利用InDel标记分析23份黄瓜种质的遗传多样性及核心种质资源筛选

为了研究不同来源黄瓜的亲缘关系,筛选适宜作杂交亲本的种质资源,基于黄瓜重测序开发的InDel标记,应用UPGMA进化树聚类、主成分分析和群体遗传结构分析3种方法分析了23份黄瓜种质的遗传多样性。结果表明:23份黄瓜种质的遗传相似性系数为0. 23—0. 95,平均值为0. 56,相似性系数低于0. 6的有137对组合,占全部组合的54%,说明这些材料的遗传多样性较好。3种分析方法均将23份黄瓜种质分为三大类群:P1来源于亚洲,都属于华南类型黄瓜; P2来源于欧洲和美国,包含欧洲类型长黄瓜、欧洲类型短黄瓜和2个美国加工型黄瓜; P3仅包含1个来源于广东的品种,从表型上看属于华南类型。P3亲缘关系更接近P1,P1和P2之间遗传差异明显。利用InDel标记分析的结果,对核心种质最佳样本量进行了预测,应用M策略将9份黄瓜种质确定为核心种质,包含了群体中几乎所有的黄瓜类型,外形上有白刺、褐刺以及光滑型,这9份核心种质能够很大范围地覆盖表型的变异。     

基于InDel标记的黄瓜种质资源遗传多样性分析

为明确黄瓜(Cucumis sativus L.)自交系间的亲缘关系,筛选适宜作为杂交亲本的种质资源,利用InDel标记对48份黄瓜自交系进行遗传多样性分析.结果表明,68对InDel标记中39对标记具有强多态性,在48份材料中共检测出79个等位基因,平均每对标记检测到2.025 6个等位基因,遗传距离在0～0.955 1范围之间,相似性系数在0.44～1.00之间,平均相似性系数为0.72,说明48份材料总体亲缘关系较近,遗传多样性不够丰富.NTSYS2.1软件聚类结果表明,在相似性系数为0.44时,48份材料被划分为两大类群,主要为密刺黄瓜和水果黄瓜,用Power Marker 3.25软件进行树状图分析,分析结果与NTYSYS聚类结果一致.研究结果可为了解黄瓜种质资源遗传背景及亲本组合的选配奠定基础.     

50 份黄瓜核心种质的 SSR 标记筛选与聚类分析

【目的】分析 50 份来自全国各地的黄瓜核心种质资源的遗传多样性,为黄瓜育种提供依据和参考。【方法】对 50 份黄瓜核心种质资源的重要外观农艺性状进行统计,并利用全基因组设计 66 对 SSR 引物对其进行分子标记筛选及遗传多样性聚类分析。【结果】供试 50 份黄瓜核心种质材料的瓜皮颜色、刺瘤、瓜皮斑纹具有多样性。66 对引物中有 32 对引物能够在不同黄瓜种质间扩增出清晰而稳定的多态性标记,这 32 对 SSR 引物共扩增出 280 个等位基因片段,其中多态性片段 216 个、占片段总数的 77.1%,表明本研究筛选出的 32 对 SSR 引物遗传多态性较高,适用于黄瓜种质材料的遗传多样性分析。聚类结果与所调查的种质资源性状表现结果较为一致。50 份黄瓜核心种质遗传相似系数最低为 0.62、最高达 1.00。在遗传相似系数 0.754 处,50 份黄瓜种质材料聚为 7 类,即 9 份华南型材料聚为 6 类：I 类、III 类、IV 类、V 类、VI 类、VII 类,其中 IV 类包含 1 份中间材料与 9 号华南型材料;40 份华北型黄瓜材料聚为 1 类：II 类。表明华北型黄瓜材料和华南型黄瓜材料间相似系数低、亲缘关系远;华北型黄瓜材料间相似系数高、亲缘关系近、遗传背景窄、遗传多样性差;而华南型黄瓜材料间相似系数较低、亲缘关系较远、遗传背景宽、遗传多样性丰富。【结论】筛选出 32 对 SSR 引物可有效对 50 份黄瓜核心种质材料进行聚类分析,遗传相似系数为 0.754 处 50 份黄瓜材料聚为 7 类,其结果与性状调查结果相吻合;华北型黄瓜遗传背景窄、遗传多样性差,华南型黄瓜遗传背景相对较宽,遗传多样性丰富。     

