牛双芽巴贝斯虫病PCR检测试剂盒研制

根据PCR技术原理建立牛双芽巴贝斯虫病PCR检测方法,自主研制出牛双芽巴贝斯虫病PCR检测试剂盒,结果为该方法的敏感性约41.2pg,特异性实验表明,除牛双芽巴贝斯虫的特异扩增带(318bp)外,其他的虫株如:附红体、环形泰勒焦虫、巴贝斯焦虫DNA模板均未出现特异性扩增带。采用PCR检测方法,对35份牛血样的检测,测得牛双芽巴贝斯虫病的阳性率为28.57%(10/35),说明PCR方法敏感性强、特异性高,此方法不失为牛双芽巴贝斯虫病临床诊断的好方法。     

牛双芽巴贝斯虫GST-HSP20(exon)融合蛋白间接ELISA检测方法的建立

[目的与方法]以纯化的牛双芽巴贝斯虫GST-HSP20(exons) 融合蛋白作为检测抗原,通过优化ELISA反应条件,建立了检测牛双芽巴贝斯虫血清特异性抗体的新型间接ELISA方法.[结果]方阵试验确定的GST-HSP20抗原的最适包被浓度为5 μg/mL,血清最佳稀释倍数为40倍,ELISA阳性反应的临界值为OD450≥0.292,批内和批间重复试验的变异系数均小于10;.HSP20间接ELISA方法能排除GST的干扰,与其它梨形虫病无交叉反应,与巢式PCR检测方法的阳性符合率为96;.[结论]所建立的ELSIA检测法重复性好、特异性强、灵敏度高.这是国内首次利用重组蛋白建立的牛双芽巴贝斯病血清学诊断方法,为大规模地进行牛巴贝斯虫病的流行病学调查和血清学诊断提供有效的技术手段.     

牛双芽巴贝斯虫rap-1基因的克隆与序列分析

对牛双芽巴贝斯虫(Babesia bigemina)潜在药物靶标Rap-1的基因进行克隆与序列分析.以兰州株牛双芽巴贝斯虫基因组为模板,经PCR扩增获得了rap -1基因,将该基因克隆到pGEM-T Easy Vector上,对重组质粒进行PCR扩增,对目的基因进行酶切鉴定及序列测定分析.结果表明,rap -1基因长度为846 bp,同源性分析结果显示,克隆序列与GenBank收录的巴西株牛双芽巴贝斯虫的核苷酸序列同源性为99.74％,说明兰州株牛双芽巴贝斯虫的rap-1与GenBank公布的参考基因具有高度同源性,rap-1基因具有很高的保守性.     

牛双芽巴贝斯虫新疆株HSP20基因的克隆和真核表达质粒的构建

通过设计牛双芽巴贝斯虫热休克蛋白HSP20基因序列的特异性引物,采用 PCR方法从疑似"牛焦虫病"的患牛全血基因组中扩增得到699 bp的HSP20基因,将其连入pMD18-T测序、鉴定,再将验证的699 bp的HSP20基因克隆至真核表达载体pcDNA3.1(+)中,构建真核载体PCDNA3.1-HSP20.经再次测序、鉴定后,尾静脉注射小白鼠进行HSP20基因的瞬时表达,取其肝脏提取总 RNA,经RT-PCR方法扩增出一条534 bp的目的条带,表明真核表达质粒构建成功.     

牛双芽巴贝斯虫热休克蛋白基因外显子的克隆与原核表达

从患牛焦虫病的牛全血样品中抽提总RNA,通过设计特异性引物,经RT-PCR扩增牛双芽巴贝斯虫热休克蛋白20（HSP20）基因的外显子,将其插入pMD18-T载体进行测序、鉴定,构建原核表达质粒载体PGEX-4T-2-HSP20（exon）。试验结果显示牛双芽巴贝斯虫HSP20基因外显子已被成功克隆。该基因的外显子序列与国际标准株HSP20外显子的序列存在两个碱基的突变,导致其编码的蛋白质出现了一个氨基酸的变异。测序结果还表明,克隆出的牛双芽巴贝斯虫HSP20基因外显子已正向插入原核质粒表达载体PGEX-4T-2,成功构建了PGEX-4T-2-HSP20（exon）表达载体,并在大肠杆菌BL21（DE3）中的得到表达。     

