花生果种皮特异表达基因候选片段的分离

应用改良的琼脂糖凝胶电泳展示DDRT—PCR产物的方法分离花生果种皮特异表达基因，共分离出24条差异表达片段．经测序后排除重复，最终得到8条差异片段．其中1条为花生上已知基因片段，余下7条均为花生上尚未报道过的基因．此7个片段序列已登录Genbank，其登录号分别为DQ450065、DQ450066、DQ450067、OQ450068、DQ450069、OQ450070、DQ450071．同时本研究还对应用琼脂糖电泳分离DD—PCR产物的方法进行了探讨．     

暴露于异丙隆中文蛤差异表达基因的研究

为了研究文蛤经异丙隆处理后引起的细胞基因表达变化,探索文蛤暴露于农药后分子水平上基因的开放、关闭或表达量的改变,以寻找和发现有价值的指示农药污染的生物标记物基因.在恒定温度(25℃)条件下驯化文蛤7 d,将驯化后的文蛤分为2组(每组20个),给药组文蛤暴露于添加除草剂异丙隆的海水中处理30 d,对照组文蛤暴露于天然海水中处理30 d,用酸性酚-硫酸氰胍-氯仿提取法纯化文蛤鳃总RNA,用4种锚定引物,以总RNA为模板在反转录酶的作用下合成cDNA第一链,以cDNA第一链为模板,在锚定引物和随机引物的作用下连续进行2轮PCR反应,用非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳分离PCR产物,银染法显色.对聚丙烯酰胺凝胶电泳显示的差异条带进行回收,并对差异基因片段进行第2次扩增,经琼脂糖电泳后回收基因片段.结果共得到cDNA扩增片段约400条,其中有60余种基因片段的表达发生了明显的差异.在文蛤适应除草剂污染过程中有12个基因表达上调,有11个基因表达下调,有22个基因片段只在试验组表达,有23个基因片段只在对照组表达.基因差异片段可能与指示农药污染的生物标记基因的表达有关.     

桃RAPD扩增产物的不同电泳检测及其序列特征分析

以16个桃品种为试验材料,选用11个碱基引物以及严格筛选PCR退火温度的RAPD技术,对琼脂糖凝胶及聚丙烯酰胺凝胶电泳检测的RAPD、PCR扩增产物进行比较.结果表明,聚丙烯酰胺凝胶电泳检测出的总谱带及多态性谱带数均高于琼脂糖凝胶,前者不存在或少存在共迁移性的现象.随机选取19个片段,发现其中有6条是编码蛋白的基因片段,说明RAPD不仅扩增基因组上的非编码蛋白序列,同时可扩增编码蛋白的基因片段,能够较全面客观地反映不同桃品种遗传上的差异.     

核桃RAPD扩增产物的不同电泳检测及其序列特点

1.3%琼脂糖凝胶和5%聚丙烯酰胺凝胶电泳对核桃RAPD扩增产物检测的结果表明,5%聚丙烯酰胺凝胶对RAPD扩增产物的分离效果较1.3%琼脂糖凝胶好。根据两者的电泳结果构建了树状聚类图,聚类结果大致相同,两种电泳方法都能正确地反映出品种间的遗传关系。通过挑选20个片段进行克隆,发现20条序列都来自核桃基因组。其中,编码蛋白基因的序列为5条,占所克隆片段的25%。     

库尔勒香梨萼片脱落与宿存相关基因的差异表达分析

[目的]利用mRNA差异显示(mRNA differential display PCR,DDRT-PCR)技术,寻找、筛选并确定与库尔勒香梨萼片脱落和宿存相关基因的差异表达时期以及相关的差异基因.[方法]以新疆库尔勒香梨盛花前期、盛花期及其盛花后期三个时期同一花序的第2和第4朵花为试材,通过DDRT-PCR技术分离和克隆库尔勒香梨萼片脱落和宿存相关基因片段.[结果]分离得到42条差异片段,其中双引物片段有7条,在GenBank中同源性比较发现有2条与控制开花以及激素调节有密切关系的SPL和MYB类转录因子有很高的同源性,分别是78;和86.83;.[结论]实验为获得香梨萼片脱落与宿存差异表达基因建立的体系.为相关基因全长的克隆奠定基础,并为进一步验证其功能提供依据.     

