羊口疮病毒ORFV113蛋白的主要特性及B细胞和T细胞抗原表位预测

为了预测羊口疮病毒ORFV113蛋白的主要特性及其优势B细胞和T细胞抗原表位，分别利用在线软件ProtParam预测ORFV113蛋白的理化性质，DeepTMHMM预测其跨膜区，SignalP 6.0预测其信号肽，SOPMA预测其二级结构，PSORT预测其亚细胞定位，ABCpred预测其优势B细胞表位，IEDB预测其优势细胞毒性T细胞表位。结果：ORFV113蛋白由208个氨基酸组成，为不稳定亲水性蛋白，分子质量约22.08 ku,理论等电点(PI)为4.36,在3～25 aa处存在1个跨膜区，不含信号肽，主要定位于细胞质膜；ORFV113蛋白的二级结构由延伸链(16.35%)、α-螺旋(23.08%)、β-转角(4.81%)、无规则卷曲(55.77%)组成；ORFV113蛋白存在11个优势B细胞表位，分别位于164～179 aa、62～77 aa、132～147 aa、120～135 aa、138～153 aa、101～116 aa、56～71 aa、188～203 aa、175～190 aa、49～64 aa、108～123 aa;存在3个优势T细胞表位，分别位于63～71 aa、...     

BVDV新疆分离株非结构蛋白NS3生物信息学分析

为了了解牛病毒性腹泻病毒(BVDV)非结构蛋白NS3的基本结构与生物学功能,试验利用Protparam,ProtScale,TMHMM,SignalP,Virus-mPLoc,SOPMA,Phyre 2,NetOGlyc 4.0 Server,NetPhos 3.1 Server,NetAcet 1.0 Server,Predicting Anti-genic Peptides,ABCpred,NetMHCIIpan 3.1 Server等软件,对BVDV新疆分离株非结构蛋白NS3进行生物信息学分析,包括NS3蛋白的理化性质、亲水性、跨膜区、信号肽和亚细胞定位,预测二级结构和三级结构、抗原决定簇、潜在的B细胞抗原表位和T细胞抗原表位,评估糖基化、磷酸化和乙酰化修饰位点。结果表明:BVDV新疆分离株(GenBank登录号为JN704144.1)的非结构蛋白NS3共有683个氨基酸,包含20种氨基酸,分子式为C_(3338)H_(5328)N_(914)O_(1009)S_(27),相对分子质量为75 274.16,理论等电点为8.15。266个氨基酸参与无规律卷曲的形成,213个氨基酸参与α-螺旋的形成,147个氨基酸参与延伸链的形成,57个氨基酸参与β-转角的形成;构建的三级结构模型可信度为100%,蛋白覆盖率为91%;该蛋白质含有20个潜在的糖基化修饰位点,74个磷酸化修饰位点。该蛋白含有26个潜在抗原决定簇,其中B细胞抗原表位7个。对非结构蛋白NS3的CD_4~+抗原表位进行预测,得到78个肽段,其中有15个强结合肽段和63个弱结合肽段。说明该蛋白具有较好的免疫原性,为亲水性蛋白,无跨膜区和信号肽,定位于宿主的细胞质中。     

羊传染性脓疱病毒NZ2毒株CBP蛋白结构分析与表位预测

本研究应用生物信息学方法,以ORFV NZ2毒株的CBP蛋白氨基酸序列为研究对象,对CBP蛋白的理化特性、亲水性、跨膜区、信号肽、二级结构、三级结构、B细胞表位和T细胞表位进行了预测分析。结果显示,CBP蛋白的相对分子质量为31.179 89 kDa,理论等电点为4.68,半衰期为30 h,稳定系数为43.06,脂肪族指数为81.78,总平均亲水性为-0.383。CBP蛋白为亲水性蛋白,无跨膜区,不属于跨膜蛋白,存在信号肽;二级结构中α螺旋、β折叠、β转角、无规卷曲分别占38.11%、33.91%、5.94%和10.48%,三级结构形似倒立的哑铃,上下对称。筛选出了6个优势B细胞表位、3个CTL细胞表位,无Th细胞表位。CBP蛋白为亲水性膜外蛋白,细胞表位较少,在细胞膜外为ORFV逃避宿主免疫反应发挥作用。本研究为CBP蛋白的功能研究与ORFV的致病机制研究提供了理论依据。     

