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1.
为了解中国江苏省及周边地区猪圆环病毒Ⅱ型(PCV2)的分子流行病学以及毒株的遗传变异情况,本研究运用PCR技术对来源于不同地区、不同猪场且PCV2检测为阳性的样品进行全基因组序列的扩增和测序,共获得18株PCV2全基因序列,并对所得到的毒株进行遗传变异分析。结果表明,18株毒株与国内外的参考毒株同源性为93.5%~99.7%,而ORF2核苷酸及其推导的氨基酸序列同源性分别为87.1%~99.9%和84.2%~99.6%,说明毒株存在一定程度的变异。系统进化树分析结果显示18株毒株中有5株PCV2a,7株PCV2b,6株PCV2d,其中20150429YC全长为1 766 bp,与(HM038031.1 PCV2d等)参考毒株的同源性为100.0%,未发现PCV2c。同时,Cap蛋白的抗原表位和抗原性也发生了变化。说明,目前江苏省及周边地区猪群中PCV2感染较为普遍,PCV2的流行毒株以PCV2b基因型为主,PCV2d次之。  相似文献   

2.
[目的]揭示广西狂犬病病毒(RABV)的流行变异规律及进化特征,为广西狂犬病防控提供科学依据.[方法]对2018年从患狂犬病家犬脑组织分离获得的2株RABV野毒株(GXYZ2018和GXSL2018)进行全基因组扩增与测序,测序结果采用SeqMan进行拼接以获得全基因组序列,并与近20年来的RABV广西流行株进行系统地遗传变异分析.[结果]GXSL2018株和GXYZ2018株的全基因组序列长度均为11923 bp,不同RABV广西流行株间的核苷酸序列同源性在87.1%~99.4%,而2株毒株间的同源性为99.1%;与其他RABV广西流行株相比,GXSL2018株和GXYZ2018株的3'-UTR为69 bp,且在第20位缺失一个核苷酸.基于N基因和G基因核苷酸序列同源性构建的遗传进化树均显示GXSL2018株和GXYZ2018株同属于Group II型毒株,且2株毒株N蛋白上的B细胞表面抗原表位(第358~367位氨基酸残基)、Th细胞表位(第404~418位氨基酸残基)和RNA结合域(第298~352位氨基酸残基),以及G蛋白上与病毒毒力密切关联的第333、336、339和357位氨基酸残基及中和抗体相关表位和受体结合位点均高度保守.[结论]GXYZ2018株和GXSL2018株同属于Group II型毒株,与近20年来的RABV广西流行株高度相似,病毒蛋白主要功能区的氨基酸序列高度保守,尚未发生变异,全基因组遗传特性稳定.  相似文献   

3.
[目的]了解广西家蚕核型多角体病毒(Bombyxmori nucleopolyhedrovirus,BmNPV)毒株gp64基因的保守性,并掌握其具体的突变位点,为研究核型多角体病毒(NPV)种内的微进化模式提供参考依据.[方法]对广西不同桑蚕产区的19株BmNPV毒株进行gp64基因克隆与测序,分析完整开放阅读框(ORF)序列的同源性和单核苷酸多态性,并构建基于gp64基因的遗传进化树.[结果]广西BmNPV毒株的gp64基因ORF序列不一致,存在1590、1593和1599 nt三种类型,是由于第94~96位缺失GCG或第97~102位插入GCGCCG所致,且插入核苷酸突变仅在广西BmNPV毒株中出现.仅GXSL毒株与T3毒株的核苷酸及其推导氨基酸序列同源性均达100.0%,其余18株毒株与T3毒株的核苷酸序列同源性在98.5%~99.2%,其推导氨基酸序列同源性在98.7%~99.6%.19株广西BmNPV毒株被分为两个亚群(cladeⅠ和cladeⅡ),其中11株独立形成cladeⅡ,7株独立形成cladeⅠ中的一个亚群;广西毒株在多个位点出现同义核苷酸突变,呈一定的规律性.[结论]广西BmNPV毒株的gp64基因具有遗传多样性,在遗传进化上较独立,插入突变显示出地域特点.  相似文献   