洋葱种质资源遗传多样性的ISSR分析

应用ISSR标记对32份洋葱种质资源的遗传多样性进行了分析。从31个ISSR引物中筛选出4条扩增产物条带清晰、多态性高的引物,在32份资源样品中共扩增出39条带,其中31条带为多态性位点,平均每个引物扩增的多态带数为7.75条,多态性条带比率(PPB)为79.48%。资源间的遗传相似系数在0.552～0.960之间,具有较为丰富的遗传多样性。ISSR聚类分析表明,在L取值为D=0.68时,可将32份洋葱资源分成5类:第一类包括18份种质资源,主要以Yellow Sweet Spanish系统为主;第二类包括1份种质资源,为Bejo Daytona;第三类包括3份种质资源,为Yellow Globe系统;第四类包括9份种质资源,为Yellow globe danvers系统;第五类包括1份种质资源,为Yellow Danverssystem系统。较好地揭示了洋葱种质资源间的遗传多样性与亲缘关系,可为洋葱遗传育种和杂交亲本选择提供科学依据。     

珍稀药材三叶青种质资源遗传多样性的ISSR分析

利用ISSR分子标记,对三叶青全国主分布区24份种质资源的遗传多样性与亲缘关系进行了研究。结果显示:(1)从101个引物里筛选出22个能扩增出清晰具多态性的引物,共扩增出条带169条,片段大小在450~2 200 bp,其中多态性条带77条,多态性比例为46.7%。(2)NTSYSpc2.10e软件分析显示,供试三叶青种质资源遗传多样性较一般,相似系数在0.77~0.99,浙江庆元种质与广西钟山种质亲缘关系最远。(3)UPGMA法聚类分析显示,24份样品被分为4大类,浙江种质全部聚在第Ⅰ类,第Ⅱ类以江西、广西、湖北、湖南等种质为主,湖南怀化与广西钟山为第Ⅲ类,贵州种质单独聚为第Ⅳ类。研究表明,ISSR分子标记适用于三叶青的遗传多样性和亲缘关系分析,研究成果首次从分子水平为合理引种、驯化、保护和利用三叶青野生资源提供了重要的参考依据和数据支持。     

西瓜种质的遗传多样性研究

本研究利用23个表型性状对71份西瓜自交系材料进行了遗传亲缘关系分析。聚类分析结果将供试材料分为7大类群:第1类包含3份西瓜材料,全部为抗病大果型;第2类为10份黑皮类型种质;第3类主要由花皮类型材料组成;第4类包括的7份西瓜种质全部为中小果型高糖材料;瓜面楞沟较深的材料58号单独聚为第5类;第6类主要为美国久比利类型材料;第7类包括几乎所有的网纹类型西瓜材料。变异系数的结果表明果粉有无、果形、纤维粗细、枯萎病抗性等性状能较好地反映出西瓜种质间的差异。本研究为西瓜育种亲本的选配和杂交优势水平的预测提供理论参考。     

