基于全基因组序列和E距离信息的CoxA16病毒亲缘关系分析

柯萨奇病毒A组16型(CoxsackievirusA16,CoxA16)病毒是引起手足口病(Hand,footandmouthdisease,HFMD)的主要病原体。为了解不同地区CoxA16病毒株的系统进化关系,收集了NCBI数据库中注释有具体地区分布的23条CoxA16全基因组序列,分别采用Kimura2-parameter法和E距离法对病毒株进行亲缘关系分析。结果表明,基于E距离的系统进化树最大程度地吻合了Kimura 2-parameter遗传距离法构建的系统进化树,且E距离法普适性较强,颇具应用潜力,为更精确地判断病毒株之间的进化关系提供了一条新途径。     

EV71病毒3C蛋白真核表达载体的构建及表达

[目的]构建EV71病毒3C蛋白的真核表达载体,并验证其在细胞中的正确表达。[方法]采用RT-PCR技术,从EV71病毒基因组RNA中扩增3C基因,克隆到真核表达载体pc DNA3.0-Flag上,并转染He La细胞,通过Western blot和免疫荧光验证3C蛋白的表达。[结果]酶切及测序鉴定显示,EV71病毒3C真核表达载体构建成功。Western blot和免疫荧光结果证实3C蛋白在He La细胞中成功表达。[结论]该研究成功构建了真核表达载体pc DNA3.0-Flag-3C,为进一步研究EV71病毒3C蛋白生物学功能奠定了一定基础。     

2株H9N2亚型禽流感病毒全基因组序列测定及遗传性分析

[目的]探讨2株H9N2分离毒株与其他参考毒株的全基因组遗传变异关系。[方法]采用RT-PCR技术扩增了2株H9N2亚型禽流感病毒分离株8个基因片段的全基因序列,并对所得序列与6个参考毒株进行了同源性比较及遗传进化树分析。[结果]2个毒株与6个参考毒株全基因组同源性在91.1%～95.4%,PG08与C/BJ/1/94的全基因序列的核苷酸同源性最高为91.3%;而ZD06与D/HK/Y280/97最高为92.3%。2个分离株的HA基因裂解位点均为PARSSR/GLF,均为H9N2低致病力禽流感病毒。[结论]ZD06株与C/Pak/2/99的亲缘关系最近,属欧亚种系;PG08株与其他毒株亲缘关系稍远,它可能是不同亚支基因重排的产物。     

2株H9N2亚型禽流感病毒全基因组序列测定及遗传性分析（摘要）

[目的]了解2株H9N2分离毒株与其他参考毒株的全基因组遗传变异关系。[方法]采用RT-PCR技术扩增了2株H9N2亚型禽流感病毒分离株8个基因片段的全基因序列,并对所得序列与6个参考毒株进行了同源性比较及遗传进化树分析。[结果]2个毒株与6个参考毒株全基因组同源性在91.1%～95.4%,PG08与C/BJ/1/94的全基因序列的核苷酸同源性最高为91.3%;而ZD06与D/HK/Y280/97最高为92.3%。2个分离株的HA基因裂解位点均为PARSSR/GLF,所以均为H9N2低致病力禽流感病毒。[结论]ZD06株与C/Pak/2/99的亲缘关系最近,属欧亚种系;PG08株与其他毒株亲缘关系稍远,它可能是不同亚支基因重排的产物。     

利用RAPD指纹分析技术分析3种鲤科鱼群体的遗传变异

[目的]研究鲤鱼、鳙鱼、武昌鱼这3种常见淡水鱼类的亲缘关系。[方法]利用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术对鲤鱼、鳙鱼、武昌鱼种群间的亲缘关系进行分析。[结果]结果表明,武昌鱼与鳙鱼、武昌鱼与鲤鱼的遗传距离相近,分别为0.654 70、.652 2,而鲤鱼与鳙鱼之间的遗传距离为0.5873。[结论]鲤鱼、鳙鱼间的亲缘关系比武昌鱼、鳙鱼,武昌鱼、鲤鱼之间的亲缘关系近。     

