| 基于全基因组序列和E距离信息的CoxA16病毒亲缘关系分析 |
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| 引用本文： | 向妍,徐西林,张永生,谭泗桥,李柯,胡晓天,周玮.基于全基因组序列和E距离信息的CoxA16病毒亲缘关系分析[J].湖南农业科学,2014(17). |
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| 作者姓名： | 向妍 徐西林 张永生 谭泗桥 李柯 胡晓天 周玮 |
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| 作者单位： | 1. 湖南农业大学植物保护学院植物病虫害生物学与防控湖南省重点实验室，湖南 长沙410128; 湖南农业大学湖南省生物农药与制剂加工工程技术研究中心，湖南 长沙410128
2. 湖南农业大学植物保护学院植物病虫害生物学与防控湖南省重点实验室，湖南 长沙410128; 湖南省烟草公司郴州市公司，湖南 郴州423000; 湖南农业大学湖南省生物农药与制剂加工工程技术研究中心，湖南 长沙410128 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金青年项目(31301388)；湖南省自然科学基金(14JJ3092)；湖南省科学技术厅科技计划项目(2014GK3046)；湖南农业大学大学生创新性实验计划项目(71)；中国博士后面上项目 |
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| 摘 要： | 柯萨奇病毒A组16型(CoxsackievirusA16,CoxA16)病毒是引起手足口病(Hand,footandmouthdisease,HFMD)的主要病原体。为了解不同地区CoxA16病毒株的系统进化关系,收集了NCBI数据库中注释有具体地区分布的23条CoxA16全基因组序列,分别采用Kimura2-parameter法和E距离法对病毒株进行亲缘关系分析。结果表明,基于E距离的系统进化树最大程度地吻合了Kimura 2-parameter遗传距离法构建的系统进化树,且E距离法普适性较强,颇具应用潜力,为更精确地判断病毒株之间的进化关系提供了一条新途径。
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| 关 键 词： | CoxA16病毒 全基因组 Kimura 2-parameter遗传距离 E距离 进化树 |
Phylogenetic Relationship of Coxsakie Virus A16 Based on Genomes Sequence and E Distance |
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| XIANG Yan,XU Xi-lin,ZHANG Yong-sheng,TAN Si-qiao,LI Ke,HU Xiao-tian,ZHOU Wei.Phylogenetic Relationship of Coxsakie Virus A16 Based on Genomes Sequence and E Distance[J].Hunan Agricultural Sciences,2014(17). |
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| Authors: | XIANG Yan XU Xi-lin ZHANG Yong-sheng TAN Si-qiao LI Ke HU Xiao-tian ZHOU Wei |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | coxsackievirusA16 (CoxA16) genome Kimura2-parameterdistance Edistance phylogenetictree |
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