甘薯种质资源遗传多样性的ISSR分析

[目的]利用ISSR分子标记分析不同类型甘薯种质的遗传多样性,为甘薯种质资源的传播途径分析、分类鉴定、有效利用及杂交亲本选择等提供参考依据.[方法]从100条ISSR引物中筛选出多态性好、扩增条带清晰且重复性好的ISSR引物,利用其对129份甘薯种质材料进行扩增,通过DPS 7.05计算不同种质间的遗传距离,并采用非加权配对算术平均法(UPGMA)进行聚类分析.[结果]以筛选获得的20条ISSR引物对129份甘薯种质材料进行扩增,共获得232条条带,其中多态性条带230条,多态性条带比例达99.14%,平均每条ISSR引物扩增出11.60条条带.基于ISSR分子标记的5份野生种平均遗传距离为0.4637,124份甘薯栽培种平均遗传距离为0.1805.野生种与地方品种、引进品种和育成品种间的平均遗传距离分别为0.4688、0.4618和0.4643;而在124份栽培种中,地方品种与引进品种间的平均遗传距离最大(0.2024),引进品种与育成品种间的平均遗传距离最小(0.1673),地方品种与育成品种间的平均遗传距离为0.1978.聚类分析结果表明,当在遗传距离为0.3200时可将野生种与栽培种完全区分开;5份野生种在遗传距离为0.3200时又被划分为4个类别;124份栽培种在遗传距离为0.2000时可划分为6个类别,其中,新种花、福菜薯18号和黄皮9号3个品种各自单独组成一个类群(第Ⅰ、Ⅱ和Ⅴ类),金山57、豫薯8号和瑞薯1号组成第Ⅲ类;第Ⅳ类包含93个地方品种和育成品种;第Ⅵ类由25个地方品种和育成品种组成.[结论]不同类型和不同来源地的甘薯种质资源间存在较大遗传差异,以野生种与栽培种间的遗传差异最大,而栽培种间又以地方品种和引进品种间差异较大,即地方品种资源在我国甘薯育种亲本选择利用方面还具有很大的应用潜力.ISSR分子标记是一种适用于甘薯资源遗传多样性分析的理想分子标记.     

中国刺瘤型黄瓜种质遗传多样性和亲缘关系的AFLP分析

利用AFLP(Amplified fragment length polymorphisms)分子标记技术对99份来源不同的中国刺瘤型黄瓜(Cucumis sativus L.)种质的遗传多样性和亲缘关系进行了分析,以确定中国黄瓜的遗传基础,指导育种实践.从77对引物组合中选出7对多态性较高的组合进行扩增,共扩增出382条条带,多态性带179条,多态性带比率为46%,总体平均期望杂合度为0.314.聚类分析显示,可将99份黄瓜种质资源划分为短瓜类群和长瓜类群,长瓜类群又可以分为3个亚群,3个亚群的黄瓜具有各自类群的表型特点.中国刺瘤型黄瓜种质资源表现出丰富的遗传多样性,是黄瓜育种优良的基因源.     

分子标记在黄瓜遗传育种中的研究进展

分子标记技术在黄瓜遗传育种中应用广泛,一是黄瓜遗传图谱的构建;二是种质资源的遗传多样性和亲缘关系;三是分子标记辅助育种;四是品种纯度鉴定.并对分子技术在黄瓜育种上的应用进行了展望.     

新疆梨种质资源亲缘关系的ISSR和RAPD分析

[目的]探讨新疆梨种质资源亲缘关系以及遗传多样性,旨在为供试梨资源的分类提供科学依据.[方法]采用ISSR和RAPD分子标记对48份梨种质资源进行聚类分析和遗传关系研究.[结果]14条ISSR引物共扩增出113条清晰的谱带,其中101条显示多态性,平均每个引物扩增出7.2条多态性谱带.19条RAPD引物共扩增出163条清晰的谱带,其中多态性谱带138条,平均每个引物扩增出7.2条多态性谱带.基于ISSR和RAPD两种标记,利用UPGMA分别构建了48份梨资源的聚类树状图.ISSR和RAPD分别聚类以及两种标记混合聚类均将48份梨种质分为3类:第Ⅰ类群中包括1份种质;第Ⅱ类群中包括23份种质;第Ⅲ类群中包括24份种质.[结论]两种标记适合于梨种质资源亲缘关系和遗传多样性分析,可为梨资源的开发利用及新品种的选育提供科学依据.     

