怒江州深纹核桃种质资源SSR遗传多样性分析

采用SSR分子标记技术对怒江州4个群体122份深纹核桃种质资源进行遗传多样性分析,揭示其多样性水平及遗传结构情况.结果表明:(1)怒江州核桃资源的遗传多样性属于中等水平.4个核桃群体的期望杂合度介于0.503～0.650之间,平均为0.591;Shannon信息指数介于0.937～1.365之间,平均为1.157;Nei′基因多样性指数在0.485～0.641之间,平均为0.576.4个群体中兰坪群体的遗传多样性最高,泸水群体的遗传多样性最低.(2)群体间的遗传分化系数介于0.027 1～0.126 4之间,平均为0.060 9,表明遗传变异主要来自群体内;基因流平均为3.858 3.(3)UPGMA聚类显示4个群体在遗传一致度为0.85时被聚成了4组,兰坪与福贡聚为一组,贡山和泸水分别单独聚为一组,Mantel检验结果表明,群体间遗传距离与地理距离相关性显著(r=0.702 9,P=0.032 9).     

新疆核桃种质资源遗传多样性的ISSR分析

[目的]通过ISSR标记技术,对新疆核桃种质资源的遗传多样性及遗传结构进行分析,为该资源的保护与利用提供理论依据和技术支持.[方法]采用ISSR标记对5个居群和1个栽培类型共163份样品进行遗传多样性分析.[结果]用13条引物对163份样品进行扩增,共检测扩增位点117个,其中多态性位点98个.在物种水平上,多态性位点百分率(PPL)为83.76%,Nei's基因多样性(H)为0.3010,Shannon信息指数(Ⅰ)为0.4182;在居群水平上,多态性位点百分率平均为68.36%,Nei's基因多样性(H)平均为0.1 265,Shannon信息指数(Ⅰ)平均为0.1651.基于Nei's遗传多样性分析得出的居群间遗传分化系数(Gst)为0.6425,表明有64.25%的遗传变异存在于居群间.居群间的遗传一致度平均为0.7499,估测的居群问基因流(Nm)为0.2782,表明核桃采集的6个居群或类型之间存在较小的基因流.AMOVA方差分析也表明居群间的核桃遗传变异大于居群内.Mantel检测与UPGMA聚类均表明居群间的遗传距离与居群的地理距离之间具有较高的相关性.[结论]新疆核桃遗传多样性水平较高,居群之间遗传分化大,种质资源保护和利用策略首选就地保护;在就地保护过程中,通过监测遗传多样性水平可评价其保护的有效性.     

核桃属材用核桃SSR标记的遗传多样性分析

以美国黑核桃、核桃楸、青林核桃实生子代及部分普通品种共86份种质资源为试验材料,利用8对SSR引物进行遗传多样性分析及聚类分析。结果表明,8对黑核桃引物共扩增出48条带,其中多态性带44条,占总扩增带的91.67%;遗传多样性指数为0.197 2～0.473 4,Shannon指数为0.304 3～0.666 3。说明黑核桃微卫星在核桃近缘种中能得到有效扩增,可以用于近缘种遗传多样性分析和核桃属种间关系研究。聚类结果表明,青林实生子代具有丰富的遗传多样性,与核桃楸及黑核桃具有明显差异,但与其他普通品种界限不明显。     

新疆普通核桃起源研究

[目的]通过SSR技术分析新疆核桃不同地理类群间亲缘关系,探讨新疆核桃的起源,为进一步保护、开发新疆核桃种质资源、新品种选育及引种提供科学参考依据.[方法]通过改良CTAB法从硅胶干燥核桃叶片中提取DNA,建立SSR反应体系,研究新疆核桃的12个主要地理类群和1个伊犁野核桃类群以及1个吉尔吉斯野核桃类群进行亲缘关系及遗传多样性.[结果]从20对引物中筛选出的15对引物共扩增出128个清晰可重复的条带,其中51条具有多态性,多态位点百分率为39.84;,表明供试材料具有一定的多态位点.Nei's遗传一致度(Ⅰ)范围在0.7843～0.9346,平均为0.850 7,遗传距离(D)范围在0.059～0.191 3,平均为0.118 0,说明所采集的核桃样品存在一定的遗传差异.[结论]根据14个地理类群的遗传相似系数进行聚类,将其分成2大类:一是以伊犁野核桃(10号)为中心起源的阿克苏早实核桃类群;二是以吉尔吉斯野核桃(12号)为中心起源的喀什、和田晚实核桃类群.     

