新疆NADC30-like PRRSV的分离鉴定及遗传变异分析

为了探明研究新疆地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)NADC30-like病毒株XJTK的遗传变异特征,本试验分离病毒株后对该病毒的Nsp2和ORF5基因进行克隆和测序,其片段大小分别为648 bp和603 bp,其中Nsp2基因存在3处不连续共393个核苷酸的缺失,分别缺失333,57和3个核苷酸,完全符合NADC30-like毒株的基因特征;将病毒株XJTK与已知北美型PRRSV代表株VR2332,高致病性PRRSV国内代表株JXA1、TJ,美国分离株NADC30,及NADC30-like国内代表株HENAN-HEB、CHsx1401进行序列比对表明,XJTK株Nsp2和ORF5基因核苷酸序列与参考株同源率分别为36.4%～90.3%和83.7%～93.0%,进一步遗传进化分析表明,其与PRRSV毒株VR2332、JXA1和TJ株亲缘关系较远,与美国分离株NADC30及国内NADC30-like代表株CHsx1401和HENAN-HEB亲缘关系较近,同属于NADC30-like亚群,但仍属于相对独立的分支。本研究是新疆首次证实猪群中存在NADC30-like PRRSV,可为该地区猪繁殖与呼吸综合征的防制提供参考依据。     

猪繁殖与呼吸综合征病毒类NADC30毒株与JXA1-R疫苗株荧光定量PCR鉴别检测方法的建立及应用

为鉴别检测猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)类NADC30毒株HNhx和JXA1-R疫苗株,根据类NADC30毒株HNhx和JXA1-R疫苗株非结构蛋白2(Nsp2)基因序列差异,设计特异性引物和探针,建立TaqMan荧光定量PCR和SYBR GreenⅠ荧光定量PCR检测方法.结果显示,2种方法中,标准品在103～...     

广东省猪繁殖与呼吸综合征病毒ORF5 基因遗传变异分析

【目的】监测 2021 年广东地区猪繁殖与呼吸综合征病毒 (Porcine Reproductive and Respiratory Syndrome Virus,PRRSV) 的分子流行动态,为 PRRSV 综合防控措施的制定提供参考。【方法】在广东省内不同 地区 PRRSV 检测为阳性的 37 个规模猪场采集 521 份患病猪组织样本进行 PRRSV 检测。对样本进行 ORF5 基因 测序,采用 DNAStar 分析 ORF5 核苷酸的同源性及其推导氨基酸的同源性,并用 Mega7.0 构建基于 ORF5 基因的 系统遗传进化树。【结果】从 37 个猪场采集的样品 PRRSV 阳性率为 24.4%,猪场阳性率为 45.9%。通过测序分 析获得 17 株来自不同猪场的 PRRSV ORF5 基因序列,遗传进化分析表明所有毒株均属于北美毒株（PRRSV 2）, 其中有 5 株属于 Lineage 8( JXA1-like 和 CH-1a-like）谱系,9 株属于 Lineage 1( NADC30-like 和 NADC34-like）谱系, 3 株属于 Lineage 3（QYYZ-like）谱系,没有监测到 Lineage 5（VR2332-like）谱系的毒株。17 株 PRRSV 毒株的 ORF5 基因之间核苷酸序列同源性为 81.3%~99.5%,推导的氨基酸序列同源性为 80.0%~98.3%。【结论】2021 年 广东省 PRRSV 流行株以 Lineage 1（NADC30-like 和 NADC34-like）和 Lineage 8（JXA1-like 和 CH-1a-like）谱 系为主,占比分别为 52.94% 和 29.41%,Lineage 3（QYYZ-like）谱系降为次要流行株,占比为 17.65%。     

1株PRRSV类NADC30毒株的分离鉴定及序列分析

为了解猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)流行株的变异情况,将PRRSV阳性病料处理后接种Marc-145细胞,成功分离到1株PRRSV毒株,将其命名为HENZXC-4,并对其全基因组序列进行测定和分析。结果表明,HENZXC-4为未发生重组的类NADC30毒株,其NSP2蛋白存在131个氨基酸不连续缺失,且其GP5蛋白存在1个氨基酸插入。     