白菜叶缘裂刻近等基因系的cDNA-AFLP分析及SCAR标记的转化

【目的】寻找与白菜叶缘裂刻发育相关的表达基因,了解叶缘裂刻调控的分子机理。【方法】应用cDNA-AFLP技术从mRNA表达水平研究白菜叶全缘和裂刻近等基因系间基因表达的差异。【结果】共获得57条差异片段,合并归属于55条非重复序列,其中在叶全缘株系中增强或特异表达的有25条,叶裂刻株系中增强或特异表达的有30条。54条差异片段可以在NCBI数据库中找到同源序列(包括EST)、其中42条为已知基因,1条没有找到同源序列。按照其参与的生物学途径归类,已知基因片段参与了代谢、转录、细胞囊泡运输、蛋白质合成和降解、蛋白质储藏与运输、信号传导、光合系统、基因转座等相关过程。用AFLP转化的SCAR标记在分离群体上验证结果表明,SEL7B16-SCAR检测片段的表达模式与cDNA-AFLP结果一致。【结论】构建了白菜叶缘裂刻发育调控基因表达谱,识别了与已知NAC036、DP-2、MYB77、TCP24参与调控裂刻发生基因密切相关的片段。基于cDNA-AFLP特异序列,开发了1条与裂刻紧密连锁的SCAR标记,命名为SEL7B16-SCAR,可用于裂叶纯合和杂合的分子辅助选择。     

白菜叶缘裂刻近等基因系的cDNA-AFLP分析及SCAR标记的转化#br#

【目的】寻找与白菜叶缘裂刻发育相关的表达基因,了解叶缘裂刻调控的分子机理。 【方法】应用cDNA-AFLP技术从 mRNA 表达水平研究白菜叶全缘和裂刻近等基因系间基因表达的差异。【结果】共获得 57 条差异片段,合并归属于 55 条非重复序列,其中在叶全缘株系中增强或特异表达的有 25 条,叶裂刻株系中增强或特异表达的有 30 条。54 条差异片段可以在 NCBI 数据库中找到同源序列(包括 EST)、其中42 条为已知基因,1条没有找到同源序列。按照其参与的生物学途径归类,已知基因片段参与了代谢、转录、细胞囊泡运输、蛋白质合成和降解、蛋白质储藏与运输、信号传导、光合系统、基因转座等相关过程。用 AFLP 转化的 SCAR 标记在分离群体上验证结果表明,SEL7B16-SCAR 检测片段的表达模式与 cDNA-AFLP 结果一致。【结论】构建了白菜叶缘裂刻发育调控基因表达谱,识别了与已知NAC036、DP-2、MYB77、TCP24 参与调控裂刻发生基因密切相关的片段。基于cDNA-AFLP特异序列,开发了1条与裂刻紧密连锁的 SCAR 标记,命名为SEL7B16-SCAR,可用于裂叶纯合和杂合的分子辅助选择。     

利用DDRT-PCR研究丝羽乌骨鸡与AA肉鸡肝脏基因表达的差异

利用mRNA差异显示技术研究丝羽乌骨鸡(SK)与引进的快大型肉鸡品种爱拔益加肉鸡(AA)之间肝脏组织基因表达的差异.采用非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳结合银染方法分离差异片段,利用单链构象多态性(SSCP)技术验证差异显示片段的重扩增产物成分的单一性,采用反向Northern斑点杂交技术对获得的差异显示cDNA片段进行了差异真实性的鉴定.共获得了丝羽乌骨鸡与AA肉鸡差异表达cDNA片段38条,其中26条为丝羽乌骨鸡肝脏表达,而AA肉鸡不表达;其余12条为AA肉鸡肝脏表达,而丝羽乌骨鸡不表达.该结果为进一步研究丝羽乌骨鸡特异基因的表达探索了一种可行的方法,并积累了一定的基础资料.     

花生栽野杂交后代抗病基因类似物的克隆与分析

【目的】在花生野生种、栽培种及栽野杂交后代中,克隆抗病基因类似物(Resistance gene analog,RGA)相关基因片段,为抗病基因的进一步分离、鉴定及利用奠定基础。【方法】以14个花生栽野杂交种和2个抗病花生亲本为材料,应用PCR方法扩增来自基因组DNA的抗病基因类似物序列,并分析其同源性。【结果】扩增出15条来自基因组DNA的抗病基因类似物序列,序列长度在500bp左右,由此推导出的15条氨基酸序列含有典型的NBS保守区的N端糖基化位点、蛋白激酶C磷酸化位点、酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点、N-豆蔻酰化位点。15条花生RGA氨基酸序列间的同源性在73.2%~100.0%,与已发表的花生抗病基因类似物的相似性较高,达72.1%~100.0%;与已知的其他作物的抗病基因编码的氨基酸序列有34.1%~54.6%的同源性。【结论】分离到的15个花生抗病基因同源片段为抗病基因的部分序列。     

