烟台威海沿海菲律宾蛤仔线粒体遗传多样性分析

[目的]了解我国沿海野生菲律宾蛤仔群体遗传多样性和遗传分化情况。[方法]采用PCR技术对烟台威海2个群体的线粒体COⅠ基因片段进行扩增和序列分析。[结果]50个样本均得到684 bp的COⅠ基因片段序列,共定义了42个单倍型,检测到62个变异位点,2个群体单倍型多样性都较高,而核苷酸多样性相对偏低。用最大似然法(Maximum Likelihood,ML)构建的单倍型系统进化树显示2个地理种群的样本呈现散在分布,无明显的种群分化。[结论]反映了海洋动物的基因交流较容易,不同海域隔离较弱。     

亚东鲑线粒体COⅠ与COⅡ基因遗传多样性分析

[目的]分析亚东鲑线粒体COⅠ与COⅡ基因遗传多样性。[方法]分别从西藏亚东河与亚东鲑养殖站采集野生与养殖亚东鲑各15尾样品,对其线粒体DNA COⅠ、COⅡ基因全序列进行PCR扩增、测序比对。[结果]序列长度分别为631、634 bp。序列分析结果显示:30条亚东鲑线粒体DNA COⅠ、COⅡ序列分别检测到1种、3种单倍型,均无碱基插入、缺失,COⅡ序列有2个位点出现碱基替换;COⅠ、COⅡ序列T、C、A和G碱基平均含量分别为29.5%、28.97%,30.6%、28.47%,22.5%、27.03%和17.4%、15.53%,其中A+T的含量(52.0%、56.0%)均显著高于G+C含量(48.0%、44.0%),均表现出明显的碱基偏倚;COⅠ、COⅡ单倍型多态性(h)与核苷酸多态性(π)值分别为0、0.80与0、0.000 1;根据Kimura双参数模型构建基于线粒体COⅠ、COⅡ序列的系统进化树,两亚东鲑鱼遗传距离分别为0、0.002 4。[结论]西藏亚东鲑的遗传多样性水平较低,且养殖和野生群体无遗传分化。     

烟台威海沿海菲律宾蛤仔线粒体遗传多样性分析(英文)

[目的]了解我国沿海野生菲律宾蛤仔群体遗传多样性和遗传分化情况。[方法]采用PCR技术对烟台威海2个群体的线粒体COⅠ基因片段进行扩增和序列分析。[结果]50个样本均得到684bp的序列,共定义了42个单倍型,检测到62个变异位点,2个群体单倍型多样性都较高,而核苷酸多样性相对偏低。用最大似然法(Maximum Likelihood,ML)构建的单倍型系统进化树显示2个地理种群的样本呈现散在分布,没有明显的种群分化。[结论]反映了海洋动物的基因交流较容易,不同海域隔离较弱。     

Genetic Diversity Evaluation by the Comparative Analysis on Mitochondrial CO I Gene between Wild and Cultured Populations of Mytilus coruscus

[目的]通过比较分析线粒体COⅠ基因,探讨福州厚壳贻贝野生型和养殖型种群的遗传多样性.[方法]以福建省福州市野生厚壳贻贝(Mytilus coruscus Gould)和养殖厚壳贻贝各20个样本为试验材料,通过设计特异性引物,采用PCR技术对该40个个体的mtDNA COⅠ(线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ)序列进行扩增,通过测序分析和序列比对检索,鉴定扩增的序列,并利用MEGA(version 4.10)和DnaSP(version 4.0)软件对序列进行分析.[结果]测序结果显示扩增序列总碱基数为668 bp,40条序列中T、C、A和G碱基平均含量分别为28.0％、22.8％、32.3％和16.9％,其中A+T的含量(60.3％)显著高于G+C含量(39.7％),表现了明显的碱基偏倚;40个个体表现为26种单倍型,包括408个多态位点,单倍型间平均遗传距离为0.299,单倍型多态性(h)为0.944,核苷酸多态性(π)值为0.153 06.上述结果表明福州厚壳贻贝的遗传多样性水平比较高,并且养殖群体和野生群体无遗传分化.[结论]该研究揭示了福州厚壳贻贝的遗传资源现状,试验结果可为厚壳贻贝良种筛选提供参考依据.     

