室内培育不同产地卤虫的成虫肠道菌群结构分析

[目的]探究室内培育卤虫的成虫肠道菌群组成及结构特征,为开展人工健康养殖卤虫提供参考依据.[方法]选取俄罗斯鄂木斯克地区及我国巴里坤和渤海湾产地的卤虫卵进行孵化,人工养殖至成虫期后采用16S rDNA高通量测序技术分析不同产地卤虫肠道内的菌群组成及结构特征.[结果]Illumina MiSeq测序共得到481096条有效序列,平均每个样品有53455条有效序列.变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门(Firmicutes)为不同产地卤虫肠道内的优势菌群,其在肠道菌群内的相对丰度均在97.0%以上.不同产地卤虫肠道菌群的共有OTU为291个,共有OTU对应序列数占不同产地卤虫总序列数的95.04%.其中,假单胞杆菌属(Pseudomonas)有29个OTUs,其对应序列数占总序列数的31.25%;盐单胞杆菌属(Halomonas)有15个OTUs,其对应序列数占总序列数的16.44%;交替赤杆菌属(Altererythrobacter)有9个OTUs,其对应序列数占总序列数的12.00%.不同产地的卤虫肠道菌群也存在一定差异,交替赤杆菌属和列文虎克菌属(Leeuwenhoekiella)在俄罗斯鄂木斯克卤虫肠道内的相对丰度显著高于我国巴里坤和渤海湾产地的卤虫(P<0.05,下同),微小杆菌属(Exiguobacterium)在我国巴里坤卤虫肠道内的相对丰度显著高于俄罗斯鄂木斯克地区和我国渤海湾产地的卤虫,而Idiomarina属仅在我国渤海湾卤虫肠道菌群中出现.[结论]卤虫肠道菌群构成与其生存的水体环境和摄食的饵料相关,因此可通过调整养殖水体环境和投喂饵料的一致性以提高肠道共有菌群的比例.卤虫肠道中参与食物消化吸收的有益菌群可作为今后研究卤虫生长机制的靶菌群.     

放线菌快速检测方法的反应体系及反应条件的优化

[目的]研究放线菌快速检测方法的PCR反应体系及反应条件的优化。[方法]以5种存在于16SrDNA序列中的放线菌特异性的特征序列为引物,通过对PCR反应体系和反应条件的优化,建立最佳扩增体系及反应条件,并对供试菌株进行测定,以验证该方法的可靠性。[结果]所采用的特异性引物能够有效检测出特定类群的放线菌,从而达到快速检测不同类群放线菌的目的。[结论]该方法可用于放线菌的快速检测,为放线菌的分类鉴定研究提供参考。     

禾本科植物内生真菌研究19:圆柱披碱草内生真菌的系统发育学研究

[目的]本文旨在确定圆柱披碱草(Elymus cylindricus)内生真菌的分类地位。[方法]选择5株分离自新疆、青海的圆柱披碱草内生真菌菌株,采用SDS法提取基因组DNA,利用选择性引物对其tub B和tef A基因片段进行扩增和克隆测序,下载NCBI中的相似序列并进行比对分析,用MEGA 6.0软件构建系统发育树。[结果]成功获得差异极小的各菌株序列,且tub B序列确认为仅1个拷贝,而2个菌株的tef A序列则有2个拷贝。在最大简约树上披碱草菌株的tef A和tub B第1拷贝均在EBY(Epichloe bromicola/E.yangzii)大支上,与E.sinica比较接近;tef A的第2拷贝与ETC(E.typhina complex)中的成员聚类。[结论]Epichloesp.-Elymus cylindricus是一个新的共生体组合。圆柱披碱草分离菌株为杂交起源的Epichloe属真菌,可能起源于E.bromicola(syn.E.yangzii)和E.sylvatica间的杂交。     

