节杆菌基因组DNA提取方法的改良

[目的]研究比较了节杆菌的不同DNA提取方法,以获得高质量的基因组DNA。[方法]采用反复冷冻研磨、甲苯处理对细胞进行预处理,随后进行CTAB抽提,并与细菌基因组提取试剂盒进行比较。[结果]改良的CTAB法提取的DNA,纯化之后经电泳检测表明,基因组DNA条带清晰,量度均一,DNA片断大小一致;以上述DNA为模板进行PCR扩增,条带单一、特异性强,其中利用经甲苯方法提取的DNA快速、简便、经济实用,可作为PCR扩增的模板进行后续的基因操作和分子生物学研究。[结论]改良的CTAB法能够有效地提取节杆菌基因组DNA,纯度达到要求。     

肺炎克雷伯菌药物外排泵mdtl的克隆及分析

[目的]探讨肺炎克雷伯菌ATCC 49790（KP）耐药的分子机制。[方法]以KP基因组DNA为模板来扩增mdtl基因,将mdtl基因扩增产物进行DNA测序及同源性分析;将扩增产物与载体连接后转化到大肠埃希菌KAM32感受态细胞中,对转化子进行药敏分析。[结果]KP的mdtl基因扩增产物与已报道的mdtl基因核苷酸序列同源性达到99%,这个转化子对红霉素、氯霉素和卡那霉素具有很高的耐药性,这种高耐药性能被外排泵抑制剂羰基氰氯苯腙和维拉帕米逆转。[结论]克隆到了KP一多药外排基因。     

酚／氯仿抽提法提取绵羊凝血块中基因组DNA

[目的]对组织DNA提取方法进行改进,建立一种从绵羊凝血块中提取基因组DNA的方法。[方法]将绵羊凝血块用眼科剪剪碎,用组织DNA抽提液裂解细胞,用蛋白酶K消化后,经过酚／氯仿抽提,无水乙醇沉淀获得基因组DNA。用NanoDropND-1000微型分光光度计检测DNA浓度和纯度。用0．8％琼脂糖凝胶电泳检验基因组DNA的完整性。以绵羊微卫星位点BM203为扩增位点,分别以F：5’-GG（汀G11：AcAmGTTCCC-3’,R：5’-CTGCTCCCCACTACTCCTTC-3’为上下游引物,进行PCR扩增试验。PCR产物用1．5％琼脂糖凝胶电泳检测．[结果]提取的DNA浓度为（159．90±0．70）ng／μl,A260／A280比值为1．80±0．01,分子完整,结果理想。以从凝血块中提取的DNA为模板,对绵羊BM203微卫星位点进行了PCR扩增,扩增产物条带整齐、明亮、特导性强,扩增效果好。[结论]该方法简单、实用,提取的DNA可满足后续相关研究对DNA质量的要求,值得推广借鉴。     

适于TAIL-CR模板的水稻基因组DNA提取方法的优化

[目的]筛选适合作为TAIL-PCR模板的水稻基因组DNA提取方法。[方法]采用5种方法提取水稻叶片基因组DNA,筛选出DNA纯度及浓度较高的、适合作为TAIL-PCR模板的水稻基因组DNA提取方法。[结果]改良的SDS法及CTAB法提取的基因组DNA纯度及浓度较高,效果明显优于脲法及简易法。以TAIL-PCR技术对选择的同一个含Ds元件的样品的5种提取方法的基因组DNA作为模板进行Ds侧翼序列的扩增,改良的SDS法及CTAB法得到的条带特异,这些产物经回收、纯化后可直接用于序列的测定。但考虑到CTAB价格比较昂贵,毒性较大,一般不主张采用。[结论]改良的SDS法提取的水稻基因组DNA最适作为TAIL-PCR的模板。     