绵羊TTF-1基因的克隆及DNA多态性分析

自行设计2对引物,采用PCR方法从绵羊基因组中扩增获得2条目的片段,将其克隆转化并进行酶切鉴定及测序分析,结果表明所得序列为绵羊甲状腺转录因子-1(TTF-1)基因第1和第2外显子片段(GenBank登录号分别为DQ010919和DQ010920).分析发现,2条序列分别由318和249个核苷酸组成,编码105和82个氨基酸组成的多肽.同源性比对显示,绵羊TTF-1基因的核酸和蛋白质序列在分子进化上相当保守.利用PCR-SSCP方法对TTF-1基因在不同繁殖力绵羊品种间的DNA多态性检测表明,2个克隆片段的核酸序列在品种间无差异.     

毛细管电泳快速检测限制性内切酶酶切产物

[目的]建立1种利用毛细管电泳快速、高效检测限制性内切酶酶切产物的方法。[方法]以甲基纤维素(MC)为筛分介质,用PBR322/BsuRⅠDNA Marker为试验对象,研究筛分介质浓度、pH值、毛细管柱温度和电场强度对毛细管电泳法分离小片段双链DNA的影响,寻求最佳电泳条件,并将此方法用于检测MspⅠ内切酶的酶切产物。[结果]MC浓度对双链小片段DNA的分离度有较大影响。随MC溶液浓度的增加,分离度呈先增后减的趋势。毛细管电泳的最佳条件为:MC浓度为2.0%,pH值为8.0,毛细管柱温度15℃,电场强度为275 V/cm。在此条件下,对MspⅠ内切酶的酶切产物进行检测,在20 min内检测到3个酶切片段。[结论]与平板凝胶电泳相比,运用毛细管电泳检测小片段限制性内切酶酶切产物更高效。     

鱼糜制品中基因组DNA提取方法的比较

将分别采用普通酚-氯仿抽提法和试剂盒(柱吸附法)提取DNA的两种方法加以比较,以确定最适提取鱼糜制品DNA的方法.将鱼肉和鱼糜制品作为原料,用两种方法提取基因组DNA,利用分光光度计测定其A260与A280的吸光值,计算比率估计核酸的纯度,并利用琼脂糖凝胶电泳观察DNA片段在凝胶中的位置;并用线粒体16S rRNA基因PCR扩增产物鉴定所提取的基因组DNA.     

菖蒲芋螺不同大小基因组DNA片段的分离制备

使用常规酚/氯仿抽提法(CTAB法)、离心柱法和磁珠吸附法,分别从菖蒲芋螺毒腺、肌肉及肝胰脏中提取基因组DNA,利用普通琼脂糖凝胶电泳与脉冲场电泳(PFGE)对基因组DNA片段进行分离,并检测提取DNA的大小和分布范围,同时,对脉冲场电泳条件进行了优化。结果表明,3种方法均可提取基因组DNA,其中CTAB法和离心柱法提取的毒腺DNA纯度高,产率大,可用于后续实验,而磁珠法产率适中且纯度不高,但离心柱法的DNA片段较小,大多在9 kb以下,而CTAB法提取的DNA片段较大,获得的20 kb以上的大片段量较多,更适合于大片段基因组文库的构建。3种芋螺组织中,肝胰脏产率最高但片段弥散有降解,毒腺DNA片段较大且集中,产率也较高,而肌肉的DNA片段产率最低且片段较小。因此,用CTAB法提取菖蒲芋螺毒腺的DNA更适合构建大片段基因组DNA文库。筛选高质量的菖蒲芋螺的DNA,利用优化的脉冲场电泳条件进行分离回收,获得了不同大小片段的DNA,为后续菖蒲芋螺不同载体系统的基因组文库构建奠定了基础。     

