多重PCR鉴定猪链球菌2型毒力菌株

为了鉴定猪链球菌2型毒力菌株,根据猪链球菌2型(Streptococcus suis serotype 2,SS2)的荚膜多糖基因(capsular polysaccharide 2J,cps2J)、溶菌酶释放蛋白基因(muramidase-released protein,mrp)、毒力相关序列orf2基因(virulent-associate sequence orf2)设计合成3对引物,建立三重PCR检测方法,并对PCR扩增产物进行测序、酶切、特异性及敏感性实验。结果显示:26株SS2致病菌株均同时扩增出这3个目的片段,5株其他血清型猪链球菌(SS1,SS7,SS9)及13株非猪链球菌的其他猪源链球菌(兰氏B群、C群和D群)均未扩增出cps2J和mrp片段,检测结果与菌株的已知毒力因子背景完全相符。26株SS2的扩增片段经HincⅡ酶切鉴定,与预期结果一致。以SS2四川株ZY05719为模板的三重PCR产物(cps2J,mrp,orf2)测序结果与GenBank上相关序列比较,同源性分别为99%、100%、94%。该PCR敏感极限是600个细菌/每个反应。本试验所建立的三重PCR,特异性强,敏感性好,可用于实验室的快速诊断。     

猪链球菌2型福建株的分离鉴定

从临床表现为败血症的濒死病猪肝脏、肺脏、淋巴结中分离到一株链球菌,进行形态学、生化特性、小白鼠感染试验及PCR鉴定和CPS2 J序列测定.结果表明:该分离菌的形态、培养和生化特性基本符合链球菌的特点;人工感染试验显示,小白鼠腹腔接种0.2 mL分离菌培养物不发病,但接种1 mL能在48 h内致小白鼠死亡,并能从脏器中分离到接种菌;分离菌的PCR扩增产物与猪链球菌2型阳性参考菌株JA070109大小一致、长度为675 bp的特异性条带,其PCR产物的核苷酸序列与GeneBank上公布的猪链球菌2型不同菌株的同源性高达98%-100%.可见,该分离菌为猪链球菌2型,并首次证实福建存在猪链球菌2型.     

猪链球菌2型溶血素基因PCR快速检测方法研究

根据猪链球菌2型的溶血素(haemolysin)的基因序列设计一对引物,成功地扩增了溶血素基因,并建立了检测溶血素的PCR方法.用EcoRⅠ限制性内切酶进行酶切,获得了与预期大小一致的869 bp和633 bp的两个片段.同时另设计一对内引物,进行巢式PCR,亦能扩增出预期片段.PCR检测的敏感程度可达100个细菌;对马链球菌兽疫亚种、猪丹毒杆菌和猪放线杆菌等的PCR检测结果均呈阴性.表明建立的猪链球菌2型溶血素PCR检测方法,其特异性和敏感性均很高,可作为猪链球菌病快速诊断的方法.     

猪链球菌亚种及1、2、9型四重PCR检测方法的建立

根据序列分析设计了4对引物,分别扩增猪链球菌gdh、cps1、cps2J和cps9G基因的725、212、387bp和556bp大小的片段,利用合成的4对引物并通过对反应条件与反应体系的优化建立了四重PCR,结果显示,猪链球菌阳性出现1条725bp目的带,猪链球菌1型阳性出现725bp和212bp两条目的带,猪链球菌2型阳性出现725bp和387bp两条目的带,猪链球菌9型阳性出现725bp和556bp两条目的带。应用该多重PCR检测了分离到的链球菌1095株,检出猪链球菌阳性667株、猪链球菌1型8株、2型33株、9型16株。研究结果表明,该方法特异性高、敏感性强,可广泛应用于猪链球菌病的快速诊断及流行病学研究。     

屠宰生猪体内猪链球菌2型带菌情况调查

应用猪链球菌2型定型PCR方法,对从福建省3个屠宰场采集的临床健康的生猪鼻咽拭子样本共121份进行了检测,同时对阳性样本进行了细菌分离鉴定及毒力基因检测。结果显示：121份样本中有17份为阳性,检出率为14．0％（17／121）,其中福州地区检出率为10．9％（7／64）,宁德地区检出率为11．8％（4／34）,莆田地区检出率为26．1％（6／23）。3株分离菌cps2J基因PCR特异性扩增产物大小均为675bp,其核苷酸序列与Genebank中猪链球菌2型参考菌株的同源性高达98％～100％,毒力基因型为gdh^＋／cps2J^＋／mrp^＋／ef^-／sly^-／fbps^＋／orf2^＋。调查结果表明,福建省福州、宁德、莆田等地区生猪群中均存在猪链球菌2型携带者,所分离到的3个猪链球菌2型菌株其毒力基因型为新的基因型。     

链球菌通用PCR检测方法的建立及应用

为建立链球菌快速检测方法,根据链球菌延伸因子EF-Tu基因设计合成1对通用引物,对链球菌属及其他属细菌进行PCR检测.结果表明,所设计的通用引物对猪链球菌2型和无乳链球菌均能扩增出1条大小为197 bp的特异性DNA条带,而对金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、粪肠球菌、大肠埃希氏菌、枯草芽孢杆菌、绿脓杆菌、都柏林沙门氏菌和多杀性巴氏杆菌均呈阴性反应;经对PCR产物进行测序分析表明,扩增片段与GenBank上链球菌相应序列的同源性达90%～98%;对链球菌DNA样本不同稀释度的检测显示,该PCR的最低检出量可达0.1 ng/mL;利用PCR检测方法对11株链球菌分离物进行检测,结果均能扩增出与预期大小相一致的目的条带,与传统生化鉴定结果符合率达到100%.这些结果表明,已成功建立了链球菌PCR检测方法,并可应用于临床链球菌的鉴定.     

