常规PCR法扩增口蹄疫病毒基因组5’端序列的探索

【目的】扩增口蹄疫病毒(foot-and-mouth disease virus,FMDV)基因组5’端序列,为获得基因组全长准备基础。【方法】将FMDV O/Akesu/58 CE39A株液氮冻存基因组RNA反转录三次,对c DNA的5’端序列进行扩增、克隆、测序。【结果】以c DNA1与c DNA3为模板,用LA Taq DNA polymerase、EX Taq DNA polymerase、Prime STARHS DNA polymerase及3对引物Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ均未扩增出5’端目的片段;以c DNA2为模板,用LA Taq DNA polymerase为扩增酶,两对引物Ⅰ、Ⅱ均能扩增出5’端目的片段,且所测得的序列长度787 bp、797 bp与参考序列核苷酸同源性分别为86.2%和86.3%。【结论】常规PCR法扩增5’端序列较其它技术具有价格便宜、操作简便等优点,但扩增成功率偏低。试验共进行了72次PCR,成功率为6/72,说明FMDV 5’端序列的扩增难度大,应合理设计反转录引物和扩增引物。为许多RNA病毒反向遗传学研究提供了更多的选择。     

三七病原根结线虫核糖体基因ITS区段的克隆测序及其在检测中的应用

根据NCBI基因库中根结线虫属rDNA序列,设计通用引物M18s/M28s,对采自云南文山、砚山、马关、蒙自等地的4个三七病原根结线虫种群(Meloidogyne hapla)rDNA区段进行聚合酶链式反应(PCR)扩增,并将扩增到的目的片段克隆到pGEM-T载体上。对重组克隆进行测序和序列分析,结果表明:4个种群rDNA同源性为100%,ITS区序列长度为479 bp,其中ITS1序列长度为213 bp,5.8S序列长度为159 bp,ITS2序列长度为107 bp。根据此序列设计-对特异性寡聚核苷酸引物Mhf/Mhr,应用PCR技术,以北方根结线虫(Meloidogynehapla)、南方根结线虫(Meloidogyne incognita)、花生根结线虫(Meloidogyne arenaria)和爪哇根结线虫(Meloido-gyne javanica)全基因组DNA为对照,对三七病原根结线虫全基因组DNA进行特异性扩增。结果表明,该对引物能从供试的北方根结线虫和三七病原根结线虫种群全基因组DNA中扩增到462 bp长度的分子片段,而南方根结线虫、花生根结线虫和爪哇根结线虫则无扩增产物。该引物可用于三七病原根结线虫的检测。     

2种PCR方法扩增大豆rbcS启动子5'侧翼序列比较

比较了扩增已知序列5’侧翼序列的2种PCR方法.方法一是反向PCR (IPCR),以大豆基因组酶切后的DNA片段自身环化产物做模板,用2对特异引物反向扩增大豆rbcS启动子5'侧翼序列.方法二是热不对称交错PCR(rAIL- PCR),以大豆基因组DNA为模板,用3个巢武特异性引物分别和简并引物组合进行连续的PCR循环.IPCR和TAIL- PCR 2种试验方法分别扩增获得438 bp和867 bp特异产物.经测序发现:2片段两侧均含有设计的引物,其部分序列均与已知序列相一致,两者也有部分序列完全相同,但TAIL- PCR技术简单,重复性好,能够在短时间内获得目标片段,TAIL-PCR技术在克隆侧翼序列时优于IPCR.     

山核桃FLOWERING LOCUST同源基因的克隆与序列分析

根据不同植物FLOWERING LOCUST（FT）同源基因序列的保守区,设计合成1对长度为18bp的PCR简并引物,以山核桃基因组DNA为模板,采用PCR方法扩增出长度为152bp的DNA片段,克隆到pMD19-T载体上。测序及序列分析结果表明,扩增所获得的片段序列为FT基因第四外显子部分序列,不含内含子,推测共编码50个氨基酸;其序列在GenBank中注册号为FJ858260．1,同源性比对结果表明,其氨基酸序列与其他植物FT基因的同源性高达88％～96％。     

大白菜胞质雄性不育线粒体基因特异分子RAPD标记及克隆

用随机引物对大白菜细胞质雄性不育系及其保持系线粒体DNA的RAPD分析,在不育系与保持系的线粒体基因组间存在明显的差异,用引物S259在不育系中扩增并克隆得到特异片断(mt)S259-600bp,序列分析表明该片断与油菜线粒体基因NADH脱氢酶第四亚基序列有部分相似性,片段与雄性不育的关系还需进一步研究.     