适于SSR-PCR的农作物基因组总DNA高通量提取方法的建立

[目的]建立一种新的、通用、快速的农作物基因组总DNA提取方法,为应用分子标记技术研究遗传多样性及变异提供方便.[方法]分别从甘蔗、水稻、玉米、花生和大豆5种作物中提取基因组DNA,用琼脂糖凝胶电泳对所提取的DNA质量进行检测,然后每种作物分别选取两对SSR引物进行PCR扩增,用聚丙烯酰胺凝胶电泳检测扩增结果.[结果]采用该提取方法,不同作物产生的纯DNA在100.0~160.0 g/g,提取DNA的A260/A280比率在1.80~1.95.此外,电泳凝胶未出现可见的RNA污染,每个作物基因组DNA单一条带非常清晰,DNA结构完整,质量较高,适用于分子标记的研究.应用SSR分子标记进行PCR扩增,重复性、稳定性好,经琼脂糖凝胶电泳检测,条带清晰且分辨率较高.[结论]建立的DNA提取方法为直接将叶片剪碎后装入EP管中,加入提取缓冲液进行DNA提取,省去了用液氮研磨的过程.与传统的DNA分离方法相比,新建立的DNA提取方法具有高通量、简单、快速、经济效益高等优点.     

mCTAB-dLiCl法高效提取花生各组织部位RNA及其验证

[目的]探讨花生不同组织部位RNA提取方法,为开展花生分子生物学研究奠定基础.[方法]在CTAB法的基础上,设计一种改良的mCTAB-dLiC1法,其使用高质量体积分数的KAC除去组织中的多糖,使用两次10.0 mol/L的LiC1沉淀RNA,采用琼脂糖凝胶电泳检测RNA质量,核酸蛋白分析仪测定RNA纯度,并通过逆转录、RT-PCR和cDNA-SCoT验证其质量.[结果]采用mCTAB-dLiC1法的RNA产率为554.80 μg/g,RNA的A260/A280比率为1.89,RNA非变性琼脂糖凝胶电泳未出现可见的DNA条带;扩增的28S和18S条带比值为2∶1,且条带清晰无拖尾现象;提取的RNA通过逆转录、RT-PCR扩增和cDNA-SCoT扩增验证,均获得较好的扩增效果,获得的RNA和cDNA质量好.[结论]mCTAB-dLiCl RNA提取方法是一种高效提取花生各组织部位RNA的方法,可在花生分子生物学研究中应用.     

拮抗链霉菌AFLP分析技术体系的研究

[目的]探索基于AFLP的拮抗链霉菌DNA模板制备方法及其扩增体系,为AFLP技术在链霉菌乃至放线菌资源分析中的应用提供依据。[方法]以改进的CTAB法提取DNA,利用Pst I／Mse I型AFLP试剂盒及其反应体系进行扩增,采用5％变性聚丙烯酰胺凝胶电泳分析扩增结果。[结果]提取了10个拮抗链霉菌菌株的基因组DNA,0.8％琼脂糖凝胶电泳检测显示其主带清晰,片段大小为37.64-40.86Kb,无降解现象,亦无RNA残留;其OD260/OD280为1.625-1.833;Pst I／Mse I双酶切产物琼脂糖电泳呈弥散荧光长带,说明酶解充分;筛选出的3对引物对DNA模板的扩增谱带清晰,多态性丰富。[结论]该研究建立的DNA模板制备方法及其扩增反应体系可用于链霉菌的AFLP分析。     

一种分离与纯化半边旗有效成分5 F的新方法

目的：寻找一种有效地分离和纯化半边旗抗肿瘤有效成分5F的新方法。方法：提取出半边旗成分5F和4F的混合物后，制备含AgNO3的硅胶柱，用此柱分离和纯化5F。结果：获得5F和4F的产品，经测定后其纯度令人满意。结论：含AgNO3的硅胶柱可以有效地分离纯化半边旗有效成分5F。     

猪微卫星多态性两种检测方法的比较研究

 为了确定一种安全、有效的检测猪微卫星多态性的实验方法,采用两种电泳和两种染色方法对大白猪基因组DNA进行了6个微卫星座位的PCR扩增,并将扩增产物在2.5%的琼脂糖凝胶上电泳,EB染色,然后又在8%的聚丙烯酰胺凝胶上电泳,AgNO₃染色。结果表明两种方法检测出的等位基因数目和基因多态性水平存在差异,8%的聚丙烯酰胺凝胶电泳在区分微小差异片段能力上明显优于2.5%的琼脂糖凝胶电泳。     

多重PCR法在微卫星标记中的效果观察

通过建立一种同时检测3个位点（MCW0083、MCW0037、LEI0166）的多重PCR方法,在同一样品中同时扩增这3个微卫星位点。混合扩增产物与各位点单引物PCR法扩增产物进行聚丙烯酰胺凝胶电泳检测,用BandScan软件分析各微卫星位点的等位基因大小。多重PCR方法扩增出的DNA片段与单PCR扩增的结果表明,每个个体标记等位基因的片段大小差异不大,初步认为该方法是可行的。