下,MseI与逆转座子引物组合的SSAP扩增性能优于EcoRI与逆转座子引物组合。研究结果为有目的和高效选择内切酶引物进行植物种质资源SSAP分析提供参考。     

黄瓜品种RAPD指纹图谱的构建及遗传相似性分析

利用RAPD技术对22个具有广泛遗传基础的黄瓜品种进行了指纹图谱构建及遗传相似性分析,从240条RAPD随机引物中筛选出27条具有稳定多态性的引物.27条引物共扩增出163条带谱,其中多态性带70条,平均多态性比例为43.10%.9条RAPD引物产生的12个特异性标记可以单一地鉴别9个品种,利用不同引物的组合可将其他品种鉴别出来.通过UPGMA法进行聚类分析,当GSC=0.688 8时,可将22个黄瓜品种分为4个群.22个品种间的平均遗传相似系数为 0.800 4,说明黄瓜的遗传变异较低,遗传基础狭窄.     

红豆杉AFLP分子标记技术体系的建立及应用

采用改良的CTAB法提取红豆杉叶片的基因组DNA,得到适合于AFLP分析的DNA。通过对酶切、连接反应体系,预扩增和选择性扩增体系的调整;通过对聚丙烯酰胺凝胶电泳和银染方法的改进,建立了适合于红豆杉的AFLP分子标记体系;同时,应用该体系对红豆杉供试样品进行分析,发现不同种源的红豆杉之间存在多态性条带,证明红豆杉不同品系间存在差异。     

黄瓜黄叶基因YL的精细定位及候选基因预测

以黄瓜自交系WD1为材料,采用甲基磺酸乙酯(EMS)诱变方式获得了一个稳定遗传的黄叶突变体yl;以黄叶突变体yl为父本、黄瓜自交系S52为母本,构建F_2群体,并对黄叶突变体yl、S52、F_1和277株F_2群体的叶色性状进行调查和遗传分析。结果表明:该突变体受一个隐性核基因控制,且绿色叶对黄色叶为完全显性。利用黄瓜7条染色体上的235对SSR引物对F_2群体的野生型与突变体DNA池进行混合分组分析法(BSA)分析,筛选得到2个DNA池间多态性标记5对,初步将该基因定位在黄瓜4号染色体分子标记SSR15682和SSR05415之间。通过进一步开发和筛选亲本间多态性分子标记,利用277株F_2群体将YL基因定位于黄瓜4号染色体上的分子标记In Del4-9和In Del4-10之间,物理距离为936.39 kb。利用20株黄化苗DNA混池基因组重测序数据和课题组已有的黄瓜自交系WD_1、S52重测序数据以及黄瓜9930基因组数据,对定位区间内基因进行序列分析,推测Csa4G297530为候选基因。     

黄瓜霜霉菌毒性及分子多态性分析

采用7个具有不同抗病性、生态型及标记聚类的黄瓜品种(系)对来自哈尔滨、长春、沈阳、北京、青岛、郑州、徐州、西安8个城市的18个黄瓜霜霉菌株进行了毒性及RAPD标记多态性分析。结果表明,供试菌株存在毒力分化,初步划分为12个毒性类型。利用27个RAPD随机引物对18个菌株进行全基因组DNARAPD扩增共得到230个RAPD标记,其中多态性标记212个,占92.2%。当以欧氏距离8.5为标准时可将供试菌株分为4个类群。菌株间相似系数介于0.267～0.754,各菌株之间的相似性系数较低,在DNA水平上存在差异,具有丰富的遗传多样性。     

SSR法鉴定黄瓜品种津优406的种子纯度

黄瓜是我国重要的蔬菜作物之一,可四季栽培,周年供应,同时其品种资源也较为丰富。随着育种进程的加快,黄瓜新品种数量也在不断增加,每年都会有大量新品种产生,均需要进行品种纯度鉴定。在进行品种SSR分子标记纯度鉴定前,首先都要进行该品种的特异性引物筛选。本研究以黄瓜品种"津优406"为例,选用了150对SSR引物在父母本间及津优406 F1杂交种进行筛选,根据杂交带型互补原则,引物N352和N591在杂交种和父母本间表现多态性,杂交种条带为父母本的互补带型,并且特异性强、带型整齐,非常适合做黄瓜品种津优406的纯度鉴定。并且用该两对引物对津优406多批次多粒种子进行了SSR鉴定,鉴定结果与田间鉴定符合率高达97.0%以上,表明该两对标记可以作为津优406的特异分子标记用于纯度检测。     

茶树AFLP--银染技术体系与品种指纹图谱的建立

通过对影响茶树AFLP—银染技术体系的关键因素作对比研究，建立了一套优化的茶树AFLP分子标记体系．应用该体系研究不同茶树品种的AFLP指纹，结果同一引物对不同品种扩增及不同引物对同一品种扩增都呈现出十分丰富的多态性，图谱清晰，分辨率高。     

50 份黄瓜核心种质的 SSR 标记筛选与聚类分析

【目的】分析 50 份来自全国各地的黄瓜核心种质资源的遗传多样性,为黄瓜育种提供依据和参考。【方法】对 50 份黄瓜核心种质资源的重要外观农艺性状进行统计,并利用全基因组设计 66 对 SSR 引物对其进行分子标记筛选及遗传多样性聚类分析。【结果】供试 50 份黄瓜核心种质材料的瓜皮颜色、刺瘤、瓜皮斑纹具有多样性。66 对引物中有 32 对引物能够在不同黄瓜种质间扩增出清晰而稳定的多态性标记,这 32 对 SSR 引物共扩增出 280 个等位基因片段,其中多态性片段 216 个、占片段总数的 77.1%,表明本研究筛选出的 32 对 SSR 引物遗传多态性较高,适用于黄瓜种质材料的遗传多样性分析。聚类结果与所调查的种质资源性状表现结果较为一致。50 份黄瓜核心种质遗传相似系数最低为 0.62、最高达 1.00。在遗传相似系数 0.754 处,50 份黄瓜种质材料聚为 7 类,即 9 份华南型材料聚为 6 类：I 类、III 类、IV 类、V 类、VI 类、VII 类,其中 IV 类包含 1 份中间材料与 9 号华南型材料;40 份华北型黄瓜材料聚为 1 类：II 类。表明华北型黄瓜材料和华南型黄瓜材料间相似系数低、亲缘关系远;华北型黄瓜材料间相似系数高、亲缘关系近、遗传背景窄、遗传多样性差;而华南型黄瓜材料间相似系数较低、亲缘关系较远、遗传背景宽、遗传多样性丰富。【结论】筛选出 32 对 SSR 引物可有效对 50 份黄瓜核心种质材料进行聚类分析,遗传相似系数为 0.754 处 50 份黄瓜材料聚为 7 类,其结果与性状调查结果相吻合;华北型黄瓜遗传背景窄、遗传多样性差,华南型黄瓜遗传背景相对较宽,遗传多样性丰富。