利用SRAP标记分析3个团头鲂群体的遗传多样性

采用SRAP(sequence-related amplified polymorphism)分子标记,对长江中下游地区淤泥湖、梁子湖、鄱阳湖的3个团头鲂自然群体的遗传多样性进行了分析。从88对引物组合中筛选出13对条带清晰、多态性丰富的引物组合,每对引物组合检测到的位点数为8~21个,在3个团头鲂群体中共检测到172个位点。鄱阳湖群体的多态位点百分率(58.14%)、Nei's基因多样性(0.1849)和Shannon's信息指数(0.2799)最高,梁子湖群体的多态位点百分率(51.16%)、Nei's基因多样性(0.1524)和Shannon's信息指数(0.2347)次之,淤泥湖群体的多态位点百分率(29.07%)、Nei's基因多样性(0.0904)和Shannon's信息指数(0.1371)最低。3个团头鲂群体中,鄱阳湖群体遗传多样性最高,淤泥湖群体最低。3个群体间的Nei's无偏遗传距离为0.0866~0.2207,遗传相似度为0.8020~0.9170;鄱阳湖和淤泥湖群体间遗传距离最大(0.2207),亲缘关系较远,鄱阳湖和梁子湖群体间遗传距离最小(0.0866),亲缘关系较近。     

河川沙塘鳢的ISSR分析河川沙塘鳢的ISSR分析

[目的]分析江苏常熟河川沙塘鳢个体大小不一的2个群体之间的遗传差异性。[方法]采用ISSR分子标记技术对2个群体进行遗传分析。[结果]从77个ISSR引物中筛选出3个引物,对2个群体共24个样品进行扩增,获得27个清晰的扩增位点,其中多态性位点19个,多态位点百分率为70．37％。结果表明,大沙塘鳢的遗传多样性水平略高于小沙塘鳢。大小沙塘鳢群体间的遗传距离为0．2194,群体间的Nei’s遗传分化系数为0．1904。利用MEGA3．0软件构建沙塘鳢24个个体的UPGMA系统树,显示出较明显的分支。[结论]江苏常熟河川沙塘鳢种群的遗传多样性水平较低,2个群体的遗传分化已经达到种群分化水平。     

西施舌不同群体遗传多样性ISSR分析

利用ISSR分子标记技术分析西施舌种群的遗传多样性和遗传分化.用17个引物对江苏赣榆(GY)、启东(QD)及福建长乐(CL)3个种群共68个个体进行扩增,共测到236个位点,其中多态位点234个,每个引物扩增条带数为8～20之间,片段长度200～3 000 bp;GY、QD和CL各种群的多态位点百分率(PPL)分别为94.92%、86.86%和90.25%;GY、QD和CL种群的Shannon's信息指数分别为:0.541 9、0.491 8和0.489 5;Nei's基因多指数分别为:0.370 0、0.336 1和0.330 1;西施舌各种群均具有较高的遗传多样性水平;聚类分析显示GY群体和QD群体先聚一起后,再与CL群体构成姐妹支.     

32个杜鹃花品种遗传关系的SRAP分析

采用SRAP分子标记对32个杜鹃花品种进行了分析。21对引物共检测到232个多态位点,平均每对引物扩增出12.2个位点,多态位点百分率为90.27%。32个杜鹃花品种的Nei's基因多样性指数(H)为0.340,Shannon's信息指数(I)为0.503,相似系数介于0.541~0.805之间。3个品种群间遗传分化系数(G_(st))为0.157 2,表明84.28%遗传变异发生在品种群内。采用UPGMA法构建系统进化树,32个杜鹃花品种可分为3类:14个东鹃品种、10个西鹃品种和8个夏鹃品种,结果与传统分类完全一致。表明SRAP分子标记技术能准确地分析杜鹃花品种的遗传多样性和亲缘关系。     