4.
【目的】了解广东省某猪群中猪圆环病毒 2 型(Porcine circovirus type 2,PCV2)流行毒株的遗传进化情况,丰富 PCV2 分子流行病学数据,为当地 PCV2 疫苗候选株的选用和研发提供参考。【方法】使用 qPCR 方法对疑似 PCV2 的样品进行检测,发现 1 株具有高病毒载量的 PCV2 毒株,命名为 GD222858。通过 PCR 方法进行全基因组分子克隆及遗传进化分析。使用 MegAlign 软件将该毒株 ORF1、ORF2 基因编码的氨基酸序列与 PCV2 同亚型参考毒株进行比对,分析氨基酸序列的相似性;采用 DNAStar 预测该毒株的 Cap 蛋白二级结构及 B 细胞表位,并与 4 株疫苗株 DBN-SX07-2(HM641752)、LG(HM038034)、SH(HM038027)、ZJ(AY686764)的 Cap 蛋白抗原指数进行比对分析。【结果】GD222858 毒株基因组长度为 1 767 bp。遗传进化分析表明该毒株属于 PCV2d 亚型。与国内外 82 株参考毒株的核苷酸相似性为 91.4%~99.6%,与越南毒株 Han8(GenBank 登录号:JQ181600)的亲缘关系最近。在 ORF1 编码的 Rep 蛋白处发现多个特异性突变位点 F70Y、F77L、W202R、N256S;ORF2 编码的Cap 蛋白相对保守。Protean 预测 Cap 蛋白的氨基酸第 5~18、24~25、39~41、48~49、57~65、99、101、112~114、139~140、145~150、162~165、175~181、188~189、205~211、227~232 位 置 处 均 可 能 存 在 潜 在 的 B 细 胞 表 位。GD222858 毒株的 Cap 蛋白抗原指数与 4 株疫苗株均有差异,在氨基酸 45~57、124~132、223~233 位置处抗原指数明显高于 4 株疫苗株,且与疫苗株 HM038034 差异最大。【结论】GD222858 毒株感染猪群的原因可能是 Rep 蛋白多个位点发生特异性突变及疫苗株选用不当所致。  相似文献   

5.
【目的】调查陕甘地区猪场PCV3流行情况,为进一步研究与防控PCV3奠定基础。【方法】根据GenBank中PCV3基因序列,设计并合成了1对引物,对96个猪场的96份混合样本进行PCV3检测,将阳性样品进行序列测定分析,同时对PCV3阳性样品进行6种常见猪群病毒病检测。【结果】检测出了PCV3阳性样品8份,阳性率为8.33%。其中7份样品与其他6种常见猪群病毒存在不同程度的混合感染现象,混合感染率87.5%。序列分析表明,陕甘地区猪场8株PCV3基因片段核苷酸同源性在98.3%~100%,与不同地域参考毒株的同源性在97.6%~100%。【结论】陕甘地区2015年样品中即存在PCV3感染,不同地区的PCV3基因同源性较高,遗传稳定;基因进化树显示不同地域PCV3毒株交叉分布,没有明显的地域特征。  相似文献   

6.
[目的]通过测定广西流行狂犬病毒糖蛋白(G)基因的全序列,了解广西狂犬病的流行趋势和遗传变异规律,为制定广西狂犬病的防控策略提供科学依据.[方法]2000年10月~2007年10月,从广西14个市采集1569份动物脑组织,经RT-PCR检测及小白鼠脑内接种试验分离狂犬病毒,然后对狂犬病毒G基因进行测序分析.[结果]从广西各地共分离获得26株狂犬病毒野毒株,其中犬23份,牛、猪、猫各1份.狂犬病毒G基因核苷酸全长2067 bp,开放阅读框1575bp,编码524个氨基酸.根据G基因核苷酸同源性及遗传进化树分析结果,可将广西流行的狂犬病毒株分成3个群,Ⅰ群15株,其核苷酸同源性为97.7%~99.9%; Ⅱ群10株,其核苷酸同源性为98.0%~99.9%; Ⅲ群只有1株.通过氨基酸变异分析,了解了26株野毒株G基因编码蛋白的氨基酸突变位点.[结论]广西存在3个群的狂犬病毒野毒株,且以Ⅰ群和Ⅱ群流行为主,3个群的氨基酸变异均呈现明显的特异性.  相似文献   