缢蛏致病菌假单胞菌的分子生物学分析

从患病缢蛏（Sinvnovacula constricta）中分离到一株病原菌,命名为1#菌株。采用传统方法提取菌株DNA,PCR扩增其16SrDNA基因片段、测序,得到该菌基因片段序列长度为1438bp。用MegAlign软件进行比对5种不同种细菌基因序列,构建进化树。16SrDNA产物序列分析结果表明：该菌株的16SrDNA的核苷酸序列与多株假单胞菌（Pseudomonas sp）的同源性为99％,在系统发育树上构成一个分支。在细菌系统发育分类学上,该菌株属于假单胞属,但与已定名的假单胞菌有一定的差异,与几种未定名的假单胞菌的亲缘关系最接近。对其分类地位的最后确定还需进一步的系统发育学分析。     

香菇超高压保鲜中腐败菌的分离与鉴定

[目的]分离、鉴定香菇超高压保鲜食品中的腐败菌。[方法]以稀释平板法和划线培养的手段,对香菇超高压保鲜食品中的腐败菌进行分离和纯培养,并对分离菌株进行形态鉴定、革兰氏染色、生理生化鉴定、16S rDNA测序、系统发育树分析。[结果]从样品中分离得到一株产芽孢菌,编号为MW1001;结合形态、生理生化和16SrDNA序列比对,该菌株与解淀粉芽孢杆菌和枯草芽孢杆菌亲缘关系最近,同源性分别为99.55%和99.24%。[结论]该研究为进一步改善香菇超高压保鲜方法提供理论基础。     

新疆泥火山中度嗜盐菌WS1的16S rDNA分析

[目的]了解在新疆泥火山群这一特殊生境条件下一株中度嗜盐菌种属关系。[方法]从新疆泥火山分离得到中度嗜盐菌WS1,测定其生理生化指标,并采用真细菌16SrDNA通用引物PCR扩增WS1菌株的16SrDNA,将得到的片段在NCBI Genbank数据库中通过Blast软件对其进行同源性检索,使用PHYLIP3.65软件构建系统发育树。[结果]该菌能够在浓度0～15%NaCl的条件下生长;PCR扩增得到的片段长度为1 423 bp;同源性比对表明,该菌株与多种涅斯捷连科氏菌的16S rDNA序列同源性高达99%;系统发育树显示WS1菌株与涅斯捷连科氏菌的亲缘关系最近。[结论]结合生理生化指标,初步确定WS1菌株可能是耐盐涅斯捷连科氏菌属的一个亚种。     

不同投饵密度对卤虫高密度养殖的影响

[目的]探讨一种用卤虫生物量百分比投饵进行卤虫高密度养殖的方法。[方法]用酵母作饵料,按卤虫体重的5%、7.5%、10.0%、12.5%比例投饵进行不换水卤虫高密度（1×104/L）养殖试验,研究不同投饵密度对卤虫高密度养殖透明度和生长发育的影响。[结果]5.0%卤虫生物量饵料密度组卤虫仅存活13 d,7.5%卤虫生物量饵料密度组卤虫仅存活14 d,10.0%卤虫生物量饵料密度以上组卤虫能存活至试验结束（17 d）。各饵料密度组间卤虫存活率随饵料密度增加而逐渐增加（P〈0.01）。卤虫体长随饵料密度的增加而逐渐增加（P〈0.01）。随着饵料密度的增加,卤虫体重逐渐增加。10.0%、12.5%卤虫生物量的投饵量为不换水卤虫高密度养殖可行饵料密度,12.5%卤虫生物量组比10.0%卤虫生物量组效果较好,但最终存活率和饵料系数均比10.0%组差。[结论]该研究为卤虫高密度养殖提供基本技术。     

一株抗生素制药工业废水高效降解菌筛选及生物特性研究

[目的]从抗生素废水处理的活性污泥中筛选出具有高效降解能力的菌株。[方法]从抗生素制药工业废水处理的活性污泥中分离到1株抗生素高效降解菌NG3,对其进行形态学、生理生化鉴定和16SrDNA序列比对分析,同时对该菌株的生物学特性进行初步研究。[结果]从抗生素制药工业废水处理的活性污泥中分离得到1株抗生素高效降解菌NG3,经形态学、生理生化鉴定和16SrDNA序列比对分析,确定该菌株属于不动杆菌属(Acinetobacter sp.),命名为Acinetobacter sp.NG3。[结论]为抗生素类工业废水高效处理提供借鉴。     

