犬瘟热病毒N蛋白的B细胞抗原表位预测

将1段犬瘟热病毒N蛋白氨基酸序列(GenBank编号为:AEV77096.1)与Gen Bank登录的其他氨基酸序列进行比对,分析其同源性;通过DNAStar生物信息学分析软件中的Protean模块及The PredictProtein server在线蛋白分析工具预测犬瘟热病毒N蛋白的理化性质、二级结构、亲水性、表面可及性、柔韧性、抗原指数、跨膜螺旋、蛋白相互作用位点、蛋白功能位点等特性,并预测其B细胞优势抗原表位。结果显示,犬瘟热病毒N蛋白具有规则的二级结构、亲水性、柔韧性片段多,多处于表面可及性大,抗原指数高,蛋白质相互作用位点区域。潜在的B细胞优势抗原表位为12¹8、6118、61⁶6、24366、243²46、410246、410⁴15、421415、421⁴29、434429、434⁴47、452447、452⁴56、480456、480⁴87氨基酸序列。结果表明,本试验预测了犬瘟热病毒N蛋白的B细胞优势抗原表位,为进一步设计犬瘟热病毒的诊断抗原多肽、免疫用抗原多肽和研发血清学检测试剂盒奠定了理论基础。     

蓝舌病病毒VP7蛋白的B细胞表位预测

根据前期试验中测得的蓝舌病病毒VP7蛋白的基因序列和推导的氨基酸序列,利用DNAStar软件和Biosun软件进行生物信息学预测,以单参数(亲水性、可及性、柔韧性、抗原性)预测为基础,结合二级结构预测来综合分析蓝舌病病毒VP7蛋白的B细胞表位.比较两种软件的预测结果发现,在蓝舌病病毒VP7蛋白的381个氨基酸序列中,第81～85、198～202、235～239、253～257区域有较好的亲水性、表面可及性和较高的抗原指数,并且在二级结构上含有易形成抗原表位的转角和无规则卷曲,最有可能为蓝舌病病毒VP7蛋白的B细胞线性优势表位.上述预测和判定结果表明,在蓝舌病病毒VP7蛋白序列中存在优势B细胞线型表位,为进一步合成多肽并分析已获得的VP7蛋白单抗的结合表位奠定了基础.     

狐貉源犬瘟热病毒F蛋白基因的二级结构及其B细胞抗原表位预测

以犬瘟热病毒基因组序列为材料,采用Garnier-Robson、Chou-Farsman和Karplus-Schultz方法预测了其结构蛋白的二级结构,用Kyte-Doolittle方法对结构蛋白的亲水性进行了分析,用Emini方法预测了结构蛋白的表面可及性,以Jameson-Wolf方法预测了蛋白的抗原指数,综合评价了犬瘟热病毒F蛋白的B细胞抗原表位。结果表明:F蛋白N端含有抗原指数较高的区域,提示可能含有潜在的B细胞优势抗原表位。     

鸭肝炎病毒VP1蛋白B细胞抗原表位预测及变异分析

以鸭肝炎病毒(DHV)SN株VP1基因序列为基础,运用Garnier-Robson、Chou-Fasman和Karplus-Schulz方法预测VP1蛋白的二级结构,并分别运用Kyte-Doolittle方法、Jameson-Wolf方法和Emini方法预测蛋白的亲水性、抗原指数和表面可及性,最后结合吴玉章的方法综合分析预测其B细胞抗原表位.结果显示,VP1蛋白C端第132～137、177～186、209～219区段有较好的亲水性、表面可及性和较高的抗原指数,并且在二级结构上含有易形成抗原表位的无规则卷曲和β-转角,可能是VP1蛋白的B细胞抗原优势表位;DHV SN株与弱毒疫苗株在推测的VP1 B细胞抗原表位177～186和209～219两个区域氨基酸序列变异较大.     