7.
为了掌握浙江地区猪圆环病毒2型(porcine circovirus type 2,PCV2)流行病学特点和遗传变异情况,应用PCR检测方法,对2018年浙江地区猪场采集的临床疑似病料进行PCV2检测,并对部分阳性病料进行全基因扩增、克隆、序列测定和ORF2遗传进化树分析。结果显示:329份临床疑似样品中,PCV2阳性率27.4%(90/329),其中宁波地区阳性率最高,为52%;保育猪和肥育猪阳性率最高,分别为38.8%(64/165)和68.8%(11/16)。选取7份病料进行全基因组扩增,每个毒株随机挑选3个或4个阳性克隆进行序列测定,共得到22个毒株进行遗传变异分析。22株病株同源性为93.3%~99.8%,与16个参考毒株同源性为93.5%~99.8%。根据遗传进化树分析,22个毒株分别处于3个分支,其中6株PCV2a,6株PCV2b,10株PCV2d,说明目前浙江地区PCV2d是优势毒株。ORF2遗传进化树分析显示,ORF2核苷酸同源性较全基因组核苷酸同源性低, 3个分支分别处于PCV2b、PCV2d和PCV2e,预示浙江地区流行毒株可能在向PCV2e转变。本研究掌握了PCV2在浙江地区的流行动态,为浙江省PCV2疫苗株的选择和疫苗研发提供了理论依据。  相似文献   

8.
广西PRRSV、PCV、CSF的混合感染及PRRSV分子病原学研究   总被引:1,自引:0,他引:1  
为了弄清2007年发生于广西一些县市猪场的高致病性猪繁殖与呼吸综合征和其他疾病的混合感染情况,从广西7个县市发生高致病性猪繁殖与呼吸综合征的猪场采集病料,进行猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、猪圆环病毒(PCV)及猪瘟病毒(CSF)检测,并对检测的PRRSV进行分子病原学分析。结果显示,经PCR检测,86份样品中有60份为PRRSV阳性,36份为PCV阳性,2份为CSF阳性,说明发生于广西猪群的PRRSV与PCV共感染情况比较严重。通过PRRSVORF5基因序列比较分析发现,来自广西7个县市不同猪场的PRRSV高度同源,核苷酸序列同源性为98.5%~99.8%,推导编码的氨基酸序列同源性为98.0%~100.0%;与VR2332和LV株的核苷酸序列同源性分别为88.7%~89.7%和62.2%~63.1%,氨基酸序列同源性分别为88.6%~89.6%和60.5%~61.3%,表明7个县市不同毒株的ORF5基因区域变异不大,均属美洲型。  相似文献   

9.
[目的]明确广西黄牛是否存在牛乳头状瘤病毒(Bovine papillomavirus,BPV)感染,为今后制定科学的防控措施提供参考依据.[方法]从广西隆安县某黄牛养殖场青年黄牛的皮肤上采集瘤状物病料,在临床观察和组织病理学观察的基础上,采用PCR对其进行鉴定和基因型分型,再根据鉴型结果设计5对特异性引物对BPV基因组进行扩增及测序分析.[结果]黄牛皮肤瘤状物的病理组织切片观察发现,表皮与真皮增生,表皮细胞角质化和空泡化,细胞呈梭形或星形.从瘤状物中分离获得1株毒株,其与BPV-1型的同源性达99.0%,命名为BPV-GX-LA150909.BPV-GX-LA150909毒株基因组全长7946 bp,GenBank登录号为MF435918,包含早期基因区(E区)、晚期基因区(L区)和非编码区(NCR区)3个区域.BPV-GX-LA150909毒株无论是其基因组还是L1基因,均与BPV-1型的同源性最高,尤其与贵州株BPV-1 GZLZ的同源性分别为99.9%和99.7%,且在系统发育进化树上也是与BPV-1 GZLZ的遗传距离较近.BPV-GX-LA150909毒株的L1蛋白具有潜在的B细胞抗原表位,含有17个O-糖基化位点和1个N-糖基化位点.[结论]广西黄牛群中已存在BPV-1型感染,且与国内外BPV-1型的同源性较高,说明BPV跨地区传播是不可忽视的问题.  相似文献   