基于COⅠ基因的滆湖鲌类国家级水产种质资源保护区3种鲌类的遗传多样性分析

为探究滆湖鲌类国家级水产种质资源保护区主要保护对象3种鲌类遗传资源状况,利用线粒体DNA COⅠ基因序列评价3种鲌类的遗传多样性及种群历史动态.通过PCR技术和测序技术,获得长度为630 bp COⅠ基因片段.序列分析结果表明,3种鲌类COⅠ基因序列碱基组成相似,且具有明显碱基组成偏向性,A+T的含量高于G+C的含量.翘嘴鲌的46条COⅠ基因片段发现4个变异位点,定义了4种单倍型(Hq1-Hq4),翘嘴鲌的单倍型和核苷酸多样性指数分别为0.422和0.00085;蒙古鲌的20条COⅠ基因片段发现4个变异位点,定义4种单倍型(Hm1-Hm4),蒙古鲌的单倍型和核苷酸多样性指数分别为0.695和0.00190;达氏鲌的41条COⅠ基因片段发现4个变异位点,定义5种单倍型(Hd1-Hd5),达氏鲌的单倍型和核苷酸多样性指数分别为0.230和0.00053.中性检验和歧点分布分析显示,3种鲌类在历史进化过程中经历了不明显的种群扩张.整体来看,滆湖鲌类国家级水产种质资源保护区3种鲌类的遗传多样性水平较低,种群遗传组成趋于单一化,需要采取措施增加鲌类种群数量,提高其遗传多样性水平.     

千岛湖细鳞鲴种群线粒体COⅠ基因变异及遗传分化研究

首先利用鱼类线粒体CO Ⅰ基因两端的保守序列设计简并引物,扩增测序获得了细鳞鲴CO Ⅰ基因1 551 bp序列全长.然后利用CO Ⅰ基因部分序列标记对千岛湖汾口(FK)、姜家镇(JJZ)、富文(FW)以及临岐(LQ)4个细鳞鲴群体84个样本的遗传多样性和遗传结构进行了分析,结果表明:在4个群体中共检测到4种不同单倍型....     

基于线粒体COⅠ和ND1基因分析三尾凤蝶遗传多样性

以云南和四川分布的3个种群(云南丽江种群、云南东川种群、四川种群)共36头三尾凤蝶为研究对象,选取线粒体COⅠ和ND1基因作为分子标记,对三尾凤蝶的遗传多样性进行了研究.结果表明,PCR扩增测得COⅠ和ND1基因联合序列长度为1 913 bp,A+T含量为74.3%,表现出明显的A/T碱基偏向性;共检测到4个变异位点,定义了5个单倍型,其中,Ha1出现的频率较高,为共享单倍型.核苷酸和单倍型多样性指数分别为0.000 2和0.218 0;遗传分化系数(Gst)、固定系数(Fst)、基因流(Nm)和遗传距离分别为0.059 98、0.059 95、3.920 00和0.分析显示,三尾凤蝶遗传多样性低,各地理种群基因交流频繁,没有形成明显分化.     

重庆养殖中华鳖群体遗传多样性的RAPD分析

[目的]利用RAPD标记技术对重庆4个养殖地区中华鳖的遗传多样性进行分析。[方法]选取(潼南、永川、江津、长寿)4个地区养殖中华鳖样本，运用RAPD方法对4个地区的中华鳖遗传多样性与其遗传距离进行了分析。[结果]用20个随机扩增引物得到142个扩增片段，多态片段数量为95个，4个地区的多态位点比例范围为50.78%～64.54%,总多态位点比例为66.90%,总基因多样性为0.227,种群内基因多样性为0.135,遗传分化系数为0.307,基因流为1.127。4个养殖中华鳖群体的遗传距离为0.049～0.151。[结论]重庆4个地区养殖中华鳖遗传多样性较高，且大部分遗传变异存在于种群内，个体间亲缘关系较近，遗传变异度较小。     

