鸡生长激素cDNA及其5′端调控区的克隆分析

从肉用品种鸡构建的垂体文库中克隆分离了鸡生长激素cDNA,并作了核苷酸序列测定。克隆的鸡生长激素cDNA序列全长为789个碱基对,其中5′非转译区为40个碱基对,3′非转译区为101个碱基对,编码区为648个碱基对。通过序列比较分析,克隆的鸡生长激素cDNA序列与已报道的蛋用品种鸡生长激素cDNA序列的同源性为96%,与鸭生长激素序列的同源性为87%,但与火鸡生长激素序列的同源性只有52%。通过PCR技术,本研究还扩增了6个鸡品种的生长激素基因5′端调控区。尽管这些鸡品种的生产性能差异显著,但序列分析表明鸡生长激素基因5′端调控区十分保守。因而,鸡生长激素基因表达的差异可能受到内含子或3′端侧翼序列的影响。另外,鸡生长激素对多个数量性状的影响也在本文中进行了讨论。     

中国家蚕抗菌肽基因的PCR扩增,克隆和序列测定

本实验采用ＰＣＲ技术，扩增中国家蚕抗菌肽ｃｅｃｒｏｐｉｎＢ基因片段，并以ＰＵＣ１９质粒为载体，将该基因片段转化到大肠杆菌中。从筛选得到的阳性克隆中分离出ｃｅｃｒｏｐｉｎＢ基因，测定其序列，并由此推导出氨基酸序列。结果表明：（１）抗菌肽ｃｅｃｒｏｐｉｎＢ基因片段长为８６６ｂｐ，包括７３ｂｐ的ＥｘｏｎＩ，５５６ｂｐ的Ｉｎｔｒｏｎ，８７ｂｐ的ＥｘｏｎⅡ和１５０ｂｐ的３’端非编码区。其中，非内含子部分的碱基序列与已克隆的日本家蚕的两个ｃｅｒｏｐｉｎＢｃＤＮＡ序列比较，同源性分别为８７．５％和９５％；（２）推导出的成熟抗菌肽由３７个氨基酸残基组成，其氨基酸序列与日本家蚕和天蚕的氨基酸序列相比较，同源性为９１．９％和８０．６％。     

猕猴桃钙调蛋白cDNA的克隆及测序

以“秦美”猕猴桃果实呼吸跃变初期ｃＤＮＡ第一链为模板，参考大麦钙调蛋白基因序列合成５′端和３′端引物，利用多聚酶链式反应（ＰＣＲ）合成了完整的猕猴桃钙调蛋白ｃＤＮＡ，克隆并测定了其全序列。结果表明，猕猴桃钙调蛋白基因读码框架内序列由４４４个核苷酸组成，共编码１４８个氨基酸，且与植物领域里发表的大麦及苜蓿的钙调蛋白基因有很高的同源性。在核苷酸序列上与大麦有８６．１６％的同源性，与苜蓿有８５．６９％的同源性，其编码的氨基酸与大麦和苜蓿的不同分别只是一个氨基酸的差异，同源率高达９９．３％．     

猕猴桃钙调蛋白cDNA的克隆及测序

以“秦美”猕猴桃果实呼吸跃变初期ｃＤＮＡ第一链为模板，参考大麦钙调蛋白基因序更合成５端和３端引物，利用多聚酶锭式反应（ＰＣＲ）合成了完整的猕猴桃钙调蛋白ＣＤＮＡ，克隆并测定了其全序列。结果表明，猕猴桃钙调蛋白基因读码框架内序列由４４４个核苷酸组成，共编码１４８个氨基酸，且与植物领域里发表的大麦及苜蓿的钙调蛋白基因有很高的同源性。在核苷酸序列古与大麦有８６．１６％的同源性，与苜蓿有８５．６９％的同源     