滇西北深纹核桃(Juglans sigillata)种质资源遗传多样性研究

【目的】揭示滇西北深纹核桃(Juglans sigillata)种质资源的遗传多样性,为该区域深纹核桃资源的有效利用和科学保护提供依据。【方法】采用微卫星(SSR)分子标记技术对滇西北13个群体共332份深纹核桃种质进行了遗传多样性分析;利用分子方差分析(AMOVA)揭示群体间的遗传分化状况;用Mantel检验估算群体间遗传距离和地理距离的相关性。【结果】(1)滇西北13个核桃群体的期望杂合度介于0.456 5~0.630 0之间,平均为0.528 6;Shannon信息指数介于0.852 9~1.336 7之间,平均为1.026 4;Nei’s基因多样性指数在0.442 1~0.622 5之间,平均为0.528 6,遗传多样性属于中等水平,遗传多样性呈由西北群体(迪庆和怒江)向东南群体(丽江和大理)逐步降低的分布格局。(2)群体间的遗传分化系数为0.101 1,遗传变异主要来自群体内;AMOVA分析也得到了类似的结果,群体内的分化是该区域种质资源变异的主要来源。(3) UPGMA聚类结果显示:13个群体在遗传一致度为0.85时被聚成了4组;Mantel检验结果表明:群体间遗传距离与地理距离相关性显著(r=0.644 1,P=0.002 0)。【结论】长期的自然选择及人为影响,导致了滇西北核桃种质资源遗传多样性水平及特有的分布格局,该区域核桃资源群体间的遗传分化较低,遗传变异主要来源于群体内。资源选育和保护时,在选择遗传多样性高的群体基础上,应侧重于群体内家系和单株的选择。     

资源冷杉遗传多样性的ISSR分析

应用ISSR分子标记方法对采自湖南和广西的6个资源冷杉野生群体共243个个体进行了遗传多样性分析.8个ISSR引物共扩增到了108个位点,其中84个是多态性位点,总的多态位点百分率（PPL）为77.78%.Nei’s基因多样性指数（He）为0.234 4,Shannon信息指数（I）为0.376 4. 6个不同群体的遗传多样性水平差异较大,群体多态位点百分率在22.22%～70.37%之间,Nei’s基因多样性指数为0.092 0～0.219 5,Shannon信息指数为0.134 4～0.339 1.香菇棚群体和银竹老山群体的遗传多样性水平较高,舜皇山群体的遗传多样性最低.资源冷杉自然群体间的遗传分化系数Gst为0.377 7,说明自然群体间存在一定程度的遗传分化;群体间基因流Nm为0.411 9,相对较弱,可能对自然群体的遗传分化有一定影响.基于Nei’s遗传距离进行了UPGMA聚类分析,6个群体的个体按群体各自聚在一起.      

基于SSR-PCR标记的新疆喜盐鸢尾居群遗传多样性分析

利用SSR分子标记对新疆喜盐鸢尾9个地理居群进行了遗传多样性研究。结果表明,新疆喜盐鸢尾具有较高的遗传多样性,6对引物共扩增出45个位点;物种水平上Nei’s基因多样性指数为0.294 9,Shannon多样性指数为0.467 2,种内总基因多样性为0.294 9;居群内基因多样性为0.246 8,71.58%的遗传变异存在于居群内,28.42%的遗传变异存在于居群间;居群间的遗传分化系数为0.284 2,基因流为1.259 3。UPGMA遗传距离聚类结果表明,生态地理条件相似的居群优先聚集。     