10.
华南地区猪圆环病毒3型分子流行病学研究   总被引:1,自引:0,他引:1  
猪圆环病毒3型(PCV3)是一种新的猪圆环病毒类型,为了解PCV3在华南地区的分布及其分子流行病学,应用荧光定量PCR方法对华南地区的临床样品进行检测,然后对PCV3阳性样品进行全基因组扩增和测序,将获得的7株PCV3核酸序列与国内外参考毒株进行遗传变异分析。结果表明,华南地区送检的临床样品和猪场的PCV3阳性率分别为46.3%和69.2%,7株PCV3毒株与国内外的参考毒株同源性为97.4%~99.8%,而ORF2核苷酸及其推导的氨基酸序列同源性分别为96.6%~99.8%和96.7%~99.5%。由此可见,PCV3在我国华南地区已经广泛存在。  相似文献   

11.
[目的]检测猪圆环病毒2型(PCV2)核衣壳蛋白(Cap)的表达,为进一步研制PCV2单克隆抗体检测抗原提供参考依据。[方法]根据已经发表的PCV2的衣壳蛋白基因(Cap)设计1对引物,利用PCR方法从已知PCV2病毒中扩增到1条DNA片段。将PCR产物按预定的阅读框架插入表达载体质粒pET28a(+)中,获得重组质粒pCAP-PCV2,并转化到大肠杆菌BL21(DE3)中。[结果]序列测定表明,所克隆的序列大小为579 bp,与DQ104422的Cap基因序列一致;通过对菌体裂解物的SDS-PAGE分析证明,携带重组质粒pET-PCV2-Cap的大肠杆菌可以表达可溶性的衣壳蛋白。[结论]PCV2衣壳蛋白能通过表达载体质粒pET28a(+)进行可溶性表达。  相似文献   

12.
猪圆环病毒Ⅱ型DT株的分离鉴定及动物模型建立   总被引:1,自引:0,他引:1  
应用PCR方法对江苏省东台市某猪场送检的一头无名高热病死猪的腹股沟淋巴结及肺脏病料进行检测.结果表明:该病料中存在PCV2;病料转染PK-15细胞,盲传3代后,IFA方法检测结果显示有明显的特异性荧光.利用设计的一对特异性引物对PCV2-DT株(东台分离株)全长基因进行扩增,测序结果显示所扩增基因为PCV2全长基因,大小为1 767 bp,包括11个完整的开放阅读框(ORF).PCV2-DT分离株与其他20株PCV2分离株序列比较发现,核苷酸同源性都在95%以上,并与欧美株处于同一分支.PCV2-DTRep、Cap序列同国内分离的16株相比较,核苷酸序列同源性分别为97.5%~100%和94.2%~99.9%.氨基酸序列同源性分别为98.4%~99.7%和93.2%~99.6%.用PK-15细胞从病料中分离的细胞毒接种3头42日龄健康仔猪(血清学检测无PCV1、PPV、PRV等感染),于首次接毒后的第10天出现发热、咳嗽、水样腹泻等症状,食欲几乎废绝,出现了PM-WS症状,初步建立了PMWS动物模型.  相似文献   

13.
猪圆环病毒2型Cap蛋白核定位信号区抗原表位的鉴定   总被引:1,自引:0,他引:1  
【目的】猪圆环病毒2型(PCV2)是引起断奶仔猪多系统衰竭综合症(PMWS)的重要病原,其基因组ORF2编码的Cap蛋白为病毒的主要结构蛋白,起保护性抗原作用,对其进行抗原表位鉴定十分必要。【方法】本研究采用杆状病毒表达的重组Cap蛋白作为免疫原制备5株单克隆抗体,通过原核表达系统对ORF2基因进行了截短表达,先行对Cap蛋白抗原表位进行宽幅定位,然后利用合成多肽对Cap抗原表位做精确扫描定位。【结果】5株单抗中有4株针对同一抗原表位,坐落在Cap蛋白N末端核定位信号区,经多肽扫描证实,核心序列为26RPWLVHPRHRY36;另1株单抗(1D2)仅与重组Cap蛋白产生免疫活性反应,对4个分段截短表达的Cap蛋白无免疫活性反应,鉴于该单抗具有中和病毒活性,针对的可能是构象表位。【结论】本研究首次鉴定出位于Cap蛋白核定位信号区的一个抗原表位,为以后Cap蛋白功能及核定位机理的研究奠定基础。  相似文献   