驽巴贝斯虫PCR检测方法的建立及应用

根据驽巴贝斯虫BC-48基因序列,设计并合成1对特异性引物,建立了驽巴贝斯虫PCR检测方法。试验扩增出610 bp的基因片段,其序列与GenBank上驽巴贝斯虫BC-48基因同源性为96.7%。而对新孢子虫、弓形虫、马巴贝斯虫的基因组DNA没有扩增带出现。对驽巴贝斯虫基因组DNA的最小检测量为2.812 fg/μL。通过对35份临床样品的检测,阳性率为20%。同时与血液涂片染色镜检进行了比较,结果表明,PCR检测方法准确、敏感、特异。     

牛双芽巴贝斯虫rap-1蛋白的真核表达

以846 bp的牛双芽巴贝斯虫兰州株潜在药物靶标pGEM-T-rap-1质粒为模板,选择真核表达载体GFP,构建真核表达质粒.采用脂质体转染法,将质粒转染绵羊成纤维细胞,通过G418筛选,筛选阳性克隆.结果显示牛双芽巴贝斯虫rap-1蛋白在绵羊成纤维细胞内成功表达.     

牛环形泰勒虫病PCR诊断方法的建立及其应用研究

[目的]建立快速检测牛环形泰勒病的PCR诊断方法.[方法]根据牛环形泰勒虫裂殖子的表面抗原(Tams1)基因,设计一对特异性引物,以地方阳性病例提取的DNA为模板,用PCR扩增出目的条带,经克隆、测序分析后,通过优化反应体系,建立牛环形泰勒虫病的PCR检测方法,并对该方法的特异性、敏感性进行验证试验.[结果]测序结果表明,扩增的目的片段与已知基因序列相似性为99;;该方法检测与牛的其他血液原虫无交叉反应,其最低检出限量为1.6×102 copies/μL.应用所建立的PCR检测方法对新疆吐鲁番市周边疑似地区419份牛全血进行了检测,结果阳性率为52.3; (219/419),而血液涂片检出率为43.7;(183/419).[结论]建立的牛环形泰勒虫PCR快速诊断方法具有有一定的特异性和敏感性,可用于牛环形泰勒虫病的分子诊断和流行病学调查.     

2种羊巴贝斯虫的核型及系统发育分析

为明确引起羊巴贝斯虫病的病原虫莫氏巴贝斯虫临潭株(Babesia motasi Lintan,BLT)及羊巴贝斯虫未定种新疆株(Babesia sp.Xinjiang,BXJ)的核型和亲缘关系,通过DNA大片段脉冲场凝胶电泳(PFGE)和三代高通量测序对2种虫体进行核型分析和系统发育分析。结果表明:2种巴贝斯虫都有4条染色体,但基因组的大小与核型分析不一致,莫氏巴贝斯虫临潭株基因组大小为11.1 Mb,4条染色体大小分别为6.0 Mb、3.0 Mb、1.1 Mb和1.0 Mb;羊巴贝斯虫未定种新疆株基因组大小为7.0 Mb,4条染色体分别为2.4 Mb、2.0 Mb、1.7 Mb和0.9 Mb;羊巴贝斯虫未定种新疆株与牛巴贝斯虫的亲缘性较近,而莫氏巴贝斯虫临潭株与双芽巴贝斯虫的亲缘关系较近。     

安氏隐孢子虫ITS-1基因PCR检测方法的建立

[目的]建立针对安氏隐孢子虫的PCR快速检测方法,为安氏隐孢子虫的检测和分子流行病学调查提供技术支撑.[方法]根据GenBank中安氏隐孢子虫的ITS-1基因序列设计1对特异性引物,建立基于ITS-1基因的PCR方法,并通过特异性试验、敏感性试验、临床检测以及与经典巢式PCR检测方法进行比较等,验证其可行性.[结果]基于ITS-1基因的PCR检测方法能扩增出安氏隐孢子虫的特异条带,而对猪源隐孢子虫、贝氏隐孢子虫、微小隐孢子虫、牛泰勒氏虫、牛巴贝斯虫、伊氏锥虫、食道口线虫的扩增结果均为阴性;将测序结果进行BLAST比对,发现其与GenBank中安氏隐孢子虫的同源性均在99%以上.敏感性最低可检测每克牛粪中5个卵囊;用于检测广西不同地区的1613份牛粪样品时,与经典巢式PCR检测方法相比,发现两者的阳性检出率均为11.72%,且吻合率达100%.[结论]安氏隐孢子虫ITS-i基因PCR检测方法具有快速、敏感、特异的特点,适用于安氏隐孢子虫的检测和分子流行病学调查分析.     