基于ISSR分子标记分析新疆野杏遗传多样性

[目的]通过ISSR分析标记技术,分析新疆野杏种质资源的遗传多样性,为该资源的利用和保护提供理论依据和技术支持.[方法]利用ISSR分子标记对新疆伊犁霍城县大西沟的61份野杏单株进行遗传多样性分析.[结果]用21条引物对样品进行PCR扩增,共扩增出437条条带,其中多态性条带408条,多态性条带比率为92.46;.通过软件计算出有效等位基因数(Ne)、Nei's基因多样性指数(H)和Shannon信息多样性指数(Ⅰ)分别为1.577 5、0.334 1、0.499 0.引物平均多样性信息指数(PIC)为0.91.说明野杏的遗传多样性较为丰富.利用NTSYS-PC2.1软件进行UPGMA聚类,各个样品间的遗传相似系数在0.62～0.95.[结论]新疆霍城大西沟的野杏具有丰富的遗传多样性,遗传多态性比率达到90;以上,引物平均多样性信息指数(PIC)较高,接近1.61份野杏单株间的遗传相似度较高,亲缘关系较近.     

基于SSR分子标记的大蒜种质资源遗传多样性研究

大蒜为无性繁殖作物,其生物学特征在经历气候变迁、自然选择和人工选择后发生了多方面变异,从而形成了众多地方品种。因此,研究大蒜种质资源的遗传多样性为大蒜的科学分类及品种鉴定、保存、遗传改良提供科学依据。采用SSR(简单重复序列,simple sequence repeats)分子标记技术对55份大蒜种质的基因组DNA进行多态性扩增。用POPGENE version1.32软件计算有效等位基因数Ne、Nei’s遗传相似系数(GS)、遗传距离(GD)、Nei’s遗传多样性指数、Shannon信息指数等指标,并采用NTSYS pc 21-2软件进行种质间的UPGMA(非加权组平均法,un-weighted pair-group method)聚类分析和基于Nei’s遗传距离的组群间聚类分析。结果表明,7对引物共扩增出75条带,多态性条带为73条(多态性比率为97.33%),每对引物平均扩增出10.71个位点和10.43个多态性位点,说明SSR分子标记揭示的多态性强。55份大蒜种质的平均Nei’s遗传多样性指数和平均Shannon信息指数分别为0.1335和0.2278。大蒜具有较高的遗传多样性,聚为一类的大蒜多来源于相同或相近区域。     

野生土坛树种群遗传多样性的SRAP分析

采用SRAP分子标记技术,对我国野生土坛树种群的遗传多样性进行分析。40对引物对8个土坛树种群共47个个体的样品DNA进行扩增。结果表明:物种水平上,多态位点百分率PPB为40.40%,Nei’s基因多样性指数H为0.4027,Shannon’s信息指数I为0.5874;在种群水平上,多态位点百分率平均为32.77%,Nei’s基因多样性指数平均为0.2992,Shannon’s信息指数平均为0.4373;种群内遗传多样性Hs为0.2992,种群总的遗传多样性Ht为0.4027。基因分化系数Gst为0.2570,种群间的遗传分化程度较低;种群间基因流Nm为1.4455。种群间的平均距离为0.2118。利用UPGMA法聚类可将8个群体划分为2大类,高桥独立为一群,其他为一大群;证明亲缘关系与地理距离存在一定的相关性。47个材料按UPGMA法聚类分析,结果不与同一种群的个体聚在一起。初步推测土坛树由三墩和琼山一带向四周扩散而来。     

山东核桃主要分布区种质资源遗传多样性AFLP分析

利用AFLP技术对山东省核桃主要分布区收集的55份核桃材料进行遗传多样性分析。结果表明,9对AFLP引物共扩增出566条谱带,其中440条为多态性条带,占总条带数的77.82%。聚类分析表明,材料间的遗传相似系数变幅为0.67～0.86;位点多态性信息含量(PIC)变幅为0.705～0.904,平均值为0.786;在遗传相似系数0.738水平上,55份核桃种质资源可聚成3大类。AFLP标记揭示出该55份核桃各群体之间存在较大遗传变异,各地区群体内遗传相似系数较高。     

新疆核桃亲缘关系的ISSR分析

[目的]采用ISSR技术从DNA水平探讨核桃材料亲缘关系,为核桃资源的保护、开发利用及新品种选育等提供理论依据.[方法]以核桃叶片为材料,利用ISSR标记技术,筛选出8条引物对24份DNA进行PCR扩增.以NTSYSpc2.1软件计算样品的遗传相似系数(GS),并进行UPGMA聚类分析.[结果]共扩增位点86个,其中多态位点60个,多态位点百分率70.00;;样品间的GS在0.29～0.93,在GS=0.37处将栽培核桃与野生核桃分成2组.[结论]供试核桃具有较高的多态性,样品间有明显的基因分化,其亲缘关系也较远,并且具有明显的地域性.     