猪圆环病毒2型CAP蛋白B细胞表位预测与分析

基于PCV2 CAP蛋白的氨基酸序列,采用Kyte-Doolittle的亲水性方案、Emini方案、Karplus方案Jameson-wolf抗原指数方案,辅以对PCV2 CAP蛋白的二级结构柔性区域分析,并结合吴玉章氨基酸抗原指数计算方法预测CAP蛋白的B细胞表位。结果表明,最有可能的B细胞优势表位位于CAP蛋白N端第4~18,23~28,32~41,57~64,96~103,175~182区段和第224~233区段。本研究用多参数预测PCV2 CAP蛋白的B细胞表位,为多肽疫苗的设计提供理论依据。     

猪链球菌2型溶血素B细胞表位预测

目的预测猪链球菌2型(SS2)溶血素(SLY)B细胞表位。方法以DNAstar分析为主,综合分析二级结构、亲水性、表面可及性及抗原性指数,辅以吴玉章氨基酸抗原指数计算方法进行SS2溶血素B细胞表位预测。结果推测最有可能的B细胞表位位于溶血素N端第74～85、231～244区域位。结论应用多参数预测SS2溶血素的特征,为表位疫苗的研制奠定了基础。     

H6亚型禽流感病毒血凝素蛋白线性表位的预测与鉴定

应用生物信息学方法预测H6亚型禽流感病毒血凝素蛋白(HA)线性抗原表位,并对所获表位的免疫原性进行初步鉴定,为流感病毒表位疫苗研制和H6亚型特异性ELISA检测方法奠定基础。依据近年流感病毒流行趋势,从GenBank下载具有代表性的H6、H5、H7和H9亚型禽流感病毒血凝素蛋白的氨基酸序列。利用DNA Star软件进行H6同亚型间氨基酸序列保守性分析,再将H6与H5、H7、H9不同亚型之间氨基酸同源性进行比较,然后借助在线服务器ExPASy和IEDB对序列进行抗原性、亲水性、柔韧性、二级结构和表面可及性预测。最后去除H6与H5、H7、H9亚型氨基酸同源区域,选择H6亚型氨基酸相对保守区域并且抗原表位综合预测结果较优的几个片段,所选择表位长度为15个氨基酸。合成所获得的优势线性表位,并用间接ELISA方法对所获表位的免疫原性进行鉴定。预测后获得4个线性抗原表位,经鉴定免疫原性最好的为表位A,最差的为表位B。     

貉源阿留申病毒VP2和NS1蛋白的抗原性预测

旨在预测和分析貉源阿留申病毒（RFAV） VP2和NS1蛋白的抗原表位特征，筛选阿留申病毒属较保守的B、T细胞抗原表位。本研究对RFAV的近全长基因组进行克隆及测序，对其VP2和NS1基因编码蛋白的理化性质、二级结构、翻译后修饰位点和抗原表位进行预测，并将预测的修饰位点、抗原表位与其他阿留申病毒种的序列进行比较分析，筛选相对保守的修饰位点和抗原表位。结果显示，获得的RFAV基因组长4 327 bp，编码VP2蛋白的636个氨基酸，编码NS1蛋白的641个氨基酸。VP2和NS1蛋白均为亲水性蛋白，二级结构以无规则卷曲为主。在阿留申病毒属内，VP2蛋白有3个保守的B细胞抗原表位，3个保守的T细胞表位，8个保守的翻译后修饰位点；NS1蛋白有1个保守的B细胞抗原表位，2个保守的T细胞抗原表位和7个保守的翻译后修饰位点。本研究成功克隆了RFAV近全长基因组序列，全面对RFAV的VP2、NS1蛋白抗原表位、翻译后修饰位点进行预测，并分析其在阿留申病毒属内的保守和变异特征，为阿留申病毒免疫研究提供参考。     

口蹄疫病毒结构蛋白的二级结构及其B细胞抗原表位的预测

以口蹄疫病毒OLZ02株基因组序列为材料，采用Garnier—Robson法、Chou-Fasman法和Karplus—Schulz法预测了其结构蛋白的二级结构，用Kyte-Doolittle法分析了各结构蛋白的亲水性，Emini法预测了各结构蛋白的表面可能性，Jameson—Wolf法预测了各蛋白的抗原指数，综合评价了口蹄疫病毒结构蛋白的B细胞抗原表位。结果表明，VPl蛋白含有的B细胞优势抗原表位最多，是研制口蹄疫基因工程疫苗的首选免疫原，但其他结构蛋白也含有少量的B细胞抗原表位，有的甚至有可能成为优势抗原表位。     

