贵州茶树地方品种的EST-SSR遗传多样性分析

利用29个EST-SSR标记对贵州有代表性的25份地方茶树群体种和3份育成品种遗传多样性、亲缘关系和遗传分化进行了分析。结果表明,29对引物共检测到等位位点104个,平均等位基因3.58个,平均有效等位基因为2.85个,平均观测杂合度为0.56,平均期望杂合度为0.66,平均多态性信息含量为0.58,黔南地区茶树资源遗传多样性的上述5个参数均大于黔北地区。F-统计量分析表明两个地区种群内近交系数、种群间近交系数、种群遗传分化和基因流分别为0.04,0.12,0.08,3.01。群体遗传结构显示,28份资源间的相似系数范围为0.39～0.89,可划分为4个类群,分别由4,5,8,11份资源组成。表明贵州地方茶树品种资源具有丰富的遗传多样性,资源间的遗传差异较大;聚类结果较客观地反映了群体结构和地域性差异等信息;黔南地区茶树资源遗传多样性程度高于黔北地区,两地区遗传分化较高,基因交流频率较低。     

基于2b-RAD技术分析白化茶树品种（系）遗传多样性

为揭示白化茶树品种（系）的遗传多样性,利用简化基因组测序技术（2b-restriction site-associated DNA,2b-RAD）对23份茶树种质（20份白化,3份常绿对照）进行测序,分析其遗传多样性、亲缘关系和群体结构。结果表明,共获得576 193 750条高质量测序数据和56 498个高质量SNPs。系统发育树和主成分分析表明,23份种质可分为3个类群,类群Ⅰ为1份来自贵州的大叶种,类群Ⅱ包含来自贵州的地方种质6份,类群Ⅲ包含来自浙江的14份种质和来自安徽、福建的2份种质。基于系统发育树,3个类群的遗传多样性参数均表现为：类群Ⅰ>类群Ⅱ>类群Ⅲ,类群Ⅰ和类群Ⅱ、类群Ⅲ之间分别呈现中、高度的遗传分化水平。综上所述,白化茶树品种（系）存在中、高度的遗传分化,不同地理来源的种质间遗传分化更大,为白化茶树种质鉴定、资源利用和育种等提供了理论依据。     

基于EST-SSR的广东与广西茶树资源遗传结构和遗传分化比较分析

 【目的】通过揭示茶树资源遗传多样性、遗传结构和遗传分化关系,为资源的有效保护和充分利用提供理论依据。【方法】利用109对核心EST-SSR标记对广东、广西的105份茶树核心资源进行遗传多样性和遗传分化比较分析;同时对广东和广西资源组群间、组群内白毛茶和茶种群间、种群内进行AMOVA分子方差分析,进一步剖析遗传结构,并绘制群体遗传结构图。【结果】109对核心EST-SSR标记共检测到435个等位基因,平均等位基因（NA）3.99个,平均有效等位基因（NE）为2.12,平均Nei's基因多样性（H）为0.59,平均观测杂合度（Ho）为0.32,平均期望杂合度（He）为0.46,平均多态性信息含量（PIC）为0.56。广东茶树资源遗传多样性的上述6个参数均小于广西茶树资源。广东白毛茶NA和H低于广东茶,NE、He、Ho和PIC与茶较为接近;广西白毛茶NA大于广西茶,但是NE、He和H低于茶。F-统计量分析表明白毛茶与茶种群内近交系数（Fis）、种群间近交系数（Fit）和种群遗传分化（Fst）都较低,基因流（Nm）都较高。广东白毛茶与广西白毛茶Fst为0.04,基因交流相对较低为6.26。AMOVA分析显示组群间遗传变异为3.09%,组群内种群间遗传变异为2.22%,种群内遗传变异为94.69%。群体遗传结构显示105份茶树资源可分为3个类群,类群Ⅰ由6份选育品种组成;类群Ⅱ由43份广东资源和16份广西资源组成;类群Ⅲ包括广西36份和广东4份资源。【结论】广东茶树资源遗传多样性程度低于广西。广东白毛茶遗传多样性比广东茶丰富,种群遗传分化低,存在较频繁的基因交流。广东白毛茶遗传多样性低于广西白毛茶,遗传分化相对较高,基因流较低。AMOVA分析显示遗传变异主要分布于广东、广西茶树资源群体内。     