普通野生稻凝集素基因的克隆及序列分析

以我国普通野生稻基因组ＤＮＡ为模板以特异引物经聚事酶链反应方法扩增出凝集素基因并克隆到Ｅ．ｃｏｌｉ质粒ｐＢｌｕｅｓｃｒｉｐｔＳＫ（＋）的ＳｍａＩ位点。序列分析表明,克隆到的基因片段大小为７８１ｂｐ,没有内含子,编码一条长２２７个氨基酸、分子量约２３ＫＤ的肽链,其中Ｎ－端２８个氨基酸是信号肽。与报道的栽培稻凝集素ＣＤＮＡ序列进行顺序同源性比较,发现他们 很高的同源性（９９．４８％）,其非编码区第２３     

稻瘟病菌3-磷酸甘油醛脱氢酶基因(gpd)的快速克隆(英文)

本文描述了一种简便而有效的克隆基因未知５＇和３＇末端序列的方法,并用此方法克隆了稻瘟病菌的３－磷酸甘油醛脱氢酶基因（ｇｐｄ）．即通过比较１２种真菌的已知ｇｐｄ基因序列,寻找内部的保守区段,设计并合成一对特异性引物．引物Ｐ１为靠近基因５＇端的一个特异性序列,引物Ｐ２则与３＇端的一段特异性序列互补．以双链ｃＤＮＡ－ｐＢｌｕｅｓｃｒｉｐｔⅡＳＫ载体连接物为模板,利用基因的特异性引物Ｐ１和载体上的标准测序引物Ｔ７,ＰＣＲ扩增出包含ｃＤＮＡ３＇末端的序列;利用特异性引物Ｐ２和标准测序引物Ｔ３,扩增出包含ｃＤＮＡ５＇末端的序列．将两片段分别克隆、测序和合并后,得到全长１０１１ｂｐ的稻瘟病菌３－磷酸甘油醛脱氢酶基因（ｇｐｄ）的编码区序列．该序列及其相应的氨基酸序列与已知真菌的ｇｐｄ基因序列有着６１．４％－８６．６％和６４．６％－８６．３％的同源性．特别在酶的活性功能区不同真菌间有着近乎相同的氨基酸序列．     

苜蓿花叶病毒复制酶（P2亚基）基因全长cDNA植物表 …

利用含有苜蓿花叶病毒中国分离株（ＡＩＭＶ－Ｃｈ）复制酶（Ｐ２亚基）基因编码区５’端ｃＤＮＡ（１３０６ｂｐ）的重组质粒ｐＡＭ５和编区３’端及其非编码区（１２３４ｂｐ的重组质粒ｐＡＭ３构建了含有复制（Ｐ２亚基）基因全长ｃＤＮＡ及其３’端非编码区的重组质粒ｐＡＭ３５,并将其重组于植物表达载体ｐＧＡ６４３,构建其正链ＲＮＡ的表达载体ｐＧＡ３５,为进一步开展转基因研究创造条件。     

桃ACC氧化酶cDNA片段扩增及其克隆和鉴定

采用“富集ＰＣＲ”方法,用单个特异引物和ｏｌｉｇｏ（ｄＴ）１５从桃伤处理叶片ｃＤＮＡ 中扩增出特异性片段⒚将扩增产物分离并克隆筛选到１３ 个重组克隆,其中有６ 个克隆能与ＡＣＣ氧化酶基因组ＤＮＡ 杂交,对其中一个阳性克隆ｐＧＥＭＡＣ１２ 作酶切分析,发现其酶切图谱与已报道的桃果实成熟相关的ＡＣＣ氧化酶ｃＤＮＡ 基本一致⒚ＤＮＡ 序列分析表明,插入片段两端ＤＮＡ 序列均是 ５＇端特异引物序列,表明是由５＇端特异引物单个引物扩增出来,全序列分析表明插入片段全长８３３ ｂｐ,是ＡＣＣ 氧化酶ｃＤＮＡ 基因编码区的一部分,５＇端缺少启始密码子ＡＴＧ,３＇端缺少部分编码序列和终止密码子ＴＡＡ⒚     