小菇一种Mycena sp.的DNA提取及测序

[目的]为新野生真菌小菇一种Mycenasp.的分类提供依据。[方法]采集到一种新的野生真菌,经形态学观察初步确定为小菇一种Mycenasp.。对该真菌进行了DNA提取、18SrDNA的PCR扩增与产物回收、琼脂糖凝胶电泳检测和测序等一系列分子生物学研究,对其基因序列进行了Blast比对和同源性数据检索。[结果]利用通用引物进行18SrDNA的PCR扩增,可获得约1.8 kb的扩增片段。通过序列分析,对回收后的产物进行鉴定,确定其为18SrDNA基因序列。通过对小菇一种Mycenasp.的18SrDNA基因序列进行Blast比对和同源性数据检索,发现其与白蘑属、毛伞属和脐伞属的亲缘关系最近。[结论]可推测该野生真菌为担子菌亚门、层菌纲、伞菌目、白蘑科一种,并结合其形态特征,暂时确定为小菇一种Mycenasp.。     

肠艾美尔球虫单卵囊分离及ITS-1序列测定

[目的]建立一种有效的鉴定球虫种类分子生物学方法。[方法]采用单卵囊分离技术,分离肠艾美尔球虫,提取卵囊基因组DNA。根据GenBank中发表的艾美尔属球虫18SrDNA和5.8SrDNA序列,设计特异性引物,扩增内转录间隔区1（ITS-1）,PCR产物直接测序。[结果]成功分离出肠艾美尔球虫,PCR扩增出434bp清晰条带,且最低能检测出27个孢子化卵囊。[结论]该研究结果为球虫虫种及虫株的准确鉴定奠定了基础。     

一株中度嗜盐菌新种LYG2#的分离与鉴定

[目的]对一株从连云港青口卤水中分离纯化出的细菌LYG2#进行分类学鉴定。[方法]通过16S rRNA基因序列比对、系统发育分析和一系列生理生化指标测定对该细菌LYG2#进行鉴定。[结果]该菌为革兰氏阴性菌,菌落形态为圆形,粉红色。电镜下观察菌体为螺旋状,长1.50~2.00μm,宽0.24μm。LYG2#最适生长盐浓度为9.6%,最适生长温度为32℃,最适pH为8.5。通过16S rRNA基因序列比对,发现其与Spiribacter salinus M19-40~T的相似度最高,为95.98%。菌株LYG2#在中国科学院的保藏号为CGMCC 1.12136,Gen Bank序列登录号为JQ087462。[结论]分离的菌株LYG2#为一株中度嗜盐菌,是Spiribacter属的一个新种资源。     

一株产蛋白酶地衣芽孢杆菌的分离与鉴定

[目的]对产蛋白酶的地衣芽孢杆菌进行分离与鉴定。[方法]从饲料样品中筛选出产蛋白酶的菌株,对其进行形态和生理生化特征鉴定,并构建该菌株的16S rDNA系统发育树。[结果]分离到的菌株GW201205与地衣芽孢杆菌(Bacillus licheniformis)的生理生化特征相同,且其16S rDNA序列与B.licheniformis相似性最高。[结论]可将试验分离到的菌株GW201205初步鉴定为B.licheniformis。     

相似穿孔线虫伴生细菌群落多样性研究

[目的]揭示相似穿孔线虫伴生细菌群落物种丰度及其细菌多样性。[方法]通过构建细菌16S rDNA克隆文库,对阳性克隆进行ARDRA分析和构建系统发育树。[结果]依据97%序列相似性划分OTU,构建的细菌16S rDNA文库包含13个OTU,分别属于Alpha-proteobacteria、Betaproteobacteria和Gammaproteobacteria,其中优势菌群为Betaproteobacteria,特别是Burkholderia为优势细菌。[结论]相似穿孔线虫的伴生细菌多样性较高,这些细菌可能对相似穿孔线虫具有一定的生态意义。     