长期直接冻存猪肉样中基因组DNA提取方法的改进与PCR分析

以新鲜猪耳组织作为对照 ,比较了用经典方法从新鲜猪耳组织和长期直接冻存猪肉样中提取的DNA ,提出了从长期直接冻存肉样中提取高质量DNA的改进方法。结果表明 ,采用改进方法可得到大量的、较完整的基因组DNA ,即对于基因组DNA降解较严重的样品是行之有效的方法。对提取到的DNA进行扩增 ,并分析了影响PCR反应的因素。     

TAIL-PCR方法克隆约氏黄杆菌aroA基因序列（摘要）

[目的]研究草鱼烂鳃病病原约氏黄杆菌芳香氨基酸代谢途径的合成基因aroA基因的全序列。[方法]以草鱼烂鳃病病原M165菌株基因组DNA为模板,分别利用5′和3′的3个特异性巢式引物与随机引物,通过热不对称交错PCR（TAIL-PCR）扩增菌株M165的aroA序列基因,并对其序列进行分析。[结果]电泳检测结果表明,扩增产物与预期扩增结果相符;测序结果分析表明,aroA基因序列全长1230bp,编码410个氨基酸。aroA蛋白序列与Flavobacterium johnsoniae的aroA蛋白质序列,具有高度同源性。[结论]TAIL-PCR方法为基因全序列的克隆提供了一种简便、高效的方法。aroA基因全序列的获得为进一步阐明aroA等营养相关因子对鱼类烂鳃病病原的致病力的影响奠定基础。     

TAIL-PCR方法克隆约氏黄杆菌aroA基因序列

[目的]研究草鱼烂鳃病病原约氏黄杆菌芳香氨基酸代谢途径的合成基因aroA的全序列。[方法]以草鱼烂鳃病病原M165菌株基因组DNA为模板,分别利用5′和3′的3个特异性巢式引物与随机引物,通过热不对称交错PCR（TAIL-PCR）扩增菌株M165的aroA基因序列,并对其序列进行分析。[结果]电泳检测结果表明,扩增产物与预期扩增结果相符;测序结果分析表明,aroA基因序列全长1 230bp,编码410个氨基酸。aroA蛋白序列与Flavobacterium johnsoniae的aroA蛋白质序列具有高度同源性。[结论]TAIL-PCR方法为基因全序列的克隆提供了一种简便、高效的方法。aroA基因全序列的获得为进一步阐明aroA等营养相关因子对鱼类烂鳃病病原的致病力的影响奠定基础。     

转基因大豆MON89788转化体特异性定性PCR检测（摘要）（英文）

[目的]建立MON89788大豆转化体特异性定性PCR检测方法。[方法]利用TAIL-PCR技术分离MON89788大豆的3′端旁侧序列,据此序列设计3条特异性引物用于旁侧序列的扩增。经过3轮PCR扩增,获得特异性扩增产物,将此产物回收后克隆到pMD-18T载体上测序,所得序列用Vector NTI分析,并提交NCBI进行序列比对。并对该方法的特异性和灵敏度进行测试。[结果]获得了1 142 bp的3′端旁侧序列。经Blast检索比对,该序列包括2部分,1 ～618 bp为载体序列（E9终止子部分序列和LB序列）,619 ～1 142 bp为大豆基因组序列;依据该序列建立的PCR检测方法能特异性地从MON89788大豆中扩增出170 bp的产物,检测灵敏度达到0.05%,约为40个起始模板拷贝。[结论]该研究建立的方法特异性强、灵敏度高,可适用于MON89788大豆检测。     