紫贻贝野生群体与养殖群体线粒体COI基因的遗传比较分析

[目的]比较紫贻贝野生群体与养殖群体线粒体COⅠ基因的遗传多样性,为其种质资源筛选提供理论依据。[方法]采集山东省乳山市野生紫贻贝(Mytilus edulis Linnaeus)和养殖紫贻贝各12个样本;通过设计特异性引物,采用PCR技术对24个个体的mtDNA COⅠ序列进行了扩增,测序得到的序列总碱基数为706 bp;采用MEGA(Version 4.0)和DnaSP(Version 4.0)软件对序列进行了分析。[结果]24条序列中T、C、A和G碱基平均含量分别为34.6%、16.7%、25.9%和22.8%,其中A+T的含量(60.5%)显著高于G+C含量(39.5%),表现了明显的碱基偏倚。24个个体表现为18种单倍型,包括568个多态位点,单倍型间平均遗传距离为0.683,单倍型多态性(h)为0.953,核苷酸多态性(π)值为0.317 69。[结论]紫贻贝的遗传多样性水平较高,且乳山养殖群体和野生群体无遗传分化。     

温州羊栖菜(Hizikia fusiformis)野生与选育种群ISSR遗传研究

采用ISSR技术对温州2个羊栖菜野生种群和3个选育养殖品系进行了遗传多样性及遗传变异分析并构建了聚类分析图。结果显示:6条ISSR引物共获得76个位点,56个多态性位点,多态性位点百分率为74.67%;Nei's基因多样性为0.1823,Shannon's指数为0.2712,均高于个体水平;种群内和种群间Nei's基因多样性计算遗传分化水平(Gst)为0.5529;种群间的基因交流为Nm=0.3341;Shannon's信息指数显示野生种群的遗传变异性及遗传多样性普遍高于经过选育的养殖种群;同时说明经过选育,每个养殖品系的性状趋于稳定;聚类分析图显示3个选育养殖品系与2个野生种群分开,表明经过选育工作,野生羊栖菜种群与养殖羊栖菜种群呈现出明显差异。     

基于COⅠ基因分析7个罗非鱼群体的遗传变异

为了研究罗非鱼群体的遗传多样性及其系统进化关系,以尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)、奥利亚罗非鱼(O.aureus)、莫桑比克罗非鱼(O.mossambicus)、吉富罗非鱼(GIFT)和3种红罗非鱼(中国台湾红罗非鱼、马来西亚红罗非鱼、以色列红罗非鱼)7个群体为材料,对其线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)的序列进行PCR扩增和序列比对,分析7个罗非鱼群体的遗传变异情况。在324个样品中检测出180个多态性位点和98个单倍型,平均单倍型多样性为0.944,核苷酸多样性为0.036。中性检验Tajima’s D值显示GIFT、莫桑比克罗非鱼和奥利亚罗非鱼群体在经历瓶颈效应和/或纯化选择后种群规模扩大。7个罗非鱼群体间的遗传距离为0.000～0.071,种群遗传分化指数(Fst)值为0.016～0.994。AMOVA分析显示,大多数遗传变异来自群体间(70.78%)。研究还发现,本实验中的奥利亚罗非鱼遗传多样性最低,其余6个群体的遗传多样性较丰富。利用COⅠ基因对7个罗非鱼群体的遗传结构进行分析,丰富了罗非鱼种群特别是红罗非鱼的遗传背景数据,对其种质资源利用具有一定的指导意义。     

基于COⅠ和Cytb基因的浙江不同抗性水平二化螟种群的遗传结构分析

本研究利用线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)和细胞色素b(Cytb)基因的遗传学方法分析了浙江省8个不同抗性水平二化螟地理种群的遗传多样性及种群遗传结构。种群遗传多样性分析表明:PCR 扩增测序分别获得长度为627 bp的COⅠ基因片段和长度为455 bp的Cytb基因片段。355条同源COⅠ序列监测出了68个多态性位点,其中单突变位点22个,简约突变位点46个,共定义了85个单倍型,每个群体的平均单倍型为18.25个,其中瑞安(RA)种群中单倍型最多,为27个单倍型。326条Cytb同源序列监测出了45个多态性位点,其中单突变位点19个,简约突变位点26个,共定义了64个单倍型,每个群体的平均单倍型为14.375个,其中乐清(YQ)种群中单倍型最多,为25个单倍型。此外,各群体中最高的单倍型多样度h分别为0.896 3和0.934 4,反映出二化螟群体较低的遗传多样性水平。种群遗传结构分析表明:二化螟不同地理种群间遗传变异大多数来自于群体内个体间,占80.30%(COⅠ基因)和78.16%(Cytb基因)。较少部分的遗传差异来自于组间,仅占19.43%(COⅠ基因)和21.22%(Cytb基因)。单倍型网络关系图未表现出显著的地理谱系结构,Mantel相关性检测显示,遗传距离与地理距离之间无显著相关性。单倍型邻接树也没有明显分支,未呈现出地域性差异。该研究结果为浙江省不同抗性水平二化螟种群间交流和二化螟的防控提供了基础资料。     