鹅源副黏病毒NA-1株F蛋白抗原表位预测和三维结构建模

以鹅源副黏病毒NA-1株F蛋白的氨基酸序列为基础,分析预测蛋白的理化性质、三维结构与B细胞的抗原表位。运用生物信息学方法及手段对NA-1株F蛋白的理化性质、亲疏水性、可及性、信号肽、跨膜结构域、二级结构等方面进行分析,预测其抗原表位。同时利用同源建模法预测其三维空间结构。结果NA-1株F蛋白存在多个潜在的抗原表位位点。该研究为进一步通过试验方法确定其优势表位和从结构出发了解其生物学功能提供了理论依据。     

1株鸽新城疫病毒F和HN蛋白的潜在抗原表位分析

从亲水性、抗原性、可塑性、表面可能性、二级结构等5项参数指标来综合预测1株鸽新城疫病毒（Newcastledisease virus,NDV）JN08株F和HN蛋白的潜在B细胞抗原表位,并比较其与疫苗株La Sota抗原表位的差异,同时对F和HN基因序列进行分析。综合预测显示：JN08株F和HN蛋白预测抗原表位分别有21,26处;La Sota F和HN蛋白预测抗原表位分别有19,25处。就F蛋白而言,与La Sota相比JN08毒株在82～87、99～102、411～412aa多出3处抗原表位,而在450～455aa缺失1处抗原表位。其中82～87、99～102aa这2处抗原表位位于裂解位点之前,是否对病毒的抗原性、蛋白水解酶的敏感性、毒力等造成影响还有待于进一步研究。就HN蛋白而言,JN08毒株与La Sota相比在128～132aa多出1处抗原表位,此表位位于HN蛋白的柄状部,该部分存在促进F蛋白融合活性的区域,JN08毒株在此区域多出1处抗原表位可能会对F蛋白的融合活性有一定的影响。     

猪细小病毒自然弱毒N株VP1基因的扩增与序列分析

对猪细小病毒自然弱毒N株（PPV—N株）VP1基因扩增及测序,利用生物信息学技术预测VP1蛋白的二级结构与B细胞抗原表位,以及分析该蛋白的氨基酸差异位点及密码子偏爱性。结果表明,PPV—N株VP1基因与弱毒参考毒株NADL-2VP1基因同源性最高,亲缘关系最近。PPV—N株VP1蛋白的二级结构较为复杂,以β-折叠为主,并有较多的转角和无规则卷曲区域,在序列的20～56、61～80、86～130、136～188区域为B细胞抗原表位的优势区域。PPV强、弱毒株VP1蛋白存在5个氨基酸差异位点（T-365-I,G-528-D,Q-533-H,P-586-S,K-715-R）,这些位点处氨基酸残基抗原性与毒力成正相关。PPV—N株VP1蛋白在A、C、E、G、H、I、K、N、Q、R、S、T、V和Y氨基酸于密码子选择上存在一定的偏爱性。     

Fine mapping and conservation analysis of linear B-cell epitopes of peste des petits ruminants virus nucleoprotein

Nucleoprotein (NP) is the most abundant and highly immunogenic protein of morbillivirus, and is presently the basis of most diagnostic assays for peste des petits ruminants virus (PPRV). In this study, fine epitope mapping and conservation analysis of linear B-cell epitopes on the PPRV NP has been undertaken using biosynthetic peptides. Nineteen linear B-cell epitopes were identified and their corresponding minimal motifs were located on the NP of PPRV China/Tibet/Geg/07-30. Conservation analysis indicated that ten of the 19 minimal motifs were conserved among 46 PPRV strains. Peptides containing the minimal motifs were recognized using anti-PPRV serum from a goat immunized with PPRV vaccine strain Nigeria 75/1. Identified epitopes and their motifs improve our understanding of the antigenic characteristics of PPRV NP and provide a basis for the development of epitope-based diagnostic assays.     