江西三清山华东黄杉种群遗传多样性研究

采用ISSR分子标记技术分析江西三清山5个华东黄杉居群的遗传多样性水平和居群遗传结构.用10个引物对5个居群共45个样品进行扩增,共得到76条清晰的扩增带,其中68个位点为多态性位点.在物种水平上,多态性百分率(PP8)为89.47%,Nei's基因多样性指数(H)为0.282 7,Shannon's信息多样性指数(I)为0.432 2.在居群水平上,多态性位点百分率在56.58%～85.53%,Nei's基因多样性指数为0.191 3～0.282 7,Shannon's信息多样性指数为0.290 5～0.432 2.物种和居群遗传多样性水平都较高,居群间产生了一定的遗传分化(Gst=0.209 0,Φst=14.05%).由UPGMA聚类分析可知,1(SGTH)和2(LQJ)两个居群优先聚类,4(LM)和5(YJF)聚为一支,居群的亲缘关系与地理距离及海拔高度有一定的相关性.     

松江鲈群体遗传多样性的AFLP分析

利用AFLP分子标记技术对辽宁鸭绿江水域丹东段和河北秦皇岛渤海海域两个松江鲈Trachidemusfasciatus群体的遗传多样性进行分析研究.结果表明:用6对选择性引物,从两个群体的63个个体共扩增出360个位点,多态位点214个;松江鲈丹东和秦皇岛两群体的多态位点比率为50.28%、50.00%,平均杂合度和Shannon's指数分别为0.1690、0.1733和0.2534、0.2592,说明两个群体遗传多样性在同一水平上;Shannon's指数和AMOVA分析均显示松江鲈的遗传变异主要来自于群体内个体间,而群体间无明显的遗传分化;松江鲈UPGMA系统树没有依据群体分别聚类,未出现明显分支,无明显遗传差异;群体的显性基因型频率分布显示两个群体的遗传结构相似.     

云斑尖塘鳢遗传多样性的ISSR分析

利用简单序列重复区间(ISSR)分子标记技术,对广东广州和海南三亚2个地区云斑尖塘鳢群体的遗传多样性进行分析。采用加拿大哥伦比亚大学设计的ISSR引物,经过筛选后采用4条引物对云斑尖塘鳢的两个群体各12条进行ISSR分析,扩增出31个位点,两个群体的多态位点比例为83.87%,Shannon信息指数0.4591,群体间遗传距离为0.1350,遗传分化系数0.1493,基因流2.8499,说明云斑尖塘鳢群体间分化主要受到群体内部的变异的影响,而不是遗传漂变,广州地区的云斑尖塘鳢群体遗传多样性优于三亚群体。UPGMA聚类分析结果表明,云斑尖塘鳢没有群体间界限。     

ISSR分析崇明白山羊的遗传多样性及亲缘关系

为查明崇明白山羊群体的遗传多样性水平和亲源关系,应用ISSR分子标记技术,使用12条多态性较好的ISSR引物对206只崇明白山羊进行PCR扩增。结果表明:总计扩增出181条谱带,平均每条引物扩增产生15.08条,其中含有多态性条带163条;经统计分析,崇明白山羊呈现出丰富的多样性,检测到的观测等位基因数(Na)为1.900 6±0.300 1,有效等位基因数(Ne)为1.477 8±0.365 6,Nei's基因多样度(h)为0.278 5±0.184 9,多态位点百分率(PPB)为90.06%,Shannon's信息指数(I)为0.418 6±0.251 0,群体总基因多样性(Ht)为0.279 7±0.034 0,群体内基因多样性(Hs)为0.226 7±0.025 8,遗传分化值(Gst)为0.189 4,崇明白山羊的遗传变异81.06%来源于种群内部。崇明白山羊的基因流(Nm)为2.1397,说明崇明白山羊群体间存在一定的基因流。UPGMA聚类分析显示:样本相似系数为0.519 3-0.989 0,206个个体可分为11个群体,个体间虽然呈现差异,但具有较好的同质性。     