2020—2022年闽粤赣地区PRRSV ORF5基因的分子流行病学调查

【目的】了解闽粤赣地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的分子流行动态,为该疫病的科学防控提供参考。【方法】采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)方法对2020—2022年闽粤赣地区1 475份临床猪组织和血清样品进行检测,对PRRSV阳性样品进行ORF5基因扩增和测序,并对ORF5基因的序列进行系统发育分析。【结果】2020、2021、2022年闽粤赣地区发病猪PRRSV的阳性率分别为24.23%(95/392)、27.69%(162/585)、18.07%(90/498),2020—2022年福建、广东、江西地区PRRSV的阳性率分别为23.20%(272/1 172)、23.96%(52/217)、26.44%(23/87)。挑选来自不同猪场的86份阳性样品进行PCR扩增,成功获得62株PRRSV ORF5基因序列,并下载GenBank已发布的18株2020—2022年闽粤赣地区PRRSV的ORF5基因序列,与127株PRRSV国内外参考株ORF5基因序列构建系统发育树。系统发育树显示,80株闽粤赣PRRSV分离株均属美洲株。其中,40株分布在谱系1(NADC30-like株...     

华北地区猪繁殖与呼吸综合征病毒变异分析

为了解华北地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的遗传变异情况,通过对2014—2016年从河南、河北、山东、山西4省采集的疑似猪繁殖与呼吸综合征(PRRS)病料进行检测,将扩增得到的PRRS阳性样品的ORF5基因进行测序,分析华北地区2014—2016年PRRSV的变异情况。结果表明,2014—2016年华北地区流行毒株与国内外代表性毒株核苷酸同源性在84.6%~99.8%;抗原位点比对结果显示,变异株中和表位第37—44位氨基酸为SH(I/L/F)QLIY(N/K),诱骗表位27—30位氨基酸为(V/A)L(V/A)N;系统进化树分析表明,以CH-1a为代表的变异株、以VR-2332为代表的经典毒株以及NADC30毒株在华北地区同时存在。可见,华北地区PRRSV流行情况复杂。     

辽宁地区猪繁殖与呼吸综合征病毒分离株ORF5基因的遗传变异分析

为研究辽宁地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)ORF5基因的生物学特性及遗传变异情况,通过RT-PCR方法对PRRSV阳性样品的ORF5基因进行扩增,应用DNA Star软件对检测的序列进行比对和遗传变异分析。结果显示,分离的8株PRRSV的ORF5基因全长为603 bp,均属北美型,不同分离株间的核苷酸、氨基酸同源性分别为91.5%~99.0%、88.1%~98.5%;遗传变异分析表明,分离株处于不同的进化分支,但均属于亚群3,为高致病性PRRSV。以上结果表明,辽宁地区主要流行毒株为高致病性PRRSV,在不同地区有不同的PRRSV毒株同时流行,但具有相同的进化来源。     

猪繁殖与呼吸系统综合征病毒华南株GDgz 的分离鉴定及遗传进化分析

为了解华南地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)流行株的变异特性,用Marc-145细胞从广东省疑似猪繁殖与呼吸综合征发病猪场采集的肺组织中分离得到1株PRRSV(命名为GDgz),该毒株能产生明显的细胞病变。全基因组进化分析和同源性比对分析结果显示,GDgz与中国高致病性毒株位于同一分支,与欧洲型毒株Lelystad-virus同源性最低、仅为60.3%,与美洲型经典毒株VR-2332的同源性为88.8%,与中国高致病性毒株JXA1和HuN4同源性为98.8% 和98.9%,与JXA1的疫苗株同源性为91.1%,与NADC30和NADC30-like毒株 CHsx1401和JL580同源性分别为84.5%、87.2%和83.6%。NSP2序列比对结果显示,GDgz在高变区存在30个不连续氨基酸缺失。GP5序列比对结果显示,GDgz在GP5抗原表位上有氨基酸突变,表明GDgz属于美洲型高致病性毒株传代致弱的疫苗株,且在抗原表位上有一定程度的突变。     

