应用30个微卫星标记分析枫泾猪和小梅山猪的遗传多样性

为丰富枫泾猪与小梅山猪的种质特性,评价其保种效果,制订有效的保种方案,对枫泾猪与小梅山猪群体的遗传多样性进行分析,采用ISAG/FAO联合推荐的30个微卫星标记,分析2个猪群的遗传多样性。结果表明:枫泾猪的有效等位基因数(ne)、多态信息含量(PIC)、基因杂合度(He)、基因丰度(R)分别为(3.012 9±0.875 5)、(0.568 4±0.161 8)、(0.635 6±0.157 3)、(4.266 7±1.337 4),小梅山猪的遗传多样性参数中除平均观察等位基因数(na)与基因丰度外,其余均低于枫泾猪;2个群体间的遗传分化系数(Fst)与遗传距离(D)分别为0.005 3、0.008 7;枫泾猪与小梅山猪的遗传多样性较丰富,遗传分化程度小,均出现杂合子过剩现象,建议加强纯种繁育。     

基于微卫星标记的湖羊资源保护效果的评价

为了比较江苏省湖羊资源保护区和苏州市种羊场2个湖羊保种群体的保种效果,了解湖羊遗传多样性的现状,为探索科学有效的保种方法提供理论依据,采用微卫星DNA标记技术,从全基因组水平对保护区和种羊场2个群体进行了遗传多样性和遗传分化分析。结果显示:2个湖羊群体的遗传多样性丰富,保护区稍高于种羊场,多态信息含量(PIC)分别为0.821和0.798,期望杂合度(He)分别为0.849 6和0.836 9;两群体间存在着较大的基因交流基因流[基因流(Nm)=16.793 0],群体间遗传分化水平低[群体分化系数(Fst)=0.014 7],保护区的近交程度[近交系数(Fis)=0.451 0]稍高于种羊场(Fis=0.394 5)。2个群体均较好地维持了湖羊丰富的遗传多样性,保种效果差异不大,但应尽量避免近交。     

基于微卫星标记的不同种质资源罗氏沼虾遗传多样性研究

为探究江浙地区不同罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)群体的遗传多样性和遗传结构,利用16个微卫星标记对潮丰(CF)、蓝天(LT)、源泉A(YQA)、源泉B(YQB)、嘉丰(JF)、南太湖(NTH)等6个江浙地区养殖群体和1个泰国正大(ZD)引进群体进行遗传变异分析.结果显示,16个微卫星位点均为高度多态位点;7个群体均为较高的遗传多样性,期望杂合度(He)和多态信息含量(PIC)均大于0.7,遗传多样性大小排序为ZD>YQA>YQB>JF>LT>NTH>CF;遗传分化指数(Fst)分析结果显示,泰国正大与江浙地区各群体间存在中等程度的遗传分化,Fst介于0.10145～0.12348之间;江浙地区群体除NTH与CF群体间为中等程度遗传分化(Fst=0.05098)外,其余群体间的遗传分化程度较低,Fst介于0.01571～0.04099之间.AMOVA分析结果显示,遗传变异主要发生在个体内和群体内个体间,群体间遗传变异仅占2.10％.依据Nei's遗传距离构建的非加权组平均法(UPGMA)系统进化树显示,泰国正大群体独占一支,江浙地区6个群体聚为另一支.Structure分析结果显示,所有样本被划分为2个理论群,江浙地区6个群体为一个集群,泰国正大群体为一个集群.该研究不但揭示了江浙地区罗氏沼虾养殖群体的遗传多样性现状,而且也为罗氏沼虾种质资源的保护、利用以及优良品种的选育提供了参考信息.     

基于mtDNA Cyt b序列变异探究柴达木黄牛的母系遗传多样性及遗传背景

为探究柴达木黄牛的母系遗传多样性及遗传背景，本研究随机选取柴达木黄牛5个主产区268个个体，通过PCR方法和直接测序技术得到其mtDNA Cyt b基因全序列，使用生物信息学软件分析其遗传多样性、分化及母系起源，进而在分子水平上揭示其母系遗传多样性水平、分化程度及母系遗传背景。结果表明：柴达木黄牛Cyt b基因核苷酸序列长度为1 140 bp,比对分析共检测到29个核苷酸多态位点，其中单一多态位点4个，简约信息位点25个；依据序列间核苷酸变异共确定了12种单倍型，其中优势单倍型为H2,品种单倍型多样度为0.588 2±0.030 0,核苷酸多样度为0.004 0±0.002 2,表明柴达木黄牛具有较丰富的母系遗传多样性。柴达木黄牛品种内5个群体间分化指数Fst值在-0.010 4～0.161 8,提示品种内群体间分化程度存在差异，其中格尔木群体与乌兰群体间分化程度最大(Fst=0.161 8),大柴旦群体和茫崖群体间的分化程度最小(Fst=-0.010 4)。基于UPGMA法的品种内群体间聚类关系表明，柴达木黄牛品种内5个群体可聚为2类，其中格尔木群体与都兰群体最先聚在一起，大柴旦群体...     