养殖大口黑鲈的遗传多样性分析

用RAPD技术分析了广东养殖大口黑鲈Micropterus salmoides 3个群体基因组DNA的多态性.结果表明:用12条随机引物对3个群体共88尾大口黑鲈的基因组DNA进行扩增,共获得了106个位点,平均每条随机引物扩增出8.8个位点;广州群体、顺德大良群体和顺德南水群体的多态位点比例分别为32.08%、33.02%和40.57%;Nei遗传多样性指数分别为0.1151、0.1176和0.1627;Shannon's遗传多样性指数分别为0.1708、0.1742和0.2378.这表明目前广东地区养殖大口黑鲈种质资源还具有一定的遗传多样性,但养殖群体的遗传多样性在降低,且具有不同程度的种质退化.     

江苏省两个日本沼虾群体的遗传多样性ISSR分析

利用ISSR分子标记技术对江苏长江和太湖2个地区青虾(Macrobrachium nipponense)群体的遗传多样性进行了分析.结果显示,77个ISSR引物中有6个引物能扩增出清晰条带,6个引物对2个群体各24个样品扩增出44个位点.青虾长江和太湖两群体的多态位点比率均为63.64 0A,Shannon's指数分别为0.348 0、0.346 5.Shannon's指数估算和AMOVA分析均显示日本沼虾的遗传变异主要来自于群体内个体间.日本沼虾UPGMA系统树表明:两个地区日本沼虾群体的遗传多样性均处于较高水平;日本沼虾江苏长江和太湖两个群体间存在一定的遗传分化.     

2个鲤鱼群体遗传多样性的RAPD分析

从50条随机引物中筛选出10条有效引物,采用RAPD技术对蒙自响水河和草坝的2个鲤鱼群体进行遗传多样性分析。结果表明:在2个群体中分别检测到47、53个位点,多态位点分别为44、51个,平均多态位点比例分别为93.61%和96.23%;利用Popgene version1.32软件分析获得2个鲤鱼群体Shannon信息指数(I)分别为0.479 9和0.455 7,Nei's基因多样性指数(H)分别为0.328 7和0.298 4,等位基因观察数(Na)分别为1.821 4和1.910 7,有效等位基因数(Ne)分别为1.584 3和1.487 9,群体间的遗传相似性系数为0.958 1,遗传距离为0.041 9。2个鲤鱼群体间的遗传分化系数Gst为0.082 4,表明群体间的遗传变异占总的遗传变异的8.24%,群体内的遗传变异占总变异的91.76%。     

崇明白山羊遗传多样性的ISSR分析

应用ISSR分子标记对崇明白山羊3个群体和黄淮山羊群体进行遗传多样性分析。用筛选出的12条引物对127个个体进行扩增,共扩增出147条谱带,其中多态性谱带67条。分析结果显示:崇明白山羊遗传多样性较为丰富,在物种水平上平均多态位点百分率(PPB)=42.18%,Shannon's信息指数(Ho)=0.2085;在群体水平上,PPB=38.55%,Ho=0.1946。崇明白山羊各群体间遗传差异较小,遗传稳定性较高。UPGMA聚类分析显示:崇明白山羊3个群体间亲缘关系较近,优先聚为1支,再与黄淮山羊相聚。     

梭鱼养殖群体与自然群体的遗传结构研究

[目的]掌握渤海地区梭鱼种群的种质资源状况。[方法]应用随机扩增多态DNA(RAPD)技术,对梭鱼养殖群体与自然群体的遗传多样性进行了分析。[结果]从45个随机引物中选出20个扩增效果稳定的引物进行群体分析。其中,梭鱼自然群体共检出了204个扩增位点,多态位点136个,多态位点比例为66.7%;养殖群体中共检出了217个扩增位点,多态位点130个,多态位点比例为59.9%。[结论]目前梭鱼群体的遗传多样性较为丰富,人工养殖还未对其造成明显的影响。     