2015-2016 年川南地区猪繁殖与呼吸综合征病毒遗传进化分析

猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)主要引起母猪繁殖障碍与生长猪呼吸障碍性疾病,给养猪业造成严重损失.为了解川南地区2015-2016年PRRSV遗传变异情况,该研究收集了85份疑似感染PRRSV组织样品,通过RT-PCR扩增ORF5基因,对其进行克隆、序列测定和所测序列遗传进化分析.获得15个ORF5序列,其遗传距离与序列相似性为0.0~0.25和81.1%~100%.与VR2332,JXA1,NADC30和JX1411核酸序列相似性分别为83.4%~89.1%,83.4%~99.3%,81.9%~95.7%和81.4%~92.9%.进化树分析显示,15个ORF5序列形成3个亚群,8个ORF5序列与JXA1形成subcluster Ⅰ,5个与NADC30 like形成subcluster Ⅱ,2个与ZJ1503 like毒株形成subcluster Ⅲ.研究结果表明,该地区PRRSVs毒株基因型日趋复杂,建议通过合理疫苗免疫,减少通过重组导致出现复杂的PRRSV基因型,对PRRSV的防控具有重要意义.     

一株湖北HP-PRRSV分离株nsp2基因遗传变异分析

为了解湖北地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的遗传变异情况和分子流行病学情况,从湖北地区某猪场采集疑似病料进行处理,接种Marc-145细胞,待细胞发生病变后收获病毒,提取病毒总RNA,应用RT-PCR法对PRRSV nsp2部分基因进行扩增,经序列测定,并与美洲株VR-2332、欧洲株Lelystad virus及国内各PRRSV分离株进行核苷酸及其推导的氨基酸进行同源性比较,并绘制系统进化树。结果表明,经RT-PCR扩增获得了PRRSV湖北分离株(命名为HDZZ1)的nsp2基因,核苷酸序列分析显示,获得的nsp2核苷酸与VR-2332的同源性为77. 7%,与Lelystad virus的同源性为44. 3%。其氨基酸与VR-2332的同源性为64. 58%,与Lelystad virus的同源性为13. 93%。证明所获得PRRSV仍为美洲型。与我国分离的高致病性PRRSV毒株07BJ、BJ0708、GD、GDYC、HEB1、Henan-1、HN-HW、HPBEDV、HUB1、HUN4、JXA1、SX-1、SX2009核苷酸同源性高达97. 3%~98. 8%,氨基酸同源性为96. 40%~98. 8%,氨基酸序列分析结果显示,Nsp2蛋白在222位和274-302位两处出现了30个氨基酸的不连续缺失,其Nsp2蛋白的抗原表位发生了改变。系统发生树结果表明,HDZZ1株与高致病性PRRSV毒株位于同一大分支中,与欧洲代表株(Lv)、美国NADC30株和国内NADC30-like HNjz15株处于不同分支中。由此断定,HDZZ1毒株为高致病性PRRSV毒株。     