利用微卫星标记分析云南省6个东方蜜蜂(Apis cerena)群体遗传多样性及遗传分化

利用21对微卫星标记对来自于腾冲、无量山、迪庆、武定、泸水、西双版纳6个云南东方蜜蜂Apis cerana群体进行遗传多样性及遗传分化分析.通过计算多态信息含量、平均杂合度、等位基因数、遗传距离、基因流、F-统计量等参数,评估各东方蜜蜂群体遗传多样性和各群体间遗传分化.各座位的等位基因数为4(AP313)至18(AT003).除迪庆群体外,其余群体均显示较高水平的期望杂合度,其中,武定群体最高,为0.696;迪庆群体最低,为0.367.各东方蜜蜂群体间存在极显著的遗传分化,平均分化系数Fst为0.264.云南6个东方蜜蜂群体的遗传分化显著,除迪庆群体外,其余5个群体遗传多样性较高;分析遗传分化与地理距离的关系发现,云南6个东方蜜蜂群体间的遗传分化与地理距离不存在显著相关.     

利用微卫星标记分析滩羊群体的遗传多样性及遗传分化

利用10对微卫星标记对小尾寒羊、宁夏牧区园区白滩羊、保种场滩羊和黑滩羊的遗传多样性和遗传分化进行分析,根据DC和DA遗传距离构建系统树。结果表明:10个微卫星座位中共检测到167个等位基因,每个座位在每个群体均检测到5个以上的等位基因。座位和群体期望杂合度均在0.8左右;座位平均多态信息含量为0.722 3～0.838 5;园区白滩羊平均多态信息含量为0.794 6,保种场白滩羊平均多态信息含量为0.778 4,黑滩羊平均多态信息含量为0.772 3,群体平均多态信息含量为0.772 3～0.794 6。群体间表型分化系数为0.089 3,总群体近交系数为0.674 0,群体内近交系数为0.642 0。运用DC和DA遗传距离,分别采用UPGMA和NJ法构建的系统聚类图基本一致。综合遗传分化系数、遗传距离及聚类图,结果提示,滩羊与小尾寒羊群体间遗传分化程度最大,黑滩羊与白滩羊群体间存在一定的遗传分化,2个白滩羊群体间遗传分化程度相对最小。     

安徽省草鱼养殖群体遗传多样性及遗传结构分析

通过微卫星分子标记对来自安徽省4个草鱼养殖群体进行遗传分析。结果表明,7个微卫星位点均具有高度多态性(PIC=0.863～0.926),4个草鱼群体均显示出较高的遗传多样性(He=0.886 1～0.911 4)。AMOVA分析显示,大多数遗传变异存在于草鱼群体内(97.6%),群体间的遗传变异仅为2.4%。遗传分化和遗传距离分析显示,4个群体整体分化水平较低(Fst0.05),怀远和滁州群体遗传分化最小(Fst=0.013 7),遗传距离最近(Dn=0.269 8),池州和无为群体遗传分化最大(Fst=0.042 5),遗传距离最远(Dn=0.591 6)。系统进化树显示,怀远和滁州群体亲缘关系最近,与池州最远。此外,4个养殖场内部草鱼均存在近亲繁殖现象。建议4个养殖场及时更新亲本,增加繁殖亲本的数量,避免近交衰退带来的风险。     