用SSR标记和巢式PCR快速检测大豆疫霉菌

 【目的】建立快速、准确的大豆疫霉菌检测和病害早期诊断分子技术。【方法】基于大豆疫霉菌SSR标记Psc239设计两对引物Psc239EF/Psc239ER和Psc239F/Psc239R,建立特异性检测大豆疫霉菌的巢式PCR方法。【结果】用36个大豆疫霉菌分离物和25个其他卵菌和真菌分离物基因组DNA评价引物及巢式PCR的专化性,引物对Psc239EF/Psc239ER、Psc239F/Psc239R和巢式PCR反应只在大豆疫霉菌中分别扩增出519、242和242 bp的特异片段,在其它卵菌和病原真菌中不扩增片段;用两对引物进行常规PCR扩增,检测大豆疫霉菌DNA的灵敏度均为50 pg?μl-1,而巢式PCR的灵敏度为50 fg?μl-1;巢式PCR检测土壤中卵孢子的灵敏度为每克土壤0.4个卵孢子;巢式PCR能够特异地从大豆病株和土壤中检测到大豆疫霉菌。【结论】基于SSR标记建立的巢式PCR方法能够用于大豆疫霉菌的快速检测和病害诊断。     

犬细小病毒巢式PCR诊断方法的建立及应用

[目的]以期建立犬细小病毒巢式PCR诊断方法.[方法]根据基因库已发表的CPV VP2基因序列设计二对巢式引物,以临床上疑似CPV感染的犬粪样品中提取的总DNA作为模板,用巢式PCR方法扩增出CPV VP2基因的目的条带.[结果]扩增出的目的基因与国际标准序列的同源性为99.3;～ 100;.特异性试验发现该引物不能启动犬其它常见病毒基因的扩增.敏感性试验表明该引物能检测到10-9的CPV总RNA量.重复性试验显示该引物具有良好的稳定性.对采集的26份样品进行CPV巢式PCR检测,20份样品为阳性,阳性率为76.9;.[结论]建立的CPV的RT - PCR检测方法可于临床CPV的快速诊断和小规模的分子流行病学调查.     

南疆扁桃品种自交不亲和S-Rnase基因型鉴定

[目的]鉴定南疆扁桃品种自交不亲和S-RNase基因型,可为科学合理地配置授粉品种提供依据,有效提高南疆扁桃的产量.[方法]以南疆10个扁桃品种的叶片为试材,利用蔷薇科通用引物PaConsⅡ-F+PaConsⅡ-R、EM - PC2consFD+ EM - PC3consRD对叶片基因组DNA进行S-RNase特异性扩增,将克隆测序结果在GenBank上进行同源性比对.[结果]显示10个扁桃品种均获得2条带,共20条带,包含16种不同的S基因核苷酸序列,其中4个为GenBank上登录的已知S -RNase基因序列,分别为S1(1 370 bp)、S12(2 479bp)、S14(740bp)、S52(1 626bp),12个为新的S-RNase基因序列,暂时分别命名为SA(780bp)、SB(530bp)、SC(1261 bp)、SD(432 bp)、SE(1266bp)、5F(270 bp)、SG(1263 bp)、SH(272 bp)、SI(690 bp)、SJ(1 523bp)、SK(755bp)、SL(1 486bp).[结论]鉴定出10个品种的S- RNase基因型.     