PCR方法检测2型猪链球菌2种毒力因子

根据 2型猪链球菌毒力因子溶菌酶释放蛋白 (MRP)与细胞外蛋白因子 (EF)基因 (mrp与 epf)序列 ,分别设计、合成一对引物 ,建立聚合酶链反应 (PCR)方法。该方法扩增出 2型菌株的 mrp大小为 885 bp,epf为 62 6bp,而对马链球菌兽疫亚种 (C群 )、猪丹毒杆菌、猪肺疫巴氏杆菌、猪肺炎霉形体等 PCR均未扩增出任何条带。用 Xba 和 H ae 分别酶切 PCR扩增产物 ,均获得与预计一致的酶切图谱 ,PCR扩增产物测序结果显示 :其基因序列分别与 Gen Bank上公布的mrp全基因第 5 0 0～ 1 3 1 5位碱基及 epf全基因第 2 441～ 3 0 2 8碱基对一致。PCR检测的敏感度可达 1 0 0个细菌。用建立的 PCR对从病猪体内分离的菌株进行检测 ,检测的 1 5株 2型分离株中有 1 3株 mrp与 epf均为阳性 ,为典型的高毒力表现型菌株 (mrp epf ) ,1株为 mrp epf- ,1株为 mrp- epf- 。     

猪圆环病毒2型的分离与鉴定

以PCR方法,从疑似断奶猪多系统衰竭综合征(PMWS)自然病例的淋巴结和脾脏中扩增出预期长度的猪圆环病毒2型(PCV 2)的DNA片段,测序PCR产物,并对部分序列进行了同源性分析。结果显示,扩增产物与标准毒株的序列同源性均在98%左右,说明扩增产物具有良好的特异性,由此表明分离出的病毒为猪圆环病毒2型。对沪、苏、鲁、浙等地5个猪场进行检测,证实了猪圆环病毒2型的存在。     

猪2型链球菌河北株的分离及PCR鉴定

对河北省某规模化猪场病死猪进行临床诊断和实验室诊断,通过采取病料直接涂片染色镜检,病原分离培养,初步怀疑为链球菌。对纯化的分离细菌进行动物试验、生化试验,确定该病原菌为链球菌。分离菌经过液体增菌后,提取细菌基因组DNA,用荚膜多糖基因的特异性引物分别扩增出与设计大小相符条带,将PCR产物送至上海生物工程有限公司进行序列测定,并进行序列分析,确定为该菌株为猪链球菌2型。     

甘肃省健康猪群猪链球菌分离株的耐药性检测

为了解甘肃地区表现健康猪群携带猪群猪链球菌的情况,从甘肃省武威、兰州、庆阳等地采集到152份健康猪扁桃体分离猪链球菌,结果共分离到67株,分离率约44%,67株猪链球菌的耐药性检测表明,全部猪链球菌分离株具有多重耐药性,其中1株对22种抗生素中的16种产生耐药性.用我国致病性链球菌2型特有的89k毒力岛序列特异性引物对67株猪链球菌进行PCR鉴定,其中1株能够扩增出该特异性片段,表明在该地区健康猪群中存在致病性2型猪链球菌.     

犬巴贝西虫病PCR检测方法的建立

为快速、准确检测犬巴贝西虫病,根据GenBank中收录的犬的巴贝西虫18sRNA基因序列,设计合成1对特异性诊断引物,建立了PCR诊断方法。结果扩增出了犬巴贝西虫18sRNA基因的一段大小为319bp片段,经测序,所扩增序列与报道的序列完全匹配。同时对附红细胞体、巴氏杆菌DNA样品进行扩增没有出现扩增条带。阳性犬全血DNA稀释1 000倍后,依然可以有效地检测出虫体DNA。结果表明,所建立的PCR检测方法,具有极高的敏感性和特异性,可以运用于临床检测巴贝西虫病。     

猪多杀性巴氏杆菌5:A型Ts-8株psl基因的克隆和序列分析

根据禽多杀性巴氏杆菌psl基因序列,设计了1对引物,从猪源多杀性巴氏杆菌5:A型Ts-8株中扩增出453bp的psl基因,将其克隆到pMD18-T载体后测序。序列分析表明,该基因与禽多杀性巴氏杆菌T16株的psl基因序列只相差2个碱基,同源性高达99%;与流感嗜血杆菌编码P6蛋白的基因序列同源性为83%。猪psl基因的推导氨基酸序列与禽psl基因、P6蛋白的氨基酸序列同源性分别为100%,87%。结果表明,多杀性巴氏杆菌psl基因在猪和禽的菌株中是高度保守的,而且与P6蛋白的氨基酸序列具有较高的同源性。     