肾茶种质资源遗传多样性的ISSR分析

为了探讨中国肾茶种质资源的遗传多样性,本研究采用100条ISSR引物对87份肾茶种质资源进行试验分析,发现20条引物能扩增出清晰条带。在87份供试材料中,20个ISSR引物共产生144条扩增条带,其中多态性条带120条,多态率83.3%,平均每个ISSR标记能产生6.0条多态性片段。87份材料间的遗传相似系数变化范围为0.48~0.98,但6份栽培品种间遗传相似系数为0.88~0.98,显示出栽培种的遗传基础相对狭窄。利用UPGMA聚类分析,供试材料可聚为2类,其中栽培品种单独聚成1类,野生材料聚为1类。结果显示,中国野生肾茶种质资源遗传多样性丰富,具有较高的开发利用价值。     

基于SRAP和ISSR标记的薄荷种质资源遗传 多样性及亲缘关系分析

[目的]研究薄荷种质资源的遗传多样性及亲缘关系,为薄荷地方种质资源的收集、保护及材料创新提供参考.[方法]结合SRAP和ISSR标记对48份不同来源薄荷种质材料的DNA进行多态性扩增,并根据扩增图谱进行遗传多样性及聚类分析.[结果]利用筛选的20对SRAP和ISSR引物从48份薄荷种质材料分别扩增出187和183条条带,多态性比率分别为97.33%和97.27%.48份薄荷种质材料的平均Nei's遗传多样性指数(H')为0.1672,平均Shannon's信息指数(I)为0.2762,说明供试薄荷种质材料的遗传多样性较丰富.聚类分析结果显示,48份薄荷种质材料可分为五大类,其中I类又可分为5个亚类,该聚类结果主要由品种差异决定,受地域影响较小;在遗传相似系数为0.76处可将33份贵州薄荷资源分为四大类.不同来源的薄荷群体遗传多样性排序为引进群体>贵州群体>重庆群体>云南群体,贵州群体与引进群体遗传距离最大,与云南群体和重庆群体遗传距离较小,说明贵州群体、云南群体和重庆群体亲缘关系较近.[结论]SRAP和ISSR标记对薄荷种质材料的多态性检出率较高.薄荷属种间具有丰富的遗传多样性,但种内遗传变异较小.贵州薄荷种质材料的遗传基础较引进材料狭窄,与云南和重庆的薄荷种质材料遗传背景较近.     

基于表型性状和生化成分的陕西茶树种质资源遗传多样性研究

基于表型性状和生化成分对陕西茶树种质资源遗传多样性进行研究,以期为优异茶树种质资源选育提供信息和科学依据,并加快利用和丰富陕西茶树种质资源种类。利用统计分析、主成分分析和聚类分析方法,对陕西茶树种质资源表型性状和生化成分遗传多样性进行研究,并评价其遗传多样性。陕西茶树种质资源表型性状变异较丰富,不同表型性状变异系数和遗传多样性指数差异较大,变异系数为19.88%～55.96%,平均变异系数31.84%,遗传多样性指数为0.691 8～2.003 0,平均遗传多样性指数1.105 9;陕西茶树种质资源内含物质成分较丰富,基于生化成分的变异系数为10.89%～30.03%,平均变异系数21.78%,遗传多样性指数为1.770 1～2.049 2,平均遗传多样性指数1.890 0;基于表型性状和生化成分的聚类分析结果不一致,表明聚类分析结果与茶树种质资源表型性状、生化成分、DNA分子的遗传多样性和地域分布关系密切,单一依据表型性状或生化成分进行茶树种质资源聚类分析具有一定的局限性。研究结果表明,陕西茶树种质资源遗传多样性较丰富,优异资源筛选潜力较大,具有独特地域性,但属于江北茶区的陕南茶树种质资源遗传多样性丰富程度稍低于南方茶区的四川、广西、贵州等地。基于生化成分初步筛选出高水浸出物(50%)茶树种质资源3份,高茶多酚(20%)茶树种质资源4份,高氨基酸(3%)茶树种质资源4份,低咖啡碱(1.6%)茶树种质资源4份。     