基于Cytb基因序列的拟硬刺高原鳅遗传多样性研究

[目的]探究拟硬刺高原鳅种群的遗传多样性和分化程度。[方法]采用聚合酶链式反应（PCR）和直接测序方法获得拟硬刺高原鳅线粒体DNA（mtDNA）细胞色素b（Cytb）基因的全序列。[结果]拟硬刺高原鳅3个种群共58个个体均获得Cytb基因的全长序列（1 140 bp）,共定义了20个单倍型,拟硬刺高原鳅宝库河种群遗传多样性低于黄河种群。[结论]拟硬刺高原鳅黄河种群和宝库河种群间存在显著的分化,建议在实践中将2种群分开管理和保护,以达到保护种群遗传多样性的目的。     

基于线粒体COⅠ基因比较分析野生与养殖厚壳贻贝种群的遗传多样性

[目的]通过比较分析线粒体CO I基因,探讨福州厚壳贻贝野生型和养殖型种群的遗传多样性。[方法]以福建省福州市野生厚壳贻贝(Mytilus coruscus Gould)和养殖厚壳贻贝各20个样本为试验材料,通过设计特异性引物,采用PCR技术对该40个个体的mtDNACO I(线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ)序列进行扩增,通过测序分析和序列比对检索,鉴定扩增的序列,并利用MEGA(version 4.10)和DnaSP(version 4.0)软件对序列进行分析。[结果]测序结果显示扩增序列总碱基数为668 bp,40条序列中T、C、A和G碱基平均含量分别为28.0%2、2.8%3、2.3%和16.9%,其中A+T的含量(60.3%)显著高于G+C含量(39.7%),表现了明显的碱基偏倚;40个个体表现为26种单倍型,包括408个多态位点,单倍型间平均遗传距离为0.299,单倍型多态性(h)为0.944,核苷酸多态性(π)值为0.153 06。上述结果表明福州厚壳贻贝的遗传多样性水平比较高,并且养殖群体和野生群体无遗传分化。[结论]该研究揭示了福州厚壳贻贝的遗传资源现状,试验结果可为厚壳贻贝良种筛选提供参考依据。     

我国6个地方鸡品种线粒体CO I基因遗传多样性分析

以我国地方鸡品种为研究对象,测定6个地方鸡品种线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因部分序列,分析COⅠ基因序列的多态性。结果表明:6个地方鸡品种线粒体COⅠ基因序列有22个突变位点,占分析位点总数的3.52%;6个地方鸡品种单倍型多样度平均为0.7274,核苷酸多样度平均为0.352%,品种间核苷酸分歧度为0.283%~0.791%。6个地方鸡品种的COⅠ基因序列具有较高的遗传多样性。     

7个地理种群小鼠TLR9基因的遗传多样性分析

[目的]分析我国7个地理种群小鼠TLR9基因的遗传多样性。[方法]利用PCR技术扩增并测序7个地理种群100个小鼠样品的TLR9基因。使用MEGA 7.0、DnaSP等软件对基因序列进行分析,计算遗传距离、遗传多样性,并构建系统发育树。[结果]获得的TLR9基因片段长度为1 030 bp,位于参与对病原体相关分子模式识别的LRR结构域的编码区,A、T、C、G的平均含量分别为22.9%、22.2%、32.8%和22.0%,各地理种群间碱基含量没有明显差异。通过计算各地理种群间遗传距离及核苷酸多样性发现,这7个地理种群小鼠TLR9基因序列较为保守,并无明显遗传分化。以褐家鼠(NM_198131)作为外群构建系统发育树,其结果与遗传多样性分析相一致。[结论]7个地理种群小鼠TLR9基因遗传多样性较低,具有极高的保守性。     