利用TRAP标记分析8个福瑞鲤家系的遗传多样性

为了研究福瑞鲤不同家系的遗传多样性,利用TRAP分子标记对生长速度有差异的家系(4个生长速度快,4个生长速度慢)进行了遗传分析。结果显示:8个家系的多态性条带数在9.41至12.00之间,多态性比率范围为52.04%~66.02%,多态信息含量为0.185 3~0.243 0,Nei遗传多样指数和Shannon信息指数分别为0.187 5~0.241 0和0.278 0~0.351 0,其中家系85#的各遗传参数值最高,而家系74#的最低。家系间的遗传分化指数(Fst)及分子变异方差(AMOVA)分析结果显示,除了家系56#与92#(Fst=0.051 6)及51#与89#(Fst=0.095 6)这2对家系间处于中等程度的遗传分化(0.05≤Fst≤0.15)之外,其他家系间遗传分化水平均较低(Fst0.05),群体的总遗传变异主要来源于家系内个体间的遗传差异,其方差分量的贡献率达98.3%。遗传距离分析结果表明,家系26#与92#的遗传距离最大,家系85#与89#的遗传距离最小;基于此的UPGMA聚类分析结果显示,家系56#与74#以及家系85#与89#的亲缘关系比较近,聚类在同一分支上,而其他家系亲缘关系相对较远。研究结果说明8个福瑞鲤家系内遗传变异较大,遗传多样性水平较高,具有一定的育种潜力,可扩大福瑞鲤的选育空间。     

基于COⅠ基因研究钱塘江三角鲂亲本、放流和自然捕捞群体的遗传多样性与遗传分化

为研究三角鲂Megalobrama terminalis亲本、放流和自然捕捞群体的遗传多样性现状和群体间的遗传分化,运用PCR产物纯化测序的方法,测定了三角鲂2个亲本群体、3个放流群体和1个自然捕捞群体共计6个群体224尾样品的线粒体细胞色素C氧化酶Ⅰ亚基(cytochrome C oxidase subunitⅠ,COⅠ)基因序列.结果表明:在661 bp序列中共检测到192个变异位点(占核苷酸总数的29.05％),A、T、C、G的平均含量分别为26.5％、28.0％、29.0％和16.5％,A+T含量(54.5％)高于G+C含量(45.5％);共检测到31个单倍型,其中,6个为至少2个群体共享的单倍型,hap9和hap2为第一、二优势单倍型,分别占样本总数的48.66％和22.32％,25个为仅1个群体享有的特有单倍型(占总样本数的13.4％),这与基于单倍型的网络结构图得出的hap9为最原始单倍型的结果一致;6个群体的单倍型多样性(Hd)为0.710～0.848(平均值0.705),核苷酸多样性(Pi)为0.00307～0.00840(平均值0.00578),其中,景山亲本群体遗传多样性最高,余杭放流群体遗传多样性最低;群体间遗传分化系数(Fst)为-0.00934～0.19355(平均值0.09909),基因流(Nm)>1;分子方差分析(AMOVA)显示,群体内遗传变异为90.09％,群体间遗传变异为9.91％,6个群体间的Nei's遗传距离为0.003～0.009.研究表明,钱塘江三角鲂群体遗传多样性较高,群体间基因交流较多,部分群体间存在中等遗传分化,自然捕捞与养殖群体间不存在显著的遗传分化.     

基于STR技术的4个地方鹅种遗传多样性分析

利用9对高度多态的微卫星引物,运用STR自动化分析技术,对浙东白鹅、皖西白鹅、四川白鹅和太湖鹅等4个地方鹅种的群体遗传多样性进行微卫星分析。根据等位基因频率计算有效等位基因数、群体杂合度等群体遗传参数,分析群体内和群体间的遗传变异,并与上一世代保种群体的遗传信息进行比较。结果表明:在9个座位上共检测到74个等位基因;群体平均期望杂合度为0.605 6,平均多态信息含量为0.553 8。群体间遗传分化差异显著,遗传分化系数为0.043 7。群体间遗传距离为0.033 2~0.111 0,基因流动值为5.820~16.703。两世代遗传多样性无明显差异,表明基因库保种切实保持品种自身的种质特性。     

Analysis of genetic diversity and structure across a wide range of germplasm reveals genetic relationships among seventeen species of Malus Mill. native to China

China is a center of diversity for Malus Mill. with 27 native species including 21 wild species and six domesticated species. We applied a set of 19 simple sequence repeat markers to genotype 798 accessions of 17 species (12 wild species and five cultivated species) of Malus originating from 14 provinces in China. A total of 500 alleles were detected. Diversity statistics indicated a high level of genetic variation as quantified by the average values of the effective allele number (N_e), expected heterozygosity (H_e), and Shannon’s Information Index (I) (10.309, 0.886, and 2.545, respectively). Malus sieversii (MSR; H_e=0.814, I=2.041, N_e=6.054), M. baccata (MBB; H_e=0.848, I=2.350, N_e=8.652), M. toringoides (MTH; H_e=0.663, I=1.355, N_e=3.332), and M. hupehensis (MHR; H_e=0.539, I=0.912, N_e=0.579) showed a higher level of genetic diversity in this study than the previous studies. MSR and MBB contributed to the origin and evolution of some accessions of M. domestica subsp. chinensis (MDC). However, other accessions of MDC showed a closer genetic distance with MBB and cultivated species, especially M. robusta (MRB), M. asiatica (MAN), and M. prunifolia (MPB). Not all accessions of MDC were descended from MSR in Xinjiang Uygur Autonomous Region of China. This research provides novel insights into the genetic relationships of Malus native to China, which will be useful for genetic association studies, germplasm conservation, and breeding programs.     