TAIL-PCR方法扩增稀有放线菌小单孢菌中ΦC31的attB序列研究

[目的]为了研究链霉菌噬菌体ΦC31在小单孢菌40027菌株中的整合位点序列。[方法]以20 ng整合质粒pSET152的小单孢菌40027菌株基因组DNA为模板,利用3个特异性巢式引物(PF1、PF2和PF3)与随机引物AD2,通过热不对称交错PCR(TAIL-PCR)扩增稀有放线菌小单孢菌中ΦC31的attB序列,用1%琼脂糖凝胶电泳来检测扩增产物的大小。[结果]扩增结果表明,第三轮扩增产物250 bp左右的条带比第二轮对应带略小,第二轮扩增产物对应带比第一轮对应带略小,与3个特异性巢式引物预期扩增结果相符,第三轮扩增产物250 bp左右那一条带为阳性带,经回收后,进行克隆并测序。序列分析表明:该阳性带包含ΦC31在小单孢菌40027菌株中的attB序列。[结论]TAIL-PCR方法为attB序列的克隆提供了一种简便、高效的新方法。     

石渠棘球绦虫Es95基因克隆及序列分析

[目的]首次克隆获得石渠棘球绦虫Es95基因,并进行序列分析,为研究抗包虫病候选疫苗提供理论指导。[方法]从高原鼠兔肺脏包囊上获得石渠棘球绦虫原头蚴,提取全基因组,并根据NCBI上6种棘球属绦虫95基因序列设计引物,以基因组DNA为模板扩增到Es95基因,并克隆到T载体上,测序后进行序列分析。[结果]以石渠棘球绦虫全基因组DNA为模板扩增出Es95基因长为1 330 bp,序列分析含有3个外显子和2个内含子,有1个糖基化位点,N端有一信号肽序列(16个氨基酸),C端有跨膜区(23个氨基酸),亲水性低,B细胞抗原表位预测有ES95潜在抗原表位6个。[结论]ES95是一个分泌性糖蛋白,在包虫病的预防上具有重要意义。     

响应面法优化新疆鲜马奶粉冷冻干燥工艺参数

[目的]采用响应面法优化新疆鲜马奶粉冷冻干燥工艺参数.[方法]在真空条件下,以新疆鲜马奶的浓缩比例、厚度、升华干燥时间作为考察因素,马奶粉的堆积密度、流动性及总蛋白含量为考察指标,在单因素试验的基础上,采用Box-Behnken中心组合设计,响应面法优化制备新疆鲜马奶粉冷冻干燥工艺参数.[结果]试验建立了冻干因素与新疆鲜马奶粉质量之间的回归模型;通过响应面分析,得到新疆鲜马奶粉最佳真空冷冻干燥工艺参数为新疆鲜马奶厚度1.02 cm、升华干燥时间24.87 h、浓缩比例27％.[结论]该研究所建模型拟合较好,可为马乳及其产品的产业化提供理论参考.     

家禽血液基因组DNA的快速提取

[目的]建立一种应用硅胶膜提取禽血DNA的新方法。[方法]应用硅胶膜法和传统的酚/氯仿法提取抗凝禽血基因组DNA,设计合成了一对2.7 kb的鸡卵清蛋白基因的引物,检测这2种方法提取的基因组DNA模板对聚合酶链式反应（PCR）扩增效率的影响。[结果]用硅胶膜法提取的基因组DNA产量和质量均比传统的酚/氯仿法高,将该法提取的基因组DNA作为模板能够消除抗凝剂对后续PCR反应的影响。[结论]硅胶膜法为快速提取高质量的禽血基因组DNA奠定了基础。     

猪瘟疫苗病毒荧光定量PCR检测方法的建立

【目的】建立一种检测猪瘟疫苗病毒(HCLV)含量的荧光定量PCR方法。【方法】用RT-PCR方法扩增HCLV基因200bp片段,构建含有该基因片段的重组质粒,对此重组质粒进行系列稀释后作为SYBR GreenⅠ荧光定量PCR模板,绘制定量检测HCLV的标准曲线。【结果】在(6.4×107~6.4×102)copies/μL模板浓度范围内,荧光定量PCR的扩增效率为92.2%,标准曲线的决定系数为0.9997。该方法的精确灵敏度为640copies/μL,重复性试验的变异系数小于2%,对牛病毒性腹泻病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒等的检测结果均为阴性。临床检测结果显示,不同商品猪瘟疫苗之间的病毒载量存在明显差异。【结论】建立了1种具有良好特异性与敏感性的HCLV荧光定量PCR检测方法。     