鹅源副黏病毒NA-1株F蛋白抗原表位预测和三维结构建模

以鹅源副黏病毒NA-1株F蛋白的氨基酸序列为基础,分析预测蛋白的理化性质、三维结构与B细胞的抗原表位。运用生物信息学方法及手段对NA-1株F蛋白的理化性质、亲疏水性、可及性、信号肽、跨膜结构域、二级结构等方面进行分析,预测其抗原表位。同时利用同源建模法预测其三维空间结构。结果NA-1株F蛋白存在多个潜在的抗原表位位点。该研究为进一步通过试验方法确定其优势表位和从结构出发了解其生物学功能提供了理论依据。     

犬瘟热病毒N蛋白的B细胞抗原表位预测

将1段犬瘟热病毒N蛋白氨基酸序列（GenBank编号为：AEV77096．1）与GenBank登录的其他氨基酸序列进行比对,分析其同源性;通过DNAStar生物信息学分析软件中的Protean模块及The PredictProteinserver在线蛋白分析工具预测犬瘟热病毒N蛋白的理化性质、二级结构、亲水性、表面可及性、柔韧性、抗原指数、跨膜螺旋、蛋白相互作用位点、蛋白功能位点等特性,并预测其B细胞优势抗原表位。结果显示,犬瘟热病毒N蛋白具有规则的二级结构、亲水性、柔韧性片段多,多处于表面可及性大,抗原指数高,蛋白质相互作用位点区域。潜在的B细胞优势抗原表位为12～18、61～66、243～246、410～415、421～429、434～447、452～456、480～487氨基酸序列。结果表明,本试验预测了犬瘟热病毒N蛋白的B细胞优势抗原表位,为进一步设计犬瘟热病毒的诊断抗原多肽、免疫用抗原多肽和研发血清学检测试剂盒奠定了理论基础。     

口蹄疫病毒非结构蛋白3B的生物信息学分析

为详细了解口蹄疫病毒(Foot-and-mouth disease virus,FMDV)非结构蛋白3B的基本结构与功能,试验采用生物信息学方法研究了非结构蛋白3B的一般理化性质、亲疏水性、跨膜区、信号肽、糖基化位点、磷酸化位点、二级结构、三级结构、潜在的抗原表位,并对该蛋白进行了多重序列比对。结果表明:在NCBI数据库中检索到39个中国上传的口蹄疫病毒非结构蛋白3B序列,其中从新疆地区获得的分离株1株(Akesu/58),属于O型毒株,非结构蛋白3B具有71个氨基酸,分子式为C_(356)H_(596)N_(98)O_(93)S_1,相对分子质量为7 769.31,等电点为10.11,带负电荷氨基酸残基总数为6个,带正电荷氨基酸残基总数为16个,不稳定指数为28.67;亲水性平均系数为-0.731,无跨膜区,无信号肽;无糖基化位点,该蛋白在氨基酸序列第26位和第50位各存在1个酪氨酸磷酸化位点;二级结构延伸链占所有氨基酸比例的23.94%,β-折叠占所有氨基酸比例的4.23%,无规则卷曲占所有氨基酸比例的71.83%;三级结构蛋白覆盖率只有28%,可信度为10%;非结构蛋白3B有3个抗原决定簇,具有6个优势的B细胞抗原表位,4个优势的CD_8~+抗原表位,1个强结合多肽段和14个弱结合多肽段的CD_4~+抗原表位;非结构蛋白3B与NCBI公布的中国O型、A型和Asia 1型血清型核苷酸序列同源性分别为94.24%、91.55%和97.48%,氨基酸序列同源性分别为97.29%、92.96%、98.49%。说明非结构蛋白3B基因编码的蛋白质为亲水性蛋白,结构较为松散,同源性高,且具有保守的抗原决定簇,可作为区分疫苗接种和自然感染抗体诊断方法的候选蛋白靶标。     