新疆牛巴贝斯虫病的流行病学调查

[目的]2006～2008年对全疆14个地州的牛巴贝斯虫病进行流行病学调查.[方法]使用已建立的牛巴贝斯虫病间接ELISA检测方法,以纯化的重组蛋白GST - MSA -2作为抗原.[结果](1)新疆存在着牛巴贝斯虫病.在2006年采集的278份牛血清样品中,阳性血清7份,感染率为2.52;.在2007年的532份牛血清样品中检出阳性血清32份,感染率为3.13;.在2008年的530份牛血清中检出阳性血清43份,感染率为5.28;.(2)2008年在地方流行性疫病区牛巴贝斯虫感染率高达28;.(3)牛巴贝斯虫病所在的地州由2006年的5个扩大到2008年的11个.[结论]新疆牛巴贝斯虫病的感染率逐年上升,疫区面积不断扩大,流行区内感染率激增,牛巴贝斯虫病的防治不容忽视.这是新疆首次利用血清学方法对全疆牛巴贝斯虫病进行大规模的流行病学调查.     

利用PCR-RFLP方法鉴别黄曲霉毒素产毒菌株

【目的】开发一种精准度高、灵敏性好、简便快捷的鉴别黄曲霉毒素产毒菌株的方法,为粮食储藏中黄曲霉毒素污染提供早期预警,为食品工业的质量安全控制提供技术保障,为黄曲霉毒素污染的生物防治提供无毒微生物来源。【方法】利用生物信息学方法分别以黄曲霉（Aspergillus flavus）、寄生曲霉（Aspergillus parasitieus）、米曲霉（Aspergillus oryzae）、酱油曲霉（Aspergillus sojae）的黄曲霉毒素合成基因簇中的关键调控基因aflR及其启动子序列为研究对象,采用PCR-RFLP方法对黄曲霉毒素可能产生菌株进行鉴别分析研究;为进一步验证PCR-RFLP方法对产毒菌株区分结果,利用大豆培养基对上述菌株进行发酵培养,并利用HPLC方法测定了菌株产毒能力。【结果】生物信息学分析结果表明黄曲霉毒素可能产生菌株的aflR高度同源, 但启动子和结构基因的部分碱基出现了规律性变异,并导致了限制性酶切图谱中的NheⅠ、PvuⅡ和HincⅡ等限制性酶切位点的改变;通过提取各菌株基因组DNA,PCR扩增得到aflR和启动子序列片段,测序得知片段长度分别为798 bp和 515bp;PCR-RFLP鉴定结果表明产生黄曲霉毒素菌株的aflR启动子片段经NheⅠ酶切后得到176 bp和339 bp 2个片段,不产毒菌株无该限制性酶切位点;试验进一步对黄曲霉菌和寄生曲霉菌aflR结构基因的分析发现,利用HincⅡ分别处理黄曲霉和寄生曲霉的aflR的结构基因,可以分别得到3个片段（387、250和161 bp）和2个片段（548、250 bp）;利用PvuⅡ分别处理黄曲霉和寄生曲霉的aflR结构基因,可以分别得到2个片段（652、146 bp）和3个片段（413、239和146 bp）;产毒试验表明,米曲霉菌和酱油曲霉菌不产生黄曲霉毒素,PCR-RFLP分析表明不产毒的黄曲霉菌的确丧失了产生黄曲霉毒素的能力;产生黄曲霉毒素各曲霉菌株之间产毒能力差异显著,不但产生的黄曲霉毒素总量高低相差几十倍,其产生的黄曲霉毒素组分也不尽相同。【结论】本研究阐明了在可能产生黄曲霉毒素关键基因aflR序列中存在的差异,通过PCR-RFLP方法快速鉴别黄曲霉菌株产毒与否,并且对黄曲霉和寄生曲霉两种曲霉进行了区分。黄曲霉毒素产生菌株鉴定方法的开发,将为粮油食品安全检测和质量控制,粮食食品生产过程的质量安全控制与监测提供基于分子水平的新型技术。     

黄瓜CSHSP70基因内含子结构分析

 【目的】探明黄瓜CSHSP70基因的内含子数目及其结构特点。【方法】根据黄瓜CSHSP70基因cDNA序列设计引物，应用PCR技术从gDNA中克隆CSHSP70基因，采用RT-PCR技术验证内含子的存在。【结果】经测序与拼接，得到长度为4 056 bp的黄瓜CSHSP70基因，它包含7个内含子。经分析发现这些内含子富含A•T，具有类似启动子和HSE核心结构的序列存在。对黄瓜、甜瓜和丝瓜CSHSP70基因部分序列的比较分析表明，该基因在这3个葫芦科作物中具有很强的保守性。【结论】内含子存在的特殊结构表明其可能对该基因表达具有调控作用。     