海鲢细胞色素b基因的序列分析

[目的]分析中国海鲢的分类地位。[方法]从浙江、海南和广东3个地区的4尾海鲢中提取DNA,测定其线粒体细胞色素b(Cytb)基因部分序列,结合GenBank中Elops hawaiensis、E.saurus和E.affinis的相关序列,采用Kimura 2-parameter模型计算各类群间的遗传距离,并以大海鲢为外类群,用邻接法构建系统发育树。[结果]海鲢Cytb 5′端646 bp同源序列中A+T的含量(51.9%)高于G+C含量(48.1%);变异位点有29个,其中单碱基变异位点24个,简约信息位点数为5;转换/颠换比>4.0。在分子系统树上,中国海鲢与E.hawaiensis以98%的自展置信值聚为一支,然后与E.saurus成姐妹群。中国海鲢与E.saurus和E.affinis遗传距离分别为0.013~0.015和0.034~0.035,处于3个已知种的种间水平,而与E.hawaiensis间遗传距离为0.000~0.004,比自身之间的遗传距离还要小。[结论]推测中国东南沿海的海鲢或为E.hawaiensis。     

猪圆环病毒2型201105ZJ分离株的遗传变异分析

[目的]了解我国部分地区猪圆环病毒2型（PCV2）的遗传变异特性。[方法]使用细胞传代的方法对 PCR检测为猪圆环病毒2型阳性的病料进行病毒分离,并通过 PCR、IFA进行初步鉴定,并特异性扩增出该分离病毒的全基因组,并进行同源性和系统进化树分析。[结果]该研究成功分离出1株 PCV2毒株,并命名为201105ZJ株;该分离株能在 PK15细胞上增殖,特异性 PCR检测可扩增出特异性片段,经 PCV2阳性血清作用后,呈现特异性免疫荧光,其 TCID50偏低,为102.67;基因组全长1768bp,与13株参考毒株的序列同源性介于94.1%～96.8%;与 AF055392PCV2a的同源性最高,为96.8%;分离株201105ZJ 和AF055392属于基因型 PCV2a,与 PCV2c基因型亲缘关系较远。[结论]该研究中201105ZJ分离株的遗传变异特征对于疫苗的研发、PCV2致病机理的研究和华东地区 PCVAD的防控提供了理论依据。     

猪圆环病毒2型201105ZJ分离株的遗传变异分析（英文）

[目的]了解我国部分地区猪圆环病毒2型(PCV2)的遗传变异特性。[方法]使用细胞传代的方法对PCR检测为猪圆环病毒2型阳性的病料进行病毒分离,并通过PCR、IFA进行初步鉴定,并特异性扩增出该分离病毒的全基因组,并进行同源性和系统进化树分析。[结果]该研究成功分离出1株PCV2毒株,并命名为201105ZJ株;该分离株能在PK15细胞上增殖,特异性PCR检测可扩增出特异性片段,经PCV2阳性血清作用后,呈现特异性免疫荧光,其TCID50偏低,为102.67;基因组全长1768bp,与13株参考毒株的序列同源性介于94.1%~96.8%;与AF055392PCV2a的同源性最高,为96.8%;分离株201105ZJ和AF055392属于基因型PCV2a,与PCV2c基因型亲缘关系较远。[结论]该研究中201105ZJ分离株的遗传变异特征对于疫苗的研发、PCV2致病机理的研究和华东地区PCVAD的防控提供了理论依据。     

基于ITS+matK序列探讨部分藤黄属植物的种间亲缘关系

对14个藤黄属物种26份样品的ITS和matK进行PCR扩增和测序,应用Kimura 2-parameter遗传距离与最大似然法(ML)和邻接(NJ)系统树分析法进行分析,旨在研究其种间亲缘关系。结果发现,所有藤黄属样品分为四大支且能明显分开,显示出该属植物的亲缘关系。分布于亚洲和美洲的物种能够分开,表明不同的地理环境造成了不同的进化方向。木竹子和菲岛福木在我国有较高的遗传多样性。ITS+matK序列分析可作为藤黄属植物亲缘关系鉴定的手段。     