猪瘟病毒石门株NS4B基因的序列测定及分析

采用ＲＴ－ＰＣＲ技术,利用２对引物,从猪瘟病毒（ＣＳＦＶ）强毒石门株感染的猪血中成功扩增了ＮＳ４Ｂ基因,片段大小分别为７５７ｂｐ和７７４ｂｐ。克隆后经酶切鉴定,自动测序和序列分析,结果显示该基因较为保守,与其他猪瘟病毒毒株均有很高的同源性,与同属的ＢＶＤＶＳＤ－１株和ＮＡＤＬ株也有较高的同源性。     

鸡传染性喉气管炎病毒长葛株gE全基因的克隆与序列分析

[目的]防治鸡传染性喉气管炎,减少该病对养鸡业造成的损失。[方法]参考GenBank收录的传染性喉气管炎病毒gE基因序列设计并合成1对引物,以ILTV河南长葛株DNA为模板,PCR扩增出一条1 550 bp的特异性条带,并克隆至pGEM-T载体上。经PCR扩增、酶切鉴定,得到含gE基因重组质粒,并对重组阳性质粒进行序列测定。[结果]与GenBank收录的传染性喉气管炎病毒gE基因和其他部分疱疹病毒gE基因序列进行比较,发现传染性喉气管炎病毒间的核苷酸和氨基酸的同源性分别为99.9%、99.8%;与其他动物疱疹病(MDV、CHV、PRV、EHV的gE基因)毒核苷酸的同源性分别为25.6%、23.9%、28.3%、26.1%。[结论]不同ILTV毒株之间gE基因差异甚小,gE基因比较保守,但与其他动物疱疹病(MDV、CHV、PRV、EHV的gE基因)毒核苷酸的同源性较低。该研究为gE基因的功能研究提供了依据。     

菜豆萎蔫病菌的PCR检测技术

根据在GenBank已登录的萎蔫短小杆菌(Curtobacterium flaccumfaciens)的基因间重复序列，用DNAman5．0软件比较同源性，设计了一对引物CffF1和CffR2，并以菜豆萎蔫病菌的基因组DNA为模板进行扩增，得到了一段长280bp的PCR特异产物。参试的其他属如棒形细菌属(Clavibacter)、节杆菌属(Arthrobacter)、拉氏杆菌属(Rathayibacter)、红球菌属(Rhodococcus)细菌和萎蔫短小杆菌的其他致病变种(Cur．f.pv．oortii、Cur.f.pv．poinsettiae、Cur．f.pv．betae)，以及其他植物病原细菌的基因组DNA均无扩增产物。该检测方法特异性强、灵敏度高，在100Pg的基因组DNA浓度下仍能检测到很强的条带。     

甘蔗黑穗病菌DNA提取及PCR检测

本研究利用尿素混合液直接从甘蔗黑穗病菌孢子提取基因组DNA进行PCR检测鉴定,经过反复试验,建立了一种简便、快速的检测鉴定方法。利用建立的方法对12个甘蔗黑穗病样品进行病菌基因组DNA提取,将甘蔗黑穗病菌特异性引物进行PCR检测,均扩增出大小为420 bp的预期DNA片段条带。PCR扩增产物经克隆测序,与GenBank数据库中的甘蔗黑穗病病原菌序列比对,同源性达99%。     

荷斯坦奶牛乳腺LAP基因的克隆与序列分析

为了研究奶牛乳腺防御素基因的表达调控机制,采用逆转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)扩增出LAP基因的核心片段序列,并与NCBI数据库序列比对同源性;进一步扩增其DNA序列中间片段;其后运用反向PCR技术并结合半巢式PCR技术扩增其侧翼的序列。结果表明:序列与NCBI数据库中序列同源性为100%,确认为LAP基因;DNA序列扩增得到1 760 bp的中间序列,并预测了其酶切位点;得到5’侧翼序列107 bp,3’侧翼序列87 bp,经预测发现有转录因子GATA。为进一步研究防御素的防御功能、寻找防御素基因体外表达调控机制以及利用基因工程防治奶牛乳腺炎积累了基本资料。     

鸭肠炎病毒US2基因的序列测定与分析

以鸭肠炎病毒(DEV)SD-01株DNA为模板,根据GenBank上已发表的基因序列设计一对引物,利用PCR技术扩增出US2全基因,将目的条带连入pGM-T载体,得到的阳性重组质粒命名为pGM-US2并进行序列测定。将测序结果与疫苗株、鸭瘟鸡胚化弱毒疫苗(C-KCE)株和单纯疱疹病毒-1型(HSV-1)、马立克氏病病毒(MDV)、伪狂犬病病毒(PRV)的US2基因同源性进行比较,发现核苷酸和氨基酸的序列同源性分别为100%~25.8%和100%~28%。结果表明,US2基因在DEV中是完全保守的,但与其它疱疹病毒相比同源性较低。