马齿苋ISSR-PCR反应体系与反应条件的优化

[目的]优化马齿苋ISSR-PCR反应体系与反应条件。[方法]以马齿苋为试验材料,采用改良的CTAB法提取总DNA,对ISSRPCR引物进行筛选,同时进行ISSR-PCR反应体系和反应条件的优化,电泳检测ISSR-PCR产物。[结果]8个ISSR引物适合马齿苋的ISSR-PCR分析;最适反应体系为总体系25.0μL,其中2×Taq Platinum PCR Master Mix 12.5μL,10μmol/L引物2.0μL,40 mg/L DNA模板1.0μL,dd H_2O 9.5μL;最适反应条件为94℃预变性360 s;94℃变性60 s,54℃退火60 s,72℃延伸90 s,30次循环;72℃再延伸300 s。[结论]建立了马齿苋ISSR-PCR扩增的最佳反应体系和扩增程序,为进一步研究马齿苋提供基础资料。     

绿竹ISSR-PCR反应体系的建立与优化

以绿竹基因组DNA为ISSR-PCR扩增模板,采用单因素试验方法,对dNTPs、Mg~(2+)、Taq DNA聚合酶、引物、模板DNA设置7个不同浓度梯度进行研究,并对退火温度和循环次数进行筛选,建立绿竹ISSR-PCR最佳反应体系和扩增程序,并利用优化后的体系对100条ISSR引物进行筛选。最终确定的最佳反应体系为:20μL的扩增体系中,dNTPs浓度为0.2 mol/L,Mg2+浓度为2.0 mmol/L,Taq DNA聚合酶用量为1.0 U,引物浓度为0.4μmol/L,DNA用量为50 ng,10×PCR buffer体积为2μL、剩余体积用灭菌dd H2O补全。扩增程序为:94℃预变性5 min;94℃变性45 s,(根据引物的退火温度)复性30 s,72℃延伸90 s,循环38次;72℃延伸10 min,4℃保存。以此体系为基础进行引物筛选,在100条ISSR引物中筛选出14条扩增条带清晰、多态性较高、重复性好的引物。本研究建立了绿竹ISSR-PCR最佳反应体系并筛选出高多态性引物,为绿竹的指纹图谱、遗传多样性分析、分子育种和品种鉴定等研究提供了基础。     

油橄榄ISSR-PCR反应体系优化与引物筛选

[目的]对油橄榄ISSR-PCR反应体系进行优化,并筛选出多态性ISSR引物。[方法]以油橄榄嫩叶片提取的基因组DNA为模板,通过单因子试验针对反应体系主要因子Mg2+、dNTPs、引物浓度及模板用量进行油橄榄ISSR-PCR反应体系优化。[结果]优化的油橄榄ISSR-PCR反应体系为:总体系20μl中含1×Taq Buffer,3.5 mmol/L Mg2+,0.4 mmol/L dNTPs,1.0μmol/L引物,1.0 U Taq DNA聚合酶,20 ng DNA模板。反应程序为:94℃预变性5 min;94℃变性30 s,52～55℃退火30 s,72℃延伸2 min,40个循环;72℃延伸10 min,4℃保存。同时利用上述反应体系和反应程序筛选出了扩增稳定、多态性高、扩增条带清晰的ISSR引物11条。[结论]为进一步油橄榄种质资源的多样性研究和品种鉴定奠定了基础。     

华东黄杉ISSR引物反应体系的优化与筛选

在研究华东黄杉(Pseudotsuga gaussenii Flous)的遗传多样性过程中,为了获得清晰、重复性好的ISSR扩增结果,对影响ISSR-PCR的多个因素包括模板浓度、Mg2 浓度、dNTPs浓度、Taq酶的用量、退火温度和循环次数等指标进行了筛选和优化,确定了华东黄杉ISSR-PCR分析的最佳扩增条件为:20μL PCR反应体系中,2μL10×Taq酶配套缓冲液,1.5 UTaq聚合酶(上海Promega公司),1.5~2.5 mmol/L MgCl2,0.2μmol/L引物,0.2 mmol/L dNTPs,10 ng/L模板DNA。用来自江西三清山的4个个体,以100个ISSR引物进行PCR扩增,筛选出扩增效果较好的12个引物。     