江苏地区5个三角帆蚌(Hyriopsis cumingii)种群的ISSR分析

[目的]利用ISSR技术分析江苏地区5个三角帆蚌种群的遗传多样性和亲缘关系。[方法]用10条ISSR引物对5个三角帆蚌种群基因组DNA进行扩增,选取其中5条扩增条带多、信号强、背景清晰的引物对5个群体（无锡太湖、洪泽湖、南京江浦、兴化1、兴化2）共121个个体进行扩增分析。[结果[通过ISSR扩增共获得70个DNA片段,大小在200～2000bp,其中61个位点表现多态性,多态位点比例为87．14％。5个种群的基因多样性指数在0．2599～0．3144,平均值为0．2901,Shannon信息指数在0．3922～0．4663。南京江浦养殖种群的2种遗传多样性指数最高分别为0．3144和0．4663,而无锡太湖野生种群的最低为0．2599和0．3922。[结论]三角帆蚌养殖种群的遗传多样性高于野生种群：5个三角帆蚌种群间的亲缘关系与地理位置无显著相关性。     

狼山鸡保种群不同世代线粒体COⅠ基因条形码变化规律研究

以0、5、10和15世代狼山鸡保种群为研究对象,利用DNA测序技术测定了线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(cytochrome c oxidaseⅠ,COⅠ)基因全长序列多态性,以分析COⅠ基因DNA条形码在狼山鸡保种群不同世代的变化情况。结果表明,COⅠ基因序列在狼山鸡0和5世代中存在相同的6个突变位点,为4个单倍型;在10和15世代存在相同的3个突变位点,为3个单倍型;4个世代122个个体存在相同的2个突变位点,为5个单倍型,其中106个个体COⅠ基因分布于H2单倍型。狼山鸡0、5、10和15世代COⅠ基因单倍型多样度分别为0.276、0.333、0.119和0.252,平均核苷酸差异(K)分别为0.707、1.083、0.182和0.314,核苷酸多样度(Pi)分别为0.00046、0.00070、0.00012和0.00020。结果说明COⅠ基因DNA条形码在0~15世代间稳定遗传,表明狼山鸡保种群保种效果良好。     

银鲳3个野生群体线粒体CO Ⅰ基因的序列差异分析

利用PCR技术扩增我国3个不同海域(渤海湾、东海的舟山海域、南海的广东沿海)银鲳(Pampus argenteus)线粒体CO Ⅰ的基因片段,得到长度为604 bp的片段,比较分析了3个不同地区48尾银鲳线粒体CO Ⅰ基因序列的变异和遗传结构.结果显示,48条序列共检测出多态性位点30个,其中简约信息位点6个,各群体内的多态性位点分别为渤海8个、舟山26个、广东1个;48个个体具有18个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.662 2和0.002 8.AMOVA分析结果表明,群体间的遗传变异占总遗传变异的-1.03%,而101.03%的遗传变异源于群体内,3群体总的遗传分化指数(FST)为-0.010 3 (P>0.05).此外,研究结果还显示,群体间遗传分化指数与遗传距离均非常低.分析得出:基于银鲳线粒体CO Ⅰ基因的序列分析,单倍型多样性以东海群体最高(0.800 9)、渤海群体其次(0.700 0)、南海群体最低(0.200 0),而3群体核苷酸多样性则均较低(<0.005);分子变异分析未检测出我国3个野生银鲳群体间存在遗传分化现象.     

天山北坡棉铃虫遗传多样性的RAPD分析

[目的]对采自乌鲁木齐、三坪农场和阜康222团的棉铃虫从分子水平上进行遗传多样性分析.[方法]利用RAPD( Random Amplified Polymorphic DNA)技术.[结果]筛选出11条引物,并利用这些引物对棉铃虫的5个种群进行遗传分化的研究.222团番茄种群棉铃虫遗传多样性水平最高,乌鲁木齐玉米种群其次,昌吉南瓜种群最低.[结论]玉米、苘麻和棉花三种不同寄主间,棉铃虫基因交流更频繁;同阜康相比,昌吉和乌鲁木齐两个地理位置的棉铃虫更易进行基因交流.