盐芥ThNHX1基因的3’RACE

以盐芥为材料，依据拟南芥AtNHX1基因的序列信息设计引物，扩增出盐芥中ThNHX1基因的部分序列，然后使用快速扩增cDNA3’末端（3’RACE）方法，从盐芥中克隆到ThNHX13’cDNA序列。该序列全长680bp，编码104个氨基酸，其编码序列、氨基酸序列与拟南芥AtNHX1基因的相应序列同源性分别为91％和91．5％，而盐芥ThNHX1基因3’端非翻译区序列与拟南芥相应序列的同源性为68．5％，明显低于编码区。     

三个山羊品种FSHR基因部分序列的克隆与分析

以波尔山羊、莱芜黑山羊、崂山奶山羊为研穷对象,对其FSHR基因5’端调控区及第一外星子部分序列进行克隆测序。结果表明,波尔山羊与莱芜黑山羊、崂山奶山羊三者序列的同源性为98．13%,相应的突变率为1．87%。三个品种间共有27处发生碱基缺失/插入,且碱基突变区段位于基因的5’端区转录启动调控区,主要集中在-210～—290bp之间,莱芜黑山羊与崂山奶山羊之间仅出现3个碱基的突变。     

高山红景天GH3基因克隆及序列分析

参照已知植物GH3的氨基酸序列,通过比较找出相对保守的氨基酸序列设计简并引物,通过RT-PCR和RACE法得到高山红景天GH3的3'端,其长度838bp,编码200个氨基酸的602 bp位于GH3的开放阅读框内和一段长36bp的3'非编码区(3'UTR).序列比较结果表明,GH3推导的氨基酸序列与已公布的几种植物GH3氨基酸序列有较高的序列同源性.     

鸭梨过氧化物酶基因全长克隆与序列分析

采用RT-PCR和RACE方法,从鸭梨(Pyrus bretschneideri Rehd)果实中获得过氧化物酶(Peroxidase)基因POD的cDNA全长,命名为PbPOD,并将该基因在GenBank上登录,登录号为JQ325052。基因序列分析表明,该基因的cDNA全长为1 487 bp,包含72 bp的5'非翻译区、404 bp的3'非翻译区和长度为1 011 bp且编码336个氨基酸的编码区(CDS)。氨基酸序列分析表明,该基因编码的蛋白具有POD家族保守存在的所有功能活性位点,且与甜瓜、拟南芥、烟草等植物POD相似性达92%以上。     

云南省烟草花叶病毒和黄瓜花叶病毒外壳蛋白基因克隆及序列分析

以从云南省主要烟区烟草上分离到的烟草花叶病毒（Tobacco mosaic virus, TMV）和黄瓜花叶病毒（Cucumber mosaic virus, CMV）的RNA为模板,采用RT-PCR技术,对TMV云南分离物（TMV-YN）的外壳蛋白（Coat protein,CP）基因及3’端非编码区和CMV云南分离物（CMV-YNa）的CP基因进行了cDNA克隆和序列测定。结果表明,TMV-YN的cDNA全长684个碱基（EMBL登录号为AJ239099）,通过GenBank进行同源性比较发现：其5'端的480个碱基为CP基因,编码159个氨基酸;3'端的204个氨基酸为非编码区;此CP基因与TMV-U1株系和TMV韩国普通株系核苷酸同源性均为100%。CMV-YNa的CP基因全长657个碱基（EMBL登录号为AJ239098）,编码218个氨基酸;此CP基因与CMV亚组 I 的CMV-RB株系、CMV-117F株系和CMV-Y株系的核苷酸同源性分别为96%、93%和92%。     