中国西北内陆干旱区大叶白麻野生居群遗传多样性研究(英文)

[Objective] Study on the genetic diversity in wild populations of Poacynum hendersonii.[Method] Random amplified polymorphic DNA(RAPD)technique was employed to analyze the genetic diversity in five wild populations of P.hendersonii sampled from Xinjiang,Gansu and Qinghai provinces.[Result] Totally 165 clear and repeatable bands were generated in RAPD reaction by using 20 primers screened from 80 primers,of which 110 were polymorphic,accounting for 66.67%.At species level,Nei's gene diversity index(H),Shannon's information index(I)and genetic differentiation coefficient(Gst)were 0.220 5,0.304 7 and 0.908 2,respectively.P.hendersonii germplasm resources share a high level of genetic diversity,and genetic differentiation mainly exists among the populations.Results from genetic distances and cluster analysis showed that relationships among P.hendersonii populations were to some extent related with their geographical and climatic characters.[Conclusion] This study suggests that the conservation of P.hendersonii should focus on the protection of many populations,particularly the Qinghai population.     

Genetic Diversity in Wild Populations of Poacynum hendersonii from Inland Arid Regions of Northwest China

[Objective] Study on the genetic diversity in wild populations of Poacynum hendersonii.[Method] Random amplified polymorphic DNA(RAPD)technique was employed to analyze the genetic diversity in five wild populations of P.hendersonii sampled from Xinjiang,Gansu and Qinghai provinces.[Result] Totally 165 clear and repeatable bands were generated in RAPD reaction by using 20 primers screened from 80 primers,of which 110 were polymorphic,accounting for 66.67%.At species level,Nei's gene diversity index(H),Shannon's information index(I)and genetic differentiation coefficient(Gst)were 0.220 5,0.304 7 and 0.908 2,respectively.P.hendersonii germplasm resources share a high level of genetic diversity,and genetic differentiation mainly exists among the populations.Results from genetic distances and cluster analysis showed that relationships among P.hendersonii populations were to some extent related with their geographical and climatic characters.[Conclusion] This study suggests that the conservation of P.hendersonii should focus on the protection of many populations,particularly the Qinghai population.     

中国西北内陆干旱区大叶白麻野生居群遗传多样性研究

[目的]研究大叶白麻野生居群的遗传多样性。[方法]采用RAPD技术对分布于新疆、甘肃和青海的5个大叶白麻野生居群的遗传多样性水平进行检测。[结果]经筛选的20条引物共扩增出165条清晰、重复性好的DNA条带,其中多态性条带为110条,多态位点百分率(PPB)为66.67%。居群间Nei′s多样性指数为0.2205,Shannon’s信息指数为0.3047,遗传分化系数(Gst)为0.9082。大叶白麻具有较高的遗传多样性水平,遗传分化主要发生在居群间。聚类分析显示居群间的相似度与分布区的地理和气候特征相关。[结论]在利用大叶白麻资源的同时,应根据各居群的品质和遗传特征,对这些居群尤其是青海居群加以保护。     

ISSR Analysis on Genetic Diversity of Local Varieties of Chinese Hu mulberry（Morus L.）

[Objective] The aim was to study on the genetic diversity of local varieties of Chinese Hu mulberry （Morus L.）. [Method] The genetic diversity of 141 copies of Hu mulberry varieties was analyzed by ISSR molecular markers. [Result] 12 ISSR primers had amplified a total of 90 amplified,of which 57 bands were polymorphic,and the polymorphic rate was 63.33%. The genetic similarity coefficients of 141 Hu mulberry germplasm resources varied from 0.633 3 to 1.000 0 with the average of 0.483 35,indicating that there was difference on genetic diversity among different varieties of Hu mulberries. A dendrogram of all 141 Hu mulberry varieties based on the genetic similarity coefficients using ISSR molecular markers was generated by UPGMA cluster method. Clustering of the 141 Hu mulberry varieties did not correspond with the conventional classification involving differences in style,leaf,branch,fruit and other morphological or agronomical characters. [Conclusion] Four subgroups clearly represented the genetic relationships in the 141 accessions which were benefit for the variety improvement and germplasm resource conservation.     