弓形虫天冬氨酸蛋白酶2(TgASP2)的生物信息学分析及多克隆抗体的制备

为了预测分析弓形虫天冬氨酸蛋白酶2(TgASP2)的生物结构及功能,并制备多克隆抗体,试验首先采用生物信息学软件对TgASP2蛋白的理化性质、二级结构、三级结构、信号肽、跨膜结构域、磷酸化位点及B、T淋巴细胞抗原表位等进行分析,然后构建原核表达载体,采用Ni-NTA柱亲和层析法纯化重组蛋白,再免疫大鼠制备特异性多克隆抗体。结果表明：TgASP2蛋白的分子式为C₂₂₉₆H₃₅₈₈N₆₂₆O₆₆₁S₂₄,等电点为7.22,为亲水性稳定蛋白;N端第1～19位氨基酸为信号肽序列,无跨膜结构域,共有37个磷酸化位点;具有14个B淋巴细胞线性表位、4个CTL细胞抗原表位及3个Th细胞抗原表位。试验成功构建出重组质粒pET-28a(+)-TgASP2,获得了可溶性重组蛋白rTgASP2;成功制备出多克隆抗体,且制备的多克隆抗体能特异性识别弓形虫内源性TgASP2蛋白,抗体效价高达1∶128 000。说明TgASP2蛋白具有一定的免疫原性,能引发良好的免疫应答。     

产气荚膜梭菌β毒素蛋白抗原表位预测及CPB-N蛋白免疫原性分析

为获得具有与β毒素蛋白相同免疫原性的新蛋白,本研究对产气荚膜梭菌β毒素蛋白的氨基酸序列进行综合分析,预测其抗原表位并筛选出有效的新蛋白。采用生物信息学方法综合分析β毒素蛋白二级结构、亲水性、可塑性、抗原性、跨膜区域以及信号肽,同时参考ElliPro服务器在线预测。最终预测aa108～aa320区段为优势抗原表位,在此基础上建立β毒素蛋白三维结构模型,标记特殊位点并筛选出B型产气荚膜梭菌新蛋白(CPB-N)。诱导表达CPB-N后通过SDS-PAGE和western blot鉴定,结果显示在约24 ku处有明显条带。采用间接ELISA方法对免疫小鼠的血清和肠道灌洗液样品进行检测,结果表明CPB-N与β毒素蛋白的免疫原性基本相同。CPB-N蛋白的筛选及预防产气荚膜梭菌引起的疾病奠定了重要的研究基础。     

新型鸭呼肠孤病毒QY株σB蛋白基因特征、二级结构预测及其细胞抗原表位分析

本研究旨在对新型鸭呼肠孤病毒（NDRV）QY株σB蛋白的遗传变异规律和结构及功能进行分析。从GenBank数据库中获取QY株和25株参考株的σB蛋白编码序列,通过Mega 6.0软件进行序列比对分析和系统进化树构建;使用Datamonkey软件进行选择压力分析;运用生物信息学软件预测QY株σB蛋白二级结构功能及B细胞和T细胞抗原表位。相似性分析结果显示,NDRV QY株与国内其他地区分离的鸭呼肠孤病毒（DRV）氨基酸相似性达到94.9%~98.9%,与禽呼肠孤病毒（ARV）及番鸭呼肠孤病毒（MDRV）的相似性仅为66.5%~68.4%和67.6%~68.4%;选择压力分析显示,σB蛋白承受净化选择压力,但存在一个正向选择位点;σB蛋白属于亲水蛋白,不具有信号肽和跨膜区,含有潜在的O-糖基化位点;结构预测分析显示,σB蛋白具有α-螺旋、β-折叠、β-转角及无规则卷曲等丰富的二级结构;表位分析显示,σB蛋白含有潜在的B细胞和T细胞抗原表位。本研究成功进行了QY株σB蛋白的基因特征和结构功能预测及其细胞表位分析,为深入了解该蛋白的免疫学特性及研发NDRV新型疫苗奠定了基础。     