唐鱼生长激素基因的克隆及序列分析

[目的]为开展唐鱼转自源基因研究提供基本构架。[方法]采用RT-PCR和RACE技术分离唐鱼生长激素基因(GH)全长cD-NA序列,同时利用PCR克隆了唐鱼生长激素基因的基因组(gDNA)序列。[结果]序列分析表明:唐鱼GH cDNA的5非编码区为64bp,3非编码区为448 bp,开放阅读框(ORF)633 bp,共编码210个氨基酸,包括22个氨基酸的信号肽和188个氨基酸的成熟肽。应用MEGA 3.1软件进行序列同源性比较分析的结果显示,唐鱼GH cDNA所编码的氨基酸序列与近缘鱼种(草鱼、青鱼、鳙鱼、鲤鱼、斑马鱼等)的生长激素氨基酸序列有很高的同源性,其中与草鱼和鳙鱼的同源性高达98%。该研究获得的唐鱼生长激素基因的gDNA序列共有1403 bp,包括4个外显子和3个内含子,外显子大小分别150、117、162、204 bp;3个内含子都以GT开头、AG结尾,符合GT-AG法则。[结论]该研究为下一步构建自源GH基因构件,进行唐鱼的转自源GH基因研究,培育出生长快、体型大的唐鱼新品系奠定了基础。     

驴生长激素基因的克隆与分析

 【目的】克隆驴生长激素基因DNA和cDNA的全序列,分析其序列和cDNA编码的蛋白序列特征及其在不同物种中的遗传差异。【方法】根据不同物种同一基因序列的同源性比对结果设计引物,应用RT-PCR和PCR 技术克隆基因,用生物信息学方法对获得的DNA和cDNA及推定的氨基酸序列进行分析。【结果】从驴肝组织和血液中分别得到驴GH基因全序列1 928 bp和包括完整的编码区的cDNA序列706 bp,两者序列比对后证明驴GH基因DNA序列由5个外显子和4个内含子组成,编码216个氨基酸的GH前体蛋白,其中包括26个氨基酸的信号肽和190个氨基酸的成熟肽。序列比较结果表明,驴GH基因的序列与马同源性最高,启动子不是哺乳动物的典型TATA盒,而是CATA盒,该基因在进化过程中是保守的。【结论】从驴肝组织和血液中克隆了GH基因DNA和cDNA,DNA序列在1 267位的C→G可能影响到驴和马生长发育的差异,为下一步驴GH基因的表达调控、进化和多态性分析奠定了基础。     

PCR法扩增钙激活酶激活蛋白cDNA

钙激活酶激活蛋白是钙激活酶的激活蛋白, 可以促进钙激活酶活性的发挥, 从而促进肉的嫩化。采用PCR技术, 以山羊肝脏cDNA为模板经扩增得到钙激活酶激活蛋白(calpainactivator) 基因, 并进行了序列测定。该片段长1 017bp, 5′—端非翻译区长39bp, 3′—端非翻译区长567bp。编码区长411bp, 编码一个长137个氨基酸残基的蛋白质, 其理论分子量为14 298Da。与EdonMelloni等(1998) 报道的从牛脑中提取纯化的钙激活酶激活蛋白的氨基酸序列相比发现, 二者仅有五个位点不同。     

鸭肝脏基础型脂肪酸结合蛋白Lb-FABP基因的克隆、组织表达谱和序列特征分析

 【目的】克隆仙湖肉鸭肝脏基础型脂肪酸结合蛋白Lb-FABP基因的cDNA,并进行组织表达谱和蛋白结构分析,为肉鸭的分子育种提供基础资料。【方法】通过比较基因组学,采用RT-PCR和RACE技术,获得了Lb-FABP基因的cDNA序列全长序列;并采用半定量PCR分析了Lb-FABP基因在16个组织的表达;通过生物信息学方法预测了Lb-FABP基因的蛋白结构。【结果】仙湖肉鸭Lb-FABP基因的cDNA全长548bp,包括97bp长的5′非翻译区(5′UTR)和70 bp长的 3′非翻译区(3′UTR)以及381 bp开放阅读框(ORF,含终止密码子)。Lb-FABP基因组序列包括4个外显子和3个内含子,3个内含子分别长为991 bp、292 bp和713 bp。在所检测的16个组织中Lb-FABP基因mRNA均有表达,尤其在肝脏组织中的表达明显高于其它组织。Lb-FABP理化性质表明该蛋白为一偏碱性蛋白,无明显的信号肽和跨膜区域;蛋白二级结构主要由β折叠和少量的α螺旋、loop环构成,预测发现在第5—22氨基酸残基处存在一个细胞溶质脂肪酸结合蛋白活性功能区;其三维结构由反向平行的10条β链及2条短α链组成的有一开口的“蛋白桶”构成。Lb-FABP基因氨基酸序列与鸡的该基因氨基酸的相似性为97.0%,与其它非哺乳脊椎动物的同源性达80%以上,比对尚未发现哺乳动物存在该基因。【结论】成功克隆肉鸭Lb-FABP基因cDNA序列以及基因组序列,该基因在肝脏组织的表达高于其它组织,并获知在5—22氨基酸处存在其蛋白活性功能区。     