猪繁殖与呼吸综合征河南毒株Henan-1的分离及其NSP2、ORF3、ORF5的序列分析

将2007年1月河南省某猪场送检的疑似高热病病料处理后接种于Marc-145细胞,出现细胞聚集、固缩、脱落等特异性细胞病变.根据GenBank中猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的基因序列设计并合成针对NSP2、ORF3和ORF5基因的引物,RT-PCR扩增目的基因并将其克隆入pMD18-T载体进行测序.并与国内外已发表的毒株的序列进行比较.结果表明:分离毒株Henan-1是美洲型PRRSV,而且NSP2基因发生30个AA的不连续缺失;Henan-1的NSP2、ORF3和ORF5基因与JXA1、JX0612、HZ-X、HB-1(sh)、CH-la、HB-2(sh)、SP、ATCC VR-2332、Henan-HN1、Resp PRRS/Repro MLV、PA8、BJ-4等毒株等位基因的核苷酸同源性分别为83.0%～99.0%、88.3%～99.2%、88.6%～99.5%,推导的氨基酸同源性分别为66.7%～97.9%、84.7%～98.8%、87.1%～99.5%;而ORF3和ORF5基因与LV4.2.1等位基因核苷酸同源性分别为64.7%和64.2%,推导的氨基酸同源性分别为56.7%和61.0%.基因系统发育树分析表明:Henan-1与JXA1、JX0612株的亲缘关系很近,与HB-1(sh)亲缘关系较近,与HZ-X、CH-1a、HB-2(sh)、SP、RespPRRS/Repro MLV等毒株处于不同的分支.     

猪繁殖与呼吸障碍综合征病毒河南09分离株ORF5基因的克隆及结构分析

参照GenBank上登录的猪繁殖与呼吸障碍综合征病毒(PRRSV)美洲型AF494042株ORF5基因序列,设计1对特异性引物,应用RT-PCR扩增出PRRSV河南09分离株(HN-09)的ORF5基因,经与pGEM-T Easy载体连接后,筛选出阳性重组质粒进行序列测定,并利用DNASTAR软件对序列进行分析.结果表...     

2017年福建地区PRRSV分子检测及ORF5基因变异分析

目的 研究2017年福建地区中小规模猪场猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）毒株的分子流行情况。方法 从福建地区中小规模猪场收集83份疑似蓝耳阳性病料,对编码GP5蛋白的ORF5基因进行了RT-PCR检测和遗传进化分析。结果 采集的83份疑似蓝耳病料中阳性率为73%,测得的序列之间ORF5的核苷酸相似性达80.3%~100.0%,其中所测的各个分支毒株与其所属分支的代表毒株NADC30、GM2和JXA1的核苷酸相似性分别为92.6%~93.9%、89.8%~93.0%和93.4%~99.3%,检测到新分支中新出现的毒株与JXA1的核苷酸相似性为91.0~93.0%。GP5氨基酸比对结果显示不同亚群GP5信号肽区、诱导表位、主要中和表位及高变区等功能区发生了显著变异。结论 福建地区出现了PRRSV新分支,使福建PRRSV变异种类更加多样化,建议加强PRRSV流行及变异的监测。     

两株高致病性PRRSV河南分离株ORF5基因克隆及遗传变异分析

从河南信阳和新乡两地区猪场疑似猪繁殖与呼吸综合征病料中分离出能引起Marc145细胞病变的病毒,命名为HN1和HN2。采用RT-PCR方法从分离的2株PRRSV中均分别扩增出ORF5基因,并将其克隆、测序。用DNAStar软件分析所测序列,并与北美洲型VR-2332株及国内分离株进行核苷酸和推导的氨基酸同源性比较,绘制系统进化树,结果表明,ORF 5核苷酸与北美洲型的同源性为81.2%～99.1%,与欧洲型Lv株的同源性分别为35.9%和35.3%,推导氨基酸与北美洲型的同源性为84.5%～99.5%,与欧洲型Lv株的同源性分别为46.0%和45.5%。证明新分离到的PRRSV毒株仍属北美洲型。与国内分离的高致病性PRRSV毒株JXA1、HUB1、JX0612、GDZC1、ZQ、SX-1、HB1、HEB1、Hnyz核苷酸同源性达96.5%～99.1%,氨基酸同源性为96.0%～99.5%。分析结果表明,所获得的2个毒株GP5蛋白氨基酸序列中的抗原表位已经发生变异。     