Dynamic Change of Genetic Diversity in Conserved Populations with Different Initial Genetic Architectures

Maintenance and management of genetic diversity of farm animal genetic resources (AnGR) is very important for biological, socioeconomical and cultural significance. The core concern of conservation for farm AnGR is the retention of genetic diversity of conserved populations in a long-term perspective. However, numerous factors may affect evolution of genetic diversity of a conserved population. Among those factors, the genetic architecture of conserved populations is little considered in current conservation strategies. In this study, we investigated the dynamic changes of genetic diversity of conserved populations with two scenarios on initial genetic architectures by computer simulation in which thirty polymorphic microsatellite loci were chosen to represent genetic architecture of the populations with observed heterozygosity (Ho) and expected heterozygosity (He), observed and mean effective number of alleles (Ao and Ae), number of polymorphic loci (NP) and the percentage of polymorphic loci (PP), number of rare alleles (RA) and number of non-rich polymorphic loci (NRP) as the estimates of genetic diversity. The two scenarios on genetic architecture were taken into account, namely, one conserved population with same allele frequency (AS) and another one with actual allele frequency (AA). The results showed that the magnitude of loss of genetic diversity is associated with genetic architecture of initial conserved population, the amplitude of genetic diversity decline in the context AS was more narrow extent than those in context AA, the ranges of decline of Ho and Ao were about 4 and 2 times in AA compared with that in AS, respectively, the occurrence of first monomorphic locus and the time of change of measure NP in scenario AA is 20 generations and 23 generations earlier than that in scenario AS, respectively. Additionally, we found that NRP, a novel measure proposed by our research group, was a proper estimate for monitoring the evolution of genetic diversity in a closed conserved population. Our study suggested that current managements of conserved populations should emphasize on initial genetic architecture in order to make an effective and feasible conservation scheme.     

我国地方蛋鸭品种遗传结构及遗传分化

应用16对多态性较好的微卫星标记,结合PCR片段分析技术,对我国10个地方蛋鸭品种和1个引入蛋鸭品种进行了遗传结构和遗传分化检测。16个微卫星位点在11个蛋鸭品种中显示高度多态性。等位基因数、遗传杂合度和多态信息含量等参数表明:我国地方蛋鸭的遗传多样性较为丰富。Structure程序在预先未标明品种起源的条件下准确推断出11个蛋鸭种群个体所属类别,并计算各个群体所属类别的基因组分数。Structure聚类图在K=3时将11个品种分为亚群Ⅰ(包括:荆江麻鸭、恩施麻鸭、三穗鸭、金定鸭和山麻鸭),亚群Ⅱ(包括:连城白鸭、绍兴鸭、微山麻鸭、莆田黑鸭和攸县麻鸭)和亚群Ⅲ(康贝尔鸭),这与11个蛋鸭品种的地理分布及形成历史相吻合。11个蛋鸭品种群体中均存在具有复杂遗传基础的个体,迁移个体只分布在恩施麻鸭、山麻鸭和攸县麻鸭群体中。     

红花主要经济性状遗传力和遗传相关的研究

本文对来自国外的１０个油用红花品种，８个主要数量性状，进行了遗传力、遗传相关系数等数量遗传参数和主成分分析。结果表明：在新品种选育时，应以第一级分枝数、果球粒数、种子百粒重为主要性状并兼顾卡产株型作为选盲目标。     

单亲遗传算法及其应用研究

针对传统遗传算法（ＴＧＡ）在求解组合优化问题方面存在的不足，提出一种单亲遗传算法（ＰＧＡ）。ＰＧＡ不使用ＴＧＡ常用的交叉算子，而是通过基因换位算子隐含交叉算子的功能来实现进化操作，简化了遗传操作过程，并且不要求初始群体具有广泛多样性，不存在“早熟收敛”问题，仿真结果表明这种算法是有效的。     