BIOLOG自动微生物鉴定系统在水产动物病原菌检测中的应用

[目的]了解BIOLOG自动微生物鉴定系统对水产动物病原菌鉴定结果的可靠性,为水产动物细菌性疾病的诊断提供参考。[方法]选用BIOLOG自动微生物鉴定系统对9株分离自发病水产动物的病原菌进行鉴定,同时采用16S rDNA序列分析对其中的4株进行鉴定,比较2种鉴定结果的符合率。[结果]采用自动微生物鉴定系统对9株病原菌进行鉴定均取得良好结果,采用16S rDNA序列分析对4株病原菌进行鉴定的结果与应用自动微生物鉴定系统所得结果完全一致,二者符合率为100%。[结论]应用BIOLOG自动微生物鉴定系统对水产动物病原菌进行鉴定具有操作简便、快速、准确等特点,是实验室鉴定水产动物病原菌的一种可行方法。     

1株感染肉牛的鲍氏不动杆菌的分离与鉴定

[目的]从疑似患有支原体肺炎肉牛中分离出致病菌,并对其进行鉴定。[方法]从爆发牛支原体肺炎的某牛场病牛肺组织中分离致病菌,并对其进行致病性检测和药敏试验。通过16S rDNA序列测定与系统进化分析,进行病原菌的鉴定。[结果]除分离到牛支原体外,还分离到1株致病性细菌FC-1。该菌革兰氏染色为阴性,球杆状,对大环内酯类药物具有耐药性,对氨基糖苷类及喹诺酮类抗生素敏感。16S rDNA序列测定结果表明该菌为1株鲍氏不动杆菌。[结论]导致牛支原体肺炎的病原除牛支原体外,还可能存在其他病原的混合感染。     

我国部分区域链格孢属rDNA ITS区序列分析

1材料与方法 1．1菌株来源菌株来源见表1。 1．2菌丝体培养将链格孢菌株接种到PDA培养基上,25℃恒温、倒置培养7d左右,用灭菌的刀片将菌丝从培养基上刮下,以备DNA提取用。     

养殖大菱鲆腹水病病原菌的分离与鉴定

[目的]从养殖大菱鲆中分离腹水病病原菌,并对其进行鉴定。[方法]从山东半岛2个不同的养殖场腹水病发病大菱鲆体内分离病原菌,并通过常规生理生化试验和16S r DNA基因序列对比对其进行鉴定。[结果]共分离到2株优势细菌。常规生理生化特征分析表明,这2株菌分别与鲨鱼弧菌(Vibrio carchiariae)和大菱鲆弧菌(Vibrio scophthalmi)表性特征非常相似。系统发育树分析表明这2株菌与鲨鱼弧菌(Vibrio carchiariae)和大菱鲆弧菌(Vibrio scophthalmi)的亲缘关系最近。[结论]这2株细菌被鉴定为鲨鱼弧菌(Vibrio carchiariae)和大菱鲆弧菌(Vibrio scophthalmi)。     

嗜水气单胞菌的分离与16S rDNA鉴定

[目的]分离并鉴定鱼嗜水气单胞菌,并构建系统发育分析.[方法]从云南某鱼场采集发病鱼的病变组织进行细菌分离与培养,并对分离菌株进行初步鉴定、16S rDNA鉴定和系统发育分析.[结果]分离培养到1株细菌,命名为Ah1305.经表型鉴定、生化试验及16S rDNA系统发育分析,鉴定为嗜水气单胞菌.[结论]该研究可为快捷、准确检测鱼嗜水气单胞引起的疾病提供参考.     

高效氯氰菊酯降解菌BCC01的分离鉴定研究

[目的]分离鉴定高效氯氰菊酯降解菌。[方法]从拟除虫菊酯农药污水淤泥中,分离得到15株芽孢杆菌,通过降解HPLC测定降解活性,其中1株对高效氯氰菊酯具有较高活性,对其进行形态、生理生化16S rDNA聚类分析鉴定其种属。[结果]该菌株命名为BCC01,鉴定为蜡样芽孢杆菌,能够以高效氯氰菊酯为唯一碳源生长,4 d内对50 mg/L的高效氯氰菊酯降解率为86.8%。[结论]BCC01是对高效氯氰菊酯具有高降解活性的蜡样芽孢杆菌。