基于线粒体ATP6基因序列的作物系统发育研究

ATP6编码ATP合酶a亚基,对酶正常功能的实现作用重要。为探讨线粒体ATP6基因在作物系统发育分析上的应用,采用NJ法的Kimura 2-parameter模型、E距离模型,以及最大似然法对30种作物进行分子系统树构建,并结合植物形态学分类结果进行比较分析。结果表明,基于NJ法和最大似然法的ATP6系统发育树聚类结果一致,契合现有植物形态学分类,在分析作物物种分化起源上有巨大潜力。     

基于ARM的温室环境监控系统的湿度采集设计

提出了一种以ARM处理器LPC2212为核心的温室环境监控系统的湿度采集设计方案,系统采用SHT71为湿度传感器,LPC2212为控制器,实现了对温室环境的湿度参数采集。在此基础上,详细阐述了湿度采集电路的硬件设计和软件实现。     

肌注手足口病(EV71型)人免疫球蛋白的研制

[目的]研制肌注手足口病(EV71型)人免疫球蛋白,用以治疗重症手足口病。[方法]以特异性血浆为原料,采用低温乙醇法结合离子交换层析制备手足口病(EV71型)人免疫球蛋白,对其层析条件进行优化,制定了手足口病(EV71型)人免疫球蛋白检测的质量标准,并对手足口病(EV71型)人免疫球蛋白相关指标进行检测。[结果]血浆内EV71型中和抗体效价大于1∶60的血浆份数占30%以上,制品各项检测指标符合制定的质量标准。[结论]可直接从自然感染的手足口病的供血浆员中筛选出抗EV71型高效价血浆,制备手足口病(EV71型)人免疫球蛋白。     

一种改进的Hausdorff距离的图像匹配算法仿真分析

在农作物病虫害的图像诊断中,应用基于Hausdorff距离的边缘图像匹配算法可简便计算。但Haus-dorff距离缺点是不能处理目标被遮掩和外部点存在的情形,鲁棒性不足。针对传统Hausdorff距离匹配算法的缺点,引入一种改进的Hausdorff距离算法。改进的Hausdorff距离匹配算法可以对有噪声、遮掩、分辨率降低和水平角度旋转的图像进行很好的匹配。通过仿真,证明了改进的Hausdorff算法具有更强的鲁棒性和适应性,能在有畸变的图像中估计出最佳的匹配位置。     

甘蔗基因型的鉴定与分类

应用表型聚类法,根椐7种性状的欧氐距离把40个甘蔗基因型划分为6个类群,从中筛选出24个基因型。进而应用遗传聚类分析,根椐6种性状的马氐距离把24个基因型划分为5个类群。发现经济性状最突出的类群是由来自印度尼西亚的早熟高产高糖基因型福引79-8和来自毛里求斯的中熟高产高糖基因型福引79-9组成,经多点多年区试验证,这两个优良基因型的平均蔗茎产量和蔗糖产量均比对照种显著增产,可能成为福建蔗区的更新换代品种。结果还表明,聚类分析不仅是指导甘蔗亲本选配的有用工具,而且和稳定性分析一样,也是筛选鉴定甘蔗无性系,完善现有育种程序,提高选择效率的精确而有效的方法。     

若干块循环图的距离谱和距离能量

计算一些块循环图的距离谱和距离能量．在此基础上，给出一个从一组距离正则的非同谱等能量图构造任意多组距离正则的非同谱等能量图的方法．     

甘蔗新品种Sp71-6180的引种试验初报

Sp71-6180是云南省农科院甘蔗研究所1995年从墨西哥引进,经过引种疫情检测、繁殖观察、试验筛选和全省甘蔗品种区试及生产示范选择而成的优良甘蔗新品种。Sp71-6180出苗整齐,生势强,脱叶性好,成茎率高,宿根性强,为中小茎种,早熟高糖高产种。该品种通过各试验阶段表明:平均产蔗100.95t/hm2,比对照ROC10增产24.1%,比桂糖11号增产16.6%;甘蔗平均含糖分14.89%,比对照ROC10高0.58%,比桂糖11号高0.59%,其中,11月份甘蔗含糖分13.27%,较二对照高1.36%～1.63%;平均含糖15.6t/hm2,比对照ROC10增产30.1%,比桂糖11号增产25.4%。该品种适宜于旱地栽种,适应性广,经过黑穗病人工接种鉴定为1级高抗。该品种表现优良,达到国家甘蔗新品种审定标准,于2004年10月通过云南省作物品种审定委员会审定。     