卡瓦胡椒及胡椒的AFLP分子标记探讨

扩增片段长度多态性（AFLP）技术是一项新的分子标记技术，是基于PCR技术扩增基因组DNA限制性片段，基因组DNA先用限制性内切酶切割，然后将双链接头连接到DNA片段的末端，接头序列和相邻的限制性位点序列作为引物结合位点。笔者采用AFLP分子标记技术探讨了卡瓦胡椒与胡椒及胡椒属其他几个野生种的亲缘关系。     

犬韦氏巴贝斯虫的分子鉴定

从临床感染犬的血液中抽取全血基因组DNA,应用能够扩增大多数原核生物18S rRNA基因的通用引物,对18SrRNA基因进行PCR扩增,对扩增产物进行克隆、转化和核苷酸序列的测定,获得长度为1 677 bp的核苷酸片段.对获得的序列在BLAST软件中进行最大相似性搜索,结果与Babesia vogeli(登录号:AB0...     

红麻叶绿体DNA非编码区扩增及PCR-RFLP多态性分析

为研究红麻叶片叶绿体DNA(cpDNA)非编码区的序列特征,采用改良CTAB方法提取红麻总DNA,以8份红麻光钝感突变体及其4份近缘种基因组DNA为模板,应用8对植物cpDNA通用引物对红麻cpDNA非编码区序列进行PCR扩增,优化cpDNA非编码序列PCR的扩增条件,应用4种限制性内切酶(EcoRⅠ、HindⅢ、TaqⅠ、AulⅠ)酶切扩增片段.结果表明:所筛选的通用引物适用于红麻cpDNA非编码序列扩增,扩增产物经1.5%琼脂糖电泳检测,片段大小为400-2000 bp,共扩增cpDNA片段大小约13000 bp.将PCR扩增产物进行酶切,每个片段均有相同的酶切位点,只有cp4引物对cpDNA的扩增产物经AluⅠ酶切获得多态性片段,红麻光钝感突变体及其对照的cpDNA存在部分变异,该结果可为进一步探讨红麻叶绿体基因组种内的变异情况提供理论依据.     

白菜Ogura细胞质雄性不育基因组的AFLP分析

采用AFLP( Amplified fragment length polymorphism)技术对白菜(Brassica rapa ssp.chinensis)细胞质雄性不育系Y3611A及其相应的保持系Y3611B基因组DNA进行多态性比较,64对引物中有61对引物组合在两系间扩增出5 185条带,其中有3对引物在不育系Y3611A中扩增到3个特异片段,对特异片段进行克隆、测序,其序列全长分别为187 bp、205 bp和237 bp,将其分别命名为CMS187、CMS205和CMS237.用BLAST进行同源性分析,发现它们分别与大白菜核基因组部分序列、拟南芥衰老相关蛋白mRNA序列及拟南芥线粒体部分序列有较高的同源性.     

TAIL-PCR对红莲型水稻不育系特异片段HL-spl侧翼序列的分析

以红莲型水稻不育系粤泰A(Y1A)线粒体DNA为模板,在具有细胞质遗传的线粒体特异性片段HL-spl侧翼各设计3条特异性巢式引物(LSP1、LSP2、LSP3、RSPI、RSP2、和RSP3),利用特异性引物和随机引物Adl、AD2和AD3,通过热交错PCR(TAIL-PCR)扩增HL-spl的侧翼序列.通过扩增和序列分析得到了HL-spl 5'侧翼1456 bp和3'侧翼2570 bp的序列.改进后的TAIL-PCR方法为线粒体目的片段的侧翼序列分析提供了一种简单而高效的方法.     

建昌鸭线粒体基因组全序列分析

参照近源物种线粒体基因组序列设计引物15对,用PCR产物直接测序法测得建昌鸭(Anas platyrhychos)线粒体基因组全序列,初步分析其特点和各基因的定位.结果显示:建昌鸭线粒体基因组全长16 606 bp,碱基A、T、G、C的含量分别为29.21%、22.19%、15.77%、32.83%,包含13个蛋白质编码基因、2个rRNA基因、22个tRNA基因和1个非编码调控区(D-loop),基因组结构和已知雁形目鸟类的完全相同.基于线粒体13个蛋白质编码基因序列,采用邻接法构建雁形目8个物种的系统进化树,所得结果与传统的系统分类基本一致.     

贵州麻羊mtDNA Cytb基因遗传多样性分析

对贵州麻羊13个个体线粒体DNA细胞色素b基因全序列进行直接测序比对。结果表明,山羊线粒体细胞色素b基因全长为1140bp,T、C、A和G碱基的平均含量分别为26．8％、28．2％、31．9％和13．1％,碱基组成的百分比中显示出G的相对缺乏,A＋T含量（58．7％）比G＋C（41．3％）含量高;总共发现6个变异位点,分别为174、576、594、721、852、1068;观察到3种单倍型;构建了16个山羊个体的N-J树,显示贵州黔北麻羊存在2个母系起源。     