宁强矮马生长激素基因（GH）的遗传变异分析

 【目的】通过分析不同动物和中国几个地方马种生长激素基因序列,为宁强矮马起源和矮化形成机制的研究提供分子水平的试验依据。【方法】通过PCR扩增宁强矮马生长激素基因并进行测序,用DNAMAN软件对不同动物的生长激素基因序列进行比对分析。【结果】马品种间29个位点发生遗传变异,编码区11个位点发现遗传多态现象。以蒙古马生长激素氨基酸序列为标准,宁强矮马仅在1 765位点的变异导致氨基酸发生改变。以生长激素的mRNA序列为基本数据进行聚类分析,宁强矮马和德保马67的同源性为100%,与百色马的同源性为99.8%,与蒙古马的同源性为99.7%。【结论】马属动物生长基因序列与猪和狗的同源性较高,宁强矮马1 765位的G→A可能影响到宁强矮马的生长发育。     

黄河鲤生长激素基因cDNA的克隆和原核高效表达

[目的]研究黄河鲤生长激素基因cDNA的克隆和原核高效表达。[方法] 从黄河鲤脑垂体中提取总RNA,用RT-PCR方法扩增并克隆黄河鲤的生长激素（GH）基因cDNA,分析其核苷酸序列和推测的氨基酸序列。[结果] 经克隆得到的黄河鲤生长激素基因的开放阅读框包括633个核苷酸,编码210个氨基酸,其中包括22个氨基酸的信号肽和188个氨基酸的成熟肽。将GH成熟肽的cDNA扩增并克隆入表达载体pET-28a,在大肠杆菌BL21（DE3）表达N 端含6个组氨酸的融合多肽。SDS-PAGE结果表明,0.1 mmol/L IPTG 诱导表达的蛋白约为23.5 kD,其表达量超过蛋白总量的50%,主要为不溶性的包涵体。包涵体经尿素溶解和亲和层析,获得了单一蛋白条带。[结论]该研究克隆到黄河鲤的生长激素基因,构建其原核表达质粒,得到了高效表达的基因工程菌。     

猪生长激素启动子的克隆及功能分析(英文)

[目的]克隆猪生长激素启动子,确定其启动子核心序列和主要的顺式作用元件。[方法]根据NCBI上公布的序列设计引物,PCR扩增了猪生长激素5’端-1821~+61bp的序列,并通过移步缺失的方法,获得9段长短不一的启动子序列,将其分别构建到双荧光素酶表达载体pGL3-basic上。通过重组质粒瞬时转染大鼠垂体瘤细胞(GH3)、猪髋动脉血管内皮细胞(PIEC)和猪肾细胞(PK15)和转染后细胞荧光素酶活性的测定,检测这些5’末端缺失质粒在垂体及非垂体细胞中的相对转录活性。[结果]成功扩增了猪GH基因5’上游启动区1882bp的片段并构建了9个pGL3-mGHpromoter报告基因载体;双荧光素酶报告基因检测系统证实插入报告基因载体中的启动子具有非常强的细胞特异性。[结论]猪生长激素特异性在垂体细胞中表达,其最小启动子位于-110bp以内,启动子区-218~-110bp和-429~-218bp间存在正向调控元件。