猫泛白细胞减少症病毒北京株NS1基因克隆与生物信息学分析

为分析猫泛白细胞减少症病毒（FPV）北京株（FPV-BJ 05株）NS1基因的分子特征及其编码蛋白的生物学功能,本研究对FPV-BJ 05株NS1基因进行PCR扩增、克隆及序列测定。应用生物信息学软件分析FPV-BJ 05株与GenBank上登录的11株FPV参考株NS1基因的同源性,并预测NS1蛋白理化性质、信号肽、跨膜结构、B细胞抗原表位、磷酸化位点、亚细胞定位及蛋白结构与功能、高级结构等。结果显示,NS1基因全长2 007 bp,编码668个氨基酸,且与其他FPV分离株NS1基因核苷酸序列同源性为98.8%~99.3%,氨基酸序列同源性为97.9%~98.8%。系统进化树分析结果显示,FPV-BJ 05株NS1蛋白与GenBank上登录的3株FPV参考株处于同一大分支,但由于氨基酸的突变导致其属于独立的一小分支。NS1蛋白既无信号肽也无跨膜结构域,属于非分泌型的疏水性蛋白。B细胞抗原表位预测结果显示,NS1蛋白柔韧性较好,抗原性及表面可及性较高,预测该蛋白含有13个优势抗原位点。修饰结构预测表明,NS1蛋白含有62个潜在磷酸化位点,27个O-糖基化位点和2个N-糖基化位点。亚细胞定位结果显示,NS1蛋白在细胞质和细胞核的概率较高,分别为69.6%和17.4%。NS1蛋白二级结构中α-螺旋、延伸链、无规则卷曲和β-转角分别占39.37%、15.42%、39.37%和5.84%。应用在线软件SWISS-Modle对NS1蛋白进行建模,预测其三级结构,结果发现NS1蛋白主要以α-螺旋为主。本试验结果将为北京地区FPV免疫诊断及核酸疫苗研究提供理论依据。     

羊传染性脓疱病毒OVIFNR蛋白结构分析与B细胞表位预测

本研究应用生物信息学方法,预测分析羊传染性脓疱病毒(ORFV)的OVIFNR蛋白结构与B细胞抗原表位。从羊传染性脓疱病羊嘴唇结痂中扩增出ORFV的OVIFNR基因序列并进行测序鉴定,上传至NCBI;应用生物信息学软件,将扩增所得的OVIFNR基因序列和GenBank公布的参考序列,在核苷酸和氨基酸水平上进行同源性分析和遗传进化树构建,并对OVIFNR蛋白分子的理化特性、跨膜区、信号肽、亲疏水性、二级结构、三级结构和B细胞抗原表位进行预测分析。结果显示:所扩增序列与Hoping和Nantou毒株的OVIFNR基因核苷酸序列和氨基酸序列同源性分别为99.6%和100%;通过遗传进化树发现,所扩增序列的毒株与Hoping、ShanX、Nantou毒株处于同一分支;OVIFNR蛋白的理论等电点为4.83,半衰期为30 h,脂肪族指数77.92,总平均疏水性为–0.181,无跨膜区和信号肽,不属于跨膜蛋白;二级结构中α螺旋、β折叠、β转角、无规卷曲分别占68.64%、7.56%、15.13%、9.18%,筛选出了8个优势B细胞表位;OVIFNR蛋白为亲水性蛋白,含有较多B细胞表位,具有抗原性,可以作为ORFV检测的新靶点。本研究为OVIFNR蛋白的功能研究和ORFV检测方法的建立提供了理论依据。     