荷花ISSR引物筛选及反应体系优化

利用加拿大哥伦比亚大学(UBC)公布的100条ISSR引物,以2个荷花品种的DNA为模板进行PCR扩增。采用单因素试验方法对荷花ISSR-PCR反应体系的5个因素(Mg2+、引物、dNTP、模板DNA、Taq酶)进行浓度优化,确定了荷花ISSR反应的25μL最佳扩增体系为:10×Taq Buffer 2.5μL,Mg2+3.0 mmol/L,dNTP 0.2 mmol/L,引物1.0μmol/L,Taq酶1.00 U,模板DNA 40 ng。筛选出8条扩增条带较好的ISSR引物,并对其引物进行梯度PCR试验,筛选出各引物对应的最佳退火温度,扩增共计获得61条ISSR条带。     

黄皮ISSR－PCR反应体系的优化

为应用ISSR分子标记对黄皮种质资源、分子标记辅助选择育种及其遗传多样性研究,通过单因素和正交试验对ISSR-PCR反应体系进行优化.结果表明,采用改良SDS法提取的DNA条带完整、无RNA污染,适于ISSR-PCR扩增;黄皮ISSR分析最适的扩增体系是:20 μl的反应体系中含30ng的模板DNA、1.5 U TaqDNA聚合酶、0.4μmol/L引物、0.3 mmol/L dNTPs以及引物(gA)8C的最佳退火温度为520.4℃.     

中国兰ISSR-PCR反应体系优化及引物筛选

[目的]优化中国兰的ISSR-PCR反应体系,并筛选适用于中国兰ISSR分析的候选引物,为ISSR分子标记在中国兰的辅助育种及亲缘关系和遗传多样性分析等提供技术参考.[方法]以6个中国兰品种为材料,采集其叶片样品,分别用研钵法和研磨仪法进行破碎研磨,比较两种方法提取DNA的效果,利用L25(53)正交试验和单因素试验对DNA模板量、引物浓度、2×Taq Master Mix添加量、循环数和退火温度进行优化,建立最佳ISSR-PCR反应体系,并从ISSR分子标记通用引物中筛选适用于中国兰的ISSR分析候选引物.[结果]研磨仪法提取的DNA浓度明显高于研钵研磨法,但二者提取的DNA质量均较好(OD260/OD280为1.7~2.0).对ISSR-PCR反应体系扩增结果的影响程度排序为DNA模板量>引物浓度>2×Taq Master Mix添加量.综合考虑成本和DNA模板量,最佳ISSR-PCR反应体系(20.0μL):DNA模板10.0 ng、引物0.8μmol/L和2×Taq Master Mix 9.0μL.最佳循环数为35,最佳退火温度为49.6℃.基于上述优化结果,从100条引物中共筛选出42条适用于中国兰的ISSR候选引物.[结论]研磨仪法可有效提高中国兰基因组DNA的提取率和质量,且利用优化后的ISSR-PCR反应体系和扩增程序及筛选出的引物,扩增获得的条带清晰、稳定,多样性好,可用于中国兰的遗传多样性和亲缘关系等分析研究.     

大麻染色体制片技术

[目的]探究大麻染色体的制片技术。[方法]对大麻染色体制片技术的预处理液、解离时间、染色时间等进行试验研究,并对其进行染色体数目观察。[结果]研究表明:用大麻根尖在常温下用0.003%的8-羟基喹啉溶液预处理2 h或用饱和对二氯苯处理1.5 h,经卡诺固定液固定30 min后,在1∶1的1 mol/L HCl和45%醋酸60℃下恒温水浴中解离30 s,地衣红染液染色8 h压片镜检,能取得良好的制片效果。大麻染色体数目观察表明,大麻染色体数目2n=2x=20。[结论]该研究为大麻细胞学方面的深入研究提供了资料。     

大花君子兰ISSR-PCR反应体系的建立与优化

以大花君子兰为材料研究了PCR反应体系的主要成分及退火温度对君子兰ISSR扩增结果的影响,并对影响PCR反应体系的主要成分及退火温度进行筛选和优化,确立了适合君子兰ISSR-PCR分析的最佳反应体系:在20μL的反应体系中,Mg2+为2.0 mmol/L,模板DNA用量为50 ng/μL,Taq酶0.4 U,dNTPs浓度为0.15 mmol/L,引物浓度为0.4 mmol/L。筛选出了13个适宜君子兰遗传分析的ISSR引物,确定最适宜退火温度为52~56℃。     