中国草原红牛CAPN I基因的遗传多样性分析

［目的］利用PCR SSCP技术研究中国草原红牛CAPN I基因的多态性。［方法］以90头草原红牛的全血为试材,用酚/氯仿/异戊醇法提取基因组DNA,采用PCR SSCP技术分析了钙蛋白酶 I 基因（CAPN I）在草原红牛群体中的多态性。［结果］试验所设计的18对引物用于PCR扩增均获得良好的结果。经PCR SSCP 分析,E7 1引物扩增的群体出现了AA、BB、AB和AC 4种基因型;E14 1引物扩增的群体出现了 AA和BB 2种基因型,E14 5、E14 6和 E20 2引物扩增的群体出现了 AA、BB和AB 3种基因型。对不同基因型的测序表明,在第14内含子4 685 bp处发生了CT的碱基突变,在第17内含子6 545 bp处发生了CT的碱基突变,在第21内含子上8 462 bp处发生了G A、8 561 bp处A G、8 696 bp处A T的碱基突变。［结论］该研究为改善牛肉质性状的分子育种提供新的分子生物学基础数据。     

转基因番茄植株Mi1.2表达水平的Real Time PCR检测体系的建立

[目的]为转基因番茄植株的高通量筛选奠定基础。[方法]利用CTAB法提取番茄叶片总RNA进行Real Time PCR扩增,分析转Mi1.2基因的番茄植株表达水平的检测体系。[结果]提取RNA的A260/A280为1.78~1.88,RNA无明显降解。在严谨扩增条件下,引物SYBR2的扩增效率高于SYBR1。Mg2+的适宜浓度为2.0 mg/L。Real Time PCR扩增产物具有良好的特异性,熔解曲线特异峰出现在84.5℃附近,在熔解曲线略低于83℃附近有极微弱的非特异峰。因此在定量反应中信号检测步骤应放在84℃。以4种不同模板分子数条件下扩增曲线Ct值得到的回归方程为Y=-3.78×log(copynumber)+39.50,相关系数为0.998。[结论]该试验获得的Real Time PCR体系可用于转基因植株表达水平的检测。     

几种无磷保水剂对南美白对虾冷冻质量的影响

[目的]研究几种无磷保水剂对南美白对虾冷冻质量的影响。[方法]将新鲜虾仁用不同的保水剂浸渍处理,通过测定虾仁的浸泡增重率、解冻损失率、蒸煮损失率和破断力等物性学指标,筛选出效果最佳的无磷保水剂。[结果]褐藻酸钠裂解物的效果最佳。南美白对虾虾仁经0.5%褐藻酸钠裂解物浸泡1h,增重效果达13%左右。经0.5%褐藻酸钠裂解物处理的虾仁经冻藏20 d后,仍能够有效地保持浸泡增重效果,防止了解冻损失,提高了产品出品率,效果优于复合磷酸盐。另外,褐藻酸钠裂解物能够降低虾仁的破断力,增加嫩度。[结论]为开发一种低价、高效、适用于南美白对虾的天然无害的无磷保水剂奠定基础,为冷冻虾仁的生产提供技术支持。     

猪肉及其制品中几种病原微生物芯片检测方法的建立及应用

[目的]建立金黄色葡萄球菌、沙门氏菌、大肠杆菌O157：H7、单增李斯特氏菌和空肠弯曲杆菌检测的基因芯片方法,并在实际应用中检测芯片的效果。[方法]以5种目标菌保守基因片段为模板设计引物,用待检样品增菌后提取的DNA模板进行2个独立的多重PCR扩增。扩增产物与固定有5种目标致病菌特异性探针的基因芯片进行杂交,用芯片扫描仪对芯片杂交结果进行扫描并判定结果。[结果]使用基因芯片检测5种细菌的检测下限分别为：金黄色葡萄球菌8.7×105cell/ml;大肠杆菌O157：H7 5.0×105cell/ml;沙门氏菌4.4×105cell/ml;单增李斯特氏菌2.4×105cell/ml;空肠弯曲杆菌6.2×106cell/ml。[结论]与传统方法比较,芯片法具有较高的特异性和灵敏性,是一种能应用于实际的快速高通量检测细菌的方法。     