安徽河川沙塘鳢不同地理群体遗传多样性和遗传结构研究

为探究安徽河川沙塘鳢不同地理群体遗传多样性差异和遗传分化水平,研究采集了安徽长江、新安江流域的4个地理群体,共142个河川沙塘鳢样本。选择线粒体基因作为分子标记,进行测序与分析。结果显示,标记全长1 291 bp,包含52个变异位点,定义了15个单倍型。4个群体总体遗传多样性水平远高于群体内遗传多样性水平,分子变异主要来源于群体间。所有群体形成了3个反映物种的地理分布关系的支系,且未曾发生过扩张。河川沙塘鳢群体间的分化程度很高,具有较高的保护和选育价值。     

温州羊栖菜(Hizikia fusiformis)野生与选育种群ISSR遗传研究

采用ISSR技术对温州2个羊栖菜野生种群和3个选育养殖品系进行了遗传多样性及遗传变异分析并构建了聚类分析图。结果显示:6条ISSR引物共获得76个位点,56个多态性位点,多态性位点百分率为74.67%;Nei's基因多样性为0.1823,Shannon's指数为0.2712,均高于个体水平;种群内和种群间Nei's基因多样性计算遗传分化水平(Gst)为0.5529;种群间的基因交流为Nm=0.3341;Shannon's信息指数显示野生种群的遗传变异性及遗传多样性普遍高于经过选育的养殖种群;同时说明经过选育,每个养殖品系的性状趋于稳定;聚类分析图显示3个选育养殖品系与2个野生种群分开,表明经过选育工作,野生羊栖菜种群与养殖羊栖菜种群呈现出明显差异。     

野生大麻居群遗传多样性ISSR分析的取样策略

[目的]分析野生大麻居群的合理取样样本量,为全面了解我国大麻资源的遗传多样性及制定野生大麻保护策略提供参考依据.[方法]随机抽取96个辽宁科尔沁沙地野生大麻自然居群个体,采用计算机模拟方法从中随机抽取不同样本量(分别为5、10、15、20、25、30、35、40、50、60、70、80、90和96个个体)的抽样群体各20次,利用ISSR分子标记对其遗传多样性进行分析,确定合理的取样样本量.[结果]利用从60条ISSR引物中筛选出的9条引物对随机抽取的96个野生大麻个体进行PCR扩增,共获得76个位点,其中多态位点48个,多态率达63.16%,观测等位基因数(Na)为1.632,有效等位基因数(Ne)为1.250,Nei's基因多样性指数(H)为0.156,Shannon's信息指数(I)为0.245.由各遗传参数拟合曲线变化趋势分析结果可知,初始的4种抽样群体(分别为5、10、15和20个个体)遗传多样性水平呈急速增加趋势,之后随着样本量的加大,遗传多样性水平增加趋势明显变缓.当抽样群体样本量超过25个个体时,Na、Ne、H和I均包含了野生大麻居群90%以上的遗传变异.[结论]采用ISSR分子标记评估野生大麻群体遗传多样性时,群体取样样本量不宜小于25个个体才能较好地反映该居群总体的遗传多样性水平.     

北海文昌鱼遗传多样性的RAPD分析

【目的】了解北海文昌鱼的遗传背景,探讨其遗传多样性发生变化的原因并提出保护建议。【方法】运用RAPD技术对33份北海文昌鱼样本进行遗传多样性检测。【结果】从30个随机引物中筛选出8个重复性好、条带清晰的引物;对每个样品的基因组DNA进行扩增,共获得56个RAPD位点,其中多态位点28个（占50.00%）,RAPD产物分子量在220~1500 bp之间;个体间遗传相似系数平均为0.8736,个体间遗传距离平均为0.1264;群体Shannon信息指数为0.2190,Nei's基因多样性指数为0.1391;中性检测结果表明所有位点均符合中性假说。【结论】相对于厦门文昌鱼和青岛文昌鱼,北海文昌鱼遗传多样性较低,但仍具有一定的遗传多样性,今后应进一步加强北海文昌鱼种质资源的管理和保护。     