新型鸭呼肠孤病毒QY株σB蛋白基因特征、二级结构预测及其细胞抗原表位分析

本研究旨在对新型鸭呼肠孤病毒(NDRV) QY株σB蛋白的遗传变异规律和结构及功能进行分析。从GenBank数据库中获取QY株和25株参考株的σB蛋白编码序列,通过Mega 6.0软件进行序列比对分析和系统进化树构建;使用Datamonkey软件进行选择压力分析;运用生物信息学软件预测QY株σB蛋白二级结构功能及B细胞和T细胞抗原表位。相似性分析结果显示,NDRV QY株与国内其他地区分离的鸭呼肠孤病毒(DRV)氨基酸相似性达到94.9%～98.9%,与禽呼肠孤病毒(ARV)及番鸭呼肠孤病毒(MDRV)的相似性仅为66.5%～68.4%和67.6%～68.4%;选择压力分析显示,σB蛋白承受净化选择压力,但存在一个正向选择位点;σB蛋白属于亲水蛋白,不具有信号肽和跨膜区,含有潜在的O-糖基化位点;结构预测分析显示,σB蛋白具有α-螺旋、β-折叠、β-转角及无规则卷曲等丰富的二级结构;表位分析显示,σB蛋白含有潜在的B细胞和T细胞抗原表位。本研究成功进行了QY株σB蛋白的基因特征和结构功能预测及其细胞表位分析,为深入了解该蛋白的免疫学特性及研发NDRV新型疫苗奠定了基础。     

羊口疮病毒B2L蛋白抗原表位预测及重组蛋白设计与验证

为得到羊口疮病毒（ORFV）B2L蛋白的可能抗原表位及截短后高效表达的表位蛋白，本试验采用DNAStar、Mega 7.0等软件对部分NCBI已登录的B2L基因序列进行分析，并应用不同在线服务器对其编码蛋白的信号肽、跨膜区、细胞毒性T细胞表位、辅助性T细胞表位、B细胞表位和二级结构进行预测，同时参考多模板进行三级结构预测，综合抗原表位、亲水性、表面可及性和抗原指数等主要预测数据进行抗原位点分析及融合His·tag抗原表位蛋白的设计，构建并原核表达截短后高效表达的表位蛋白。结果显示，得到了几个可能的优质抗原表位，分别为88-93、133-138、172-175、251-254、311-313和370-377位氨基酸；纯化并复性的蛋白以多聚体形式存在；Western blotting结果显示，其具有良好的反应原性。该研究确定了ORFV B2L蛋白抗原位点，构建并原核表达了截短后高效表达的表位蛋白，为羊口疮诊断制剂及亚单位疫苗的研究奠定了基础。     

弓形虫致密颗粒蛋白GRA12的生物信息学分析

为分析并预测弓形虫致密颗粒蛋白GRA12基因编码蛋白的结构、功能以及其作为疫苗候选抗原的可能性,本研究从Gen Bank数据库获取GRA12基因序列,通过在线蛋白分析专家系统(Expasy)并结合GENERUNR、DNAStar、DNAMAN等生物信息学分析软件对GRA12序列的编码区进行分析、对该基因编码蛋白质的理化性质、信号肽、跨膜结构域、二级结构、亲/疏水性、抗原表位等信息预测。结果表明:该基因全长1 311 bp,编码436个氨基酸,蛋白性质稳定,理论分子质量约为47.8 ku,无信号肽,有6个跨膜区,14个丝氨酸磷酸化位点、7个苏氨酸磷酸化位点、3个酪氨酸磷酸化位点、18个O-糖基化位点、3个乙酰化蛋白附着位点、1个酪氨酸硫酸化位点、1个潜在的N-糖基化位点、1个棕榈酰化位点,15个潜在的抗原表位。研究结果分析说明GRA12有潜力成为弓形虫疫苗候选抗原。     