珍稀植物攀枝花苏铁ISSR扩增条件的优化

在利用ISSR技术对攀枝花苏铁(Cycas panzhihuaensis)种质资源遗传多样性进行研究的实验过程中,对影响PCR扩增效果的一些因素如DNA的提取、模板DNA质量浓度、Taq酶用量、引物用量、dNTP的用量以及退火温度等指标进行筛选和优化。试验结果表明,20μl的反应体系中采用15～25ng的模板DNA、2.0～2.5mmol/L的Mg2 浓度、0.2mmol/L的dNTPs、0.2μmol/LISSR引物、0.2UTagDNA聚合酶、48℃～55℃(退火温度随引物不同而定)的复性温度,以及35个循环数为攀枝花苏铁ISSR—PCR扩增条件的最佳选择。攀枝花苏铁ISSR-PCR扩增条件的优化为进行攀枝花苏铁种群间遗传分化的研究奠定了基础。     

马褂木ISSR-PCR扩增体系的优化

【目的】建立稳定的马褂木ISSR-PCR扩增体系,为马褂木种群ISSR多样性分析提供技术支持。【方法】采用单因素试验对ISSR-PCR扩增体系中的MgCl2、dNTPs、引物浓度、TaqDNA聚合酶、DNA模板用量和退火温度等主要因素进行筛选优化。【结果】采用试剂盒方法提取马褂木叶片DNA的效果优于改良CTAB法,最优PCR反应体系为：总体积20.0μL中含有10×Buffer2.0μL、MgCl21.8mmol/L、dNTPs0.2mmol/L、引物0.5μmol/L、TaqDNA聚合酶1.00U、DNA模板60ng、退火温度59.1℃。【结论】优化后的马褂木ISSR-PCR扩增体系能够扩增获得清晰、稳定的条带,可满足马褂木种群ISSR多样性分析的要求。     

茶树ISSR-PCR反应体系的正交优化

对茶树ISSR-PCR反应体系中的5因素(Taq酶浓度(U/(20μL))、Mg2+浓度(mmol/L)、模板DNA质量浓度(ng/(20μL))、dNTP浓度(mmol/L)、引物浓度(μmol/L))在4水平上进行正交优化试验,筛选出各因素的最佳水平,建立茶树最佳ISSR-PCR反应体系,即20μL反应体系中,TaqDNA聚合酶为1.0U/(20μL),Mg2+为2.0mmol/L,模板为40ng/(20μL),dNTP为0.20mmol/L,引物为0.25μmol/L.对茶树ISSR-PCR最佳反应体系进行梯度退火试验,确定引物ISSR1、UBC881的最适退火温度分别为52.4、59.0℃.     

火龙果ISSR优化体系的建立

为建立稳定的火龙果ISSR-PCR反应体系,采用单因素与正交设计试验相结合的方法,对ISSR反应体系中的主要因素进行了优化筛选。结果表明,20μL ISSR反应体系中各主要成分的最适浓度分别为10×Buffer(含Mg2+)2.0μL,DNA 20.0ng、0.30mmol.L-1 dNTP、引物0.35μmol.L-1、Taq DNA聚合酶为1.5U,引物(AC)8T的最佳退火温度为54.0℃。利用优化得到的体系对6份火龙果材料进行检验,结果表明优化后的体系适合火龙果的ISSR-PCR反应。     

薄壳山核桃ISSR-PCR反应体系的优化

采用正交试验设计,对薄壳山核桃ISSR - PCR反应体系的主要影响因子(TaqDNA聚合酶、dNTP、引物、Mg2+和模板DNA)进行了优化,并得到了适合薄壳山核桃的ISSR - PCR扩增体系.结果表明,在20μL的ISSR - PCR反应体系中,1.0U的Taq酶、0.4 mmol/L的dNTP、0.2 μmol/L的引物、2.0 mmol/L的Mg2+和40ηg的模板DNA为适合薄壳山核桃的最佳反应条件.     

均匀设计优化喜盐鸢尾ISSR-PCR体系

以新疆野生喜盐鸢尾DNA为模板, 采用U20(54)和U12(34)均匀设计表,通过4因素5水平和4因素3水平两轮均匀优化试验,对影响ISSR-PCR扩增结果的一些因素如Mg2+ 、dNT P、引物以及TaqDNA聚合酶浓度以及循环数和退火温度等进行优化筛选, 建立了适合喜盐鸢尾的最佳ISSR-PCR反应体系:在25 μL反应体系中,包括2.5 μL 10×PCRBuffer ,2.0mmol/L M g2+,250 μmol/L dNTP,0.1 μmol/L 引物,0.5U TaqDNA 聚合酶,40 ng模板DNA.扩增程序为 :94℃预变性3 min;接着进行40个循环:94℃变性45 s,52.1℃退火30 s,72℃延伸1.5 m in;循环结束后,72℃延伸5 min,4℃保存.     