2006年-2008年河南省PRRSV分子流行病学调查

根据GenBank公布的猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)ATCC VR-2332株的NSP2,ORF5-7基因的核苷酸序列,设计合成5对特异性引物,用RT-PCR方法扩增出10株PRRSV河南地方株的NSP2和ORF5-7片段,将扩增片段克隆到pMD-18T载体并进行测序。应用DNAStar序列分析软件对分离株的NSP2和ORF5-7基因和其推导的氨基酸序列与不同来源的PRRS毒株进行了同源性比较,结果表明PRRSV河南分离株的NSP2和ORF5-7基因与不同来源美洲型毒株之间的同源性分别为89.1%-98.1%和81.4%-96.1%,而与欧洲型毒株之间的同源性仅为46.7%-61.7%和44.7%-45.9%;同时将PRRSV河南分离株NSP2和ORF5-7基因的推导氨基酸序列与其他美洲型PRRSV毒株进行变异分析比较,证实了PRRSV河南分离株NSP2和ORF5-7基因发生了变异。     

猪繁殖与呼吸综合征、猪圆环病复合PCR诊断方法的建立及应用

根据猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)美洲型标准株(ATCC VR-2332)的部分ORF6及ORF7保守序列和已发表的猪圆环病毒株PCV-2(DQ195679)的ORF-2基因保守序列,设计合成了2对特异引物,分别扩增出大小为426 bp和631 bp特异性基因片段,通过优化RT-PCR和PCR条件,最终建立了可同时检测PRRSV和PCV-2的复合PCR诊断方法。应用此方法分别对河南省不同地区送检的15头份病、死猪的血清、淋巴结、肺、肝等组织进行检测,结果8头份PRRSV阳性,5头份PCV-2阳性,其中3头份PCV-2和PRRSV同时为阳性,其余猪为阴性,健康猪对照样品全部阴性。结果表明,PRRSV和PCV-2复合PCR诊断方法具有高度特异性和敏感性,可用于兽医临床诊断。     

猪繁殖与呼吸综合征病毒GS株结构蛋白基因的克隆及结构特征分析

根据GenBank中猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)VR-2332毒株基因序列设计合成了6对引物,应用RT-PCR方法对PRRSVGS株部分片段进行基因的扩增、克隆和测序,将测序结果应用Blast和DNAStar软件进行拼接,并与国内外分离毒株进行核苷酸以及推导氨基酸序列同源性比较.结果发现PRRSVGS毒株结构蛋白基因全长3819bp,包括ORF2、ORF3、ORF4、ORF5、ORF6和ORF7共6个阅读框,分别编码GP2、GP3、GP4、GP5、M和N蛋白;与BJ-4、CH-1a、HB-2(sh)/2002和VR-2332美洲株等核苷酸的同源性在87.9%～97.1%,推导的氨基酸同源性在88.3%～97.1%;而与LV和Euro毒株的同源性差异显著,核苷酸同源性在56.0%～70.0%,氨基酸同源性在54.9%～77.6%.构建的系统发育树证明该毒株在基因型上属于美洲型.     

PRRSV JX0708株结构蛋白基因的克隆及其生物信息学分析

根据GenBank中登录的美洲型PRRSV JXA1株基因组序列设计合成了4对引物,应用RT-PCR技术对PRRSV JX0708株结构蛋白基因进行扩增、克隆和测序,将测序结果应用Blast和DNAStar软件进行分析,并与国内外分离株进行核苷酸序列以及推导的氨基酸序列同源性比较.结果表明:PRRSV JX0708株结构蛋白基因长约3 186bp,分为ORF2、ORF3、ORF4、ORF5、ORF6和ORF7共6个基因区;与国内分离的高致病性PRRSV美洲型毒株HuN、GD、JXA1、LN和普通毒株CH-1a以及经典毒株VR-2332和疫苗毒株pMLV的核苷酸及其推导的氨基酸同源性分别为88.0%～100.0%和83.5%～100.0%;而与欧洲型经典毒株LV和Euro-1的同源性差异显著,其核苷酸和推导的氨基酸同源性分别为64.0%～69.7%和53.3%～79.9%.遗传进化分析表明,PRRSV JX0708株在基因型上属于美洲型,同时美洲型PRRSV的变异存在某种地域和时间跨度上的相关性,但每个结构蛋白基因的变异并不严格遵从这种规律,而有所差异.