骆驼斯氏副柔线虫NCC基因原核表达载体的构建及生物信息学分析

本试验旨在构建原核表达载体pET30a(+)-NCC,对斯氏副柔线虫NCC基因特性进行生物信息学分析。应用RT-PCR技术扩增斯氏副柔线虫NCC基因,将其克隆至原核表达载体pET-30a(+),利用生物信息学软件对序列结构与抗原表位进行分析。结果显示,NCC基因全长711bp,编码237个氨基酸,蛋白质理论大小值为25.252ku,理论等电点为6.33,蛋白质不稳定指数为40.08;跨膜结构和信号肽分析表明NCC蛋白存在1个跨膜区,无信号肽区域,其磷酸化位点分布位于丝氨酸(Ser)、苏氨酸(Thr)和酪氨酸(Tyr)残基上。NCC蛋白是一种抗原性较高的亲水性蛋白,既含有较多潜在的B细胞抗原表位又存在较多的T细胞抗原表位,本试验为斯氏副柔线虫诊断方法的建立及免疫防控提供参考。     

猪链球菌重组靶向表位蛋白DCpep-GSE的构建及细胞毒性检测

试验旨在构建pET28a-DCpep-GSE原核表达载体，并制备猪链球菌（Streptococcus suis）重组表位蛋白。应用生物信息学方法预测猪链球菌保护性抗原三磷酸甘油醛脱氢酶（GAPDH）、烯醇化酶（Enolase）、DNA核酸酶（SsnA）的跨膜区结构、信号肽、B细胞表位、辅助T细胞（Th细胞）表位及蛋白的二级结构；设计重组蛋白（DCpep-GSE蛋白）的氨基酸序列并分析其理论等电点、亲疏水性等理化性质；构建重组原核表达载体pET28a-DCpep-GSE，转化大肠杆菌BL21（DE3）感受态细胞，优化诱导表达条件，His镍柱纯化并检测目的蛋白的细胞毒性和溶血性。结果显示，SsnA蛋白第1-50及1 036-1 059位氨基酸为胞内或跨膜片段，第1-56位氨基酸为信号肽片段，GAPDH和Enolase无跨膜区及信号肽；B细胞和Th细胞表位处于二级结构中的无规则卷曲与β-转角区域，表位抗原性良好；DCpep-GSE蛋白共373个氨基酸，分子质量为45.3 ku，理论等电点（pI）为4.57，平均亲水性（GRAVY）为-0.677，属于酸性亲水性蛋白；质粒双酶切得到5 369 bp的载体条带和1 131 bp的目的条带，PCR扩增产物测序结果与设计序列一致，载体构建正确；以1 mmol/L IPTG于37 ℃诱导6 h蛋白表达量最高，超声破碎后得到可溶性蛋白；试验组蛋白浓度为500 μg/mL时，RAW264.7、PK15和MARC145细胞的相对增殖率分别达到92.3%、99.5%和99.7%，细胞形态与对照组一致，生长旺盛；各样品组的溶血率均<5%。本研究设计了重组蛋白DCpep-GSE，成功地表达和纯化了DCpep-GSE蛋白，并验证了其安全性，为后续猪链球菌病亚单位疫苗的研制奠定了基础。     

弓形虫丝裂原活化蛋白激酶1基因编码蛋白结构与功能的生物信息学分析

为了分析并预测弓形虫丝裂原活化蛋白激酶1(Tg MAPK1)基因编码蛋白的结构与功能,探讨其作为疫苗候选抗原及潜在药物靶点的可能性,试验从Gen Bank数据库获取Tg MAPK1基因序列,采用在线蛋白分析专家系统(http://ca.expasy.org/),结合DNAMAN、DNAStar等生物信息学软件对该序列的编码区进行分析,预测该基因编码蛋白质的理化性质、翻译后修饰位点、功能域、亚细胞定位、二级结构、亲/疏水性、抗原表位等。结果表明:该基因全长为1 772 bp,编码区为133~1 731 bp,编码532个氨基酸。编码蛋白性质稳定,理论分子质量为58.376 ku。Tg MAPK1蛋白有5个跨膜区,有3个N端糖基化位点、7个蛋白激酶C磷酸化位点、8个酪氨酸激酶磷酸化位点、2个环腺苷酸蛋白激酶磷酸化位点、10个N端肉豆蔻酰化位点及1个酰胺化位点;无信号肽,二级结构以无规卷曲为主;Tg MAPK1基因主要存在于弓形虫虫体外膜上,有20个潜在的抗原表位。说明弓形虫Tg MAPK1基因编码蛋白为可溶性蛋白,有多个抗原表位,具有免疫原性,可作为弓形虫病疫苗候选抗原。     