猪流行性腹泻病毒RT-PCR鉴别诊断方法的建立

【目的】 利用RT-PCR技术建立一种在临床上便于区分猪流行性腹泻病毒（PEDV）自然感染与疫苗免疫毒株的方法。【方法】根据GenBank公布的PEDV ORF3基因序列,在其存在基因缺失区两端的保守区域设计特异性引物,对近两年采集的仔猪腹泻样品进行检测,分析流行毒株的ORF3基因,选择部分阳性样品利用鉴定引物进行RT-PCR扩增,优化其反应体系、Tm值等条件,进行鉴别诊断方法的特异性、敏感性试验,并对大量临床样品进行检测验证。【结果】从新发仔猪腹泻临床样品中克隆获得了11株PEDV的ORF3基因,序列分析显示新分离的9株ORF3基因不存在缺失,属于自然感染野毒,其与疫苗株的核苷酸同源性为95.8%—97.1%。建立的鉴别诊断方法可以特异性扩增PEDV的ORF3基因,其中获得的PEDV自然感染毒株基因片段大小约300 bp ,而弱毒疫苗株则为250 bp左右;该鉴别诊断方法与其他猪源病毒无交叉扩增,其敏感性可达到100TCID50/0.1mL,对仔猪腹泻临床样品检测结果显示,PEDV自然感染的阳性率为65.4%。【结论】 初步建立了基于PEDV ORF3基因的RT-PCR鉴别诊断方法,该方法可以用于区分自然感染的野毒和弱毒疫苗免疫毒株,为PEDV的疫情诊断和流行病学监测提供了一种特异、快速的检测方法。     

莫氏巴贝斯虫滑动体组件蛋白基因gap45、gap50、myo A 和mlc的克隆表达与多克隆抗体制备

【目的】克隆和表达莫氏巴贝斯虫滑动体组件蛋白GAP45(gliding associated protein 45, GAP45)、GAP50(gliding associated protein 50,GAP50)、肌球蛋白A（Myosin A, Myo A）和肌球蛋白轻链（myosin light chain, MLC）基因及制备兔源性多克隆抗体。【方法】利用末端快速扩增（rapid-amplification of cDNA ends, RACE）技术从莫氏巴贝斯虫裂殖子cDNA中扩增gap45、gap50、myo A及mlc基因,将获得的全长或基因的部分序列构建pGEX-4T-1原核表达载体,在大肠杆菌BL21（DE3）pLys中用IPTG诱导表达;融合蛋白经纯化后免疫家兔,制备多克隆抗体,并用ELISA测定抗体的效价及反应性。【结果】获得了gap45、gap50、myo A和mlc基因的全长分别为664、1391、773和2 538 bp,开放阅读框长度分别为567、1194、606和2 514 bp,制备的多克隆抗体具有较好的特异性,效价高于1:25 600。【结论】克隆了滑动体组件蛋白gap45、gap50、myo A和mlc基因的全长,并制备了多克隆抗体,为筛选巴贝斯虫疫苗和诊断用抗原和药物靶位、研究其生物学入侵机制奠定了基础。     

犬瘟热病毒N蛋白基因真核表达质粒的构建与瞬时表达

[目的]构建犬细小病毒(CPV) VP2基因真核表达质粒,为研究核酸疫苗奠定基础.[方法]参考GenBank中发表的CDV N蛋白基因序列设计引物,采用RT - PCR方法从疑似犬瘟热病犬全血样品中扩增CDV N蛋白基因,将其克隆至真核表达载体pcDNA3.1(+).经测序验证后,小白鼠尾静脉注射瞬时表达CDV N蛋白基因,8h取其肝脏提取总RNA,进行RT - PCR方法扩增.[结果]在病犬的全血样品中扩增得到1 572 bp的CDV N蛋白基因片段,并构建了真核表达质粒pcDNA3.1(+)- CDV N,从瞬时表达的小白鼠肝脏总RNA中可扩增到目的条带.[结论]构建了犬瘟热病毒N蛋白基因真核表达质粒,并在小白鼠体内进行了瞬时表达.