CYP71AV1和CPR基因在转基因青蒿后代中的遗传分析

为研究CYP71AV1和CPR基因在转基因青蒿后代中的遗传及表达特性,在获得共转CYP71AV1和CPR基因青蒿(GYR)T0代的基础上,对其T2代用普通PCR和Southern Blot分别检测了目标基因分离比及部分植株中目标基因拷贝数;利用实时定量PCR分析了部分植株中目标基因的转录水平;利用HPLC-ELSD测定了其青蒿素含量;对其关键农艺性状也进行了测定。结果表明虽然目标基因在世代间可以顺利遗传,但其拷贝数则有一些不规则的变化,转基因位点的纯合较难实现;目标基因的表达也受到基因组的修饰限制系统影响。T2代青蒿素含量最高的一组平均含量比对照提高46.9%,植株鲜重和叶片干重则没有显著差异。本研究为进一步获得遗传稳定的转基因青蒿株系打下了基础。     

烤烟外引品种NC 71烟叶样品质量研究

本研究以NC 71与对照品种K 326和NC 89在南北烟区9个省(市)的10个种植试点的烟叶样品为试材,在外观质量、常规化学成分、常规烟气成分、感官质量、主要致香成分五个方面进行了分析比较,结果表明NC 71在外观质量上与南北烟区对照品种K 326和NC 89相当,部分NC 71样品身份或油分稍好于对比品种;未检测出碱糖、碱氮、钾氯比值都较协调或是都不协调的样品,部分NC 71样品钾氯或碱糖和钾氯比值较协调。南方烟区湖南永州的NC 71样品碱糖和碱氮比值不协调;NC 71在焦油、一氧化碳和烟碱含量上总体高于照比品种;南北烟区种植试点的NC 71样品综合感官质量表现较好;北方烟区三种植试点NC 71致香物质总量优于NC 89,南方种植试点NC 71与K 326在致香物质含量上各有优势。     

环境和扩散对草地群落构建的影响

植物群落构建机制是生态学研究的热点之一。长久以来这个难题并没有得到很好的解释,且争议较多。生态位理论或中性理论,或是二者的共同作用,这样的结论在不同的研究中都有印证。以黄土高原子午岭地区的草地群落为例,对3种不同的草地群落(5a的弃耕地、阴坡和阳坡的草地)进行了野外群落学调查,采用Mantel test和主轴邻距法(PCNM)分析方法,研究了空间地理距离和环境资源差异对于草本植物群落分布的影响,结果表明:地理距离和环境差异共同解释了群落组成相似性的79.3%,剔除环境因子的影响,地理距离解释了群落组成相似性的33.8%;而剔除地理距离的影响,环境因子解释了群落组成相似性的14.2%。无论是生态位理论还是中性理论,其在黄土高原草本群落构建过程中都有作用,但中性理论扮演了更为重要的角色。     

3种鱼群个体间距的计算方法比较

对实验室水族箱中的鱼群空间分布状态进行录像,采用质心法、线段法和三点折线法计算个体间距离。结果表明,由3种方法计算获得的个体间距值均随着群体的个体尾数的增加而趋近于0.5～2倍体长(BL)的范围内。线段法与三点折线法的计算结果基本相同,而质心法的计算结果的精度低于其它两种方法。在间距大于0.2 BL时,三点折线法计算得到的个体间距的频率分布普遍高于线段法,计算结果更准确。同时线段法和三点质心法所获得的个体间距在0.6～0.8 BL范围内的频率达到最大,该范围为鱼类偏好的距离范围。