甘草野生种群遗传多样性的AFLP分析

 【目的】甘草具有重要的药用、工业和生态价值,目前处于濒危状态,进行遗传多样性研究可以为甘草资源的保护和利用奠定基础。【方法】利用AFLP分子标记对来自中国甘草主产区的16个野生种群共320个单株进行遗传多样性研究。【结果】（1）利用15对AFLP引物共扩增出759条谱带,其中多态性谱带527条,多态性条带百分率为69.43％;（2）Nei’基因多样性指数为0.13～0.19,种群总体多样性指数为0.25;Shannon多态性信息指数的变异范围在0.19～0.28,总体为0.39;宁夏地区甘草种群遗传多样性水平最高,甘肃酒泉种群的遗传多样性水平最低。（3）AMOVA分析表明甘草种群间的遗传变异占总变异的18.64％,种群内变异占67.16％。利用UPGMA聚类可将供试16个群体划分为3类,聚类结果表现出明显的地域性。【结论】该研究明确了中国野生甘草遗传多样性处于中等偏下水平,种群内广泛的变异能够为野生资源保护和良种选育提供理论依据。     

中国湖桑地方品种遗传多样性分析

[目的]探讨中国湖桑地方品种的遗传多样性。[方法]采用ISSR分子标记技术,对141个湖桑品种的遗传多样性进行分析,并根据ISSR标记遗传相似系数,按UPGMA法对141份湖桑地方品种进行聚类分析。[结果]共扩增出90个条带,其中多态性条带57条,多态性比率63.33%。141份湖桑的遗传相似系数变异范围为0.633 3~1.000 0,平均遗传相似系数为0.483 4,表明不同湖桑品种间的遗传多样性存在差异。但聚类分析结果与传统的形态学和农艺学性状的分类结果不完全一致。[结论]4个亚类清楚地代表了141份湖桑的遗传关系,并为桑树品种的优化和种质资源的保护提供了理论依据。     

雅江报春天然居群RAPD遗传多样性

用随机扩增多态性DNA(RAPD)标记检测3个雅江报春天然居群的遗传多样性。结果表明,28个引物共扩增出173条片段,平均每个引物扩增出6条,其中多态性带纹为82条(47·4%)。材料间的平均遗传距离为0·4584,17个植株可被聚为四类。居群间随海拔差异的增大,遗传距离增大,遗传关系较远。居群内木格措居群遗传多样性较高,木格错居群与理塘居群遗传关系较近,康定居群与木格错居群分离出差异较大的个体。     

中国西北内陆干旱区大叶白麻野生居群遗传多样性研究(英文)

[Objective] Study on the genetic diversity in wild populations of Poacynum hendersonii.[Method] Random amplified polymorphic DNA(RAPD)technique was employed to analyze the genetic diversity in five wild populations of P.hendersonii sampled from Xinjiang,Gansu and Qinghai provinces.[Result] Totally 165 clear and repeatable bands were generated in RAPD reaction by using 20 primers screened from 80 primers,of which 110 were polymorphic,accounting for 66.67%.At species level,Nei’s gene diversity index(H),Shannon’s information index(I)and genetic differentiation coefficient(Gst)were 0.220 5,0.304 7 and 0.908 2,respectively.P.hendersonii germplasm resources share a high level of genetic diversity,and genetic differentiation mainly exists among the populations.Results from genetic distances and cluster analysis showed that relationships among P.hendersonii populations were to some extent related with their geographical and climatic characters.[Conclusion] This study suggests that the conservation of P.hendersonii should focus on the protection of many populations,particularly the Qinghai population.