基于SSR标记的四川移栽野生大茶树的遗传多样性

为四川大邑移栽野生大茶树种质资源的综合利用与科学保护提供参考,采用GPS定位对四川移栽野生大茶树种质资源进行编号与拍照,并对其相关性状进行调查和叶芽采集,利用9对SSR核心引物对41份野生大茶树种质资源进行全基因组基因分型及遗传多样性和亲缘关系聚类分析。结果表明:9对SSR引物在41份野生大茶树种质资源中共检测到41个等位基因和75种基因型,每对引物检测到3~7个等位基因,平均4.6个,4~18种基因型,平均8.33种。PCR扩增条带的基因多样性指数、扩增位点的多态性信息指数和杂合度分别为0.501 7~0.713 0、0.443 1~0.761 0和0.561 0~0.731 7,平均分别为0.624 9、0.571 6和0.577 2。在遗传距离为0.28处,UPGMA聚类方法将41份移栽野生大茶树种质资源分为4类。Ⅰ类包含CDDY5和CDDY9,Ⅱ类包含CDDY24和CDDY32,Ⅰ类和Ⅱ类均占群体样本总数的4.8%;Ⅲ类包含CDDY40、CDDY37、CDDY38、CDDY35和CDDY8,占群体样本总数的12.1%;Ⅳ类包含CDDY14、CDDY15和CDDY28等32个材料,占群体样本总数的78%。移栽野生大茶树具有丰富的遗传多样性,建议筛选具有当地特色的部分野生大茶树进行驯化栽培,并对其进行合理科学利用与保护。     

峨眉蔷薇居群遗传多样性的SSR分析

以收集的11个峨眉蔷薇群体的88份样本为研究对象,利用SSR技术分析其群体水平遗传多样性.88份样本的多态位点百分率、Nei氏基因多样性指数(H)和Shannon信息指数(I)分别为90.48％、0.196 0和0.316 6.比较11个群体的遗传多样性指标,种质间遗传变异44.73％,种质内遗传变异55.27％.东环线的遗传多样性最高(H=0.137 7,I=0.206 8,多态位点百分率为38.78％).聚类分析结果显示,11个群体可聚为4支.群体间遗传分化系数(Gst)和基因流(Nm)分别为0.447 3和0.617 9,表明峨眉蔷薇基因分化明显,各群体间基因交流受阻.     

基于STR分型检测技术的89份茶树种质资源遗传多样性分析

【目的】正确评价茶树种质资源的遗传多样性,为有效保护和利用茶树种质资源奠定基础。【方法】利用10对STR引物,对来自中国华南、江南、江北和西南4大茶区的87份茶树种质,以及来自日本的"薮北种"及来源不详的"箫"茶树品种共计89份茶树种质进行遗传多样性和亲缘关系分析。【结果】10对STR引物共检测到124个等位位点,平均每个引物检测到等位位点12.4个,扩增位点期望杂合度的平均值高于观察杂合度的平均值。等位位点的观察杂合度平均为0.771 1,Shannon指数平均为1.978 0,多态信息含量平均为0.81。聚类结果表明,89份茶树种质资源遗传相似系数为0.77~0.98,平均为0.80,主要分成4个大类。【结论】89份茶树种质资源并未按地域严格分开,通过茶树种质资源所在不同茶区进行聚类分析发现,江北茶区茶资源与其他3大茶区亲缘关系较远。     