甘蔗多样性微阵列技术（DArT）标记体系的建立

[目的]建立成熟、稳定的甘蔗多样性微阵列技术（Diversity array technology,DArT）标记体系,为甘蔗的遗传多样性分析、遗传图谱构建及标记辅助育种等提供新的分子标记方法.[方法]以7份不同种属的甘蔗材料为样本,优化基因组复杂性降低方法并建立甘蔗DArT标记体系,同时应用该体系分析7份材料的遗传多样性.[结果]获得了基于PstⅠ/TaqⅠ酶切组合的最优基因组复杂性降低方法,利用该方法建立了DArT体系.利用DArT体系分析了7份材料之间遗传进化关系,发现供试7份材料的遗传相似系数为0.497～0.811,平均值为0.569.以遗传相似系数0.546为阀值,可以将供试材料分为三大类,其中第一类的GT29号、拔地拉和割手密GXS85-30均为甘蔗属材料,与预期相一致;第二类为河八王2号和滇蔗茅2号,第三类为芒84-8和斑茅GXA87-36.[结论]建立的甘蔗DArT标记体系具有有效性,其遗传相似性分析结果与材料预期的亲缘关系密切程度相一致.     

基于EST-SSR的广东与广西茶树资源遗传结构和遗传分化比较分析

 【目的】通过揭示茶树资源遗传多样性、遗传结构和遗传分化关系,为资源的有效保护和充分利用提供理论依据。【方法】利用109对核心EST-SSR标记对广东、广西的105份茶树核心资源进行遗传多样性和遗传分化比较分析;同时对广东和广西资源组群间、组群内白毛茶和茶种群间、种群内进行AMOVA分子方差分析,进一步剖析遗传结构,并绘制群体遗传结构图。【结果】109对核心EST-SSR标记共检测到435个等位基因,平均等位基因（NA）3.99个,平均有效等位基因（NE）为2.12,平均Nei's基因多样性（H）为0.59,平均观测杂合度（Ho）为0.32,平均期望杂合度（He）为0.46,平均多态性信息含量（PIC）为0.56。广东茶树资源遗传多样性的上述6个参数均小于广西茶树资源。广东白毛茶NA和H低于广东茶,NE、He、Ho和PIC与茶较为接近;广西白毛茶NA大于广西茶,但是NE、He和H低于茶。F-统计量分析表明白毛茶与茶种群内近交系数（Fis）、种群间近交系数（Fit）和种群遗传分化（Fst）都较低,基因流（Nm）都较高。广东白毛茶与广西白毛茶Fst为0.04,基因交流相对较低为6.26。AMOVA分析显示组群间遗传变异为3.09%,组群内种群间遗传变异为2.22%,种群内遗传变异为94.69%。群体遗传结构显示105份茶树资源可分为3个类群,类群Ⅰ由6份选育品种组成;类群Ⅱ由43份广东资源和16份广西资源组成;类群Ⅲ包括广西36份和广东4份资源。【结论】广东茶树资源遗传多样性程度低于广西。广东白毛茶遗传多样性比广东茶丰富,种群遗传分化低,存在较频繁的基因交流。广东白毛茶遗传多样性低于广西白毛茶,遗传分化相对较高,基因流较低。AMOVA分析显示遗传变异主要分布于广东、广西茶树资源群体内。     

大鲵野生亲代与人工繁育子二代的随机扩增多态DNA分析(英文)

用15个能稳定扩增的随机引物对大鲵亲代与子二代各7个个体进行RAPD分析,结果表明,大鲵人工繁育子二代与野生亲代群体间具有较高的遗传相似度,其平均值为0.9515,这说明子二代群体在基因型上并没有发生明显的变异。遗传相似性和遗传多样性分析的结果表明,大鲵亲代与子二代的平均遗传距离分别为0.0497和0.0166,Shannon多样性指数分别为0.237和0.078,经t检验差异均极显著(P<0.01),这说明大鲵子二代遗传多样性水平低于亲代,因此必须加强谱系建立与繁育管理。     