大花萱草ISSR-PCR最佳反应体系的建立

ISSR标记能揭示出种间、种内遗传变异情况,更好地揭示亲缘关系和遗传多样性。以大花萱草的5个品种为试材,研究了影响大花萱草ISSR-PCR扩增效果的各项因素,建立了适合大花萱草ISSR-PCR的最佳反应体系:20μL反应体系中,10×buffer 2μL,dNTP 0.2 mmol/L,Mg2+浓度1.5 mmol/L,引物浓度0.5 mmol/L,Taq酶10.002 nkat,DNA模板20 ng。大花萱草的最佳ISSR扩增反应程序为:94℃预变性5 min;94℃变性40 s,50℃退火45 s,72℃延伸1.5 min,共40个循环;最后72℃延伸10 min。通过该反应程序进行的大花萱草ISSR扩增可获得清晰、稳定的条带。     

马氏珠母贝ISSR-PCR反应条件优化

采用ISSR技术对马氏珠母贝进行PCR扩增,100个引物筛选出48个呈阳性反应的引物。对影响ISSR-PCR反应的Mg2+浓度、模板浓度T、aq酶浓度、引物退火温度和反应循环数进行了优化,并对甲酰胺对试验的影响进行了初步探讨。结果表明:优化的马氏珠母贝ISSR反应条件为①反应体系2.5μl 10×buffer,镁离子浓度1.5 mmol/L,Taq酶1.0 U,200 nmmol/L ISSR引物,模板浓度为50 ng/μl,2%甲酰胺,0.10 mmol/L dNTP,加双蒸水至总体积25μl;②反应程序预变性94℃,5 min;变性94℃,30 s;退火52℃,1 min;延伸72℃,2 min;39个循环;延伸72℃,7 min。     

盾叶薯蓣ISSR-PCR扩增条件研究

以盾叶薯蓣的叶片制备ISSR-PCR DNA 模板.通过单因子试验分别研究了模板DNA质量和浓度、Mg2 浓度、Taq酶用量、dNTPs浓度以及退火温度对盾叶薯蓣ISSR-PCR扩增的影响,建立了适宜于盾叶薯蓣的ISSR反应体系和扩增参数,即15μL反应体系中包括:20 ng/L模板DNA,1×Taq酶缓冲液,1.0 U Taq聚合酶,2.5 mmol/L MgCl2,0.2 μmol/L引物和0.3 mmol/L dNTPs.并从46个ISSR引物中筛选出10个带纹清晰、多态性丰富的引物,并确定了这些引物的适宜退火温度.     

正交优化设计蒙药阿给ISSR-PCR反应体系

[目的]建立适用于蒙药阿给（Artemisia frigidaWilld.）的ISSR反应体系,为ISSR标记技术在蒙药阿给遗传多样性研究中的应用奠定技术基础。[方法]利用正交试验设计,从Mg^2＋、dNTP、TaqDNA聚合酶和引物浓度4因素3水平,对蒙药阿给ISSR-PCR反应体系进行优化分析,并在此基础上对PCR的循环次数及退火温度进行试验。[结果]在20μl反应体系中,Mg^2＋为1.5mmol/L,dNTP为0.25mmol/L,TaqDNA聚合酶为1.5U,引物为0.75μmol/L时,且ISSR最适的循环次数为40,最适退火温度为56.0℃,扩增效果最好。[结论]筛选出的反应体系适用于蒙药阿给的ISSR扩增。     

西葫芦ISSR-PCR反应体系优化及引物筛选

为了确定西葫芦ISSR-PCR的最佳反应体系,以西葫芦基因组DNA为模板,采用正交试验方法,对模板DNA、引物及2×Taq PCR Master Mix的用量进行了优化,并通过梯度PCR确定不同引物的最佳退火温度。结果表明,最佳反应体系为:在20μL的体系中,模板DNA(50 ng/μL)1 L,引物(10μmol/L)3 L,Master Mix 10μL;利用该体系从50条ISSR引物中筛选出18条扩增条带清晰、多态性好的引物。这一体系的建立及引物筛选为以后利用ISSR分子标记技术对西葫芦进行研究提供了科学依据。