陕西古茶树种质资源表型性状遗传多样性研究

古茶树种质资源研究和利用是我国茶树种质资源研究的新课题。为鉴定和评价陕西38份古茶树种质资源表型性状遗传多样性,利用相关性分析、主成分分析、聚类分析方法对其表型性状遗传多样性进行研究和分析。结果表明,陕西38份古茶树种质资源6个主要表型性状(叶面积、叶形、叶色、叶身、叶面隆起性、叶片着生角度)变异丰富,不同性状间遗传多样性指数不同,遗传多样性指数在0.7934~0.9969之间,平均遗传多样性指数为0.8811;在欧氏距离10时可将陕西38份古茶树种质资源聚类为2大类群,但并没有严格按照地域聚类,而是按照表型性状遗传多样性进行聚类。研究结果表明,陕西汉中、安康等地古茶树种质资源表型性状变异丰富,具有较高的遗传多样性和选育优异茶树种质资源的潜力。     

沧源佤族自治县古茶树资源多样性分析

为有效合理利用古茶树资源,对云南省沧源佤族自治县内古茶树资源进行形态学及遗传多样性分析。634株古茶树单株的调查结果表明,沧源佤族自治县内古茶树种质主要为大理茶(Camellia taliensis)和普洱茶(C. assamica);古茶树平均地径为26.729 cm,平均胸径为18.816 cm,主干高度平均为1.184 m,树高平均为5.655 m,冠幅平均为2.931 m;树势按照生长势强弱分为强、中、弱3级,大部分古茶树长势一般;500 a以上树龄古茶树遗传变异系数平均值为46.505%,Shannon-Wiener指数(H′)变幅为0.873~1.858,表明古茶树遗传多样性较为丰富,在优异资源选育过程中可利用性高;聚类分析将42个调查点平均性状分为3类,各性状的遗传地域性特征不显著。沧源佤族自治县古茶树以大理茶和普洱茶为主,古茶树单株总体呈小聚落状分布,单株间表型性状存在较大的遗传多样性,该结果可以为茶树育种提供参考,助力古茶树资源保护利用。     

贵州古茶树种质资源基于形态特征的多样性研究

以分布在贵州的32个分布地的古茶树种质资源为材料,从形态学上对144份贵州古茶树种质资源进行多样性评价,结果表明:除树姿外,其他9个形态性状变异系数均达 35%以上,10个形态性状多样性指数均达到0.85以上;前4个主成分因子累计贡献率仅达到85.97%;5个生态区中,黔西南分布区的古茶树种质资源的形态遗传多样性与其他分布区相比较广泛;在欧氏距离5.60处供试材料明显分为3大类型;第Ⅰ类包括27个材料,该类材料主要来自于黔东南分布区、黔中分布区、黔西南分布区和黔北分布区,第Ⅱ类包括10个材料,主要来自黔西南分布区的晴隆县,第Ⅲ类包括107份材料,分布较为广泛。     

ISSR指纹图谱分析鉴定油茶遗传多样性的研究进展

油茶是一种具有较高经济价值的植物,在我国主要分布于西南地区。但长期以来,对我国油茶植物的品种资源尚未清楚,本文对ISSR分子标记鉴定油茶重要栽培群体遗传多样性和亲缘关系进行了分析,探讨了遗传多样性和亲缘关系的信息将有助于建立一个核心种质库和开发具有较高经济价值的油茶新品种。     

构建贵州地方茶树遗传资源核心种质库的设想

根据核心种质的概念、原理和研究内容要求,提出构建贵州地方茶树遗传资源核心种质库的构想,为贵州创新育种提供物质保障和技术支撑。     

贵州玉米地方种质主要性状遗传变异研究

对贵州玉米地方品种资源的生育期、株高、果穗性状、抗病性、抗旱性、抗寒性、配合力等主要性状进行了研究,并对其遗传变异、地理分布、来源、特征特性等了进行了分析。结果表明:地方种质具有抗旱、耐瘠、耐寒等优良特性,尤其是具有对不同生态环境的特异适应性。贵州玉米地方种质资源的诸多性状均具有较大的遗传变异,这些变异可用来拓宽现有育种材料的遗传基础,鉴选出一批各具特点的优异资源,为玉米育种提供了进一步改良利用的优选素材。     