猫泛白细胞减少症病毒北京株NS1基因克隆与生物信息学分析

为分析猫泛白细胞减少症病毒(FPV)北京株(FPV-BJ 05株)NS1基因的分子特征及其编码蛋白的生物学功能,本研究对FPV-BJ 05株NS1基因进行PCR扩增、克隆及序列测定。应用生物信息学软件分析FPV-BJ 05株与GenBank上登录的11株FPV参考株NS1基因的同源性,并预测NS1蛋白理化性质、信号肽、跨膜结构、B细胞抗原表位、磷酸化位点、亚细胞定位及蛋白结构与功能、高级结构等。结果显示,NS1基因全长2 007bp,编码668个氨基酸,且与其他FPV分离株NS1基因核苷酸序列同源性为98.8%～99.3%,氨基酸序列同源性为97.9%～98.8%。系统进化树分析结果显示,FPV-BJ 05株NS1蛋白与GenBank上登录的3株FPV参考株处于同一大分支,但由于氨基酸的突变导致其属于独立的一小分支。NS1蛋白既无信号肽也无跨膜结构域,属于非分泌型的疏水性蛋白。B细胞抗原表位预测结果显示,NS1蛋白柔韧性较好,抗原性及表面可及性较高,预测该蛋白含有13个优势抗原位点。修饰结构预测表明,NS1蛋白含有62个潜在磷酸化位点,27个O-糖基化位点和2个N-糖基化位点。亚细胞定位结果显示,NS1蛋白在细胞质和细胞核的概率较高,分别为69.6%和17.4%。NS1蛋白二级结构中α-螺旋、延伸链、无规则卷曲和β-转角分别占39.37%、15.42%、39.37%和5.84%。应用在线软件SWISS-Modle对NS1蛋白进行建模,预测其三级结构,结果发现NS1蛋白主要以α-螺旋为主。本试验结果将为北京地区FPV免疫诊断及核酸疫苗研究提供理论依据。     

生物信息学软件预测猪氨基肽酶N功能与结构

[目的] 研究猪δ冠状病毒（PDCoV）入侵宿主细胞的感染机制,对其特异性受体猪氨基肽酶N基因编码蛋白功能与结构进行分析。[方法] 通过多种生物信息学软件对pAPN蛋白的理化特性、亲疏水性、信号肽、跨膜区、糖基化位点、抗原表位、功能结构域及结构特征等进行预测分析。[结果] pAPN基因总长为2 892 bp,编码963个氨基酸;其中,第35~963位氨基酸为膜外蛋白区,不含信号肽但包含2个典型的功能结构域。pAPN蛋白共有23个糖基化修饰位点和42个抗原表位。pAPN蛋白胞外域空间结构为二聚体,每个单体均可分为Ⅰ~Ⅳ 4个结构域。[结论] 该研究为了解pAPN蛋白与多种猪肠道冠状病毒相互作用的机制提供了思路。     

鹅细小病毒非结构蛋白和结构蛋白的二级结构及B细胞抗原表位预测

利用DNAStar软件包中的Editseq将GPV H1株非结构蛋白和结构蛋白核苷酸序列翻译成氨基酸序列,然后利用Protean软件进行氨基酸序列分析,分别预测结构蛋白和非结构蛋白的二级结构及B细胞抗原表位。结果表明,GPVH1株非结构蛋白和结构蛋白具有丰富的二级结构和多处抗原指数较高的区段,其中非结构蛋白的NS2和结构蛋白的VP3含有较多的潜在的B细胞优势抗原表位。