14.
[目的]探讨PRRSV-GXA毒株对断奶仔猪的致病性。[方法]将12头PRRSV/PCV2抗体和抗原阴性的健康仔猪随机分为感染组(9头)和对照组(3头),感染组通过口服和肌肉注射方式接种PRRSV-GXA株细胞毒(4ml/头),对照组接种无病毒的细胞培养液(4ml/头)。感染后第11、14和21天分别剖杀感染组3头和对照组1头,根据临床症状、病理学变化、特异性抗体水平以及病毒核酸等判断其致病性。[结果]仔猪感染PRRSV后第6~10天体温稍微升高,随后逐渐恢复至正常。早期出现短暂的精神沉郁,轻度厌食但没有出现典型临床症状。剖检的病理变化仅见于感染后第21天,有2头感染仔猪肺膈叶前缘出现小的局灶性间质性肺炎,镜检肺泡壁间质增宽,有多量单核细胞和淋巴细胞浸润。在感染后第9天检测到PRRSV特异性抗体,并随着时间呈上升趋势,感染后第21天达到较高值。在4头感染仔猪的肺脏及肺门淋巴结检测到病毒核酸,其中1头仔猪扁桃体也检测到病毒核酸。[结论]PRRSV-GXA毒株对仔猪的毒力较弱,但能刺激机体产生较高水平特异性抗体。  相似文献   

15.
[目的]克隆广西巴马小型猪特异性蛋白1(SP1)基因,并构建其真核表达载体,为揭示其对猪生长发育的调控机理打下基础.[方法]利用RT-PCR从广西巴马小型猪背最长肌组织中扩增SP1基因,采用DNASTAR、TMHMM等分别进行基因生物信息学分析;以pEGFP-N1质粒构建真核表达载体pEGFP-N1-SP1并转染293T细胞,于转染48 h后在倒置荧光显微镜下观察并拍照.[结果]克隆获得的广西巴马小型猪SP1基因与GenBank中野猪(Sus scrofa)的参考序列(XM_005652569.3)一致,未发现碱基突变位点;其编码序列(CDS)全长2340 bp,编码779个氨基酸.广西巴马小型猪SP1蛋白不存在跨膜结构,也不存在信号肽,不属于分泌型蛋白;其二级结构中α-螺旋占17.84%,延伸链占21.31%,β-转角占9.76%,无规则卷曲占51.09%.构建的真核表达载体pEGFP-N1-SP1能成功转染至293T细胞中并表达出绿色荧光蛋白.[结论]广西巴马小型猪SP1基因CDS序列编码蛋白主要参与细胞内活动,而非外分泌型蛋白,以SP1基因构建的真核表达载体pEGFP-N1-SP1能转染293T细胞并成功表达,可直接用于后期SP1基因功能探索及干扰表达等研究.  相似文献   

16.
[目的]了解广西猪瘟病毒(CSFV)流行毒株的变异规律及其与疫苗株的基因差异,为正确选择猪瘟疫苗和防制广西猪瘟提供参考依据.[方法]以广西本地的阳性猪瘟病料为研究对象,应用RT-PCR扩增CSFV的E2基因,经克隆、测序后用DNASTAR软件对其序列进行比对分析,并绘制遗传进化树.[结果]从41份疑似猪瘟病料中共扩增出4个阳性样品的E2基因(1140 bp),经序列比对分析发现,扩增获得的4株CSFV毒株(GXGG1、GXLC1、GXLC2和GXNN1)与兔化弱毒株(HCLV)、Shimen强毒株的核苷酸同源性为82.1%~82.3%和82.9%~83.4%、其推导氨基酸同源性为88.4%~89.2%和88.9%~90.0%,4株毒株间的E2基因核苷酸及其推导氨基酸同源性分别为90.8%~99.6%和94.2%~99.5%,且均属于基因群Ⅱ;E2基因推导的氨基酸表明,E2蛋白空间结构及抗原结构的氨基酸位点693Cys、737Cys、792Cys、818Cys、828Cys、856Cys、833Pro、834Thr、837Arg均未发生变异,但其单抗识别位点G713E、N729D、K734R发生变异.[结论]近年来广西CSFV流行毒株的变异未出现较大差异.与HCLV株、Shimen强毒株亲缘关系较远,但与Paderborn株、GXWZ02株亲缘关系较近.  相似文献   