广西副猪嗜血杆菌病分子流行病学调查

根据副猪嗜血杆菌（Haemophilus parasuis,Hps）16S rRNA（M75065）序列设计1对引物,对从广西9个市26个地县采集的305份病料进行PCR鉴定。结果表明,305份病料有14份为阳性,阳性率为4.59%,扩增片段大小为822 bp;经Sph I、BamH I双酶切进一步鉴定,可以确定检测到的14份阳性材料均为Hps;将PCR扩增产物连接pMD18-T载体并转化DH5α感受态细胞,然后进行测序及同源性比较分析,发现14份阳性材料之间的核苷酸同源性均在94.5%以上,与国外Hps的核苷酸同源性均在94.3%以上,说明Hps已在广西发生存在。     

从福尔马林保存的牙鲆中克隆的18S rDNA进行系统发育分析的可靠性

从福尔马林保存的牙鲆和活体牙鲆肌肉组织中，利用基因拼接的方法首次克隆到1205bp和1295bp的长片段序列。福尔马林保存标本与活体标本DNA序列的同源率为82％；和活体标本的18S rDNA序列相比，标本DNA的碱基缺失率为7％，碱基替换比例为11％。利用福尔马林标本的18S rDNA同源性高的区域进行系统发育分析，表明其结果是可信的。     

从福尔马林保存的牙鲆中克隆的18S rDNA进行系统发育分析的可靠性

从福尔马林保存的牙鲆和活体牙鲆肌肉组织中，利用基因拼接的方法首次克隆到1205bp和1295bp的长片段序列。福尔马林保存标本与活体标本DNA序列的同源率为82％；和活体标本的18S rDNA序列相比，标本DNA的碱基缺失率为7％，碱基替换比例为11％。利用福尔马林标本的18S rDNA同源性高的区域进行系统发育分析，表明其结果是可信的。     

珠颈斑鸠线粒体ND1和ND2基因序列测定与特征分析

根据其他物种的线粒体基因序列设计引物,采用PCR方法扩增珠颈斑鸠（Streptopelia chinensis）线粒体基因组中编码NADH亚基基团的ND1、ND2基因片段,测序后获得了NDl和ND2基因的全序列。结果表明,NDl基因序列长度为966bp,编码321个氨基酸的多肽,A、G、C、T碱基组成分别为27．0％、12．7％、33．9％、26．4％;ND2基因序列长度为1041bp,编码346个氨基酸的多肽,A、G、C、T碱基组成分别为32．5％、9．7％、33．8％、24．0％。NDl、ND2基因的起始密码子均为ATG,但终止密码子分别为AGA、‘rAG。将珠颈斑鸠NDl、ND2基因核苷酸序列及氨基酸序列与其他11种鸟类进行比对,结果表明,珠颈斑鸠与原鸽的亲缘关系最近,与形态学分类一致。根据12种鸟类NDl和ND2氨基酸序列。采用NJ法构建了12种鸟类系统进化树。     

The Genetic Diversity Study of Wild Wusuli Raccoon Dog From Nenjiang District

The ISSR method was developed to analyze the genetic diversity of 20 wild Wusuli raccoon dog from Nenjiang district. The results showed that there were significant genetic diversity and high polymorphism among individuals of the wild Wusuli raccoon dog. A total of 41 DNA bands were amplified by 9 primers, and 37 of them were polymorphism, the proportion of polymorphism was 90.24%, 2-8 polymorphism bands could be amplified by each primer, and 4.56 on average, the length of the product was 200-2 000 bp.     

转绿色荧光蛋白标记基因猪整合检测的研究

[目的]为转基因猪生产的整合效率、外源目的基因表达水平、目的基因在猪体内组织特异性表达分布等相关领域的进一步研究奠定基础。[方法]用显微注射法将GFP标记的转基因猪表达载体PM1导入湖北白猪和通湖猪1-细胞、2-细胞胚胎中,胚胎移植妊娠后生产仔猪,取耳或尾组织样提取基因组总DNA,用PCR法检测PM1在猪基因组中的整合情况。[结果]在所有生产的78头仔猪中,有6头猪用PCR检测为转PM1基因阳性猪,这6头猪在3次PCR扩增反应中都得到650 bp目的扩增片段。其他样品没有得到目的扩增片段的为阴性猪。[结论]载体PM1可以用于携带外源基因进行转基因猪生产。     

9个地方绵羊品种mtDNA D-loop高变区序列分析

对中国9个绵羊品种的103个个体mtDNA D-loop高变区(763 bp)进行了研究,结果表明:获得的序列长度范围为522～683 bp,可归为21种分子类型,各分子类型在绵羊品种间分布趋于一致,不存在特异性,而在品种内却存在异质性;绵羊mtDNA D-loop区序列长度变异主要是由于75 bp基元重复序列重复次数的不同(2、3或4个)和少数碱基的插入或缺失造成的;103个个体mtDNA D-loop区序列中A T碱基组成比例(64.7%)明显高于G C碱基组成比例(35.3%),说明了绵羊mtDNA D-loop区是A、T碱基富集区,且为高突变区,碱基突变类型包括转换、颠换、插入和缺失,且碱基转换频率远高于碱基颠换频率.