鸡传染性法氏囊病毒VP2蛋白B细胞抗原表位预测

以鸡传染性法氏囊病毒VP2蛋白的基因组序列为基础,采用Garnier-Robson方法、Chou-Fasman方法和Karplus-Schultz方法预测VP2蛋白质的二级结构;用Kyte-Doolittle方案预测蛋白质的亲水性;用Emini方案预测蛋白质的表面可能性;用Jameson-Wolf方案预测氨基酸的抗原性指数。综合分析,预测VP2蛋白的抗原表位。通过以上几种方法预测IBDV病毒VP2蛋白的B细胞表位位于VP2蛋白N端3-10、30-45、77-84、150-157、197-206、211-222、278-288、298-303、315-325、376-381、386-394、403-411、415-425区段。     

羊口疮病毒B2L蛋白抗原表位预测及重组蛋白设计与验证

为得到羊口疮病毒（ORFV）B2L蛋白的可能抗原表位及截短后高效表达的表位蛋白，本试验采用DNAStar、Mega 7.0等软件对部分NCBI已登录的B2L基因序列进行分析，并应用不同在线服务器对其编码蛋白的信号肽、跨膜区、细胞毒性T细胞表位、辅助性T细胞表位、B细胞表位和二级结构进行预测，同时参考多模板进行三级结构预测，综合抗原表位、亲水性、表面可及性和抗原指数等主要预测数据进行抗原位点分析及融合His·tag抗原表位蛋白的设计，构建并原核表达截短后高效表达的表位蛋白。结果显示，得到了几个可能的优质抗原表位，分别为88-93、133-138、172-175、251-254、311-313和370-377位氨基酸；纯化并复性的蛋白以多聚体形式存在；Western blotting结果显示，其具有良好的反应原性。该研究确定了ORFV B2L蛋白抗原位点，构建并原核表达了截短后高效表达的表位蛋白，为羊口疮诊断制剂及亚单位疫苗的研究奠定了基础。     

山羊口疮病毒四川分离株F1L基因分子特征分析及抗原表位预测

为明确山羊口疮病毒（ORFV）四川分离株F1L基因分子特征并预测抗原表位,本试验利用生物信息学软件分析四川分离株ORFV F1L基因,并预测其编码蛋白的二、三级结构和B细胞表位。将F1L基因克隆转化后测序,用Mega 7.0软件比对分析该基因与其他地区来源的ORFV F1L基因的变异情况,利用SOPMA服务器预测F1L蛋白的二级结构,以DNAStar软件预测其亲水性、表面可及性、柔韧性及抗原性,以ABCpred方案作为验证并输出B细胞表位,在SWISS-MODEL服务器预测三级结构后,进一步在建模区域再验证抗原表位,最终回归蛋白质序列比对。结果显示,四川分离株ORFV F1L基因大小为1 029 bp,编码342个氨基酸,基因及其编码蛋白较其他地区来源毒株有一定变异;F1L蛋白预测分析存在9个可能B细胞表位,综合三级结构预测,其122-137肽段为最优表位;所预测的四川分离株ORFV F1L蛋白优势抗原表位较其他地区具有一定特异性,较多地区在124、131、137位氨基酸出现不同。本研究结果为四川地区ORFV基因工程疫苗及特异性检测方法的研究提供了理论依据。     

猪水肿病大肠杆菌FedF的B细胞抗原表位预测

目的是预测致猪水肿病主要毒力因子FedF的B细胞抗原表位。方法为基于FedF的蛋白基因组序列,采用Oarnicr-Robson法、Chou-Fasman法和Karplus-Schulz法预测其结构蛋白的二级结构柔性区域,Kyte-Doolittle方案预测其蛋白的亲水性,Emini方案预测其蛋白结构的表面可能性,Jameson-Wolf方案预测其蛋白结构的抗原指数,同时使用BepiPrcd在线分析预测其可能的B细胞抗原表位,综合以上方法最终预测FedF可能的B细胞表位。结果显示,经过分析推测FedF最有可能的B细胞表位位于FedF蛋白N端第51．57、115．122,148．153、199．206、225：232、254．259区段内。