17.
[目的]探讨猪圆环病毒2型(PCV2)感染量、感染时间与被感染RAW264.7细胞活性氧水平动态变化的相关性,为建立RAW264.7细胞氧化胁迫体外模型提供参考依据.[方法]PCV2原液调至5×106/mL,经10、102、103和104倍稀释(10-1、10-2、10-3和10-4释度)后,感染作用RAW264.7细胞2h,弃病毒液,加入含5% FBS的DMEM培养液继续培养,分别于第4、8、12、24和48 h收集细胞上清液或细胞,测定一氧化氮(NO)、活性氧自由基(ROS)、还原型谷胱甘肽(GSH)、氧化型谷胱甘肽(GSSG)、黄嘌呤氧化酶(XOD)、髓过氧化物酶(MPO)和诱生型一氧化氮合酶(iNOS)等指标.[结果]10-1PCV2感染RAW264.7细胞后能有效升高细胞NO、ROS水平,降低细胞GSH水平和GSH/GSSG,升高细胞XOD、MPO和iNOS活性,表明以10-1pcv2感染RAW264.7细胞一定程度上能改变细胞氧化还原状态,诱导细胞产生氧化应激.[结论]PCV2感染能诱导RAW264.7细胞发生氧化应激,并确立10-1 PCV2(5× 105/mL)体外感染RAW264.7细胞4~24 h是建立RAW264.7细胞氧化胁迫模型的最佳条件.  相似文献   

18.
[目的]全面了解广西猪伪狂犬病毒(PRV)的流行特点,为相关部门制定科学的猪伪狂犬病防控措施提供决策参考.[方法]于2013年6月~2016年8月从广西12个地市不同规模猪场采集疑似猪伪狂犬病阳性组织样品473份和血清样品5041份,通过PCR和ELISA分别对组织样品和血清样品进行PRV病原和野毒抗体检测.[结果]广西地区规模猪场的组织样品和血清样品PRV阳性率分别为26.43%和24.50%,且组织样品PRV病原阳性率与血清样品野毒抗体阳性率基本一致,以2015年的PRV阳性率最低、2016年的PRV阳性率最高.在广西地区一年四季均能检测到PRV,且组织样品的PRV病原阳性率和血清样品的野毒抗体阳性率均以第三季度(秋季)最低,分别为19.80%和14.95%.除了梧州市和防城港市的检测样品未检出PRV外,其他10个地市的检测样品均能检出PRV,说明广西规模猪场普遍存在PRV感染,且以南宁、玉林、北海和桂林等地市较严重.[结论]广西规模猪场普遍存在PRV感染,尤其是2016年PRV阳性率明显上升.因此,要求养猪业发达的地市应加大对PRV的防控力度,实时监控PRV的流行趋势,避免混合感染,并做好净化工作.  相似文献   

19.
[目的]对中华鲟GH蛋白的二级结构及B细胞表位进行分析和预测。[方法]以中华鲟GH蛋白的氨基酸序列为基础,采用Garnier-Robson法、Chou-Fasman法和Karplus-Schulz法预测中华鲟GH蛋白二级结构;按Kyte-Doolittle法、Emini法和Jameson-Wolf法预测中华鲟GH蛋白的细胞表位。[结果]GH蛋白N端第37~51、88~92、97~104、133~148和187~193区段可能为α螺旋中心,在GH蛋白N端第6~17、24~35、56~57、105~107、109~110、117~119、124~126和204~208区段可能为β折叠中心,在GH蛋白分子N端第18~23、55~56、67~73、83~86、112~114、151~157和209~211区段具有较柔软的结构,这些区段有可能进行一定幅度的摆动或折叠而形成较复杂的三级结构。GH蛋白N端第19~23、51~71、84~95、128~139、164~176、189~196区段可能是B细胞的表位,在GH蛋白分子的这些区域内或附近都有柔性区域。因此这几个区段内或附近很可能是B细胞表位的优势区域。[结论]该研究结果对中华鲟GH蛋白单克隆抗体的制备,以及中华鲟分子调控机理的探讨具有一定的参考意义。  相似文献   

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