中华绒螯蟹养殖群体与野生群体的种群遗传学研究

研究旨在探究安徽中华绒螯蟹种质资源状况以及资源混杂程度,以期为中华绒螯蟹资源的科学保护、合理利用以及相关产业政策的制定提供理论依据。采集了中华绒螯蟹4个养殖群体和长江野生群体共170尾样本,基于线粒体分子标记,进行种群遗传学分析。结果表明,长江野生中华绒螯蟹遗传多样性低,盲目捕捞可能造成野生资源衰退。野生群体与养殖群体间未出现显著遗传分化,存在严重的种质混杂。研究探明了长江中华绒螯蟹的资源现状,为其科学的保护提供理论依据。     

基于线粒体CO Ⅰ 基因序列的红螯螯虾养殖群体遗传结构分析

红螯螯虾原产于澳大利亚,是一种具有优良养殖前景的淡水虾类。基于线粒体COⅠ基因序列,对中国5个养殖群体的遗传多样性和结构进行评估,旨在为红螯螯虾的科学引种、良种选育和种质资源保护提供基础数据。结果显示,红螯螯虾线粒体COⅠ区全序列长1 534 bp,包含24个变异位点,占分析位点的1.6%,变异位点中含有22个简约信息位点,平均转换与颠换的比值为6.14,序列中(A+T)的含量(58.7%)明显高于(G+C)的含量(41.3%),在143个个体中定义了35种单倍型,来自浙江、海南和台湾的养殖群体具有较多的共享单倍型(COⅠ-01、COⅠ-02和COⅠ-03),这3种单倍型同时也是优势单倍型。来自江苏的养殖群体的单倍型多样性最低(0.739),来自安徽的养殖群体的单倍型多样性最高(0.881)。全部样本的单倍型多样性指数为0.896,核苷酸多样性指数为0.004 65。5个养殖群体间的遗传距离为0.002 63~0.006 81,其中,来自浙江与海南的养殖群体的遗传距离最近,来自海南与安徽的养殖群体的遗传距离最远。5个养殖群体间的遗传分化系数为0.342 1(P<0.01),说明5个养殖群体间存在一定程度的遗传分化。综上,5个红螯螯虾养殖群体的遗传多样性存在差异,群体间存在着一定的基因交流。研究结果可为红螯鳌虾种质资源的合理开发利用提供分子生物学依据。     

新疆核桃8个天然群体遗传多样性的SSR评价

[目的]为进一步建立新疆核桃种质资源的分子指纹鉴定体系奠定基础,为制定新疆核桃资源的有效保育和利用策略提供科学依据,并为深入研究新疆栽培与野生核桃资源间的系统关系提供实验数据.[方法]应用12对稳定、适用性好的SSR引物对新疆南北疆核桃的8个栽培及野生群体的230份样品进行扩增,研究其遗传多样性.[结果]12对SSR标记揭示了新疆核桃丰富的遗传多样性:等位基因93个,平均多态性带比率96.77;,平均Nei多样性指数(H)0.315 1,平均Shannon多样性指数(Ⅰ)0.382 0.8个新疆核桃群体的变异主要来源于群体内,群体间分化较小,遗传分化系数仅为0.172 0.估测的群体间基因流(Nm)为1.712 6,表明新疆8个核桃群体之间存在适度的基因交流,种子的传播或人为实生选种以及杂交育种可能是基因交流的主要原因.对新疆核桃8个群体的Nei多样性指数(H)与Shannon多样性指数(Ⅰ)及多态位点百分比进行分析,表明和田实生核桃的遗传多样性最高,伊犁霍城野生核桃的遗传多样性最低.采用UPGMA方法进行供试核桃的遗传距离聚类分析,8个群体被聚为两大类:和田、叶城及温宿等3个群体聚为一大类;而巩留、霍城、吐鲁番、哈密、鄯善等5个群体聚为另一大类,Mantel检测与UPGMA聚类均表明群体间的遗传距离与群体的地理距离之间具有较高的相关性.[结论]新疆核桃有着较高的遗传多样性水平,同时揭示了新疆核桃属植物的遗传变异、群体扩散及其地理系统发育进化等方面的规律,在此基础上,认为在进行遗传多样性保护和种质资源的保存时,应充分重视群体内不同类型个体的保存,同时也要在分布区不同区域内保存不同的群体.