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【目的】随着不同棉种序列数据库的逐步完善以及高通量测序技术的发展,棉花单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)标记开发可利用的公共数据资源逐步增加。【方法】本研究基于陆地棉祖先基因组的现代种亚洲棉表达序列标签(Expressed sequence tag,EST)数据库,利用CAP3对亚洲棉EST数据库进行拼接。拼接获得7 187个重叠群(Contig),再利用Quality SNP软件进行SNP位点分析。【结果】在807条含有4条以上EST序列的Contig中查找到2 690个SNP位点。通过筛选次要等位基因频率大于30%的位点,获得953个可靠度较高的候选SNP,通过电子筛选,最终获得可用于陆地棉分析的SNP 149个,利用位点特异性聚合酶链式反应以及酶切扩增多态序列验证了EST-SNP的准确性。【结论】本研究证实基于亚洲棉EST数据库挖掘用于陆地棉研究的EST-SNP切实可行,并有望将EST-SNP用于陆地棉遗传图谱构建、重要性状的基因定位以及分子标记辅助育种。 相似文献
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为了挖掘和利用棉属野生种克劳茨基棉(Gossypium klotzschianum)的优异等位基因,本实验室构建了一个(陆地棉泗棉2号×克劳茨基棉)×泗棉2号的BC2F7群体,得到327个家系。通过盐胁迫发芽(1.2%NaCl)和苗期耐盐性鉴定(1.5%NaCl)筛选获得5个耐盐性较好的优异材料。同时在苗期盐胁迫下,测定了叶绿素含量,株高以及根、茎、叶干物质质量等指标。相关分析表明,盐胁迫9d后,相对叶绿素含量与苗期耐盐系数成极显著正相关,说明相对叶绿素含量可以很好地反映苗期的耐盐性,可作为苗期耐盐性的重要指标。 相似文献
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陆地棉ZF-HD蛋白的全基因组分析 总被引:1,自引:0,他引:1
ZF-HD(Zinc finger-homeodomain)蛋白属于同源异型盒蛋白家族,在动植物发育过程中起重要的作用。利用生物信息学的手段,研究陆地棉标准系TM-1基因组中ZF-HD蛋白的数目、亚细胞定位、染色体分布、基序、进化关系和组织表达情况。TM-1中共有35个Gh ZHD蛋白成员,且大部分成员定位到细胞核内;分布在20条染色体和2条Scaffold上,且具有11对直系同源基因;进化树分析表明,TM-1基因组中的ZF-HD蛋白大致分为6个小组,每个小组成员间具有类似的基序类型和排列顺序;大部分Gh ZHD基因在胚珠和纤维组织中表达,还有部分基因在根、茎、花、蕾和分生区中表达,在叶和愈伤组织中表达的基因最少。 相似文献
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陆地棉一个丝氨酸/苏氨酸激酶蛋白基因的克隆与表达分析 总被引:3,自引:1,他引:3
通过RT-PCR获得一个编码棉花丝氨酸/苏氨酸激酶类似蛋白全长的cDNA片段,其编码的氨基酸序列与拟南芥ATPK3的相似度达到82%,这个基因暂被命名为GhPK1。基因全编码区包括1038个核苷酸,编码346个氨基酸的蛋白。GhPK1的编码产物在265~270个氨基酸处有一个跨膜区并可能结合在内质网膜上。GhPK1在种子和纤维中的表达水平较其它组织高。另外,GhPK1的表达量在受到盐胁迫后上升,说明GhPK1可能参与了盐胁迫反应。 相似文献
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陆地棉与三裂棉、斯特提棉和A111种间杂种F1的形态与细胞学 总被引:2,自引:0,他引:2
本文研究了TM-1×三裂棉、江苏棉1号×斯特提棉、泗棉2号×Alll 3个种间杂种F_1的主要形态特征及花粉母细胞减数分裂中期Ⅰ的染色体行为。3个种间杂种F_1的花器官性状大多趋向于父本野生棉,如花冠颜色、花心等;营养器官大多趋向于中间型,如叶色、叶形等。杂种F_1均表现高度不育。减数分裂中期Ⅰ的染色体构型依次为:13.73Ⅰ 12.52Ⅱ 0.03Ⅲ 0.04Ⅳ,28.03Ⅰ 5.38Ⅱ 0.07Ⅲ和33.26Ⅰ 2.87Ⅱ;其染色体组亲和性指数分别为0.9715、0.4192和0.2208。这一结果表明:(1)陆地棉与三裂棉的亲缘关系较近,与斯特提棉的亲缘关系较远,与Alll的亲缘关系更远;(2)泅棉2号×Alll的F_1染色体数为2n=3x=39,其染色体数x=13与棉属相同,其次因Alll原产于澳大利亚,形态上与纳尔逊氏棉、澳洲棉比较接近,因此推测它可能属于棉属的C染色体组种。 相似文献
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旨在减少棉花杂交制种用工,提高棉花杂交制种工效,降低棉花杂交种子生产成本。采用GA3溶液诱导棉花长柱头,不去雄直接授粉;采用小型强磁高速电动机作为动力,研制小型田间快速采粉器,同时研制与采粉器配套使用的简易授粉器。通过多年的研究,研制出一种新的杂交棉制种新方法,即用100 mg/kg浓度的GA3溶液,处理8~18天母本的幼蕾,每花点滴量150~200μL,开花当天,不去雄父本花粉直接授予母本伸长的柱头上;研制出与之相配套的棉花快速采粉器和低温贮能式授粉器,操作简便,田间采粉速度快,授粉效率高,生产的杂交种子纯度在95%以上,符合国家良种要求。该研究将稳定的诱导技术与采粉器和授粉器结合应用于棉花杂交制种,可节省大量用工,综合提高制种工效30%以上。 相似文献
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