万寿菊属品种资源遗传关系的ISSR分析

【目的】通过ISSR分子标记研究品种资源遗传关系,探讨其种群遗传多样性水平和遗传结构,为了解品种间遗传多样性、品种间亲缘关系、育种及科学合理保存和利用现有万寿菊属种质资源提供理论依据和技术支持。【方法】对29份万寿菊材料及2份孔雀草材料利用ISSR分子标记进行遗传关系分析。【结果】用11个引物对31份万寿菊属材料进行PCR扩增,每个引物扩增的ISSR条带数在5—11条,平均每条引物能扩增出6.8条带,多态位点百分率为40%—100%。聚类分析结果表明,ISSR分类结果与传统分类的结果基本一致,31份材料按照万寿菊及孔雀草分为两大类,并且同系列万寿菊品种被划为同一亚组。【结论】利用ISSR标记技术可较准确分析万寿菊属材料间的亲缘关系及遗传多样性。     

鹌鹑的遗传多样性研究

采用同工酶电泳技术 ,对陕西省大规模饲养的 2个蛋用品系鹌鹑群体的遗传多样性进行了分析。结果表明 ,两个群体中每个位点的等位基因平均数为 1.87,多态位点比率为 6 0 % ;引用国外同类研究结果 ,对国内外 2 1个鹌鹑群体用 7个多态位点的基因频率计算标准遗传距离并进行系统聚类 ,结果在 0 .12 5 2 6 7水平上 2 1个群体聚为 2类——野生群体和家养群体 ,家养群体中大体重鹌鹑与一般体重鹌鹑遗传距离较远 ;且 Mpi- IC,Mpi- ID和α- Gpd B基因为野生鹌鹑特有的基因 ,野生鹌鹑群体的基因多样度低于家养鹌鹑 ,在中性位点家养群体比现存同种野生群体保持着更高的基因杂合度。     

苜蓿属植物遗传变异和分类的研究概况

通过对国内外有关苜蓿属植物分类和遗传变异等文献的研究,阐述了应用遗传生态学、分子遗传学和种群遗传学原理,从形态学、生理学和生物化学等方面研究苜蓿属粒物遗传多样性的重要性;分析了我国苜蓿属植物资源研究中存在的问题,并提出了开展苜蓿属植物资源研究的6项建议。     

家养梅花鹿品种Y染色体遗传多样性和父系遗传结构

为研究家养梅花鹿的遗传多样性及遗传结构,利用PCR直接测序法,测定了我国培育的家养梅花鹿品种和品系389头雄性梅花鹿Y染色体AMELY基因部分序列,针对测序得到的序列利用生物信息学软件进行分析,筛选出6个SNPs位点,得到了6种单倍型(H1、H2、H3、H4、H5和H6)。结果表明:我国家养梅花鹿Y染色体遗传多样性较低,种群之间没有发生显著的遗传分化。单倍型H1为优势单倍型,在种群中有较高的频率,其次为单倍型H2,其他单倍型频率较低。     

垦红号小麦品种的亲缘关系

绘制的垦红号小麦品种亲缘关系图清晰地绘出了农垦红兴隆科研所育成小麦品种的亲缘关系及它们的墨麦血缘含量.通过对关系图进行分析,结果表明:垦红号小麦大多都有墨麦血缘,墨巴66在垦红号小麦品种的亲缘关系中占有主导地位.克71F4-370-7可谓是垦红号小麦的祖母,意大利品种阿夫则是祖母的祖父.垦红号小麦秆强抗锈和多花高产的优...     

草原红牛IGF2基因外显子4的遗传多态性及遗传效应分析

运用PCR-SSCP方法检测草原红牛IGF2基因第4外显子的多态性,采用最小二乘法拟合线性模型将突变位点的不同基因型与牛胴体和肉质性状进行关联分析.结果表明:在外显子4上有1个SNP位点(C250G),该基因具有AA和AB 2种基因型,草原红牛AB基因型个体肋脂质量比AA基因型个体高3.1%(P＜0.05),骨质量和眼...