F18+ETEC分离株的鉴定·菌毛蛋白提取及生物活性验证

[目的]探讨F18+ETEC分离株的鉴定、菌毛蛋白的提取及菌毛蛋白生物活性的初步验证。[方法]分别以分离株A20、D20为模板进行PCR扩增,用1%琼脂糖凝胶电泳检测PCR产物。采用热抽提法分别提取F18标准株和分离株A20、D20的菌毛蛋白,并分别制备弗氏佐剂苗,免疫产蛋鸡,采用间接ELISA法定期检测母鸡的IgY和血清抗体效价。[结果]采用TSB培养基,37℃摇床培养24 h,分离株和标准株菌毛均获得了良好的表达。分离株A20、D20经PCR扩增、琼脂糖凝胶电泳、SDS-PAGE方法鉴定均为F18+ETEC。F18ab分离株和标准株的菌毛对产蛋鸡均具有良好的免疫原性,卵黄中IgY效价最高可达1∶25 600,血清中抗体效价高于卵黄中IgY效价,最高可达1∶51 200。[结论]分离株A20、D20均为F18+ETEC,且对产蛋鸡均具有良好的免疫原性。     

TAIL-PCR研究进展及其在畜牧兽医中的应用

热不对称交错PCR(TAIL-PCR)是一种以PCR为基础的染色体步移,主要用于分离已知基因的侧翼序列,具有简便、快速、高效、特异性强等特点.文章从TAIL-PCR的原理、优势及局限性、反应体系优化等方面对TAIL-PCR的研究进展进行综述,其中在畜牧兽医中主要用于已知基因侧翼克隆和转基因动物模型外源基因插入位点确定.但由于基因组DNA的庞大和复杂性,使得从基因组中克隆获得目的基因仍存在诸多限制因素,如特异性引物错配和随机引物结合位点不确定,易造成非特异性产物的产生;模板GC含量异常或存在高度重复序列时,即使使用多种简并引物也难以获得阳性产物.因此,应根据实际情况对TAIL-PCR进行灵活调整.当模板较复杂时,可借鉴连接介导PCR原理,给引物加上接头,提高扩增反应的特异性;当模板较简单或序列较清晰时,可根据模板特点(如高GC含量)或已知模板序列设计引物、调整反应条件,增加操作的简便性;还可参考Suppression-PCR原理,选择引物和反应条件,获得较长的扩增片段.此外,TAIL-PCR可与多种技术联合使用,促使其在畜牧兽医中获得更广泛深入的应用.     

猪不同基因组DNA模板来源和浓度与微卫星位点扩增效果的比较研究

[目的]探讨全部使用猪毛发作为试验材料进行遗传多样性研究的可行性。[方法]以贵州黔北黑猪中的3头成年母猪为试材,分别拔取100、200根毛发和抽取5 ml全血进行DNA提取。以微卫星引物S0225和S0227为引物,设置1.0、2.5、5.0 ng/μl 3种模板浓度进行PCR扩增。[结果]采用2.5、5.0 ng/μl的模板浓度均可获得较好的PCR产物,用于聚丙烯酰胺凝胶电泳对扩增基因有较好的分辨效果。毛发DNA和血样DNA的PCR产物数量和质量均无明显差异。毛发数量与所提取DNA的浓度无直接关系。利用21个全毛样PCR产物进行变性聚丙烯酰胺凝胶电泳,均可观察到清晰的条带。[结论]该研究进一步证明全毛样DNA可作为猪遗传多样性研究的材料。