兴安落叶松基本群体与育种群体RAPD多样性分析

利用随机扩增多态性DNA(RAPD)分子标记并结合表型性状对来自乌伊岭、甘河、库都尔、嫩江、莫尔道嘎、阿尔山等6个兴安落叶松Larix gmelinii基本群体的270个样本进行遗传多样性分析.从450个RAPD引物中筛选出23个条带清晰、多态性高的引物,共检测出186个条带,其中182个为多态性条带,多态位点百分率为97.85％,各群体多态位点百分率(PPB)为87.10％～94.09％,所有群体的基因多样度指数(Ht)为0.374 3,群体内基因多样性(Hs)为0.322 6,群体间遗传多样性为0.051 7,86.19％的遗传变异存在于群体内,13.81％的遗传变异存在于群体之间,Shannon指数平均值为0.482 1,Nei's指数平均值为0.322 6;通过对6个群体聚类分析,以0.09的遗传距离可将6个群体聚为3个类群,为小兴安岭分布区、大兴安岭西北部分布区、大兴安岭南部分布区,遗传距离与地理距离存在显著正相关;兴安落叶松4个群体的生长性状表明,树高、胸径、材积遗传变异系数分别为10.25％～20.78％,14.93％～28.37％,35.03％～74.36％,存在着丰富的变异.同兴安落叶松育种群体的遗传变异比较,多态位点百分率、等位变异标记数、Nei's指数、Shannon指数分别高出5.32％,1.13％,4.94％,5.68％,群体总遗传变异高出8.78％,表明兴安落叶松基本群体的遗传变异水平、遗传多样性均高于育种群体,基本群体在群体间的遗传分化要高于育种群体,两者都证实遗传变异主要存在于群体内.     

柴松遗传多样性的RAPD分析

以柴松现存2个居群各50个个体为样本,利用随机扩增多态DNA(RAPD)标记研究了其遗传多样性。50条引物共扩增出349个位点,其中多态位点为321个。用POPGEN32版软件对数据进行了分析,结果表明:(1)柴松的遗传多样性水平很高。在物种水平上,多态位点百分率(PPB)为92.51%,Nei’s基因多样度指数(H)为0.317 3,Shannon多样性信息指数(I)为0.478 2,总基因多样度(Ht)为0.317 4。在居群水平上,平均多态位点百分率为89.92%,H和I平均值分别为0.302 5和0.456 6;(2)居群间的遗传分化较低。居群间遗传分化系数(Gst)为0.046 7,基因流(Nm)为10.201 8,Shannon’s居群分化系数((Isp-Ipop)/Isp)为0.045 2。表明柴松的遗传变异主要存在于居群内,占总变异的95%以上,居群间的遗传变异不足5%。并根据柴松的遗传多样性现状提出了相应的保护策略和措施。     

江苏3个秀丽白虾野生群体遗传多样性的AFLP分析

采用AFLP分子标记技术对江苏省内3个秀丽白虾野生群体的遗传多样性水平及遗传结构进行了分析.采用3个引物组合(E-AAC/M-CAA、E-AAC/M-CAG、E-AAC/M-CAT),共扩增出102个清晰位点,其中93个为多态性位点.结果显示,3个秀丽白虾野生群体在物种水平和群体水平上均蕴含着较为丰富的遗传多样性.在物种水平上,秀丽白虾多态性位点百分率(PPL)为91.18%,Nei's基因多样性指数(h)为0.391,Shannon信息指数(I)为0.562.群体水平上的PPL为58.82%～70.59%,平均为65.4%,其中骆马湖群体最高,为70.6%;长江群体最低,为58.8%.群体间Nei's多样性指数为0.268～0.320,平均为0.292;Shannon信息指数为0.381～0.454,平均为0.417.长江南京段群体与太湖群体间的分化系数较低(0.141),长江南京段群体与骆马湖群体间的遗传分化系数较高(0.234).建议加强秀丽白虾引种、育种工作中的管理力度,建立详实的引育种档案,推动秀丽白虾养殖工作的发展.