大鲵野生亲代与人工繁育子二代的随机扩增多态DNA分析

用15个能稳定扩增的随机引物对大鲵亲代与子二代各7个个体进行RAPD分析,结果表明,大鲵人工繁育子二代与野生亲代群体间具有较高的遗传相似度,其平均值为0.9515,这说明子二代群体在基因型上并没有发生明显的变异。遗传相似性和遗传多样性分析的结果表明,大鲵亲代与子二代的平均遗传距离分别为0.0497和0.0166,Shannon多样性指数分别为0.237和0.078,经t检验差异均极显著(P<0.01),这说明大鲵子二代遗传多样性水平低于亲代,因此必须加强谱系建立与繁育管理。     

温州水牛遗传多样性的ISSR-PCR分析

为研究浙江省温州水牛的遗传多样性,采用ISSR分子标记技术,分析了采自浙江平阳、瑞安、永嘉、乐清、温州等地温州水牛血液样本。从22条引物中筛选出9条多态性引物,9条ISSR引物共获得ISSR位点186个,其中多态性位点154个,多态位点百分率（PPL） 为82.80％,等位基因数（Na）为1.8420,有效等位基因数（Ne）为1.5702,Neis基因多样性（H）为0.3108,Shannons指数（I）为0.4687,均高于个体水平;种群内和种群间Neis基因多样性计算遗传分化水平（Gst）为0.1840,表明温州水牛种群间存在着较高的遗传多样性,遗传变异中有1840%发生于群体间。UPGMA聚类分析结果同样也表明温州水牛种群间的遗传分化水平较低,遗传变异主要存在于种群的个体间。     

黄瓜(Cucumis sativus L.)种质资源遗传多样性及亲缘关系分析

利用18个SSR标记和3个SCAR共显性标记,分析了177份不同生态类型的黄瓜种质资源,旨在阐明其遗传多样性和亲缘关系,为遗传和育种的利用提供理论依据。结果表明,在所有种质中共得到等位基因51个,平均每个位点为2.42个。177份种质资源的相似系数变化范围0.24～1。聚类分析的结果将资源划分为5大类,大部分旱黄瓜被划分在第1类中;多数的华南类型和加工型黄瓜被划分在第2类中;Concombre vert long和西双版纳本地山黄瓜被单独划为第3类;另外,1个收集于韩国和2个收集于美国的种质,分别为韩3,Burpless Hybrid,Muncher为第4类;大部分华北类型种质为第5类。欧洲温室型没有单独被划出来。在育种上,有利于鉴定有价值的优良亲本的亲缘关系,为现阶段黄瓜育种实践中减少杂交组合选配盲目性,提高品种质量及育种效率提供了依据。     

苜蓿属植物遗传变异和分类的研究概况

通过对国内外有关苜蓿属植物分类和遗传变异等文献的研究,阐述了应用遗传生态学、分子遗传学和种群遗传学原理,从形态学、生理学和生物化学等方面研究苜蓿属粒物遗传多样性的重要性;分析了我国苜蓿属植物资源研究中存在的问题,并提出了开展苜蓿属植物资源研究的6项建议。     

家蚕茧质性状广义遗传分析

采用广义遗传模型分析得知，全茧量、蛹重的性连锁效应作用强度达５０％左右，加性效应与显性效应的作用强度相近，为１５％左右；茧层量、丝素量主要受加性效应控制，达５０％左右，显性效应为２５％左右，性连锁效应较弱，为５％左右；茧层率加性效应与性连锁效应的作用具同等强度，为３０％多；显性效应作用较弱，为１０％左右．母体效应在５个性状中的作用较弱，基因与环境互作效应对５个性状作用形式相类似．其中基因加性及显性与环境互作两项效应的作用略强．由本模型所得剩余机误方差很小，仅为５％左右，说明本模型比较合理．因此，在此基础上，对各个供试品种的遗传效应预测值的分析比较可信     

李属果树的RAPD分子标记研究进展

阐述了RAPD标记技术的基本原理与特点,同时综述了该技术近年内在李属果树品种(系)鉴定与分类、遗传多样性分析、亲缘关系分析、遗传连锁图谱构建以及基因标记等方面的研究进展,并对该技术存在的问题以及应用前景进行了探讨。